Thesis (doctoral)--University of Göteborg, Sweden, 1980. / Includes bibliographical references.

Thèse (Ph. D.)--Université Laval, 2009. / Bibliogr.: f. 166-196. Publié aussi en version électronique dans la Collection Mémoires et thèses électroniques.

Thesis (doctoral)--Universität, Giessen, 2004.

Universiẗat, Diss., 2004--Gießen. / Zsfassung in dt. und engl. Sprache.

Thesis (M.S.)--Duquesne University, 2005. / Title from document title page. Abstract included in electronic submission form. Includes bibliographical references (p. 100-110) and index.

Submitted by THAÍS ALVES BARBOSA null (thaalvesb@hotmail.com) on 2016-03-20T00:20:03Z No. of bitstreams: 1 Dissertação.pdf: 1818604 bytes, checksum: 7ea9f39f4ad30e976729ba7907b30ff1 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-03-22T14:21:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 barbosa_ta_me_bot.pdf: 1818604 bytes, checksum: 7ea9f39f4ad30e976729ba7907b30ff1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-22T14:21:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 barbosa_ta_me_bot.pdf: 1818604 bytes, checksum: 7ea9f39f4ad30e976729ba7907b30ff1 (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A necessidade de permanência em Unidade de Terapia Intensiva Neonatal (UTIN) simboliza um dos principais fatores desencadeantes de colonização e infecção. Sabe-se que logo após o nascimento, inicia-se a colonização bacteriana do neonato pelo contato com a microbiota materna, dos profissionais de saúde ou a partir da exposição ambiental. Recém-nascidos (RNs), que permanecem em tratamento intensivo, possuem predisposição aumentada para infecção posteriormente à colonização. A maior sobrevida e o prolongamento do período de internação dos neonatos têm proporcionado uma elevação nas taxas de infecções, principalmente em UTINs. Objetivos: Estudar a epidemiologia da colonização e infecção microbiana em uma coorte de neonatos admitidos em uma UTIN com abordagem clínica e molecular. Metodologia: Foram incluídos no estudo todos os neonatos admitidos na UTIN, nascidos no HC da FMB, por um período de um ano, e assim coletadas amostras de aspirado traqueal, como também por meio de swabs estéreis dos sítios nasal e anal e acompanhamento do recém-nascido até o desfecho final (alta da UTI ou óbito). Micro-organismos isolados foram submetidos à identificação e ao teste de sensibilidade às drogas antimicrobianas para a determinação da concentração inibitória mínima (CIM) pela técnica de E-test. Dentre os Staphylococcus spp. que apresentarem resistência à meticilina foi determinado o tipo de cassete cromossômico estafilocócico mec (SCCmec). Para a pesquisa de clones prevalentes na unidade, foi realizada a caracterização dos clusters pela técnica de eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Resultados: Os resultados revelaram maior incidência de infecção (27,8%) e colonização por Staphylococcus epidermidis principalmente na mucosa nasal (56,4%). Na mucosa anal predominou a colonização por Serratia marcescens (26,8%). Os resultados evidenciaram cepas de S. epidermidis resistentes a sulfametoxazol-trimetoprim, e S.epidermidis e Enterococcus faecalis resistentes a quinopristina/dalfopristina. Das 402 amostras de Staphylococcus spp. estudadas, 204 (50,7%) apresentaram o gene mecA, com uma maior frequência de isolados provenientes da mucosa nasal, sendo detectados 47 isolados albergando o SCCmec tipo I, 12 carreando o SCCmec tipo II, 77 carreando o SCCmectipo III e 43 albergando o SCCmec tipo IV. A tipagem molecular para determinação dos clusters pela técnica de PFGE demonstrou a presença de isolados de diferentes RNs, com perfis idênticos ou alta taxa de similaridade, sugestivo de contaminação cruzada. Além disso, isolados obtidos do mesmo RN, porém, de sítios diferentes também se apresentaram como idênticos, comprovando que o micro-organismo que colonizava o RN no momento da coleta também era o agente infeccioso. A análise estatística revelou que o processo de colonização pode ser considerado fator de risco para infecção, com um risco de três vezes mais quando comparado com RNs não colonizados. Dentre os fatores de risco para colonização a utilização de nutrição parenteral e cateter central de inserção periférica (PICC) aumentaram o risco em seis vezes mais e quatro vezes mais, respectivamente. Conclusão: Os achados deste trabalho podem auxiliar na escolha antimicrobiana adequada visto que o processo de colonização ocorre posteriormente ao nascimento e que a terapia empírica muitas vezes é necessária. O conhecimento do perfil microbiológico da unidade possibilita a criação de protocolos antimicrobianos adequados para prevenção e tratamento de IRAS, objetivando melhoria na qualidade da assistência prestada. Para tanto, salienta-se a importância de implementação de culturas de vigilância, que auxiliam a comissão de controle de IRAS, e a equipe assistencial na elaboração de medidas a serem adotadas. / The need to stay in the Neonatal Intensive Care Unit (NICU) represents one of the main factors of colonization and infection. It is known that, soon after birth, bacterial colonization of the newborn starts from contact with maternal microbiota, health professionals, or from environmental exposure. Newborns (NBs) who remain in intensive care have a greater predisposition to infection after the colonization. The longer survival and prolonged hospitalization of NBs have led to an increase in infection rates, especially in NICUs. Objectives: To study the epidemiology of colonization and microbial infection in a cohort of neonates admitted to a NICU with a clinical and molecular approach. Methodology: All neonates born in the University Hospital of Botucatu Medical School admitted to the NICU for one year were included in the study. Tracheal aspirate samples were collected, as well as samples of the nasal and anal sites by using sterile swabs. The NBs were followed up until the final outcome – ICU discharge or death. Isolated mircroorganisms were submitted to identification and were tested for antimicrobial drug susceptibility in order to determine the minimum inhibitory concentration (MIC) by the E-test. The type of staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) was determined among the methicillin-resistant Staphylococcus spp. For the research on prevalent clones in the unit, the characterization of clusters was performed by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Results: The results showed higher incidence of infection (27.8%) and colonization by Staphylococcus epidermidis mainly in the nasal mucosa (56.4%). The colonization by Serratia marcescens was predominant in the anal mucosa (26.8%). The results showed S. epidermidis resistant to trimethoprim-sulfamethoxazole, and S. epidermidis and Enterococcus faecalis resistant to quinopristin-dalfopristin. From the 402 samples of Staphylococcus spp. studied, 204 (50.7%) had the mecA gene, more frequently isolated from the nasal mucosa. There were 47 isolates harboring SCCmec type I, 12 carrying SCCmec type II, 77 carrying SCCmec type III, and 43 harboring SCCmec type IV. Molecular typing to determine the clusters by the PFGE technique demonstrated the presence of isolates of different NBs with either identical or high similarity profiles, which suggests cross-contamination. In addition, isolates from the same NB but of different sites also presented as identical, proving that the microorganism that colonized the NB at the time of collection was also the infectious agent. The statistical analysis revealed that the colonization process can be considered a risk factor for infection with a three times greater risk compared to non-colonized NBs. Among the risk factors for colonization, the use of parenteral nutrition and peripherally-inserted central catheter (PICC) increased the risk six times and four times, respectively. Conclusion: The findings of this study can assist in the appropriate antimicrobial choice as the colonization process occurs after the birth and the empirical therapy is often required. Knowing the microbiological profile of the unit allows to create proper antimicrobial protocols for preventing and treating healthcare-associated infections (HCAIs) aiming to improve the quality of the care provided. To this end, the implementation of surveillance cultures which help the HCAI control commission as well as the care team to develop the measures to be adopted is very important. / FAPESP: 2013/12482-0

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Centro de Desenvolvimento Sustentável, Programa de Pós-Graduação em Desenvolvimento Sustentável, 2018. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2018-05-17T16:53:42Z No. of bitstreams: 1 2018_SheilaNaraBorgesdaSilva.pdf: 1443727 bytes, checksum: 945b24673cb24a4a608435aff547aa9e (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-05-21T15:21:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_SheilaNaraBorgesdaSilva.pdf: 1443727 bytes, checksum: 945b24673cb24a4a608435aff547aa9e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-21T15:21:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_SheilaNaraBorgesdaSilva.pdf: 1443727 bytes, checksum: 945b24673cb24a4a608435aff547aa9e (MD5) Previous issue date: 2018-05-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). / As infecções causadas por microrganismos Gram-negativos são crescentes e preocupantes. Neste contexto, os peptídeos antimicrobianos (PAMs) representam uma classe de moléculas com potencial para atuar como agentes de controle microbiano, pois podem apresentar diferentes atividades funcionais no controle de infecções. A utilização desses compostos associados a diferentes estratégias terapêuticas, como a sua incorporação em sistemas de liberação controlada, pode ser um caminho viável na busca de novos agentes antimicrobianos. No presente trabalho foi realizada a produção heteróloga em sistema procarioto utilizando vetor de expressão pET25b+ modificado de dois peptídeos: Synoeca-MP e Mastoparano-MO, em diferentes construções - com sítio de clivagem e sem este sítio, fusionados a duzentas repetições da sequência codificadora da elastin-like polypeptide (ELP). Após a expressão heteróloga e produção de quatro litros de cada uma das construções, o material foi purificado por histerese térmica, em ciclos a 37ºC e a 4ºC. Seguido desse processo, foi realizada a clivagem da tag de ELP, confirmada por MALDI TOF. Os peptídeos produzidos heterologamente e aqueles produzidos quimicamente, foram avaliados quanto a sua atividade contra uma cepa resistente de K. peneumoniae (KPC1410503). Os testes apresentaram MIC de 80µM com Synoeca-MP-DP, comparado a 40 µM do mesmo peptídeo sintético, enquanto os Mastoparanos, tanto o biossintetizado quanto o sintético não apresentaram resultados de inibição microbiana in vitro. / Infections caused by Gram-negative microorganisms are increasing and worrying. In this context, antimicrobial peptides (AMPs) represent a class of molecules with potential to act as microbial control agents, once they can show many different functional activities and act in infections control. The use of these compounds associated with different therapeutic strategies, such as their incorporation in controlled release systems, may be a viable path in the search for new antimicrobial agents. In the present work the heterologous production was carried out in a prokaryotic system using the modified pET25b+ expression vector. Two peptides: Synoeca-MP and Mastoparano-MO, in different constructions - with the cleavage site and without this site, fused to two hundred replicates of the elastin-like polypeptide (ELP) coding sequence. After the heterologous expression and production of four liters of each construction, the samples were purified by thermic hysteresis, in different cycles of 37ºC and 4ºC. After this procedure, the cleavage of the tag of ELP was performed and confirmed by MALDI TOF. Biosynthesized and synthetically produced peptides were tested their activity against a resistant strain of K. peneumoniae (KPC1410503). The tests showed MIC of 80 μM with Synoeca-MP-DP, compared to 40 μM of the same synthetic peptide, while the biosynthesized and synthetic mastoparans presented no results of microbial inhibition in vitro.

Resumo: Actinobactérias ou actinomicetos são bactérias Gram-positivas com elevado conteúdo de G+C (guanina + citosina) e com alta capacidade de produzir diversos metabólitos secundários. Estas bactérias são comumente isoladas do solo e são muito estudadas pelo grande potencial em produzirem antibióticos. A ocorrência destes micro-organismos nas areias das praias na costa brasileira é raramente descrita na literatura. As comunidades de micro-organismos que estão presentes em regiões entre-marés de ambientes marinhos realizam processos essenciais que contribuem para o funcionamento das zonas costeiras, como por exemplo, a ciclagem do carbono, a transferência de metal e remoção de poluentes orgânicos para níveis tróficos superiores. Portanto, estes micro-organismos podem servir como bioindicadores do ecossistema. As condições da região entre-marés são extremas, devido aos ciclos de maré, resultando em gradientes de umidade, temperatura, a ação das ondas, a radiação UV, nutrientes e salinidade. Tais ondições favorecem o desenvolvimento e a disseminação de determinados micro-organismos com processos fisiológicos e metabólitos particulares. Deste modo, o presente trabalho teve como objetivo realizar a bioprospecção destes micro-organismos, previamente isolados na região entre-marés da Ilha do Mel, PR, principalmente para produção dedrogas antimicrobianas. Amostras de sedimentos superficiais foram coletadas em quinze estações da região entre-marés da Ilha do Mel (situada na entrada do Complexo Estuarino de Paranaguá, Paraná). As coletas foram realizadas nos dias 01 e 02 de fevereiro de 2007. Sub-amostras de sedimentos foram misturadas com água destilada e alíquotas do sobrenadante inoculadas em meio de cultura Czapeck Dox preparado com água destilada e água salina. As actinobactérias foram isoladas e identificadas por macromorfologia e coloração de Gram e por meio da técnica de microcultivo. Foram obtidas 116 actinobactérias e agrupadas em 10 morfotipos, pertencentes aos gêneros Nocardia e streptomyces. Para avaliação da atividade antibacteriana foram realizados ensaios biológicos qualitativos, em triplicata, pelo método dos poços. A ação das actinobactérias foi evidenciada através da produção de halos de inibição ao redor da colônia que sintetiza o metabólito. As cepas padrão utilizadas para os testes de atividade antimicrobiana foram: Staphylococcus aureus (ATCC 25923), Escherichia coli (ATCC 25922), Pseudomonas aeruginosa (ATCC 27853) e Candida albicans (ATCC 10231). Os resultados evidenciaram que dos 116 isolados, 79 apresentaram atividade contra pelo menos uma cepa patogênica testada. Aproximadamente 72% das amostras testadas apresentaram atividade contra duas ou mais cepas patogênicas padrão. Sendo que 87% dos isolados testados inibiram C. albicans, 77% S. aureus, 18% P. aeruginosa e 4% E. coli. Na sequência, os isolados que apresentaram potencial antimicrobiano tiveram seus metabólitos caracterizados quimicamente e foi confirmada a identificação ao nível de gênero, por meio da amplificação com oligonucleotídeos específicos do DNA ribossomal 16S. Estes resultados evidenciam a importância do estudo do potencial biotecnológico das actinobactérias isoladas das regiões entre-marés.

Thesis (MTech (Medical Technology))--Cape Technikon, 1998. / This study was undertaken to investigate resistance to aminoglycoside antibiotics and the transfer of resistance in selected Gram negative bacilli in hospitals in the Greater Durban area in order to determine whether the development of resistance in this region was similar to that found in other countries and whether it was the same in the hospitals in the region. It was intended that the study might expose the existence of nosocomial pathogens of a particular strain or endemic plasmids responsible for aminoglycoside antibiotic resistance. Strains of Klebsiella, Enterobacter and Serratia species and Escherichia coli resistant to gentamicin, tobramycin, netilmicin or amikacin were obtained. Resistance of the isolates obtained to the above aminoglycoside antibiotics was confirmed using a disc diffusion technique. Resistance mechanisms were initially assigned on the basis of resistance to these four aminoglycoside antibiotics. In approximately 50% of the isolates, including donor isolates and their respective transconjugants, resistance mechanisms were confirmed or revised on the basis of a changed resistance profile to a range of 12 aminoglycoside antibiotics in conjunction with DNA/DNA hybridization tests. Bacterial conjugation studies were performed on selected isolates to investigate the transfer of aminoglycoside resistance from Klebsiella pneumoniae isolates to recipient Escherichia coli. Plasmid profiles of all isolates and Escherichia colitransconjugants were compared to establish similarities. Isolates in three of the four genera of bacteria and all isolates collectively, demonstrated the greatest incidence of resistance to tobramycin. Amikacin resistance was, in all groups of isolates, the least frequently encountered. Collectively, the most frequent mechanisms of resistance were the AAC(3)-V and AAC(6')-1 enzymes One large hospital showed a high frequency of the AAC(3)-V modifying enzyme while in other hospitals a wider range of enzyme resistance mechanisms were evident. Plasmid profiles were generally dissimilar within and between different genera and the different hospitals. / Mangosuthu Technikon Research Fund

Submitted by Isaac Francisco de Souza Dias (isaac.souzadias@ufpe.br) on 2016-05-23T18:55:52Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação PPGCB.Diego Marques.versão final.ficha catalográfica.pdf: 1282275 bytes, checksum: f4bfca3ba7307797524e0ed6deece88a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-23T18:55:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação PPGCB.Diego Marques.versão final.ficha catalográfica.pdf: 1282275 bytes, checksum: f4bfca3ba7307797524e0ed6deece88a (MD5) Previous issue date: 2015-02-28 / FACEPE / O peixe amazônico tambaqui (Colossoma macropomum) é uma das espécies comerciais mais importantes da atividade piscícola no Brasil ocupando a terceira posição no “ranking” nacional. Doenças são as principais causas de perdas em piscicultura intensiva. A pressão que as técnicas de cultivo exercem sobre o organismo do peixe, torna-o suscetível a ação de patógenos. Dentre os patógenos de importância para a piscicultura destacam-se as bactérias pertencentes ao gênero Aeromonas, sendo agentes etiológicos de diversas patologias, com capacidade de gerar surtos de mortalidades em criações de peixes. O nosso grupo de pesquisa identificou iniciamente a lectina presente no soro do tambaqui (ComaSeL). Lectinas são proteínas ou glicoproteínas que se ligam especifica e reversivelmente a carboidratos. O objetivo deste trabalho foi isolar e identificar espécies de Aeromonas de tambaquis submetidos a estresse por confinamento, e avaliar o perfil de expressão da lectina presente no soro do peixe frente a desafio com espécies de Aeromonas isoladas do tambaqui. Para o isolamento de Aeromonas foram utilizados três peixes submetidos a estresse de confinamento, (permanência em tanque de 1000 L com a lâmina d’água no limiar do dorso do animal por 96 h) e três peixes utilizados como grupo controle (retirados diretamente do viveiro). O isolamento de Aeromonas foi efetuado do tecido branquial e seguiu procedimento padrão de maceração, diluição do macerado em água destilada esterilizada e semeio em meios específicos. A identificação em nível de gênero e espécie seguiu metodologia padrão de testes fisiológicos e bioquímicos. Para o desafio foram selecionadas duas cepas pertencentes a espécies reconhecidamente patógenas (A. caviae e A. bestiarum). Trinta e seis tambaquis foram divididos em três grupos: infectado 1 (desafiado com A. bestiarum), infectado 2 (desafiado com A. caviae) e o grupo controle. O desafio foi feito com a aplicação de 1 mL de uma suspensão de crescimento recente com concentração final de 1,5 x 108 UFC/mL de cada cepa em seu respectivo grupo, e de 1 mL de solução fisiológica no grupo controle. Nos tempos 0, 24, 48 e 72 h três animais de cada grupo foram sacrificados e amostras de sangue foram coletadas. A lectina foi avaliada através da atividade hemaglutinante específica. Ao total foram isoladas 72 cepas pertencentes ao gênero Aeromonas. A maior parte dos isolados (97%) foi obtida dos peixes submetidos ao estresse, confirmando que o estresse favorece a proliferação de patógenos. Houve prevalência das espécies A. bestiarum (48,6%) e A. caviae (37,5%) que são descritas como causadoras de septicemia por Aeromonas móveis. Em relação ao perfil de expressão da lectina, os tratamentos não apresentaram diferenças significativas entre si. Os tratamentos controle e infectado 1 não variaram significativamente entre os tempos. O tratamento infectado 2 apresentou aumento significativo na atividade hemaglutinante específica a partir de 48 h após a infecção. Comparando a atividade hemaglutinante em cada período para os três tratamentos, observou-se que no tratamento 1, 24 h após a infecção, houve diferença significativa na atividade hemaglutinante. Os resultados indicam que A. caviae e A. bestiarum foram capazes de estimular a expressão de lectinas no soro do tambaqui. / The tambaqui (Colossoma macropomum) is one of the most important commercial species of fish activity in Brazil. It offers a great quality of meat, excellent standard of high growth and hardiness, which favors its creation in intensive fish farming. Diseases are the main causes of losses in intensive fish farming. The pressure that cultivation techniques have on the fish’s body makes it susceptible to pathogens action. Among the pathogens of importance to fish there are the bacteria belonging to the genus Aeromonas, being etiological agents of various diseases, capable of generating mortality outbreaks in fish creations. Our research group identified the lectin there is present in the serum of tambaqui (ComaSeL). Lectins are proteins or glycoproteins that bind carbohydrates specifically and reversibly. The objective of this study was to isolate and identify species of tambaqui’s Aeromonas subjected to stress confinement, and evaluate the expression profile of this lectin in fishs infected with Aeromonas species isolated from tambaqui. For the isolation of Aeromonas were used three fish undergoing stress of confinement, held in 1000 L tank with a water depth in the animal's back the threshold for 96 h, and three slaughtered direct from fish nursery. The isolation of Aeromonas was made of gill tissue and followed standard procedure of maceration, dilution macerated in sterile distilled water and sow in specific media. The identification of the genus and species, followed standard methodology of physiological and biochemical tests. For the challenge were selected two strains of recognized pathogenic species (A. caviae and A. bestiarum). Thirty-six tambaquis were divided into three groups: 1 infected (challenged with A. bestiarum), infected 2 (challenged with A. caviae) and the control group. The challenge was done by applying 1 mL of a recent growth in suspension with a final concentration of 1.5 x 108 CFU / mL for each strain in the respective group, and 1 mL of saline control group. At 0, 24, 48 and 72 h three animals from each group were sacrificed and blood samples were collected. The lectin was evaluated by specific hemagglutination activity assay. In total were isolated 72 strains belonging to the genus Aeromonas. The majority of isolates (97%) was obtained from fish subjected to stress, confirming that stress favors the proliferation of pathogens. The prevalence of A. bestiarum (48.6%) and A. caviae (37.5%) that are described as sepsis-causing by mobile Aeromonas. In relation to the lectin expression profile, the treatments were not significantly different from each other. The control treatments and infected 1 did not vary significantly between the times. Treatment infected 2 showed an increase in specific hemagglutination activity from 48 h after infection. Comparing the hemagglutinating activity of each period for the three treatments, It was observed that the treatment 1, 24 h after infection, there was a significant difference in hemagglutination activity. The results indicate that A. bestiarum and A. caviae were capable of stimulating the expression of lectins in serum tambaqui.