Cette thèse est consacrée au couplage fort exciton-photon à température ambiante dans les microcavités massives à base de ZnO élaborées par épitaxie par jets moléculaires sur substrat Si(111). Une étude théorique préliminaire montre que le continuum d'absorption des résonances excitoniques est responsable du fort amortissement observé sur la branche haute de polaritons, sans toutefois affecter la branche basse de polaritons. Le couplage fort à température ambiante du mode de cavité ainsi que des modes de Bragg de la microcavité a ensuite été démontré par spectroscopie résolue en angle. De plus, nous observons la présence d'un goulot d'étranglement (bottleneck) sur le mode de Bragg de polaritons. Ce dernier peut être supprimé en faisant varier la densité d'excitons ou la température. Nous comparons nos résultats expérimentaux aux prévisions théoriques faites en vue de l'obtention d'un régime laser à polaritons.

Le CaMV (Cauliflower mosaic virus) est un virus de plante à ADN transmis par pucerons. Comme pour tout autre virus, les larges fluctuations démographiques au cours du cycle de vie jouent un rôle prépondérant dans l'évolution, et pourtant, peu de données expérimentales sont disponibles à ce sujet. Afin de suivre l'évolution des populations de CaMV, nous avons construit 6 clones distincts marqués à un même locus, et développé une nouvelle méthode d'analyse : Quantitative Single-letter Sequencing (QSS). En quantifiant l'évolution de la fréquence des marqueurs, au sein d'une plante infectée, cette méthode nous a permis d'évaluer la taille efficace des populations du CaMV : plusieurs centaines à plusieurs milliers de génomes sont à l'origine de la colonisation de chaque feuille durant le développement de l'infection systémique ; une valeur 10 à 100 fois supérieure à celle estimé auparavant chez des phytovirus à ARN. Ensuite, nous avons poussé l'analyse au niveau cellulaire et montré que la multiplicité d'infection des cellules individuelles de l'hôte (MOI) n'est pas constante. Elle augmente au fil du temps pour culminer à une valeur proche de 7, qui dépasse amplement les données disponibles dans la littérature, quelle que soit l'espèce virale considérée. Il est très probable qu'une très forte MOI conditionne au moins partiellement la taille efficace élevé des populations du CaMV, mais cette hypothèse butte sur l'absence totale de donnée concernant la MOI chez d'autres virus de plantes. Enfin, connaissant la composition moyenne des populations mixtes de CaMV marqués, au niveau des feuilles et des cellules qui les composent, nous avons contrôlé le comportement alimentaire des pucerons vecteurs par la technique EPG, et évalué l'impact de ce comportement sur le goulot d'étranglement génétique induit sur la population virale lors de la transmission.

Dans cette thèse nous étudions différentes questions relatives à la mise en pratique de modèles d'apprentissage profond. En effet malgré les avancées prometteuses de ces algorithmes en vision par ordinateur, leur emploi dans certains cas d'usage réels reste difficile. Une première difficulté est, pour des tâches de classification d'images, de rassembler pour des milliers de catégories suffisamment de données d'entraînement pour chacune des classes. C'est pourquoi nous proposons deux nouvelles approches adaptées à ce scénario d'apprentissage, appelé <<classification zero-shot>>.L'utilisation d'information sémantique pour modéliser les classes permet de définir les modèles par description, par opposition à une modélisation à partir d'un ensemble d'exemples, et rend possible la modélisation sans donnée de référence. L'idée fondamentale du premier chapitre est d'obtenir une distribution d'attributs optimale grâce à l'apprentissage d'une métrique, capable à la fois de sélectionner et de transformer la distribution des données originales. Dans le chapitre suivant, contrairement aux approches standards de la littérature qui reposent sur l'apprentissage d'un espace d'intégration commun, nous proposons de générer des caractéristiques visuelles à partir d'un générateur conditionnel. Une fois générés ces exemples artificiels peuvent être utilisés conjointement avec des données réelles pour l'apprentissage d'un classifieur discriminant. Dans une seconde partie de ce manuscrit, nous abordons la question de l'intelligibilité des calculs pour les tâches de vision par ordinateur. En raison des nombreuses et complexes transformations des algorithmes profonds, il est difficile pour un utilisateur d'interpréter le résultat retourné. Notre proposition est d'introduire un <<goulot d'étranglement sémantique>> dans le processus de traitement. La représentation de l'image est exprimée entièrement en langage naturel, tout en conservant l'efficacité des représentations numériques. L'intelligibilité de la représentation permet à un utilisateur d'examiner sur quelle base l'inférence a été réalisée et ainsi d'accepter ou de rejeter la décision suivant sa connaissance et son expérience humaine. / In this thesis, we examine some practical difficulties of deep learning models.Indeed, despite the promising results in computer vision, implementing them in some situations raises some questions. For example, in classification tasks where thousands of categories have to be recognised, it is sometimes difficult to gather enough training data for each category.We propose two new approaches for this learning scenario, called <<zero-shot learning>>. We use semantic information to model classes which allows us to define models by description, as opposed to modelling from a set of examples.In the first chapter we propose to optimize a metric in order to transform the distribution of the original data and to obtain an optimal attribute distribution. In the following chapter, unlike the standard approaches of the literature that rely on the learning of a common integration space, we propose to generate visual features from a conditional generator. The artificial examples can be used in addition to real data for learning a discriminant classifier. In the second part of this thesis, we address the question of computational intelligibility for computer vision tasks. Due to the many and complex transformations of deep learning algorithms, it is difficult for a user to interpret the returned prediction. Our proposition is to introduce what we call a <<semantic bottleneck>> in the processing pipeline, which is a crossing point in which the representation of the image is entirely expressed with natural language, while retaining the efficiency of numerical representations. This semantic bottleneck allows to detect failure cases in the prediction process so as to accept or reject the decision.

No description available.

Les îles du Sud-Ouest de l'océan Indien (SOOI) abritent une faune et une flore exceptionnelle et constituent l'un des cinq hotspot de biodiversité les plus importants au monde. L'abeille domestique Apis mellifera occupe divers habitats dans la majorité de ces îles et interagit avec une flore indigène et endémique. Elle est également exploitée par l'Homme pour l'apiculture. A. mellifera a divergé en plusieurs lignées évolutives et sous-espèces dans son aire d'origine. Parmi-elles, A. m. unicolor a été décrite comme endémique de Madagascar et appartient à la lignée africaine A. Les objectifs de cette thèse étaient de caractériser l'abeille dans les archipels des Mascareignes, Comores et Seychelles en identifiant les lignées évolutives et sous-espèces présentes avec des marqueurs mitochondriaux (région intergénique COI-COII, gène ND2). Dans un second temps, une étude de la diversité et de la structure génétique a été réalisée sur ces mêmes populations insulaires (15 microsatellites). Un total de 4095 colonies ont été échantillonnées dans le SOOI et 238 dans l'aire naturelle continentale. Trois des quatre lignées évolutives (A, C et M) ont été détectées dans les 10 îles étudiées et ce en différentes proportions. La lignée africaine A et A. m. unicolor sont prépondérantes dans le SOOI excepté à Rodrigues (100% lignée européenne C). Dans toutes les îles de l'archipel des Comores et des Seychelles, 100% des colonies échantillonnées appartiennent à la lignée A, 95,2% à La Réunion et seulement 54,2% à Maurice. Les îles de l'archipel des Comores constitueraient une zone de contact entre la lignée africaine continentale et les populations d'A. m. unicolor. La diversité génétique nucléaire est forte dans les archipels du SOOI et est structurée par îles et archipels. En outre, les populations du SOOI se différencient fortement des populations continentales africaines et européennes. La combinaison des différents marqueurs privilégie l'hypothèse d'une colonisation ancienne et naturelle d'A. m. unicolor depuis Madagascar à La Réunion, Maurice et aux Seychelles. / The South West Indian Ocean (SWIO) islands are home to an exceptional flora and fauna and are considered as one the five most important biodiversity hotspots in the world. In most islands of this region, the honeybee Apis mellifera occupies diverse habitats. Regarding its ability as a generalist pollinator, honeybee interacts with native and highly endemic flora. Furthermore, this species is used by human for beekeeping as it is able to produce honey, pollen and other hive products. Within the large group of bees (Apidae), A. mellifera is a model of diversity that has diverged into several lineages and subspecies in its native range. Among the 28 recognized subspecies, A. m. unicolor has been described as endemic to Madagascar and belongs to the African A lineage. The Mascarenes, Comoros and Seychelles archipelagos surround this continental island but the A. mellifera populations present have been little or never studied. The aims of this thesis were to characterize the honeybee from the Mascarenes (La Réunion, Mauritius, Rodrigues), Comoros (Anjouan, Mohéli, Grande Comore, Mayotte) and Seychelles (Mahé, Praslin, La Digue) archipelagos by determining the evolutionary lineages and subspecies present. Secondly, a study of genetic diversity and structure were conducted on these same insular populations. For that, a large sampling was carried (n = 4095 colonies from the SWIO, and 238 from native continental areas) and was combined to molecular analyzes using mitochondrial markers (sequencing of the COI-COII intergenic region and ND2 gene) and nuclear markers (15 microsatellite loci). Three of the four evolutionary lineages (A, C and M) were detected in different proportions in the 10 studied islands. The African A lineage and A. m. unicolor subspecies were predominant in the SWIO excepted for Rodrigues exclusively from the European C lineage. All sampled colonies from the Seychelles and Comoros archipelagos belong to the African lineage while in La Réunion the proportion reach 95.2% and only 54.2% in Mauritius. The presence of the Z African sub-lineage has been described for the first time out of Africa in two Seychelles islands. Moreover, Comoros islands may constitute a contact area between the continental African lineage and A. m. unicolor populations (insular African lineage). The SWIO populations show high levels of nuclear genetic diversity and a structuration by island and archipelago. In addition, SWIO populations strongly differentiated from African and European continental populations. The combined results from different molecular markers favor the hypothesis of an ancient and natural colonization from Madagascar to La Réunion, Mauritius and Seychelles islands. Therefore, the previous referenced interactions between the honeybee and the endemic fauna and flora in the SWIO might be explained by a long cohabitation in addition to its generalist pollinator ability.

Cette thèse porte un regard évolutif sur les invasions biologiques qui sont une menace écologique, économique et sanitaire grandissante.Qu'ils en soient la cause ou la conséquence, les invasions sont en effet le théâtre de changements évolutifs rapides et importants.Ces changements peuvent être liés à une différence de pression de sélection entre l'aire d'origine et l'aire envahie, mais peuvent aussi être initiés par des évènements démo-génétiques comme un goulot d'étranglement démographique ou l'admixture (hybridation intra-spécifique) entre populations génétiquement différentes.Les changements évolutifs concernent aussi bien des traits d'histoire de vie liés à la reproduction que le fardeau génétique et la dépression de consanguinité.La forte dérive génétique qui peut se produire au cours d'un goulot d'étranglement peut conduire à la purge ou la fixation rapide d'allèles délétères responsables du fardeau génétique.Les trais de reproduction peuvent eux aussi influencer directement l'issue d'une invasion, au travers du taux d'accroissement démographique de la population.Ils peuvent aussi avoir un effet indirect sur le succès d'introduction en modifiant l'intensité des effets des évènements démo-génétiques.Au cours de cette thèse, j'ai étudié l'évolution du fardeau génétique et de traits de reproduction au cours d'une invasion biologique grâce à (i) une série d'expériences sur l'espèce envahissante modèle Harmonia axyridis (la coccinelle asiatique) et à (ii) un modèle théorique de dynamique de la fréquence d'un allèle délétère dans une population subissant un goulot d'étranglement.Mes résultats montrent que les populations envahissantes ont des traits de reproduction plus performants que celles de l'aire native.En particulier, les femelles envahissantes présentent une fécondité plus élevée et fécondent leurs œufs avec le sperme d'un plus grand nombre de mâles.Il n'existe pas, chez cette espèce, de mécanisme évident d'évitement de la consanguinité, bien que les populations de l'aire native souffrent de dépression de consanguinité contrairement à celles de l'aire envahie.La dépression de consanguinité peut évoluer très vite chez cette espèce en cas de fort goulot d'étranglement.Dans les conditions expérimentales, les allèles délétères étaient parfois purgés, mais ont souvent été fixés dans la population au cours d'un goulot.Enfin, le modèle théorique a montré que les probabilités de perte ou de fixation d'un allèle délétère récessif peuvent toutes deux augmenter rapidement par dérive au cours d'un goulot d'étranglement d'intensité modérée.Ces résultats soulignent l'importance du hasard sur le succès d'une invasion biologique.Puisque la probabilité d'émergence de combinaisons génomiques favorables à l'invasion augmente avec le nombre d'introduction, limiter le nombre d'évènements d'introduction peut s'avérer déterminant pour prévenir de futures invasions biologiques. / This thesis provides some evolutionary insights on biological invasions, which represent a growing threat on ecology, economy and public health.Biological invasions are a place of rapid and important evolutionary changes that can be the cause or the consequence of invasion success.These changes can be caused by differences in selective pressures between the native and the invaded area.They can also be due to demo-genetic events such as demographic bottlenecks and admixture (emph{i.e.} intra-specific hybridisation) between genetically distinct populations.Evolutionary changes affect life-history traits (including reproductive traits) as well as the genetic load and inbreeding depression.Genetic drift can be strong during a bottleneck and can induce the rapid purging or fixation of deleterious alleles responsible for the genetic load.Reproductive traits can also influence the fate of an invasion by changing the demographic growth rate.Moreover, they can have an indirect impact on the success of introduction by altering the intensity of demo-genetic events.Throughout this thesis, I studied the evolution of the genetic load and of reproductive traits by the mean of (i) laboratory experiments using the invasive Harlequin ladybird Harmonia axyridis as a model species and (ii) through the study of a theoretical model of the dynamics of allele frequencies during a bottleneck.My results show that invasive populations have better reproductive traits than those from the native area.Particularily, invasive females display an increased fecundity and fertilize their eggs with the sperm of a higher number of males.In this species, there is no obvious mechanism of inbreeding avoidance, even though native populations suffer to inbreeding depression contrarily to invasive ones.Inbreeding depression can evolve quickly in this species if the population goes through a severe bottleneck.In my experiments, deleterious alleles were often fixed in the population during the bottleneck, but were sometimes purged.Finally, the theoretical model studied described show that the probability of complete loss or fixation of a deleterious recessive allele can both increase by drift during a bottleneck.These results highlight the importance of chance on the success of a biological invasion.Because the probability of emergence of genomic combinations that can favour an invasion increases with the number of introduction events, limiting the number of introduction events might be an efficient way to prevent or minimise upcoming biological invasions.

No description available.

No description available.