En la presente tesis doctoral se desarrollan una serie de procedimientos para evaluar el estado de los diversos componentes bióticos (fitoplancton, macroalgas, invertebrados bentónicos) y abióticos (calidad fisicoquímica de las aguas) del medio marino en relación a la incidencia humana sobre el mismo. El objetivo de dichos procedimientos es dar respuesta a las exigencias establecidas en la Directiva Marco del Agua (Directiva 2000/60/CE) en lo que respecta a la evaluación del estado ecológico de las masas de agua costeras. En este sentido, además de ampliar el conocimiento existente sobre las características fisicoquímicas y biológicas de las masas de agua costeras de Cantabria, constituye una importante aportación tanto desde el punto de vista científico como desde el punto de vista de la gestión. Entre las contribuciones más destacadas de esta tesis cabría mencionar el desarrollo del Índice de Calidad de Fondos Rocosos (CFR) para la valoración de las comunidades de macroalgas costeras. / In this PhD. Thesis, several procedures are developed to assess human influence on the status of the marine environment biotic (phytoplankton, macroalgae, benthic invertebrates) and abiotic (physicochemical quality of water) components. The purpose of these approaches is to meet the requirements of the Water Framework Directive (2000/60/EC) regarding the ecological status assessment of coastal water bodies.In this sense, besides increasing the existing knowledge on the physicochemical and biological characteristics of the Cantabrian coastal water bodies, it provides an important contribution both from a scientific and a management point of view. One of the most outstanding contributions of this thesis is the development of the Quality of Rocky Bottoms Index (CFR) for the assessment of coastal macroalgae communities.