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Aspectos de física estatística na evolução e no crescimento molecular. / Aspects of statistical physics on evolution and in molecular growth.

Silva, Wenderson Alexandre de Sousa 18 June 2009 (has links)
A evolução molecular, impulsionada pela Teoria Sintética da Evolução, tornou um assunto indispensável na compreensão da evolução da vida. O crescimento genômico, etapa responsável pelo maior potencial de armazenamento de informação e estabilidade, também foi submetido à indelével ação da seleção natural. Utilizando a metodologia dos ciclos de amplificação-mutação-seleção, tal como o SELEX (systematic evolution of ligands by exponential enrichment), que mimetizam a seleção natural, e ferramentas da Teoria de Informação, foram desenvolvidos e implementados programas para simular a evolução, considerando, além de outros, um parâmetro pouco explorado na literatura: a variação do tamanho do genoma. Foram estudados dois cenários distintos; no primeiro a seleção era dependente da busca exata de uma sequência pré-determinada (o filtro). Além disso, a entropia de Shannon considerada era referente ao alinhamento da molécula toda. Avaliando configurações simples desse modelo, foi possível desenvolver uma equação analítica que descreveu bem os resultados (para tamanho de genoma constante). No segundo cenário, foram exploradas a seleção não específica de uma sequência, o número máximo de bases constante, a entropia apenas das regiões de interesse e a presença de até cinco filtros de seleção. A entropia da molécula toda se mostrou pouco significativa (primeiro cenário), diferentemente da avaliada em apenas uma região. Foi possível observar que o crescimento do genoma foi pouco acentuado, predominando as moléculas menores, mesmo com grande quantidade de filtros, o que indica que o sistema está sob \"seleção por compressão\", sendo, pois, necessário atribuir explicitamente vantagens às moléculas mais complexas para poder haver aumento no crescimento médio. / Molecular Evolution, stimulated and supported by Evolution Synthetic Theory, became essential to understand evolution of life. Genomic growth was responsible to increase the capacity of storage information and to stability of the molecule; besides, it was also submitted to natural selection. Using amplification-mutation-selection methodology, such as SELEX (systematic evolution of ligands by exponential enrichment), and tools of Information Theory, it was developed computer program to simulate macromolecule evolution taking into account, besides other, a less study parameter in specialized journal: the genome size variation. It was studied two different scenarios. In the first one, selection was dependent of a specific sequence to be searched; moreover, Shannon entropy took into account all nucleotides of all molecules and it was studied with until two sequence target. It was possible develop an analytical equation to well describe simple settings of this model. In the second scenario, in another hand, selection depends on a specific sequence, but is not required to match the whole sequence. Also, to compute Shannon entropy it was taking into account only the least Hamming distance sequence of each molecule. It was studied until five sequence target in this scenario. Entropy was not significant in first scenario as it was in the second one. Size genome evolution shows the system were under compression selection, being necessary to get other advantage to become possible an increase in genome size.
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Reconstrução tridimensional para objetos de herança virtual. / Tridimensional reconstruction for virtual heritage objects.

Miranda, Hardy José Santos de 28 May 2018 (has links)
Em um primeiro momento as novas tecnologias podem impulsionar acentuadamente a interação com um elemento, o que pode levar à um aprendizado significativo, mas esse impulso reduz assim que a interação se torna comum ou até mesmo repetitiva. Quando essa nova tecnologia se torna natural para o usuário ela deixa de ser uma novidade e se torna uma ferramenta. O uso de Imagens Geradas por Computador (IGC) experienciaram exatamente isso, décadas atrás, mas estão constantemente sendo iteradas de acordo com suas necessidades de reavaliação frequentes. Com o desenvolvimento das IGC as imagens tridimensionais deixaram de ser um formato excessivamente complicado, ao passo que hardwares e conceitos foram adentrando objetos do dia-a-dia como smartphones, webcams, câmeras, aplicativos de geração de malhas 3D, etc. O seu uso com objetivos museológicos se tornou evidente no campo da herança cultural para arquivamento e comunicação. Sendo assim, para verificar a viabilidade para uma solução fácil e de baixo custo visando novos usuários, diferentes tipos de métodos não-destrutivos de reconstrução baseadas na superfície foram analisados. Para isso, identificou-se a qualidade do resultado de precisão da malha, a rastreabilidade e a compatibilidade dos mesmos. Com esse objetivo, foi proposto um método com um conjunto de métricas que podem ser aplicadas para determinar a usabilidade de um objeto reconstruído com um fim específico. Quatro artefatos arqueológicos foram escaneados usando métodos de vídeo fotogrametria e vídeo de profundidade, a serem comparados com substitutos escaneados a laser. Depois de analisar os escaneamentos dos mesmos objetos com esses diferentes métodos, concluiu-se que a fotogrametria é capaz de gerar com rapidez um modelo altamente detalhado, mas com várias distorções. A profundidade de câmera gerou superfícies mais suaves e maior incidência de erros. Em última análise, cada método apresentado demonstra múltiplas possibilidades para materialização, dependendo do objetivo, resolução e de quão detalhado o objeto deve ser para ser corretamente compreendido. / At first glance new technologies can provide an engaging way to interact with a subject which may induce a meaningful learning, but it soon falls short when it becomes common or even repetitive. As this new technology becomes natural to the user, it no longer relies on novelty and goes into another condition, as a tool. The use of Computer-Generated Imagery (CGI) experienced exactly this, decades ago, but as it\'s constantly being iterated upon it needs to be reassessed often. As CGI goes, the tridimensional imagery as an overcomplicated format started to fade, as new hardware and concepts made way into everyday objects such as smartphones, webcams, cameras, 3D mesh generation apps, etc. It\'s use for museological purposes became clear in the field of cultural heritage for archiving and communication. So, to verify the viability for a low-cost and easy to use solution aiming to novice users, different types of non-destructive methods surface based reconstructions are analyzed to identify the quality of the resulted mesh based on precision, traceability and compatibility. To this end, it was proposed a method with a set of metrics which can be used to point out the usability of a reconstructed object for a specific end. Four archaeological artifacts were scanned using the video photogrammetry method and the depth video method, to be compared with a laser scanned surrogate. After analyzing the scans of the same objects with these different methods, the conclusion is that photogrammetry has the power to provide a highly detailed model very fast but with several distortions. The depth camera provided smoother surfaces and higher error. Ultimately, each method presented multiple possibilities for materialize itself, depending on target resolution and how detailed the object must be to correctly understand it.
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Aspectos de física estatística na evolução e no crescimento molecular. / Aspects of statistical physics on evolution and in molecular growth.

Wenderson Alexandre de Sousa Silva 18 June 2009 (has links)
A evolução molecular, impulsionada pela Teoria Sintética da Evolução, tornou um assunto indispensável na compreensão da evolução da vida. O crescimento genômico, etapa responsável pelo maior potencial de armazenamento de informação e estabilidade, também foi submetido à indelével ação da seleção natural. Utilizando a metodologia dos ciclos de amplificação-mutação-seleção, tal como o SELEX (systematic evolution of ligands by exponential enrichment), que mimetizam a seleção natural, e ferramentas da Teoria de Informação, foram desenvolvidos e implementados programas para simular a evolução, considerando, além de outros, um parâmetro pouco explorado na literatura: a variação do tamanho do genoma. Foram estudados dois cenários distintos; no primeiro a seleção era dependente da busca exata de uma sequência pré-determinada (o filtro). Além disso, a entropia de Shannon considerada era referente ao alinhamento da molécula toda. Avaliando configurações simples desse modelo, foi possível desenvolver uma equação analítica que descreveu bem os resultados (para tamanho de genoma constante). No segundo cenário, foram exploradas a seleção não específica de uma sequência, o número máximo de bases constante, a entropia apenas das regiões de interesse e a presença de até cinco filtros de seleção. A entropia da molécula toda se mostrou pouco significativa (primeiro cenário), diferentemente da avaliada em apenas uma região. Foi possível observar que o crescimento do genoma foi pouco acentuado, predominando as moléculas menores, mesmo com grande quantidade de filtros, o que indica que o sistema está sob \"seleção por compressão\", sendo, pois, necessário atribuir explicitamente vantagens às moléculas mais complexas para poder haver aumento no crescimento médio. / Molecular Evolution, stimulated and supported by Evolution Synthetic Theory, became essential to understand evolution of life. Genomic growth was responsible to increase the capacity of storage information and to stability of the molecule; besides, it was also submitted to natural selection. Using amplification-mutation-selection methodology, such as SELEX (systematic evolution of ligands by exponential enrichment), and tools of Information Theory, it was developed computer program to simulate macromolecule evolution taking into account, besides other, a less study parameter in specialized journal: the genome size variation. It was studied two different scenarios. In the first one, selection was dependent of a specific sequence to be searched; moreover, Shannon entropy took into account all nucleotides of all molecules and it was studied with until two sequence target. It was possible develop an analytical equation to well describe simple settings of this model. In the second scenario, in another hand, selection depends on a specific sequence, but is not required to match the whole sequence. Also, to compute Shannon entropy it was taking into account only the least Hamming distance sequence of each molecule. It was studied until five sequence target in this scenario. Entropy was not significant in first scenario as it was in the second one. Size genome evolution shows the system were under compression selection, being necessary to get other advantage to become possible an increase in genome size.

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