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A complexa história evolutiva de Cedrela fissilis (meliaceae) da Mata Atlântica brasileira durante as mudanças climáticas do quaternário / The complex history of Cedrela fissilis (Meliaceae) from Brazilian Atlantic forest during Quaternary climate changesMangaravite, Érica 29 September 2016 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-02-08T11:42:45Z
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Previous issue date: 2016-09-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A floresta Atlântica brasileira, uma das regiões de maior biodiversidade no mundo, está entre as cinco áreas mais importantes, hotspot de biodiversidade, possuindo mais de 8.000 espécies endêmicas. Entretanto, ela é uma das florestas mais ameaçadas do mundo. Estudos vêm sendo conduzidos com o objetivo de tentar entender as razões que levaram a este grande acúmulo de biodiversidade. Nós estudamos o modelo de distribuição de espécies, diversidade genética e filogeografia em populações de Cedrela fissilis da floresta Atlântica, com o intuito de responder se populações estariam em refúgios secos ou em florestas úmidas durante o último máximo glacial (LGM). Nossos resultados mostraram suporte para ambas as hipóteses, sugerindo assim que provavelmente uma combinação de processos atuaram no espaço e no tempo formando a diversidade que existe atualmente. Além disso, Estudos moleculares necessitam de DNA de qualidade e, em plantas, as folhas não estão sempre disponíveis. Dessa forma, nós testamos uma completa metodologia de extração de tecido do câmbio em diferentes espécies (Anadenanthera peregrina var. peregrina, Cedrela fissilis, Ceiba speciosa e Dimorphandra wilsonii) a fim de obter um DNA adequado para amplificação. O protocolo utilizado aqui, desde a coleta até a extração, foi efetivo para a obtenção de produtos de PCR para sequenciamento e genotipagem. / The Brazilian Atlantic forest, one of the most biodiverse regions in the world, is among the five most important areas, biodiversity hotspot, harbouring more than 8,000 endemic species. However, it exhibits the most threatened forests in the world. Studies have been conducted in order to understand the reasons that led to this high accumulation of biodiversity. We evaluated species distribution model, genetic diversity and phylogeography of populations of Cedrela fissilis from Atlantic range, in order to answer whether populations were in dry refugia or in moist forests during the last glacial maximum (LGM). Our results showed support for both hypotheses, suggesting that likely a mixture of processes have acted through space and time. In addition to this study, molecular studies require DNA isolated, and in plants the leaves are not always available. Thus, we also tested a complete methodology of DNA extraction from cambium tissue in different species (Anadenanthera peregrina var. Peregrina, Cedrela fissilis, Ceiba speciosa and Dimorphandra wilsonii) in order to obtain a suitable DNA for amplification. The protocol used here, showed from the collected steps until extraction, was effective for obtaining PCR products for sequencing and genotyping.
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Species diversity and genetic variability of begomoviruses and associated DNA satellites infecting non-cultivated plants in Brazil and in Spain / Diversidade de espécies e variabilidade genética de begomovírus e DNAs satélites infectando plantas não-cultivadas no Brasil e na EspanhaFerro, Camila Geovana 28 March 2016 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-02-13T15:10:48Z
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Previous issue date: 2016-03-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Begomovírus (gênero Begomovirus, família Geminiviridae) possuem um ou dois componentes genômicos de DNA circular de fita simples, encapsidados em partículas icosaédricas geminadas. A maioria dos begomovírus presentes no Novo Mundo (NM) são bissegmentados, enquanto no Velho Mundo (VM) prevalecem os monossegmentados, frequentemente associados a duas classes de DNAs satélites: alfassatélites e betassatélites. Recentemente, alfassatélites foram relatados em associação com begomovírus bissegmentados no NM. Membros do gênero Begomovirus são responsáveis por doenças em culturas economicamente importantes em todo o mundo. Begomovírus que infectam Ipomoea spp. (família Convolvulaceae), comumente denominados "sweepovírus", possuem organização genômica típica dos vírus monossegmentados do VM, porém são filogeneticamente distintos das demais espécies do gênero. O entendimento da dinâmica e variabilidade genética de populações virais em plantas não-cultivadas é importante para auxiliar na previsão e prevenção de doenças em plantas cultivadas. Este trabalho teve como objetivos: (i) estudar a diversidade de espécies de begomovírus em dois hospedeiros não-cultivados amplamente distribuídos no Brasil, Sida spp. e Leonurus sibiricus; (ii) determinar a estrutura e a variabilidade genética das populações de begomovírus em Sida spp. e L. sibiricus; (iii) determinar a variabilidade genética de deltassatélites associados a sweepovírus infectando Ipomoea indica no sul da Espanha, expandindo a análise para outras regiões geográficas. Para os dois primeiros objetivos, o DNA total foi extraído de plantas de Sida spp. e L. sibiricus coletadas nos estados do Rio Grande do Sul, Paraná e Mato Grosso do Sul de 2009 a 2011, e os genomas virais foram amplificados, clonados e sequenciados. A maioria das amostras de Sida spp. estavam infectadas pelo Sida micrantha mosaic virus (SiMMV). Foram encontradas também três novas espécies. A maioria absoluta das amostras de L. sibiricus estavam infectadas pelo Tomato yellow spot virus (ToYSV). Dois alfassatélites foram encontrados: Euphorbia yellow mosaic alphasatellite em Sida sp. e um novo alfassatélite em L. sibiricus. As populações de SiMMV e ToYSV possuem alta variabilidade genética. Embora um elevado nível de recombinação tenha sido detectado, a dinâmica mutacional é o fator primário de diversificação. Os resultados são inconclusivos em relação a estruturação baseada em localização geográfica. Para o terceiro objetivo, DNA foi extraído de plantas de I. indica coletadas no sul da Espanha em 2015, e amplificação por círculo rolante (RCA), uma técnica que leva a amplificação de moléculas de ssDNA circulares sem o conhecimento prévio da sequência nucleotídica, foi usada para clonar os deltassatélites e seus sweepovírus associados, Sweet potato leaf curl virus (SPLCV) e Sweet potato mosaic virus (SPMV). Deltassatélites apresentaram baixa variabilidade de sequência, ausência de recombinação e de estruturação geográfica. Além disso, uma quimera sweepovírus- satélite com um tamanho similar ao dos deltassatélites foi detectada. / Begomoviruses (genus Begomovirus, family Geminiviridae) possess one or two genomic components of circular, single-stranded DNA (ssDNA) encapsidated in geminate icosahedral particles. Most begomoviruses in the New World (NW) are bipartite, while the majority in the Old World (OW) are monopartite and frequently associated with two classes of satellite DNAs: alphasatellites and betasatellites. Alphasatellites have been recently reported in association with bipartite begomoviruses in the NW. Members of the genus Begomovirus are responsible for important crop diseases worldwide. Begomoviruses that infect Ipomoea spp. (family Convolvulaceae), commonly known as "sweepoviruses", have the typical genomic organization of OW monopartite viruses but are phylogenetically distinct from all other species in the genus. Understanding the dynamics and genetic variability of viral populations in non-cultivated hosts is important for the prediction and consequent prevention of new virus diseases in cultivated plants. This work aimed to: (i) assess the diversity of begomoviruses in two non-cultivated hosts widely distributed in Brazil, Sida spp. and Leonurus sibiricus; (ii) determine the genetic structure and variability of begomovirus populations infecting Sida spp. and L. sibiricus; (iii) determine the genetic variability of deltasatellites associated with sweepoviruses infecting Ipomoea indica in Spain and expand the analysis to other geographical areas. For the first two objectives, total DNA was extracted from samples of Sida spp. and L. sibiricus collected in the states of Rio Grande do Sul, Paraná and Mato Grosso do Sul from 2009 to 2011 and viral genomes were amplified, cloned and sequenced. In Sida spp. the most prevalent virus was Sida micrantha mosaic virus (SiMMV). In addition, three new species were also detected. The vast majority of L. sibiricus samples were infected by Tomato yellow spot virus (ToYSV). Two alphasatellites were found: Euphorbia yellow mosaic alphasatellite in Sida sp. and a new alphasatellite associated with ToYSV in L. sibiricus. Both the SiMMV and ToYSV populations have a high degree of genetic variability. Although a high level of recombination was detected, mutational dynamics was the primary factor of diversification. The results were inconclusive regarding genetic structuration based on geography. For the third objective, DNA was extracted from I. indica samples collected in southern Spain in 2015 and rolling circle amplification (RCA), a technique that allows amplification of circular ssDNA molecules without previous knowledge of nucleotide sequence, was used to clone deltasatellites and two associated sweepoviruses, Sweet potato leaf curl virus (SPLCV) and Sweet potato mosaic virus (SPMV). Deltasatellites showed low sequence variability, no evidence of recombination, and no obvious geographical structuration. Also, a sweepovirus- deltasatellite chimera with a size similar to deltasatellites was detected.
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Characterization of transcriptionally active atwwp1 nuclear bodies that confer partial immunity against begomoviruses / Caracterização de corpos nucleares transcricionalmente ativos, formados pela proteína AtWWP1, os quais conferem imunidade parcial contra BegomovirusCalil, Iara Pinheiro 06 February 2017 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-09-01T12:19:52Z
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Previous issue date: 2017-02-06 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Begomovírus bipartidos (Familía Geminiviridae) - grupo de vírus de DNA que se replica no núcleo de células infectadas – codifcam a proteína de movimento NSP (nuclear shuttle protein) que facilita a translocação do DNA viral do núcleo para o citoplasma, através dos poros nucleares. O tráfego intracelular do complexo NSP- DNA é assessorado pela proteína NIG (NSP-interacting GTPase), localizada no compartimento citoplasmático celular. Nesta investigação, é descrita a caracterização de AtWWP1, uma proteína dotada de dois domínios WW, identificada por sua interação com NIG. No capítulo II foi demonstrado que AtWWP1 forma corpos nucleares (NBs) por meio de seu domínio WW e é capaz de relocar NIG do citoplasma para o núcleo, confinando-a em corpos nucleares. Portanto, a interação AtWWP1-NIG, mediada pelo domínio WW de AtWWP1, pode interferir com o papel pro-viral de NIG durante a infecção o qual é associado à sua localização citoplasmática. Consistente com essa hipótese, a perda de função de AtWWP1 em Arabidopsis resulta em aumento de suscetibilidade em resposta à infecção por begomovírus, ao passo que a superexpressão de AtWWP1 confere tolerância à infecção viral. Entretanto, a função antiviral de AtWWP1-NB pode ser antagonizada durante a infecção viral, uma vez que foi observado um decréscimo ou desorganização dos corpos nucleares de AtWWP1 em células infectadas. Os dados apresentados no capítulo II demonstraram que AtWWP1 se organiza em estruturas subnucleares as quais conferem imunidade intrínseca contra infecção por begomovírus. Contudo, a função molecular dos corpos nucleares de AtWWP1 não foi elucidada. No capítulo III, foi demonstrado que AtWWP1 co-localiza em corpos nucleares com a proteína CDKC2, cuja função celular é associada à transcrição e processamento de RNA. CDKC2 modula o estado de fosforilação do domínio C- terminal da RNA polimerase II (CTD-RNAPII). Foi demonstrado que AtWWP1 também interage com CTD-RNAPII em NBs. Os corpos nucleares de AtWWP1 foram desfeitos ou reorganizados em corpos nucleares maiores após tratamentos com inibidores de transcrição e fosforilação; tal comportamento se assemelha ao observado em CDKC2-NBs, cuja organização dinâmica dos corpos nucleares depende do status transcricional da célula. Como evidência adicional de seu papel na transcrição celular, foi demonstrado que AtWWP1 possui capacidade de ligação a DNA e que seus NBs estão associados à região de eucromatina. Consistente com os resultados previamente obtidos, a alteração nos níveis transcricionais de AtWWP1 em linhagens transgênicas resultou no enriquecimento de fatores de transcrição diferencialmente expressos. Coletivamente, os dados obtidos neste trabalho demonstram que AtWWP1 forma corpos nucleares correspondentes a sítios ativos de expressão gênica ou de processamento de RNA acoplado à transcrição. / As DNA viruses, which replicate in the nucleus of infected cells, the bipartite begomoviruses (Geminiviridae family) encode the nuclear shuttle protein to facilitate the translocation of viral DNA from the nucleus to the cytoplasm via nuclear pores. This intracellular trafficking of NSP-DNA complexes is accessorized by the NSP- interacting GTPase (NIG) at the cytosolic side. Here, we report the characterization of AtWWP1, a WW domain-containing protein, identified as a NIG partner. In the chapter II, we demonstrated that AtWWP1 forms nuclear bodies (NBs) via its WW domains and relocates NIG from the cytoplasm to the nucleus where it is confined to AtWWP1-NBs.Therefore, the NIG-AtWWP1 interaction, which also occurs via the WW domains, may interfere with the NIG pro-viral function that is associated with its cytosolic localization. Consistent with this hypothesis, loss of AtWWP1 function debilitates further the plant upon begomovirus infection and overexpression of AtWWP1 confers tolerance to begomovirus. The antiviral function of AtWWP1-NBs, however, may be antagonized by viral infection, which was demonstrated to induce either a decrease in the number or disruption of AtWWP1-NBs. Our data established that AtWWP1 organizes nuclear structures as nuclear foci, which provide intrinsic immunity against begomovirus infection. Nevertheless, the underlying biochemical function of these AtWWP1-NBs has yet to be elucidated. In Chapter III, we demonstrated that AtWWP1-NB co-localizes with CDKC;2-NB, which has been shown to be involved in transcription and RNA processing. Like CDKC2, which modulates the phosphorylation status of RNA polymerase II C-terminal domain (CTD-RNA pol II), we showed that AtWWP1 interacts with CTD-RNA pol II within NBs. AtWWP1-NBs were disintegrated into diffuse pattern or converted to larger structures upon treatment with transcriptional inhibitors, a feature that resembles the CDKC2-NB dynamic organization, which depends on the transcriptional status of the cells. As further evidence for a role in transcription, we also demonstrated that AtWWP1 displays DNA binding activity and AtWWP1-NBs associate with active chromatin regions. Accordingly, the manipulation of the AtWWP1 levels promoted an enrichment of differentially expressed transcriptional factors in transgenic lines. Collectively, our data establish that the nuclear bodies formed by AtWWP1 are associated with active gene expression or co-transcriptional RNA processing. / Os anexos impressos estão na ordem invertida em relação à versão digital, mas não compromete o conteúdo.
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Genetic variability and population structure of the begomovirus Euphorbia yellow mosaic virus and its associated alphasatellite / Variabilidade genética e estrutura de populações do begomovírus Euphorbia yellow mosaic virus e alfassatélite associadoMar, Talita Bernardon 15 February 2017 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-09-01T16:06:33Z
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Previous issue date: 2017-02-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A emergência dos begomovírus (virus transmitidos por mosca-branca classificados no gênero Begomovirus, família Geminiviridae) no Brasil provavelmente ocorreu pela transferéncia horizontal de vírus presentes em plantas não-cultivadas após a introdução da Bemisia tabaci MEAMl. Recentemente, Euphorbia yellow mosaic alphasatellite (EuYMA) foi encontrado em associação com Euphorbia yellow mosaic virus (EuYMV) infectando Euphorbia heterophylla, uma importante invasora na cultura da soja no Brasil. A variabilidade genética e a estrutura da população de begomovírus infectando E. heterophylla, e novas ocorrências de EuYMA, foram investigados em amostras coletadas em nove estados Brasileiros entre 2009 e 2014. Apenas EuYMV foi detectado (com uma exceção), e um total de 158 e 57 haplótipos foram comparados em conjuntos de dados correspondentes ao DNA-A e DNA-B, respectivamente. EuYMA foi detectado em apenas seis amostras coletadas nos estados do Rio Grande do Sul e Paraná. Comparado com populações de outros begomovírus, o EuYMV possui um menor grau de variabilidade genética, e poucos eventos de recombinação intraespecíficos. Analise de componentes principais permitiu a diferenciação de seis subpopulações virais de acordo com os locais de amostragem, corroborando as análises filogenéticas. Os polimorfismos de 23 sitios que mais contribuiram para a estrutura geografica foram descritos como suficientemente informativos para discriminar entre as subpopulações virais. A caracterização biológica e molecular da associação do alfassatélite EuYMA com o EuYMV foi realizada após a construção de clones infeciosos de ambos os agentes. Diferenças fenotípicas na infecção por EuYMV na presença do EuYMA foram observadas em Arabidopsis thaliana, Nicotiana benthamiana e E. heterophylla. Ensaios de transmissão indicaram que o EuYMA afeta negativamente a transmissão de EuYMV por Bemisia tabaci MEAMl. Em conjunto, os resultados indicam que o EuYMV apresenta menor grau de variabilidade genética comparado a outros begomovírus que infectam plantas cultivadas e não-cultivadas no Brasil, porém, similar ao descrito para outros begomovírus, segrega de acordo com o local de amostragem. Além disso, o EuYMA é capaz de modular os sintomas, o acúmulo Viral e a transmissão pela mosca-branca no contexto da infecção pelo EuYMV, potencialmente interferindo na disseminação do vírus no campo. / The emergence of begomoviruses (whitefly-transmitted viruses classified in the genus Begomovirus, family Geminiviridae) in Brazil probably occurred by horizontal transfer of viruses infecting non-cultivated plants after the introduction of Bemisia tabaci MEAMl. Recently, Euphorbia yellow mosaic alphasatellite (EuYMA) was found in association with Euphorbia yellow mosaic virus (EuYMV) infecting Euphorbia heterophylla, an important invasive species in soybean and other crops in Brazil. We assessed the genetic variability and population structure of begomoviruses infecting E. heterophylla, and the geographical range of alphasatellites in samples collected throughout nine Brazilian states from 2009 to 2014. Only EuYMV was detected (with one exception), and a total of 158 and 57 haplotypes were compared in DNA-A and DNA-B datasets, respectively. EuYMA was detected in only six samples collected in the states of Rio Grande do Sul and Paraná. Compared with other begomoviruses, EuYMV has a low degree of genetic variation, and few intraspecific recombination events. The application of principal component analysis allowed the differentiation of six viral subpopulations according to sampling locations, in agreement with phylogenetic analysis. The polymorphisms of 23 sites that mostly contributed to the geographical structure were shown to hold supporting information to discriminate between the viral subpopulations. Biological and molecular aspects of the association between the alphasatellite EuYMA and EuYMV were studied following the construction of infectious clones of both agents. Phenotypic differences of EuYMV infection in the presence of EuYMA were observed in Arabidopsis thaliana, Nicotiana benthamiana and E. heterophylla. Transmission assays indicated that EuYMA negatively affects the transmission of EuYMV by Bemisia tabaci MEAMl. Together, the results indicate that EuYMV displays a lower degree of genetic variation compared to other begomoviruses infecting cultivated and non-cultivated plants in Brazil but, similar to other begomoviruses, segregates according to sampling location, and that EuYMA is capable of modulating symptoms, Viral accumulation and whitefly transmission of EuYMV, potentially interfering with Virus dissemination in the field.
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Filogeografia molecular de Corynespora cassiicola, um fungo polífago e causador da mancha alvo / Molecular phylogeography of Corynespora cassiicola, a polyphagous fungus that causes the target spotDal’Sasso, Thaís Carolina da Silva 23 February 2017 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-09-01T16:34:42Z
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Previous issue date: 2017-02-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O fungo fitopatogênico Corynespora cassiicola (Berk. & M. A. Curtis) C. T. Wei é uma espécie cosmopolita com relatos de ocorrência em folhas, hastes e raízes em diversas espécies de plantas, sendo frequentemente associada como agente causal da mancha alvo em diferentes espécies de importância agronômica. Este estudo analisou uma coleção de 32 isolados de C. cassiicola, obtidos de diferentes hospedeiros e locais no Brasil. Sete genes nucleares e um gene mitocondrial foram parcialmente sequenciados e analisados de modo a explorar as relações filogenéticas e filogeográficas entre os isolados e verificar se existe associação entre o gene precursor da toxina produzida pelo fungo, a cassiicolina, e as linhagens encontradas. Adicionalmente, a presença de mutações pontuais independentes – E198A, F200Y e G143A – que conferem resistência a fungicidas foram investigadas. Os isolados se agruparam em três linhagens. A distribuição dos isolados entre as linhagens não esteve associada a hospedeiro ou origem geográfica dos isolados. Isolados da coleção contêm uma de quatro possíveis isoformas da cassiicolina. Em geral, associação entre as isoformas e clados filogenéticos foi ausente. As três mutações pontuais que conferem resistência a fungicidas estão presentes (sozinhas ou combinadas) em oito isolados. Duas dessas mutações (E198A e F200Y) nunca haviam sido identificadas em isolados de C. cassiicola. As evidências de variabilidade genética entre os isolados e a ocorrência de três mutações pontuais independentes, em conjunto com o hábito polífago de C. cassiicola, comprometem as atuais práticas de manejo da doença na agricultura brasileira. As informações obtidas neste estudo poderão ser úteis em análises ecológicas e epidemiológicas de C. cassiicola, bem como no desenvolvimento de medidas de manejo da mancha alvo. / The plant pathogenic fungus Corynespora cassiicola (Berk. & M. A. Curtis) C. T. Wei is a cosmopolitan species with reports of occurrence in leaves, stems and roots in several plant species, being frequently associated as the causal agent of the target spot in different plant species of agronomic importance. This study analyzed a collection of 32 isolates of C. cassiicola obtained from different hosts and locations in Brazil. Seven nuclear genes and a mitochondrial gene were partially sequenced and analyzed in order to explore the phylogenetic and phylogeographic relationships among the isolates and to verify if there is an association between the precursor gene of the toxin produced by the fungus, the cassiicolin, and the lineages we found. Additionally, the presence of independent point mutations - E198A, F200Y and G143A - that confer resistance to fungicides were investigated. The isolates were grouped into three lineages. The distribution of the isolates between the lineages was neither associated with host nor geographical origin of the isolates. The isolates of the collection contain one of four possible cassiicolin isoforms. In general, association between isoforms and phylogenetic clades was absent. The three point mutations that confer resistance to fungicides were present (alone or in combination) in eight isolates. Two of these mutations (E198A and F200Y) had never been identified in isolates of C. cassiicola. The evidence of genetic variability among the isolates and the occurrence of three independent point mutations, along with the polyphagous habit of C. cassiicola, compromise the current disease management practices in the Brazilian agriculture. Therefore, the information generated may be useful in ecological and epidemiological analysis of C. cassiicola, as well as in the development of management measures against the target spot.
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Identificação de fatores transcricionais que controlam a expressão do gene sbMATE / Identification of transcription factors that control the expression of the gene SbMATEMartins, Laura Gonçalves Costa 24 February 2016 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-01-16T10:48:22Z
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Previous issue date: 2016-02-24 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O gene SbMATE, que confere tolerância a alumínio em sorgo, é altamente expresso no ápice da radícula e codifica um transportador de membrana pertencente à família MATE (multi drug and toxic compound extrusion family) que é responsável pelo efluxo de citrato ativado por alumínio. A identificação de elementos cis-regulatórios no promotor do gene SbMATE que confere tolerância ao alumínio e de fatores transcricionais que controlam a expressão do referido gene constituem etapas fundamentais para o entendimento do mecanismo de resistência a Al mediado por SbMATE. O objetivo do presente trabalho foi a identificação e caracterização de fatores transcricionais que interagem de uma maneira específica com o promotor para controlar a expressão do gene SbMATE. Entre 22 possíveis fatores transcricionais mapeados em um eQTL que influencia a expressão de SbMATE, quatro deles, NF-YB-Like (Sorbic.009g166200), WRKY-like (Sorbic.009g174300), ZincFinger-like (Sorbic.009g151400) e SORBIDRAFT_09g022540, foram selecionados para análise de atividade de regulação de transcrição específica de promotores. Ensaios de mono-híbrido em leveduras demonstraram que a proteína WRKY41-like, mas não NFY-like, interage com o promotor SbMATE isolado tanto de linhagens tolerantes quanto de susceptíveis. A interação ocorre na região proximal (posição -2102 ao ATG) comum a todos os promotores SbMATE testados. Estes resultados foram confirmados em ensaios de transativação de promotores fusionados a GUS em protoplastos de Arabidopsis. Para isso, Arabidopis thaliana ecotipo Col-0 foi inicialmente transformada com construções de DNA, contendo a região proximal ou de fragmentos truncados do promotor SbMATE fusionados à GUS. As folhas das linhagens transgênicas foram utilizadas para o preparo de protoplastos para expressão transiente dos quatro transfatores selecionados. Tanto WRKY-like quanto ZincFinger-like transativaram especificamente o promotor de SbMATE, enquanto que NF-YB-like e SORBIDRAFT_09g022540 não foram capazes de ativar a expressão do gene repórter. Por meio de ensaios de deleção do promotor, os sítios de interação de WRKY-like e ZincFinger- like foram mapeados em um domínio cis-regulatório de 127 pb, delimitado pelas posições -2102 a -1975 no promotor SbMATE. Coletivamente, estes resultados indicam que os transfatores WRKY-like e ZincFinger-like estão envolvidos no controle da expressão do gene SbMATE. / The SbMATE gene, which confers tolerance aluminum in sorghum, is highly expressed at radicle apex and encodes a membrane transporter belonging to the family MATE (multi drug and toxic compound extrusion family) that is responsible for the efflux of citrate activated by aluminum. The identification of cis-regulatory elements in SbMATE gene promoter that confer tolerance to aluminum and transcription factors that control the expression of such gene are key steps for understanding the SbMATE- mediated resistance mechanism.. The objective of this study was the identification and characterization of transcription factors that interact specifically with the promoter to control the expression of the gene SbMATE. Among 22 transcriptional factors mapped in a eQTL that influences the expression of SbMATE, four of them, NF-YB-Like (Sorbic.009g166200), WRKY-like (Sorbic.009g174300), ZincFinger-like (Sorbic.009g151400) and SORBIDRAFT_09g022540 were selected for analysis of transcriptional regularion activity of specific promoters. Mono-hybrid assays in yeast demonstrated that the WRKY41-like protein, but not NFY-like, interacts with the promoter SbMATE isolated from both tolerant and susceptible varieties. The interaction occured in the proximal region (position -2102 to the ATG) common to all SbMATE promoters tested. These results were confirmed in transactivation assays of GUS-fused promoters in Arabidopsis protoplasts. For this, Arabidopsis thaliana ecotype Col-0 was initially transformed with DNA constructs, containing the proximal region or truncated fragments of the SbMATE promoter fused to GUS. The leaves of transgenic lines were used for the preparation of protoplasts for transient expression of the four selected transfactors. Both WRKY-like and ZincFinger-like transactivated specifically the SbMATE promoter, while NF-YB-like and SORBIDRAFT_09g022540 were unable to activate the expression of the reporter gene. Through promoter deletion assays, WRKY-like interaction and ZincFinger-like sites were mapped in a cis-regulatory domain of 127 bp, delimited by positions -2102 to -1975 in the SbMATE promoter. Collectively, these results indicate that the WRKY-like and ZincFinger- like transfactors are involved in the control of the SbMATE gene expresssion.
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GmNAC081: elemento de convergência para comunicação cruzada entre senescência e tolerância à seca / GmNAC081-induced global variation of gene expression during senescence in soybeanFerreira, Dalton de Oliveira 20 July 2017 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-01-16T15:52:56Z
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Previous issue date: 2017-07-20 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O setor da agroindústria representa a maior fração das divisas na economia brasileira. No entanto, as culturas agronômicas estão sujeitas aos estresses do meio ambiente, incluindo os estresses bióticos (causados por microrganismos, herbívoros ou vírus) e abióticos (disponibilidade de água, nutrientes, presença de agentes estressantes no solo, etc) e eventos de desenvolvimento, como a senescência. No caso de defesa a estresses múltiplos, as plantas ativam uma via de sinalização de morte celular programada (PCD, programmed cell death) mediada pelos fatores de transcrição GmNAC081 e GmNAC030 que pertencem a uma grande família de transfatores específicos de plantas. Foi observado que GmNAC081 está envolvido com o processo de senescência natural e seu silenciamento retarda a senescência foliar e atenua os demais sintomas decorrentes da morte celular programada; porém, o mecanismo bioquímico envolvido não foi totalmente elucidado. Nesta investigação, foi explorada uma abordagem de genômica funcional para avaliar o mecanismo pelo qual GmNAC081 está envolvido em senescência, bem como o efeito da expressão ectópica de GmNAC081 durante o déficit hídrico. As linhagens transgênicas superexpressando o gene GmNAC081 senesceram mais rápido do que as plantas não transformadas. Nas linhagens transgênicas, GmNAC081-1, e GmNAC081-3, a expressão ectópica de GmNAC081 acelerou o amarelecimento foliar que foi associado com maior acúmulo de espécies reativas de oxigênio (ROS), comparado com as plantas controles. Enquanto que no estádio V3 (20 dias após germinação), nas linhagens transgênicas, o nível de transcritos de GmNAC081 foi muito superior àqueles de plantas não transformadas BR16, no estádio R7 (80 DAG), a expressão de GmNAC081 endógeno, em BR16, foi induzida pelo processo de senescência, alcançando níveis similares àqueles das linhagens transgênicas. A indução natural de GmNAC081 durante senescência mimetizou o fenótipo da superexpressão do transgene, uma vez que, em clusterização, as sequências expressas durante senescência natural em BR16 agruparam junto com as sequências expressas da linhagem GmNAC081-3 nas plantas em R7. Em contraste, nas plantas em V3, na linhagem transgênica, 1849 e 2813 genes foram induzidos e reprimidos, respectivamente, dos quais 455 genes regulados positivamente e 1200 genes regulados negativamente foram comum ao processo de senescência natural de folhas. Estes resultados indicam que GmNAC081 tem um papel predominante como regulador positivo de senescência foliar natural. Entre os genes regulados positivamente destacam-se alvos diretos de GmNAC081, validando os resultados de RNA-seq. Além disso, foram selecionados adicionais genes candidatos com o potencial de serem modulados por GmNAC081, como JMT, MLO3, NRT1.5, KIN10, KIT1 e SPI, os quais contem sítios de ligação para o gene GmNAC081 nos seus promotores. Estes resultados ampliaram a atividade transcricional de GmNAC081 em escala genômica, identificando um conjunto de possíveis alvos diretos que atuam para estabelecimento do processo de senescência. Também foi avaliado o efeito da superexpressão do gene GmNAC081 em resposta ao déficit hídrico. As plantas superexpressando GmNAC081 foram mais sensitivas ao déficit hídrico, apresentando menor teor de água e menor potencial hídrico, sob o mesmo regime de déficit hídrico, que as plantas não transformadas, o que foi associado com um fenótipo de senescência acelerada induzida por seca. Além disso, os parâmetros fisiológicos de trocas gasosas e de fluorescência monitorados durante o déficit demostraram a maior sensitividade das plantas transgênicas à seca. Coletivamene, os resultados dessa investigação descreveram a atividade transcricional de GmNAC081 em escala genômica e demonstraram que GmNAC081 exerce uma função positiva predominante no estabelecimento de senescência natural e regula negativamente a tolerância de plantas à seca. / In Brazil, the agribusiness contributes considerably to economy. However, the crops are exposed to environmental stresses, including biotic stresses, which are caused by microorganisms, herbivores or viruses, as well as abiotic stresses caused by water deficit, nutrient depravation, presence of stressing agents in the soil, etc. In the case of defense to multiple stresses, the plants activate a programmed cell death (PCD) signaling mediated by GmNAC081 and GmNAC030 proteins, which belong to a large family of plant-specific transcriptional factors. Recently, GmNAC081 has been demonstrated to play a positive role in natural leaf senescence, as GmNAC081 silencing delays leaf senescence and attenuates the hallmarks of PCD, although the underlying mechanism has not been totally elucidated. In this investigation, a functional genomic approach was exploited to evaluate the mechanism by which GmNAC081 mediates senescence, as well as the effect of ectopic expression of GmNAC081 during water deficit. The GmNAC081-overexpressing lines displayed accelerated senescence as compared to wild type, untransformed plants. In the transgenic lines, GmNAC081-1 and GmNAC081-3, the ectopic expression of GmNAC081 accelerated leaf yellowing, which was associated with a greater accumulation of ROS, as compared to control lines. While in V3 plants (20 days after germination (20 DAG)), in the transgenic lines, the transcript levels of GmNAC081 were much greater that those of untransformed plants, BR16, in R7 plants (80 DAG), the expression of endogenous GmNAC081 in BR16 was induced by senescence, reaching similar levels as the transgenic lines. The natural induction of GmNAC081 during senescence mimicked the phenotype of transgene overexpression because the expressed sequences during natural senescence in BR16 clustered together with the expressed sequences of the GmNAC081-3 line in plants at R7. In contrast, in V3 plants, in the transgenic line, 1849 and 2813 genes were induced and repressed, respectively; among those, 455 up-regulated genes and 1200 downregulated genes were common to the process of leaf senescence. These results indicate that GmNAC081 plays a major role as a positive regulator of natural leaf senescence. Among the up-regulated genes, direct targets of GmNAC081 were highlighted, validating the results of RNA-seq. Furthermore, additional candidate genes were selected with the potential to be modulated directly by GmNAC081, including JMT, MLO3, NRT1.5, KIN10, KIT1 e SPI, which contain GmNAC081 binding sites on their promoter. These results amplified the transcriptional activity of GmNAC081, as they identified a set of possible direct target genes, which function in the onset of senescence. The effect of GmNAC081 overexpression in response to water deficit was also examined. GmNAC081-overexpressing plants were more sensitive to water stress, as they displayed a lower water potential and relative water content than untransformed plants under the same regime of water deficit, which was associated with a drought-induced accelerated senescence phenotype. Furthermore, gas exchange and fluorescence physiological parameters during water deficit confirmed the greater sensitivity of transgenic lines to drought. Collectively, our results described the widegenomics transcriptional activity of GmNAC081, demonstrating that GmNAC081 plays a major positive role in leaf senescence and a negative role in water deficit tolerance.
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Molecular characterization of two begomoviruses infecting Pavonia sp. (Malvaceae), and analysis of the intra-host evolution of Tomato severe rugose virus (ToSRV) / Caracterização molecular de dois begomovírus infectando Pavonia sp. (Malvaceae), e análise da evolução intra-hospedeiro do Tomato severe rugose virus (ToSRV) / Caracterização molecular de dois begomovírus infectando Pavonia sp. (Malvaceae), e análise da evolução intra-hospedeiro do Tomato severe rugose virus (ToSRV)Pinto, Vitor Batista 29 July 2015 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-11-25T15:48:39Z
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Previous issue date: 2015-07-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A família Geminiviridae é composta por vírus com genoma de DNA circular de fita simples, encapsidado em partículas icosaédricas geminadas. Os vírus pertencentes ao gênero Begomovirus são transmitidos pela mosca-branca Bemisia tabaci a plantas dicotiledôneas. Os begomovírus apresentam taxas de mutação e substituição nucleotídica semelhantes às relatadas para vírus de RNA, e uma elevada taxa de recombinação. Devido ao seu rápido processo evolutivo, novas espécies de begomovírus são frequentemente encontradas no campo. Este trabalho teve como objetivos realizar a caracterização molecular de duas espécies de begomovírus infectando Pavonia sp. (Malvaceae), e quantificar a evolução do Tomato severe rugose virus (ToSRV) em um hospedeiro cultivado e um não-cultivado. Dois begomovírus foram isolados de plantas de Pavonia sp. coletadas nos municípios de Albuquerque e Corumbá, Mato Grosso do Sul. Comparação de sequências e análise filogenética indicaram tratar-se de duas novas espécies com as características de begomovírus bissegmentados das Américas. Foram propostos os nomes Pavonia mosaic virus (PavMV) e Pavonia yellow mosaic virus (PavYMV). No estudo para avaliar a dinâmica evolutiva do ToSRV, plantas de tomateiro e Nicandra physaloides foram inoculadas via biobalística com clone infeccioso do ToSRV e mantidas em casa-de-vegetação. DNA total foi extraído de folhas coletadas aos 30, 75 e 120 dias após a inoculação, e submetido a sequenciamento na plataforma Illumina HiSeq 2000. As bibliotecas de DNA foram submetidas a análise de qualidade no software FastQC. O alinhamento dos reads foi realizado no software Geneious, utilizando o clone infeccioso como sequência referência. Ambos os componentes genômicos do ToSRV apresentam taxa de substituição semelhantes a de vírus de RNA: 3,06 x 10-3 e 2,03 x 10-3 subst/sítio/ano para o DNA-A e DNA-B, respectivamente, em N. physaloides, e 1,38 x 10-3 e 8,68 x 10-4 subst/sítio/ano para o DNA-A e DNA-B, respectivamente, em tomateiro. Valores de taxa de substituição similares aos já descritos para begomovírus foram encontrados também para os genes CP, Rep, MP e NSP em ambos os hospedeiros. Foram quantificadas substituições sinônimas e não- sinônimas, transversões e transições, além de deleções e inserções nos genes CP, Rep, MP e NSP. Foi observado um decréscimo no número de variações ao longo do tempo e consequente aumento do número de sítios idênticos ao genoma referência. Nas bibliotecas provenientes de N. physaloides foi observada a supressão dos códons de terminação dos genes MP e NSP em todo decorrer da infecção, sugerindo uma estratégia adaptativa. O cálculo da entropia de Shannon identificou como hotspots de mutação a região N-terminal do gene Rep, as regiões comuns no DNA-A e DNA-B (CR-A e CR-B, respectivamente) e a região intergênica longa entre os genes MP e NSP no DNA-B (LIR-B). Estes dados sugerem que o ToSRV evolui como quasispecies, apresentando elevada variabilidade genética, o que poderia explicar em parte sua prevalência no campo. / The family Geminiviridae is comprised of viruses with a circular, single-stranded DNA genome encapsidated in twinned icosahedral particles. The viruses in the genus Begomovirus are transmitted by the whitefly Bemisia tabaci to dicot plants. Begomoviruses have mutation and nucleotide substitution rates similar to those reported for RNA viruses, and a high frequency of recombination. Due to their rapid evolutionary process, new begomovirus species are often found in the field. This study aimed to perform the molecular characterization of two begomovirus species infecting Pavonia sp. (Malvaceae), and to follow and quantify the evolution of Tomato severe rugose virus (ToSRV) in a cultivated and a non-cultivated host. Two begomoviruses were isolates from Pavonia sp. plants collected in the municipalities of Albuquerque and Corumbá, Mato Groso do Sul, Brazil. Sequence comparisons and phylogenetic analysis showed that these were two novels species, with the typical features of bipartite, New World begomoviruses. The names Pavonia mosaic virus (PavMV) and Pavonia yellow mosaic virus (PavYMV) were proposed for the two new species. In the study to evaluate the evolutionary dynamics of ToSRV, tomato and Nicandra physaloides plants were inoculated via biobalistics with an infectious clone of ToSRV and maintained in a greenhouse. Total DNA was extrated from leaves collected at 30, 75 and 120 days after inoculation, and was sequenced in the Illumina HiSeq 2000 platform. The DNA libraries from each of the two hosts were submitted to quality control analysis with FastQC software. The genome assembly was performed with the program Geneious using the infectious clone as reference. Both genomic components of ToSRV showed substitution rates similar to those of RNA viruses: 3.06 x 10-3 and 2.03 x 10-3 sub/site/year for the DNA-A and DNA-B, respectively, in N. physaloides, and 1.38 x 10-3 and 8.68 x 10-4 sub/site/year for the DNA-A and DNA-B, respectively, in tomato. Substitution rates in the range of those already described for other begomoviruses were found also for the CP, Rep, MP and NSP genes in both hosts. We quantified synonymous and non-synonymous substitutions, transversions and transitions, as well as deletions and insertions in the CP, Rep, MP and NSP genes. A decrease in the number of variable sites was observed during the course of the experiment, with a corresponding increase in the number of identical sites to the reference genome. Suppression of the stop codons of the MP and NSP genes was observed in the N. physaloides libraries, suggesting an adaptive strategy. Determination of Shannon entropy indicated mutation hotspots in the N-terminal region of the Rep gene, the intergenic common region in the DNA-A and DNA-B (CR-A and CR-B, respectively) and the long intergenic region between the MP and NSP genes in the DNA-B (LIR-B). Overall, the results indicate that ToSRV evolves as a quasispecies, with a high degree of genetic variability which could be partly responsible for its prevalence in the field.
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Filogeografia de espécies de Cercospora associadas ao crestamento foliar e a mancha púrpura da soja / Phylogeography of Cercospora species associated with Cercospora leaf blight and purple seed stain of soybeanBorges, Leandro Luiz 14 October 2016 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-02-08T10:27:46Z
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Previous issue date: 2016-10-14 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Muitas espécies de Cercospora são patógenos generalistas. A versatilidade das espécies de Cercospora associadas ao Crestamento Foliar de Cercospora (CFC) e Mancha Púrpura da Semente (MPS) na soja parece ser historicamente subestimada. Neste trabalho, foram montados bancos de dados moleculares concatenados de sete genes nucleares e um mitocondrial, com sequências de 30 isolados fúngicos amostrados em hospedeiros alternativos à soja do Brasil (15 espécies) e Estados Unidos (seis espécies). Um conjunto de ferramentas complementares foi utilizado para explorar as relações filogenéticas e filogeográficas dos isolados de Cercospora associadas ao CFC e MPS na soja e de outros hospedeiros. A produção de cercosporina e a incidência das mutações de ponto E198G e G143A – duas mutações que conferem resistência a fungicidas – foram investigadas. Entre as cinco linhagens genealógicas de Cercospora associadas ao CFC e MPS, apenas a linhagem 1 foi hospedeiro específica, sendo encontrada somente na soja. As linhagens restantes foram generalistas, uma vez que foram encontradas causando o CFC e MPS na soja e manchas foliares em plantas daninhas e ornamentais. Os isolados foram agrupados nas linhagens de acordo com suas origens geográficas e não foi correlacionada com o hospedeiro de origem. A ausência de compartilhamento de hospedeiros entre isolados do Brasil e EUA sugere que a soja compartilha seus patógenos com outras espécies em escala local. Todos os isolados foram produtores da toxina cercosporina e tanto isolados provenientes da soja quanto de outros hospedeiros foram portadores das mutações pontuais G143A e E198G. Para analisar a distribuição geográfica das linhagens de Cercospora associadas ao CFC e MPS no Brasil e EUA, bem como essas linhagens estão distribuídas nos órgãos da planta foram utilizados 329 isolados coletados em 11 localidades do Brasil e quatro nos EUA. Oito genes nucleares e um mitocondrial foram sequenciados mostrando a existência de duas linhagens genealógicas adicionais às outras cinco previamente descritas. Três dessas linhagens foram endêmicas no Brasil, duas foram endêmicas nos EUA e outras duas estão presentes nos dois países. As sete linhagens foram encontradas em folhas, caule e sementes. A presença de espécies crípticas associadas ao CFC e a MPS na soja alertam para o risco fitossanitário decorrente do erro de identificação de agentes causais de doenças com base apenas no hospedeiro. / Many Cercospora spp. are multihost pathogens. The versatility of Cercospora newly associated with cercospora leaf blight (CLB) and purple seed stain (PSS) in soybeans seems to have been historically underestimated. Herein, we assembled multilocus sequence data of seven nuclear and one mitochondrial gene regions with sequences from 30 fungal isolates sampled from nonsoybean host species from Brazil (15 species) and United States (six species). An array of complementary tools explored the phylogenetic and phylogeographic relationships among CLB- and PSS-causing Cercospora and the newly isolated Cercospora spp. Cercosporin production and the incidence E198G and G143A — two known point mutations associated with fungicide resistances — were investigated. Among the five genealogical lineages of CLB- and PSS-causing Cercospora, only Lineage 1 showed host specificity; this lineage had C. kikuchii as the only member and infected soybeans exclusively. The remaining four lineages were multihost pathogens; they infected soybeans along with ornamental and weed species. Genealogical placements were unrelated to host association; isolates clustered together according to geography. The lack of host sharing between Brazil and USA suggested that soybean crops shared pathogens with nearby nonsoybean host species locally. All isolates belonged to cercosporin-producing species of Cercospora. Isolates from nonsoybean host species exhibited both E198G and G143A. To analyze the geographical distribution of Cercospora lineages associated with CLB and PSS in Brazil and USA and the lineages distribution in the soybean organs we used 329 isolates collected in 11 locations in Brazil and four in the United States. Eight nuclear genes and mitochondrial were sequenced showing the existence of two additional lineages to the other five previously described. Three of these lines were endemic in Brazil, two were endemic in the US and other two are present in both countries. The seven lineages were found in leaves, stems and seeds. The presence of cryptic species causing CLB and PSS in soybean alert for phytosanitary risk due to taxonomic errors considering host specificity of Cercospora.
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Estudo da transmissão de begomovírus via semente em Sida spp / Studies on begomovirus transmission via seed in Sida sppAmaral, Josiane Gonçalves 22 March 2016 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-02-10T15:49:56Z
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Previous issue date: 2016-03-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A família Geminiviridae é composta por vírus com genoma de DNA circular de fita simples, encapsidado por uma única proteína estrutural em partículas icosaédricas geminadas. A família é dividida em sete gêneros com base no tipo de inseto vetor, gama de hospedeiros, organização genômica e relacionamento filogenético. Os vírus pertencentes ao gênero Begomovirus possuem um ou dois componentes genômicos e são transmitidos pela mosca-branca Bemisia tabaci a plantas dicotiledôneas. Os begomovírus infectam naturalmente diversas espécies de plantas não-cultivadas, como Sida spp. e Macroptilium spp. Estes hospedeiros não-cultivados podem abrigar populações virais com uma maior diversidade genética. Entretanto, algumas populações virais parecem estar confinadas em determinadas espécies de plantas não-cultivadas. Com base na observação de plantas não-cultivadas emergindo no campo com sintomas de infecção por begomovírus, aparentemente na ausência do inseto vetor, e em relatos recentes de transmissão de begomovírus via semente em batata-doce, feijoeiro e tomateiro, este estudo teve como objetivo analisar a presença de begomovírus em sementes de Sida acuta e Sida rhombifolia, bem como a transmissão desses vírus via semente. Um total de 39 plantas dessas duas espécies, apresentando sintomas típicos da infecção por begomovírus, foram coletadas em Viçosa, MG, em dezembro de 2013, e transferidas para casa-de-vegetação. A infecção viral foi confirmada em 38 plantas por meio de extração de DNA total de tecido foliar seguido de amplificação por círculo rolante (rolling-circle amplification, RCA). Os produtos da amplificação foram clonados e sequenciados, confirmando-se a infecção pelo Sida yellow mosaic virus (SiYMV) nas plantas de S. rhombifolia e pelo Sida yellow leaf curl virus (SiYLCV) nas plantas de S. acuta. Aproximadamente 320 mil sementes foram coletadas das 38 plantas infectadas. As sementes foram tratadas superficialmente com hipoclorito de sódio ou com ácido sulfúrico e foram maceradas em grupos de 20, 30 ou 200 sementes. O DNA total extraído de aproximadamente 80 mil sementes foi utilizado para detecção viral via RCA, com resultados negativos. DNA total foi extraído também de flores inteiras e de tecidos florais (sépalas, pétalas, estames, estiletes e ovários) das plantas infectadas, e utilizado para detecção viral com resultados positivos em todos os casos. Sementes proveniente das plantas infectadas foram tratadas com ácido sulfúrico, germinadas e 269 plântulas provenientes dessas sementes foram avaliadas para a presença dos vírus via RCA e PCR, com resultados negativos. Em conjunto, os resultados indicam que o SiYMV e o SiYLCV são capazes de infectar os tecidos florais de Sida rhombifolia e de Sida acuta, respectivamente, entretanto não são transmitidos pelas sementes desses hospedeiros. / The family Geminiviridae is comprised of viruses with a circular, single-stranded DNA genome encapsidated by a single structural protein in geminate, icosahedral particles. The family is divided into seven genera base on the type of insect vector, host range, genomic organization and phylogeny. Viruses classified in the genus Begomovirus have one or two genomic components and are transmitted in nature by the whitefly Bemisia tabaci to dicot plants. Begomoviruses naturally infect several non-cultivated hosts, such as Sida spp. and Macroptilium spp. These non-cultivated hosts may harbor viral populations with a high degree of genetic diversity. Nevertheless, some viral populations seem to be confined to certain species of non- cultivated plants. Based on the observation of non-cultivated plants newly emerged in the field already showing symtpoms of begomovirus infection, apparently in the absence of the insect vector, and on recent reports of seed transmission of begomoviruses in sweet potato, bean and tomato, the objective of this study was to analyze the presence of begomoviruses in seeds of Sida acuta and Sida rhombifolia, as well as the transmission of these viruses by seed. A total of 39 plants of these two species, displaying typical symptoms of infection by begomoviruses, were collected in Viçosa, MG, on December 2013, and transferred to a greenhouse. Viral infection was confirmed in 38 of these plants by total DNA extraction followed by rolling- circle amplification (RCA) of complete viral genomes. Amplification products were cloned and sequenced, confirming infection of S. rhombifolia by Sida yellow mosaic virus (SiYMV) and of S. acuta by Sida yellow leaf curl virus (SiYLCV). Approximately 320,000 seeds were collected from the 38 infected plants. The seeds were surface-sterilized with sodium hypochloride or sulphuric acid, and were ground in groups of 20, 30 or 200 seeds. Total DNA extracted from approximately 80,000 seeds was used for viral detection by RCA, with negative results. Total DNA was also extracted from whole flowers and from flower tissues (sepals, petals, stamens, styles and ovaries) from infected plants and used for viral detection, with positive results in all cases. Seeds from infected plants were treated with sulphuric acid, germinated and 269 plantlets from these seeds were evaluated for the presence of virus by RCA and PCR, with negative results. Together, these results indicate that SiYMV and SiYLCV are capable of infecting the flower tissues of Sida rhombifolia and Sida acuta, respectively, however they are not transmitted by seeds in these hosts.
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