Pourquoi certains crimes d’État ou de masse sont-ils jugés au sortir d’un régime autoritaire ou d'une guerre civile, tandis que d'autres épisodes de violence voient leur traitement judiciaire en suspens ? Pourquoi passe-t-on parfois par des procédures ou institutions dites de « réconciliation » ? Ces dernières constituent-elles des formes de contournement de la justice ? La thèse tente de répondre à ces questions à l'aune d'un cas de violence survenu en 1984 en Indonésie. Tranchant avec un climat national souvent qualifié d'impunité des auteurs suspectés de violations graves passées, la « tragédie de Tanjung Priok » n'est pas restée sans suites. En 2003, cinq années après la démission de Suharto, quelque quinze militaires qui avaient été déployés sur les lieux lors du massacre furent jugés pour « crimes contre l'humanité » devant un tribunal national ad hoc des droits de l’homme. Or, une charte de « réconciliation », dite charte d'ishlah, se référant au droit islamique, signée avant le procès par les accusés et une partie des victimes, a déclenché une controverse et suscité l'embarras des acteurs institutionnels. Pour comprendre les enjeux de cette « réconciliation », ce travail fait dialoguer une revue comparative des mécanismes de justice transitionnelle à l'échelle internationale, avec un portrait de l'Indonésie en transition et une reconstitution historique des scènes-clés et polémiques ayant marqué l'ensemble d'une l'affaire qui s'étend sur plus de vingt ans. La thèse se démarque des descriptions surplombantes des lendemains de violence en insistant sur les dynamiques locales à l’œuvre sur une temporalité longue, à partir de sources variées (entretiens, tracts, procès, presse), depuis la contestation souterraine de la violence sous Suharto jusqu'aux années 2000. L'approche ici développée se distingue néanmoins des analyses centrées sur le déterminisme des structures pour mettre en lumière les effets de concaténation générés par la mondialisation des pratiques de justice transitionnelle. / Why are some state or mass crimes judged in courts after a civil war or the fall of an authoritarian regime, while other episodes of violence see their judicial treatment suspended ? Why do they sometimes go through so-called “reconciliation” procedures or institutions? Are these forms of circumvention of justice ? This thesis is an attempt to answer these questions in the light of a case of violence in 1984 in Indonesia. In full contrast with a national climate often referred to as impunity of suspected perpetrators of serious past violations since the transition, the “tragedy of Tanjung Priok” has not remained without judicial consequences after the fall of Suharto in 1998. In 2003, about fifteen soldiers who were deployed on the scene during the bloody events were charged and tried for “crimes against humanity” before a national ad hoc human rights court. However, a charter of “reconciliation”, called ishlah charter, referring to Islamic law, signed before the trial between suspected perpetrators and some of the victims sparked off a controversy and the embarrassment of institutional actors. To understand the stakes of this “reconciliation”, this work makes an extensive review of the evolutions of transitional justice mechanisms on an international scale dialogue with a portrait of Indonesia in transition and a historical reconstitution of the key scenes and the controversies that have arisen over the course of this whole affair, which extends over more than twenty years. Thus, this thesis departs from disembodied descriptions of post-violence in order to insist on local dynamics at work on a long temporality, this being based on manifold sources (interviews, tracts, trials, press), from underground contests of State violence during Suharto's era up to the 2000s. Yet, it should also be distinguished from analysis in terms of determinism of structures and, conversely, puts the stress on the concatenation effects generated by the globalization of practices of transitional justice.