Le virus Nipah (NiV) est un virus hautement pathogène responsable d’encéphalites et de syndromes respiratoires sévères chez l’humain. Les chauves-souris appartenant au genre Pteropus sont le réservoir naturel du NiV et ne développent pas de symptômes cliniques d’infection. Comprendre les relations entre l’hôte réservoir et le pathogène requiert la disponibilité de modèles pertinents pour l’étude des interactions. Les études portent à la fois sur le virus et son hôte. Ainsi, nous avons caractérisé phylogénétiquement la souche cambodgienne du NiV isolée de chauves-souris Pteropus et nous l’avons comparée avec les souches isolées chez l’homme. De plus, en absence du génome de référence pour l’espèce de chauve-souris Pteropus giganteus, nous avons séquencé et assemblé le génome de cette espèce, hôte réservoir de la souche NiV-Bangladesh, qui est en circulation actuellement. Enfin, afin d’obtenir des phénotypes cellulaires plus pertinents que des cellules immortalisées pour l’étude des interactions entre le NiV et les chauves-souris du genre Pteropus – les seules disponibles actuellement - nous avons utilisé la reprogrammation somatique sur des cellules primaires de chauve-souris Pteropus. Cette technique permet d’obtenir des cellules souches présentant la capacité d’autorenouvellement et de différenciation. En utilisant une combinaison originale de trois facteurs de transcription, nous avons généré les premières cellules reprogrammées de chauves-souris Pteropus exprimant des caractéristiques de cellules souches. Nous avons démontré que ces cellules sont très susceptibles à l’infection par le NiV mais incapables de produire de l’interféron et d’activer les cascades de signalisations antivirales en réponse à une stimulation avec de l’ARN double brin, contrairement aux cellules primaires. Le développement de ce modèle original ouvre de nouvelles perspectives pour l’étude des interactions entre l’hôte réservoir et le pathogène et pour l’identification de facteurs contrôlant la susceptibilité à l’infection par le NiV, et potentiellement par d’autres virus hébergés par des chauves-souris. / Nipah virus (NiV) is a highly pathogenic virus that causes encephalitis and severe respiratory syndromes in humans. Pteropus bats are the reservoir of NiV and do not show any clinical symptoms. In order to understand the host reservoir - pathogen interactions, the relevant models are needed. Such studies focus on both the virus and its host. A phylogenetically characterization of the NiV Cambodian strain obtained from Pteropus bats was performed and this virus was compared with human ones. In addition, we sequenced and assembled the genome of Pteropus giganteus bat, the natural host of the NiV-Bangladesh strain, which is currently circulating. Up to date, most studies have used immortalized primary cells that are not natural target of the virus. In order to get reprogrammed stem cells, a somatic reprogramming approach was applied to various Pteropus primary cells. The reprogrammed cells are capable of self-renew and differente in different cell lineages. Using an original mix of transcription factors, we derived reprogrammed cells exhibiting stem cells features. We demonstrated the high susceptibly of these cells to henipavirus infections compared with the very low level of infection of the initial primary cells. Generated bat reprogrammed cells do not induce interferon production and signalisation in response to dsRNA. The development of this original model opens new perspectives on virus-host interaction studies, especially that of cellular anti-viral response by identifying factors controlling either susceptibility or restriction to the NiV infection, and possibly other viruses hosted by bats.

Le chikungunya, la dengue et la bilharziose urogénitale sont des maladies vectorielles émergentes qui ont récemment trouvé des conditions favorables à leur transmission en France métropolitaine.Santé publique France, l’Agence en charge de la surveillance de l’état de santé de la population française est en première ligne pour détecter et investiguer ces émergences afin d’orienter les mesures de leur prévention et de leur contrôle. Postulant que chaque épidémie constitue une situation d’« expérimentation naturelle », l’objectif de cette thèse était de montrer comment chaque investigation d’épidémie apporte l’opportunité d’acquérir des connaissances scientifiques sur la contribution des cas asymptomatiques à l’introduction, la dissémination et l’endémisation des maladies vectorielles de façon réactive.Notre méta-analyse d’études de séroprévalence per- et post-épidémiques suggère que, contrairement à nos attentes, la lignée de virus chikungunya qui a émergé en 2004 dans l’Océan Indien qui était associée moins d’infections asymptomatiques que les autres. Dans une étude de la séroprévalence de la dengue à Nîmes en 2015, nous avons montré que le potentiel de diffusion de la dengue en France restait actuellement limité. Les données du dépistage des personnes exposées au risque de bilharziose urogénitale en Corse montrant une fréquence élevée d'infections pré-symptomatiques, nous avons évoqué un risque d’endémisation de la maladie qui a justifié son inscription sur la liste des maladies à déclaration obligatoire.Ce travail de thèse démontre qu’une approche pragmatique basée sur une veille sanitaire sensible associée à des investigations épidémiologiques de terrain précoces peut contribuer à aussi bien à la lutte contre les émergences qu’à l’évolution des connaissances. / Conditions recently proved favourable to transmission of emerging vector-borne diseases, chikungunya, dengue and urogenital schistosomiasis in mainland France.Santé publique France, the Agency in charge of public health surveillance in France is at the forefront of detecting and investigating emerging infectious disease in order to guide prevention and control measures. Assuming that each outbreak constitutes a situation of "natural experimentation", the aim of this thesis was to show how outbreak investigations give the opportunity to acquire rapidly scientific knowledge on the contribution of asymptomatic cases to the introduction, dissemination and endemisation of vector-borne diseases.Through a meta-analysis of per and post-epidemic seroprevalence studies,we have shown that the chikungunya virus lineage that emerged in the Indian Ocean in 2004 is associated with a lower frequency of asymptomatic infections. In a dengue serosurvey in Nîmes in 2015, we showed that the diffusion potential of dengue in France is currently limited. Screening data of urogenital bilharziasis in persons exposed in Corsica showed a high frequency of pre-symptomatic infections suggestive of a risk of endemisation of the disease that justified its inclusion on the list of notifiable diseases.This thesis work shows that a pragmatic approach based on sensitive surveillance associated with early field outbreak investigations can significantly contribute to both emerging infections control and the advancement of knowledge.