Un des objectifs majeurs de l'Ecologie est de comprendre les mécanismes qui facilitent la coexistence des espèces. L'hypothèse de la complémentarité des niches prédit qu'afin de coexister, deux espèces sympatriques doivent différer dans les conditions nécessaires à leur survie pour une des trois principales dimensions écologiques, la dimension spatiale, la dimension temporelle et la dimension alimentaire. Les mécanismes qui permettent la syntopie chez les mammifères terrestres sont complexes et variés et, parmi les méso-carnivores, la sélection d'habitat différentielle est un phénomène très répandu permettant la coexistence. La martre Européenne (Martes martes) et la fouine (Martes foina) sont les deux espèces carnivores sympatriques les plus similaires en termes de phylogénie, morphologie, régime alimentaire et rythme d'activité. Dans une région rurale française (la Bresse) où les deux espèces sont présentes en sympatrie, nous avons montré une sélection de l'habitat différentielle qui pourrait expliquer leur coexistence. En utilisant des suivis télémétriques, nous avons montré que les deux espèces diffèrent dans leur patron d'utilisation des gîtes de repos diurnes (nombre de gîtes, surface couverte par les gîtes, principal habitat utilisé pour le gîte). De plus, à partir d'un nombre important d'individus génotypés, nous avons montré que les différences dans l'utilisation de l'habitat n'ont que de faibles conséquences sur les éléments du paysage qui influent sur les flux de gènes. En effet, alors que nous avons montré un impact négatif de la pression de piégeage plus important pour la fouine que pour la martre, la connectivité pour les deux espèces est principalement assurée par le couvert végétal alors que les routes, le bâti humain et le milieu ouvert la réduisent partiellement. Ces résultats, collectivement avec une comparaison morphométrique et une approche en dynamique de population, fournissent des éléments de réponse quant à ce patron de coexistence et ses conséquences sur ces deux espèces sympatriques / One of the major goals of ecology is to understand the mechanisms which promote species coexistence. The niche-complementarity hypothesis predicts that two sympatric species must differ in their requirements for one of the three main ecological dimensions, i.e. habitat use, diet and activity time, to coexist. Mechanisms that allow for synthopy in terrestrial mammals are complex and varied and, among mesocarnivores, differential habitat selection is a widespread evidenced phenomenon facilitating coexistence. Plus, this differential habitat selection must have consequences on the landscape elements influencing gene flow. It is thus important to gather information on species life history traits in terms of habitat use and selection and in terms of demographic and genetic responses to environmental perturbations. The European pine marten (Martes martes) and the stone marten (Martes foina) are the most similar sympatric carnivores in Europe taking into account phylogenetic relationships, morphology, foraging behaviour, and activity pattern. In a French rural region (Bresse, eastern France) where both species are present in sympatry, we evidenced differential habitat use which could theoretically explain their sympatry. Using telemetry data set, we shown that both species differed in their resting site patterns (number of resting sites, area over which they are distributed, main habitat type used for resting). Additionally, using large data set of genotyped individuals, we found that these habitat use differences have slight consequences on the landscape elements influence on gene flow. Indeed, while we shown a differential negative impact of the trapping pressure on the spatial genetic variation, connectivity in both species is mainly provided by vegetation cover while roads human buildings and open area partially impede it. These results, collectively with morphometric comparison and population dynamics approaches, provided better insights on the pattern and the consequences of the coexistence of the two sympatric species

La première partie de ma thèse est une revue donnant un aperçu du répertoire génomique des bactéries intracellulaires et de leurs symbiotes. L'objectif de cette étude est d'explorer le processus permettant aux bactéries intracellulaires d'acquérir leur mode de vie spécifique. Nous avons commencé par examiner les données à propos de l'existence ancienne de bactéries intracellulaires, leur adaptation à leur hôte et les différences entre sympatrie et allopatrie. Une comparaison du contenu génomique de plusieurs bactéries avec différents modes de vie a révélé la capacité des bactéries à échanger des gènes à des degrés différents, en fonction de l'écosystème. La deuxième partie de ma thèse porte sur la séquence du génome de la souche Diplorickettsia massiliensis 20B qui est une bactérie intracellulaire obligatoire à Gram négatif isolée à partir des tiques de Slovaquie Ixodes ricinus. Dans ma troisième et dernière partie, nous exploré le répertoire du génome de Diplorickettsia massiliensis en le comparant aux génomes de bactéries phylogénétiquement très proches de Diplorickettsia massiliensis, issues de différentes niches. Ceci a permis de révélé son mode de vie allopatrique. Dans cette étude, nous avons comparé les caractéristiques du génome de Diplorickettsia massiliensis avec vingt-neuf espèces séquencées de Gammaproteobacteria (Legionella, Coxiella burnetii, Francisella tularensis et Rickettsiella grylli) en utilisant l'approche pangénomique multi-genre. Ce travail de thèse fournit des données originales et permet d’apporter plus de lumière sur la diversité des bactéries intracellulaires. / The initial purpose of my thesis is to understand with the help of comparative genomics, genomic variations based on coexistence, by examining data on the ancient existence of intracellular bacteria, their host adaptation and the differences between sympatry and allopatry. The first part of my thesis is a review giving insight into intracellular bacterial genome repertoire and symbionts. The goal of this review is to explore how intracellular microbes acquire their specific lifestyle. Due to their different evolutionary trajectories, these bacteria have different genomic compositions. We reviewed data on the ancient existence of intracellular bacteria, their host adaptation and the differences between sympatry and allopatry. A comparison of the genomic contents of bacteria with certain lifestyles revealed the bacterial capacity to exchange genes to different extents, depending on the ecosystem. The second part of my thesis present about the genome sequence of Diplorickettsia massiliensis strain 20B which is an obligate intracellular, gram negative bacterium isolated from Ixodes ricinus ticks collected from Slovak. In the third part, we investigated the genome repertoire of Diplorickettsia massiliensis compared to closely related bacteria according to its niche, revealing its allopatric lifestyle. In this study, we compared the genomic features of Diplorickettsia massiliensis with twenty-nine sequenced Gammaproteobacteria species (Legionella strains, Coxiella burnetii strains, Francisella tularensis strains and Rickettsiella grylli) using multi-genus pangenomic approach. This thesis work provides original data and sheds light on intracellular bacterial diversity.