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Diseño y selección por topología molecular de nuevos compuestos antimicobacterianos

García García, Ángeles 09 July 2004 (has links)
A través de la Historia, la tuberculosis ha sido una de las epidemias que más muertesha causado. Hoy en día, tanto la tuberculosis como las infecciones ocasionadas por elcomplejo M. avium constituyen un reto de salud pública sin par, no sólo por la gravedad delas mismas sino por la dificultad que entraña su tratamiento.Con esta motivación, y haciendo uso de la topología molecular, iniciamos el diseño yselección de nuevos compuestos potencialmente activos frente a Mycobacteriumtuberculosis (MTBC) y frente al complejo Mycobacterium avium (MAC).La topología molecular sirve para encontrar relaciones cuantitativas entre unapropiedad física, química o biológica y estructuras moleculares, basándose en lacaracterización numérica de las mismas a través de unos índices o descriptores topológicos(IT), es decir, se trata de obtener las funciones topológicas: P(IT) = A0 + ΣAi (IT), donde Prepresenta la propiedad, A0 y el conjunto de términos Ai los coeficientes de regresión.Con objeto de mejorar la eficacia de las funciones, fueron introducidas 4 nuevasfamilias de descriptores, particularmente derivados de índices de conectividad de Kier yHall, así como de índices de carga. Una vez calculados los IT de 45 compuestos conactividad antituberculosa contrastada, fueron obtenidas las funciones de predicción de docepropiedades farmacológicas de cada uno de los compuestos activos, y las de clasificaciónque nos permitieron discriminar entre compuestos activos e inactivos frente a estos dosgrupos de patógenos. A continuación se diseñaron los modelos de actividad antituberculosa,haciendo uso de las funciones seleccionadas, y fueron aplicados a bases de datos deestructuras químicas para la selección de sustancias potencialmente activas. Finalmente,realizamos los ensayos microbiológicos in vitro encaminados a determinar la concentraciónmínima inhibitoria (CMI) para detectar la posible actividad antituberculosa de loscompuestos seleccionados.Las conclusiones obtenidas fueron las siguientes:1. Los nuevos IT aportan una mejora de más de un 30% en las funciones de predicciónsobre los ya descritos, y una gran eficacia para discriminar entre compuestos activos einactivos frente a MTBC y frente al MAC.2. Las funciones obtenidas utilizando IT, han demostrado que es posible predecireficazmente la CMI y otras propiedades farmacológicas de los compuestos activos.3. Se han obtenido modelos útiles para la selección de compuestos activos frente a MTBCy frente al MAC.4. Entre los nuevos compuestos seleccionados a través de los modelos discriminantes deactividad:· 10 son activos frente a MTBC: cloruro de benzalconio (BAK), dinitrocresol, DOCA,linezolid, paromomicina, pentamidina, reserpina, ribavirina, TPEN y trifluoperazina,siendo los más activos linezolid y pentamidina con una CMI inferior a 4 µg/mL.· 6 son activos frente a MAC: BAK, linezolid, paromomicina, TPEN, trifluoperazina ypentamidina, siendo los más activos BAK, paromomicina, TPEN y trifluoperazinacon una CMI comprendida entre 4 y 8 µg/mL.5. Se han seleccionado 6 nuevas pirimidinas sustituidas sintetizadas en la Universidad deGerona. Sus ensayos in vitro ponen de manifiesto que la CMI frente a MTBC estácomprendida entre 32 y 64 µg/mL. Los resultados obtenidos con las funciones depredicción informan que teóricamente presentan un buen perfil farmacológico, lo quenos induce a considerar a estas moléculas como posibles cabezas de serie para el diseñode nuevos antituberculosos. / Molecular topology, MT, has been used to select new active compounds against Mycobacterium tuberculosis (MTBC) and Mycobacterium avium complex (MAC). MT has proved to be a useful formalism to find quantitative structure-activity relations (QSAR), based on the numeric characterization of the molecules through topological indices (TI), that is to say, to obtain the topological functions: P(TI) = A0 + Ai(TIi), where P represents the property, A0 the intercept and Ai the regression coefficients. In order to the effectiveness of the functions, four new families of TI were introduced. Once calculated the TI of forty five active compounds, the predictive functions as well as the discriminant functions allowing us to discriminate among active and inactive compounds, were achieved. Next the molecular models were designed using the selected functions, and they were applied to databases of chemical structures for the selection of potentially active substances. Finally, we carried out the in vitro assays in order to check the minimal inhibitory concentration (MIC) of the selected compounds. Conclusions: 1. The new TI contribute to improve in more than 30% of the predictive functions on those already described, and also to a significant effectiveness to discriminate among active and inactive compounds against MTBC and MAC. 2. The obtained functions have demonstrated that it is possible to predict efficiently the MIC and other pharmacological properties of the active compounds.3. Useful models have been obtained for the selection of active compounds against MTBC and MAC.4. After in vitro tests at the laboratory, the following results stand out:· 10 compounds were active against MTBC (MIC≤16g/mL): BAK, DNOC, DOCA, linezolid, paromomycin, pentamidine, reserpine, ribavirin, TPEN and trifluoperazine.· 6 were active against MAC (MIC≤16g/mL): BAK, linezolid, paromomycin, TPEN, trifluoperazine and pentamidine.· Six new substituted pirimidines synthesized at the University of Gerona were selected. Theoretically they present a good pharmacological profile and their in vitro assays demonstrated that the MIC against MTBC were between 32 and 64 g/mL, what induces us to consider these structures as new leads as antituberculosis agents.
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Interacción entre compuestos aromáticos del jamón curado y compuesos proteicos musculares solubles.

Gianelli Barra, María Pía 26 April 2004 (has links)
La proteínas pueden fijar los compuestos responsables del aroma afectando así las propiedades sensoriales de los alimentos. La fijación de los compuestos volátiles por las proteínas resulta a veces deseable, ya que permite utilizar las proteínas como transportadores del aroma o modificadores del aroma y sabor en los alimentos. En este trabajo se estudia la interacción de compuestos representativos del aroma del jamón curado con componentes de la matriz proteica de la carne: dipéptidos (carnosina y anserina) y proteínas sarcoplásmaticas (mioglobina), mediante la técnica de microextracción en fase sólida (SPME).Para ello, en primer lugar se optimiza la técnica de microextracción en fase sólida para el análisis cualitativo y cuantitativo de los compuestos volátiles presentes en el espacio de cabeza de jamón curado. Se debe tener presente que existen muchos factores que afectan dicha extracción tales como el tipo de fibra, la volatilidad y la masa molecular de los compuestos volátiles. Se evalúa la extracción de los compuestos volátiles con diferentes tipos de fibra. La fibra bipolares de Car/PDMS y DVB/Car/PDMS, son capaces de extraer 70 compuestos volátiles distintos. Así, en el espacio de cabeza de jamón curado la fibra de DVB/Car/PDMS extrae mayoritariamente hexanal (18%) y 2-pentanona (10%) mientras que los compuestos extraídos de forma mayoritaria por la fibra de Car/PDMS son 3-metil-butanal (19,8%) y 2-metil-butanal (17,7%) seguido de hexanal (7%) y 2-pentanona (8%). En el estudio de interacción entre compuestos volátiles y proteicos con la técnica de microextracción en fase sólida se obtiene interacción entre la carnosina con todos los compuestos volátiles estudiados excepto con la 2-pentanona. La anserina presenta interacción con 2-metil-butanal, 3-metil-butanal, hexanal y metional. Por último, la mioglobina solo presenta interacción con 2-metil-butanal y hexanal. En todos los casos estudiados, la interacción sigue la ecuación de Scatchard siendo una interacción no-covalente y reversible. En cuanto a los parámetros de interacción, la carnosina es el péptido con mayores constantes de afinidad "K" (M-1) para hexanal, 3-metil-butanal y octanal.También, se estudia el efecto de los agentes de curado en la interacción entre compuestos volátiles y proteicos. Entre los agentes estudiados, el ácido ascórbico es el que produce un efecto más destacado al disminuir la interacción entre los compuestos volátiles y la carnosina. Finalmente, se estudia el efecto de mezclas de dichos agentes de curado simulando las distintas etapas de curado sobre la interacción entre compuestos volátiles y proteicos solubles. El porcentaje de interacción es mayor en las etapas de curado en presencia de carnosina que con anserina y mioglobina. En la 2ª y 3ª etapas de curado, la interacción permanece constante excepto en el caso de octanal que disminuye en presencia de los compuestos proteicos, y en el metional que aumenta ligeramente sobre todo en presencia de carnosina. Los resultados obtenidos demuestran la existencia de interacciones entre compuestos volátiles y compuestos proteicos musculares solubles, las cuales producen la modificación de la proporción relativa de estos compuestos de gran potencia aromática en el espacio de cabeza. Dicha modificación puede modular el aroma y, por consiguiente, cambiar la percepción sensorial del jamón curado. / The aim of the present work was to study the presence of interactions between volatile compounds and peptides and proteins from skeletal muscle using a recently extraction technique named solid phase microextraction (SPME). The purpose was to establish the effect of these interactions in the perception of dry-cured ham flavor. This study optimised the conditions for the application of solid phase microextraction (SPME) to the analysis of volatile compounds in dry-cured ham. It is necessary to take into account that many factors affect the extraction process as, the type of fibre, volatility and molecular mass of the volatile compounds. The extraction of the volatile compounds by different types of fibre was evaluated. The bipolar coatings Car/PDMS and DVB/Car/PDMS, were capable of extracting 70 different volatile compounds. Sixty compound were extracted by DVB/Car/PDMS fibre, whilst only 41 of then were found with CAR/PDMS fibre. In the study of interaction between volatile compounds with skeletal peptides (carnosine and anserine) and myoglobin the SPME technique was used. The interaction of carnosine with the volatile compounds was remarkable except for 2-pentanone. The peptide anserine showed interaction with 2-methylbutanal, 3-methylbutanal, hexanal and methional. Finally, myoglobin only presented interaction with 2-methylbutanal and hexanal. In all cases, the interactions followed the Scatchard's equation being no covalent and reversible. The effect of dry-cured agents in the interaction between volatile compound and muscular soluble peptides and proteins was studied. Ascorbic acid decreases the interaction for volatile compounds and carnosine. Finally, the effect of the dry-cured process parameters on the interaction between volatile compound and muscular soluble peptides and proteins was determined. The percentage of interaction is higher in the final stages of the dry-cured process in the presence of carnosine than in the presence of anserine and myoblobin. In conclusion, the results obtained demonstrate the presence of interactions between volatile compounds and muscular soluble protein compounds resulting in a modification of the relative proportion of these aromatic compounds in the headspace. The above mentioned modification can modulate the aroma and, consequently, change the sensory perception of the dry-cured ham.

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