Un des objectifs majeurs de l'Ecologie est de comprendre les mécanismes qui facilitent la coexistence des espèces. L'hypothèse de la complémentarité des niches prédit qu'afin de coexister, deux espèces sympatriques doivent différer dans les conditions nécessaires à leur survie pour une des trois principales dimensions écologiques, la dimension spatiale, la dimension temporelle et la dimension alimentaire. Les mécanismes qui permettent la syntopie chez les mammifères terrestres sont complexes et variés et, parmi les méso-carnivores, la sélection d'habitat différentielle est un phénomène très répandu permettant la coexistence. La martre Européenne (Martes martes) et la fouine (Martes foina) sont les deux espèces carnivores sympatriques les plus similaires en termes de phylogénie, morphologie, régime alimentaire et rythme d'activité. Dans une région rurale française (la Bresse) où les deux espèces sont présentes en sympatrie, nous avons montré une sélection de l'habitat différentielle qui pourrait expliquer leur coexistence. En utilisant des suivis télémétriques, nous avons montré que les deux espèces diffèrent dans leur patron d'utilisation des gîtes de repos diurnes (nombre de gîtes, surface couverte par les gîtes, principal habitat utilisé pour le gîte). De plus, à partir d'un nombre important d'individus génotypés, nous avons montré que les différences dans l'utilisation de l'habitat n'ont que de faibles conséquences sur les éléments du paysage qui influent sur les flux de gènes. En effet, alors que nous avons montré un impact négatif de la pression de piégeage plus important pour la fouine que pour la martre, la connectivité pour les deux espèces est principalement assurée par le couvert végétal alors que les routes, le bâti humain et le milieu ouvert la réduisent partiellement. Ces résultats, collectivement avec une comparaison morphométrique et une approche en dynamique de population, fournissent des éléments de réponse quant à ce patron de coexistence et ses conséquences sur ces deux espèces sympatriques / One of the major goals of ecology is to understand the mechanisms which promote species coexistence. The niche-complementarity hypothesis predicts that two sympatric species must differ in their requirements for one of the three main ecological dimensions, i.e. habitat use, diet and activity time, to coexist. Mechanisms that allow for synthopy in terrestrial mammals are complex and varied and, among mesocarnivores, differential habitat selection is a widespread evidenced phenomenon facilitating coexistence. Plus, this differential habitat selection must have consequences on the landscape elements influencing gene flow. It is thus important to gather information on species life history traits in terms of habitat use and selection and in terms of demographic and genetic responses to environmental perturbations. The European pine marten (Martes martes) and the stone marten (Martes foina) are the most similar sympatric carnivores in Europe taking into account phylogenetic relationships, morphology, foraging behaviour, and activity pattern. In a French rural region (Bresse, eastern France) where both species are present in sympatry, we evidenced differential habitat use which could theoretically explain their sympatry. Using telemetry data set, we shown that both species differed in their resting site patterns (number of resting sites, area over which they are distributed, main habitat type used for resting). Additionally, using large data set of genotyped individuals, we found that these habitat use differences have slight consequences on the landscape elements influence on gene flow. Indeed, while we shown a differential negative impact of the trapping pressure on the spatial genetic variation, connectivity in both species is mainly provided by vegetation cover while roads human buildings and open area partially impede it. These results, collectively with morphometric comparison and population dynamics approaches, provided better insights on the pattern and the consequences of the coexistence of the two sympatric species