La biomasse végétale est une alternative durable et écologique pour les ressources fossiles. L'exploitation et la valorisation de cette biomasse sont rendues possibles grâce à la capacité naturelle des enzymes fongiques à dégrader et modifier cette biomasse. Parmi ces enzymes, les glyoxal oxydases génératrices de H2O2 (GLOX) restent un groupe peu étudié avec un seul exemple de protéine caractérisée dans la littérature à partir d’un champignon dégradant le bois.Dans cette thèse, trois GLOX, précédemment identifiées dans le génome du champignon dégradant le bois Pycnoporus cinnabarinus (PciGLOX), ont été sélectionnées, produites par voie hétérologue et caractérisées. La caractérisation a révélé des différences entre les trois PciGLOX dans la stabilité des protéines, la spécificité du substrat et l’efficacité catalytique. Les protéines PciGLOX sont produites sous leur forme inactive et leur mécanisme d'activation a été étudié. La capacité des GLOX à catalyser la réaction d'oxydation du 5-hydroxyméthylfurfural (HMF), d’intérêt industriel, a été étudiée pour la première fois dans ce travail. Le HMF a été oxydé par PciGLOX en acide 5-hydroxyméthyl-2-furancarboxylique (HMFCA) comme produit principal. Le HMFCA est difficile à produire par catalyse chimique et est utilisé dans la production de polyesters et de produits pharmaceutiques. PciGLOX ont également été capables de produire l’acide furandicarboxylique (FDCA), qui est un précurseur dans les procédés de production du bioplastique. Ce travail ouvre de nouvelles perspectives pour étudier plus en détail le rôle de GLOX dans la dégradation de la lignocellulose, et dans les applications biotechnologiques. / Plant biomass is a sustainable and eco-friendly alternative for fossil fuels. The exploitation and valorisation of plant biomass is possible through biotechnological processes that rely on the natural ability of fungal enzymes to degrade and modify this biomass. Among these enzymes are H2O2-generating glyoxal oxidases (GLOX), which haven’t been extensively studied with only one example in the literature on GLOX from wood-degrading fungi. In this thesis three GLOX, previously identified in the genome of the wood-degrading fungus Pycnoporus cinnabarinus (PciGLOX), were heterologously produced and characterisation. The three PciGLOX showed differences in their stability, substrate preferences and catalytic properties. The ability of GLOX to catalyse the biotechnologically important oxidation reaction of 5-hydroxymethylfurfural (HMF) was investigated for the first time in this work. PciGLOX oxidized HMF to 5-hydroxymethyl-2-furancarboxylic acid (HMFCA), which is difficult to produce via chemical catalysis and is used in polyesters and pharmaceutical products production. PciGLOX were also able to oxidize HMF derivatives leading to the formation of the final product furandicarboxylic acid (FDCA), which is a bioplastic precursor. PciGlOX proteins are produced in their inactive form and their activation mechanism was investigated in this thesis. This work opens new prospects to investigate more the role of GLOX in plant biomass degradation and biotechnology, and the possible optimization techniques of the catalytic properties of this enzyme.

Cette étude a pour objectif la mise en évidence, chez les basidiomycetes du genre Pycnoporus, de nouvelles oxydo-réductases impliquées dasn la dégradation de la biomasse végétale: de l'expression des gènes aux applications biotechnologiques. Les champs d'application visés concernent essentiellement le domaine de la chimie verte, dans le cadre du projet européen BIORENEW. Le travail s'est articulé autour de trois axes principaux. Le premier a concerné l'exploration de la biodiversité naturelle en particulier tropicale, pour la sélection de souches productrices de nouvelles laccases de haut potentiel d'oxydo-réduction. Le gène codant pour la laccase Lac1 chez Pycnoporus a été utilisé comme marqueur moléculaire d'identification et de relation phylogénie-fonction, mettant en évidence une distribution des souches fortement corrélée avec leur écozone. Le deuxième axe a porté sur l'isolement de trois nouvelles laccases issues de P.sanguineus et P. coccineus qui exhibent des caractéristiques biochimiques complémentaires: haute thermostabilité, résistance aux solvants, au pH, constantes catalytiques et potentiels rédox élevés. Ces enzymes constituent de bons modèles pour des applications en biotechnologies blanches:décoloration de colorants polyphénoliques, oxydation de composés modèles de type lignine non-phénolique, oligomérisation de flavonoides naturels adaptés aux applications cosmétiques et pharmaceutiques. Enfin, dans le cadre de l'annotation du génome des souches monocaryotiques P. cinnabarinus BRFM 137 et P; sanguineus BRFM 1264, dont le séquençage a été réalisé par notre Unité, un regard tout à fait nouveau est porté sur le système lignolytique du genre Pycnoporus, longtemps décrit comme produisant que de la laccase comme enzyme du système lignolytique. Pour la première fois, nous avons montré la présence de gènes codant pour tout l'arsenal enzymatique de dégradation des lignines, c'est à dire plusieurs laccases mais surtout de nombreuses peroxydases et des enzymes auxilliaires génératrices d'H2O2 comme les glyoxal oxydases. Ces nouvelles enzymes ont été caractérisées in silico. Pour la première fois également, la sécrétion effective de peroxydases, de glyoxal oxydases et d'autres FOLymes dans nos conditions de culture a également pu être démontrée par analyse protéomique. / The purpose of this work was to prospect, in the genus Pycnoporus, for new oxido-reductases involved in the degradation of lignocellulosic biomass: from gene expression to biotechnological applications. This research was conducted in the framework of green chemistry applications according to BIORENEW European Project. The study was divided in three main research axes. Firstly, the exploration of natural biodiversity, especially tropical biodiversity, for the selection of new high redox potential-laccase producing strains. These strains were repositionned in a context of phylogenomic/function through the lac1 gene. Molecular clustering based on lac1 sequences enabled the distribution of P. sanguineus and P. coccineus through four distinct, well supported clades and subclades. This distribution was highly correlated with ecozones. The second part of the work deals with the biochemical and molecular characterization of three novel laccases from P. coccineus and P. sanguineus, and their applicability on natural or model phenolic substrates. The three laccases showed complementary biochemical features: high thermo- and pH stability, high catalytic efficiency and resistance to organic solvents. The three novel laccases proved to be suitable models for white biotechnology processes: polyphenolic dye decolourization, non-phenolic lignin model compound oxidation, and synthesis of new oligomers from natural flavonoids suitable for cosmetic or pharmaceutical applications. Finally, annotation of genomic data from the monocaryotic strains P. cinnabarinus BRFM 137 and P. sanguineus BRFM 1264 (genomes sequenced by the UMR1163 BCF ) was performed for lignolytic enzymes. For the first time, new oxidases (peroxidases, glyoxal oxidases and other FOLymes) were evidenced in Pycnoporus and in silico characterized. Moreover, the active secretion of several of these enzymes has been demonstrated in our culture conditions by 1D-proteomic analysis