Orientadores: Antonio Sergio Ramalho, Sara T. O. Saad / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-24T16:28:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Compri_MarianeBernadete_D.pdf: 4584209 bytes, checksum: 1cf9db994b912f189665a6b1c715af5b (MD5) Previous issue date: 1998 / Doutorado / Genetica / Doutor em Ciências Biológicas

Memoria para optar al título profesional de Ingeniero Agrónomo Mención Fruticultura / El almendro es una especie predominantemente autoincompatible entre algunas de sus variedades, lo que obliga a los productores a establecer huertos con al menos dos variedades intercompatibles. Esta incompatibilidad actúa para prevenir la autofecundación, la que es del tipo gametofítica, por la expresión de proteínas específicas dentro de los estilos. Es por esto que es de suma importancia conocer la compatibilidad entre las variedades, existiendo diversos métodos para determinarla. En los últimos años, se ha establecido la compatibilidad a través de evaluaciones moleculares, que utilizan técnicas específicas para determinar el genotipo S de cada variedad, y han existido avances importantes en el desarrollo de técnicas biológicas para la determinación de la compatibilidad. Durante la floración del año 2011, con las variedades de almendro Desmayo Largueta, Desmayo Rojo, Nonpareil, Fritz, Wood Colony, Carmel, Thompsom, Sonora, Solano, Masbovera, Francolí, Price, Ne plus Ultra, Glorieta y Marcona, se utilizó la técnica propuesta por Mori et al. (2006), basada en el protocolo del laboratorio Daphne Preuss, para determinar la compatibilidad entre ‘Marcona’ y 14 variedades de almendro. Esta técnica está basada en la tinción de la callosa de los tubos polínicos con anilina azul, permitiendo la observación del crecimiento, utilizando microscopio de fluorescencia. Además, se realizó un seguimiento de los estados fenológicos de las variedades analizadas, en campo, determinando que Desmayo Rojo, Thompson, Glorieta, Masbovera y Francolí coincidieron en menos de 5 días con la floración de ‘Marcona’. Se determinó la compatibilidad de todas las variedades con Marcona, resultando compatible con las 14 variedades ensayadas. Los resultados concuerdan con los análisis genéticos moleculares encontrados en diversos estudios, validando a este método como una herramienta para determinar compatibilidad, sobre todo en variedades donde aún los alelos S no han sido identificados. / Almond cultivars are predominantly self-incompatible which requires to plant at least two inter-compatible varieties. This incompatibility acts to prevent self-fertilization, which is the gametophytic type given by specific proteins produced in the styles. Because of this, knowing the compatibility between cultivars is required and different methods to determine it have been established in recent years through molecular or biological techniques. During the 2011 flowering, the compatibility between Marcona and the cultivars Desmayo Largueta, Desmayo Rojo, Nonpareil, Fritz, Wood Colony, Carmel, Thompsom, Sonora, Solano, Masbovera, Francolí, Price, Ne plus Ultra and Glorieta, were analyzed using the technique developed by Mori et al. (2006), based on Daphne Preuss laboratory protocol. This technique stains callose using aniline blue, allowing pollen tube growth to be observed with flourescence microscopy. Furthermore, flowering of analized cultivars was monitored in the field, showing that Desmayo Rojo, Thompson, Glorieta, Masbovera and Francolí cultivars coincided in less than five days with Marcona cultivar. Marcona was compatible with all studied cultivars, in accordance with genetic molecular analysis found in different studies. Also, these results validated this method as useful to determine genetic compatibility, especially for cultivars where the S alleles have not been identified yet.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-11-25T15:48:39Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1728299 bytes, checksum: 9536bb852b8406140722b5b88e410730 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-25T15:48:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1728299 bytes, checksum: 9536bb852b8406140722b5b88e410730 (MD5) Previous issue date: 2015-07-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A família Geminiviridae é composta por vírus com genoma de DNA circular de fita simples, encapsidado em partículas icosaédricas geminadas. Os vírus pertencentes ao gênero Begomovirus são transmitidos pela mosca-branca Bemisia tabaci a plantas dicotiledôneas. Os begomovírus apresentam taxas de mutação e substituição nucleotídica semelhantes às relatadas para vírus de RNA, e uma elevada taxa de recombinação. Devido ao seu rápido processo evolutivo, novas espécies de begomovírus são frequentemente encontradas no campo. Este trabalho teve como objetivos realizar a caracterização molecular de duas espécies de begomovírus infectando Pavonia sp. (Malvaceae), e quantificar a evolução do Tomato severe rugose virus (ToSRV) em um hospedeiro cultivado e um não-cultivado. Dois begomovírus foram isolados de plantas de Pavonia sp. coletadas nos municípios de Albuquerque e Corumbá, Mato Grosso do Sul. Comparação de sequências e análise filogenética indicaram tratar-se de duas novas espécies com as características de begomovírus bissegmentados das Américas. Foram propostos os nomes Pavonia mosaic virus (PavMV) e Pavonia yellow mosaic virus (PavYMV). No estudo para avaliar a dinâmica evolutiva do ToSRV, plantas de tomateiro e Nicandra physaloides foram inoculadas via biobalística com clone infeccioso do ToSRV e mantidas em casa-de-vegetação. DNA total foi extraído de folhas coletadas aos 30, 75 e 120 dias após a inoculação, e submetido a sequenciamento na plataforma Illumina HiSeq 2000. As bibliotecas de DNA foram submetidas a análise de qualidade no software FastQC. O alinhamento dos reads foi realizado no software Geneious, utilizando o clone infeccioso como sequência referência. Ambos os componentes genômicos do ToSRV apresentam taxa de substituição semelhantes a de vírus de RNA: 3,06 x 10-3 e 2,03 x 10-3 subst/sítio/ano para o DNA-A e DNA-B, respectivamente, em N. physaloides, e 1,38 x 10-3 e 8,68 x 10-4 subst/sítio/ano para o DNA-A e DNA-B, respectivamente, em tomateiro. Valores de taxa de substituição similares aos já descritos para begomovírus foram encontrados também para os genes CP, Rep, MP e NSP em ambos os hospedeiros. Foram quantificadas substituições sinônimas e não- sinônimas, transversões e transições, além de deleções e inserções nos genes CP, Rep, MP e NSP. Foi observado um decréscimo no número de variações ao longo do tempo e consequente aumento do número de sítios idênticos ao genoma referência. Nas bibliotecas provenientes de N. physaloides foi observada a supressão dos códons de terminação dos genes MP e NSP em todo decorrer da infecção, sugerindo uma estratégia adaptativa. O cálculo da entropia de Shannon identificou como hotspots de mutação a região N-terminal do gene Rep, as regiões comuns no DNA-A e DNA-B (CR-A e CR-B, respectivamente) e a região intergênica longa entre os genes MP e NSP no DNA-B (LIR-B). Estes dados sugerem que o ToSRV evolui como quasispecies, apresentando elevada variabilidade genética, o que poderia explicar em parte sua prevalência no campo. / The family Geminiviridae is comprised of viruses with a circular, single-stranded DNA genome encapsidated in twinned icosahedral particles. The viruses in the genus Begomovirus are transmitted by the whitefly Bemisia tabaci to dicot plants. Begomoviruses have mutation and nucleotide substitution rates similar to those reported for RNA viruses, and a high frequency of recombination. Due to their rapid evolutionary process, new begomovirus species are often found in the field. This study aimed to perform the molecular characterization of two begomovirus species infecting Pavonia sp. (Malvaceae), and to follow and quantify the evolution of Tomato severe rugose virus (ToSRV) in a cultivated and a non-cultivated host. Two begomoviruses were isolates from Pavonia sp. plants collected in the municipalities of Albuquerque and Corumbá, Mato Groso do Sul, Brazil. Sequence comparisons and phylogenetic analysis showed that these were two novels species, with the typical features of bipartite, New World begomoviruses. The names Pavonia mosaic virus (PavMV) and Pavonia yellow mosaic virus (PavYMV) were proposed for the two new species. In the study to evaluate the evolutionary dynamics of ToSRV, tomato and Nicandra physaloides plants were inoculated via biobalistics with an infectious clone of ToSRV and maintained in a greenhouse. Total DNA was extrated from leaves collected at 30, 75 and 120 days after inoculation, and was sequenced in the Illumina HiSeq 2000 platform. The DNA libraries from each of the two hosts were submitted to quality control analysis with FastQC software. The genome assembly was performed with the program Geneious using the infectious clone as reference. Both genomic components of ToSRV showed substitution rates similar to those of RNA viruses: 3.06 x 10-3 and 2.03 x 10-3 sub/site/year for the DNA-A and DNA-B, respectively, in N. physaloides, and 1.38 x 10-3 and 8.68 x 10-4 sub/site/year for the DNA-A and DNA-B, respectively, in tomato. Substitution rates in the range of those already described for other begomoviruses were found also for the CP, Rep, MP and NSP genes in both hosts. We quantified synonymous and non-synonymous substitutions, transversions and transitions, as well as deletions and insertions in the CP, Rep, MP and NSP genes. A decrease in the number of variable sites was observed during the course of the experiment, with a corresponding increase in the number of identical sites to the reference genome. Suppression of the stop codons of the MP and NSP genes was observed in the N. physaloides libraries, suggesting an adaptive strategy. Determination of Shannon entropy indicated mutation hotspots in the N-terminal region of the Rep gene, the intergenic common region in the DNA-A and DNA-B (CR-A and CR-B, respectively) and the long intergenic region between the MP and NSP genes in the DNA-B (LIR-B). Overall, the results indicate that ToSRV evolves as a quasispecies, with a high degree of genetic variability which could be partly responsible for its prevalence in the field.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-07-13T13:07:59Z No. of bitstreams: 1 texto completo.PDF: 412831 bytes, checksum: a034cd360bb9005099d9a97dbff940ea (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-13T13:07:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.PDF: 412831 bytes, checksum: a034cd360bb9005099d9a97dbff940ea (MD5) Previous issue date: 2001-08-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Objetivou-se com este trabalho investigar possíveis alterações nas seqüências de nucleotídeos nos genes do hormônio de crescimento (GH) e do fator de crescimento semelhante à insulina -I (IGF-I) em suínos de raças divergentes. O GH é expresso pelos somatótrofos da hipófise anterior e o fígado é a maior fonte do IGF-I. Entre os hormônios diretamente envolvidos no crescimento e na composição corporal dos animais, o GH é o maior fator endócrino regulador do desenvolvimento muscular, e entre os fatores que mediam os efeitos do GH, está o IGF-I, cujas funções integram nutrição e o crescimento muscular dos animais. Devido à importância que desempenham na fisiologia dos animais, os genes que sintetizam esses dois hormônios são considerados candidatos para características de crescimento e composição de carcaça nos suínos. A estratégia usada neste estudo foi o seqüenciamento automático das principais regiões desses genes em raças de suínos, com diferenças quanto à taxa de crescimento e acúmulo de gordura. Foram analisados os seqüenciamentos de três varrões da raça nativa Piau (suíno tipo banha) e de dezoito matrizes comerciais, oriundas de cruzamentos entre as raças Landrace, Large White e Pietrain (suíno tipo carne). Este trabalho foi dividido em dois capítulos, que tratam dos polimorfismos observados nos genes PGH e IGF-I, respectivamente. Foi comparada a seqüência dos dois genes das raças divergentes e às depositadas no GenBank, sob os números M17704 e X64400. As seqüências do gene PGH, obtidas por seqüenciamento, apresentaram deleções, inserções e substituições quando comparadas com a do GenBank. Entre os animais, muitas dessas variações não alteraram o sítio para enzimas de restrição; entretanto, foram observadas algumas variações que mudaram o sítio, diferenciando as duas raças. Algumas variações na região do éxon mudaram os códons de síntese de aminoácidos. Verificou-se também um polimorfismo na região TATA- box do PGH. Os seqüenciamentos da região promotora e dos éxon I e II do gene IGF-I revelaram ser este muito conservado entre todos os animais da população, apresentando apenas duas variações na região 3’ do gene, que podem ser detectáveis por meio de enzimas de restrição, diferenciando os varrões da raça nativa Piau das matrizes comerciais. Observa-se pela análise de fragmentos de DNA do microssatélite localizado na região 5’ do gene IGF-I revelou que é polimórfico e que poderá, como os polimorfismos encontrados nos genes PGH e IGF-I, ser utilizado em investigações futuras, na geração filial F2, como possíveis marcadores para características de produção dos suínos. / The present work aimed to investigate possible alterations in the nucleotide sequences of Growth Hormone (GH) and Insuline-Like Growth Factor-I (IGF-I) genes in pigs from divergent breeds. GH is expressed by anterior pituitary somatotrophs and liver is the major IGF-I source. Among the hormones directly involved in animal growth and body composition, GH is the major muscle mass endocrine regulating factor and between the factors regulating GH effect there is IGF-I, whose functions integrate animal nutrition and muscle growth. Since they play an important role in animal physiology, the genes which synthesize both two hormones are considered candidate genes for growth traits and carcass composition in swines. The strategy used in this study was automatic sequencing of major regions of these genes in porcine breeds displaying differences such as the growth rate and fat deposition. The sequencing of three boars of the Piau swine, a local breed in Brazil (high fat) and eighteen commercial line dams from Landrace, Large White and Pietrain (low fat) breeds were analyzed. This work was divided into two chapters which deal with the polymorphisms observed in PGH and IGF-I genes, respectively. Sequence of both genes from these divergent breeds were compared to those in GenBank, reffered as numbers M17704 and X64400. The sequences of PGH gene, achieved by means of sequencing, presented deletions, insertions and substitutions when compared to GenBank sequence. Among sampled animals, many of these variations do not affect restriction enzymes sites; however, it was possible to observe some variations which changed restriction site differentiating the two breeds. Some variations in the exon regions changed amino acid sequence. A polymorphism in TATA-box region of the PGH was also observed. The sequencing of promoter site and exon I and II of IGF-I gene showed that this gene is highly conserved among all the animals of the studied population, displaying only two variations in the 3' site of this gene that can be detectable by means of restriction enzymes, differentiating the Piau breed boars from the commercial dams. The analysis of DNA fragments of the microsatellite located in the 5' of IGF-I gene showed that it is polymorphic and that it will be able, as the polymorphisms found in PGH and IGF-I genes, of being used in future studies, in F2 generation, as possible markers for desirable production traits in pigs.

A região promotora é uma sequência de DNA localizada anteriormente à uma região codificante e é responsável por iniciar o processo de transcrição. Deste modo, atua como um elemento regulador. O estudo da regulação da expressão gênica auxilia na compreensão da maquinária vital dos seres vivos, no conhecimento sobre a funcionalidade dos genes em diferentes espécies, na resposta celular frente às mudanças ambientais, entre outras questões. Embora os métodos computacionais para a predição de genes possuam uma boa acurácia o mesmo não é conseguido para os promotores. Esta dificuldade se deve ao tamanho reduzido do promotor e ao padrão pouco conservado, o que gera resultados com alto número de falsos positivos. Esta tese teve como objetivo a utilização de Redes Neurais Artificiais na predição, caracterização e reconhecimento de promotores de bactérias Gramnegativas. Diferente de outros trabalhos, a predição realizada não foi limitada apenas aos promotores dos genes constitutivos; foi realizada também para as demais classes de sequências promotoras. Além da abordagem clássica utilizando a composição de nucleotídeos foram empregados os valores de estabilidade da sequência. De modo a otimizar o aprendizado da Rede Neural e implementar uma ferramenta própria para a predição de promotores, foram extraídas regras de inferência (baseadas no conhecimento produzido durante o treinamento da rede) que foram ponderadas e implementadas em uma nova ferramenta, chamada BacPP. Até o presente, os resultados obtidos com o BacPP foram satisfatórios e comparáveis com a literatura. Os valores de exatidão obtidos com o BacPP para os fatores σ24, σ28, σ32, σ38, σ54 e σ70 de E. coli foram, 86,9%; 92,8%; 91,5%; 89,3%; 97,0%; 83,6%, respectivamente. Quando a ferramenta foi aplicada em promotores pertencentes a outras bactérias Gram-negativas, a exatidão geral foi de 76%. Considerando a importância da predição de promotores e a ausência de banco de dados com informações para outras bactérias, implementou-se o IntergenicDB, um banco de dados com diversas informações sobre as sequencias intergênicas e o valor de classificação destas para os diferentes fatores σ bacterianos, conforme os resultados obtidos com o BacPP. / The promoter region is located some few base pairs before a coding region. It is responsible for initiating gene expression process, thus, it can plays a regulatory role. The study about gene expression regulation can assist mainly in the comprehension of complex metabolic network presented by several organisms and cellular answer considering the environment changes. The computational methods to gene prediction have a good accuracy, but this is not achieved in promoter prediction. This difficulty occurs because of the length of the promoter and its degenerate pattern. Those features can explain results with a great number of false positives present in the literature. The present thesis has as its main goal the neural networks applied to Gram-negative promoter prediction, recognition and characterization. Beside the classical approach with the nucleotides of the sequence, the prediction was also made by using stability values. Aiming at developing a own tool for bacterial promoter prediction, the rules extraction was carried out and the results were weighted and implemented. This tool, named BacPP, presents results comparable with the related literature. Currently, the BacPP specific accuracy for σ24, σ28, σ32, σ38, σ54 and σ70 were 86,9%; 92,8%; 91,5%; 89,3%; 97,0%; 83,6%, respectively. Furthermore, when challenged with promoter sequences belonging to other enterobacteria BacPP maintained 76% accuracy overall. Currently, there is no databases dedicated for other Gram-negative promoter than E.coli. For this reason, IntergenicDB was modeled and implemented. This database was projected to collect several pieces of information about the sequences and the organisms to which they belong and, the classification results originated from BacPP for each sequence.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-06Bitstream added on 2014-06-13T20:33:41Z : No. of bitstreams: 1 fornitano_lc_me_sjrp.pdf: 1355762 bytes, checksum: 8d684160e1b0f3eb1f0e1d5b46e64744 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Nsf - Nacional Science Foundation / No presente trabalho, apresentamos o primeiro mapa RH do cromossomo 16 bubalino (BBU16), construído com a utilização do painel celular BBURH5000. Seqüências de primers para PCR de 30 genes derivados do cromossomo 15 bovino (BTA15) foram testados com DNA de búfalo para a construção do mapa RH BBU16. Dos marcadores testados, 11 geraram produtos de PCR específicos com o DNA de búfalo, mostrando-se adequados para o mapeamento utilizando o painel BBURH5000. A partir de análises estatísticas, 9 genes foram incluídos no primeiro mapa RH do cromossomo BBU16 contendo apenas um grupo de ligação. As freqüências de retenção (FR) dos marcadores variaram entre 16,6% (SDHD) e 32,2% (PORIMIN). Comparando-se o mapa RH obtido com a sequência do BTA15, pode-se verificar que não houve discrepâncias quanto a ordem dos 9 genes em ambas espécies, evidenciando a conservação da ordem linear desses marcadores nas mesmas / This paper describes a radiation hybrid (RH) map of river buffalo (Bubalus bubalis) chromosome 16, generated from a previously described river buffalo whole genome RH panel (BBURH5000). PCR Primer sequences were selected for 30 cattle derived genes mapped on bovine chromosome 15. From the total number of selected markers, 11 generated specific PCR products with buffalo DNA and were suitable for mapping using the BBURH5000 panel. The statistical analysis included 9 genes on the BBU16 RH map, which were distributed in one linkage group. Retention frequencies (RF) ranged from 16,6% for SDHD and 32,2 % for PORIMIN. The marker order on the linkage group is entirely consistent with the current BTA15 sequence assembly (Btau_4.0), indicating a conservation in the order of the genes on both species

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-29Bitstream added on 2014-06-13T20:23:17Z : No. of bitstreams: 1 miziara_mn_dr_sjrp.pdf: 8388230 bytes, checksum: 735d0547b6a7d4ff2141893c4f8644a7 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Nsf - Nacional Science Foundation / O cromossomo 1 do genoma bubalino (BBU1), o maior cromossomo do cariótipo do búfalo de rio, é um cromossomo submetacêntrico que possui homologia com os cromossomos 1 e 27 do genoma bovino. Neste trabalho, apresentamos o primeiro mapa RH para este cromossomo, construído por meio da utilização de um painel de células somáticas híbridas irradiadas búfalo-roedor, denominado BBURH5000. O mapa consistiu em 69 marcadores derivados dos cromossomos bovinos BTA1 e BTA27, incluindo 48 genes codificantes, 17 microssatélites e quatro ESTs distribuídos em dois grupos de ligação. A freqüência de retenção observada entre os marcadores variou de 17.8% a 52.2%. A ordem dos marcadores dentro dos grupos de ligação foi, em sua maioria, idêntica a ordem encontrada nos mapas RH e de seqüência do genoma bovino. A análise comparativa do mapa RH obtido para BBU1 com o genoma humano revelou oito blocos homólogos de sintenia entre BBU1 e segmentos correspondentes dos cromossomos humanos 3, 4, 8 e 21, sendo a maioria deles rearranjados quanto à ordem dos genes e orientação dos blocos. Os blocos de sintenia também foram comparados com os genomas de outras espécies de mamíferos, como boi, chimpanzé, cachorro e cavalo. Considerando a inexistência de mapas de ligação para o búfalo de rio, o mapa RH obtido neste estudo fornece dados essenciais para os estudos comparativos deste cromossomo com qualquer outra espécie de mamífero. / The largest chromosome in the river buffalo karyotype, BBU1, is a submetacentric chromosome with reported homology between BBU1q and bovine chromosome 1 and between BBU1p and BTA27. We present the first radiation hybrid map of this chromosome containing 69 cattle derived markers including 48 coding genes, 17 microsatellites and four ESTs distributed in two linkage groups. The RH map was constructed based on the analysis of a recently developed river buffalo-hamster whole genome radiation hybrid panel (BBURH5000). The retention frequency of individual markers across the panel ranged from 17.8% to 52.2%. With few exceptions, the order of markers within linkage groups is identical to the order established for corresponding cattle sequence and RH maps. Comparative analysis between BBU1-RH5000 and the human genome revealed eight homologous synteny blocks corresponding to HSA3q, HSA4q, HSA8p and HSA21q. Most of the blocks showed rearrangements in the gene order and in the orientation of the synteny blocks. The synteny blocks were also compared with other mammalian genomes, such as bovine, chimpanzee, dog and horse. Considering that a genetic linkage map does not exist for river buffalo, the radiation hybrid map generated in this study provides valuable data for comparative mapping of BBU1 chromosome.

La Llama es el Camélido doméstico más abundante de Argentina. La cría de Llamas constituye una actividad económica de gran importancia debido a que es una especie poliproductora de carne, fibra, cuero y transporte. Actualmente existe interés creciente por mejorar el rendimiento y calidad de estos productos. El estudio de genes candidatos permite vincular las variaciones de un carácter y la manera en que éste se manifiesta en el fenotipo del individuo. En ese contexto la hormona de crecimiento (GH), producto del gen GH1 y secretada por la glándula pituitaria, estimula el crecimiento de huesos y músculos. Por otra parte, es bien conocido el interés que existe en la producción de fibras por determinados colores con mayor valor comercial. La determinación del color de capa en mamíferos se debe a la interacción de los genes MC1R (receptor 1 de melanocortina) y ASIP (péptido de señalización Agouti). Ambos controlan el tipo y localización de pigmento eumelánico (negro-marrón oscuro o sepia) o feomelánico (rojoamarillento) producido. Esta Tesis tuvo por objetivo caracterizar y analizar la diversidad genética del gen GH1 y realizar la caracterización molecular de las variantes alélicas de MC1R y ASIP en Llamas con distintos fenotipos de colores de capas. Mediante PCR se amplificaron y luego secuenciaron los tres genes. El gen GH1 mostró un alto nivel de variabilidad encontrándose 15 SNPs, mayormente situados en región no codificante. Sin embargo se identificaron dos polimorfismos en el promotor y uno en la región 5´no traducible. Dado que los polimorfismos localizados en el promotor podrían afectar los niveles de expresión del gen, se concluye que los mismos pueden ser útiles en futuros estudios de asociación. Con respecto al gen MC1R se identificaron 13 SNPs en región codificante, 10 de los cuales fueron no sinónimos. La combinación de 3 de estos polimorfismos permitieron diferenciar Llamas con capas pigmentadas (A259/A376/T383) de las blancas no albinas (BNA) que carecían de pigmento (G259/G376/C383). En ASIP el hallazgo más importante fue una deleción de 57pb en el Exón 4 con posible pérdida de función. De esta manera, el alelo delecionado en homocigosis se observó en Llamas eumelánicas y el alelo sin delecionar en estado homocigota o heterocigota, se vió en Llamas feomelánicas. La identificación de los alelos de los genes MC1R y ASIP permitió proponer un mecanismo por el cual se genera la pigmentación feomelánica y eumelánica (TO) en las Llamas.

La variabilidad genética en una muestra poblacional de 49 individuos no emparentados de la provincia de Andahuaylas, fue analizada con los marcadores microsatélites TPOX y TH01 mediante la técnica de PCR múltiplex. Los amplificados fueron separados mediante electroforesis en geles de poliacrilamida y visualizados por tinción con nitrato de plata. Ambos loci resultaron polimórficos, con 5 alelos en cada loci, y se encontraron en equilibrio de Hardy-Weinberg. La heterocigosidad de los loci TPOX y TH01 presentaron valores bajos en comparación con lo reportado en otras poblaciones mundiales; lo cual determinó que la variabilidad genética de la población estudiada, medida por la heterocigosidad promedio por locus, resultara baja. Se estimaron valores de FST como medida de subdivisión poblacional en ambos loci, entre la muestra poblacional de Andahuaylas y poblaciones caucásicas, asiáticas, africanas, oceánicas y algunas relacionadas, en cuanto su origen, a la muestra poblacional estudiada. No se encontró subdivisión genética con la muestra poblacional peruana de Mesa Redonda (Tito y col., 2004) en los loci TPOX y TH01, ni con una muestra poblacional de hispanos residentes en Estados Unidos reportada por Budowle y col. (1999) y la población Mapuche de Argentina (Tourret y col., 1999) en el locus TPOX. Se corroboró una fuerte correlación genética con la población de Mesa Redonda mediante el análisis de las distancias genéticas de Reynolds representadas en un árbol filogenético neighbor-joining. / ---A population study in a sample of 49 unrelated individuals from the Province of Andahuaylas (Southern Peru) was carried out using the TPOX and TH01 STRs markers, in order to estimate their level of genetic variability. The two loci were typified by PCR multiplex. The PCR products were separated by electrophoresis on gel polyacrylamide and visualized by silver staining. Both loci were polymorphic, with 5 alleles each one, and met Hardy-Weinberg expectations. In both loci, the heterozygosity showed values that were low in comparison with world populations. The genetic variability of the Andahuaylas population, measured as the average heterozygosity per locus, was low. FST were calculated as a measure of population subdivision, between the Andahuaylas population and others world populations, in both loci. No appreciable genetic subdivision was found with the Peruvian Mesa Redonda Lima population (Tito et al., 2004) in both loci, and in the TPOX locus with a sample of Hispanic population from United States reported by Budowle et al. (1999) and The Mapuche population from Argentina (Tourret et al., 1999). The Reynolds’ distances represented in a neighbor-joining tree confirmed the great genetic correlation with Mesa Redonda Lima population.

Describe la epidemiologia molecular de las cepas circulantes de Mycobacterium tuberculosis mediante PCR en tiempo real y análisis de alta resolución en especímenes clínicos del Hospital Nacional Arzobispo Loayza.