Submitted by Simone Souza (simonecgsouza@hotmail.com) on 2017-09-15T13:37:53Z No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Letícia Borges da Silva Heinen.pdf: 4369897 bytes, checksum: 2e00a8b07d093787dbdb2e23dd6ac34e (MD5) / Approved for entry into archive by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2017-09-19T12:59:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Letícia Borges da Silva Heinen.pdf: 4369897 bytes, checksum: 2e00a8b07d093787dbdb2e23dd6ac34e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-19T12:59:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Letícia Borges da Silva Heinen.pdf: 4369897 bytes, checksum: 2e00a8b07d093787dbdb2e23dd6ac34e (MD5) Previous issue date: 2014-03-28 / CNPq / O gênero Flavivirus, família Flaviviridae, alberga arbovírus como os vírus dengue (DENV) e da febre amarela, que possuem importância médica e são envolvidos em epidemias de doença febril em áreas urbanas e rurais em regiões tropicais e subtropicais. No Brasil, atualmente, o DENV e o vírus da encefalite de Saint Louis (SLEV) são os dois flavivírus circulantes em áreas urbanas mais frequentes. Desde a introdução e emergência dos diferentes sorotipos de DENV a partir da década de 1980, extensas epidemias de febre do dengue vêm sendo reladas por todo o país. O SLEV, anteriormente reconhecido apenas em ciclos enzoóticos e com pouca relevância médica no Brasil, tem sido implicado em casos de doença febril durante epidemia de dengue no sudeste do país. O objetivo deste estudo foi investigar a circulação de flavivírus em pacientes com doença febril aguda com suspeita de dengue em Mato Grosso (MT) em 2011 e 2012. Material e Métodos: 604 amostras de soro obtidas entre outubro de 2011 e julho de 2012 de pacientes com doença febril aguda suspeita de dengue com até cinco dias do início dos sintomas em MT foram submetidas à multiplex semi-nested RT-PCR para a pesquisa de flavivírus, como os quatro sorotipos de DENV, SLEV, vírus da febre amarela, do Oeste do Nilo, Rocio, Bussuquara, Iguape e Ilhéus. Amostras positivas foram testadas em pelo menos duas reações independentes de single-nested RT-PCR e submetidas a sequenciamento nucleotídico de região do gene da glicoproteína de envelope para análise filogenética. Resultados: Dentre os 604 pacientes, 315 (52,2 %) foram positivos para DENV-4, 24 (4,0 %) para DENV-1, 3 (0,5 %) para SLEV, 1 (0,2 %) para DENV-2 e 1 (0,2 %) para DENV-3. Todas as amostras eram de pacientes oriundos de áreas urbanas de 17 municípios de MT. Entre as amostras positivas, 9 eram co-infecções entre DENV-1/DENV-4, 1 entre DENV-2/DENV-4, 2 por SLEV/DENV-4 e 1 entre SLEV/DENV-1/DENV-4. Os demais flavivírus pesquisados não foram detectados. Amostras negativas para flavivírus totalizaram 273/604 (45,20 %). Discussão: A ocorrência das arboviroses na população geralmente é subestimada, devido a fatores como quadro clínico inespecífico, infecções inaparentes e ausência de diagnóstico diferencial. O DENV-4 foi introduzido no MT em 2012, responsável pela maior casuística nas cidades da Baixada Cuiabana. Co-infecções são frequentes quando há circulação hiperendêmica dos quatro sorotipos do DENV, situação já relatada no Brasil em Manaus e Rio de Janeiro em 2011. O SLEV foi detectado em pacientes de Cuiabá e Várzea Grande. Infecções por SLEV são primariamente inaparentes ou brandas. Em MT, espécies de Culex e outros vetores deste virus são amplamente dispersas. Como humanos são hospedeiros finais e apresentam baixa viremia, sua ocorrência é provavelmente subestimada. Conclusão: DENV-1 e DENV-4 foram os flavivírus identificados com maior frequência. Os quatro sorotipos do DENV foram detectados em Cuiabá e infecções esporádicas pelo SLEV foram identificadas em pacientes co-infectados com o DENV-4 ou o DENV-4/DENV-1 em Cuiabá e Várzea Grande, indicando que outros arbovírus podem circular silenciosamente durante epidemia de dengue em áreas urbanas em MT. / The genus Flavivirus, Flaviviridae family, comprises arboviruses such as the medical important dengue virus (DENV) and yellow fever virus, involved in febrile illness epidemics in urban and rural areas of tropical and subtropical regions. In Brazil, DENV and Saint Louis encephalitis (SLEV) virus are currently the two most important flaviviruses circulating in urban areas. Since the introduction and emergence of different DENV serotypes in the 1980´s, extensive dengue outbreaks have been reported throughout the country.SLEV, previously recognized only in enzootic cycles without medical relevance in Brazil, has been implicated to febrile illness etiology during dengue fever outbreaks in the Southeast region. The aim of this study was to investigate the circulation of flaviviruses in patients with acute febrile illness suspected of harboring dengue in Mato Grosso (MT) between 2011 and 2012. Material and Methods: 604 serum samples obtained between October 2011 and July 2012 from patients with acute febrile illness suspected of dengue lasting less than 5 days in MT were subjected to multiplex semi-nested RT-PCR for flaviviruses, including all four serotypes of DENV, SLEV Yellow Fever, West Nile, Rocio, Bussuquara, Iguape and Ilheus viruses. Positive samples were tested at least twice in independent single-nested RT-PCR reactions and subjected to nucleotide sequencing of the envelope glycoprotein (E) gene region for phylogenetic analysis. Results: Among 604 patients, 315 (52.2 %) were positive for DENV-4, 24 (4.0 %) for DENV-1, three (0.5 %) for SLEV, one (0.2 %) for DENV-2 and one (0.2 %) for DENV-3. All patients are residents in urban areas of 17 cities of MT. Among then, 9 were co-infections among DENV-1/DENV-4, 1 between DENV-2/DENV-4, two between SLEV/DENV-4 and one with SLEV/DENV-1/DENV-4. The other flaviviruses were not detected. Negative samples for flavivirus totaled 273/604 (45.20 %). Discussion: The occurrence of arboviruses in the population generally is underestimated, probably due to unapparent infection or unspecific clinical presentation, associated to the absence of differential diagnosis. The DENV-4 serotype was introduced in MT in 2012, responsible for the largest number of cases in Cuiabá and Varzea Grande. Co-infections are common when hiperendemic circulation of all four serotypes of DENV is observed. This situation has already been reported in Brazil in Manaus and Rio de Janeiro cities in 2011. Three patients were positive for SLEV in Cuiaba and Várzea Grande. SLEV infections are primarily mild or unapparent. In MT, species of Culex and other vectors are widely dispersed. As humans are final hosts and, therefore, present low titer viremia, the occurrence of SLEV in the population is probably underestimated. Conclusion: DENV-1 and DENV-4 were the most frequently flaviviruses identified. The four DENV serotypes were detected in Cuiaba and sporadic SLEV infections were identified in patients co-infected with DENV-4 or DENV-1/DENV-4 in Cuiaba and Várzea Grande, indicating that other arboviruses may circulate silently during dengue epidemics in urban areas of MT.

Submitted by Simone Souza (simonecgsouza@hotmail.com) on 2017-09-21T14:53:07Z No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Nayara Zuchi.pdf: 3111436 bytes, checksum: 8b58de352642d734fc2fdd8891b32e5e (MD5) / Approved for entry into archive by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2017-09-26T12:55:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Nayara Zuchi.pdf: 3111436 bytes, checksum: 8b58de352642d734fc2fdd8891b32e5e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-26T12:55:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Nayara Zuchi.pdf: 3111436 bytes, checksum: 8b58de352642d734fc2fdd8891b32e5e (MD5) Previous issue date: 2014-03-27 / CAPES / Introdução: O gênero Alphavirus, família Togaviridae, alberga arbovírus de importância médica relatados em áreas tropicais mundialmente. Nas Américas, os alfavírus de maior importância compreendem os das encefalites equinas e o vírus Mayaro (MAYV). No Brasil, o MAYV tem sido relatado em epidemias de doença febril principalmente no norte do país. O principal objetivo deste estudo foi investigar a situação epidemiológica de alfavírus em pacientes febris durante epidemia de dengue em Mato Grosso (MT). Material e Métodos: Entre 2011 e 2012, 604 amostras de soro de pacientes com doença febril aguda suspeita de dengue durante epidemia em MT foram submetidas a Duplex-RT-PCR seguida de Multiplex-semi-nested-PCR para pesquisa dos alfavírus MAYV, vírus Aura e os vírus das encefalites equinas do Leste, Oeste e Venezuelana. Amostras positivas foram confirmadas em dois testes independentes e os produtos de PCR submetidos a sequenciamento nucleotídico. Amostras positivas foram submetidas a RT-PCR em tempo real (RT-qPCR) e isolamento viral em cultura de células. Todas as amostras foram também investigadas para flavivirus em um estudo paralelo. Resultados: Foram encontrados 15/604 (2,5 %) pacientes positivos para o MAYV em Cuiabá (9), Várzea Grande (3), Nossa Senhora do Livramento (1) e Sorriso (2). Destes, 12 (80,0 %) apresentaram co-infecções com DENV-4 e 3 (20,0 %) infecções únicas pelo MAYV. Dentre 13 amostras submetidas a RT-qPCR, 10 (76,9 %) apresentaram carga viral entre log 0,965-3,321 cópias/μL. Discussão: Casos esporádicos de infecção pelo MAYV foram identificados durante uma grande epidemia de dengue no MT em residentes de áreas urbanas, sem histórico recente de viagem ou visita a áreas rurais e/ou silvestres. A ocorrência do MAYV em estados adjacentes, em cidades afetadas pela rodovia Cuiabá-Santarém e soroprevalência em índios Xavantes no estado corroboram a evidência da circulação de MAYV no MT. Apesar do MAYV ser transmitido principalmente por Haemagogus janthinomys em áreas silvestres, as evidências encontradas no presente estudo sugerem a circulação de MAYV em área urbana de MT. Contudo, o ciclo de transmissão do vírus no estado não foi elucidado. A evidência de circulação do MAYV em indivíduos febris durante epidemia de dengue em área urbana deve ser motivo de atenção das autoridades locais de saúde pública para a eventual circulação silenciosa de outros arbovírus no estado. / Introduction: The Alphavirus genus, Togaviridae family, comprises arboviruses of medical importance reported in tropical areas worldwide. In the Americas, the most important alfaviruses are the equine encephalitis group and Mayaro virus (MAYV). In Brazil, MAYV has been reported in outbreaks of febrile illness mainly in the North region of the country. The aim of this study was to investigate the epidemiological situation of alfaviruses in febrile patients during a dengue outbreak in Mato Grosso (MT). Material and methods: Between 2011 and 2012 in MT, 604 serum samples collected from patients suspected of acute febrile illness were submitted to Duplex-RT-PCR followed by Multiplex-semi-nested-PCR for MAYV, Aura virus and East, West and Venezuelan equine encephalitis viruses. Positive samples were confirmed twice in independent tests and, PCR products were submitted to nucleotide sequencing. Positive samples were also submitted to Real time RT-PCR (RT-qPCR) and inoculation in cell culture. The samples were also investigated for flaviviruses in a parallel study. Amostras positivas foram submetidas a RT-PCR em tempo real (RT-qPCR) e isolamento viral em cultura de células. Todas as amostras foram também investigadas para flavivirus em um estudo paralelo. Results: 15/604 (2.5 %) patients from Cuiabá (9), Várzea Grande (3), Nossa Senhora do Livramento (1) and Sorriso (2) were positive for MAYV; 12 (80 %) are co-infected with DENV-4 and 3 (20 %) are single infections with MAYV. Co-infected patients presented a wider variety of clinical manifestations. Among 13 samples tested by RT-qPCR, 10 (76.9 %) presented viral load ranging from log 0,965-3,321 copies/μL. Discussion: Sporadic infections with MAYV were identified during a massive Dengue outbreak in MT in residents of urban areas without recent history of travel or visit to rural or sylvatic areas. The occurrence of MAYV infections in neighboring states, including cities affected by the Cuiabá-Santarém highway and seroprevalence in Xavante Indians from MT, corroborate the evidence of MAYV circulation in MT. Despite MAYV is transmitted mainly by Haemagogus janthinomys in sylvatic areas, the evidence found in this study suggests the circulation of MAYV in urban areas of MT. However, the transmission cycle of MAYV in MT remains to be determined. The evidence of MAYV circulation in febrile individuals during a dengue outbreak in urban areas should cause concerns in the local public health authorities about the eventual silent circulation of arboviruses in the state.

Submitted by Valquíria Barbieri (kikibarbi@hotmail.com) on 2018-04-18T20:33:59Z No. of bitstreams: 1 DISS_2015_Belgath Fernandes Cardoso.pdf: 3865065 bytes, checksum: 3b7d79b4224429f58cb6ca5c3d96d7e9 (MD5) / Approved for entry into archive by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2018-04-27T17:29:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISS_2015_Belgath Fernandes Cardoso.pdf: 3865065 bytes, checksum: 3b7d79b4224429f58cb6ca5c3d96d7e9 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-27T17:29:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISS_2015_Belgath Fernandes Cardoso.pdf: 3865065 bytes, checksum: 3b7d79b4224429f58cb6ca5c3d96d7e9 (MD5) Previous issue date: 2015-03-26 / CAPES / O gênero Orthobunyavirus, família Bunyaviridae, alberga arbovírus de importância médica. Estes estão envolvidos em epidemias de doença febril em áreas tropicais. No Brasil, o vírus Oropouche (OROV) é considerado o arbovírus mais frequente após o vírus da dengue (DENV). O objetivo deste estudo foi investigar a circulação de orthobunyavírus em Mato Grosso (MT). 529 amostras de soro obtidas entre outubro de 2011 e julho de 2012 de pacientes com doença febril aguda suspeita de dengue com até cinco dias do início dos sintomas em MT e 387 pools de mosquitos Cx quinquefasciatus capturados entre janeiro e abril de 2013 foram submetidos à nested RT-PCR para o segmento S de orthobunyavírus pertencentes ao sorogrupo Simbu. Amostras positivas foram testadas em pelo menos duas reações independentes e submetidas a sequenciamento nucleotídico para análise filogenética. Inoculou-se as amostras positivas em células vero. Dentre os 529 pacientes, 5 (0,94%) foram positivos para orthobunyavirus do sorogrupo Simbu por nested RT-PCR e isolamento viral. O vírus foi isolado de 3/8 pools. O segmento S do OROV foi identificado em cinco pacientes, quatro do sexo feminino, com 14-62 anos. Dois pacientes encontravam-se co-infectados com DENV-4. Estes pacientes são oriundos das cidades de Cuiabá (n=3), Várzea Grande (n=1) e Nova Mutum (n=1), todos residentes em área urbana, que apresentavam febre, cefaleia, dor retroorbital, mialgia, artralgia, prostação e náuseas. 8/387 pools de Cx. quinquefasciatus foram positivos para o segmento S do OROV por nested-RT-PCR, com taxa mínima de infecção (MIR) de 2,3 por 1000 mosquitos. As sequências obtidas do segmento S apresentaram 98% a 100% de homologia com o mesmo segmento das cepas do OROV verificadas no GenBank. A análise filogenética indica que as amostras de humanos e mosquitos pertencem ao subgenótipo Ia, similares a cepas do Pará obtidas de humanos, preguiças, Aedes (Ochlerotatus) serratus e Cx. quinquefasciatus. O genótipo I é o mais conservado e frequente no Brasil dentre os genótipos do OROV. Cx. quinquefasciatus, culicídeo de maior abundância em Cuiabá, é considerado vetor secundário do OROV em área urbana. Culicoides paraensis, principal vetor do OROV em áreas urbanas na região amazônica, não foi capturado neste estudo. Sorologia para o OROV foi identificada em residentes de cidades do Pará afetadas pela rodovia Cuiabá-Santarém e em primatas do Pantanal Sul-matogrossense, corroborando com a identificação do OROV em cidades do MT geograficamente interligadas por esta mesma rodovia. Infecções esporádicas por um orthobunyavirus do sorogrupo Simbu, possivelmente o OROV, foram identificadas em pacientes de MT, além de oito pools de Cx. quinquefasciatus em Cuiabá, indicando que este mosquito possui capacidade vetorial e pode estar envolvido no ciclo urbano de transmissão do vírus no estado. / The genus Orthobunyavirus, family Bunyaviridae, contains medically importante arboviruses. These are involved in epidemics of febrile illness in tropical areas. In Brasil, Oropouche virus (OROV) is considered the most frequent arbovirus after dengue virus (DENV). The aim of this study was to investigate the circulation of orthobunyaviruses in Mato Grosso (MT). 529 serum samples collected between October, 2011 and July, 2012 of patients with acute febrile illness suspected of dengue for up to five days of symptom onset from MT and 387 pools of Cx. quinquefasciatus mosquitoes captured between January and April, 2013, were subjected to nested RT-PCR for the segment S of orthobunyaviruses belonging to Simbu serogroup. Positive samples were tested in at least two independent reactions and subjected to nucleotide sequencing for phylogenetic analysis. Positive samples were inoculated in vero cells. Among the 529 patients, five (0.94%) were positive for serogroup Simbu by nested RT-PCR and viral isolation. The virus was isolated from 3/8 pools. The OROV segment S was identified in five patients, four females, with 14-62 years-old. Two patients were co-infected with DENV-4. These patients are from Cuiabá (n=3), Várzea Grande (n=1) and Nova Mutum (n=1), all residents in urban areas, presenting fever, headache, retroorbital pain, myalgia, arthralgia, prostration and nausea. 8/387 pools of Cx. quinquefasciatus were positive for OROV segment S by nested-RT-PCR with a minimum infection rate (MIR) of 2.3 per 1,000 mosquitoes. The segment S nucleotide sequences presented 98% to 100% of homology with the same segment of OROV strains available in GenBank. Phylogenetic analysis indicate the human and mosquito samples belong to genotype Ia, similar to strains obtained in Pará from humans, sloths, Aedes (Ochlerotatus) serratus and Cx. quinquefasciatus. The genotype I is the most conserved among OROV genotypes. Cx. quinquefasciatus, the most abundant culicidae in Cuiabá, is considered a secondary vector for OROV in urban areas. Culicoides paraensis, the main vector for OROV in urban areas in the Amazon region, was not captured in the study. Serology for OROV was identified in humans in cities of Pará affected by the Cuiabá-Santarém highway and in primates in South Pantanal, corroborating for the findings in cities of MT geographically linked by the same highway. Sporadic infections by an orthobunyavirus from Simbu serogroup, possibly OROV, were identified in patients from MT, also eight Cx. quinquefasciatus pools from Cuiabá, indicating that has vectorial capacity and may be involved in the urban cycle of virus transmission in the state.