Memoria para optar al título de Químico Farmacéutico / La Resistencia Bacteriana es un problema de salud pública mundial que ha ido mermando la eficacia de muchos de los antiobióticos actualmente utilizados, reduciendo enormemente las posibilidades de tratar las enfermedades infecciosas severas de manera efectiva, lo que sumado a la tendiente disminución de la investigación y desarrollo (I+D) de agentes antibacterianos con nuevos mecanismos de acción por parte de la Industria Farmacéutica, conllevaría a una escasez de alternativas terapéuticas en un futuro cercano. Por esto surge la urgente necesidad de promover la investigación hacia nuevos blancos moleculares entre los que se destaca la proteína FtsZ (del inglés Filamentous Temperature-Sensitive Z) cuyo papel es fundamental en la citocinesis celular bacteriana, pues polimeriza en protofilamentos para ensamblar el anillo Z en medio de la bacteria, permitiendo así el reclutamiento de proteínas necesarias para formar el complejo divisor que lleva a cabo el proceso de la división celular, convirtiéndose en un blanco atractivo para el diseño agentes antimicrobianos. Al respecto se han desarrollado diversos Inhibidores de FtsZ entre los que se destaca PC190723 (1) que presenta una potente y selectiva actividad antiestafilocócica con eficacia en modelos in vivo de infección y con un perfil farmacocinético muy parecido al de un fármaco. Con el objetivo de generar nuevos ligandos capaces de inhibir esta proteína se diseñaron los compuestos fenilfuranoxibenzamidas (2), que son análogos estructurales de 1 y que incluyen el núcleo 5-fenilfurano que tiene potencial actividad biológica, a los cuales se les llevó a cabo un estudio de docking molecular en el sitio de unión de PC190723 a la FtsZ de S. aureus, cuyas soluciones señalan que el modo de unión y las interacciones generadas en el bolsillo son favorables para cada uno de estos compuestos ya que son similares a las de 1 obtenidas por cristalografía de rayos-X, y con puntajes docking semejantes en magnitud a las del patrón de 1 relacionados con el volumen o lipofilia por sobre la polaridad del sustituyente aceptor de electrones. Posteriormente se sintetizaron las series 3 y 4, que contienen el núcleo 5-fenilfurano. Primeramente se empleó la reacción de arilación de Meerwein sobre el furfural (obtención de la serie 3), seguido por la reducción del aldehído utilizando borohidruro de sodio (obtención de la serie 4). Se evaluó la actividad antibacteriana para todos los derivados sobre cocáceas Gram-positivas y se encontró actividad sólo para el compuesto 3c contra S. aureus resistente a meticilina, un auspicioso resultado que establece un primer paso para investigar el desarrollo de derivados con potecial actividad antiestafilocócica incluyendo cepas resistentes. Aunque la serie 4 no presentó actividad biológica, distintos antecedentes indicarían que contribuirían a la actividad antibacteriana de la serie 2 y a la unión en el bolsillo de la FtsZ / Bacterial Resistance is a worldwide public health problem that has been weakening the effectiveness of many of the antibiotics currently used, greatly reducing the chances of treating severe infectious diseases effectively, which joined the aimed decrease of the research and development (R&D) of antibacterial agents with new mechanisms of action on the part of the Pharmaceutical Industry, would lead to a shortage of therapeutic alternatives in the near future. This prompts the urgent need to promote research toward new molecular targets the most significant of which is the FtsZ (Filamentous Temperature-Sensitive Z) protein whose role is crucial in the bacterial cell cytokinesis, because polymerizes in protofilaments to join the Z ring in the middle of the bacterium, thus allowing the recruitment of proteins needed to form the complex divisome that carried out the process of cell division, becoming an attractive target for the design antimicrobial agents. In this regard have developed various inhibitors of FtsZ prominent among them being PC190723 (1) which provides a potent and selective antistaphylococcal activity with effectiveness in vivo models of infection and with a pharmacokinetic profile very similar to that of a drug. With the aim of generating new ligands capable of inhibiting this protein were designed phenylfuranoxybenzamides compounds (2), which are structural analogues of 1 and to include the core 5-phenylfuran which has the potential biological activity, all of which have been carried out a study of molecular docking at the site of union of PC190723 to the FtsZ of S. aureus, whose solutions indicate that the mode of union and interactions generated in your pocket are favorable for each one of these compounds because they are similar to those of 1 obtained by X-ray crystallography, and docking scores similar in magnitude to 1 pattern related to the volume or lipophilicity by on the polarity of the substituent electron acceptor. Subsequently, the series 3 and 4, containing the core 5-phenylfuran were synthesized. First the Meerwein arylation reaction of furfural (obtaining serie 3), followed by reduction of the aldehyde using sodium borohydride (obtaining serie 4) was used. The antibacterial activity was assessed for all derivatives on coccus Gram-positive and activity was found only for the compound 3c against S. aureus resistant to methicillin, an auspicious result that provides a first step to investigate the development of derivatives with skimming antistaphylococcal activity including strains resistant. Although the 4 series did not present biological activity, different background would indicate that would contribute to the antibacterial activity of the series 2 and to the union in the pocket of the FtsZ

Memoria para optar al Titulo Profesional de Médico Veterinario / Poco tiempo después de la introducción de un antimicrobiano al mercado ha sido posible encontrar bacterias que se muestran resistentes a su acción. Esta resistencia es de tipo natural en algunas bacterias, mientras que en otras es una condición adquirida mediante la incorporación de genes que codifican diversos mecanismos de resistencia. Estas cepas resistentes representan un gran problema en hospitales humanos al ocasionar infecciones nosocomiales, ya que las opciones terapéuticas se ven limitadas. En medicina veterinaria, aunque las infecciones nosocomiales están en aumento, siguen siendo menos estudiadas que las adquiridas por personas. Sin embargo, estas infecciones –tanto en pacientes humanos como veterinarios– tienen en común ser ocasionadas, principalmente, por estafilococos resistentes a meticilina. Por este hecho, sumado a que Staphylococcus aureus meticilino resistente se transmite entre diferentes especies animales, incluyendo al hombre, es que el propósito de esta Memoria de Título fue el de detectar el gen de resistencia mecA en bacterias descritas como nosocomiales. Para ello, se utilizaron tres cepas bacterianas ambientales aisladas de Hospitales Veterinarios de la Universidad de Chile y que mostraron resistencia a oxacilina: Staphylococcus kloosii, Micrococcus sedentarius y Enterococcus faecium. Luego de realizada la extracción del ADN, la técnica de la Reacción en Cadena de la Polimerasa y la electroforesis correspondientes, se obtuvieron bandas fluorescentes de aproximadamente 500 pb. Estos amplicones se enviaron a secuenciar y las secuencias obtenidas se compararon con las descritas en el GenBank® para el gen mecA. Los porcentajes de identidad nucleotídica de 97%, 97% y 98% respectivamente, permiten confirmar la presencia de cepas que poseen el gen mecA y sugiere su pronta incorporación como cepas controles positivos en futuras investigaciones

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / La resistencia antimicrobiana es un fenómeno de gran importancia a nivel mundial, debido a sus consecuencias en la salud tanto humana como animal y también por las consecuencias económicas que genera. Entre las bacterias que presentan multirresistencia se encuentra Salmonella spp., patógeno distribuido mundialmente, generalmente transmitido por los alimentos, pero también por contacto directo o indirecto con su reservorios animales. Dentro de estos, adquieren relevancia los reptiles por ser portadores asintomáticos de la bacteria, constituyendo un reservorio que cada vez adquiere mayor importancia debido a la creciente popularidad que presentan como mascota en las familias actuales. En Chile existen escasos estudios sobre resistencia antimicrobiana en cepas de Salmonella spp. aisladas de reptiles que asocien genes a la resistencia fenotípica, razón por la cual, el objetivo del presente estudio apunta a la detección de genes de resistencia antimicrobiana en cepas de Salmonella spp. aisladas de reptiles en cautiverio, en la Región Metropolitana en Chile. Para ello, se realizó una prueba de susceptibilidad antimicrobiana por el método de Kirby-Bauer y posteriormente, mediante la técnica de PCR, se buscaron 11 genes de resistencia en las cepas en análisis, independiente de su fenotipo. Dentro de los genes a detectar, 3 de ellos están asociados a resistencia a beta-lactámicos (blaTEM, blaOXA y blaPSE-1), 4 a resistencia frente a estreptomicina (aadA1, aadA2, strA y strB), 3 para resistencia a tetraciclinas (tet(A), tet(B), tet(C)) y un gen que confiere resistencia a cloranfenicol (cmlA). Se observó una elevada sensibilidad fenotípica, donde el 23,5% de las cepas fue resistente a estreptomicina. De las 34 cepas analizadas, sólo se detectó el gen blaTEM en un 61,7%. El resto de las cepas resultaron negativas a la detección de los otros genes en análisis. La alta sensibilidad detectada puede deberse a fenómenos de curación plasmidial, mutaciones cromosomales, regulación de la expresión génica, entre otros, como mecanismo de restauración del fitness bacteriano en cepas conservadas en un medio carente de presión selectiva. Se concluye que las cepas analizadas presentan elevada sensibilidad fenotípica frente a beta-lactámicos, tetraciclinas, cloranfenicol y estreptomicina, encontrando sólo cepas portadoras del gen blaTEM. / Antimicrobial resistance is a phenomenon of great importance worldwide because of its impact on both human and animal health and the economic consequences it generates. Among resistant bacteria is Salmonella spp., worldwide distributed pathogen, usually transmitted by food, but also by direct or indirect contact with animal reservoirs. Within these, reptile become relevant because they are asymptomatic carriers of the bacteria, forming a reservoir that increasingly becomes more important due to the growing popularity as pets in today's families. In Chile there are few studies on antimicrobial resistance in strains of Salmonella spp. isolated from reptiles that associated genes to phenotypic resistance, reason why the aim of this study points to the detection of antimicrobial resistance genes in strains of Salmonella spp. isolated from reptiles in captivity, in Región Metropolitana in Chile. For this, an antimicrobial susceptibility test, by Kirby-Bauer method was performed and subsequently, by PCR, 11 resistance genes were searched in strains tested, regardless of their phenotype. Among genes to detect, 3 of them are associated with resistance to beta-lactam (blaTEM, blaOXA and blaPSE-1), 4 to resistance to streptomycin (aadA1, aadA2, strA and strB), 3 for tetracycline resistance (tet(A), tet(B), tet(C)) and a gene conferring chloramphenicol resistance (cmlA). High phenotypic susceptibility was observed, where 23,5% of the strains were streptomycin resistant. Of the 34 strains tested, only blaTEM gene was detected in 61,7%. The remaining strains were negative for detection of the other genes analyzed. High sensitivity detected may be due to a phenomenon of plasmidial healing, chromosomal mutations, gene expression regulation, among others, as a mechanism for restoring the bacterial fitness of strains preserved in a medium lacking of selective pressure. It is concluded that strains tested possess high phenotypic sensitivity to beta-lactams, tetracyclines, chloramphenicol and streptomycin, finding strains carrying only the blaTEM gene.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / En la actualidad la detección de cepas bacterianas resistentes a múltiples agentes antimicrobianos parece ir en aumento y se atribuye principalmente a la inadecuada utilización de ellos. Estos fármacos han permitido la selección de genes de resistencia en bacterias zoonóticas, como Salmonella, los cuales pueden diseminarse a los seres humanos a través de la cadena alimentaria. Además cobra importancia el rol de las aves silvestres como reservorios y agentes diseminadores de genes de resistencia a antibióticos hacia los seres humanos y otros animales. El objetivo de esta Memoria de Título fue comparar los perfiles genéticos de resistencia antimicrobiana de cepas de S. enterica ser. Enteritidis aisladas desde aves silvestres, aves comerciales y seres humanos en Chile, y determinar su relación con el hospedero de origen de estas cepas. Se analizaron 96 cepas en total, de las cuales 33 fueron aisladas desde aves silvestres, 31 de aves comerciales y 32 de seres humanos. Se utilizó la técnica de Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) para determinar los perfiles de resistencia antimicrobiana. Los genes seleccionados fueron: tet(A), tet(B), tet(G) (resistencia a tetraciclinas), blaPSE-1, blaTEM, blaCMY (resistencia a β-lactámicos), aadB, aacC (resistencia a aminoglicósidos) y además se detectó la presencia de integrones clase 1. Para determinar la asociación de los perfiles genéticos de resistencia con su hospedero de origen se utilizó el programa Infostat®. De las 96 cepas analizadas en esta Memoria, se encontraron 13 perfiles genéticos de resistencia antimicrobiana diferentes, los cuales resultaron estar asociados con el hospedero de origen de las cepas. Adicionalmente, los datos obtenidos fueron analizados con la finalidad de determinar la asociación de genes de resistencia antimicrobiana con hospedero de origen de las cepas, siendo tet(A) el único gen asociado a cepas obtenidas de aves silvestres. Los resultados de esta Memoria proporcionan evidencia sobre los efectos colaterales que provoca la sobreutilización de antimicrobianos en el medio ambiente, impactando indirectamente en la fauna silvestre

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / Durante muchos años las infecciones nosocomiales han representado un serio problema, tanto en medicina humana como veterinaria. Con el paso del tiempo, en las bacterias causantes de estas infecciones, se ha observado un incremento de los niveles de resistencia a los antimicrobianos comúnmente utilizados en la clínica hospitalaria. Esto último ha provocado una creciente preocupación a nivel mundial, adoptándose medidas que permitan controlar y prevenir su aparición. El objetivo de este trabajo fue realizar un estudio en dos hospitales clínicos veterinarios de la Universidad de Chile con el fin de muestrear, aislar, identificar, junto a determinar la sensibilidad a antimicrobianos de cepas bacterianas ambientales descritas dentro de las nosocomiales. Para cada cepa aislada, se utilizó el kit comercial de identificación, el BBL Crystal®, mientras que para la evaluación de los niveles de resistencia se empleó el método de difusión en placa de Kirby Bauer. Se tomaron 120 muestras desde distintas dependencias de los dos hospitales clínicos veterinarios de la Universidad de Chile, aislando e identificándose 56 cepas potencialmente nosocomiales, 28 Gram (+): Enterococcus faecium (25), Enterococcus faecalis (2), Staphylococcus intermedius (1); y 28 Gram (-): Enterobacter cloacae (13), Escherichia coli (10), Acinetobacter baumannii (2), Pseudomonas aeruginosa (2) y Pantoea agglomerans (1). Del total de cepas Gram (+) 82,1% presentaron resistencia a tres o más de los antimicrobianos probados, es decir resultaron ser multiresistentes. Los mayores niveles de resistencia se observaron frente al grupo de los β-lactámicos: oxacilina (89,3%) y ampicilina (57,1%); tetraciclinas: doxiciclina (71,4%) y tetraciclina (64,3%); y quinolonas enrofloxacino (67,9%) y ciprofloxacino (64,3%). Ninguna cepa de E. faecium fue resistente a vancomicina. Las cepas Gram (-) presentaron sólo un 32,1% de multiresistencia, destacando aquéllas frente a sulfa/trimetropim (46,4%) y ampicilina (42,9%). Por otra parte, el 39,3% de las cepas de este grupo fueron sensibles a todos los antimicrobianos probados. Se concluye que de manera similar a lo que ocurre en medicina humana, en los hospitales veterinarios también se presentan los problemas asociados a la existencia de bacterias nosocomiales. Es preocupante que 36/56 (64,3%) de las cepas potencialmente nosocomiales estudiadas mostraron multiresistencia que, en la práctica, implica un serio conflicto clínico al elegir la terapia antimicrobiana adecuada frente a las infecciones producidas por estos microorganismos Los resultados corresponden a la realidad de sólo dos hospitales veterinarios muestreados; sin embargo, es posible su extrapolación a una mayor escala, situación que hace recomendar la instauración de programas activos de vigilancia dedicados a seguir la evolución de estas infecciones

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / La aparición de la resistencia antimicrobiana por parte de bacterias zoonóticas es una preocupación actual en la salud pública. Salmonella enterica es un patógeno emergente que ha cobrado mayor importancia en este último tiempo y se desconoce su impacto en especies acuáticas. El objetivo de este estudio fue determinar fenotipos de resistencia a antibióticos en cepas de Salmonella enterica y su asociación con distintos hospederos en Chile. Se analizaron 111 cepas correspondientes 49 de aves acuáticas, 30 de aves comerciales y 32 humanas. Se utilizó el método de difusión en placa Kirby Bauer según las normas recomendadas por el Clinical Laboratory Standards Institute (2007) para determinar los fenotipos de resistencia. Los antibióticos utilizados fueron 10: enrofloxacino, amoxicilina - ácido clavulánico, cefotaxima, gentamicina, tetraciclina, sulfametazol - trimetoprim, ceftofiur, cefradina, ampicilina y cefradroxilo. Para analizar la asociación de los fenotipos de resistencia con su hospedero de origen se utilizó el programa Infostat versión 2010. Del total de cepas de S. enterica analizadas se encontraron 42 cepas resistentes en aves acuáticas, 16 en aves comerciales y 10 en humanos. Dentro de las cepas de aves acuáticas 33 demostraron resistencia al antimicrobiano tetraciclina. En el caso de aves comerciales y humanos los valores absolutos de resistencia no fueron significativos. En relación a la asociación de los fenotipos de resistencia con su hospedero de origen, se demostró en aves acuáticas en relación a 4 agentes antimicrobianos: Tetraciclina, amoxicilina + ácido clavulánico, ampicilina y gentamicina. De acuerdo al estudio realizado, se demuestra el efecto del uso de antimicrobianos en la fauna silvestre como es el caso de las aves acuáticas y de qué manera se ve desfavorecido el medio ambiente con los altos niveles de resistencia. Los resultados sugieren que las infecciones con Salmonella en aves acuáticas podría tener un gran impacto en la salud pública y animal. / Proyecto Fondecyt 11110398

Tesis para optar al Grado de Magíster en Ciencias Animales y Veterinarias mención Medicina Preventiva Animal. / Listeria monocytogenes es una bacteria ubicua, ampliamente distribuida en la naturaleza. Agente etiológico de la enfermedad llamada listeriosis, que puede transmitirse a tráves del consumo de alimentos contaminados o por el contacto directo con animales enfermos. La listeriosis presenta una alta tasa de letalidad en grupos susceptibles como mujeres embarazadas, niños y ancianos. En Chile, no existen antecedentes de resistencia antimicrobiana en aislamientos de Listeria monocytogenes obtenidos desde alimentos. Por lo anterior, es relevante analizar cepas aisladas desde esta matriz y casos clínicos, contemporáneos a los brotes ocurridos entre los años 2008 y 2009 en Chile. El objetivo de este trabajo fue caracterizar la resistencia antimicrobiana fenotípica en cepas de L. monocytogenes, analizar sus perfiles de resistencia y evaluar la posible asociación entre resistencia antimicrobiana, matriz alimentaria, origen y serotipo. Fueron analizadas 222 cepas de L. monocytogenes, 182 aisladas desde alimentos y 40, desde casos clínicos. Como screening, se utilizó la metodologia cualitativa de Kirby Bauer (KB) para evaluar la sensibilidad a distintos antibióticos, y luego la metodología cuantitativa, concentración inhibitoria mínima (CIM). Por ambas metodologías se analizaron 8 antimicrobianos: ciprofloxacino, gentamicina, sulfametoxazol-trimetoprim, eritromicina, cefalotina, ampicilina, penicilina-G y tetraciclina. Se obtuvieron 45 cepas resistentes que correspondieron al 20,3% del total de cepas analizadas. El tipo de resistencia más frecuente, fue a un sólo antimicrobiano, correspondiendo a un 58% de las cepas resistentes. El antimicrobiano que presentó mayor resistencia fue ciprofloxacino con un 51%. Se realizó un análisis multivariado de conglomerados mediante el cual se obtuvieron 5 grupos o cluster. El cluster que agrupó mayor número de cepas presentó un perfil de resistencia a: gentamicina, eritromicina, sulfametoxazol-trimetroprim, y se encontró asociación entre el fenotipo de resistencia antimicrobiana y la matriz alimentaria. Estos resultados contribuirán al conocimiento de resistencia antimicrobiana de L. monocytogenes en Chile, información fundamental a la hora de diseñar políticas públicas en cuanto a la prevención de la resistencia antimicrobiana. / Listeria monocytogenes is an ubiquitous bacteria widely distributed in nature, being the etiological agent of the listeriosis, which can be transmitted through consumption of contaminated food or by direct contact with sick animals. Listeriosis occurs with a high lethality rate in susceptible groups, such as pregnant women, children and the elderly. There are not previous reports of antimicrobial resistance in L. monocytogenes isolated from food in Chile. Therefore, is relevant to analyze strains obtained from these food types and isolates from contemporary clinical cases outbreaks reported in 2008 and 2009 in Chile. The aim of this study was to characterize the phenotypic antimicrobial resistance in L. monocytogenes strains, analyze their resistance profiles and evaluate the possible association between antimicrobial resistance and food types, origin of strains and serotype. Two hundred and twenty two L. monocytogenes strains were analyzed (182 obtained from food and 40 from clinical cases). Kirby Bauer (KB) test was used as qualitative screening, and minimum inhibitory concentration (MIC) as quantitative test to evaluate antimicrobial resistance. Eight antibiotics were tested: ciprofloxacin, gentamicin, trimethoprim/sulfamethoxazole, erythromycin, cephalothin, ampicillin, penicillin-G, tetracycline. Forty-five (20.3%) strains were resistant, and 58% of them were resistant to just one antibiotic, being these the most common resistance profile. The antibiotic associated with the highest resistance was ciprofloxacin (51% of resistant strains). A multivariate cluster analysis identified 5 clusters, the main cluster grouped strains resistant to gentamicin, erythromycin and trimethoprim/sulfamethoxazole. Association was found just between antimicrobial resistance and food types. Results of this study will contribute to the knowledge of antimicrobial resistance of L. monocytogenes in Chile, information that is needed for the development of public health policies to prevent antimicrobial resistance. / Financiamiento: Proyecto Fondecyt 11110200.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / Actualmente la importancia en salud pública de las bacterias del género Salmonella es ocasionada por el aumento de resistencia antimicrobiana que ha tenido en los últimos años, debido al inadecuado uso de antimicrobianos. La infección se asocia al consumo de alimentos contaminados, sin embargo, cobra importancia el rol de las aves silvestres como reservorios y agentes diseminadores de genes de resistencia a antimicrobianos en seres humanos y animales. A pesar de que la mayor cantidad de casos clínicos en seres humanos ocurren durante verano, pocos estudios reportan si existe estacionalidad en el aislamiento de cepas de Salmonella desde aves silvestres. El objetivo de esta Memoria fue determinar la existencia de variación estacional en la detección de cepas de S. enterica aisladas desde heces de Larus dominicanus de la Región de Valparaíso y caracterizar fenotípica y genotípicamente aquellas cepas con resistencia antimicrobiana. Se analizó un total de 608 muestras obtenidas mediante torulado de heces frescas tomadas directamente desde el ambiente. Las cepas aisladas fueron confirmadas mediantes la Reacción de la Polimerasa en Cadena (PCR) para el gen invA. Para determinar la asociación entre el aislamiento de cepas de Salmonella y la estación del año se utilizó el programa Infostat®. La determinación de fenotipos de resistencia se realizó mediante el método de difusión en placa (Kirby Bauer). Los perfiles genéticos fueron evaluados mediante un PCR para los genes: tet(A), tet(B), tet(G), blaPSE-1, blaTEM, blaCMY, aadB, aacC e integrones clase 1. Se aislaron 7 cepas de Salmonella que no fueron asociadas estadísticamente a la estación del año en que fueron obtenidas. Se encontró un total de 5 perfiles fenotípicos, y 2 perfiles genotípicos de resistencia antimicrobiana, siendo blaTEM el único gen encontrado en las cepas estudiadas. Aunque genotípicamente no coinciden los resultados, probablemente porque la resistencia encontrada a nivel fenotípico es codificada por otros genes no estudiados en esta Memoria, se evidencia el impacto que tienen las aves silvestres en la mantención y diseminación de bacterias resistentes a agentes antimicrobianos. / Nowadays, the importance in public health regarding the Salmonella genus bacteria is caused by the increase of the antimicrobial resistance in the last few years, given the injudicious use of antimicrobials. The infection is associated with the consumption of contaminated food, however, the role of wild birds takes an important place, for they behave as natural reservoirs and dissemination agents of resistance genes to antimicrobials in humans and animals. Despite that most of clinical cases in humans occur during the summer, little research has reported if there exists seasonality in the isolation of Salmonella strains from wild birds. The objective of this research was to determine the existence of seasonal variation in the detection of strains of S. enterica from faeces of Larus dominicanus in the Valparaíso Region, and, to characterise both phenotypically and genotypically those strains with antimicrobial resistance. A total of 608 fresh faecal samples were taken with swabs directly from the environment. The isolated strains were confirmed by the polymerase chain reaction (PCR) for the invA gene. To determine the association between the isolation of Salmonella strains and the season, the software Infostat® was used. The determination of resistance phenotypes was carried out by the agar diffusion test (Kirby Bauer). The genetic profiles were evaluated through PCR for the genes tet(A), tet(B), tet(G), blaPSE-1, blaTEM, blaCMY, aadB, aacC and class 1 integrons. Seven Salmonella strains were isolated, because they were not statistically associated with the season when they were taken. A total of 5 phenotypic profiles were found, as well as 2 genotypic profiles of antimicrobial resistance, being blaTEM the only gene found in the researched strains. Although the results do not match genotypically –probably perhaps the resistance found at a phenotypic level is codified by other genes which were not studied for this Project, the impact that wild birds have in the storage and spreading of bacteria resistant to antimicrobial agents is evident. / Financiamiento: Proyecto Fondecyt 11110398.

Memoria para optar al título de Ingeniero Civil en Biotecnología / La creciente tendencia por parte de bacterias patógenas de volverse resistentes a los antibióticos ha llevado al campo de la ciencia a una incansable búsqueda por nuevas moléculas capaces de acabar con estos microorganismos. Una tendencia ha sido buscar compuestos naturales desarrollados por bacterias de ambientes extremos. En esa búsqueda, científicos hallaron una cepa de Streptomyces en el Salar de Huasco, región de Tarapacá, Chile, con propiedades antibióticas y citotóxicas. Con el fin de poder comprender de mejor manera el metabolismo de esta cepa, se realizó un modelo metabólico in silico de tal cepa, denominada HST28, en base al genoma secuenciado de ésta. La primera fase fue determinar la filogenia de la cepa mediante comparación de rRNA 16S, lo cual reveló una cercanía del 97% con Streptomyces avermitilis. Posteriormente, usando la información disponible en la base de datos KEGG, se elaboró el modelo metabólico en base a la comparación entre HST28 y S. avermitilis mediante BLAST usando la extensión de Python COBRApy en Jupyter para armar metabolitos y reacciones. Se generó una serie de funciones destinadas a facilitar el trabajo de elaboración del modelo, junto con un protocolo para encontrar errores en el modelo terminado. El modelo final cuenta con 804 reacciones, 627 metabolitos y 594 genes, lo que constituye un modelo de tamaño promedio para este tipo de estructuras. El análisis al modelo determinó que el HST28 debería crecer mejor con sacarosa como fuente de carbono, y amonio como fuente de nitrógeno. Las tasas de crecimiento en medios mínimos fueron altas en comparación a otros Streptomyces. Finalmente, queda destacar que el procedimiento para generar y curar el modelo tiene la potencialidad de ser útil en otras investigaciones que impliquen el desarrollo de un modelo metabólico.

Memoria para optar al Titulo Profesional de Médico Veterinario / La microbiota intestinal corresponde a las poblaciones bacterianas que habitan en el sistema gastrointestinal de los animales y humanos, esta participa directamente en la estimulación del sistema inmune, en la síntesis de vitaminas y en la inhibición de poblaciones bacterianas nocivas para el huésped. En la producción avícola destaca el uso de variados antimicrobianos para el tratamiento de diversas enfermedades infecciosas, el efecto de estos antimicrobianos sobre la microbiota intestinal en términos de resistencia y variaciones poblacionales ha sido escasamente estudiado en aves de postura. Por esto es que el objetivo del presente trabajo fue estudiar la variación de poblaciones intestinales de Escherichia coli, Enterococcus spp. y Lactobacillus spp. en aves de postura expuestas a un tratamiento con enrofloxacino y además medir la variación en los niveles de resistencia bacteriana en las poblaciones de E. coli y Enterococcus spp. en su rol de bacterias indicadoras de resistencia. Se utilizaron 30 gallinas ponedoras raza leghorn las cuales fueron separadas en un grupo tratado (n=15) y control (n=15), el grupo tratado recibió enrofloxacino 5% por vía oral y el grupo control un placebo (agua destilada) durante 10 días. A los 3, 7 y 15 días posteriores al tratamiento se obtuvieron muestras de contenido intestinal a partir de íleon y ciego de los animales, las cuales se sembraron y cultivaron en los diferentes medios de cultivo para el posterior conteo de colonias intestinales. A partir de estas muestras se aislaron 99 cepas de E. coli y 90 cepas de Enterococcus spp. para el análisis de la variación en los niveles de resistencia frente a amoxicilina, cefotaxima, enrofloxacino, ácido nalidíxico, estreptomicina, oxitetraciclina y sulfametoxazol + trimetoprim para E. coli; y frente a amoxicilina, enrofloxacino, eritromicina y oxitetraciclina para Enterococcus spp. En el caso del conteo de colonias bacterianas solo se encontraron diferencias significativas posteriores al tratamiento en las colonias de Lactobacillus spp. En el caso de los niveles de resistencia posteriores al tratamiento con enrofloxacino para las cepas de E. coli, estos aumentaron respecto del grupo control frente a amoxicilina, enrofloxacino, ác nalidíxico, estreptomicina y sulfametoxazol + trimetoprim. En el caso de las cepas de Enterococcus spp. la resistencia se incrementó solo en el caso de enrofloxacino, mientras que para eritromicina y oxitetraciclina disminuyeron respecto al control. De acuerdo a estos resultados se puede concluir que la utilización de antimicrobianos afecta directamente a la microbiota intestinal tanto en términos de variación en las poblaciones bacterianas como también en relación a los niveles de resistencia antimicrobiana de estas mismas