Orientador: Andres Raggio / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matematica, Estatistica e Ciencia da Computação / Made available in DSpace on 2018-07-20T02:47:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Centenaro_IralinoFidencio_M.pdf: 1220197 bytes, checksum: eac1b52a24281e9708380f3d735c2f8b (MD5) Previous issue date: 1977 / Resumo: Não informado / Abstract: Not informed / Mestrado / Mestre em Matemática

Orientador: Arnaldo Vieira Moura / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matematica, Estatistica e Computação Cientifica / Made available in DSpace on 2018-08-03T17:41:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pinto_GuilhermeAlbuquerque_D.pdf: 4219537 bytes, checksum: acd92f5d71678809ad0e63efea423560 (MD5) Previous issue date: 2003 / Doutorado

Orientador : Carlos Alberto Lungarzo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Filosofia e Ciencias Humanas / Made available in DSpace on 2018-07-19T11:15:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ErtolaBiraben_RodolfoCristian_M.pdf: 1967518 bytes, checksum: c1039b33963585fc208435c4bc2d4df4 (MD5) Previous issue date: 1994 / Resumo: Não informado / Abstract: Not informed. / Mestrado / Mestre em Filosofia

Made available in DSpace on 2013-08-07T18:42:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000396435-Texto+Completo-0.pdf: 5923930 bytes, checksum: 9836e0a21f7fba5b0893387a40431ee7 (MD5) Previous issue date: 2007 / In these last years one of the greatest challenges of the Computer Science in Bioinformatics is to develop algorithms, which, in a skillful time generate the tertiary protein structures from the linear sequence of its amino acids. Although there are methods to predict structures for target sequences when a similar protein of known structure (template) is available, this is not true when similarity can not be detected by sequence comparison alone. In the latter case, the methods are very computationally demanding. This work presents a recursive algorithm able to predict the topology of polypeptides of unknown structure using only the polypeptide mainchain torsion angles obtained from PDB templates. The algorithm revealed itself efficient when applied to the mini protein Trp-Cage (PDB ID: 1L2Y) composed of 20 amino acids, predicting its structure with a RMSD of 3,7 Å with respect to the experimental structure. However, for a protein of 34 amino acids – the Disulfide- Stabilized Mini Protein (PDB ID: 1ZDD) – the algorithm was not so efficient, generating the best polypeptide model with a RMSD of 7,2 Å with respect to the experimental structure. Due to the large increase in the possible conformations for the latter (20 to 34 amino acids), its conformational space was not spanned as was the conformational space of 1L2Y. These results and their consequences are discussed in the work. / Nos últimos anos, um dos grandes desafios da Ciência da Computação perante a Bioinformática é o desenvolvimento de algoritmos, os quais, em um tempo hábil, consigam gerar as estruturas terciárias de proteínas a partir da seqüência linear de seus aminoácidos. Embora existam alguns métodos que consigam gerar estruturas quando se possui outra proteína com um alto grau de similaridade, quando não se possui o mesmo, os métodos até então desenvolvidos não consigam realizar esta predição de forma não onerosa computacionalmente. Este trabalho apresenta um algoritmo recursivo capaz de predizer a topologia de polipeptídeos, utilizando apenas os ângulos da cadeia principal de proteínas com estruturas tridimensionais (3D) já conhecidas. O mesmo se mostra eficaz quando aplicado à mini-proteína Trp-Cage (código PDB 1L2Y) que possui apenas 20 aminoácidos, tendo uma estrutura predita de RMSD igual 3,7 Å; no entanto, para uma proteína de 34 aminoácidos – Mini-Proteína Estabilizada por Pontes Dissulfeto (código PDB 1ZDD) – o mesmo se mostra ineficiente, gerando a melhor proteína com o RMSD igual a 7,2 Å, devido ao fato de não ter sido percorrido todo o espaço conformacional esperado para a mesma. Os resultados e as suas conseqüências são discutidos no trabalho.

Submitted by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2017-05-04T12:19:21Z No. of bitstreams: 1 Marlo Moesia Barroso - Dissertação de Mestrado - LNCC.pdf: 8491976 bytes, checksum: 16499e3980c0a072d1c5d664cf6a15b4 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2017-05-04T12:19:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Marlo Moesia Barroso - Dissertação de Mestrado - LNCC.pdf: 8491976 bytes, checksum: 16499e3980c0a072d1c5d664cf6a15b4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-04T12:19:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marlo Moesia Barroso - Dissertação de Mestrado - LNCC.pdf: 8491976 bytes, checksum: 16499e3980c0a072d1c5d664cf6a15b4 (MD5) Previous issue date: 2017-04-07 / This work stablishes the principles, definitions and properties that allow recursive functions creation using binary operations acting on the elements of sequences. The methodology is developed in the domain of algebraic structures (semigroups, commutative groups and rings), which will demonstrate the potential of these operations to address issues in Elementary Algebra, Number Theory and Abstract Algebra fields. As a consequence of this approach, it is obtained an algebraic structure that allows to create operations similar to the ones that can be conceived through usual products and summations, however, more generic. Thus, it will be possible to address issues involving successive operations with integer domain following a general methodology, where the rules are derived from the basic elements of the presented theory. To highlight the potential of the developed generalization, applications will be shown in the representation of binomial numbers and their possible extensions. Finally, in order to prove the applicability of the new methodology, comparisons were made with results from the literature. / Neste trabalho são estabelecidos os princípios, definições e propriedades que possibilitam criar funções recursivas utilizando operações binárias atuando sobre os elementos de sequências . A metodologia é desenvolvida no domínio das estruturas algébricas tradicionais (semigrupos, grupos comutativos e anéis), o que permitirá demonstrar o potencial destas operações para a solução de questões nos campos da Álgebra Elementar, Teoria dos Números e Álgebra Abstrata. Como consequência deste estudo obtém-se aqui uma estrutura algébrica que permite criar operações semelhantes às que podem ser concebidas através de produtórios e somatórios usuais, porém mais genéricas. Assim, será possível tratar questões que envolvem operações sucessivas com domínio inteiro seguindo uma metodologia geral, onde as regras são derivadas a partir dos elementos básicos da teoria. Para destacar o potencial da generalização desenvolvida, serão apresentadas aplicações na representação dos números binomiais e suas possíveis extensões . Para comprovar a aplicabilidade da nova metodologia, foram feitas comparações com resultados da literatura.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:53:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo5203_1.pdf: 2427628 bytes, checksum: b7e101175fb8c6dac688a04de83a3303 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2004 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Inspirado por uma sugestão de McCulloch e Pitts em seu trabalho pioneiro, uma simulação de Máquinas de Turing (MT) por Redes Neurais Artifiais (RNAs) apresentada. Diferente dos trabalhos anteriores, tal simulação está de acordo com a interpretação correta da análise de Turing sobre computação; é compatvel com as abordagens correntes para análise da cognição como um processo interativo agente-ambiente; e é fisicamente realizável uma vez que não se usa pesos nas conexãos com precisão ilimitada. Uma descrição completa de uma implementação de uma MT universal em uma RNA recorrente do tipo sigmóide é dada. A fita, um recurso infinito, é deixada fora da codificação como uma caracterstica externa não-intrínsica. A rede resultante é chamada de Máquina de Turing Neural. O modelo clássico de computação Máquina de Turing = Fita + Autômato de Estados Finito (AEF) é trocado pelo modelo de computação neural Máquina de Turing Neural (MTN) = Fita + Rede Neural Artifial (RNA) Argumentos para plausabilidade física e cognitiva desta abordagem são fornecidos e as consequências matemáticas são investigadas. E bastante conhecido na comunidade de neurocomputação teórica, que um AEF arbitrário não pode ser implementado em uma RNA quando ruído ou limite de precisão é considerado: sob estas condições, sistemas analógicos em geral, e RNA em particular, são computacionalmente equivalentes aos Autômatos Definidos uma classe muita restrita de AEF. Entre as principais contribuições da abordagem proposta é a definição de um novo modelo de máquina, Máquina de Turing Definida(MTD), que surge quando ruído é levado em consideração. Este resultado reflete na segunda equação descrita acima se tornando MTN com ruíıdo (MTN) = Fita + RNA com ruído(RNA) com a equação correspondente Máquina de Turing Definida = Fita + Autômatos Finitos Definidos (AFD) A investigação de capacidades computacionais das Máquinas de Turing Definida é uma outra contribuição importante da Tese. É provado que elas computam a classe das funções elementares (Brainerd & Landweber, 1974) da Teoria da Recursão

Submitted by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2015-12-03T19:01:45Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Avaliação do desempenho do procedimento recursivo do método dos elementos de contorno aplicado em problemas da elasticidade.pdf: 5162837 bytes, checksum: 7136087fd573dd0565f46bb109ead161 (MD5) / Approved for entry into archive by Morgana Andrade (morgana.andrade@ufes.br) on 2015-12-30T11:42:59Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Avaliação do desempenho do procedimento recursivo do método dos elementos de contorno aplicado em problemas da elasticidade.pdf: 5162837 bytes, checksum: 7136087fd573dd0565f46bb109ead161 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-30T11:42:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Avaliação do desempenho do procedimento recursivo do método dos elementos de contorno aplicado em problemas da elasticidade.pdf: 5162837 bytes, checksum: 7136087fd573dd0565f46bb109ead161 (MD5) Previous issue date: 2015 / CNPQ / Com o intuito de se obter resultados mais precisos com menor custo computacional, novos procedimentos e técnicas vem sendo avaliadas e testadas exaustivamente no contexto dos mais importantes métodos numéricos. O procedimento recursivo se insere como uma dessas iniciativas que têm sido estudado para melhorar o desem-penho do Método dos Elementos de Contorno (MEC). Basicamente, o processo consiste na introdução, a posteriori, de novos pontos fonte sobre o contorno, com localização distinta dos pontos nodais originais, para neles se calcular valores da variável básica como se faz para determinar valores em pontos internos. O procedimento se baseia nos princípios do Método dos Resíduos Ponderados, de modo que a reaplicação da equação integral para pontos de contorno equivaleria a uma nova minimização de resíduos. A técnica foi testada anteriormente com êxito em problemas de campo escalar, e no presente trabalho é implementada junto aos problemas elásticos governados pela Equação de Navier, destacando particularmente sua aplicação ao recálculo das for-ças de superfície, pois nesse caso uma análise da formulação hipersingular do MEC precisou ser realizada, observando suas peculiaridades e cuidados. Vários problemas de elasticidade foram utilizados para que o procedimento pudesse ser comparado com o método direto e também com as soluções analíticas disponí-veis, para assim melhor avaliar a precisão da técnica proposta e concluir que o pro-cedimento é eficaz em certas situações. / In order to obtain more accurate results with lower computational cost, various pro-cedures and techniques have been evaluated and tested thoroughly. Among them, the recursive procedure is being studied for the boundary element method (BEM). The process consists of introducing a posteriori new source points on the contour, with distinct location of the original nodal points, in order to calculate values of the basic variable as is done to determine values at internal points. The procedure is based on the principles of Weighted Residual Method, so that re-application of the integral equation in the contour points is equivalent to a new resid-ual minimization. The technique was previously tested successfully in scalar field problems, and in this work is implemented with the elastic problems governed by the Navier equation. To use the recursive procedure, an analysis of the BEM hypersingular formulation was performed, noting their peculiarities and cautions. Several problems of elasticity were used so that the procedure could be compared with the direct method. We sought to evaluate the accuracy of the recursive procedure for the displacements and surface forces, showing that the procedure is effective in certain situations.

Submitted by Maike Costa (maiksebas@gmail.com) on 2016-08-10T14:17:41Z No. of bitstreams: 1 arquivo total.pdf: 975005 bytes, checksum: 6f8194b9c0cb9c0bbd07b1d2b0ba4b9e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-10T14:17:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivo total.pdf: 975005 bytes, checksum: 6f8194b9c0cb9c0bbd07b1d2b0ba4b9e (MD5) Previous issue date: 2016-06-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The class of primitive recursive functions is not a formal version to the class of algorithmic functions, we study this special class of numerical functions due to the fact of that many of the functions known as algorithmic are primitive recursive. The approach on the class of primitive recursive functions aims to explore this special class of functions and from that, present solutions for the following problems: (1) given the class of primitive recursive derivations, is there an algorithm, that is, a mechanical procedure for recognizing primitive recursive derivations? (2) Is there a universal function for the class of primitive recursive functions? If so, is this function primitive recursive? (3) Are all the algorithmic functions primitive recursive? To provide solutions to these issues, we base on the hypothetical-deductive method and argue based on the works of Davis (1982), Mendelson (2009), Dias e Weber (2010), Rogers (1987), Soare (1987), Cooper (2004), among others. We present the theory of Turing machines which is a formal version to the intuitive notion of algorithm, and after that the famous Church-Turing tesis which identifies the class of algorithmic functions with the class of Turing-computable functions. We display the class of primitive recursive functions and show that it is a subclass of Turing-computable functions. Having explored the class of primitive recursive functions we proved as results that there is a recognizer algorithm to the class of primitive recursive derivations; that there is a universal function to the class of primitive recursive functions which does not belong to this class; and that not every algorithmic function is primitive recursive. / A classe das funções recursivas primitivas não constitui uma versão formal para a classe das funções algorítmicas, estudamos esta classe especial de funções numéricas devido ao fato de que muitas das funções conhecidas como algorítmicas são recursivas primitivas. A abordagem acerca da classe das funções recursivas primitivas tem como objetivo explorar esta classe especial de funções e, a partir disto, apresentar soluções para os seguintes problemas: (1) dada a classe das derivações recursivas primitivas, há um algoritmo, ou seja, um procedimento mecânico, para reconhecer derivações recursivas primitivas? (2) Existe uma função universal para a classe das funções recursivas primitivas? Se sim, essa função é recursiva primitiva? (3) Toda função algorítmica é recursiva primitiva? Para apresentar soluções para estas questões, nos pautamos no método hipotético-dedutivo e argumentamos com base nos manuais de Davis (1982), Mendelson (2009), Dias e Weber (2010), Rogers (1987), Soare (1987), Cooper (2004), entre outros. Apresentamos a teoria das máquinas de Turing, que constitui uma versão formal para a noção intuitiva de algoritmo, e, em seguida, a famosa tese de Church-Turing, a qual identifica a classe das funções algorítmicas com a classe das funções Turing-computáveis. Exibimos a classe das funções recursivas primitivas, e mostramos que a mesma constitui uma subclasse das funções Turing-computáveis. Tendo explorado a classe das funções recursivas primitivas, como resultados, provamos que existe um algoritmo reconhecedor para a classe das derivações recursivas primitivas; que existe uma função universal para a classe das funções recursivas primitivas a qual não pertence a esta classe; e que nem toda função algorítmica é recursiva primitiva.

In this work we present a proof that the Hilbert s Tenth Problem is unsolvable. This problem is to give a computing algorithm which will tell of a given polynomial Diophantine equation with integer coefficients whether or not it has a solution in integers. We start developing some topics of basic number theory, that will be useful at some time. In this part we prove only main results. After that, we study Diophantine equation as well as Diophantine functions. Then, we prove a serie of lemas that will be useful to proof that the exponential function is Diophantine. From there, we define the concept of recursive function and prove that a function is Diophantine if and only if it is recursive. Finally we prove the Universality Theorem. We use this last theorem to proof that the Hilbert s Problem is unsolvable. / Neste trabalho apresentamos uma demonstração da insolubilidade do Décimo Problema de Hilbert, que investiga a existência de um método para determinar se dada uma equação Diofantina qualquer podemos determinar se esta tem ou não uma solução. Começamos desenvolvendo alguns tópicos de teoria de números, que serão úteis em vários momentos, nesta parte demonstramos apenas os resultados principais. Em um segundo momento, passamos ao estudo das equações Diofantinas bem como das funções Diofantinas, que permeiam nossos resultados. Em seguida, demonstramos uma série de lemas que servem de base para mostrarmos que a função exponencial é Diofantina. A partir daı, passamos a definição do importante conceito de função recursiva e então demonstramos que uma função ser recursiva é equivalente a ser Diofantina. Finalmente, demonstramos o Teorema da Universalidade que servirá de base para a demonstração o da insolubilidade do Décimo Problema de Hilbert. / Mestre em Matemática