El paper de la proteasa NS3/4A de l'hepatitis C (VHC) en el bloqueig de la via de senyalització implicada en la producció dels interferons alfa/beta (IFN-α/β) suggereix una relació entre l'activitat proteolítica de la NS3/4A i la resposta a la teràpia basada en IFN. Per identificar els factors virals associats a la resposta al tractament contra el VHC, es va analitzar la composició de les quasiespècies de la proteasa NS3/4A, de 56 mostres basals, provinents de pacients coinfectats amb el VHC de genotip 1 i el VIH de tipus 1, tractats a la nostra unitat clínica amb IFN pegilat (pegIFN) més ribavirina (RBV). L'eficiència catalítica de la quasiespècie dominant (és a dir, la més abundant) va ser assajada davant el punt de tall Cardif i es va correlacionar amb els resultats obtinguts del tractament. Un total de 1.745 clons es van aïllar i seqüenciar. L’heterogeneïtat de les quasiespècies i valors de l'entropia de Shannon, ambdós magnituds expressades en nucleòtids, van resultar significativament menors, entre el grup de pacients que van obtenir la resposta al tractament (P < 0,05). També, es va trobar una correlació entre l'eficàcia catalítica de la proteasa NS3/4A davant de Cardif i la resposta al tractament. Les proteases de pacients responedors eren més eficients en el processament de Cardif (error ± estàndard de la mitjana [SEM], 0,8960 ±0,05568, n = 19) que les proteases originàries dels no responedors (mitjana ± SEM, 0,7269 ± 0,05306, n = 37, p < 0,05). Finalment, la distància genètica expressada en aminoàcids, va ser significativament menor entre els pacients amb l’al · lel de risc interleucina-28B (IL- 28B) (P <0,01), el que suggereix que els portadors de l'al · lel de risc IL28B exerceixen una menor pressió de selecció positiva sobre la proteasa NS3/4A. Eficiència de la proteasa NS3/4A, en processar Cardif pot estar associada amb la resposta al tractament pegIFN-RBV, com es mostra en la nostra cohort de pacients coinfectats VHC-VIH. Una major heterogeneïtat de la proteasa NS3/4A en nucleòtids i valors més alts de l'entropia de Shannon, també en nucleòtids, en pacients que no responen al tractament, suggereix que una menor complexitat de les quasiespècies del VHC pot afavorir una millor resposta a pegIFN-RBV. / The role of the hepatitis C virus (HCV) NS3/4A protease in ablating the signaling pathway involved in the production of alpha/beta interferon (IFN-­‐α/β) suggests a relationship between NS3/4A proteolytic activity and a patient’s response to IFN-­‐ based therapy. To identify viral factors associated with the HCV treatment response, we analyzed the pretreatment NS3/4A protease gene quasispecies composition of 56 HCV genotype 1–HIV-­‐1-­‐coinfected patients treated in our clinic with pegylated IFN (pegIFN) plus ribavirin (RBV). The catalytic efficiency of the dominant (i.e., the most abundant) quasispecies was also assayed for Cardif cleavage and correlated with treatment outcome. A total of 1,745 clones were isolated and sequenced. Significantly less nucleotide quasispecies heterogeneity and lower Shannon entropy values were detected within the responder group (P < 0.05). A correlation was also found between the efficiency of NS3/4A protease Cardif cleavage and therapy outcome. Proteases from sustained responder patients were more efficient at processing Cardif (mean standard error of the mean [SEM], 0.8960 ± 0.05568; n = 19) than proteases from nonresponders (mean ± SEM, 0.7269 ± 0.05306; n = 37; P < 0.05). Finally, the amino acid p distance (the proportion [p] of nucleotide sites at which two sequences being compared are different) was significantly shorter in patients with an interleukin-­‐28B (IL-­‐28B) risk allele (P < 0.01), suggesting that IL-­‐28B risk allele carriers exert a lower positive selection pressure on the NS3/4A protease. NS3/4A protease efficiency in cleaving Cardif may be associated with the pegIFN-­‐RBV treatment response, as shown in our cohort of HIV-­‐HCVcoinfected patients. Greater NS3/4A nucleotide heterogeneity and higher Shannon entropy values in nonresponders suggest that less HCV quasispecies complexity may favor a better response to pegIFN-­‐RBV.