Submitted by Ayla Blanco Poltronieri null (aylinha_bp@hotmail.com) on 2016-03-11T02:05:30Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Pós Defesa.pdf: 1526886 bytes, checksum: b50424a42154b92cbde06c084bf0975d (MD5) / Approved for entry into archive by Sandra Manzano de Almeida (smanzano@marilia.unesp.br) on 2016-03-14T12:33:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 poltronierioliveira_ab_me_sjrp.pdf: 1526886 bytes, checksum: b50424a42154b92cbde06c084bf0975d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-14T12:33:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 poltronierioliveira_ab_me_sjrp.pdf: 1526886 bytes, checksum: b50424a42154b92cbde06c084bf0975d (MD5) Previous issue date: 2016-03-04 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Introdução: A inflamação crônica desencadeada pela bactéria Helicobacter pylori (H. pylori), a qual é considerada o principal fator ambiental relacionado ao câncer gástrico, está associada ao desenvolvimento e progressão de lesões gástricas pré-cancerosas, desencadeando diversas modificações histológicas e moleculares que promovem a transformação maligna do estômago. Para isso, conta com fatores de virulência que promovem alterações superficiais e em vias de sinalização das células epiteliais gástricas. Consequentemente pode levar a alterações no padrão de expressão de genes supressores tumorais e da atividade de enzimas DNA metil transferases (DNMTs), responsáveis pela metilação do DNA e silenciamento gênico. Objetivos: O presente estudo avaliou se a infecção pela bactéria H. pylori, bem como sua erradicação, altera a expressão do RNAm dos genes supressores SOCS1, RPRM, RUNX3 e dos genes de DNMTs (DNMT1, DNMT3A e DNMT3B) em pacientes com gastrite crônica infectados (Hp+) em comparação com indivíduos com gastrite crônica sem infecção (Hp-). Além disso, investigou a ocorrência de correlação negativa entre a expressão do RNAm dos genes supressores tumorais com a dos genes das DNMTs, assim como a associação dos níveis de expressão gênica em relação aos fatores de risco idade, sexo, tabagismo, etilismo e genótipo bacteriano cagA. Material e Métodos: A quantificação relativa (RQ) do RNAm foi realizada por PCR (polymerase chain reaction) quantitativa em tempo real (qPCR) utilizando ensaios TaqMan® em 9 pacientes com gastrite crônica Hp- e 19 Hp+, sendo estes também avaliados três meses depois da terapia de erradicação bacteriana. O diagnóstico molecular e genotipagem do fator de virulência cagA foram realizados por PCR convencional. Resultados: Os resultados mostraram que a infecção pela H. pylori e sua erradicação não alteraram significantemente a expressão dos genes SOCS1, RPRM, RUNX3 e DNMTs, as quais apresentaram, de modo geral, expressão reduzida (RQ< 1,0), enquanto foi observado expressão mais elevada de SOCS1 e RPRM no grupo sem infecção Hp-. Quanto aos fatores de risco, também não foram encontradas associações significantes com os níveis de expressão dos genes avaliados. A análise de correlação não mostrou correlação negativa da expressão gênica entre os supressores tumorais e as DNMTs, mas evidenciou algumas correlações positivas entre a expressão dos genes SOCS1 e DNMT1 e do RPRM com DNMT3A e DNMT3B no grupo Hp+, que podem ter sido casuais. Conclusão: Nossos resultados não indicam que a infecção causada pela bactéria H. pylori e sua erradicação em pacientes com gastrite crônica afetam a expressão dos supressores tumorais SOCS1, RPRM, RUNX3 e das DNMTs, assim como que seja influenciada pelos fatores idade, sexo, tabagismo, etilismo e genótipo bacteriano cagA. Além disso, a expressão reduzida das DNMTs e ausência de correlação negativa com a dos genes supressores tumorais não permite indicar que a baixa expressão dos genes supressores tumorais seja devido a hipermetilação do DNA em consequência da infecção. / Introduction: Chronic inflammation caused by Helicobacter pylori (H. pylori), which is considered the main environmental factor related to gastric cancer, is associated with the development and progression of precancerous gastric lesions, triggering several histological and molecular changes that promote stomach malignant transformation. For this, it has virulence factors promoting superficial and signaling pathways of gastric epithelial cells changes. Consequently, it can lead to alterations in the expression of tumor suppressor genes and DNA enzyme activity methyl transferases (DNMTs), responsible for DNA methylation and gene silencing. Objectives: This study evaluated whether the infection by the bacterium H. pylori and its eradication change the mRNA expression of suppressor genes SOCS1, RPRM, RUNX3 and DNMTs (DNMT1, DNMT3A and DNMT3B) genes in patients with chronic gastritis infected (Hp+) compared to individuals with chronic gastritis without infection (Hp-). In addition, we investigated the occurrence of negative correlation between mRNA expression of tumor suppressor genes with the ones of DNMTs, as well as the association of gene expression levels in relation to the risk factors age, sex, smoking, drinking and bacterial genotype cagA. Methods: The relative quantification (RQ) mRNA was performed by PCR (polymerase chain reaction) quantitative real-time (qPCR) using TaqMan® assays in 9 patients with chronic gastritis Hp- and 19 Hp+, which are also evaluated three months after bacterial eradication therapy. The molecular diagnostics and genotyping of the virulence factors CagA were performed by standard PCR. Results: The results showed that the infection by H. pylori and eradication did not significantly alter the gene expression of SOCS1, RPRM, RUNX3 and DNMTs, which presented, in general, reduced expression (RQ <1.0); on the other hand, higher expression of SOCS1 and RPRM was observed in the group without Hp- infection. As for risk factors, no significant associations with the expression levels of evaluated genes were found. The correlation analysis not showed a negative correlation of gene expression in the tumor suppressor and DNMTs, but showed some positive correlations between the expression of SOCS1 and DNMT1 genes and RPRM with DNMT3A and DNMT3B the Hp + group, which may have been casual. Conclusion: Our findings do not indicate that the infection caused by the bacterium Helicobacter pylori and its eradication in patients with chronic gastritis affect the expression of tumor suppressor SOCS1, RPRM, RUNX3 and DNMTs, as it is influenced by factors such as age, sex, smoking, alcoholism and bacterial genotype cagA. Furthermore, the reduced expression of DNMTs and no negative correlation with the tumor suppressor genes do not indicate that the low expression of tumor suppressor genes is due to DNA hypermethylation in consequence of infection. / CNPq: 474.776/2013-1 / FAPESP: 2012/15036-8

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-09-29T15:40:45Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_ComparacapCepasHelicobacter.pdf: 553158 bytes, checksum: aaa0b8cac9880eb73c7991f3ccb45cfb (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-10-02T15:07:25Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_ComparacapCepasHelicobacter.pdf: 553158 bytes, checksum: aaa0b8cac9880eb73c7991f3ccb45cfb (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-02T15:07:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_ComparacapCepasHelicobacter.pdf: 553158 bytes, checksum: aaa0b8cac9880eb73c7991f3ccb45cfb (MD5) Previous issue date: 2006 / A infecção pela Helicobacter pylori, é extremamente frequente em todo o mundo, com prevalência maior em países em desenvolvimento. Está associada à gastrite crônica, úlcera gástrica e duodenal e é considerada um fator de risco para câncer gástrico e linfoma MALT do estômago. As rotas de transmissão desta bactéria ainda não estão completamente esclarecidas, sendo as mais prováveis a oral-oral e fecal-oral. A importância da presença da bactéria da placa dental permanece obscura, podendo constituir-se em fonte de infecção gástrica. Objetivando identificar e correlacionar as cepas da H. pylori presentes em biopsias gástricas e em amostras de placa dental, foram avaliados 99 pacientes adultos dispépticos, submetidos a endoscopia digestiva alta no Hospital Universitário João de Barros Barreto, da Universidade Federal do Pará, no ano de 2005. Amostras da placa dental foram obtidas utilizando coletores esterilizados, e analisadas pelo teste da urease e pela Reação em cadeia da polimerase (PCR). Durante a endoscopia, seis biopsias foram retiradas do antro gástrico e analisadas pelo teste da urease, exame histopatológico e PCR, após consentimento informado e aprovação pelo Comitê de Ética do Hospital Universitário João de Barros Barreto. Os resultados obtidos foram analisados utilizando-se o programa BioEstat 3.0. A bactéria foi identificada em 96% das biopsias gástricas e em 72% das amostras de placas dentais, diferença estatisticamente significante (p<0,001). Em relação à idade e sexo, não houve diferença estatística. Todos os pacientes apresentaram alterações gástricas, sendo que 18% apresentaram grau maior de severidade, com lesões ulceradas à endoscopia e/ou lesão pré-maligna do tipo metaplasia intestinal à histopatologia, nestes houve concomitância de infecção na placa dental e mucosa gástrica em 82,4%. Dentre os testes utilizados o de maior sensibilidade foi a PCR, tanto em amostras gástricas como na placa dental. Nos casos de positividade para a bactéria na placa dental (71 casos), houve coincidência entre as cepas da mucosa gástrica e placa dental em 89%. O genótipo mais frequentemente identificado foi s1bm1 cagA positivo, tanto na mucosa gástrica, quando na placa dental. As cepas tipo 1, consideradas as mais patogênicas foram encontradas em 63 pacientes na mucosa gástrica e em 58 pacientes na placa dental. A frequência elevada da H. pylori na placa dental, pode ser um indicador de que a cavidade oral seria um sítio de colonização deste micro-organismo, a partir do qual poderia ser diretamente disseminada, constituindo-se em um fator de risco para infecção gástrica. / Helicobacter pylori infection is extremely frequent over the world, mainly in development countries, including Brazil. It’s associated to chronic gastritis, duodenal and gastric ulcer, and is considered as an important risk factor for gastric cancer and gastric MALT lymphoma. The transmission routes remain unclear, but oral-oral and fecal-oral routs seem to be the most probable ones. The value of the presence of the bacteria on the dental plaque also remains unclear, and it maybe a source for gastric infection. Aiming in identifying and correlating the H. pylori stains found in gastric mucosa and dental plaque of 99 adult dyspeptic patients submitted to upper digestive endoscopies at Hospital Universitário João de Barros Barreto, in 2005 were evaluated. Samples from dental plaque were collected by sterile sticks and urease test and polymerase (PCR) chain reaction were undertaken. During the endoscopic procedure 6 pieces were collected from antrun and investigated by urease test, histopathology and PCR, after obtaining informed consent. The results were analyzed using BioEstat 3.0 package. The bacteria was found in 96% of gastric samples and in 72% of dental plaque samples, and this difference was statistically significant (p<0,001). There weren’t statistically significant differences related to age or gender. Every patient presented gastric diseases. In 18% of the cases lessons considered as of higher severity such as ulcers or pre-malignant lesions, as intestinal metaplasia, were found, and, among these, there were 82.4% of cases with both gastric and dental plaque infection. PCR was the most efficient test either on dental plaque and gastric mucosa samples. Among the 71 cases where the dental plaque samples were positive for the presence of the bacteria, the stains were identical to the gastric mucosa H pylori stains in 89%. The most common genotype was s1bm1cagA positive, either at dental plaque and gastric mucosa. The type 1 strains, considered the most pathogenic ones, were found in 63 patients on gastric mucosa and in 58 patients on dental plaque. The high frequency of H. pylori found on dental plaque might indicate the oral cavity as a colonizing locus for this bacteria and a risk factor for gastric infection.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-10-16T16:24:16Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AssociacaoVariantesRegiao.pdf: 1409940 bytes, checksum: 8e34e8ff0f8dd9a4764a50dee1d96ab2 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-10-18T14:50:30Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AssociacaoVariantesRegiao.pdf: 1409940 bytes, checksum: 8e34e8ff0f8dd9a4764a50dee1d96ab2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-18T14:50:30Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AssociacaoVariantesRegiao.pdf: 1409940 bytes, checksum: 8e34e8ff0f8dd9a4764a50dee1d96ab2 (MD5) Previous issue date: 2012 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A citotoxina CagA do Helicobacter pylori, codificada pelo gene cagA, é associada ao aumento da resposta inflamatória do tecido gástrico e a alteração do controle do crescimento e proliferação celular. A ativação desta citotoxina ocorre pela fosforilação em resíduos específicos de tirosina dentro de uma sequência de aminoácidos denominada motif EPIYA, sendo quatro os tipos de motifs descritos na literatura (EPIYA-A,-B,-C e-D). Contudo, o sítio EPIYA-C constitui o local mais comum de fosforilação de proteínas CagA das cepas bacterianas isoladas nos países ocidentais, podendo ainda ser encontrado em repetições. Assim, este estudo teve como objetivo determinar os tipos de motifs EPIYA de CagA presentes em pacientes com gastrite e adenocarcinoma gástrico e sua associação com estas doenças. Foram coletadas amostras de biópsias gástricas de 384 pacientes infectados por H. pylori, dos quais 194 apresentavam gastrite crônica e 190 adenocarcinoma gástrico. As biópsia gástrica foram utilizadas para análise histológica, extração de DNA bacteriano e análise do gene cagA por PCR. Houve predomínio de adenocarcinoma gástrico no sexo masculino, com média de idade de 58 anos. O gene cagA foi mais prevalente nos pacientes com câncer gástrico, apresentando associação com maior grau de inflamação, atividade neutrofílica e desenvolvimento de metaplasia intestinal (OR = 4,31, IC 95% = 2,71-6,87, p <10-3; OR = 3,57, IC 95% = 2,18 – 5,84, p <10-3; OR = 11,11, IC 95% = 5,48 – 22,30, p <10-3; OR = 3,65, IC 95% = 1,50-8,88, p=0,004, respectivamente). O número de repetições do sítio EPIYA C foi significativamente associada com o aumento do risco de carcinoma gástrico (OR = 2,99, IC 95% = 1,53-5,82, p <10-3) e o maior número de motifs EPIYA C também foi associado com metaplasia intestinal (p = 0,02). Neste estudo a infecção por cepas de H. pylori portadoras do gene cagA com mais de um motif EPIYA-C demonstrou associação com o desenvolvimento de metaplasia intestinal e adenocarcinoma gástrico, entretanto, não apresentou associação com a atividade neutrofílica e grau de inflamação. / Helicobacter pylori CagA cytotoxin, encoded by the cagA gene, has been associated with increased inflammatory response in gastric tissue and the change in control of cell growth and proliferation. Activation of this cytotoxin occurs by phosphorylation in specific tyrosine residues within an amino acid sequence termed motif EPIYA, four types of motifs are described in the literature (EPIYA-A,-B-C and D). However, the site EPIYA-C is the most common site of phosphorylation of CagA protein of the bacterial strains isolated in Western countries, may still be found in repetitions. This study aimed to determine the types of motifs EPIYA of CagA present in patients with gastritis and gastric cancer and its association with these diseases. Were collected samples from gastric biopsies of 384 patients infected with H. pylori, of this 194 presented chronic gastritis and 190 had gastric cancer. The gastric biopsy was used for bacterial DNA extraction and analysis of the cagA gene by PCR. The prevalence of gastric cancer occurs in males, mean age 58 years. The cagA gene was more prevalent in patients with gastric cancer, showing association with a higher degree of inflammation, neutrophil activity and development of intestinal metaplasia (OR = 4,31, IC 95% = 2,71-6,87, p <10-3; OR = 3,57, IC 95% = 2,18 – 5,84, p <10-3; OR = 11,11, IC 95% = 5,48 – 22,30, p <10-3; OR = 3,65, IC 95% = 1,50-8,88, p=0,004, respectively). The number of repetitions EPIYA-C site was significantly associated with increased risk of gastric cancer (OR = 2,99, IC 95% = 1,53-5,82, p <10-3). The higher number of motifs EPIYA-C was also associated with intestinal metaplasia (p = 0,02). In this study the infection by strains of H. pylori carriers cagA gene with more than one motif EPIYA-C shown to be associated with the development of intestinal metaplasia and gastric cancer, but without an association to neutrophil activity and degree of inflammation.