Submitted by ALINE APARECIDA DEL'VESCOVO null (alinedelvescovo@yahoo.com.br) on 2016-03-11T17:46:30Z No. of bitstreams: 1 Defesa Oficial Aline Ap. Del Vescovo.pdf: 1253963 bytes, checksum: c4bb222d0eaddb9111ac9d6ffcf287e1 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-03-14T18:20:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 vescovo_aa_me_bot.pdf: 1253963 bytes, checksum: c4bb222d0eaddb9111ac9d6ffcf287e1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-14T18:20:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vescovo_aa_me_bot.pdf: 1253963 bytes, checksum: c4bb222d0eaddb9111ac9d6ffcf287e1 (MD5) Previous issue date: 2016-02-22 / Os Astrocitomas são tumores de Sistema Nervoso Central (SNC) caracterizado, quanto à sua nomenclatura e grau de malignidade, conforme seu tipo histológico e seu potencial proliferativo, presença de necrose e invasão cortical. Os interferons (IFNs) foram inicialmente associados à resposta antiviral, contudo, estudos posteriores evidenciaram o envolvimento dessas citocinas na regulação do crescimento celular e no efeito imunomodulatório. A Interleucina 28B (IL28B), membro da família dos IFNs do tipo III, parece estar envolvida na resposta imune antiviral e antitumoral. Sendo assim, o objetivo do presente estudo foi avaliar a frequência de variações genéticas em IL28B em pacientes acometidos por Astrocitomas. Cinquenta e sete pacientes tratados pelo serviço de Neurocirurgia da UNESP de Botucatu/SP foram incluídos neste estudo. A análise do polimorfismo rs12979860 C/T não teve significância estatística quando comparou-se a frequência genotípica da população brasileira em relação a presente casuística. Foi descrito a detecção de novas variações genéticas (missense e silent) no gene IL28B ao comparar com a sequência referência disponível em banco de dados (NCBI). Estes dados sugerem uma importante relação destas variações genéticas em relação a estrutura e função das proteínas envolvidas, entretanto um estudo mais aprofundado das consequências dessas alterações na gênese e/ou progressão dos astrocitomas devem ser considerado. / The astrocytomas are tumors of the central nervous system (CNS) characterized as to its nomenclature and degree of malignancy, according to their histological type and their proliferative potential, presence of necrosis and cortical invasion. Interferons (IFNs) were originally associated with the antiviral response, however, subsequent studies revealed the involvement of these cytokines in the regulation of cell growth and immunomodulatory effect. Interleukin 28B (IL28B), member of the family of IFNs type III appears to be involved in the antiviral and anti-tumor immune response. Thus, the aim of this study was to evaluate the frequency of genetic variation in IL28B in patients suffering from astrocytomas. Fifty-seven patients treated by our service at UNESP in Botucatu / SP were included in this study. Rs12979860 C / T polymorphism analysis was not statistically significant when compared to genotypic frequency of the population in relation to this study. It described the detection of new genetic variants (missense and silent) in IL28B gene to compare with the reference sequence available in the database (NCBI). These data suggest an important relationship between these genetic variations regarding the structure and function of the proteins involved, however further study of the consequences of these changes in the genesis and / or progression of astrocytomas should be considered.

Orientador: Adriana Camargo Ferrasi / Resumo: Os Astrocitomas são tumores de Sistema Nervoso Central (SNC) caracterizado, quanto à sua nomenclatura e grau de malignidade, conforme seu tipo histológico e seu potencial proliferativo, presença de necrose e invasão cortical. Os interferons (IFNs) foram inicialmente associados à resposta antiviral, contudo, estudos posteriores evidenciaram o envolvimento dessas citocinas na regulação do crescimento celular e no efeito imunomodulatório. A Interleucina 28B (IL28B), membro da família dos IFNs do tipo III, parece estar envolvida na resposta imune antiviral e antitumoral. Sendo assim, o objetivo do presente estudo foi avaliar a frequência de variações genéticas em IL28B em pacientes acometidos por Astrocitomas. Cinquenta e sete pacientes tratados pelo serviço de Neurocirurgia da UNESP de Botucatu/SP foram incluídos neste estudo. A análise do polimorfismo rs12979860 C/T não teve significância estatística quando comparou-se a frequência genotípica da população brasileira em relação a presente casuística. Foi descrito a detecção de novas variações genéticas (missense e silent) no gene IL28B ao comparar com a sequência referência disponível em banco de dados (NCBI). Estes dados sugerem uma importante relação destas variações genéticas em relação a estrutura e função das proteínas envolvidas, entretanto um estudo mais aprofundado das consequências dessas alterações na gênese e/ou progressão dos astrocitomas devem ser considerado. / Abstract: The astrocytomas are tumors of the central nervous system (CNS) characterized as to its nomenclature and degree of malignancy, according to their histological type and their proliferative potential, presence of necrosis and cortical invasion. Interferons (IFNs) were originally associated with the antiviral response, however, subsequent studies revealed the involvement of these cytokines in the regulation of cell growth and immunomodulatory effect. Interleukin 28B (IL28B), member of the family of IFNs type III appears to be involved in the antiviral and anti-tumor immune response. Thus, the aim of this study was to evaluate the frequency of genetic variation in IL28B in patients suffering from astrocytomas. Fifty-seven patients treated by our service at UNESP in Botucatu / SP were included in this study. Rs12979860 C / T polymorphism analysis was not statistically significant when compared to genotypic frequency of the population in relation to this study. It described the detection of new genetic variants (missense and silent) in IL28B gene to compare with the reference sequence available in the database (NCBI). These data suggest an important relationship between these genetic variations regarding the structure and function of the proteins involved, however further study of the consequences of these changes in the genesis and / or progression of astrocytomas should be considered. / Mestre

El paper de la proteasa NS3/4A de l'hepatitis C (VHC) en el bloqueig de la via de senyalització implicada en la producció dels interferons alfa/beta (IFN-α/β) suggereix una relació entre l'activitat proteolítica de la NS3/4A i la resposta a la teràpia basada en IFN. Per identificar els factors virals associats a la resposta al tractament contra el VHC, es va analitzar la composició de les quasiespècies de la proteasa NS3/4A, de 56 mostres basals, provinents de pacients coinfectats amb el VHC de genotip 1 i el VIH de tipus 1, tractats a la nostra unitat clínica amb IFN pegilat (pegIFN) més ribavirina (RBV). L'eficiència catalítica de la quasiespècie dominant (és a dir, la més abundant) va ser assajada davant el punt de tall Cardif i es va correlacionar amb els resultats obtinguts del tractament. Un total de 1.745 clons es van aïllar i seqüenciar. L’heterogeneïtat de les quasiespècies i valors de l'entropia de Shannon, ambdós magnituds expressades en nucleòtids, van resultar significativament menors, entre el grup de pacients que van obtenir la resposta al tractament (P < 0,05). També, es va trobar una correlació entre l'eficàcia catalítica de la proteasa NS3/4A davant de Cardif i la resposta al tractament. Les proteases de pacients responedors eren més eficients en el processament de Cardif (error ± estàndard de la mitjana [SEM], 0,8960 ±0,05568, n = 19) que les proteases originàries dels no responedors (mitjana ± SEM, 0,7269 ± 0,05306, n = 37, p < 0,05). Finalment, la distància genètica expressada en aminoàcids, va ser significativament menor entre els pacients amb l’al · lel de risc interleucina-28B (IL- 28B) (P <0,01), el que suggereix que els portadors de l'al · lel de risc IL28B exerceixen una menor pressió de selecció positiva sobre la proteasa NS3/4A. Eficiència de la proteasa NS3/4A, en processar Cardif pot estar associada amb la resposta al tractament pegIFN-RBV, com es mostra en la nostra cohort de pacients coinfectats VHC-VIH. Una major heterogeneïtat de la proteasa NS3/4A en nucleòtids i valors més alts de l'entropia de Shannon, també en nucleòtids, en pacients que no responen al tractament, suggereix que una menor complexitat de les quasiespècies del VHC pot afavorir una millor resposta a pegIFN-RBV. / The role of the hepatitis C virus (HCV) NS3/4A protease in ablating the signaling pathway involved in the production of alpha/beta interferon (IFN-­‐α/β) suggests a relationship between NS3/4A proteolytic activity and a patient’s response to IFN-­‐ based therapy. To identify viral factors associated with the HCV treatment response, we analyzed the pretreatment NS3/4A protease gene quasispecies composition of 56 HCV genotype 1–HIV-­‐1-­‐coinfected patients treated in our clinic with pegylated IFN (pegIFN) plus ribavirin (RBV). The catalytic efficiency of the dominant (i.e., the most abundant) quasispecies was also assayed for Cardif cleavage and correlated with treatment outcome. A total of 1,745 clones were isolated and sequenced. Significantly less nucleotide quasispecies heterogeneity and lower Shannon entropy values were detected within the responder group (P < 0.05). A correlation was also found between the efficiency of NS3/4A protease Cardif cleavage and therapy outcome. Proteases from sustained responder patients were more efficient at processing Cardif (mean standard error of the mean [SEM], 0.8960 ± 0.05568; n = 19) than proteases from nonresponders (mean ± SEM, 0.7269 ± 0.05306; n = 37; P < 0.05). Finally, the amino acid p distance (the proportion [p] of nucleotide sites at which two sequences being compared are different) was significantly shorter in patients with an interleukin-­‐28B (IL-­‐28B) risk allele (P < 0.01), suggesting that IL-­‐28B risk allele carriers exert a lower positive selection pressure on the NS3/4A protease. NS3/4A protease efficiency in cleaving Cardif may be associated with the pegIFN-­‐RBV treatment response, as shown in our cohort of HIV-­‐HCVcoinfected patients. Greater NS3/4A nucleotide heterogeneity and higher Shannon entropy values in nonresponders suggest that less HCV quasispecies complexity may favor a better response to pegIFN-­‐RBV.

Submitted by Cristiane Chim (cristiane.chim@ucpel.edu.br) on 2018-09-12T13:07:29Z No. of bitstreams: 1 Elza Cristina Miranda da Cunha.pdf: 2120613 bytes, checksum: 826a1788c1b8767323bb311695b02224 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-12T13:07:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Elza Cristina Miranda da Cunha.pdf: 2120613 bytes, checksum: 826a1788c1b8767323bb311695b02224 (MD5) Previous issue date: 2018-03-26 / Chronic Hepatitis C (CHC) is a worrisome public health problem that can lead the infected patient to liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma. Treatment of Hepatitis C virus (HCV) in Brazil in monoinfected patients is provided according to the degree of fibrosis and genotype of the virus. It is an expensive treatment and in some situations presents important side effects. The objective of this work is to evaluate the patients before and during treatment with Peginterferon and Ribavirin and is divided into three articles. The first article was a transversal study evaluated noninvasive tests (APRI, FIB-4 and GPR) in relation to liver biopsy to evaluate liver fibrosis according to the viral genotypes in 94 patients in the pre-treatment. The APRI concordance for liver biopsy for advanced fibrosis presented AUROC = 0.67 (95% CI 0.55-0.79). The GPR index represents an AUROC = 0.59 (95% CI 0.46-0.73) for advanced fibrosis, whereas the FIB-4 represents an AUROC = 0.69 (95% CI 0.58-0.80) for advanced fibrosis. No significant difference was found when compared the three tests used (p = 0.306). Moreover, when evaluated the tests in relation to the viral genotypes, we found only statistical difference for GPR (P = 0.006), with better accuracy for genotype 2-3. The second article was a Coorte Study evaluated in 136 patients the influence of sociodemographic factors on hematological parameters during the first 12 weeks of treatment. Men had higher hemoglobin levels along the treatment (p = 0.001), while older patients (p = 0.012) and non-Caucasians (p = 0.008) had lower values. Platelet levels decreased in the elderly (p = 0.007) and men (p = 0.001) along the treatment. In conclusion, social factors such as sex, age and ethnicity showed a greater impact on the hematological variables during CHC treatment. The third article was a Coorte study evaluated the association between major depression and depressive symptoms and the rs12979860 polymorphism (SNP) in the IL28B gene during the first 12 weeks of treatment in 90 patients. There was no statistically significant relationship with depression in the pre-treatment and during the treatment. However, regarding the symptoms, there was an association of the T-allele with risk for irritability (p = 0.021) and a trendy for loss of appetite (p=0.072) and agitation (p=0.060). / A Hepatite C crônica (HCC) é um preocupante problema de saúde pública, podendo levar o paciente infectado à cirrose hepática e carcinoma hepatocelular. O tratamento do vírus da Hepatite C (HCV) no Brasil, em pacientes monoinfectados, é fornecido conforme o grau de fibrose e genótipo do virus. É um tratamento dispendioso e em algumas situações apresenta importantes paraefeitos. O presente trabalho avaliou pacientes infectados com HCV no pré e durante o tratamento com Peginterferon e Ribavirina e se divide em três partes, divididas por artigos. No primeiro artigo foi realizado em estudo transversal que avaliou testes não invasivos (APRI, FIB-4 e GPR) em relação à biópsia para avaliação de fibrose hepática avançada conforme os genótipos virais em 94 pacientes no pré-tratamento. A concordância do APRI em relação à biópsia hepática para fibrose avançada apresentou AUROC = 0,67 (IC 95% 0,55-0,79). O index GPR apresenta um AUROC = 0,59 (IC 95% 0,46-0,73) para fibrose avançada, enquanto a FIB-4 apresenta um AUROC = 0,69 (IC 95% 0,58-0,80) para fibrose avançada. Não houve diferença quando comparado os três métodos (p=0.306). Houve diferença entre os genótipos quando avaliado o GPR (p=0.006) com melhor acurácia relacionada ao genótipo 2 e 3. No segundo artigo foi realizado um estudo de coorte com 136 pacientes avaliando a influência de fatores sociodemograficos nos parâmetros hematológicos durante as primeiras 12 semanas de tratamento. Os homens apresentaram maiores valores de hemoglobina ao longo do tratamento (p = 0,001), enquanto os pacientes mais velhos (p = 0,012) e não caucasianos (p = 0,008) apresentam valores mais baixos. Os níveis de plaquetas reduziram nos pacientes idosos (p = 0,007) e homens (p = 0,001) ao longo do tratamento. Em conclusão, fatores sociais como sexo, idade e etnia, mostraram maior impacto nas variáveis hematológicas durante o tratamento da HCC. No terceiro artigo foi realizado um estudo de coorte que avaliou a associação entre a depressão maior e sintomas depressivos com o polimorfismo (SNP) rs12979860 no gene do IL28B durante as primeiras 12 semanas de tratamento em 90 pacientes. Não houve relação estatisticamente significativa com depressão no pré-tratamento, e ao longo do tratamento. Entretanto, em relação aos sintomas depressivos houve uma associação do alelo-T com maior risco de irritabilidade (p=0.021) e tendência para agitação (p=0.060) e perda do apetite (p=0.072).

L’Organització Mundial de la Salut (OMS) estima que fins a un 3% de la població mundial ha estat infectada pel virus de l’hepatitis C i és la causa més important d’hepatitis crònica, cirrosi i de malaltia hepàtica terminal, que finalment acaba conduint a un transplantament de fetge. La relació entre la variabilitat en la seqüència del virus de l’hepatitis C i el desenvolupament de la malaltia hepàtica és de tipus multifactorial. La infecció crònica causa fibrosi hepàtica, fet que es veu accelerat per mecanismes desconeguts en el cas de pacients coinfectats amb VIH. La progressió de la malaltia produïda pel VHC en pacients coinfectats, està influenciada no només per factors demogràfics, epidemiològics o pels antecedents clínics dels pacients, si no també per diferències genètiques entre els diferents virus i els hostes.