Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2017. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2017-07-13T16:07:40Z No. of bitstreams: 1 2017_KaianAmorimTeles.pdf: 9165310 bytes, checksum: 0f2627fbc50890dca9c01374109f19e7 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-08-28T20:52:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_KaianAmorimTeles.pdf: 9165310 bytes, checksum: 0f2627fbc50890dca9c01374109f19e7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-28T20:52:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_KaianAmorimTeles.pdf: 9165310 bytes, checksum: 0f2627fbc50890dca9c01374109f19e7 (MD5) Previous issue date: 2017-08-28 / A cromatina é uma estrutura fundamental para a fisiologia celular e pode ser regulada através de uma variedade de pequenas moléculas e proteínas que, em sua maioria, atuam em nível nucleossomal. A competição entre diferentes Proteínas Ligantes de Nucleossomo (NBPs) ajudam a definir o estado final da cromatina. Embora toda a superfície do nucleossomo seja alvo de diferentes NBPs, uma região conhecida como patch acídico é o alvo preferêncial dessas moléculas. A fim de compreender como o impacto que NBPs tem sob o nucleossomo o ensaio de thermal shift foi feito para desvendar como diferentes NBPs afetam a estabilidade desse complexo. Foram utilizadas peptídeos baseados nas NBPs identificadas que se ligam aos nucleossomos conhecidos como Nucleosome Biding Molecules (NBMs). Foi observado que diferentes sítios de ligação que NBMs fazem com o patch acídico induzem diferentes desfechos na desnaturação do nucleossomo. Assim, foi possível criar um mapa das regiões vitais da superfície do nucleossomo responsável pela estabilidade do complexo utilizando os dados estruturais (PDB) do nucleossomo:NBPs, que futuramente pode será utilizado para o desenho racional de fármacos. / The chromatin is a fundamental structure for the cell physiology. It can be regulated trough a variety of small molecules and proteins, most of which acting at a nucleosomal level. The competition among Nucleosome Binding Proteins (NBPs) binding help to define the final chromatin architecture. Although the entire nucleosome surface has been explored by several NBPs, a region known as the acidic patch is at the preferable target. In order to understand how the NBPs impact the nucleosome, thermal shift assay was conducted to understand how different NBPs influence over the stability fo the complex. We used peptides based on the structure of NBPs known as Nucleosome Biding Molecules (NBMs). We were able to identify biding sites that NBMs interact with the acidic patch and induce several denaturation outcomes of the nucleosome. Herein it was possible to create a map of the vital regions of the surface of the nucleosome responsable for the stability of the complex, using structural data (PDB) of the nucleosome:NBPs, that in the future can be used in rational drug design.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas, 2016. / Submitted by Camila Duarte (camiladias@bce.unb.br) on 2016-09-12T19:56:50Z No. of bitstreams: 1 2016_ViníciusAlvesFernandes.pdf: 4594049 bytes, checksum: 48f78b5328fa30fbeae24f268a04373c (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-09-20T21:41:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_ViníciusAlvesFernandes.pdf: 4594049 bytes, checksum: 48f78b5328fa30fbeae24f268a04373c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-20T21:41:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_ViníciusAlvesFernandes.pdf: 4594049 bytes, checksum: 48f78b5328fa30fbeae24f268a04373c (MD5) / A cromatina é essencial para manutenção da fisiologia celular por desempenhar papel-chave na regulação da transcrição, reparo e replicação do DNA. Para tanto, esta deve ser altamente dinâmica, permitindo alterações entre estados compactados e relaxados. O primeiro nível de compactação da cromatina é o nucleossomo, formado pelo DNA e um octâmero de histonas. Moléculas que se ligam ao nucleossomo tem potencial para modular a cromatina. Diversas evidências apontam para o colesterol, lipídio importante para o funcionamento basal das células, como uma molécula ligante de cromatina. Recentemente, foi demonstrado que o colesterol pode modular a estrutura das fibras de cromatina reconstituídas in vitro. Juntos, estes dados sugerem que o colesterol possui um efeito modulador da arquitetura da cromatina por se ligar diretamente ao nucleossomo. Entretanto, os detalhes moleculares da ação do colesterol sobre a estrutura da cromatina ainda não foram esclarecidos. O objetivo deste estudo foi investigar, in silico, a ligação do colesterol ao nucleossomo e observar seu impacto ao nível atômico. Logo, metodologias capazes de tratar interações moleculares com resolução atomística são fundamentais, como a dinâmica molecular (DM) e docking molecular. Aqui identificamos vários sítios de ligação do colesterol distribuídos pelo nucleossomo. Após 200 ns de DM, seis moléculas de colesterol amostradas permaneceram ligadas ao nucleossomo. Para cada sítio investigado, a energia livre de ligação, estimada pelo método LIE (Linear Interactions Energy), indica o favorecimento do complexo entre o colesterol e o nucleossomo. Foi observado um impacto nas flutuações atômicas de vários aminoácidos formadores dos sítios de ligação. Dentre estes, alguns são conhecidamente importantes para modulação da estrutura da cromatina. Além disso, houve redução significativa do número de moléculas de água nas interfaces de interação colesterol-nucleossomo, especialmente em regiões hidrofóbicas essenciais para a manutenção estrutural do nucleossomo. Esses resultados sugerem que o colesterol pode afetar a arquitetura da cromatina através da interação direta com o nucleossomo nos múltiplos sítios de ligação. _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Chromatin is essential for maintenance of cell physiology playing a key role in transcription regulation, DNA repair and replication. Therefore, it must be highly dynamic, allowing changes between compacted and relaxed states. The first level of chromatin compaction is the nucleosome, formed by DNA and histone octamer. Molecules that bind to the nucleosome have the potential to modulate chromatin. Several evidences indicate that cholesterol, important lipid for cell function, may bind to chromatin. Recently, it was demonstrated that in vitro cholesterol may modulate the structure of reconstituted chromatin fibers. Together, these data suggest that cholesterol may modulate chromatin architecture by direct binding to the nucleosome. However, the molecular details of cholesterol’s action on chromatin structure remain unclear. The aim of this study was an in silico investigation of the cholesterol binding to the nucleosome and its impact at the atomic level. Therefore, methodologies capable of handling molecular interactions with atomistic resolution are critical, such as molecular dynamics (MD) and molecular docking. Here, we identified several cholesterol binding sites distributed over the nucleosome. After 200 ns of MD, six sampled cholesterol molecules remained bound to the nucleosome. For every site, the estimated absolute free energies obtained by the LIE method, favour cholesterol binding thus explaining the stability of the molecular complex. Cholesterol impacts the atomic fluctuations of several amino acids forming the binding sites. Among these, some are well-known to modulate the chromatin structure. Furthermore, a significant reduction in the number of water molecules in cholesterol-nucleosome interfaces was observed, especially at key hydrophobic regions for nucleosome structural maintenance. These results suggest that cholesterol may affect the chromatin's architecture via direct interaction with the nucleosome through multiple binding sites.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-10-10T17:49:38Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 971689 bytes, checksum: b8481fed35051aa8e4779320d434fbc2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-10T17:49:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 971689 bytes, checksum: b8481fed35051aa8e4779320d434fbc2 (MD5) Previous issue date: 2001-12-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Foram analisadas mitocôndrias isoladas de hipocótilos de soja, coleóptiles de milho, raízes de beterraba e tubérculos de batata, no sentido de comparar ultraestruralmente mitocôndrias que apresentam transportador de Ca 2+ (soja e milho) com outras que são incapazes de acumular este cátion (beterraba e batata). As mitocôndrias foram analisadas quanto à sua atividade respiratória, grau de acoplamento, consumo de Ca 2+ e aspectos de sua ultraestrutura. A análise ultraestrutural evidenciou o alto grau de purificação das mitocôndrias isoladas, com membranas íntegras, em sua maioria, variando do estado ortodoxo, para o estado condensado, em consequência da adição de ADP ao meio de reação e retorno ao estado ortodoxo inicial, após a fosforilação de todo o ADP adicionado. Na matriz, finamente granulosa, foram observados grânulos esféricos e uniformes, presentes em todos os tipos de mitocôndrias, independente de serem capazes de captar Ca 2+ ou não. Não foram observadas alterações nesse tipo de granulação quando as mitocôndrias de soja e de milho encontravam-se em atividade de captação de Ca 2+ . Entretanto, ao contrário das mitocôndrias isoladas de beterraba, as mitocôndrias de soja e de milho passaram para a conformação condensada, enquanto captavam Ca 2+ do meio de reação. / Mitochondria isolated from soybean hypocotyls, maize coleoptiles, sugarbeet roots and potato tubers were searched by considering a group able in capturing Ca 2+ (soybean and maize) and another one unable in that activity (sugarbeet and potato). Mitochondria were evaluated in relation to respiratory activity, coupling degree, Ca 2+ uptake and ultrastructural profile. The electron microscopy showed a high degree of purification, and little contamination with other organelles, such as peroxisomes and proplastids. Mostly, the isolated mitochondria showed complete membranes, varying from the orthodox to the condensed state, as a response to ADP additions. In all types of mitochondria, uniform and spherical granules were present in their matrix, independently on their ability to capture Ca 2+ . Only mitochondria from soybean and maize changed from orthodox to condensed state while performing Ca 2+ uptake, without exhibiting alterations in the granulation pattern. / Dissertação importada do Alexandria

Submitted by Cristhiane Guerra (cristhiane.guerra@gmail.com) on 2017-01-26T13:46:12Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2351125 bytes, checksum: 8c803897c206bd195b74d9a1414c0a1a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-26T13:46:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2351125 bytes, checksum: 8c803897c206bd195b74d9a1414c0a1a (MD5) Previous issue date: 2016-04-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Microalgae have been the focus of great interest for the biofuels production due to its enormous capacity to produce biomass, and because many species produce fatty acids in amounts many times the various oleaginous plants. Many microalgae also act as efficient bioremediators domestic and industrial residues, so integrated cultivation of promising microalgae for biofuels coupled to wastewater treatment systems can provide several benefits including cost reductions in effluents treatment and biomass microalgal production, cheapening the culture, promoting nutrient removal and minimizing environmental impacts. This research aimed to evaluate the effectiveness of regional microalgae act in the bioremediation of three types of effluents: biodiesel washing water, shrimp wastewater and agricultural drainage water using potentially promising species for the production of biodiesel that can grow in these effluents as a culture medium . Were used 12 isolated species of microalgae various aquatic environments in northeastern Brazil with 11 freshwater and 1 marine. The selection of species was made considering those which produce substantial amounts of fatty acids, with some even superior to soy. The experiments were performed in chambre culture (25 ± 1 ° C, photoperiod of 12h) in balloons 6L capacity with continuous aeration. The growth of the species under the conditions tested was accompanied by cell counts and measurement of fluorescence in vivo and the physiological responses by flow cytometry. In the effluent were determined NO3, NO2, PO4, pH, COD, turbidity, electrical conductivity and total solids using analytical procedures and/or multiparameter probe. In biodiesel washing water 11 species were tested, only two of which showed good growth. Of these, Monoraphidium contortum was selected for the bioremediation tests due to its higher capacity for growth and be the second species with a higher content of fatty acids. It was found that the species reduces the concentration of NO3, PO4, and COD in percentages of 25.8%, 7.2% and 31.2%, respectively. In shrimp farming water the genus Amphora sp. it showed considerable growth, but lower than the control, but with higher production lipids. Removal PO4, NO3 and NO2 in this species in this effluent was 73.357%, 72.572% and 66.667%, respectively. In agricultural drainage water were tested of which 11 species. Monoraphidium contortum was selected for the bioremediation test and biomass production and yield of the final number of cells in this experimental condition were lower than the control. In this kind effluent removed approximately 73% and 100% for respectively NO3 and PO4. Comparisons of physiological responses showed cell concentrations, florescence chlorophyll and activity of higher esterase in control and increased production of lipids in the drainage water The data show it is possible to use these effluents in the cultivation of microalgae important for biodiesel production with effective reduction of nutrients present in wastewater and that, depending on the species, the effluent may offer favorable conditions for increased production of lipids. However, microalgal cultures in these effluents can be double interest: to minimize environmental impact and producing microalgal biomass that can be used to produce biodiesel, or other byproducts of interest to the biotechnology, thereby reducing production costs in mass culture. / As microalgas têm sido foco de grande interesse para a produção de biocombustíveis devido a sua enorme capacidade de produzir biomassa, e pelo fato de muitas espécies produzirem ácidos graxos em quantidades muitas vezes superiores à várias oleaginosas. Muitas microalgas também atuam como eficientes biorremediadores de resíduos domésticos e agroindustriais, de maneira que sistemas integrados de cultivo de microalgas promissoras para a produção de biocombustíveis acoplados ao tratamento de efluentes podem apresentar vários benefícios incluindo redução de custos no tratamento de águas residuais e produção de biomassa microalgal, barateando os cultivos, promovendo remoção de nutrientes e minimizando impactos ambientais. Esta pesquisa visou avaliar a efetividade de microalgas regionais atuarem na biorremediação de três tipos de efluentes: água de lavagem de biodiesel, efluente de carcinicultura e água de drenagem agrícola, utilizando espécies potencialmente promissoras à produção de biodiesel que podem crescer nesses efluentes como meio de cultura. Foram utilizadas 12 espécies de microalgas isoladas de vários ambientes aquáticos do Nordeste do Brasil sendo 11 dulcícolas e uma marinha. A seleção das espécies foi feita considerando-se aquelas que produzem substanciais quantidades de ácidos graxos, com algumas inclusive superiores à soja. Os experimentos foram realizados em câmara de cultura climatizada (25 ± 1 ºC, fotoperíodo de 12h) em balões de 6L de capacidade com aeração contínua. O crescimento das espécies nas condições testadas foi acompanhado por contagens celular e medidas da fluorescência in vivo e as respostas fisiológicas por citometria de fluxo. Nos efluentes foram determinados os teores de NO3, NO2, PO4, pH, DQO, turbidez, condutividade elétrica e sólidos totais usando procedimentos analíticos e/ou sonda multiparâmetros. Em água de lavagem de biodiesel foram testadas 11 espécies, das quais apenas duas apresentaram bom crescimento. Destas, Monoraphidium contortum foi selecionada para os testes de biorremediação por apresentar maior capacidade de crescimento e ser a segunda espécie com maior teor de ácidos graxos. Constatou-se que esta espécie reduz as concentrações de NO3, PO4, e DQO nas porcentagens de 25,8%, 7,2% e 31,2%, respectivamente. Em água de carcinicultura o gênero Amphora sp. mostrou crescimento considerável, porém inferior ao controle com produção de lipídeos superior. A remoção de PO4, NO3 e NO2 por esta espécie nesse efluente foi de 73,357%, 72,572% e 66,667%, respectivamente. Em água de drenagem agrícola foram testadas 11 espécies das quais M. contortum foi selecionada para o ensaio de biorremediação e sua produção de biomassa e o rendimento final em número de células nesta condição experimental foram inferiores ao controle. Neste efluente essa espécie removeu aproximadamente 73% de NO3 e 100% de PO4. As comparações das respostas fisiológicas demonstraram concentrações celulares, florescência da clorofila e atividade da esterase mais elevadas no controle e maior produção de lipídeos no efluente. Os dados mostram ser possível a utilização desses efluentes no cultivo de microalgas importantes à produção de biodiesel com reduções efetivas dos nutrientes presentes na água residual e que, dependendo da espécie, os efluentes podem oferecer condições favoráveis a uma maior produção de lipídeos. Contudo, os cultivos de microalgas nesses efluentes podem ter duplo interesse: minimizar impactos ambientais e produzir biomassa microalgal que pode ser usada para produção de biodiesel ou outros coprodutos de interesse à biotecnologia, reduzindo assim os custos de produção em cultivos em massa.