Pera Mutis is a endemic genus of Neotropics, with about 30 species, occurring in Cuba, Central America to southem Brazil. Major concentration of species is on Amazon. This genus has not been subject of a modem revision, and the revision works, are laged, with keys and descriptions difficult to follow. Also have doubts with the correct position on Euphorbiaceae. In this way the objective of this work is to know what species of Pera occur in Amazon, where the species occur, update the specimes identification on herbarium visited, illustrating the amazonian species and makes descriptions and keys. For that it was consulted herbarium of Embrapa Amazônia Oriental (IAN), Instituto de Pesquisa da Amazônia (INPA), Jardim Botânico do Rio de Janeiro (RB), Museu Nacional do Rio de Janeiro (R), Museu Paraense Emílio Goeldi (MG), Universidade de Brasília (UNB), Universidade Federal do Mato Grosso (UFMT). The species of Pera can be dioecious trees or shrubs, rarely monoecious, leaves simple, alternate and exceptionally opposite, with flowers in axillary pseudants, always protected by a involucral bract, and sometimes are confused with a flower-buds. In the Brazilian Amazon ocurr 13 species, which are: P barbinervis (Mart. ex Kl.) Pax et Hoff., P. bicolor (Klotzsch) Müll. Arg., P. benensis Ruby, P. coccinea (Benth.) Müll. Arg., P. distichophylla (Mart.) BailL, P. glabrata (Schott.) BailL, P. heteranthera (Schranck) I. Johnst M., P. membranacea Leal, P. decipiens Müll. Arg., P. lomenlosa (Benth.) Müll. Arg., P. pulchrifolia Ducke, Pera sp. I and Pera sp. II. Three of these are new records from Amazon. Have been excluded 4 taxon that were believed to occur in Brazilian Amazon: P. citriodora BailL, P. heterodoxa Müll. Arg., Pera arbórea Mutis and Pera incisa Leal. And have a proposal of sinonization of Pera fruíescens Leal and P. heteranthera. / O gênero Pera Mutis é endêmico do neotrópico, com aproximadamente 30 espécies, ocorrendo em Cuba, América Central até o sul do Brasil. Sendo que a maior concentração de espécies está na Amazônia. Esse gênero ainda não foi objeto de uma revisão moderna, e os trabalhos de carater revisional encontram-se defasados e com chaves e descrições difíceis de serem seguidas. Além disso apresenta grandes duvidas sobre a sua correta posição taxonômica na familia Euphorbiaceae. Diante disso objetivou-se saber quais são as espécies de Pera que ocorrem na Amazônia, onde as espécies ocorrem, atualizar as identificações nos herbários estudados, ilustrar o material, elaborar descrições e chaves. Para isso consultou os herbários da Embrapa Amazônia Oriental (IAN), Instituto de Pesquisa da Amazônia (INPA), Jardim Botânico do Rio de Janeiro (RB), Museu Nacional do Rio de Janeiro (R), Museu Paraense Emílio Goeldi (MG), Universidade de Brasília (UNB), Universidade Federal do Mato Grosso (UFMT). A espécies de Pera podem ser árvores ou arbustos dióicos, raramente monóicos, de folhas simples, alternas e excepcionalmente opostas, com inflorescências em pseudantos axilares, sempre protegidas por uma bráctea globosas, e as vezes são confundidas com um botão floral. Na Amazônia Brasileira existem 13 espécies, sendo elas: P. barbinervis (Mart. ex Kl.) Pax et Hoff., P. bicolor (Klotzsch) Müll. Arg., P. benensis Ruby, P. coccinea (Benth.) Müll. Arg., P. distichophylla (Mart.) Baill., P. glabrata (Schott.) Baill., P. beteranthera (Schranck) LM. Johnst, P. membranacea Leal, P. decipiens Müll. Arg., P. lomenlosa (Benth.) Müll. Arg., P. pulchrifolia Ducke, Pera sp. I, Pera sp. II. Destas 13 espécies 3 são novas ocorrências para o Pará. Foram excluídos taxon que acreditava-se ocorrer na amazônia brasileira, a saber: P. citriodora Baill., P. heterodoxa Müll. Arg., Pera arbórea Mutis e Pera incisa Leal. É proposta uma sinonimização de Pera fruíescens Leal como P. heteranthera.

A Amazônia inclui uma grande proporção da biodiversidade encontrada atualmente na Terra. Apesar disso, nosso conhecimento sobre a biodiversidade Amazônica ainda é limitado, dificultando nosso entendimento dos padrões de diversidade nesta região. Entender os processos que levaram à diversidade encontrada na Amazônia representa um grande desafio para a biologia evolutiva. Este estudo foca em Pachyptera (Bignonieae, Bignoniaceae), um pequeno gênero de lianas neotropicais, centrado na Amazônia. Pachyptera tem uma história taxonômica complicada, incluindo problemas na circunscrição genérica e específica. Este estudo visa: (i) reconstruir o parentesco filogenético entre espécies do gênero, (ii) produzir uma revisão taxonômica, incluindo nova circunscrição genérica e específica, (iii) entender a história biogeográfica do grupo e, (iv) desenvolver marcadores microssatélites (SSRs) para futuros estudos filogeográficos. Em primeiro lugar, reconstruímos a filogenia do gênero usando uma ampla amostragem de taxa e uma combinação de marcadores de cpDNA (ndhF and rpl32-trnL) e nDNA (PepC). Em segundo lugar, analisamos a filogenia de Pachyptera utilizando análises de coalescência (GMYC e *BEAST) e morfologia para esclarecer limites específicos dentro do complexo P. kerere. Em terceiro lugar, produzimos uma filogenia datada de Pachyptera, a qual foi utilizada como base para reconstruir a história biogeográfica do gênero utilizando BSSVS e RASP. Por fim, desenvolvemos SSRs utilizando sequenciamento de próxima geração, os quais serão utilizados para guiar estudos filogeográficos futuros com o grupo. Nosso estudo indica que P. ventricosa é mais proximamente relacionada à Mansoa do que Pachyptera, levando ao reestabelecimento de M. ventricosa. Além disso, nossos estudos moleculares e morfológicos sustentam o reconhecimento de P. kerere var. incarnata como uma espécie separada e a descrição de uma espécie nova (P. linearis). Desta forma, reconhecemos um gênero com cinco espécies: (i) P. aromatica, (ii) P. erythraea, (iii) P. incarnata, (iv) P. kerere, e (v) P. linearis. Estas espécies são tratadas em uma revisão taxonômica do gênero. As análises biogeográficas indicam que Pachyptera surgiu durante o Eoceno Tardio, e diversificou durante o Mioceno, um período de intensas perturbações provocadas na América do Sul (i.e., soerguimento dos Andes, eventos de incursões marinhas, e formação de sistemas florestais secos e úmidos). Vinte-e-um SSRs foram desenvolvidos para Pachptera e servirão como base para estudos filogeográficos futuros com este grupo. Esta dissertação faz parte de um projeto multi-disciplinar que visa compreender a evolução da biota amazônica e seu ambiente (FAPESP 2012/50260-6) / The Amazon houses a large proportion of the overall biodiversity currently available on Earth. Despite that, our knowledge of Amazonian biodiversity is still limited, complicating our understanding of diversity patterns within this region. Understanding the drivers of Amazonian biodiversity represents a major challenge in evolutionary biology. This study focuses on Pachyptera (Bignonieae, Bignoniaceae), a small genus of neotropical lianas centered in the Amazon. Pachyptera has a complicated taxonomic history, including problematic generic and species circumscriptions. This study aims to: (i) reconstruct phylogenetic relationships among species of the genus (ii) produce a taxonomic revision, including clear generic and species circumscriptions, (iii) understand the biogeographic history of the group, and (iv) develop microsatellite markers (SSRs) for future phylogeographic and population genetic studies. First, we inferred phylogenetic relationships within a broad sampling of taxa and a combination of cpDNA (ndhF and rpl32-trnL) and nuclear (PepC) markers. Second, we analyzed the phylogeny of Pachyptera using coalescent approaches (GMYC and *BEAST) and morphology to clarify species limits within the P. kerere species complex. Third, we produced a time-calibrated phylogeny of Pachyptera that was used as basis to reconstruct the biogeographical history of the genus using BSSVS and RASP. Lastly, we developed SSRs using next-generation sequencing (NGS) that will be used to guide future phylogeographic studies within this group. Our study indicates that P. ventricosa is more closely related to Mansoa than Pachyptera, leading to the reestablishment of Mansoa vetricosa. Furthermore, our molecular and morphological analyses support the recognition of P. kerere var. incarnata as a separate species, and the description of a new taxon (P. linearis). As such, we here recognize a genus with five species: (i) P. aromatica, (ii) P. erythraea, (iii) P. incarnata, (iv) P. kerere, and (v) P. linearis. These species are treated in a taxonomic revision of Pachyptera. The biogeographical analyses indicate that Pachyptera originated during the Late Eocene, and diversified during the Miocene, a time of intense perturbations in South America (e.g., uplift of the Andes, marine incursions, and formation of dry and wetland systems). Twenty-one SSRs were developed for P. kerere and will serve as basis for future phylogeographic studies. This dissertation is part of a multidisciplinary project that aims to understand the evolution of the Amazonian biota and its environment (FAPESP 2012/50260-6)