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Filogeografia do gênero Rhizoprionodon (Elasmobranchii, Carcharhinformes) no Atlântico Ocidental utilizando marcadores moleculares do DNA mitocondrial /

Mendonça, Fernando Fernandes. January 2010 (has links)
Resumo: Os tubarões representam atualmente um importante recurso para a pesca mundial. No entanto, a falta de informações básicas tais como características populacionais, definições taxonômicas precisas e avaliações dos volumes capturados têm favorecido a contínua e intensiva exploração de espécies e populações que já podem estar apresentando declínios em níveis críticos para a manuntenção da sustentabilidade. Pertencente à família Carcharhinidae, o gênero Rhizoprionodon é constituído por sete espécies de tubarões de pequeno porte distribuídas em praticamente todos os mares e devido seus hábitos associados às regiões costeiras, frequentemente representam uma grande parcela dos volumes desembarcados. Destas espécies, três apresentam-se distribuídas no Atlântico Ocidental (R. terraenovae, R. porosus e R. lalandii) com ocorrências desde o Norte dos EUA até a América do Sul, onde a pesca tem sido intensa, principalmente no Brasil. No presente estudo, utilizando marcadores moleculares do DNA mitocondrial, foram analisadas as estruturas populacionais das espécies R. porosus e R. lalandii, desde o Mar do Caribe até a região sul do Brasil, foi buscada a distinção espécie-específica entre R. terraenovae e R. porosus e foram desenvolvidos protocolos de identificação forense para espécies de tubarões amplamente explorados pela pesca na costa brasileira. Na análise utilizando sequencias da região controladora do mtDNA de amostras de R. porosus foram encontrados 53 halótipos com forte estruturação populacional (FST=0.271, P<0,0001), caracterizando a existência de duas populações distintas, separadas pela Corrente Marítima do Equador. Entre os tubarões da espécie R. lalandii foram encontrados 30 haplótipos também com forte estruturação (FST=0.254, P<0,0001) entre as populações do Caribe e as demais populações da costa brasileira. Provavelmente... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Not available / Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: Otto Bismarck Fazzano Gadig / Banca: Claudio de Oliveira / Banca: Iracilda Sampaio / Banca: Rui Coelho / Banca: Patricia Charvet / Doutor
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Diversidade genética em espécies do gênero Cávia (rodentia, mammalia) e a história evolutiva do raro preá de Moleques do Sul

Kanitz, Ricardo January 2009 (has links)
Made available in DSpace on 2013-08-07T19:11:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000411103-Texto+Completo-0.pdf: 788494 bytes, checksum: bebad76ca9f15b449f29103c52997247 (MD5) Previous issue date: 2009 / CHAPTER I: “Characterization of 16 microsatellite loci for the south-american rodents Cavia magna and C. aperea” - Based on the recently published genome draft of Cavia porcellus and five other loci described for C. aperea, we present 16 microsatellite loci applicable for C. magna and C. aperea. We designed the primers to be used in a multiplex fluorescence array. The average number of alleles for each locus was 7. 4 and the mean expected heterozygosity was 0. 67. The combination of some or all of these markers may give a good framework for population genetics, molecular ecology and other evolutionary studies in these species. CHAPTER II:"Depauperated genetic diversity of the Moleques do Sul cavy (Cavia intermedia), the naturally rarest mammal in the World" - Islands have been calling the attention of evolutionary biologists for centuries for their high level of endemic species fostered by isolation and limited population size. Cavia intermedia is a recently described cavy species endemic to a small island in the southern Brazilian coast, that seems to be the naturally rarest known mammal, having a stable population around 40 individuals. Although previous demographic simulations estimated its probability of extinction in 100 years as 100%, given the island history, it is unlikely that its population size could have been much larger in the recent past. Using mitochondrial and microsatellite markers, we have found that this insular cavy presents an extremely reduced genetic diversity with an estimated historical and present effective population size matching its present census size, with no evidence of recent population reduction. Considering C. intermedia long divergence from its sister continental species, we concluded that it keeps this extremely reduced population size since at least the most recent separation of the island from the continent around 8,000 years ago. C. intermedia may therefore be the best and most extreme case so far of a mammal species that survived for thousands of years with an extremely reduced population size. This species then poses new challenges to understanding the role of population reduction and genetic diversity to species extinction. Finally, we emphasize the need for special care in the maintenance of the pristine conditions of C. intermedia’s habitat. / CAPÍTULO I:"Caracterização de 16 loci de microssatélites para os roedores sul-americanos Cavia magna e C. aperea" - Baseando-nos no recentemente publicado genoma de Cavia porcellus e em outros cinco loci já descritos para C. aperea, nós aqui apresentamos 16 loci de microssatélites empregáveis em C. magna e C. aperea. Os primers foram projetados para serem usáveis em um arranjo de fluorescência múltipla (multiplex). O número médio de alelos para cada locus foi de 7,4 e a média da heterozigosidade esperada foi de 0,67. A combinação de alguns ou todos estes marcadores pode possibilitar trabalhos em genética populacional, ecologia molecular e outros estudos evolutivos nas espécies aqui avaliadas. CAPÍTULO II:"Baixíssima diversidade genética do preá de Moleques do Sul (Cavia intermedia), o mamífero naturalmente mais raro do Mundo" - Ilhas têm chamado a atenção de biólogos evolucionistas há séculos pelos seus altos níveis de endemismos promovidos, tanto pelo isolamento, quanto pelo tamanho limitado a que estas populações estão sujeitas. Cavia intermedia é uma espécie recentemente descrita como endêmica de uma pequena ilha na costa meridional do Brasil que parece ser o mamífero naturalmente mais raro conhecido, apresentando uma população estável de aproximadamente 40 indivíduos. Apesar de algumas simulações demográficas terem estimado sua chance de extinção em 100 anos como 100%, dado a história da ilha, torna-se improvável que a população possa ter sido muito maior no passado recente. Utilizando marcadores mitocondriais e microssatélites, nós descobrimos que este preá insular apresenta uma diversidade genética extremamente reduzida com estimativas de tamanhos efetivos populacionais histórico e atual compatíveis com seu tamanho de censo atual, sem sinal de redução de tamanho populacional. Considerando a antiga divergência de C. intermedia em relação ao seu grupo-irmão continental, concluímos que a espécie mantém esse tamanho extremamente reduzido desde, pelo menos, a separação da ilha em relação ao continente há cerca de 8. 000 anos. Portanto, C. intermedia pode ser o melhor e mais extremo exemplo até agora conhecido de uma espécie de mamífero que sobreviveu por centenas de anos com um tamanho populacional tão extremamente reduzido. Essa espécie, então, estabelece novos desafios ao entendimento do papel da redução populacional e da diversidade genética na extinção de espécies. Finalmente, é importante enfatizar a necessidade de um cuidado especial na manutenção das boas condições do hábitat para a sobrevivência de C. intermedia em seu ambiente natural.
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Filogenia molecular do gênero Nystalus (Bucconidae, Aves) : enfoque na estruturação populacional em N. maculatus e N. chacuru

Duarte, Samira Rezende 26 February 2015 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2015. / Submitted by Guimaraes Jacqueline (jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2015-10-26T14:26:38Z No. of bitstreams: 1 2015_SamiraRezendeDuarte.pdf: 2853365 bytes, checksum: 624a3a17b57b69c9a57ef74a70d63ce2 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2015-12-17T15:55:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_SamiraRezendeDuarte.pdf: 2853365 bytes, checksum: 624a3a17b57b69c9a57ef74a70d63ce2 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-17T15:55:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_SamiraRezendeDuarte.pdf: 2853365 bytes, checksum: 624a3a17b57b69c9a57ef74a70d63ce2 (MD5) / A família Bucconidae (Aves: Galbuliformes) é exclusiva da região Neotropical, abriga 12 gêneros e 38 espécies, e ainda, 77 subespécies, sendo que três espécies encontram-se ameaçadas de extinção. Nesta família, se destaca o gênero Nystalus, com sete espécies: N. chacuru (Vieilot, 1816), N. maculatus (Gmelin, 1788), N. striolatus (Pelzeln, 1856), N. striatipectus (Silva, 2001), N. radiatus (Sclater, 1854), Nystalus obamai (Whitney et al., 2013) e N. torridus (Bond & Meyer de Schauensee, 1940). Apresentam uma ampla distribuição na América do Sul, com representantes nos principais biomas, como também na região andina. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: validar a taxonomia atual das espécies do gênero Nystalus com base em sequências de DNA, assumindo o conceito filogenético de espécies; identificar o processo temporal de diversificação das espécies deste gênero, e elucidar os padrões filogeográficos de N. chacuru e N. maculatus, com intuito de entender como os eventos históricos podem ter contribuído para moldar a distribuição atual da variabilidade genética nestas duas espécies. Para isso, foi utilizado um fragmento de DNA mitocondrial do gene NADH desidrogenase subunidade 2 (ND2) e um segmento de DNA nuclear da região do íntron 5 do β-fibrinogênio (FIB5). As análises filogenéticas foram realizadas pelos métodos de máxima verossimilhança (ML) e inferência bayesiana (IB). As análises populacionais para N. chacuru e N. maculatus foram realizadas por meio da construção de rede de haplótipos e análise de variância molecular (AMOVA). Os resultados obtidos evidenciaram incongruências entre os segmentos de DNA utilizados, além de incongruência entre o gene mitocondrial para os diferentes métodos filogenéticos empregados. No entanto, foi possível inferir que as espécies do gênero Nystalus apresentam duas linhagens principais: uma de ocorrência em áreas florestais e outra de ocorrência em áreas de vegetação aberta. Com exceção de N. obamai e N. striolatus, as demais espécies do gênero formaram linhagens monofiléticas para o gene ND2, porém estas linhagens não foram claramente identificadas com base no segmento nuclear. De acordo com a hipótese do relógio molecular, as espécies do gênero Nystalus se separaram dos outros gêneros da família Bucconidae provavelmente no Mioceno. N. striatipectus e N. maculatus se instalaram nas regiões do centro oeste do Brasil, e posteriormente foram sobrepostas com N. chacuru. Já N. torridus dispersou para o extremo leste do Brasil, enquanto N. striolatus/ N. obamai permaneceram próximos ao rio Madeira no Amazonas e N. radiatus se dispersou para o extremo oeste da América do Sul. Os resultados para análises populacionais das espécies de N. chacuru e N. maculatus indicam estruturação das populações, já que os valores de ɸST foram altos, também apresentaram uma diversidade haplotípica alta, como também uma alta variação. A rede de haplótipos não apresentou nenhum compartilhamento de haplótipos, corroborando com a taxonomia atual, visto que ocorre uma alta diferenciação genética. / The Bucconidae family (Aves: Galbuliformes) is exclusive to the Neotropics and has 12 genera and 38 species, and yet, 77 subspecies, with three species are endangered. In this family, we highlight the genus Nystalus, with seven species: N. chacuru (Vieilot, 1816), N. maculatus (Gmelin, 1788), N. striolatus (Pelzeln, 1856), N. striatipectus (Silva, 2001), N. radiatus (Sclater, 1854), Nystalus obamai (Whitney et al., 2013) e N. torridus (Bond & Meyer de Schauensee, 1940). They Show a wide distribution in South America, with representatives in major biomes, as well as in the Andean region. Therefore, the objectives of this study were to validate the current taxonomy of species of the genus Nystalus based on DNA sequences, assuming the phylogenetic species concept; identify the temporal process of diversification of species of this genus, and elucidate the phylogeographic patterns of N. chacuru and N. maculatus, aiming to understand how historical events may have contributed to shaping the present distribution of genetic variability in these two species. For this, was used a mitochondrial DNA fragment of NADH dehydrogenase subunit 2 gene (ND2) and nuclear DNA segment of intron region 5 of β-fibrinogen (FIB5). The phylogenetic analyzes were performed by methods of maximum likelihood (ML) and bayesian inference (IB). The time of divergence of the species was estimated from the molecular clock hypothesis and population analyzes were performed through the construction of haplotype network and analysis of molecular variance (AMOVA). The results showed inconsistencies between the DNA segments used in addition to the inconsistency between the mitochondrial genes for different phylogenetic methods. However, it was possible to infer that the species of the genus Nystalus have two main lines: one to occur in forests and other vegetation to occur in open areas. Except for N. obamai and N. striolatus, the other species of the genus formed monophyletic lineages for the ND2 gene, but these clades have not been clearly identified based on nuclear segment. According to the hypothesis of the molecular clock, the species of the genus Nystalus separated from other genus Bucconidae family probably in the Miocene. N. striatipectus and N. maculatus settled in the regions of west central Brazil, and were later superimposed with N. chacuru. N. torridus already scattered to the far east of Brazil, while N. striolatus / N. obamai little remained near the Madeira River in the Amazon and N. radiatus dispersed to the west tip of South America. The results population analysis N. chacuru and N. maculatus populations indicate structuring, since high ɸST values were also showed high haplotype diversity, as well as a high variance. The haplotype network did not show any haplotype sharing, supporting the current taxonomy, since a high genetic differentiation occurs.
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Biologia da invasão de Hemidactylus mabouia no Brasil : análise da estrutura genética populacional

Pontes, Fênix Porto 02 May 2017 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Zoologia, 2017. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2017-07-13T15:25:53Z No. of bitstreams: 1 2017_FênixPortoPontes.pdf: 1473832 bytes, checksum: 14c512b7c5d17b64283eab005f671ad7 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-08-25T17:33:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_FênixPortoPontes.pdf: 1473832 bytes, checksum: 14c512b7c5d17b64283eab005f671ad7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-25T17:33:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_FênixPortoPontes.pdf: 1473832 bytes, checksum: 14c512b7c5d17b64283eab005f671ad7 (MD5) Previous issue date: 2017-08-25 / Espécies invasoras vêm tendo um crescente interesse nos últimos anos. Seja pelos impactos econômicos ou pelos seus impactos ecológicos, eventos de invasão de espécies proporcionam oportunidades de estudo interessantes dentro das áreas de genética de populações e evolução. Hemidactylus mabouia é uma espécie de geconídeo com alta capacidade invasora. Atualmente é encontrada em quase todo o Brasil e tem na literatura um suporte estabelecido de invasão do continente Americano por meio de auxílio antrópico. Estudos feitos com essa espécie encontraram um padrão de estruturação genética progressiva durante o processo de invasão da espécie dentro da Flórida (EUA), onde o número de agrupamentos crescia conforme a diversidade genética abaixava, enquanto a espécie adentrava mais para o interior daquele estado. O presente estudo avalia a estruturação e a diversidade genética da H. mabouia no Brasil. Foram comparados a diversidade e os perfis genéticos usando marcadores de microssatélites de populações em regiões de invasão primária e invasão secundária. Os resultados encontrados diferem dos encontrados na Flórida. Porém, os resultados encontrados sugerem que a espécie está bem disseminada no Brasil com a caracterização de dois grupos (sem diferença significativa de diversidade). Esses grupos podem ter suas formações associadas de maneira bem próxima às atividades econômicas humanas. / Invasive species have been getting a growing interest in the last years. Whether by their economic or their ecological impacts, invasive species events generate interesting study opportunities inside the population genetics and evolution fields. Hemidactylus mabouia is a gecko species with a high invasive potential, currently it has been found in almost all Brazil’s territory and has in the literature an established support of invasion aided by human intervention in the American continent. Studies made with this species have found a pattern of increasing genetic structuration during its invasion process in the Florida state (USA), where the number of clusters increases while the genetic variability went down at the same time that the species went into Florida’s interior. The present study evaluates the genetic structure and diversity of H. mabouia in the Brazil. The genetic populational clusters and genetic diversity were compared using microsatellites markers of populations from primary invasion regions and secondary invasion regions. The results found differ with those found in Florida. The results, however, suggest that the species is well-distributed in Brazil, with the formation of two groups (with no significative difference in genetic diversity between them). These groups may have their formation origins associated in close manner with human economic activities.
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Origem e diversidade genética de ovinos (ovis aries) crioulos na região do Pantanal/MS, Brasil / Origin and genetic diversity of the creole sheep on the Pantanal region, Brazil

Carreiro, Cecília de Morais 09 March 2012 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2012-12-17T10:25:42Z No. of bitstreams: 1 2012_CeciliadeMoraisCarreiro.pdf: 1625987 bytes, checksum: d228df2f0f917ac1db90d61539f74e8a (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2012-12-19T11:11:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_CeciliadeMoraisCarreiro.pdf: 1625987 bytes, checksum: d228df2f0f917ac1db90d61539f74e8a (MD5) / Made available in DSpace on 2012-12-19T11:11:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_CeciliadeMoraisCarreiro.pdf: 1625987 bytes, checksum: d228df2f0f917ac1db90d61539f74e8a (MD5) / A conservação de animais domésticos naturalizados é ponto estratégico para a ovinocultura brasileira. Rebanhos de ovinos adaptados a ambientes extremos, como a Caatinga Nordestina e o Pantanal Matogrossense, representam um boa fonte de recurso genético para melhor adaptação de raças comerciais com baixo padrão zootécnico no Brasil. Para a introgressão de caraterísticas de rebanhos com alta resistência parasitária e alta conversão alimentar, o entendimento e o mapeamento dessas populações nativas são essenciais. Com o objetivo de aumentar os conhecimentos sobre o material genético de ovinos naturalizados, o Laboratório de Genética Animal da Embrapa Cenargen (Brasília/DF) vem realizando estudos com o grupo genético ovino Pantaneiro. Estudos preliminares evidenciam uma maior diversidade genética da população desses ovinos em relação a outras raças naturalizadas. Diante desse fato, o presente estudo analisou dez populações de ovinos Pantaneiros do estado do Mato Grosso do Sul (Brasil) para aprofundar os conhecimentos sobre este grupo genético. A amostragem envolveu animais de rebanhos convencionais e de núcleos de conservação, bem como englobou amostras de ovinos Crioulos para comparação, totalizando 343 amostras. O uso de Crioulos baseou-se na proximidade desses dois grupos. Fenotipicamente, os ovinos Pantaneiros assemelham-se à raça Crioula e esta origem deve ser investigada. Primeiramente, o estudo focou nesta proximidade entre os grupos. Para tal, a identificação de haplótipos por meio de marcadores mitocondriais e nucleares foi feita na tentativa de verificar possíveis diferenças entre OPT e OCL. Paralelamente também por meio de sequenciamento e genotipagem, observou-se o nível de divergência genética entre as várias populações de ovinos Pantaneiros. Os cálculos de diversidade haplotípica, diversidade nucleotídica e AMOVA foram realizados para inferir o grau de diferenciação entre os rebanhos OPT analisados. A partir desses dados, será possível desenhar um plano de conservação e manejo deste grupo localmente adaptado à difícil região do Pantanal. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The conservation of naturalized domestic animals is a strategic point for the Brazilian sheep industry. Flocks of sheep adapted to extreme environments, such as the Northeastern Brazilian Caatinga and the Brazilian Wetlands (also known as Pantanal) represent a good source of genetic resources to better fit commercial breeds with low standard livestock in Brazil. For introgression of herds characteristics with high parasitic resistance and high feed conversion, understanding and mapping these native populations are essential. Aiming to increase knowledge about the genetic material of naturalized sheep, the Laboratório de Genética Animal of Embrapa Cenargen (Brasilia/DF) has been studying the Pantaneiro genetic sheep group. Preliminary studies show a high genetic diversity of the population of sheep in relation to other naturalized breeds. Given this fact, this study analyzed ten Pantaneiro sheep populations from Mato Grosso do Sul (Brazil) to deepen the knowledge about this genetic group. The sampling involved animals from conventional herds and conservation centers, as well as South American Creole sheep for comparison, totalizing 343 samples. The use of Creole sheep was based on the proximity of these two groups. Phenotypically, Pantaneiro sheep resemble the Creole and this source should be investigated. Firstly, this study focused on these groups proximity. For this purpose, the haplotypes identification by mitochondrial and nuclear markers was done in the attempt to determine possible differences between OPT and OCL. Also, by sequencing and genotyping, the level of genetic divergence among the various OPT populations was observed. Estimates of haplotype diversity, nucleotide diversity and AMOVA were performed to infer the level of differentiation among the analyzed OPT herds. From these data, it will be possible to draw a plan of conservation and management of this group locally adapted to the difficult region of the Pantanal.
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Desenvolvimento e validação de painéis de SNPs para testes de paternidade em ovinos / Development and validation of low density SNP panel for parentage in brazilian sheep

Vasconcelos, Carolina Celso Melo Pinheiro de 29 June 2012 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2012. / Submitted by Luiza Silva Almeida (luizaalmeida@bce.unb.br) on 2013-07-25T17:29:21Z No. of bitstreams: 1 2012_CarolinaCelsoMeloPinheirodeVasconcelos.pdf: 1487786 bytes, checksum: 0dea6503a8dfda33313d5b662ef883c4 (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Maia(luanna@bce.unb.br) on 2013-07-26T13:39:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_CarolinaCelsoMeloPinheirodeVasconcelos.pdf: 1487786 bytes, checksum: 0dea6503a8dfda33313d5b662ef883c4 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-07-26T13:39:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_CarolinaCelsoMeloPinheirodeVasconcelos.pdf: 1487786 bytes, checksum: 0dea6503a8dfda33313d5b662ef883c4 (MD5) / A conservação dos recursos genéticos locais de ovinos é estratégica para contribuir na segurança alimentar da população de um país, seja na forma do fornecimento de produtos especializados com indicações de origem e/ou procedência geográfica seja na contribuição de combinações alélicas alternativas que poderão auxiliar programas de melhoramento e produção desenvolvidos para grupos genéticos especializados. Para isto, as informações sobre a genealogia dos rebanhos são críticas para se explorar o melhor potencial de cada raça e evitar problemas como aumento da endogamia e a erosão genética. Porém, como nem sempre essas informações estão disponíveis em parte do rebanho nacional, as ferramentas baseadas em marcadores moleculares podem ter papel fundamental para gerenciar programas de melhoramento ou conservação onde os registros genealógicos são escassos. Assim, o objetivo do presente trabalho foi desenvolver e testar um conjunto de marcadores de Base Única (Single Nucleotide Polymorphism – SNPs) para realizar testes de paternidade em ovelhas. Amostras de animais de três raças brasileiras de ovinos localmente adaptadas foram genotipadas com o chip contendo aproximadamente 50.000 marcadores SNP (SheepSNP50 Bead Chip, Illumina Inc., San Diego, CA) e, deste banco de dados, um painel de baixa densidade contendo 123 SNPs foi selecionado. Deste painel, 71 SNPs foram validados em uma amostra composta por 71 animais do Núcleo de Conservação da raça Crioula da Embrapa Pecuária Sul. Foi observado que 53 SNPs tiveram sucesso nas genotipagens e demonstraram níveis significativos de polimorfismo de forma que as probabilidades de exclusão combinadas obtidas apresentaram valores entre 88,8% a 99,9%. A partir do conjunto de SNPs genotipados, quatro sub-painéis foram definidos e testados e o sucesso na atribuição de paternidade, de acordo com informações de genealogia dos animais, variou entre 76 - 79%. Apesar do claro potencial dos marcadores selecionados, notou-se a necessidade de se aumentar o número de marcadores deste painel para elevar o poder de resolução nas análises. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The conservation of local sheep genetic resources is strategic to ensure food security through the offer of specialized products with geographic indication or certificate of origin as well as maintenance of alternatives for allelic combinations in relation to specialized genetic groups. Thus, information about the genealogy of the flocks is critical to exploit the potential of each breed and avoid problems such as inbreeding and genetic erosion. However, as the genealogical records are not always available, tools based on molecular markers can play a fundamental role in management of breeding programs. The objective of this study was to test a set of SNP markers (Single Nucleotide Polymorphism) to conduct paternity tests on sheep. Samples from three locally adapted Brazilian sheep breeds were genotyped ith a chip containing approximately 50.000 SNP markers (SheepSNP50 Bead Chip, Illumina Inc., San Diego, CA) and from this data bank a low density panel containing 123 SNPs was selected. Of these, 71 were validated on 71 Crioula sheep from the Conservation Nucleus, and 53 were successfully genotyped and showed significant levels of polymorphism. The combined probability of exclusion obtained showed values between 88.8% and 99.9% for paternity exclusion. From the set of SNPs genotyped, four sub-panels were defined based on analyzes of linkage disequilibrium (LD) and deviations from Hardy-Weinberg equilibrium. According to genealogy information, the success in paternity assignments by SNP ranged between 76 and 79% according to the panel used. Despite the potential, there was noted the need for increasing the number of selected markers, thus elevating the power of the analysis.
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Diversidade genética de raças asininas criadas no Brasil, baseada na análise de locos microssatélites e DNA mitocondrial / Genetic diverdity of the donkey breeds created in Brazil, based of analysis of microsatellite loci and MTDNA

Almeida, Leonardo Daniel de 29 June 2009 (has links)
Dissertação (mestrado)-Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2009. / Submitted by samara castro (sammy_roberta7@hotmail.com) on 2011-03-03T18:12:50Z No. of bitstreams: 1 2009_LeonardoDanieldeAlmeida.pdf: 811046 bytes, checksum: 82c17bc0d3a5879ce7aaa27e96b830fc (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2011-03-09T23:30:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_LeonardoDanieldeAlmeida.pdf: 811046 bytes, checksum: 82c17bc0d3a5879ce7aaa27e96b830fc (MD5) / Made available in DSpace on 2011-03-09T23:30:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_LeonardoDanieldeAlmeida.pdf: 811046 bytes, checksum: 82c17bc0d3a5879ce7aaa27e96b830fc (MD5) / O melhoramento genético e, por conseguinte, o progresso da pecuária está intimamente correlacionado com a variabilidade genética das espécies animais. Desta forma, a perda dessa variabilidade poderá restringir as opções, não previstas, para os trabalhos de melhoramento animal. O estudo da diversidade e da variabilidade genética da espécie asinina poderá auxiliar nas tomadas de decisão a respeito de quais populações devem ou não ser conservadas, quando os recursos são escassos, evitando a duplicação de esforços na manutenção das amostras. Da mesma forma, poderá ainda evitar que populações de uma mesma raça, que possuam características particulares, sejam descartadas durante o processo de conservação. Este trabalho teve como objetivo estimar a variabilidade genética, entre e dentro, de três raças asininas mais comuns no Brasil visando à obtenção de um panorama geral da diversidade genética desta espécie, a análise de sua unicidade e estrutura populacional, bem como o estudo de suas relações genéticas pelo uso de marcadores de DNA nucleares e citoplasmáticos. Com os locos microssatélites analisados foi possível montar um painel de marcadores eficientes para testes de exclusão de paternidade na espécie asinina. Observou-se um total de 91 alelos para todos os locos analisados. As estimativas das freqüências alélicas de diferentes marcadores microssatélites e os índices de diversidade demonstraram ser possível monitorar, preservar e caracterizar geneticamente os recursos genéticos asininos. A raça Nordestina foi a que apresentou o maior numero de alelos, e a maior estimativa de endogamia. O menor índice de endogamia foi detectado na raça xiii Brasileira. As distâncias genéticas mais altas foram observadas entre as raças Brasileira e Nordestina (0,2197), enquanto que as menores distâncias foram observadas entre as raças Pêga e Nordestina (0,0868). Mediante o seqüenciamento e a análise de 596bp da região controle do DNA mitocondrial foi possível observar que, à exceção da raça Brasileira, as demais raças asininas estudadas possuem uma alta diversidade nucleotídica. As raças asininas brasileiras possuem haplótipos de origem em comum com raças asiáticas e européias, oriundas do tronco somaliensis. Verificou-se ainda a existência de uma subdivisão no tronco somaliensis, o que sugere a existência de dois haplogrupos distintos ou ainda um maior número de centros de domesticação. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Animal breeding and therefore the progress of the livestock industry is closely related with the genetic variability of animal species. Thus, the loss of this variability may limit the unpredicted options for animal improvement. The study of diversity and genetic variability of donkeys can assist in the decision making about what populations should be included in a conservation program, when financial resources are scarce, avoiding the duplication of efforts in maintaining the samples. Similarly, the study of diversity can ensure that stocks of the same breed, which have particular characteristics, are not discarded during the conservation process. This work aimed to optimize the genotyping systems based on the fluorescent detection of microsatellite polymorphisms for donkeys with which will be analyzed the genetic variability within and between three donkey breeds raised in Brazil. With the use of microsatellite markers it was possible to assemble an efficient panel of markers for tests of exclusion of paternity. There were a total of 91 alleles for all studied loci. Estimates of allele frequencies of different microsatellite markers and indices of diversity reveal valuable information that will allow to monitor, maintain and genetically characterize donkey genetic resources. The Northeastern breed had the highest number of alleles, however the higher inbreeding estimate. The lowest rate of inbreeding was detected in the Brazilian breed. The highest genetic distances were observed between the Brazilian and the Northeastern breeds (0.2197), whereas the lowest distances were observed between the Pega and Northeastern donkeys (0.0868). By sequencing and analyzing 596bp of the control region of mitochondrial DNA it could be observed that with the exception of the Brazilian breed, the other breeds of xv donkeys studied have high nucleotide diversity. The donkey breeds from Brazil have haplotypes in common with Asian and European donkey breeds, originally from the somaliensis cluster. It was also observed the existence of a subdivision in the somaliensis cluster, suggesting either the existence of two distinct haplogroups or more centers of domestication.
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Análise da variabiliadade e estruturação genética do tubarão-azul, Prionace glauca (Chondrichthyes, Carcharhinidae) na costa brasileira, utilizando marcadores microssatélites /

Ussami, Luis Henrique Fregadolli. January 2011 (has links)
Resumo: A identificação e o manejo adequado de estoques diferenciados constituem empreendimentos de fundamental importância para o setor pesqueiro, pela sua relação direta com a produtividade total e uso sustentável dos recursos. Do mesmo modo, o conhecimento acerca da variabilidade e estrutura genética das espécies é essencial para o estabelecimento de programas de preservação. Com distribuição global, o tubarão-azul Prionace glauca (Carcharhinidae) ocorre na área oceânico-epipelágica de toda a costa brasileira, sendo um importante recurso econômico pesqueiro, já que representa cerca de 60% dos tubarões capturados pelas frotas industriais que operam com espinhéis. Os marcadores genéticos moleculares do tipo microssatélite têm sido amplamente empregados no estudo de populações de peixes, com inferências sobre conservação e manejo de espécies, padrões de migração, diferenciação de estoques naturais e cultivados, prospecção de evidencias de introgressão genética, sistemas reprodutivos e efeitos da fragmentação de ambientes sobre taxons relacionados, gerando informações fundamentais para o manejo adequado e conservação das espécies. Com o objetivo de analisar a estruturação genética das populações de tubarão-azul encontradas no litoral brasileiro foram analisadas amostras de indivíduos provenientes de populações naturais capturados na região próxima ao Rio Grande do Sul (n=33), São Paulo (n=33) e na região próxima ao Rio Grande do Norte (n=30) utilizando 8 primers polimórficos de microsatélites. Os testes foram conduzidos via PCR e resolvidos em gel de poliacrilamida 6%, sendo a genotipagem realizada através do programa Kodak Digital Science 1D. O número de alelos/lócus, heterozigosidade esperada e observada, equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) e o coeficiente de endocruzamento (Fis) foram obtidos por aplicação do programa Popgene v.1.32... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Not available / Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: Otto Bismarck Fazano Gadig / Banca: Daniela Cristina Ferreira / Banca: Edson Seizo Mori / Mestre
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Nueva estrategia para una futura terapia génica en enfermedades neurodegenerativas de la motoneurona: Producción y estudio funcional de factores neurotróficos fusionados al fragmento C de la tóxina tetánica

Ciriza Astrain, Jesus 04 April 2008 (has links)
El objetivo particular del presente trabajo se encuentra en el objetivo general del desarrollo de nuevos tratamientos, basados en terapia génica para las enfermedades de la motoneurona, particularmente la Esclerosis Lateral Amiotrófica. Estas estrategias están basadas en el transporte específico del fragmento C de la toxina tetánica (TTC), hacia las motoneuronas, de sustancias antiapoptóticas. En el presente trabajo, se han producido las fusiones genéticas de los factores neurotróficos (GDNF y BDNF) y el fragmento C de la toxina tetánica. El efecto sobre la supervivencia neuronal de las proteínas de fusión GDNF-TTC y BDNFTTC se estudió en la línea Neuro 2A. Los resultados mostraron que ambas moléculas presentaban una disminución de la apoptosis de estas células cuando se encontraban en estado de degeneración. Ambas moléculas activan la quinasa Akt, relacionada con la supervivencia celular y más específicamente localizada en el núcleo. Por último, un efecto antiapoptótico del fragmento C de la toxina tetánica fue observado. Estos resultados demuestran que las moléculas GDNF-TTC y BDNF-TTC son funcionales, inhibiendo la apoptosis neuronal.
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Diversidade genética e história evolutiva do lobo-guará (Chrysocyon brachyurus)

Prates Júnior, Paulo Henrique de Souza January 2008 (has links)
Made available in DSpace on 2013-08-07T19:11:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000413361-Texto+Completo-0.pdf: 3020672 bytes, checksum: 80d618daa1aa879b617103bdf1ddd1bc (MD5) Previous issue date: 2008 / The maned wolf (Chrysocyon brachyurus) is the largest South American canid, and has been classified as endangered or near endangered by international conservation agencies and authorities from several countries throughout its distribution. Habitat loss, road killing, domestic dog’s diseases and persecution are the principal threats related to anthropogenic impact. We studied nucleotide substitution from three fragments of the mitochondrial DNA and six nuclear loci from samples obtained from most of the maned wolf distribution to uncover the evolutionary history of the species. We found that the maned wolf has the smallest genetic diversity (π = 0. 0013) reported so far for a species of the order Carnivora, presenting no geographic structure. Using coalescent approaches we found clear signals of a bottleneck before the Last Glacial Maximum followed by a huge population expansion dated to the Last Glacial Maximum. Moreover, we predicted the current modeling distribution for maned wolf and projected its distribution at the Last Glacial Maximum and at the Last Interglacial period, showing that the putative suitable area for this species decreased and was displaced to southern South America during the Last Interglacial period and increased considerably at the Last Glacial Maximum. Based on these results we associated the changes in temperature and humidity during the Late Quaternary to the changes in vegetation distribution which would have shaped the genetic landscape of the maned wolf. / O lobo-guará (Chrysocyon brachyurus) é o maior canídeo sul-americano, que possui uma ampla distribuição geográfica, porém atualmente é considerada uma espécie vulnerável. As principais ameaças são a perda de habitat, atropelamentos, doenças originárias do cachorro doméstico e perseguição. Nesse estudo foram analisadas seqüências de três fragmentos de DNA mitocondrial e seis genes nucleares, de indivíduos representando a maior parte da distribuição da espécie, com o objetivo de entender sua história evolutiva. O lobo-guará apresentou a menor diversidade nucleotídica (π = 0. 0013) registrada para as espécies da ordem Carnivora. Usando a abordagem de coalescência, encontramos evidências significativas de bottleneck anterior ao último máximo glacial seguido de uma grande expansão populacional durante este período. Além disso, pudemos recuperar a distribuição atual com um modelo de predição de nicho, além da distribuição durante o último máximo glacial e também durante o último período interglacial. A área apropriada de ocorrência da espécie decresceu e foi deslocada para o sul do continente durante o último período interglacial, porém cresceu consideravelmente, além da distribuição atual, durante o último máximo glacial. Baseados nestes resultados nós associamos as mudanças na temperatura e umidade durante o Quaternário recente com as mudanças na distribuição da vegetação, as quais devem ter moldado a presente variabilidade genética do lobo-guará.

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