University, Diss., 2003--Bremen.

Thesis (Ph. D.)--Oregon State University, 2007. / Printout. Includes bibliographical references. Also available on the World Wide Web.

Proefschrift Universiteit Maastricht. / Met bibliogr., lit. opg. - Met samenvatting in het Nederlands.

γ-aminobutyric acid is the major inhibitory neurotransmitter in the adult mammalian central nervous system (CNS) and may also play a neurotrophic role during CNS development. Diversification of GABA_A receptor mediated responses are in part a result ofvariation in subunit composition in the receptor complex. This variation arises both from the number of different subtypes of GABA_A receptor subunits (α1-6, β1-4, γ1-3, δ1, ρ1-3, ε, ρ), as well as from post-transcriptional processes such as RNA splicing. In this thesis, I have investigated the developmental onset of GABA_A receptor gene expression and the distribution and temporal expression of GABA_A receptor subunit mRNAs and 12 splice variants within the developing and adult murine CNS. Preliminary studies using S 1 nuclease protection analysis demonstrated that α1, β3 and γ2 were the predominant subtypes of GABA_A receptor subunits expressed at embryonic day 14 and in the adult murine CNS. In situ hybridisation analysis demonstrated overlapping but distinct spatial and temporal patterns of GABA_A subunit mRNA expression during postnatal development and in the adult murine CNS. Analysis of γ2 mRNA splice variants demonstrated that the γ2S transcript is the predominant γ2 mRNA expressed during latter stages of embryo genesis, while the γ2L transcript is the predominant γ2 isoform present inthe adult CNS. Since there is a 29 to 47 percent amino acid identity among the various GABA_A receptor subunits, I have also demonstrated through site-directed mutagenesis studies, that changes in a conserved amino acid in the cysteine loop of the bovine a 1 GABA_A receptor subunit resulted in a loss of agonist and antagonist binding (DI49N), while a change in a conserved amino acid in the M1 transmembrane domain of the bovine α1 GABA_A receptor subunit resulted in loss of agonist binding and reduction in the B_max and K_d for antagonist binding (P243A). 'These results are in contrast to the effect of identical mutations in the bovine β1 subunit and suggest that if the pentameric GABA_A receptor assembly is composed of (α1)2(β1)1(γ2)2, then changes in highly conserved amino acids in the α1 receptor subunit would have a greater distortion on the structure of the receptor complex.

Células de combustível microbianas despertaram interesse nos últimos anos devido à aplicação em tratamento de águas, biorremediação e geração de eletricidade. Um dos organismos que tem sido estudado a fundo para a aplicação em células de combustível microbianas é a Geobacter sulfurreducens. Esta espécie de Geobacter, que gera eletricidade pela oxidação de compostos, mostrou gerar uma quantidade significativa de energia devido a múltiplos mecanismos extracelulares de transferência de elétrons através de pilis ou citocromos do tipo C. Outra espécie de Geobacter que desperta grande interesse é a Geobacter metallireducens por ser capaz de oxidar compostos aromáticos e reduzir metais nocivos solúveis (até mesmo radioativos) à forma inofensiva insolúvel. Porém, o aumento na densidade de potência destes dispositivos é essencial para que sejam competitivos com outras fontes de energia renovável. Neste trabalho foi feito o estudo da melhor configuração visando a ausência de limitações catódicas para aumento da densidade de potência nas células, o que demostrou que medidas como diminuição do tamanho no ânodo, proximidade dos eletrodos e substituição do cátodo de oxigênio por ferricianeto melhoram a desempenho da célula. Também foram feitas comparações de densidade de potência em células de combustível microbianas de culturas puras de G. metalirreducens e G. sulfurreducens e uma cocultura das duas espécies. Essa comparação demonstrou que G. metallireducens além de poder ser utilizada para biorremediação apresenta uma densidade de potência elevada, podendo ser usada também como cultura pura em células de combustível microbianas, para a produção de eletricidade. Também se pode perceber uma relação direta entre a espessura do biofilme e a potência produzida nas três células. A espécie G. metallireducens demonstrou ainda ser útil na utilização de glicerol como fonte de carbono, podendo servir como espécie remediadora para este resíduo. / Microbial fuel cells aroused interest in recent years due to the application in water treatment, bioremediation and electricity generation. One of the microorganisms that has been studied thoroughly for application in microbial fuel cells is the Geobacter sulfurreducens. This specie of Geobacter, which generates electricity by oxidizing compounds, showed generate a significant amount of energy due to multiple mechanisms of extracellular electron transfer through Pilis or c type cytochromes. Another specie of Geobacter that arouses great interest is the Geobacter metallireducens by being able to oxidize aromatic compounds and soluble reducing harmful metals to insoluble harmless. However, the increased power density of these devices is essential to be competitive with other renewable energy sources. This present work studied the best configuration aiming the absence of cathodic limitations to increasing power density of the cells. Measurements have shown that reduced anode size, location of the electrodes and replacement of oxygen by ferricyanide, improves the performance of the cells. Comparisons of power density between pure cultures of G. sulfurreducens and G. metalirreducens and a coculture of the two species were also made. This comparison showed that G. metallireducens can be used for bioremediation and also in a microbial fuel cell to produce electricity due the high power density produced. Direct relationships between the thickness of the biofilm and the power produced in the three cells have been notice. The specie G. metallireducens also showed to use glycerol as a carbon source, which may be an alternative for glycerol consumption.

Made available in DSpace on 2015-12-06T22:55:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Ministério da Educação, Ciência e Tecnologia da Coreia do Sul (MEST) / Governo da província de Gyeonggi da Coreia do Sul / Instituto Coreano de Informação Científica e Tecnológica (KISTI) / Crescentes evidências mostram que a organização espacial da transcrição é um fator epigenético importante na regulação gênica em eucariotos. Em células de mamíferos, os genes são transcritos em estruturas nucleares discretas conhecidas como fábricas de transcrição, e genes com funções relacionadas e co-regulados compartilham as mesmas fábricas de transcrição. Plasmodium falciparum apresenta um padrão de expressão gênica bastante complexo durante o ciclo eritrocítico, contrastando paradoxalmente com o baixo número de putativos fatores de transcrição codificados pelo seu genoma. Por outro lado, mecanismos epigenéticos são importantes na regulação gênica neste parasita. Nesta tese, investigamos a organização da transcrição em P. falciparum visando determinar se a organização nuclear está relacionada com a expressão/regulação gênica ao longo do desenvolvimento do parasita. Com este objetivo, marcamos transcritos nascentes com BrUTP em formas eritrocíticas de P. falciparum. Assim como em mamíferos, a transcrição no parasita também está organizada em focos nucleoplásmicos discretos, chamados fábricas de transcrição. Análises automatizadas de imagens em 3D mostram que o número e a intensidade das fábricas de transcrição variam durante o ciclo eritrocítico, estando correlacionados com o número de genes expressos em cada estágio, mas não com o volume nuclear. O baixo número de fábricas indica que os genes ativos compartilham as fábricas enquanto estão sendo transcritos. Surpreendentemente, as fábricas são espacilamente redistribuídas durante o desenvolvimento de anéis para trofozoítas, com a periferia nuclear sendo a zona de transcrição favorita nos anéis, enquanto nos trofozoítas as fábricas estão igualmente distribuídas por todo o nucleoplasma. Também observamos que a transcrição por RNA polimerase I ocorre principalmente nas áreas centrais dos núcleos em trofozoítas, sugerindo que os componentes nucleolares podem ser dispersos devido à entrada na fase S. Assim como nos eucariotos superiores, as fábricas de transcrição em P. falciparum também se localizam em áreas nucleares com baixa densidade de cromatina. Análises de imunofluorescência combinando incorporação de BrUTP com marcadores nucleares mostram que as fábricas de transcrição formam um compartimento exclusivo, diferente do compartimento de silenciamento definido por PfSir2A ou do compartimento de cromatina ativa definido por H4ac ou H3K79me3. Para estudar a organização espacial da cromatina e entender como os genes co-regulados interagem com as fábricas de transcrição, decidimos realizar ensaios de hibridização fluorescente in situ (fluorescence in situ hybridization, FISH). Durante a realização de ensaios de FISH seguindo protocolos publicados, observamos uma grande variação na morfologia nuclear dos parasitas, o que nos moveu a otimizar esta técnica. Utilizando análises automatizadas de imagens, mostramos que os parasitas desidratados por secagem ao ar e fixados por curtos períodos de tempo à temperatura ambiente apresentam uma variação intra-populacional maior em relação à forma e ao volume nucleares após o ensaio de FISH, assim como valores de volume quase duas vezes maiores, do que núcleos de parasitas fixados em suspensão por longos períodos de tempo e em baixas temperaturas. Também observamos que a fixação em suspensão leva a uma melhor conservação da estrutura nuclear, e índices de colocalização mais altos para duas sondas de repetições adjacentes das extremidades cromossômicas, Rep20 e telômeros. Em resumo, nossos resultados mostram que o tipo de protocolo de fixação utilizado antes da realização do desenvolvimento de FISH é um fator crucial para a conservação apropriada da arquitetura nuclear. / Growing evidence points that transcription spatial organization is an important epigenetic factor for eukaryotes gene regulation. In mammalian cells, genes are transcribed in discrete nuclear structures known as transcription factories, and developmentally co-regulated, functionally related genes have been shown to share factories. Plasmodium falciparum shows a remarkably complex pattern of gene expression during the erythrocytic cycle, paradoxically contrasting with the low number of putative transcription factors encoded by its genome. However, epigenetic mechanisms are important for gene regulation in this parasite. In this thesis, we investigated transcription organization of P. falciparum in order to determine if nuclear architecture is related with developmentally regulated gene expression. To this aim, we have labeled nascent transcrips with BrUTP in P. falciparum erythrocytic forms. Transcription in organized in discrete nuceloplasmic foci, the transcription factories. Automated 3D analysis of confocal images shows the number and intensity of transcription factories change during the erythrocytic cycle, correlating with the number of genes expressed at each stage but not with the nuclear volume. The low number of factories indicates that active genes share factories while being transcribed. Unexpectedly, factories spatially redistribute from ring to trophozoites, being the nuclear periphery the preferential transcription zone in rings while in trophozoites factories are equally distributed throughout the nucleoplasm. We also observed that RNApolymerase I transcription occurs mostly at central nuclear areas in trophozoites, suggesting that nucleolar components may be dispersed upon S phase transition. Like in higher eukaryotes, in P. falciparum transcription factories occur on nuclear areas with low chromatin density. Immunofluorescence analysis of P. falciparum nuclear markers combined with BrUTP incorporation show that transcription factories are a novel and exclusive nuclear compartment, different from the silent compartment defined by PfSir2A or the active chromatin compartment defined by H4ac and H3K79me3. In order to study the spatial organization of chromatin, and how co-regulated, functionally related genes interact with transcription factories, we decided to perform fluorescence in situ hybridization (FISH). While performing FISH with published protocols, we observed great variation in the parasite nuclear morphology, prompting us to optimize this technique. Using automated image analysis, we show that parasites dehydrated by air-drying and fixed for short periods at room temperature present after FISH higher intra-population variation of nuclear shape and volume, as well as almost two-times higher relative volume values, than parasite nuclei fixed in suspension for long periods at low temperatures. We also observe that longer fixation in suspension leads to improved conservation of the nuclear structure, with chromosome end clusters preferentially locating at the nuclear periphery, and higher colocalization indexes for two adjacent chromosome end probes, Rep20 and telomere. Overall, our results show that the type of fixation protocol applied prior to FISH is crucial for the conservation of nuclear architecture. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Neste trabalho foi estudada a síntese de nanocompósitos de polietileno com crisotila original ou modificada. A crisotila foi tratada por três métodos distintos: Método A – aquecimento a 800 °C; Método B – lixiviação pela adição de ácido clorídrico 3 mol/L; Método C – lixiviação com ácido clorídrico 0,1 mol/L. As crisotilas foram caracterizadas por MEV-EDS, MET, DRX e DRIFTS. Após o tratamento térmico da crisotila a 800 °C, sua estrutura tornou-se totalmente disforme e aglomerada. Isto é justificado pela perda dos grupos OH de sua superfície. No método B, ocorreu à eliminação da camada de brucita pelo lixiviamento ácido, transformando a crisotila em uma sílica amorfa. No método C, observou-se uma estrutura de nanotubos similar ao da crisotila pura, indicando poucas alterações após o tratamento com ácido diluído. Os nanocompósitos sintetizados via polimerização in situ foram obtidos em todos os métodos estudados. Estas polimerizações apresentaram boas atividades catalíticas e as temperaturas de degradação dos nanocompósitos foram próximas ou superiores ao do polietileno puro. As imagens de MEV mostraram que os polímeros sintetizados ficaram mais fibrosos com a adição de crisotila. Através das micrografias de MET observou-se uma boa dispersão da nanocarga na matriz polimérica em nanocompósitos obtidos por uso de catalisador suportado. / In this work was studied the synthesis of polyethylene/chrysotile nanocomposites obtained with neat or modified chrysotile. The chrysotile was treated by three different methods: Method A - heating till 800 ° C; Method B – treated with hydrochloric acid 3 mol/L; Method C - treated with hydrochloric acid 0.1 mol/L. The treated chrysotiles were characterized by SEM-EDS, TEM, XRD and DRIFTS. The thermal treatment of the chrysotile at 800 °C, produced a shapeless and aggregated material obtained by the loss of OH groups. In method B, the brucite layer was removed by the concentrated acid, transforming chrysotile into amorphous silica. In the method C, verified a structure similar to the nanotubes of neat chrysotile, indicating little change after less concentrated acid treatment. The nanocomposites synthesized via in situ polymerization were obtained in all methods. These polymerizations showed good catalytic activities and the nanocomposites obtained higher degradation temperature than pure polyethylene. SEM images showed that the polymers became more fibrous with the addition of chrysotile. By the TEM micrographs it was observed a good dispersion of nanoparticles in the polymer matrix in nanocomposites by using supported catalyst.

AMORIM, Marcelo Queiroz. Desenvolvimento de mecanismo sulcador associado ao processo de semeadura e características agronômicas em função do método de semeadura e velocidade. 2017. 201 f. Dissertação (Mestrado em Engenharia Agrícola)-Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by Anderson Silva Pereira (anderson.pereiraaa@gmail.com) on 2017-06-09T19:01:32Z No. of bitstreams: 1 2017_dis_mqamorim.pdf: 4995068 bytes, checksum: 7269ae733b1f740380d5342d408bb03d (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2017-06-16T21:39:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_dis_mqamorim.pdf: 4995068 bytes, checksum: 7269ae733b1f740380d5342d408bb03d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-16T21:39:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_dis_mqamorim.pdf: 4995068 bytes, checksum: 7269ae733b1f740380d5342d408bb03d (MD5) Previous issue date: 2017 / The Brazilian semiarid can be characterized by irregular rainfall in time and space, evapotranspirometric rates high, shallow soils with low fertility and water retention capacity, being necessary methods adequacy to water retention in the soil. In all methods of the tillage to rainwater captation in situ the seeding is realized in moment distinct tillage. The objective of this study was to evaluate the energy and operational performance of the tractor-seed equipped with furrow mechanics, evaluation sowing quality, formation of the ridge and sowing in a single operation, cultural with performanceand soil physical attributes and maize productivity as a function of two sowing sites and three speeds in the Northeast region. The experiment was installed at the Federal University of Ceará, Pici Campus. For the energetic and operational performance, quality sowing process and cultural evaluation of maize, the experimental in factorial design(2x3) + 3, two sowing sites (above the ridge and inside the groove), three speeds (5.5, 7.5 and 9.5 km h -1 ) and three controls (conventional sowing at speeds 5.5, 7.5 and 9.5 km h-1 ), with four replications. For the physical attribute of the soil, the experimental was factorial design (2x2x3), two site sowing (above the ridge and inside the groove), two periods (15 and120 days after sowing) and three speeds (5.5, 7.5 and 9.5 km h-1 , with four replications. The data of energy and operational performance, sowing quality, crop production and soil physical attributes were submitted to analysis of variance and to the means test. In the factorial comparison with the controls, the Dunnet test (p<0.05) was used. For process quality formation groove-ridge the data was evaluation of the Statistical Control Quality (SCQ). The seeding within the furrow presented better energy and operational performance, and higher corn productivity was observed for sowing on top of the ridge. / O semiárido brasileiro pode ser caracterizado por precipitação pluviométrica irregular, elevadas taxas evapotranspirométricas, solos rasos com baixa fertilidade e baixa capacidade de retenção de água, sendo necessários métodos adequados para retenção de água no solo. Em todos os métodos de preparo do solo para captação da água da chuva in situ a semeadura é realizada em momento distinto ao preparo. Portanto, objetivou-se com esse trabalho avaliar o desempenho energético e operacional de um conjunto tratorsemeadora equipadas com mecanismo sulcadores, avaliar qualidade de semeadura, qualidade da abertura do sulco e formação do camalhão, desempenho da cultura milho e atributos físicos do solo. O experimento foi instalado na Universidade Federal do Ceará, Campus do Pici. Para o desempenho energético e operacional, qualidade do processo de semeadura e avaliação cultural do milho, o delineamento experimental em esquema fatorial (2x3) + 3, dois locais de semeadura (em cima do camalhão e dentro do sulco), três velocidades (5,5; 7,5; e 9,5 km h-1 ) e três testemunhas (Semeadura convencional nas velocidades 5,5; 7,5; e 9,5 km h-1 ), com 4 repetições. Para os atributos físicos do solo, o delineamento experimental foi em esquema fatorial (2x2x3), dois locais de semeadura (em cima do camalhão e dentro do sulco), dois períodos (15 e 120 dias após a semeadura) e três velocidades (5,5; 7,5; e 9,5 km h-1 ), com 4 repetições. Os dados de desempenho energético e operacional, qualidade de semeadura, produção da cultura e atributos físicos do solo foram submetidos à análise de variância e a teste de médias. Na comparação do fatorial com as testemunhas foi utilizado o Teste de Dunnett (p<0,05). Para qualidade do processo de formação do sulco-camalhão os dados foram avaliados peloControle Estatístico de Qualidade (CEQ). A semeadura dentro do sulco apresentou melhor desempenho energético e operacional, sendo que, maior produtividade do milho foi observada para semeadura em cima do camalhão.

Células de combustível microbianas despertaram interesse nos últimos anos devido à aplicação em tratamento de águas, biorremediação e geração de eletricidade. Um dos organismos que tem sido estudado a fundo para a aplicação em células de combustível microbianas é a Geobacter sulfurreducens. Esta espécie de Geobacter, que gera eletricidade pela oxidação de compostos, mostrou gerar uma quantidade significativa de energia devido a múltiplos mecanismos extracelulares de transferência de elétrons através de pilis ou citocromos do tipo C. Outra espécie de Geobacter que desperta grande interesse é a Geobacter metallireducens por ser capaz de oxidar compostos aromáticos e reduzir metais nocivos solúveis (até mesmo radioativos) à forma inofensiva insolúvel. Porém, o aumento na densidade de potência destes dispositivos é essencial para que sejam competitivos com outras fontes de energia renovável. Neste trabalho foi feito o estudo da melhor configuração visando a ausência de limitações catódicas para aumento da densidade de potência nas células, o que demostrou que medidas como diminuição do tamanho no ânodo, proximidade dos eletrodos e substituição do cátodo de oxigênio por ferricianeto melhoram a desempenho da célula. Também foram feitas comparações de densidade de potência em células de combustível microbianas de culturas puras de G. metalirreducens e G. sulfurreducens e uma cocultura das duas espécies. Essa comparação demonstrou que G. metallireducens além de poder ser utilizada para biorremediação apresenta uma densidade de potência elevada, podendo ser usada também como cultura pura em células de combustível microbianas, para a produção de eletricidade. Também se pode perceber uma relação direta entre a espessura do biofilme e a potência produzida nas três células. A espécie G. metallireducens demonstrou ainda ser útil na utilização de glicerol como fonte de carbono, podendo servir como espécie remediadora para este resíduo. / Microbial fuel cells aroused interest in recent years due to the application in water treatment, bioremediation and electricity generation. One of the microorganisms that has been studied thoroughly for application in microbial fuel cells is the Geobacter sulfurreducens. This specie of Geobacter, which generates electricity by oxidizing compounds, showed generate a significant amount of energy due to multiple mechanisms of extracellular electron transfer through Pilis or c type cytochromes. Another specie of Geobacter that arouses great interest is the Geobacter metallireducens by being able to oxidize aromatic compounds and soluble reducing harmful metals to insoluble harmless. However, the increased power density of these devices is essential to be competitive with other renewable energy sources. This present work studied the best configuration aiming the absence of cathodic limitations to increasing power density of the cells. Measurements have shown that reduced anode size, location of the electrodes and replacement of oxygen by ferricyanide, improves the performance of the cells. Comparisons of power density between pure cultures of G. sulfurreducens and G. metalirreducens and a coculture of the two species were also made. This comparison showed that G. metallireducens can be used for bioremediation and also in a microbial fuel cell to produce electricity due the high power density produced. Direct relationships between the thickness of the biofilm and the power produced in the three cells have been notice. The specie G. metallireducens also showed to use glycerol as a carbon source, which may be an alternative for glycerol consumption.

<b>Introduction:</b> Almost 7,000 people are diagnosed with ductal carcinoma in situ (DCIS) in the United Kingdom each year, but there remains uncertainty regarding its natural history and optimal management. The aim of this thesis was to evaluate factors contributing to the epidemiology of DCIS and its outcomes. <b>Methods:</b> 1) A cohort study comparing risk factors for DCIS and invasive breast cancer (IBC) using UK Biobank; 2) A cohort study examining the accuracy of preoperative biopsy in DCIS using clinical records from the Netherlands Cancer Institute; 3) A cohort study examining the rate of invasive breast cancer following treatment for screen-detected DCIS in England using the National Health Service Breast Screening Programme (NHSBSP) audit; 4) A methodological study to develop an algorithm to identify invasive breast cancer recurrences, which in the future may used to identify DCIS recurrences, using all relevant routinely collected data stored within Public Health England (PHE). <b>Results:</b> (1) For both DCIS and IBC, postmenopausal BMI was associated with an increased risk of developing disease, and the number of live births was associated with a decreased risk of developing disease. However, the magnitude of the effect differed between DCIS and IBC. The increased risk from postmenopausal BMI &GE;35 kg/m² was larger for DCIS than for IBC (RR 2.35, 95% CI 1.14-4.82), and the trend of reduction in risk with each additional live birth was greater for DCIS than for IBC (p for trend = 0.03). (2) Consideration of mammographic lesion size and the absence of necrosis on biopsy may be helpful in selecting low-risk women for non-operative management of DCIS in the future, as may use of the 9G vacuum-assisted method of biopsy. (3) The cumulative risks of IBC at 5, 10 and 15 years after screen-detected DCIS in England were 3.5%, 7.1%, and 9.4% respectively. Women with clear surgical margins of 1-2 mm had a higher IBC rate than women with clear margins of 5+ mm (RR 1.85, 95% CI 1.20-2.84). Women given breast-conserving surgery (BCS) without radiotherapy had a higher ipsilateral IBC rate than women given BCS with radiotherapy (RR 1.63, 95% CI 1.27-2.10). Women given hormone therapy had a lower rate of any IBC compared with oestrogen receptor (ER) positive women not given hormone therapy (RR 0.76, 95% CI 0.63-0.93). (4) There was good agreement between the number of recurrences indicated by the developed algorithm using routinely collected data sources and the number of recurrences recorded in the test dataset. This finding supports the potential value of compiling recurrence information on a nationwide basis from routinely collected data, for use in future descriptive and epidemiological studies and in follow-up for randomised trials. <b>Conclusions:</b> Using a variety of methods these studies have all succeeded in adding to knowledge about the epidemiology of DCIS. This knowledge can be used to help the future management of women with DCIS. In addition, each of the studies has planned extensions and will continue to contribute further knowledge periodically into the future.