Orientador: Josineudson Augusto II de Vascocelos Silva / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Resumo: O Brasil tem papel de destaque no setor da agropecuária mundial, tendo o maior rebanho comercial do mundo, ocupando o posto de maior exportador de carne bovina na atualidade. O rebanho do país é formado majoritariamente por animais de raças zebuínas, sendo em sua maioria da raça Nelore. No entanto, a pecuária de corte nacional, em geral apresenta baixa produtividade e inconstância na qualidade do produto final, a carne. A busca por alternativas que possam melhorar a eficiência e a produtividade do sistema, aumentando a lucratividade e qualidade da carne produzida no país, é um dos desafios da pecuária brasileira. Portanto, avaliar a associação genética existente entre características que tem influência direta na produtividade da pecuária de corte nacional, pode contribuir para a melhoria do setor. Neste contexto, elucidar a associação genética existente entre a precocidade sexual de fêmeas e a deposição de gordura na raça Nelore, disponibilizando ferramentas para identificar animais (touros) que produzam novilhos que são precoces em acabamento de carcaça e novilhas precoces sexualmente, pode contribuir para encurtar o ciclo de produção da bovinocultura de corte e aumentar a lucratividade e produtividade do sistema. Desta forma, objetivou-se com o presente estudo, estimar as correlações genéticas de característica indicadora de precocidade sexual com características de qualidade de carne de bovinos Nelore, visando obter informações que possam ser incorporadas aos programas de melhoramento genético animal com finalidade de aumentar os índices de produtividade e qualidade da carne bovina produzida no país. Os dados utilizados no estudo são oriundo de três programas de melhoramento genético, DeltaGen, Paint e Nelore Qualitas. Para a característica de precocidade sexual, foram utilizados registros de 55.945 fêmeas com pesagem pós desmama, e nascidas no período de 1993 a 2012. Para obter os... / Abstract: Brazil has a world's prominent role in the agricultural sector, and the largest commercial herd in the world, occupying, nowadays, the position of largest beef exporter. The country's herd is mainly composed of Bos indicus breed, specially Nellore breed. However, it is known that, in general, Bos indicus breeds have low productivity index and produces meat of lower quality then Bos taurus. Seeking for alternatives that may improve the efficiency and productivity of the animals, increasing the profitability and the meat quality produced in the country, is the challenges of the Brazilian livestock. Therefore, assessing the genetic association between traits that have direct influence on the productivity may contribute to the improvement of the sector. Within this context, elucidating the genetic association between sexual precocity of females and fat deposition in Nellore, providing tools to identify animals (bulls) that produce calves that are early in carcass finishing and sexually precocious heifers, may contribute to short the production cycle of beef cattle and increase profitability and productivity of the system. Thus, the aim of the present study is to estimate the genetic correlations between sexual precocity trait and meat quality traits in Nelore cattle, in order to obtain informations that can be incorporated into animal breeding programs. For sexual precocity trait, all records of females that were born from 1993 to 2012 were used. For carcass and meat quality traits were used only males, born from 2008 to 2011, fed for finishing in a period of 90 days. Variance components were estimated by Bayesian inference using bull linear model for the EGS characteristics, MARM and LIP and non-linear sire model (threshold) to PREC. Two-trait analyzes were carried out, involving the PREC feature and one of the three characteristics, EGS, MARM or LIP. The heritability estimates obtained by bi-trait analyzes were 0.06, 0.03 and 0.05, for ... / Mestre

Orientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Angélica Simone Cravo Pereira / Coorientador: Guilherme Costa Venturini / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Mônica Roberta Mazalli / Resumo: O perfil de ácidos graxos (AG) intramuscular da carne é importante para a saúde humana, além de ser responsável pelo sabor e suculência da carne. A quantidade total de AGs no Longissimus thoracis é um preditor de palatabilidade e o principal determinante do valor da carcaça de acordo com os padrões internacionais de qualidade da carne. Sabe-se que o tipo de AG tem um impacto maior sobre questões de saúde quando comparado com a quantidade total. Há uma falta de estimativas de parâmetros genéticos para perfil de ácidos graxos da carne em Bos indicus, uma vez que as raças zebuínas são a fonte predominante de carne bovina em regiões tropicais e sub-tropicais. Portanto, os resultados obtidos no presente estudo deve apoiar os agricultores e pesquisadores, a fim de definir critérios de seleção para melhorar a composição de ácidos graxos da carne de gado zebu. Objetivou-se com este estudo estimar componentes de (co)variância e parâmetros genéticos para composição de AG na carne de 937 touros Nelore terminados em confinamento por um período de 90 dias, com idade média de 24 meses e peso de abate entre 500-550kg. Os AG foram analisados no Longissimus thoracis e quantificados por cromatografia gasosa. Os grupos contemporâneos foram organizados de acordo com fazenda de nascimento, safra, e grupo de manejo ao sobreano. Os 14 ácidos graxos seguintes foram quantificados: palmítico (C16:0), esteárico (C18:0), oleico (C18:1 cis-9), linoleico (C18:2 cis-6), CLA (C18:2 cis-9 trans-11), CLA (C18:2 trans-10 cis-12), linolênico (C18:3 n3), miristico (C14:0), miristoleico (C14:1), elaidico (C18:1 n9t), vacênico (18:1 t11), eicosatrienoico (C20:3 n6 cis-8,11,14), eicosatrienoico (C20:3 n3 cis-11,14,17) e araquidônico (C20:4). As proporções dos AG saturados (AGS), monoinsaturados (AGMI), poli-insaturados (AGPI), n-9, n-6 e n-3 foram calculados usando as concentrações dos AG individuais. O modelo utilizado para a estimação... / Abstract: The intramuscular fatty acid (FA) profile in beef is important for human health, as well as being responsible for meat flavor and juiciness. The total quantity of FAs in the Longissimus thoracis predicts palatability and is the main determinant of carcass value by international standards of meat quality. It has been known that the type of FA has a larger impact on health issues when compared to the total quantity of such. There is a lack of genetic parameter estimates for beef fatty acid profile in Bos indicus, since the zebu breeds are the predominant source of beef in tropical and sub-tropical regions. Therefore, the results obtained in the present study should support farmers and researchers in order to define selection criteria to improve the beef fatty acid composition in zebu cattle. The objective of this study is to estimate (co)variance components and genetic parameters for beef FA composition in 937 Nellore bulls, previously kept in feedlot for a 90 day period with an average of 24 months of age and 500-550kg of slaughter weight. The FA profile was analyzed in Longissimus thoracis samples using a gas chromatography. The contemporary groups were organized based on farm and year of birth, and management group at yearling. The following 14 fatty acids were quantified: palmitic (C16:0), stearic (C18:0), oleic (C18:1 cis-9), linoleic (C18:2 cis-6), CLA (C18:2 cis-9 trans-11), CLA (C18:2 trans-10 cis-12), α-linolenic (C18:3 n3), myristic (C14:0), myristoleic (C14:1), elaidic (C18:1 n9t), vaccenic (18:1 t11), eicosatrienoic (C20:3 n6 cis-8,11,14), eicosatrienoic (C20:3 n3 cis-11,14,17) and arachidonic (C20:4). The proportion of saturated (SFA), monounsaturated (MUFA), polyunsaturated (PUFA), n-9, n-6 and n-3 were calculated using the individual fatty acid concentration. The model used for the (co) variance estimation included direct random genetic effect, the fixed effect of the CG, and the animal's slaughter age as a covariable ... / Mestre

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Luciana Correia de Almeida Regitano / Coorientador: Fabiana Barichello Mokry / Banca: Luiz Lehmann Coutinho / Banca: Rogério Abdallah Curi / Banca: Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Resumo: A seleção para taxa de crescimento utilizando o número de dias para atingir determinado peso ou ganho de peso médio resultaria em menores ciclos de produção. Manter o aumento da produtividade exige, entre outros fatores, a utilização de animais melhorados, tanto nos sistemas de pastagem quanto de confinamento. Além disso, as informações genômicas podem ser usadas para predizer os valores genéticos genômicos (GEBVs) mais cedo na vida dos animais, o que reduziria os intervalos de geração e aumentaria os ganhos de produtividade. Inúmeros trabalhos tem sido conduzidos para identificar metodologias apropriadas à determinadas raças e características, o que irá resultar em GEBVs mais acurados. Os objetivos deste estudo foram comparar a acurácia de predição dos GEBVs e a habilidade de identificar regiões genômicas e genes relacionados ao ganho de peso médio diário em bovinos da raça Nelore, pela aplicação de diferentes modelos de regressão e densidades genotípicas. Informações genômica e fenotípica de 804 novilhos nascidos em três safras, filhos de 34 touros, foram utilizadas para predizer GEBVs por meio de três modelos (Bayesian GBLUP, BayesA e BayesC ), quatro densidades genotípicas (Illumina BovineHD BeadChip, TagSNPs, GeneSeek indicus de alta (HDi) e baixa (LDi) densidades) e dois fenótipos ajustados. A estrutura de família foi considerada por meio da análise de componentes principais. Os animais foram distribuídos em subconjunto de treinamento (safras 1 e 2) ou validação (safra 3) para realização da análise de validação cruzada. Estimativas de correlação de Pearson, coeficientes de regressão e erro quadrado médio foram usados para avaliar acurácia, inflação e viés dos GEBVs estimados, respectivamente. O estudo de associação ampla do genoma (GWAS) também foi realizado nos mesmos conjuntos de dados, entretanto, os resultados foram comparados com... / Abstract: Selection for fast growth rates using number of days to achieve specific weights or average weight gain would result in shorter production periods. Maintaining the rate of productivity increasing will demand, among other factors, genetically improved animals in both pasture and feedlot systems. Besides, genomic information could be used to predict genomic-enabled breeding values (GEBVs) earlier in animals' life, which would reduce generation intervals and increase productivity gains. Numerous studies have been conducted in order to identify appropriate methodologies to specific breeds and traits, which will result in more accurate GEBVs. The aim of this study was to compare the prediction accuracy of GEBVs and the ability to identify genomic regions and genes related to average weight daily gain in Nelore cattle, by applying different regression models and genotypes densities datasets. Genomic and phenotypic information of 804 steers born in three season, offspring of 34 bulls, were used to predict GEBVs through three models (Bayesian GBLUP, BayesA and BayesC ), four genotypic densities (Illumina BovineHD BeadChip, TagSNPs, GeneSeek Genomic Profiler High (HDi) and Low (LDi) density indicus) and two adjusted phenotypes. Family structure was accounted by using principal component analysis. Animals were assigned either to training (seasons 1 and 2) or testing (season 3) subsets to perform the cross-validation analysis. Estimates of Pearson correlation, regression coefficients and mean squared errors were used to access accuracy, inflation and bias of the estimated GEBVs, respectively. Genome-wide association study (GWAS) was also performed on above datasets, however, results were compared based on ... / Doutor

Orientador: Fernando Sebástian Baldi Rey / Coorientador: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Resumo: Com a necessidade de tornar a bovinocultura de corte mais rentável e ao mesmo tempo sustentável, as características associadas à eficiência alimentar ganham importância. O consumo alimentar residual (CAR), sugerido como parâmetro de eficiência tornou-se uma ferramenta para a seleção de animais mais eficientes. Atualmente ferramentas genômicas tornaram-se disponíveis devido ao avanço da tecnologia no uso de marcadores moleculares, como os SNPs. Diante disso, associar regiões genômicas com o CAR, ganho de peso e demais características relacionadas eficiência alimentar pode ter um futuro promissor. O objetivo do estudo foi associar dados genômicos a partir do uso de chips de alta densidade de SNPs para identificação de regiões QTL ligadas à características como eficiência alimentar, ganho de peso, consumo alimentar e CAR de 896 animais da raça Nelore. O modelo utilizado na predição dos valores genéticos para as características em estudo foi o ssGBLUP. Os efeitos e variâncias dos marcadores SNPs foram estimados pela metodologia ssGWAS, onde os efeitos dos SNPs são obtidos a partir dos valores genômicos estimados pelo modelo ssGBLUP. Os componentes variâncias e parâmetros genéticos foram estimados utilizando a inferência Bayesiana. Com os resultados obtidos dos estudos de associação genômica foi realizada a prospecção de genes para identificar os SNPs que apresentaram associação com os indicadores de eficiência alimentar e buscar genes que possam influenciar a expressão das características. Para determinar as possíveis regiões de QTL, foram selecionados os segmentos que explicassem valores iguais ou superiores a 1% da variância genética aditiva. No total foram encontradas 51 regiões genômicas distribuídas pelas características em análise. Para identificação e posicionamento dos SNPs no genoma bovino foi realizado um levantamento no banco de dados disponíveis no NCBI e Ensembl. A classificação... / Abstract: The need to turn the beef production more profitable and at the same time sustainable, the traits associated with feed efficiency are gaining importance. The residual feed intake (RFI), suggested as a parameter for feed efficiency and it has become a tool for the selection of more efficient animals. In recent years, a large number of genomic tools become available due to advancement of the technology of molecular markers, such as SNPs. Therefore, genomic regions associated with the SNP markers for residual feed intake (RFI), weight gain and other traits related to feed efficiency have a promising future, with selection of more efficient animals. This study aimed to associate genomic data from the use of highdensity chips to identify QTL regions linked to traits such as feed efficiency, weight gain, feed intake and CAR 896 Nelore cattle, from the Animal Science Institute, located in Sertãozinho. The model used for the prediction of breeding values of the traits was the ssGBLUP. This ssGBLUP model, besides using phenotypic and genotypic data, also use pedigree information. With the results of genomic association studies, it was performed the search for genes to identify SNPs that were associated with the feed efficiency indicators and seek genetic regions and genes that may, in fact, influence the expression of the traits. To determine the possible QTL regions, the segments that explain values greater than or equal to 1% of the additive genetic variance were selected. A total of 51 genomic regions for the studied traits were found. For identification and positioning of the SNPs in the bovine genome was conducted a survey on the database available in the NCBI and Ensembl. The classification of genes as biological function was performed by the website DAVID. The heritability estimate for feed efficiency was low (0.13), moderate for residual feed intake (0.18), and moderate to high magnitude for weight gain (0.43) and feed intake (0.47). A ... / Mestre

Orientador: Henrique de Oliveira / Coorientador: Rogério Abdallah Curi / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Banca: Cláudia Cristina Paro de Paz / Resumo: Características reprodutivas, como a ocorrência de prenhez precoce, são mais importantes economicamente ao comparar-se com as características de crescimento. Desta forma, o aumento da taxa de fertilidade e emprego de animais geneticamente superiores é determinante no progresso da produtividade nas fazendas comerciais de produção de carne bovina. A seleção modifica as frequências alélicas de uma população ao transmitir as variantes gênicas mais interessantes. Considerando o desequilíbrio de ligação, alguns locos adjacentes às mutações favoráveis são transmitidos ao longo das gerações. Estes são conhecidos como assinaturas de seleção e podem ser identificados com o uso de "chips" de SNP e metodologias estatísticas adequadas. Com o objetivo de identificar assinaturas de seleção recentes em QTL previamente mapeados para características reprodutivas de fêmeas bovinas ligadas à precocidade sexual, foram genotipadas 2.035 fêmeas da raça Nelore (Bos taurus indicus) com o chip "Illumina BovineHD BeadChip". Posteriormente foi inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos haplótipos. A detecção de assinaturas de seleção foi realizada por meio da aplicação da metodologia "Relative Extended Haplotype Homozygosity" (REHH). A identificação de genes que contribuem para a importância da característica nestas regiões foi feita com a ferramenta Map Viewer do "National Center for Biotechnology Information"- NCBI e GBrowse carregada com o genoma bovino versão UMD 3.1. Foram detectadas ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Some reproductive traits such as early pregnancy are more profitable than those related to growth. Increasing fertility rate and using genetically superior animals are crucial in productivity of meat commercial farms. Artificial selection modifies allele frequencies of a cattle population by transmitting the most significant gene variants. Considering linkage disequilibrium, some loci adjacent to favorable mutations are transmitted across generations. Known as signatures of selection, such locations can be identified by the SNP chips, and appropriate statistical methods. To determine recent selection signature in quantitative trait loci (QTL) previously mapped for reproductive cow features linked to sexual precocity, 2,035 Nelore (Bos taurus indicus) females were genotyped by Illumina Bovine chip. After, inferring the connection phase of SNPs allowed haplotype reconstruction. Selection signatures were detected by Relative Extended Haplotype Homozygosity (REHH) method. Genes supposedly important were recognized by Map Viewer from the National Center for Biotechnology Information (NCBI), and also through a loaded GBrowse with bovine genome UMD, version 3.1. A total of 2,756 core regions were detected, with an average size of 27.6 ± 29.1 Kb, covering 70.1 Mb of 25 chromosomes. 17,312 SNPs are involved in the formation of core regions with at least 10 on BTA27, and a maximum of 20 SNPs on 1, 3-7, 9-15, 18-21, and 23-24 chromosomes. We identify 40 possible recent selection signatu... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Gerardo Alves Fernandes Júnior / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Raphael Bermal Costa / Resumo: A habilidade de permanência (HP), que pode ser definida como a probabilidade de uma vaca parir numa determinada idade, dado que ela teve esta oportunidade, é uma característica reprodutiva de grande importância em bovinos de corte, estando diretamente relacionada à produtividade do rebanho. O objetivo deste trabalho foi estimar parâmetros genéticos e identificar possíveis regiões do genoma que estejam associadas com a expressão fenotípica da HP de vacas da raça Nelore. Os componentes de variância foram estimados por inferência bayesiana utilizando um modelo de limiar no qual foram considerados os efeitos sistemáticos de grupos de contemporâneos e precocidade sexual, e os efeitos aleatórios de animal e resíduo.Os efeitos dos SNPs foram estimados por meio da metodologia ssGBLUP, sendo utilizados na análise 2838 animais genotipados com o painel de alta densidade da Illumina (Bovine HD Assay Illumina, San Diego, CA, USA). A variância explicada por janelas formadas por 200 SNPs consecutivos foi utilizada na identificação das regiões de maior efeito sobre a expressão da característica HP. A herdabilidade encontrada utilizando a matriz A (pedigree) foi de 0,11±0,01 e utilizando a matriz H( matriz de parentesco que combina a informação de pedigree e dos SNPs) de 0,14±0,01. Foram encontrados 147 genes candidatos para a característica habilidade de permanência em regiões dos cromossomos 1, 2, 5, 6, 9, 20 e no cromossomo sexual X. Novas regiões candidatas para a característica habilida... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Stayability, which can be defined as the probability of a cow calving to a certain age since it has this opportunity, is a reproduction trait of great importance in beef cattle and is directly related to the productivity of the herd. The objective of this study was to estimate variance components through single-step G-BLUP methodology, and use the solutions of the SNPs effects to identify possible regions of the genome that are associated with the phenotypic expression of stayability in Nellore cows. The variance components were estimated by Bayesian inference using a threshold model in which were considered the fixed effects of precocity and contemporary groups, and the random effects of residue and animal. The effects of SNP were estimated by ssGBLUP methodology being used for the analysis 2838 animals genotyped with the Illumina panel of high density ( HD Assay Bovine Illumina, San Diego, CA, USA ). A Manhattan plot containing the variance explained by the windows formed by 200 SNPs consecutive was used to identify regions of greatest effect on the expression of stayability trait. The heritability found using the A matrix was 0.11 ± 0.01 and using the H matrix was 0.14 ± 0.01. 147 potential genes for stayability were found in regions of chromosomes 1,2,5,6,9,20 and sexual chromosome X. New candidate regions for stayability were detected and most of them are related to reproductive, immune and nervous system. / Mestre

Orientador: Mateus José Rodrigues Paranhos da Costa / Banca: Josineudson Augusto II Vasconcelos Silva / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Resumo: O objetivo do presente estudo foi estimar parâmetros genéticos e fenotípicos para características reprodutivas e de temperamento em bovinos da raça Nelore. Os registros referentes às características reprodutivas foram provenientes de animais nascidos entre os anos de 1990 e 2009, obtidos a partir do arquivo zootécnico da Agropecuária Jacarezinho Ltda®. Para as características de temperamento, foram utilizados dados de 16.800 animais (machos e fêmeas) nascidos entre 2008 e 2012. O temperamento foi avaliado aos 18 meses de idade com aplicação de cinco testes: escore de movimentação (MOV), escore de tensão (TENS), escore de contenção (EC), velocidade de fuga (VF) e escore de temperamento (ET). As características reprodutivas utilizadas foram: habilidade de permanência no rebanho (ou stayability, STAY) e reconcepção da novilha (REC). Para VF foi utilizado um modelo linear, e para MOV, TENS, EC, ET, STAY e REC, um modelo Bayesiano não linear. As estimativas de herdabilidade para as características de temperamento variaram de 0,09 ± 0,03 a 0,21 ± 0,02, e para as características reprodutivas, de 0,14 ± 0,02 a 0,23 ± 0,02, indicando que as características utilizadas no presente estudo podem responder à seleção direta e promover progresso genético na raça Nelore. As estimativas de correlações genéticas entre as características reprodutivas e de temperamento foram de baixa a moderada magnitude, como segue: REC-EC (-0,26 ± 0,14), REC-VF (-0,06 ± 0,10), REC-MOV (-0,22 ± 0,11), REC-ET (... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to estimate genetic and phenotypic correlations between the reproductive and temperament traits in Nellore cattle. Reproductive traits records were obtained from Agropecuária Jacarezinho Ltda® database, considering the animals born between 1990 and 2009. The temperament traits were measured in 16,800 animals (males and females) born between 2008 and 2012. The temperament was evaluated when the animals were 18 months of age, by applying five measurements: movement score (MOV), tension score (TENS), crush score (EC), flight speed (VF) and temperament score (ET). The reproductive traits were: stayability (STAY) and heifers rebreeding (HR). For FS was used a linear model and to MOV, TENS, CS, ET, STAY and HR was used a Bayesian non-linear model (threshold). The heritability estimates for the temperament traits ranged from 0.09 ± 0.03 to 0.21 ± 0.02 and from 0.14 ± 0.02 to 0.23 ± 0.02 for reproductive traits, indicating that temperament and reproductive can respond to direct selection and promote genetic progress in Nellore cattle. The estimates of genetic correlation between the reproductive and temperament traits were of low and moderate magnitude, as follow: REC-EC (-0,26 ± 0,14), REC-VF (-0,06 ± 0,10), REC-MOV (-0,22 ± 0,11), REC-ET (-0,12 ± 0,14), REC-TENS (-0,09 ± 0,14), STAY-EC (-0,23 ± 0,18), STAY-VF (0,02 ± 0,11), STAY-MOV (-0,02 ± 0,14), STAY-ET (-0,07 ± 0,15) e STAY-TEM (-0,07 ± 0,15). The phenotypic correlations of HR and STAY with temperament... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: José Fernando Garcia / Banca: Silvana de Cássia Paulan / Banca: Flávia Lombardi Lopes / Resumo: O gene High Mobility Group AT-hook2 (HMGA2) apresentou fortes evidências de estar associado com o tamanho de umbigo em bovinos da raça Nelore através da análises de associação genômica ampla (GWAS). Diversos relatos de associação desse gene a fenótipos do âmbito da morfologia corporal existem para diferentes espécies, tais como altura em humanos, cães e equinos, e tamanho da orelha em suínos. Descobertas recentes demonstraram que o gene HMGA2 está associado avia metabólica de grande importância fisiológica e biológica que tem como um dos principais fatores o PLAG1 (Pleomorphic adenoma gene1), que está associado ao fator de crescimento semelhante à insulina 2 (IGF2), importante regulador do crescimento e da reprodução em bovinos. No presente trabalho, foi descritaa identificação e caracterização de variação no número de cópias (CNV) cromossomo 5 do cromossomo bovino, na região do gene HMGA2 que apresenta associação a característica de tamanho de umbigo. Análises da sequência completa do genoma de indivíduos Bos taurus e Bos indicus foram empregadas para caracterizar o CNV, sendo sua validação realizada através de PCR quantitativo (qPCR). Além disso, os resultados foram comparados com dados de sequência de animais africanos B. indicus evidenciando a origem zebuína do CNV. / Abstract: The High Mobility Group AT-hook 2 (HMGA2) gene presented strong evidence of being associated with navel size in Nellore cattle through genome association analysis (GWAS). Several reports of association of this gene with phenotypes in the scope of body morphology exist for different species, such as height in humans, dogs and horses, and ear size in swine. Recent discoveries have shown that the HMGA2 gene is associated with a metabolic pathway of great physiological and biological importance that has as one of its main factors PLAG1 (Pleomorphic adenoma gene 1), which is associated with insulin-like growth factor 2 (IGF2), important regulator of growth and reproduction in cattle. In the present work, the identification and characterization of copy number variation (CNV) on chromosome 5 of the bovine chromosome in the region of the HMGA2 gene that has association with the navel size trait was described. Genome sequence analysis of Bos taurus and Bos indicus individuals was used to characterize the CNV, and its validation was performed using quantitative PCR (qPCR). In addition, the results were compared with sequence data from a African B.indicus animals evidencing the indicine origin of the CNV. / Mestre

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Guilherme Batista do Nascimento / Banca: Fernando Sebastian Baldi Rey / Banca: Raysildo Barbosa Lobo / Resumo: Programas de melhoramento genético na bovinocultura de corte são importantes para o progresso genético do rebanho e consequentemente para a economia do país. Os avanços nas tecnologias de genotipagem permitiram estimativas de parâmetros genéticos a partir de informações genômicas por meio dos painéis de marcadores do tipo SNP (single nucleotide polymorphism). Estes avanços permitem estimativas de parâmetros genéticos, a partir de informações genômicas mais acuradas, acelerando o progresso genético dos rebanhos brasileiros. O objetivo deste trabalho foi a estimação de parâmetros genéticos, tendência genética e análise de componentes principais de características de peso corporal ao nascer (PN), aos 210 (P210), 365 (P365), e 450 (P450) dias de idade e escores visuais de Estrutura (ES), Precocidade (PS) e Musculosidade (MS), medidas ao sobreano. Os dados utilizados nesse estudo foram obtidos junto ao Programa Nelore Brasil, mantido pela Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP). As estimativas foram obtidas com base em registros de pedigree de 192.483 animais, 80.114 registros fenotípicos e 8.652 registros de animais genotipados. Os valores genéticos preditos (EBV) foram estimados a partir da equação dos modelos mistos e metodologia bayesiana, enquanto os valores genéticos genômicos preditos (GEBV) foram obtidos a partir do melhor preditor genômico linear não-viesado de único estágio (ssGBLUP). As estimativas de herdabilidade (h2) para as características de PN, P21... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Genetic improvement programs of Brazilian beef cattle are important for herd's genetic progress and consequently for the country's economy. With the advances in sequencing and genotyping technologies, high density panels with SNP (single nucleotide polymorphism) type polymorphic markers are available on the market. These advances allow genetic parameters estimation from genomic information to be more accurate, leading to a faster genetic progress of Brazilian herds. The aim of this study was the genetic parameters estimation, genetic trend and principal components analysis for body weight measured at birth (PN), 210 (P210), 365 (P365) and 450 (P450) days of age and visual scores of Structure (ES), Precocity (PS) and Musculoskeletal (MS), measured in yearling period (from 12 to 20 months of age). The data were obtained from the Nelore Brazil breeding program maintained by the National Association of Breeders and Researchers (ANCP). The estimates were obtained on pedigree records of 192,483 animals, 80,114 phenotypic records and 8,652 records of genotyped animals. The genomic estimated breeding value (GEBV) and estimated breeding value (GEBV) were obtained from the single step best genomic linear unbiased predictor (ssGBLUP), mixed models' equation and bayesian methodology, respectively. The (co)variance components were estimated from Bayesian methodology. The heritability estimates (h2) for PN, P210, P365, P450, ES, PS and MS were respectively 0.81±0.01. 0.38±0.02. 0.34±0.02. 0.35±0.02. 0.31±0.04. 0.38±0.05. 0.39±0.05, with information from SNPs and for estimates only with pedigree and phenotypes information, h2 were 0.82±0.01. 0.33±0.02. 0.31±0.02. 0.32±0.02. 0.32±0.05. 0.37±0.05. 0.38±0.05, respectively. The principal com... (Complete abstract click electronic access below)eng / Mestre

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Daniel Gustavo Mansan Gordo / Coorientador:Gerardo Alves Fernandes Júnior / Coorientador: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Ana Fabrícia Braga Magalhães / Banca: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Resumo: Características de eficiência alimentar estão diretamente associadas com a lucratividade e sustentabilidade da bovinocultura de corte. Conversão alimentar, consumo alimentar residual, consumo de matéria seca, eficiência alimentar e ganho em peso, são características importantes para a seleção de animais mais eficientes dentro de um sistema de produção, porém, com exceção do ganho em peso, as demais não vêm sendo consideradas como critérios de seleção devido à dificuldade de obtenção de fenótipos para as mesmas. Com o avanço nas tecnologias de genotipagem e sequenciamento, foram desenvolvidos chips de alta densidade de marcadores do tipo SNP (Single Nucleotide Polymorphism) espalhados pelo genoma. Estas informações moleculares vêm sendo utilizadas em estudos de associação genômica ampla (GWAS) e de seleção genômica (SG). Basicamente, o GWAS permite a identificação de variações genéticas de maior efeito sobre a expressão fenotípica de características de interesse, enquanto a SG visa a predição do valor genômico direto dos candidatos à seleção utilizando apenas a informação molecular, o que tem revolucionado o melhoramento genético por proporcionar a diminuição do intervalo de geração e o aumento da acurácia de predição dos valores genéticos dos animais. Assim sendo, os objetivos do presente trabalho foram: 1) encontrar regiões cromossômicas de maior efeito sobre características de eficiência alimentar em animais Nelore provenientes de dois programas de melhoramento (Instituto d... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Feed efficiency traits are directly associated with the profitability and sustainability of beef cattle. Feed conversion rate, residual feed intake, dry matter intake, feed efficiency and average daily gain are important traits for the selection of more efficiency animals within a production system, but, except for weight gain, the others have not been considered as selection criteria due to the difficulty of obtaining phenotypes. With the advance in genotyping and sequencing technologies, high density chips of SNP (Single Nucleotide Polymorphism) have been developed. This molecular information has been used in genome-wide association (GWAS) and genomic selection (GS) studies. Basically, GWAS allows the identification of genetic variations with major effects on the phenotypic expression of traits of interest, while SG aims at the prediction of direct genomic value for the selection candidates using only their molecular information, which has revolutionized the animal breeding by providing a decrease in generation interval and increases in the prediction accuracies of breeding values. Thus, the objectives of the present study were to: 1) identify chromosomal regions with major effects on feed efficiency traits in animals from two Nellore breeding programs (Instituto de Zootecnia and Nellore Qualitas), in order to find possible differences/similarities between the populations; 2) evaluate the existence of candidate genes in common to populations; and 3) evaluate the possibility... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre