La comercialización de la fibra de alpaca es una de las principales fuentes de sustento para más de un millón de personas en el Perú, siendo de mucha importancia para su economía por ser el principal productor de fibra. Teniendo en cuenta que dos de los factores importantes en la calidad de la fibra son su diámetro y su longitud, se analizaron los ESTs de la alpaca depositados en la base de datos del NCBI para identificar los genes relacionados a la síntesis de fibra y microsatélites que tendrían una función importante relacionada a su calidad. Se analizaron 7286 ESTs de piel de una alpaca del tipo huacaya, resultando en 2428 secuencias ensambladas o unigenes, posteriormente se realizó la búsqueda de homologías y la anotación de secuencias. Se identificaron 22 genes relacionados a la síntesis de la fibra (KRT10, KRT25, KRT31, KRT14, KRT15, KRT5, KRT78, KRT81, KRT85, KRTAP3-2, KRTAP10, KRTAP11-1, TNFSF12, sFRP4, RACK1, COL1A1, COL1A2, DAB2IP, GLI1, BMP1, BMP4 y CTNNB1) donde se observó 4 de estos con una alta expresión (TNFSF12, sFRP4, COL1A1 y COL1A2) y 10 genes poseen microsatélites (COL1A1, TNFSF12, DAB2IP, GLI1, BMP4, KRT81, KRT5, KRT15, KRT85 y KRTAP3-2). El presente estudio aporta la identificación de genes relacionados a la síntesis de fibra y marcadores EST-SSR con los cuales se pueden probar en la alpaca para establecer de forma experimental si estos genes tienen una relación con el diámetro.