Submitted by Maria Aparecida (cidazen@gmail.com) on 2017-11-27T17:43:41Z No. of bitstreams: 1 Marta Belfort.pdf: 1659970 bytes, checksum: 7aca8a1f671f32a3e25959a2840b065f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-27T17:43:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marta Belfort.pdf: 1659970 bytes, checksum: 7aca8a1f671f32a3e25959a2840b065f (MD5) Previous issue date: 2017-08-28 / FAPEMA,CNPQ. / Penile cancer (PeCa) is a rare neoplasm in developed countries; however, its incidence is high in underdeveloped countries. In Brazil, regions North and Northeast are those with the higher number of cases for the disease. Among the factors associated with this neoplasm we highlight: poor hygiene, phimosis, chronic inflammation and infection by human papilloma virus (HPV). Changes in the PI3K/AKT/PTEN cell signaling pathway have been reported for several malign neoplasms, but little is known about the involvement of this pathway in penile tumors. Thus, the aim of this study was to verify the role of HPV infection and the occurrence of copy number alterations (CNA) in genes from the signaling pathway mediated by receptors of growth factors and PI3K in a population characterized by advanced tumors and high frequency of high risk HPV. To achieve that, we collected tumor tissue samples (both fresh and in formalin-fixed paraffin-embedded tissue-FFPE) from 34 patients from two reference hospitals: Instituto Maranhense de Oncologia Aldenora Belo (IMOAB) and the Hospital Universitário Presidente Dutra from the Universidade Federal do Maranhão (HU-UFMA). Fresh tumors were submitted to detection and genotyping of HPV by Nested PCR (Polymerase Chain Reaction) and direct sequencing. CNA analyzes were carried out in FFPE tissue from a subgroup HPV positive (91.2%), of which 88.2% were at high oncogenic risk. TaqMan® Copy Number Assays (Life TechnologiesTM) and CopyCaller software version v2.0 were performed to determine copy number for EGFR, HER3, HER4, AKT1, AKT2, PI3KCA and PTEN. Increase of 3 and 4 copies was considered gains, while increase of 5 or more copies was considered amplifications. The presence of a single gene copy was referred to as loss, while the absence of two copies was named deletion. Clinical and histopathological parameters were analyzed as to the presence of HPV and to CNAs. Our data showed that EGFR/PI3K/AKT/PTEN signaling pathway is highly altered in PeCa. The results showed that 100% of the tumors presented an increase of the number of copies for HER3; out of those, 93.9% were amplified, with 84.4% having 10 or more copies. EGFR also showed an increase of copies in 87.8% of tumor samples, out of which 65.6% were amplifications, with 48.2% having more than 10 copies. Furthermore, HER4 and AKT1 also presented an increase in the number of copies of 20.6% and 15%, respectively. AKT1 had a higher frequency of tumors with a regular number of copies (78.8%). On the other hand, PI3KCA, HER4, PTEN and AKT2 presented a higher frequency of samples with deletions, presenting 56%, 52.9%, 39% and 36%, respectively. Loss of copies was also frequent on tumors, so that genes AKT2, PTEN and PI3KCA appeared in heterozygosis in 60.6%, 54.5% and 37.5%, respectively. Our data show the occurrence of genetic alterations that may justify the differential expression of growth factor receptors and the downstream genes of the PI3K/ AKT pathway in penile carcinoma. However, in this study there was no association between CNAs and clinical and histopathological variables. On the other hand, taking into consideration the high frequency of HPV in the evaluated tumors, we suggest that CNAs are related to HPV integration into genome host. Finally, we highlight the high frequency of tumors with amplifications in HER3 and EGFR, reinforcing these markers as targets for specific therapies in CaPe. / Câncer de pênis (CaPe) é uma neoplasia rara em países desenvolvidos, entretanto, sua incidência é elevada em países subdesenvolvidos. No Brasil, as regiões Norte e Nordeste são as regiões com os maiores números de casos da doença. Dentre os fatores de risco, destaca-se a má higiene do órgão genital, fimose, inflamação crônica e infecção pelo papilomavírus-humano (HPV). Tem sido reportada alterações na via de sinalização celular PI3K/AKT/PTEN em diversas neoplasias malignas, entretanto, pouco se sabe sobre o envolvimento dessa via nos tumores de pênis. Assim, buscou-se neste trabalho verificar o papel da infecção por HPV e a ocorrência de alteração no número de cópias (CNAs) em genes da via de sinalização controlada por receptores dos fatores de crescimento e PI3K, em uma amostra caracterizada por tumor avançado e alta frequência de HPV de alto risco. Para isso, foram coletadas amostras de tecido tumoral (fresco e de tecido fixado com formalina e embebido em parafina - FFPE) de 34 pacientes provenientes de dois hospitais de referência, Instituto Maranhense de Oncologia Aldenora Belo (IMOAB) e o Hospital Universitário Presidente Dutra da Universidade Federal do Maranhão (HU-UFMA). As amostras de tumor fresco foram submetidas a detecção e genotipagem de HPV por Nested PCR (Polymerase Chain Reaction) e sequenciamento direto. As análises de CNAs foram realizadas em amostras de FFPE, HPV positivas (91,2%), das quais 88,2% eram de alto risco oncogênico. Utilizou-se o ensaio TaqMan® Copy Number Assays (Life TechnologiesTM) e o software CopyCaller versão 2.0 para determinação do número de cópias dos genes EGFR, HER3, HER4, AKT1, AKT2, PIK3CA e PTEN. Aumento de 3 e 4 cópias foi considerado ganho, enquanto aumento de 5 ou mais cópias foi considerado amplificação. A presença de uma única cópia gênica foi nomeada perda, enquanto a ausência de duas cópias foi nomeada deleção. Os parâmetros clínicos e histopatológicos foram analisados quanto a presença de HPV e também quanto a CNAs. A via de sinalização celular EGFR/PI3K/AKT/PTEN revelou-se altamente alterada nos tumores de pênis. Observou-se que 100% dos tumores apresentaram aumento de número de cópias do gene HER3. Destes, 93,9% apresentaram-se amplificados, sendo que 84,4% apresentavam 10 ou mais cópias. O gene EGFR apresentou aumento de cópias em 87,8% das amostras, das quais 65,6% eram amplificações, sendo que 48,2% apresentavam mais de 10 cópias. Além desses, os genes HER4 e AKT1 também apresentaram aumento de cópias gênicas, em 20,6% e 15%, respectivamente. AKT1 apresentou maior porcentagem de tumores com número normal de cópias (78,8%). Por outro lado, os genes PI3KCA, HER4, PTEN e AKT2 apresentaram maiores frequências de amostras com deleções, com 56%, 52,9%, 39% e 36%, respectivamente. As perdas também foram frequentes nos tumores, de modo que os genes AKT2, PTEN e PI3KCA apresentaram-se em heterozigose em 60,6%, 54,5% e 37,5%, respectivamente. Nossos dados mostram a ocorrência de alterações genéticas que podem justificar a expressão diferencial dos receptores de fatores de crescimento e de genes downstream da via PI3K/AKT em carcinoma peniano. No entanto, não foi encontrada associação entre CNAs e as variáveis clínicas e histopatológicas. Por outro lado, considerando-se a alta frequência de HPV nos tumores avaliados, levanta-se a possibilidade de haver uma relação entre a integração do HPV no genoma do hospedeiro e a ocorrência de CNAs em CaPe. Finalmente, destacamos a alta frequência de tumores com amplificações em HER3 e EGFR, abrindo a possibilidade desses marcadores serem utilizados como alvos para terapias específicas em CaPe.

Submitted by Maria Aparecida (cidazen@gmail.com) on 2017-11-27T18:12:10Z No. of bitstreams: 1 Juliana Macedo.pdf: 3843653 bytes, checksum: a40308c73af9a3d7ce2e665d6464831f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-27T18:12:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Juliana Macedo.pdf: 3843653 bytes, checksum: a40308c73af9a3d7ce2e665d6464831f (MD5) Previous issue date: 2017-08-28 / FAPEMA. / Penile cancer (PeCa) is a rare neoplasm with higher incidence in regions with low socioeconomic indexes. In Brazil, most of the men afflicted by this disease reside in the North and Northeast. Among the main risk factors are lack of hygiene, phimosis, high-risk human papillomavirus (HPV) infection and chronic inflammation. Although the role of inflammation and HPV infection is known in some cancers, the relationship between these two factors and the disruption of genes involved in the CaPe genesis is not yet well established. Thus, our main goal was to determine the expression of genes involved in the process of chronic inflammation and in the carcinogenesis mediated by HPV infection and the role of the deregulation of these genes in the establishment and progression of penile tumor. For this purpose, fresh and formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues from 55 patients with penile cancer were evaluated. HPV detection and genotyping were carried out by nested PCR and direct sequencing in all samples. A subgroup (N = 37) was evaluated by qRT-PCR to determine COX-2, EGFR, MYC, RB and P53 gene expression. For this, sections of FFPE tissues containing more than 70% tumor cells were analyzed. Protein expression of these genes and PGE2 were determined by immunohistochemistry in the same tumor tissues. An analysis of the association between the clinical-histopathological parameters, presence of HPV, and gene and protein expression was performed. All tumors were classified as epidermoid squamous cell carcinoma. HPV DNA was detected in 80% of tumors, of which 95% had at least one high-risk subtype, and HPV16 was the most frequent subtype (63%). Among the HPV negative samples in the tumor tissue, 14% were positive in the tissue adjacent to the tumor, so that 94% of the patients, in total, were positive for the presence of HPV DNA.. Overexpression was identified in all genes involved in the inflammatory process. EGFR showed overexpression in 84% of the samples, while COX2 and PGE were overexpressed in 40% of the tumors, each. There was an associationbetween the levels of EGFR and COX2 expression, and between COX2 and PGE2. On the other hand, the genes related to HPV infection, MYC, RB and P53, were underexpressed in 97%, 85% and 81% of the samples, respectively. The gene expressions did not show any association with clinical-histopathological variables. This study describes the repression of RB and P53 activity in HPV + tumors, suggesting that there is a mechanism of control of these genes, possibly mediated by the virus. The high detection of HPV infection shows the importance of the immunization of boys in the prevention of penile cancer. Our data emphasize the need to expand the vaccine coverage to cover types of HPV present in penile cancer. The overexpression of EGFR / COX2 / PGE2, and the association found between them, support the possibility of therapeutic use of anti-EGFR and anti-COX drugs in penile tumors. / Câncer peniano (CaPe) é uma neoplasia rara com maior incidência em regiões com baixos índices socioeconômicos. No Brasil, a maior parte dos homens acometidos por essa doença residem nas regiões Norte e Nordeste. Entre os principais fatores de risco estão a falta de higiene, fimose, infecção por papilomavírus humano (HPV) de alto risco e inflamação crônica. Embora o papel d a inflamação e da infecção por HPV sejam conhecidas em alguns cânceres, ainda não é bem estabelecida a relação entre esses dois fatores e a disrupção de genes envolvidos na gênese de CaPe. Assim, neste estudo foi avaliada a expressão de genes envolvidos no processo de inflamação crônica e na infecção pelo HPV e o papel da desregulação desses genes no estabelecimento e progressão de tumor peniano. Para isto, foram avaliadas amostras teciduais frescas e fixadas em formalina embebidas em parafina (FFPE) de 55 pacientes com câncer de pênis. Foram realizadas detecção e genotipagem de HPV por nested PCR e sequenciamento direto em todas as amostras Um subgrupo amostral (N=37) foi avaliado por qRT-PCR para determinação da expressão dos genes COX-2, EGFR, MYC, RB e P53. Para isso, foram usadas secões de tecidos de FFPE contendo mais de 70% de células tumorais. A expressão proteica desses genes e de PGE2 foi determinada por imunohistoquímica em 42 amostras. Foi feita análise de associação entre os parâmetros clínico-histopatológicos, presença de HPV e expressão gênica e proteica. Todos os tumores foram classificados como carcinoma epidermóide de células escamosas. DNA de HPV foi detectado em 80% dos tumores (N=55), dos quais 95% apresentaram, pelo menos, um subtipo de alto risco, e destes, HPV16 foi o subtipo mais frequente (63%). Dentre as amostras negativas para HPV no tecido tumoral, 14% foram positivas no tecido adjacente ao tumor, de modo que 94% dos pacientes, no total, foram positivos para presença de DNA de HPV. Nas amostras nas quais foi feita análise de expressão gênica (N=37), detectou-se 94,4% de infecção, sendo 94% dos infectados possuem, pelo menos um, tipo de alto risco. Foi Identificada superexpressão em todos os genes envolvidos no processo inflamatório. EGFR mostrou superexpressão em 84% das amostras, enquanto COX2 e PGE mostraram-se, cada um, superexpressos em 40% dos tumores. Houve associação entre níveis de expressão de EGFR e COX2, e entre COX2 e PGE2. Por outro lado, os genes relacionados à infecção por HPV, MYC, RB e P53, mostraram-se subexpressos em 97%, 85% e 81% das amostras, respectivamente. A expressão dos genes estudados não mostrou associação com as variáveis clínico-histopatológicas. Este estudo descreve a repressão da atividade de RB e P53 em tumores HPV+, sugerindo que há um mecanismo de controle desses genes em câncer peniano, possivelmente mediado pelo vírus. A alta detecção de infecção por HPV mostra a importância da imunização de meninos na prevenção de câncer peniano, e ressalta-se a necessidade de ampliação da cobertura vacinal de modo a abranger tipos de vírus presentes em câncer peniano. A superexpressão de EGFR/COX2/PGE2, e a associação encontrada entre eles, sustenta a possibilidade de uso terapêutico de drogas anti-EGFR e anti-COX em tumores penianos.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:34:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_7408_Dissertação_Victor Stange.pdf: 1361734 bytes, checksum: 9391465ddde32893769c767a55710774 (MD5) Previous issue date: 2014-01-24 / A agressão sexual ignora as barreiras culturais, classes sociais, níveis socioeconômicos e limitações pessoais. Os casos de estupro, homicídio sexual e outras formas de abuso sexual têm sido reconhecidos como problema de saúde pública. Esses casos vêm sendo crescentemente visados pelas ciências forenses, com o objetivo de desenvolver estratégias mais eficientes de identificação e penalização dos culpados. Biomarcadores seminais já vêm sendo usados na detecção de sêmen em amostras vaginais em casos de violência sexual mas em alguns casos a mistura dos fluidos biológicos resulta na mistura de tipos sorológicos impossibilitando a identificação do agressor. Desde 1985, o DNA passou a ser empregado como ferramenta de identificação, trazendo avanços e resolvendo muitos casos criminais e cíveis. A problemática atual na Polícia Civil do Espírito Santo é que para a realização dos testes genéticos (genotipagem por STR), é essencial a detecção de espermatozóides ou PSA nas amostras, servindo como um teste de triagem. Mesmo quando os espermatozóides são ausentes, vários tipos de células não espermáticas são deixados pelo perpetrador (epiteliais, leucócitos, células germinativas imaturas, etc.) e, apesar de não serem extraídas pelo método diferencial, ainda representam fonte viável de DNA para análise. Objetivando-se identificar a presença de DNA masculino em amostras de mulheres vítimas de violência sexual foram analizadas 132 amostras. Utilizando seis marcadores moleculares específicos do cromossomo Y e as técnicas de PCR e análise em gel de poliacrilamida, foi possível identificar 19 amostras promissoras para a genotipagem apesar de terem SC e PSA negativos. Os marcadores AMEL Y, SRY D&E e DYS270 apresentaram altas taxas de acerto, sensibilidade, especificidade e exatidão. Com isso, verificou-se que o trabalho proposto apresenta bom grau de confiabilidade, dando novas perspectivas para a triagem de amostras. Os resultados obtidos fornecem mais informações sobre algumas lacunas das análises forenses envolvendo amostras de crime sexual no estado do Espírito Santo.

A tese aborda diferentes dimensões da relação entre centros e periferias na produção, circulação e legitimação do conhecimento, a partir de um estudo de caso que se debruça sobre a área da genética humana e médica no Brasil. Busca-se discutir as razões, estratégias, contingências e constrições das colaborações internacionais realizadas pelas(os) pesquisadoras(es) brasileiras(os) em um contexto disciplinar percebido como estruturalmente desigual. Trata-se de explorar as potencialidades do estudo de caso para a identificação em termos mais específicos de fatores e processos que têm sido descritos de modo generalizante nos discursos contemporâneos sobre a internacionalização da ciência e a transformação dos modos de produção de conhecimento científico. Para tanto, foi feito um trabalho de campo que compreendeu a seleção de uma amostra de pesquisadoras(es) da genética humana e médica no Brasil, que levou à identificação dos programas de pós-graduação de excelência na área, localizados em quatro universidades públicas: Universidade de São Paulo campus Ribeirão Preto; Universidade Estadual de Campinas; Universidade Federal do Pará; e Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Essa seleção baseou-se na Avaliação Trienal da Capes 2010-2012 (que eram os dados mais recentes disponíveis quando do desenho da pesquisa). Foram então realizadas 46 entrevistas semiestruturadas com pesquisadoras(es) pertencentes às instituições em que esses Programas estão sediados, a grande maioria delas realizada in loco, para cuja análise foi utilizado o programa Atlas Ti. A exploração desse material, devidamente localizado no contexto histórico do desenvolvimento da área no país, permitiu analisar as representações das(os) pesquisadoras(es) em termos de estratégias negociadas e renegociadas no cotidiano das colaborações nacionais e internacionais e a constituição das agendas de pesquisa, simultaneamente em consonância e em tensão com os padrões e parâmetros do que se convencionou chamar de ciência internacional. Os dados balizam a discussão sobre as possibilidades de reconhecimento da pesquisa em genética humana e médica realizada por brasileiras(os), que explora as tensões entre o local e o internacional, considerando os aspectos que marcam as formas contemporâneas de competição no interior de atividade científica em um campo disciplinar específico. A análise revela a pluralidade das relações entre centros e periferias, em dinâmicas sociais que transformam e recriam desigualdades nacionais, regionais e globais no campo contemporâneo da produção de conhecimento em genética humana e médica. / This doctoral dissertation deals with different dimensions of the relation between centres and peripheries in the production, circulation and legitimation of knowledge, departing from a case study looking at human and medical Genetics in Brazil. Its aims are to discuss the reasons, strategies, contingencies and constrictions of international collaborations taken through by Brazilian researchers in a disciplinary context perceived as structurally unequal. Thus it is about exploring the potentialities of this case study to identify under more specific terms the factors and processes that have been hitherto described in a generalizing manner throughout contemporary discourses on internationalization of science and the transformation of the modes of production of scientific knowledge. To achieve this, a fieldwork has been taken through, comprehending the selection of a sample of researchers in the field of human and medical Genetics in Brazil, therefore leading to the identification of graduate programmes of excellence, located in four public research universities: Universidade de São Paulo campus Ribeirão Preto; Universidade Estadual de Campinas; Universidade Federal do Pará, and Universidade Federal do Rio Grande do Sul. This selection based itself upon the 2010- 2012 Triennial Evaluation Process of Capes (which were the most recent data available at the moment when the research happened to be designed). After this first preparatory step, 46 semi-structured interviews were held with researchers belonging to the institutions hosting these programmes, the most part of them in loco, after which the software Atlas Ti was used to analyse them. Exploring this material, duly situated in the historical context of the areas development in Brazil, allowed to analyse the representations of these researchers in terms of the strategies employed to negotiate and renegotiate in everyday national as well as international collaborations, alongside the constitution of research agendas, all of them simultaneously in consonance and tension regarding patterns and parameters of what has been agreed upon to receive the name of international science. This data appears as a yardstick to evaluate the discussion concerning the possibilities of recognizing research in human and medical Genetics performed by Brazilian researchers, examining tensions between the local and the international, taking into consideration the aspects that characterize contemporary forms of competition among scientific activity in a specific disciplinary field. The investigation and concurrent analysis reveal the plurality of relations between centres and peripheries, paying special attention to social dynamics that produce and recreate national, regional and global inequalities in the contemporary field of knowledge production in human and medical genetics.

A tese aborda diferentes dimensões da relação entre centros e periferias na produção, circulação e legitimação do conhecimento, a partir de um estudo de caso que se debruça sobre a área da genética humana e médica no Brasil. Busca-se discutir as razões, estratégias, contingências e constrições das colaborações internacionais realizadas pelas(os) pesquisadoras(es) brasileiras(os) em um contexto disciplinar percebido como estruturalmente desigual. Trata-se de explorar as potencialidades do estudo de caso para a identificação em termos mais específicos de fatores e processos que têm sido descritos de modo generalizante nos discursos contemporâneos sobre a internacionalização da ciência e a transformação dos modos de produção de conhecimento científico. Para tanto, foi feito um trabalho de campo que compreendeu a seleção de uma amostra de pesquisadoras(es) da genética humana e médica no Brasil, que levou à identificação dos programas de pós-graduação de excelência na área, localizados em quatro universidades públicas: Universidade de São Paulo campus Ribeirão Preto; Universidade Estadual de Campinas; Universidade Federal do Pará; e Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Essa seleção baseou-se na Avaliação Trienal da Capes 2010-2012 (que eram os dados mais recentes disponíveis quando do desenho da pesquisa). Foram então realizadas 46 entrevistas semiestruturadas com pesquisadoras(es) pertencentes às instituições em que esses Programas estão sediados, a grande maioria delas realizada in loco, para cuja análise foi utilizado o programa Atlas Ti. A exploração desse material, devidamente localizado no contexto histórico do desenvolvimento da área no país, permitiu analisar as representações das(os) pesquisadoras(es) em termos de estratégias negociadas e renegociadas no cotidiano das colaborações nacionais e internacionais e a constituição das agendas de pesquisa, simultaneamente em consonância e em tensão com os padrões e parâmetros do que se convencionou chamar de ciência internacional. Os dados balizam a discussão sobre as possibilidades de reconhecimento da pesquisa em genética humana e médica realizada por brasileiras(os), que explora as tensões entre o local e o internacional, considerando os aspectos que marcam as formas contemporâneas de competição no interior de atividade científica em um campo disciplinar específico. A análise revela a pluralidade das relações entre centros e periferias, em dinâmicas sociais que transformam e recriam desigualdades nacionais, regionais e globais no campo contemporâneo da produção de conhecimento em genética humana e médica. / This doctoral dissertation deals with different dimensions of the relation between centres and peripheries in the production, circulation and legitimation of knowledge, departing from a case study looking at human and medical Genetics in Brazil. Its aims are to discuss the reasons, strategies, contingencies and constrictions of international collaborations taken through by Brazilian researchers in a disciplinary context perceived as structurally unequal. Thus it is about exploring the potentialities of this case study to identify under more specific terms the factors and processes that have been hitherto described in a generalizing manner throughout contemporary discourses on internationalization of science and the transformation of the modes of production of scientific knowledge. To achieve this, a fieldwork has been taken through, comprehending the selection of a sample of researchers in the field of human and medical Genetics in Brazil, therefore leading to the identification of graduate programmes of excellence, located in four public research universities: Universidade de São Paulo campus Ribeirão Preto; Universidade Estadual de Campinas; Universidade Federal do Pará, and Universidade Federal do Rio Grande do Sul. This selection based itself upon the 2010- 2012 Triennial Evaluation Process of Capes (which were the most recent data available at the moment when the research happened to be designed). After this first preparatory step, 46 semi-structured interviews were held with researchers belonging to the institutions hosting these programmes, the most part of them in loco, after which the software Atlas Ti was used to analyse them. Exploring this material, duly situated in the historical context of the areas development in Brazil, allowed to analyse the representations of these researchers in terms of the strategies employed to negotiate and renegotiate in everyday national as well as international collaborations, alongside the constitution of research agendas, all of them simultaneously in consonance and tension regarding patterns and parameters of what has been agreed upon to receive the name of international science. This data appears as a yardstick to evaluate the discussion concerning the possibilities of recognizing research in human and medical Genetics performed by Brazilian researchers, examining tensions between the local and the international, taking into consideration the aspects that characterize contemporary forms of competition among scientific activity in a specific disciplinary field. The investigation and concurrent analysis reveal the plurality of relations between centres and peripheries, paying special attention to social dynamics that produce and recreate national, regional and global inequalities in the contemporary field of knowledge production in human and medical genetics.