Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T17:31:20Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 984014 bytes, checksum: be90a4017cede4cf64800fd29be9a2f3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T17:31:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 984014 bytes, checksum: be90a4017cede4cf64800fd29be9a2f3 (MD5) Previous issue date: 2005-08-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O conteúdo de gordura intramuscular tem sofrido um decréscimo contínuo devido à seleção para aumento da quantidade de carne magra na carcaça, o que tem provocado uma diminuição na qualidade da carne suína. Devido a suas propriedades fisiológicas, as proteínas ligadoras de ácidos graxos, foram sugeridas estar associadas ao aumento no conteúdo de gordura intramuscular, melhorando a qualidade da carne suína. A primeira parte deste trabalho foi realizado com o objetivo de seqüênciar as regiões codificadoras do gene da A-FABP (proteína de ligação de ácidos graxos - adipócitos), e comparar tais seqüências na busca de polimorfismos entre a raça naturalizada brasileira Piau e linhas comerciais (constituinte da geração parental de um cruzamento F2) e comparar com as seqüências depositadas no GenBank. Após seqüênciamento foi feita comparação das seqüências de nucleotídeos entre as raças de suínos e a referência depositada no GenBank e verificou-se que não existe nenhum polimorfismo de nucleotídeos nos fragmentos seqüenciados nestes animais. O aumento no número de marcadores de DNA disponíveis, aliado ao desenvolvimento dos métodos de genotipagem e das metodologias estatísticas, tornou possível a identificação de loci de características quantitativas (QTL) responsáveis pela variação genética de características de importância econômica na suinocultura. A segunda parte deste trabalho foi realizado com o objetivo de mapear QTL no cromossomo 4 de suínos (SSC4) e associá-los a diversas características de desempenho, carcaça e qualidade da carne. Para isto, foi desenvolvida uma população F2 com 800 animais a partir do acasalamento da geração F1, obtida do cruzamento divergente entre machos da raça naturalizada brasileira Piau e 18 fêmeas comerciais (Landrace x Large White x Piétrain) e genotipada para 13 marcadores tipo microssatélites. Foi utilizado o método de regressão por intervalo de mapeamento, por meio do programa QTL EXPRESS. Para as características de desempenho, foram encontrados um QTL sugestivo (P<0,10) para número de tetos na posição 73 cM e dois QTL significativos (P<0,05) para peso aos 21 dias, sendo um na posição 45 e outro a 96 cM. Para as características de carcaça, órgãos e vísceras foram encontrados um QTL sugestivo (P<0,10) para comprimento de intestino na posição 75 cM, dois QTL significativos (P<0,05), sendo um para peso de coração na posição 79 cM e o outro para peso de pulmão na posição 69 cM e um QTL significativo (P<0,01) para espessura de bacon na posição 69 cM. Para as características de corte de carcaça foram identificados três QTL sugestivos (P<0,10), sendo um para peso de pernil limpo na posição 95 cM, um para peso de paleta limpa na posição 95 cM e um para peso de costela na posição 7 cM. Para as características de qualidade da carne foram encontrados dois QTL sugestivos (P<0,1), sendo um QTL associado a gordura intramuscular na posição 3 cM e um QTL associado a características de coloração da carne, mais especificamente ao índice de amarelo, também na posição 3 cM. / The intramuscular fat content has decreased due to selection for lean meat content, what has been reduced the meat quality. Due to their physiologic properties, the fatty acid-biding proteins were suggested to be associated with the increase in the intramuscular fat content, what could improve the pork quality. The objective of the first part of this study was sequencing DNA fragments of the A-FABP gene and compare these sequences to find polymorphisms between the Brazilian naturalized Piau swine and commercial lines (parental generation of the F2 crossbred) and to compare with the one in GenBank. The sequences comparisons between the swine breeds and the GenBank reference showed no nucleotide polymorphism in the analyzed fragments. The increase number of available DNA markers, ally to the development of the genotyping methods and statistical methodologies, it was possible the identification of quantitative trait loci (QTL) responsible for the genetic variation of economic importance traits in pork industry. The objective of the second part of this study was mapping quantitative trait loci (QTL) on porcine chromosome 4 (SSC4), and associate them to several performance, carcass and meat quality traits. For this, a F2 pig population with 800 animals was established from a cross of the F1 generation, produced by crossing using two naturalized Brazilian Piau sires and 18 commercial dams (Landrace x Large White X Piétrain). The population was genotyped for 13 microsatellite markers. Data were analyzed by multiple regressions developed for analysis of outbred lines crosses, using QTL EXPRESS software. To performance traits was found one suggestive QTL (P<0,10) for teat number located at about 73 cM and two significant QTL (P<0,05) for weight at 21 days, one located about 45 cM and another at 96 cM. To carcass traits was found one suggestive QTL (P<0,10) for intestine length xilocated at about 75 cM, two significant QTL (P<0,05), one for weight of heart located at about 79 cM and another for weight of lung located at about 69 cM and one significant QTL (P<0,01) for bacon depth locate at about 69 cM. To carcass cuts traits were identified three suggestive QTL (P<0,10), one for ham weight without skin and fat located at about 95 cM, one for shoulder blade weight without skin and fat located at about 95 cM and one for ribs weight located at about 7 cM. To meat quality traits were found two suggestive QTL (P<0,10), one associated to intramuscular fat content located at about 3 cM and one associated to muscle color Minolta measurements, more specifically to the yellowness, located at about 3 cM.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-09-01T16:34:42Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 480210 bytes, checksum: 50d18bd67c0f2b08ed0c2edff62365e4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-01T16:34:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 480210 bytes, checksum: 50d18bd67c0f2b08ed0c2edff62365e4 (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O fungo fitopatogênico Corynespora cassiicola (Berk. & M. A. Curtis) C. T. Wei é uma espécie cosmopolita com relatos de ocorrência em folhas, hastes e raízes em diversas espécies de plantas, sendo frequentemente associada como agente causal da mancha alvo em diferentes espécies de importância agronômica. Este estudo analisou uma coleção de 32 isolados de C. cassiicola, obtidos de diferentes hospedeiros e locais no Brasil. Sete genes nucleares e um gene mitocondrial foram parcialmente sequenciados e analisados de modo a explorar as relações filogenéticas e filogeográficas entre os isolados e verificar se existe associação entre o gene precursor da toxina produzida pelo fungo, a cassiicolina, e as linhagens encontradas. Adicionalmente, a presença de mutações pontuais independentes – E198A, F200Y e G143A – que conferem resistência a fungicidas foram investigadas. Os isolados se agruparam em três linhagens. A distribuição dos isolados entre as linhagens não esteve associada a hospedeiro ou origem geográfica dos isolados. Isolados da coleção contêm uma de quatro possíveis isoformas da cassiicolina. Em geral, associação entre as isoformas e clados filogenéticos foi ausente. As três mutações pontuais que conferem resistência a fungicidas estão presentes (sozinhas ou combinadas) em oito isolados. Duas dessas mutações (E198A e F200Y) nunca haviam sido identificadas em isolados de C. cassiicola. As evidências de variabilidade genética entre os isolados e a ocorrência de três mutações pontuais independentes, em conjunto com o hábito polífago de C. cassiicola, comprometem as atuais práticas de manejo da doença na agricultura brasileira. As informações obtidas neste estudo poderão ser úteis em análises ecológicas e epidemiológicas de C. cassiicola, bem como no desenvolvimento de medidas de manejo da mancha alvo. / The plant pathogenic fungus Corynespora cassiicola (Berk. & M. A. Curtis) C. T. Wei is a cosmopolitan species with reports of occurrence in leaves, stems and roots in several plant species, being frequently associated as the causal agent of the target spot in different plant species of agronomic importance. This study analyzed a collection of 32 isolates of C. cassiicola obtained from different hosts and locations in Brazil. Seven nuclear genes and a mitochondrial gene were partially sequenced and analyzed in order to explore the phylogenetic and phylogeographic relationships among the isolates and to verify if there is an association between the precursor gene of the toxin produced by the fungus, the cassiicolin, and the lineages we found. Additionally, the presence of independent point mutations - E198A, F200Y and G143A - that confer resistance to fungicides were investigated. The isolates were grouped into three lineages. The distribution of the isolates between the lineages was neither associated with host nor geographical origin of the isolates. The isolates of the collection contain one of four possible cassiicolin isoforms. In general, association between isoforms and phylogenetic clades was absent. The three point mutations that confer resistance to fungicides were present (alone or in combination) in eight isolates. Two of these mutations (E198A and F200Y) had never been identified in isolates of C. cassiicola. The evidence of genetic variability among the isolates and the occurrence of three independent point mutations, along with the polyphagous habit of C. cassiicola, compromise the current disease management practices in the Brazilian agriculture. Therefore, the information generated may be useful in ecological and epidemiological analysis of C. cassiicola, as well as in the development of management measures against the target spot.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-28T15:07:29Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1959285 bytes, checksum: 899be21930ffc050976fe55ee57f724f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-28T15:07:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1959285 bytes, checksum: 899be21930ffc050976fe55ee57f724f (MD5) Previous issue date: 2012-07-06 / O Brasil possui uma grande biodiversidade de orquídeas, principalmente de espécies epífitas. Dentre essa diversidade ressaltam-se as espécies Hadrolaelia jongheana, Hoffmannseggella cinnabarina, Hoffmannseggella caulescens presentes em diferentes formações vegetacionais da Floresta Atlântica. As espécies pertencentes à família Orchidaceae associam-se com fungos micorrízicos para promover a germinação de sementes e o estabelecimento do protocormo em seu ambiente natural. O conhecimento da diversidade da comunidade microbiana com qual a orquídea mantém essa associação é de extrema relevância para a compreensão da ecologia e complexidade das associações simbióticas. O presente trabalho teve como objetivo estudar a diversidade genética dos fungos associados às orquídeas H. jongheana, H. cinnabarina, H. caulescens, utilizando-se abordagens moleculares, como a contrução de bibliotecas de clones e amplificação do DNA diretamente das raízes. Os valores do índice de diversidade de Shannon-Wiener para H. cinnabarina, coletada em distintas áreas, foram diferentes, sugerindo que os fatores locais influenciam na diversidade. Observamos que as comunidades fúngicas das três espécies de orquídeas analisadas apresentaram alta diversidade, sendo a composição dessas comunidades estruturalmente diferentes entre si de acordo com as análises do LIBSHUFF. A construção de bibliotecas de clones permitiu identificar táxons de fungos basidiomicetos e ascomicetos associados às raízes dessas plantas. Os fungos basidiomicetos encontrados, em sua maioria, são potenciais candidatos a fungos micorrízicos de orquídeas. Ao passo que, os ascomicetos identificados são, possivelmente, fungos endofíticos dessas plantas. Além disso, verificamos que essas orquídeas tropicais são generalistas em suas associações micorrízicas com fungos rizoctonióides sebacinóides e tulasnelóides. Estes resultados são relevantes à medida que são informações importantes para traçar estratégias de conservação para espécies da flora brasileira ameaçadas de extinção e endêmicas de um importante e ameaçado hotspot. / Brazil has a huge orchid biodiversity, mostly epiphytic species. Among this we emphasize Hadrolaelia jongheana, Hoffmannseggella cinnabarina, and Hoffmannseggella caulescens species occur in different vegetation formations of the Atlantic Forest. The species belonging to the family Orchidaceae are associated with mycorrhizal fungi to promote seed germination and establishment of protocormo in their natural environment. The knowledge of the microbial community diversity which the orchids maintain association is extremely important for understanding the ecology and complexity of symbiotic associations. The present work aimed to study the genetic diversity of fungi associated with orchids H.jongheana, H. cinnabarina, H. caulescens, using molecular approaches, such as the clone library construction and DNA amplification directly from the roots. The values of diversity index Shannon-Wiener for H. cinnabarina, collected in different areas were different, suggesting that local factors influence the diversity.We observed that the fungal communities of those three orchid species analyzed showed high diversity, and the composition of these communities are structurally different from each other according to the LIBSHUFF analysis. The clones libraries construction allowed to identify Basidiomycetes and Ascomycetes taxa associated with the roots of these plants. Basidiomycete fungi found, mostly, are potential candidates for orchid mycorrhizal fungi. While the identified Ascomycete fungi found are possibly endophytes of these plants. Furthermore, we found that these tropical orchids are generalists in their mycorrhizal associations with sebacnioid and tulasnelloid Rhizoctonia-like fungi. These results are relevant as they are important information to develop conservation strategies to threaten and endemic Brazilian orchid species from an important and threatened hotspot. / Dissertação antiga

CAPES / A produção de carne suína no Brasil tem dado um grande salto nos últimos anos, no seu aspecto quantitativo e qualitativo. Isso permitiu posicionar o Brasil dentre os principais atuantes mundiais no setor da suinocultura. A garantia da inocuidade de alimentos depende da capacidade das indústrias em minimizar a contaminação de alimentos por microrganismos patogênicos, principalmente durante o processamento e estocagem, e controlar para que a garantia continue sendo mantida. Dentre os patógenos existentes, destaca-se Listeria monocytogenes que é um importante patógeno de origem alimentar emergente e causadora de infecções localizadas e generalizadas, levando o individuo ao óbito. Neste sentido, o objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade sanitária do processo produtivo de um abatedouro-frigorifico de suínos, quanto à presença de L. monocytogenes. Inicialmente foram padronizados os métodos para aplicação da PCR e análise de sequenciamento posteriormente aplicado nas amostras coletadas. Duas coletas foram realizadas em um frigorífico que abate suínos localizado na região dos Campos Gerais – PR. Também verificou-se os prazos e custos apresentados por laboratórios particulares brasileiros, fazendo uma comparação com a técnica molecular. A quantidade de amostras positivas da seunda coleta foi superior em relação a primeira, 10 e 3 respectivamente. Com o sequenciamento foi possível observar que a origem da contaminação encontra-se no setor de triparia. Também foi possível verificar que poucos laboratórios possuem a PCR como método de diagnóstico, e provou-se ainda que a técnica pode ser uma ótima alternativa por se apresentar econômica e viável para indústria de carnes. / The production of pork in Brazil has taken a great leap in recent years, in quantitative and qualitative. This allowed position Brazil among the main active worldwide in the field of pig farming. The guarantee of the safety of food depends on the ability of industries to minimise the contamination of food by pathogenic micro-organisms, especially during processing and storage, and to ensure that the guarantee will continue to be maintained. Among the existing pathogens, stands out Listeria monocytogenes, which is an important pathogen of food origin emerging and causing localized infections and generalized, leading the individual to death. In this sense, the objective of this study was to evaluate the health quality of the production process from an abattoir-fridge of pigs, as the presence of L. monocytogenes. Initially were standardized methods for the application of PCR analysis and sequencing of subsequently applied in the samples collected. Two samples were collected in a fridge that slaughter pigs located in the region of Campos Gerais - PR. Also it was found that the deadlines and costs presented by private laboratories Brazilians, making a comparison with the molecular technique. The number of positive samples of seunda collection was superior to that of the first, 10 and 3 respectively. With the sequencing was possible to observe that the source of contamination is in the sector of triparia. It was also possible to observe that few laboratories have the PCR as a method of diagnosis, and it has been proved that the technique can be a great alternative to present economic and feasible for meat industry.

CAPES / A produção de carne suína no Brasil tem dado um grande salto nos últimos anos, no seu aspecto quantitativo e qualitativo. Isso permitiu posicionar o Brasil dentre os principais atuantes mundiais no setor da suinocultura. A garantia da inocuidade de alimentos depende da capacidade das indústrias em minimizar a contaminação de alimentos por microrganismos patogênicos, principalmente durante o processamento e estocagem, e controlar para que a garantia continue sendo mantida. Dentre os patógenos existentes, destaca-se Listeria monocytogenes que é um importante patógeno de origem alimentar emergente e causadora de infecções localizadas e generalizadas, levando o individuo ao óbito. Neste sentido, o objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade sanitária do processo produtivo de um abatedouro-frigorifico de suínos, quanto à presença de L. monocytogenes. Inicialmente foram padronizados os métodos para aplicação da PCR e análise de sequenciamento posteriormente aplicado nas amostras coletadas. Duas coletas foram realizadas em um frigorífico que abate suínos localizado na região dos Campos Gerais – PR. Também verificou-se os prazos e custos apresentados por laboratórios particulares brasileiros, fazendo uma comparação com a técnica molecular. A quantidade de amostras positivas da seunda coleta foi superior em relação a primeira, 10 e 3 respectivamente. Com o sequenciamento foi possível observar que a origem da contaminação encontra-se no setor de triparia. Também foi possível verificar que poucos laboratórios possuem a PCR como método de diagnóstico, e provou-se ainda que a técnica pode ser uma ótima alternativa por se apresentar econômica e viável para indústria de carnes. / The production of pork in Brazil has taken a great leap in recent years, in quantitative and qualitative. This allowed position Brazil among the main active worldwide in the field of pig farming. The guarantee of the safety of food depends on the ability of industries to minimise the contamination of food by pathogenic micro-organisms, especially during processing and storage, and to ensure that the guarantee will continue to be maintained. Among the existing pathogens, stands out Listeria monocytogenes, which is an important pathogen of food origin emerging and causing localized infections and generalized, leading the individual to death. In this sense, the objective of this study was to evaluate the health quality of the production process from an abattoir-fridge of pigs, as the presence of L. monocytogenes. Initially were standardized methods for the application of PCR analysis and sequencing of subsequently applied in the samples collected. Two samples were collected in a fridge that slaughter pigs located in the region of Campos Gerais - PR. Also it was found that the deadlines and costs presented by private laboratories Brazilians, making a comparison with the molecular technique. The number of positive samples of seunda collection was superior to that of the first, 10 and 3 respectively. With the sequencing was possible to observe that the source of contamination is in the sector of triparia. It was also possible to observe that few laboratories have the PCR as a method of diagnosis, and it has been proved that the technique can be a great alternative to present economic and feasible for meat industry.