O gênero Phytomonas compreende parasitas cosmopolitas de plantas transmitidos por hemípteros. Não há estudos recentes sobre a taxonomia de Phytomonas e apenas duas espécies foram filogeneticamente validadas: P. serpens e P. françai. Até o momento 6 - 11 grupos (A-K) constituem esse gênero, dependendo do marcador molecular. O principal objetivo deste estudo foi caracterizar uma grande amostragem de isolados de Phytomonas de plantas e hemípteros com inferências filogenéticas de sequências de SSUrDNA, gGAPDH e ITSrDNA. Foi confirmado a subdivisão em 7 clados: Grupo A - 59 isolados de látex e insetos (Coreidae) de diferentes países. Grupo B - 7 isolados de látex e insetos (Scutelleridae e Pentatomidae) do Brasil e Suriname. Grupo C - 4 isolados de látex da Espanha. Grupo D - 11 isolados de Euphorbiaceae e Coreidae de diferentes países. Grupo E - 16 isolados de Solanaceae e Pentatomidae do Brasil. Grupo F - restrito a P. françai do Brasil. Grupo H - isolados de floema da América do Sul. Os resultados permitiram identificar candidatos a novas espécies de Phytomonas. / The Phytomonas genus is comprised by cosmopolitan plant´s parasites and is transmitted by Hemiptera. There are no recent studies based on the taxonomy of Phytomonas and only two species were phylogenetically validated: P. serpens and P. françai. To date this genus is constitute by 6 - 11 groups (A-K), depending on the molecular marker. The aim of this study was to characterize large samples of Phytomonas isolated from plants and Hemiptera throught phylogenetic inferences sequences SSUrDNA, gGAPDH and ITSrDNA. 7 Subclades was confirmed: Group A - 59 isolates of latex and insects (Coreidae) from different countries. Group B - 7 isolates of latex and insects (Scutelleridae and Pentatomidae) from Brazil and Suriname. Group C - 4 isolates of Spain latex. Group D - 11 isolates of Euphorbiaceae and Coreidae from different countries. Group E - 16 isolates of Solanaceae and Pentatomidae from Brazil. Group F - restricted to Brazilian P. françai isolates. Group H - Isolates of phloem from South America. Our results shown possible candidates for new species of Phytomonas.

O gênero Phytomonas compreende parasitas cosmopolitas de plantas transmitidos por hemípteros. Não há estudos recentes sobre a taxonomia de Phytomonas e apenas duas espécies foram filogeneticamente validadas: P. serpens e P. françai. Até o momento 6 - 11 grupos (A-K) constituem esse gênero, dependendo do marcador molecular. O principal objetivo deste estudo foi caracterizar uma grande amostragem de isolados de Phytomonas de plantas e hemípteros com inferências filogenéticas de sequências de SSUrDNA, gGAPDH e ITSrDNA. Foi confirmado a subdivisão em 7 clados: Grupo A - 59 isolados de látex e insetos (Coreidae) de diferentes países. Grupo B - 7 isolados de látex e insetos (Scutelleridae e Pentatomidae) do Brasil e Suriname. Grupo C - 4 isolados de látex da Espanha. Grupo D - 11 isolados de Euphorbiaceae e Coreidae de diferentes países. Grupo E - 16 isolados de Solanaceae e Pentatomidae do Brasil. Grupo F - restrito a P. françai do Brasil. Grupo H - isolados de floema da América do Sul. Os resultados permitiram identificar candidatos a novas espécies de Phytomonas. / The Phytomonas genus is comprised by cosmopolitan plant´s parasites and is transmitted by Hemiptera. There are no recent studies based on the taxonomy of Phytomonas and only two species were phylogenetically validated: P. serpens and P. françai. To date this genus is constitute by 6 - 11 groups (A-K), depending on the molecular marker. The aim of this study was to characterize large samples of Phytomonas isolated from plants and Hemiptera throught phylogenetic inferences sequences SSUrDNA, gGAPDH and ITSrDNA. 7 Subclades was confirmed: Group A - 59 isolates of latex and insects (Coreidae) from different countries. Group B - 7 isolates of latex and insects (Scutelleridae and Pentatomidae) from Brazil and Suriname. Group C - 4 isolates of Spain latex. Group D - 11 isolates of Euphorbiaceae and Coreidae from different countries. Group E - 16 isolates of Solanaceae and Pentatomidae from Brazil. Group F - restricted to Brazilian P. françai isolates. Group H - Isolates of phloem from South America. Our results shown possible candidates for new species of Phytomonas.

A subfamília Leishmaniinae compreende espécies de tripanossomatídeos dos gêneros Crithidia, Leptomonas, Endotrypanum e Leishmania. O objetivo deste estudo foi caracterizar isolados da subfamília Leishmaniinae através de DNA Barcoding e inferir suas relações filogenéticas utilizando os genes SSUrDNA, gGAPDH, CATB, HSP70 e ITS1rDNA como marcadores genéticos. As espécies estudadas foram segregadas em dois clados principais, um formado por Endotrypanum-Leishmania e genótipos de L. costarricensis posicionados como clado basal. E outro clado que contém espécies monoxênicas as quais foram separados em diferentes subclados (Crithidia, Leptomonas, Lotmaria, Termófilo e três subclados homogêneos representados por C. inconstans, C. acanthocephali e isolados de Rondônia). No gênero Leishmania as análises posicionaram as espécies pouco estudadas do complexo L. enriettii como o grupo mais basal. Os isolados de lagartos Moçambique formaram um grupo monofilético com as espécies do subgênero L. (Sauroleishmania), corroborando, também, sua relação com o subgênero L. (Leishmania). / The Leishmaniinae subfamily comprises trypanosomatid species from genera Crithidia, Leptomonas, Endotrypanum and Leishmania. The aim of this study was to characterize Leishmaniinae isolates through DNA Barcoding and further infer their phylogenetic relationships using SSUrDNA, gGAPDH, CATB, HSP70 and ITS1rDNA genes as genetic markers. The Leishmaniinae species was segregated into two major clades, one formed by Endotrypanum-Leishmania with L. costarricensis genotypes resolving as a basal clade. The other clade contained the monoxenic species which were separated in different subclades (Crithidia, Leptomonas, Lotmaria, Termofilo, and three homogeneous subclades represented by C. inconstans, C. acanthocephali and Rondônia isolates). In Leishmania genus analyzes positioned the poorly investigated species of the complex L. enriettii as the most basal group. Isolates from Mozambique lizards formed a monophyletic group with the species of the subgenus L. (Sauroleishmania), was corroborated its relationship to the subgenus L. (Leishmania) too.

Les morpho-espèces de foraminifères planctoniques sont composées d'éco-génotypes parfois différentiables sur la base de la morphologie de leur coquille. Cette découverte récente d'une diversité ainsi qualifiée de « pseudo-cryptique » ouvre des perspectives d'amélioration de la précision des reconstructions paléocéanographiques. Malheureusement, ces génotypes ont été définis de façon subjective et ne sont pas homogènes quant à leur rang taxonomique, ce qui est pourtant un pré-requis pour leur intégration dans les modèles de reconstruction. Grâce à l'application de méthodes quantitatives de délimitation d'unités taxinomiques sur les séquences partielles de la petite sous-unité ribosomale (SSU) disponibles chez l'ensemble des morpho-espèces de foraminifères planctoniques, nous montrons que 49 de ces génotypes sont suffisamment divergents pour constituer d'authentiques espèces. Deux morpho-espèces clefs de la paléocéanographie sont étudiées plus en détail. Chez Neogloboquadrina pachyderma, l'obtention des premières séquences complètes de la SSU et la comparaison morphogénétique de spécimens (sub)polaires permettent de proposer un nouveau scénario évolutif et de montrer que les variations morphologiques sont ici d'origine éco-phénotypique, et donc indépendantes de la diversité génétique. Chez Globigerinoides sacculifer, caractérisé par une forte diversité morphologique, il existe au contraire une seule et unique espèce cosmopolite dans les eaux (sub)tropicales de l'Océan mondial. Ces deux cas particuliers montrent que, contrairement à ce que suggéraient les études précédentes, la spéciation pseudo-cryptique n'a pas valeur de règle chez les foraminifères planctoniques / Morphospecies of planktonic foraminifera are clusters of eco-genotypes that show small but significant shell morphological differences (pseudo-cryptic species).This discovery opens a new perspective for improving the accuracy and resolving power of paleoceanographic reconstructions. Unfortunately, current genetic type delimitations suffer subjectivity, inducing non-homogenous taxonomic status while homogenous taxonomic status is a prerequisite for including genetic types in reconstruction models. By applying quantitative and complementary methods for taxonomic units delimitation to the available dataset of partial sequences of SSU (ribosomal small sub-unit), we delimited 49 genuine (pseudo)cryptic species of planktonic foraminifera. We studied two paleoceanographic key-species. Complete sequencing of the SSU and morpho-genetic comparison within austral (sub)polar genetic types of Neogloboquadrina pachyderma lead to a new phylogeographic hypothesis and showed that morphological variations are the result of ecophenotypic effects and are not related with genetic types. The morphologically diverse Globigerinoides sacculifer is the first case of a planktonic foraminifera morphospecies corresponding to a single genetic type distributed world-wide in (sub) tropical waters. These two cases show that, contrary to previous studies conclusions, pseudo-cryptic speciation is not a rule within planktonicForaminifera

Les morpho-espèces de foraminifères planctoniques sont composées d'éco-génotypes parfois différentiables sur la base de la morphologie de leur coquille. Cette découverte récente d'une diversité ainsi qualifiée de " pseudo-cryptique " ouvre des perspectives d'amélioration de la précision des reconstructions paléocéanographiques. Malheureusement, ces génotypes ont été définis de façon subjective et ne sont pas homogènes quant à leur rang taxonomique, ce qui est pourtant un pré-requis pour leur intégration dans les modèles de reconstruction. Grâce à l'application de méthodes quantitatives de délimitation d'unités taxinomiques sur les séquences partielles de la petite sous-unité ribosomale (SSU) disponibles chez l'ensemble des morpho-espèces de foraminifères planctoniques, nous montrons que 49 de ces génotypes sont suffisamment divergents pour constituer d'authentiques espèces. Deux morpho-espèces clefs de la paléocéanographie sont étudiées plus en détail. Chez Neogloboquadrina pachyderma, l'obtention des premières séquences complètes de la SSU et la comparaison morphogénétique de spécimens (sub)polaires permettent de proposer un nouveau scénario évolutif et de montrer que les variations morphologiques sont ici d'origine éco-phénotypique, et donc indépendantes de la diversité génétique. Chez Globigerinoides sacculifer, caractérisé par une forte diversité morphologique, il existe au contraire une seule et unique espèce cosmopolite dans les eaux (sub)tropicales de l'Océan mondial. Ces deux cas particuliers montrent que, contrairement à ce que suggéraient les études précédentes, la spéciation pseudo-cryptique n'a pas valeur de règle chez les foraminifères planctoniques