L'accès aux ressources biologiques locales et leur exploitation durable font partie des nombreux défis auxquels font face les communautés nordiques. Des espèces animales comme le caribou et l'omble chevalier, par exemple, sont essentielles pour assurer la sécurité alimentaire des communautés Inuit de l'Arctique. Dans les années 1990, les habitants de la communauté Inuit de Kuujjuaq, au Nunavik, ont entrepris d'augmenter l'accessibilité locale de l'omble chevalier en introduisant l'espèce dans le bassin versant de la rivière Nepihjee, et en ensemençant la population via un programme d'écloserie. En 2019, nous avons observé dans la population des niveaux de diversité génétique de loin inférieur à ceux des autres populations de la Baie d'Ungava. La diversité génétique étant indicatrice de la capacité d'une espèce à faire face à des changements de son environnement, cette observation a soulevé des questions quant à la viabilité de la population. Nous avons donc utilisé une approche de séquençage de génome entier à faible couverture afin de générer une banque génomique couvrant l'ensemble du génome (Liste complète = 105 905 902 SNP, liste filtrée = 4 299 926 SNPs) de la population de la Nepihjee, ainsi que de quatre autres populations de la région afin de les comparer. Ces données ont permis de déterminer que les faibles niveaux de diversité génétique observés dans la population de la Nepihjee ont probablement été causés par une influence marquée de processus démographiques résultant des pratiques d'ensemencement. Elles ont également permis de quantifier le fardeau génétique des populations, et de déterminer que la population d'omble chevalier de la rivière Nepihjee est particulièrement susceptible de souffrir d'une dépression de consanguinité. Ces résultats nous permettent de répondre aux inquiétudes de la communauté et de formuler des recommandations pour guider l'optimisation des pratiques de gestion afin de favoriser la viabilité de la population dans un contexte de changements globaux. / Access to local biological resources and their sustainable use are among the many challenges that northern communities are facing particularly in the era of changing climates. Animal species such as caribou and Arctic char, for example, are essential to ensuring food security for Inuit communities in the Arctic. In the 1990s, the inhabitants of the Inuit community of Kuujjuaq, in Nunavik, undertook to increase the local accessibility of Arctic char by introducing the species into the Nepihjee River watershed, and by stocking the population through a hatchery program. In 2019, we observed in the population levels of genetic diversity far lower than those of other populations in Ungava Bay. Since genetic diversity is an indicator of a species' ability to cope with changes in its environment, this observation has raised questions about population viability. We therefore used a low-coverage whole genome sequencing approach to generate a molecular library covering the entire genome (Complete list = 105 905 902 SNP, pruned list = 4 299 926 SNPs) of the Nepihjee population, as well as four other populations in the region for comparative purposes. These data determined that the low levels of genetic diversity observed in the Nepihjee population were likely caused by a strong influence of demographic processes resulting from stocking practices. They also allowed us to quantify the genetic load of the populations, and to determine that the Arctic char population of the Nepihjee River seems particularly susceptible to inbreeding depression. These results allowed us to address community concerns about the Nepihjee population and make recommendations to guide the optimization of management practices to promote population viability in the context of global change.

Cette thèse porte un regard évolutif sur les invasions biologiques qui sont une menace écologique, économique et sanitaire grandissante.Qu'ils en soient la cause ou la conséquence, les invasions sont en effet le théâtre de changements évolutifs rapides et importants.Ces changements peuvent être liés à une différence de pression de sélection entre l'aire d'origine et l'aire envahie, mais peuvent aussi être initiés par des évènements démo-génétiques comme un goulot d'étranglement démographique ou l'admixture (hybridation intra-spécifique) entre populations génétiquement différentes.Les changements évolutifs concernent aussi bien des traits d'histoire de vie liés à la reproduction que le fardeau génétique et la dépression de consanguinité.La forte dérive génétique qui peut se produire au cours d'un goulot d'étranglement peut conduire à la purge ou la fixation rapide d'allèles délétères responsables du fardeau génétique.Les trais de reproduction peuvent eux aussi influencer directement l'issue d'une invasion, au travers du taux d'accroissement démographique de la population.Ils peuvent aussi avoir un effet indirect sur le succès d'introduction en modifiant l'intensité des effets des évènements démo-génétiques.Au cours de cette thèse, j'ai étudié l'évolution du fardeau génétique et de traits de reproduction au cours d'une invasion biologique grâce à (i) une série d'expériences sur l'espèce envahissante modèle Harmonia axyridis (la coccinelle asiatique) et à (ii) un modèle théorique de dynamique de la fréquence d'un allèle délétère dans une population subissant un goulot d'étranglement.Mes résultats montrent que les populations envahissantes ont des traits de reproduction plus performants que celles de l'aire native.En particulier, les femelles envahissantes présentent une fécondité plus élevée et fécondent leurs œufs avec le sperme d'un plus grand nombre de mâles.Il n'existe pas, chez cette espèce, de mécanisme évident d'évitement de la consanguinité, bien que les populations de l'aire native souffrent de dépression de consanguinité contrairement à celles de l'aire envahie.La dépression de consanguinité peut évoluer très vite chez cette espèce en cas de fort goulot d'étranglement.Dans les conditions expérimentales, les allèles délétères étaient parfois purgés, mais ont souvent été fixés dans la population au cours d'un goulot.Enfin, le modèle théorique a montré que les probabilités de perte ou de fixation d'un allèle délétère récessif peuvent toutes deux augmenter rapidement par dérive au cours d'un goulot d'étranglement d'intensité modérée.Ces résultats soulignent l'importance du hasard sur le succès d'une invasion biologique.Puisque la probabilité d'émergence de combinaisons génomiques favorables à l'invasion augmente avec le nombre d'introduction, limiter le nombre d'évènements d'introduction peut s'avérer déterminant pour prévenir de futures invasions biologiques. / This thesis provides some evolutionary insights on biological invasions, which represent a growing threat on ecology, economy and public health.Biological invasions are a place of rapid and important evolutionary changes that can be the cause or the consequence of invasion success.These changes can be caused by differences in selective pressures between the native and the invaded area.They can also be due to demo-genetic events such as demographic bottlenecks and admixture (emph{i.e.} intra-specific hybridisation) between genetically distinct populations.Evolutionary changes affect life-history traits (including reproductive traits) as well as the genetic load and inbreeding depression.Genetic drift can be strong during a bottleneck and can induce the rapid purging or fixation of deleterious alleles responsible for the genetic load.Reproductive traits can also influence the fate of an invasion by changing the demographic growth rate.Moreover, they can have an indirect impact on the success of introduction by altering the intensity of demo-genetic events.Throughout this thesis, I studied the evolution of the genetic load and of reproductive traits by the mean of (i) laboratory experiments using the invasive Harlequin ladybird Harmonia axyridis as a model species and (ii) through the study of a theoretical model of the dynamics of allele frequencies during a bottleneck.My results show that invasive populations have better reproductive traits than those from the native area.Particularily, invasive females display an increased fecundity and fertilize their eggs with the sperm of a higher number of males.In this species, there is no obvious mechanism of inbreeding avoidance, even though native populations suffer to inbreeding depression contrarily to invasive ones.Inbreeding depression can evolve quickly in this species if the population goes through a severe bottleneck.In my experiments, deleterious alleles were often fixed in the population during the bottleneck, but were sometimes purged.Finally, the theoretical model studied described show that the probability of complete loss or fixation of a deleterious recessive allele can both increase by drift during a bottleneck.These results highlight the importance of chance on the success of a biological invasion.Because the probability of emergence of genomic combinations that can favour an invasion increases with the number of introduction events, limiting the number of introduction events might be an efficient way to prevent or minimise upcoming biological invasions.