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Avaliação de estratégias de seleção em programa de melhoramento genético de suínos por meio de simulação de dados / Evaluation of strategies of selection in breeding program of swine through data simulation

Lopes, Jader Silva 21 February 2017 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The objective of this study was to evaluate, through simulation of data, different selection strategies adopted in a breeding program of swine and their impacts on levels of inbreeding and genetic gains. In addition to specifically estimating the impact of restrictions on the maximum number of sons and daughters by male or female and the impact of rates and productive losses on levels of inbreeding and genetic gain. Data from real populations A, composed of Pietrain pigs, and B, by Landrace pigs, used in this study, came from two genetic lines located on farms in the west of the Santa Catarina state. To generate the simulated populations, a Fortran language simulator was used in which the information of the real populations was used: two main input files, one containing the pedigree of the last 10 years, with 21,906 animals in population A and 251,343 animals in population B, And another one containing the estimated breeding values for age, backfat and feed conversion, all adjusted to 110 kg of live weight, for both populations, as well as depth of the longissimus dorsi muscle adjusted for 110 kg of live weight - only for population A, and number of live piglets at the 5th day of life, per farrowing, only for population B, of the selected animals in 2014 (Generation 0). In addition to the (co)variances of estimated breeding values, rates and productive and reproductive averages, number of mating and number of animals selected per generation. In each article, three scenarios were simulated: in article 1 the scenarios varied in the restrictions on the number of full siblings and half-siblings selected, for males and females, already in article 2 the variations in the scenarios were in the mortality rate in the lactation and farrowing rate. Ten generations were simulated, with 30 repetitions each generation and scenario. The results of the simulation of data in a breeding program of swine allow to conclude that: there is an increase in the inbreeding levels in a closed nucleus independent of the selection strategy used; the rate of inbreeding are larger in populations of smaller effective size; restrictions on the number of full siblings and half-siblings selected are efficient to reduce the rates of inbreeding, with the restriction of a maximum of two full-siblings and three half-siblings for males and three full-siblings for females, for having obtained the highest genetic gains, is indicated as a selection strategy to be adopted in these populations; there is an increase in the levels of consanguinity in a closed nucleus with an increase in productive and reproductive losses; the productive and reproductive losses reduce the variances of the estimated breeding values and, mainly, the intensities of selection, reducing the genetic gains; actions that maximize farrowing rates are preponderant to those that minimize mortality rates in the lactation, since the reduction in simulated farrowing rate has resulted in greater losses in genetic gains. / O objetivo deste estudo foi avaliar, através de simulação de dados, diferentes estratégias de seleção adotadas em programa de melhoramento genético de suínos e seus impactos nos níveis de consanguinidade e ganhos genéticos. Além de, especificamente, estimar o impacto de restrições no número máximo de filhos e filhas por macho ou fêmea e o impacto de taxas e perdas produtivas nos níveis de consanguinidade do plantel e no ganho genético. Os dados das populações reais A, composta por suínos da raça Pietrain, e B, por suínos da raça Landrace, utilizados neste estudo, foram provenientes de duas linhagens localizadas em granjas no oeste do estado de Santa Catarina. Para gerar as populações simuladas foi desenvolvido um simulador em linguagem Fortran no qual utilizou-se as informações das populações reais: dois arquivos de dados iniciais, um contendo o pedigree dos últimos 10 anos, sendo 21.906 animais na população A e 251.343 animais na população B, e outro contendo os valores genéticos para idade, espessura de toucinho e conversão alimentar, todos ajustados para 110 kg de peso vivo, para ambas as populações, além de profundidade do músculo longissimus dorsi ajustada para 110 kg de peso vivo – somente para a população A e número de leitões vivos ao 5º dia de vida, por parto, somente para a população B, dos animais selecionados em 2014 (Geração 0), além das (co)variâncias dos valores genéticos, as taxas e médias produtivas e reprodutivas, restrições de número de coberturas e número de animais selecionados por geração. Em cada artigo foram simulados três cenários: no artigo 1 os cenários variaram nas restrições no número de irmãos completos e meios-irmãos selecionados, para machos e fêmeas, já no artigo 2 as variações nos cenários foram na taxa de mortalidade na lactação e taxa de parto. Foram simuladas dez gerações, com 30 repetições cada geração e cenário. Os resultados da simulação de dados em programa de melhoramento genético de suínos permitem concluir que: há incremento dos níveis de consanguinidade em núcleo de produção fechado independente da estratégia utilizada; os incrementos de consanguinidade são maiores em populações de tamanho efetivo menor; restrições no número de irmãos completos e meios-irmãos selecionados são eficientes para reduzir os incrementos de consanguinidade, sendo que a restrição de, no máximo, dois irmãos-completos e três meios-irmãos, para machos, e três irmãs-completas, para fêmeas, por ter obtido os maiores ganhos genéticos, é indicado como estratégia de seleção a ser adotada nestas populações; há incremento dos níveis de consanguinidade em núcleo de produção fechado com o aumento das perdas produtivas e reprodutivas; as perdas produtivas e reprodutivas reduzem as variâncias dos valores genéticos e, principalmente, as intensidades de seleção, reduzindo os ganhos genéticos; ações que maximizem as taxas de parição são preponderantes àquelas que minimizem as taxas de mortalidade na lactação, tendo em vista que a redução na taxa de parição simulada, resultou em maiores perdas nos ganhos genéticos.
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Desempenho reprodutivo com inseminação artificial em suínos com doses homospérmicas e heterospérmicas / Reproductive performance with homospermic and heterospermic artificial insemination in swine

SÁVIO, Daniel Borges 15 December 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2014-08-20T14:37:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_daniel_savio.pdf: 201214 bytes, checksum: f8921438dab6324aed14b7b44d06de38 (MD5) Previous issue date: 2011-12-15 / The use of artificial insemination (AI) with heterospermic doses (Het) in swine may benefit reproductive performance by diluting individual differences among boars. However, such practice may also mask the true reproductive potential of some individuals, which can be measured through homospermic AI (Hom). This study evaluated boar reproductive performance after AI with Hom and Het doses. Ejaculates were collected from 4 boars and combined in 10 treatments: 4 with Hom doses (boars A, B, C and D) and 6 with Het doses (AB, AC, AD, BC, BD and CD) all having concentration of 3 billion spermatozoa in 80 mL doses with equal contribution of each boar. The in vitro analyses of sperm quality were: sperm membrane, DNA and acrossome integrity; mitochondrial functionality; and in vitro oocyte penetration. Thereafter, 511 females having parities from 1 to 6 were inseminated and the farrowing rate (FR) and total litter size (TB) were recorded. Both FR (Hom = 90.5% and Hem = 89.9%), and TB (Hom = 12.4 ± 0.4 and Het = 12.7 ± 0.7) did not differ (P>0,05). Some differences were observed among treatments, such as: the maximum FR (98.0%) for treatment AC and the minimum (87.0) for boar B; and a difference of two piglets among the maximum (for the CD treatment) and the minimum observed value (for the AC treatment). The only difference observed on the in vitro evaluations (P<0.05), occurred for the in vitro oocyte penetration by sperm from boars B (56.4%) and C (29.0%). No differences were detected in reproductive performance after AI using homospermic and heterospemic doses. / A utilização de inseminação artificial (IA) com doses heterospérmicas (Het) pode ser benéfica para a suinocultura, por diluir deficiências individuais entre o desempenho reprodutivo de machos. No entanto, esta prática pode mascarar o potencial reprodutivo de outros reprodutores, o que poderia ser avaliado com o uso de inseminação artificial com doses homospérmicas (Hom). Este trabalho avaliou o desempenho reprodutivo de machos suínos após IA com doses Hom e Het. Ejaculados colhidos de 4 machos foram combinados em 10 tratamentos: 4 com doses Hom (machos A, B, C e D) e 6 com doses Het (AB, AC, AD, BC, BD, e CD), todos com concentração de 3 bilhões de espermatozóides em doses de 80 mL, com contribuição igual de cada macho. Realizaram-se testes para analise de integridade da membrana, do DNA espermático e do acrossoma, da funcionalidade da mitocôndria e da penetração ovocitária in vitro. Foram inseminadas 511 fêmeas de ordem de parto de 1 a 6. A taxa de parição (TP) e o número total de leitões nascidos por parto (TN) foram registrados. Tanto a TP (Hom = 90,5% e Het = 89,9%), quanto o TN (Hom = 12,4 ± 0,4 e Het = 12,7 ± 0,7), não diferiram (P>0,05). Foram observadas algumas diferenças entre os tratamentos, como a TP máxima ocorrendo para o tratamento AC (98.0%) e uma TP mínima de 87.0% para o macho B (P<0.05). Quanto ao TN, uma diferença de 2,0 leitões foi observada entre o valor máximo (tratamento CD) e o mínimo (tratamento AC). Quanto às avaliações in vitro, foram observadas diferenças apenas quanto ao teste de penetração in vitro (P<0,05), entre os machos B (56,4%) e C (29,2%). Não foram detectadas diferenças no desempenho reprodutivo com IA com doses homo e heterospérmicas.
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Eficiência reprodutiva com inseminação artificial intra-cervical e pós-cervical, em fêmeas suínas, associada à concentração espermática e perfil estral / Reproductive efficiency with intra-cervical and post-cervical artificial insemination in female swine associated with spermatozoa concentration and estrus profile

Serret, Carolina Gonçalves 31 March 2005 (has links)
Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_carolina_goncalves_serret.pdf: 168487 bytes, checksum: 39c57bfb4f44c9b01a747705b7e0e4a1 (MD5) Previous issue date: 2005-03-31 / Artificial insemination (AI) is a technique intensively used in the swine farms nowadays, due to its benefits related to genetic improvement and health status, allowing the industry to market high-quality healthy products. The post-cervical AI (PCAI) allows the deposition of semen in the uterine body, using 1 x 10 9 spermatozoa dose. Thus, with PCAI the fertility of one particular boar can influence the reproductive performance of a much higher number of females than in ICAI-based systems. The objective of this study was to compare the subsequent reproductive performance of swine breeding females submitted to either intra-cervical artificial insemination (ICAI) with sperm concentrations of 3.5 x 10 9 spermatozoa per dose or post-cervical artificial insemination (PCAI) with 2, 1, or 0.5 x 10 9 spermatozoa per dose. The study was conducted in a commercial farm including 338 F1 females. Among them, 232 were first inseminated 12 h after estrus detection, receiving the subsequent doses after 12 h intervals, whereas 106 were inseminated right after ovulation diagnosis through real-time ultrasound. Conception and farrowing (FR) rates for ICAI (98.9% e 97.9%, respectively) did not differ (P < 0,001) from those observed for PCAI (87.1% e 84.3%, respectively). Total litter size did not differ across treatments (P = 0.09). Although TP did not differ (P = 0,40) for different parities, total litter size for primiparous females (9.1 ± 0.4) was lower (P = 0,0004) than for parity-2 and -3 females (11.5 ± 0.5 e 11.5 ± 0.2, respectively). There was a significant effect of an interaction between treatment and parity on total litter size (P < 0.05), generally characterized by the occurrence of lower litter sizes for PCAI in primiparous females than for other treatment by parity combinations. In conclusion, reproductive performance for PCAI and ICAI were similar with sperm concentrations up to 1 x 10 9 spermatozoa per dose. / A inseminação artificial (IA) é uma biotécnica reprodutiva que vem sendo intensamente utilizada na suinocultura, em função dos benefícios genéticos e sanitários, permitindo que as agroindústrias coloquem no mercado produtos saudáveis e de qualidade. A técnica de IA pós-cervical (IAPC) possibilita a deposição do sêmen no corpo do útero, utilizando doses inseminantes com de 1 x 10 9 espermatozóides/dose. Portanto, com a IAPC, a fertilidade do reprodutor utilizado como doador de sêmen, passa a influenciar o desempenho reprodutivo de um número três vezes maior de fêmeas, quando comparado a IA convencional. Este estudo teve como objetivo comparar o desempenho reprodutivo de fêmeas suínas submetidas a IAIC, com dose inseminante convencional com a IAPC com 3 diferentes concentrações (2; 1; e 0,5 x 10 9 espermatozóides/ dose). O estudo incluiu 338 fêmeas F1, sendo que, 232 fêmeas receberam a primeira dose inseminante 12 h após a detecção de cio e as doses subseqüentes em intervalos de 12 h, enquanto 106 fêmeas foram inseminadas imediatamente após a ovulação, confirmada por ultra-sonografia em tempo real. Taxas de concepção e parição (TPAR) para a IAIC (98,9% e 97,9%, respectivamente), foram maiores (P < 0,001) às observadas para a IAPC (87,1% e 84,3%, respectivamente). Tanto para taxa de concepção como TPAR, os índices observados para o T8 foram numericamente inferiores aos demais tratamentos, porém sem diferença significativa ( P > 0,05). O total de leitões nascidos por parto não diferiu entre os tratamentos (P = 0,09). Para as fêmeas com 1, 2 , 3 ou mais partos, a TPAR foi igual a 90,2%, 82,7% e 88,9% (P = 0,40). No entanto, o total de leitões nascidos foi influenciado pela ordem de parto (OP) das matrizes, sendo inferior (P = 0,0004) para fêmeas primíparas (9,1 ± 0,4) do que para fêmeas com 2 e 3 ou mais partos (11,5 ± 0,5 e 11,5 ± 0,2, respectivamente). Também houve interação entre o efeito dos tratamentos e a OP com relação ao tamanho de leitegada, pois a resposta foi inferior (P < 0,05) em fêmeas primíparas em alguns dos tratamentos com IAPC. Com isso, podemos concluir que o método de IAPC, em condições de rotina em uma granja comercial, atingiu índices de desempenho reprodutivo semelhantes quando comparado com o IAIC, com doses de até 1 x 10 9 espermatozóides.

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