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Prospecção de flavivírus em culicídeos e pequenos mamíferos, em Minas Gerais, Brasil

Rezende, Izabela Maurício de 10 February 2015 (has links)
Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2015-12-07T18:39:22Z No. of bitstreams: 1 izabelamauricioderezende.pdf: 1559679 bytes, checksum: 67e4268b6adc9ef4deff3f2809a09f64 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2015-12-07T21:45:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 izabelamauricioderezende.pdf: 1559679 bytes, checksum: 67e4268b6adc9ef4deff3f2809a09f64 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-07T21:45:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 izabelamauricioderezende.pdf: 1559679 bytes, checksum: 67e4268b6adc9ef4deff3f2809a09f64 (MD5) Previous issue date: 2015-02-10 / O Brasil é um país tropical de grande extensão territorial, com mais de um terço recoberto por florestas tropicais e outros ecossistemas naturais com condições ideais para a ocorrência de diversas arboviroses, as quais são mantidas em uma grande variedade de ciclos zoonóticos. Dentro deste cenário, Minas Gerais abriga um dos biomas mais importantes do Brasil, a Mata Atlântica, considerado ‘hotspot’, ou seja, região com uma rica biodiversidade. Estes fatores somados às diferenças climáticas, a grande variação latitudinal e as variadas tipologias vegetacionais do estado, propiciam a ocorrência de áreas com elevados índices de diversidade e endemismo de mamíferos. Diante deste contexto, este trabalho visou realizar a prospecção de flavivírus em culicídeos e pequenos mamíferos, em Minas Gerais, Brasil. Pools de culicídeos coletados em Montes Claros, no ano de 2012, tiveram seu RNA total extraído e foram testados por RT-PCR para a presença de flavivírus. Uma coleção de pequenos mamíferos, que foram coletados em Rio Pomba, MG, nos anos de 2012 e 2013, pertencentes a Coleção-ECOVIR, também foram analisados neste trabalho, sendo utilizados o soro de 115 animais e fígado de 54 animais desta coleção. Estas amostras passaram pelo processo de extração de RNA total, seguida da síntese de cDNA e testes para a presença de flavivírus através da técnica de qPCR. Dos 96 pools de culicídeos testados, um pool de A. aegypti pode estar naturalmente infectado com DENV-1. Posteriormente, 69 pools foram testados para YFV, SLEV e ROCV e um pool de A. scapularis apresentou fragmento de DNA com tamanho esperado para ROCV no PCR e apresentou um amplicon na reação de qPCR com iniciadores Flavi-1, indicando a circulação de flavivírus em Aedes scapularis no ambiente urbano de Montes Claros. Uma amostra de roedor Calomys sp. foi detectada como naturalmente infectada com flavivirus (possivelmente SLEV, DENV-1, DENV-3 e DENV-4), mostrando que roedores podem fazer parte da cadeia de manutenção e/ou transmissão de flavivírus na natureza, no Brasil. Esta amostra de roedor foi coletada na área de pasto, que poderia ser considerada uma área de transição entre o ambiente silvestre e peridoméstico. / Brazil is a tropical country of vast territory, with more than one third covered with tropical forests and ecosystems creating ideal conditions for the existence of many arboviruses that are maintained in a variety of zoonotic cycles. Within this scenario, Minas Gerais presents three of the most important biomes of Brazil, the Atlantic Forest that is considered hotspot of biodiversity. These factors plus the climatic differences, the great latitudinal range and the diversity of vegetation favor the occurrence of areas with high diversity index and endemism of mammals. Given this context, this work aims to prospect flaviviruses in mosquitoes and small mammals, in Minas Gerais, Brazil. Pools of mosquitoes collected in Montes Claros, in 2012, were submitted to RNA extraction and tested by RT -PCR for the presence of flaviviruses. A collection of small mammals (Collection- ECOVIR) collected in Rio Pomba, MG, in 2012 and 2013 was also analyzed in this work. A total of 115 serum samples and 54 liver samples were submited to RNA extraction, followed by cDNA synthesis and they were tested for the presence of flavivirus by qPCR technique. A total of 96 mosquito pools was tested and one pool of Aedes aegypti presented an amplicon that could represent a DENV-1 infection. Subsequently, 69 pools were tested for YFV, SLEV and ROCV and a pool of A. scapularis presented a DNA amplicon fragment with expected size for ROCV and it was positive in qPCR using primers Flavi-1, indicating the circulation flavivirus in Aedes scapularis in the urban environment, in Montes Claros. A sample of a rodent Calomys sp. was detected as naturally infected with flaviviruses (possibly SLEV, DENV-1, DENV -3 and DENV-4), indicating that rodents may be part of the maintenance chain and/or flavivirus transmission in nature, Brazil. This rodent sample was collected in the pasture area that could be considered a transition area between the wild and peridomestic environments.
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Investigação de fatores sorológicos e genéticos relacionados com a predisposição ao desenvolvimento das formas graves da dengue em Juiz de Fora

Siqueira, Tatiane Ribeiro de 26 February 2015 (has links)
Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2015-12-09T14:33:14Z No. of bitstreams: 1 tatianeribeirodesiqueira.pdf: 1746220 bytes, checksum: 01a239ee1ea9876e3d413b78f8f1446b (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2015-12-09T14:56:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 tatianeribeirodesiqueira.pdf: 1746220 bytes, checksum: 01a239ee1ea9876e3d413b78f8f1446b (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-09T14:56:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tatianeribeirodesiqueira.pdf: 1746220 bytes, checksum: 01a239ee1ea9876e3d413b78f8f1446b (MD5) Previous issue date: 2015-02-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A infecção por dengue vírus (DENV) tem sido considerada atualmente a mais importante arbovirose no mundo. Até o presente momento foram descritos quatro diferentes sorotipos do DENV: DENV-1, DENV-2, DENV-3 e DENV-4. A infecção pelo DENV pode produzir uma ampla variedade de distúrbios a febre do dengue ou formas graves da doença, como a febre hemorrágica do dengue (FHD) e síndrome do choque do dengue (SCD), onde os quatro sorotipos de DENV podem causar desde uma infecção assintomática até FHD e SCD. A patogênese da FHD/SCD é multifatorial e vários estudos mostram algumas hipóteses para explicar as manifestações mais graves na infecção por DENV: (i) fatores virais, (ii) associação entre FHD/SCD em casos de infecção heterotípica pelo DENV e (iii) fatores do próprio hospedeiro, que poderiam estar relacionados à resposta imune. Estudos que buscam entender o porquê de pacientes com dengue apresentarem diferentes prognósticos são de grande importância para a Saúde Pública. Embora a doença causada por DENV seja considerada um grande problema de saúde pública, ainda não estão disponíveis drogas antivirais e vacinas a fim de tratar ou prevenir a infecção. O combate do vetor tem sido ineficiente, permitindo o aparecimento de novas epidemias. A cidade de Juiz de Fora vem passando por diversas epidemias de dengue nos últimos anos, com o registro de casos graves e óbitos. Diante deste contexto, este trabalho visou investigar os fatores sorológicos e genéticos relacionados com a predisposição ao desenvolvimento das formas graves de dengue em Juiz de Fora. Em setembro e outubro de 2013 e fevereiro e maio de 2014, amostras de sangue total foram coletadas. As amostras foram estudas para estudos de SNPs, pequisa de anticorpos e do DENV. No grupo estudado, foi observada uma soroprevalência de 16,1%. Foram detectados genótipos predisponentes e genótipos protetores de FHD, nos genes FCRIIa, JAK-1 e DCSIGN, em moradores de Juiz de Fora, entretanto, não foi observada associação desses genótipos individualmente e/ou em combinação com a distribuição de gênero, diferentes regiões de Juiz de Fora onde os participantes residiam e relato de apresentação de sintomas de dengue pelos pacientes. Foram detectados três pacientes que apresentaram material genético de DENV. O conhecimento de áreas e pessoas predispostas à FHD constituem informações valiosas do ponto de vista epidemiológico e na estruturação de políticas públicas que visem o controle da dengue. / Dengue virus infection (DENV) is considered the most important arbovirose in the world and the greatest impact on public health. Four different serotypes of DENV: DENV-1, DENV-2, DENV-3 and DENV-4 have been described. DENV infection may produce a wide variety of disorders, dengue fever or severe disease, such as dengue hemorrhagic fever (DHF) and dengue shock syndrome (SCD). Any of the four DENV can cause asymptomatic infection from one to DHF and DSS. The pathogenesis of DHF / DSS is multifactorial and several studies showed some hypotheses to explain the most serious manifestations of infection by DENV: (i) viral factors (ii) secondary infection DENV and (iii) the host factors could be related to exaggerated immune response. Studies trying to understand why dengue patients have different prognoses are of great importance for public health. Although dengue is considered one major public health problem, there are not available antiviral drugs and vaccines to treat or prevent the infection. The vector control has been inefficient, allowing the emergence of new outbreaks. The city of Juiz de Fora has experienced several dengue epidemics in recent years, with the record of serious cases and deaths. Given this context, this study aimed to investigate the serological and genetic factors related to the predisposition to severe forms of dengue in Juiz de Fora. In September/ October 2013 and February to May 14 342 samples of whole blood were collected were collected. Samples were used to investigate the immune response do dengue, SNPs and DENV. In the study group, a seroprevalence of 16.1% was observed. Predisponent and protector genotypes were detected genes FCyRIIa, JAK-1 and DCSIGN in Juiz de Fora residents, however, there was no association of these genotypes individually and / or in combination with the gender distribution, different Juiz de Fora regions where the participants lived and report presentation of dengue symptoms by patients. Three patients were detected with DENV infection, by the time of sample collection.The knowledge of areas and persons who are more prone to have FHD is a valuable information from the epidemiological point of view and the structuring of public policies aimed at controlling dengue.
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Investigação de dengue virus circulantes em Juiz de Fora- MG

Souza, Jerusa Botelho 14 February 2014 (has links)
Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-01-29T12:34:38Z No. of bitstreams: 1 jerusabotelhosouza.pdf: 1803631 bytes, checksum: e5453b5a95de704649e79eb74037206d (MD5) / Rejected by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br), reason: Adicionar instituição on 2016-02-01T15:45:28Z (GMT) / Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-02-01T16:11:51Z No. of bitstreams: 1 jerusabotelhosouza.pdf: 1803631 bytes, checksum: e5453b5a95de704649e79eb74037206d (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-02-01T20:10:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 jerusabotelhosouza.pdf: 1803631 bytes, checksum: e5453b5a95de704649e79eb74037206d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-01T20:10:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 jerusabotelhosouza.pdf: 1803631 bytes, checksum: e5453b5a95de704649e79eb74037206d (MD5) Previous issue date: 2014-02-14 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A dengue é a arbovirose de maior importância para a saúde pública no Brasil. A cidade de Juiz de Fora vem passando por diversas epidemias de dengue nos últimos anos, com o registro de casos graves e óbitos. Diante deste contexto, este trabalho visou investigar a circulação de Dengue virus (DENV) em Aedes aegypti coletados do ambiente e em amostras clínicas de pacientes com suspeita de dengue por meio de técnicas moleculares e sorológicas. Amostras de Aedes aegypti (larvas e mosquitos) e soro de pacientes passaram pelo processo de extração de RNA total e este material foi utilizado para detecção de DENV por RT-PCR. Amostras clínicas de pacientes que apresentavam até seis dias de febre foram testadas para a proteína NS1 para Dengue virus. Além disso, foi realizada a análise das fichas dos pacientes nas quais foi possível verificar o dia de início da febre, os dados hematológicos (hematócrito, leucometria global e contagem de plaquetas) e sorológicos (IgM e/ou IgG). Aedes aegypti foi coletado em todas as regiões da cidade e dos 163 pools de larvas analisados, o DENV foi detectado em seis (cinco pools positivos para DENV-1 e um pool positivo para DENV-2). Estes pools haviam sido coletados nas regiões Norte, Centro e Sul. Das 166 amostras clínicas analisadas na detecção molecular, seis foram positivas (uma amostra positiva para DENV-1 e cinco amostras positivas para DENV-2). Sessenta amostras clínicas foram testadas para NS1 e 11 (18,33%) foram positivas. A partir da análise das fichas dos pacientes foi possível observar que 132 apresentavam resultados de sorologia. Destes, 39/132 (29,54%) apresentaram IgM, 9/132 (6,81%) apresentaram IgG e 15/132 (11,36%) apresentaram IgM e IgG. Além disso, 109 pacientes mostraram dados hematológicos. Entre estes, 18 (16,51%) pacientes apresentaram hematócrito inferior ao valor de referência, 32 (29,35%) desenvolveram leucometria abaixo de 3.500/mm3 e 24 (22,02%) tiveram contagem de plaquetas inferior ao valor de referência. Este é o primeiro estudo de investigação molecular de DENV em Juiz de Fora e os resultados indicaram a cocirculação dos sorotipos 1 e 2 em Juiz de Fora e a ocorrência da transmissão transovariana de DENV no Aedes aegypti. A combinação dos testes moleculares e sorológicos permitiu a identificação de 50 pacientes na fase aguda da doença e 22 na fase de convalescença. O conhecimento dos tipos virais circulantes no município e o diagnóstico da dengue em pacientes por mais de um teste e/ou parâmetro laboratorial constituem informações valiosas do ponto de vista epidemiológico e na estruturação de políticas públicas que visem o controle da dengue. / Dengue is the most important arboviral disease to public health in Brazil. The city of Juiz de Fora has undergone several dengue epidemics in recent years, with the record of severe cases and deaths. Given that, this work aimed to investigate the circulation of dengue virus (DENV) in Aedes aegypti collected from the natural environment and in clinical samples from patients with clinical symptoms of dengue, using molecular and serological approaches. Samples of Aedes aegypti (larvae and mosquitoes) and serum of patients were used for total RNA extraction, and the total RNA was used for detection of DENV by RT-PCR. Clinical samples from patients who had fever for up to six days were tested for Dengue virus NS1 protein. Furthermore, analysis of patient records was performed in which we could check the day the fever began the hematological data (hematocrit, total leukocyte count, and platelet count) and serologic response (IgM and/or IgG). Aedes aegypti was collected in all regions of the city and from the 163 larvae pools that were analyzed, DENV was detected in six (five pools DENV-1 positive and one pool DENV-2 positive). These pools were collected in the North, Centre and South regions. A total of 166 serum samples were analyzed for molecular detection, being six DENV positive (one serum sample was DENV-1 positive and five serum samples were DENV-2 positive). Sixty clinical samples were tested for NS1 and 11 (18.33%) were positive. From the analysis of patient records was possible to observe that 132 had serology results. Of these, 39/132 (29.54%) were IgM positive, 9/132 (6.81%) were IgG positive and 15/132 (11.36%) were IgM and IgG positive. In addition, from 109 patients hematological data were available. Among these, 18 (16.51%) patients had less than the reference value, 32 (29.35%) developed leukocyte hematocrit below 3.500/mm3 and 24 (22.02%) had platelet counts below the reference value. This is the first study of molecular investigation of DENV in Juiz de Fora, and the results indicated the co-circulation of serotypes 1 and 2 in Juiz de Fora and the occurrence of DENV transovarial transmission in Aedes aegypti. The combination of molecular and serological tests allowed the identification of 50 patients in the acute phase of the disease and 22 in the convalescent phase. The knowledge of viral types circulating in the municipality and the diagnosis of dengue in patients using different techniques constitute valuable information from an epidemiological point of view and help to structure public policies aiming the control of dengue.
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Begomovírus em áreas de cerrado: de plantas herbáceas cultivadas a arbóreas selvagens / Begomovirus in cerrado areas: from herbaceus to wild plant species

Rocha, Geisiane Alves 20 February 2017 (has links)
Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2017-03-24T12:53:45Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Geisiane Alves Rocha - 2017.pdf: 2262501 bytes, checksum: 07907cdfd4fccd850c41b5d258f6f6a5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-03-24T13:02:10Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Geisiane Alves Rocha - 2017.pdf: 2262501 bytes, checksum: 07907cdfd4fccd850c41b5d258f6f6a5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T13:02:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Geisiane Alves Rocha - 2017.pdf: 2262501 bytes, checksum: 07907cdfd4fccd850c41b5d258f6f6a5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-02-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / To understand how new viruses arise in agriculture, the interface zones between native systems and cultivated areas become an interesting object of study. The small number of studies focused on the detection of viruses, mainly with RNA genomes, in cerrado tree species in the interface zones is due to the difficulty of extracting quality nucleic acids for the necessary analysis. In the case of DNA viruses, such as begomovirus, to date there have been no reports on tree species in this type of vegetation. Begomovirus are among the main pathogens in different cultures in Brazil. However, in soybeans, one of the main crops in the country, these viruses are not among the most important pathogens for the culture, however, it is of great importance to identify different hosts of these viruses and in which environments they occur to know their diversity. The objective of this study was to detect and identify begomovirus in cerrado native trees and cultivated soybean plants near native vegetation areas, as well as to establish an efficient RNA extraction protocol for cerrado species in order to facilitate future related research with these plants. For begomovirus detection, samples of 30 tree species were collected from two areas of cerrado, in soybean the sampling was carried out in three areas of the Escola de Agronomia da Universidade Federal de Goiás - Regional Goiânia - planted with different cultivars. For all samples, DNA extraction was performed using a modified CTAB method and the detection was done by means of PCR using primers PAL1v1978 and PAR1c496. For the extraction of RNA, four methods were tested for Xylopia aromatica and Piper arboreum: TRIzol® reagent (method 1), TRIzol® reagent with modifications (method 2) and two methods using CTAB buffer (methods 3 and 4) that present differences in buffers composition in each method. The one that presented the best results was tested to obtain purified RNA of five cerrado tree species. Method 4 was chosen because of its best absorbance ratio (A260 / A280) when compared to the other methods. The RT-PCR of the RNA extracted from five species of cerrado areas showed good results after RNA extraction performed by method 4, qualifying this method as appropriate to obtain quality RNA for the molecular analysis of cerrado species. In the detection of begomovirus in 30 tree species of the cerrado, only Cardiopetalum calophyllum was positive. This is the first report of begomovirus in Brazilian cerrado tree species. The presence of two begomovirus species, Sida micrantha mosaic virus (SimMV) and Tomato severe rugose virus (ToSRV), were detected in one of the areas in the soybean sampled in the areas of the Escola de Agronomia. The ToSRV species was not previously reported in soybean and presents great potential to become an important pathogen for this crop and also for uncultivated plants, since this virus causes great losses in other crops, mainly tomato, and it has been demonstrated that its host range has increased in recent years. / Para se entender como novos vírus surgem na agricultura, as zonas de interface entre os sistemas nativos e as áreas cultivadas tornam-se um interessante objeto de estudo. O pequeno número de estudos focados na detecção de vírus, principalmente de RNA, em espécies arbóreas do cerrado nas zonas de interface é devido à dificuldade de extração de ácidos nucleicos de qualidade para análises necessárias. No caso dos vírus de DNA, como os begomovírus, até o momento não haviam relatos em espécies arbóreas nesse tipo de vegetação. Os begomovírus estão entre os principais patógenos em diferentes culturas no Brasil, entretanto em soja, uma das principais culturas do país, esses vírus não estão entre os patógenos mais importantes para cultura, porém, é de grande importância identificar diferentes hospedeiras desses vírus e em que ambientes ocorrem para conhecer sua diversidade. Assim, o objetivo geral do trabalho foi detectar e identificar begomovírus em espécies arbóreas nativas do cerrado e em plantas de soja cultivadas próximas a áreas de vegetação nativa e também estabelecer protocolo de extração de RNA eficiente para espécies do cerrado com intuito de facilitar pesquisas futuras relacionadas com essas plantas. Para detecção de begomovírus, amostras de 30 espécies arbóreas foram coletadas de duas áreas de cerrado, em soja a amostragem foi realizada em três áreas da Escola de Agronomia da Universidade Federal de Goiás – Regional Goiânia – plantadas com diferentes cultivares. Para todas as amostras foi realizada a extração de DNA através de um método CTAB (Brometo de cetil trimetil amônio) modificado e a detecção foi feita por meio de PCR (Reação em cadeia da polimerase) utilizando os primers PAL1v1978 e PAR1c496. Para extração de RNA foram testados quatro métodos a partir de folhas de Xylopia aromatica e Piper arboreum: reagente TRIzol® (método 1), reagente TRIzol® com modificações (método 2) e dois métodos utilizando tampão CTAB (métodos 3 e 4) que possuem diferenças nos tampões utilizados em cada método. O que apresentou os melhores resultados foi testado para a obtenção de RNA purificado de cinco espécies arbóreas de cerrado. O método 4 foi escolhido devido aos seus melhores resultados na razão de absorbância (A260 / A280) quando comparado aos outros métodos. A RT-PCR do RNA extraído de cinco espécies de áreas de cerrado mostrou bons resultados após a extração de RNA realizada pelo método 4, qualificando este método como apropriado para obtenção de RNA de qualidade para análise molecular de espécies do cerrado. Na detecção de begomovírus em 30 espécies arbóreas do cerrado, apenas Cardiopetalum calophyllum foi positiva. Este é o primeiro relato de begomovírus em espécie arbórea do cerrado brasileiro. Na soja, as plantas sintomáticas amostradas nas áreas da Escola de Agronomia foram positivas, sendo que em uma das áreas foi detectada a presença de duas espécies de begomovírus: Sida micrantha mosaic virus (SimMV) e Tomato severe rugose virus (ToSRV). A espécie ToSRV não foi relatada anteriormente em soja e apresenta grande potencial para se tornar um importante patógeno para essa cultura e também para plantas não cultivadas, já que esse vírus causa grandes perdas em outras culturas, principalmente tomateiro, e tem sido demonstrado que sua gama de hospedeiras tem aumentado nos últimos anos.
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Isolamento em ovos embrionados e cultura celular do vírus da Laringotraqueíte Infecciosa e a padronização de um PCR em Tempo Real para a detecção do gene ICP4 deste vírus / Isolation in embryonated eggs and cell culture of infectious laryngotracheitis virus and standardization of Real Time PCR to detect ICP4 gene of this virus

Silvana Hipatia Santander Parra 09 December 2016 (has links)
A Laringotraqueíte Infecciosa (LTI) é uma doença respiratória altamente contagiosa, que acomete principalmente galinhas, é causada por um Gallid herpesvirus tipo 1. As aves infectam-se através do trato respiratório e por via ocular, sendo as aves com infecção clínica as principais transmissoras do vírus. Outras fontes de transmissão são as aves com infecções latentes, materiais de cama e fômites contaminados. Os sinais clínicos geralmente aparecem entre 6 a 12 dias da exposição natural e em infecções experimentais entre 4 a 7 dias pós infecção (p.i). Na forma subclínica pode-se observar uma leve traqueíte mucoide, sinusite, conjuntivite, com morbidade variável e baixa mortalidade. Na forma severa, as aves apresentam depressão, dispneia, espirros, corrimento nasal, conjuntivite, expectoração de secreção sanguinolenta. A taxa de morbidade é alta, comprometendo 100% do lote e a mortalidade pode ocorrer em até 70% do plantel, embora taxas de 10 a 20% sejam as mais frequentes. O agente causador desta doença pode ser propagado na membrana corio-alantóide (MCA) de embriões de frango em desenvolvimento e replicado em células de rim de frangos adultos, como também, em uma variedade de células epiteliais de embrião como do rim, do fígado e do pulmão. Existem vários procedimentos para o diagnóstico da LTI como: a observação de sinais clínicos, a observação de lesões macroscópicas e lesões histopatológicas e o uso de técnicas moleculares como: RFLP, PCR e PCR em tempo real. Como a PCR em tempo real apresenta uma maior sensibilidade quando comparada com outros métodos de diagnóstico, permite quantificar o número de cópias amplificadas do genoma viral, assim como, a diferenciação da doença na fase aguda ou crônica, reduzindo o número de possíveis falsos positivos, esta foi usada para a detecção deste vírus. O objetivo deste trabalho foi isolar o VLTI em ovos embrionados, descrever as lesões macroscópicas causadas pelo vírus, detectar o vírus pela reação de PCR em tempo real, usando como alvo da reação o gene ICP4, padronizar uma reação de PCR em Tempo Real usando a glicoproteína E como alvo da reação e propor o seu uso no diagnóstico de rotina. / The Infectious Laryngotracheitis (ILT) is a highly contagious respiratory disease that affects mainly chickens; caused by a Gallid herpesvirus type 1. Infect birds, by the respiratory tract and by the ocular route, the birds with clinical infection the main transmission of the virus. Other transmission sources are birds with latent infections, bedding materials and contaminated fomites. Clinical signs generally appear between 6 to 12 days exposure of the natural and in experimental infections between 4 and 7 days post infection (p.i). In subclinical form can observe a slight mucoid tracheitis, sinusitis, conjunctivitis, variable morbidity and low mortality. In the severe form, the birds present depression, dyspnea, sneezing, nasal discharge, conjunctivitis, expectoration of bloody discharge. The morbidity rate is high, impairing the lot 100% and mortality may occur in up to 70% of the flock, although 10 to 20% rates are the most frequent. The causative agent of this disease can be propagated in chorioallantoic membrane (CAM) of chicken embryos develop and replicated in adult chicken kidney cells as well as in a variety of epithelial-cell embryo as kidney, liver and lung. There are several procedures for the diagnosis of LTI as observation of clinical signs, observation of gross lesions and histopathological lesions, and the use of molecular techniques as RFLP, PCR and real time PCR. As the real-time PCR has greater sensitivity compared to other diagnostic methods to quantify the number of amplified copies of the viral genome, as well as the differentiation of the disease in the acute or chronic phase, reducing the number of potential false positives, this was used for detection of virus. The objective of this study was to isolate the VLTI in embryonated eggs, describe macroscopic lesions caused by the virus, detect the virus by PCR reaction in real time, using as a target of reaction the ICP4 gene, standardize a PCR reaction in real time using the glycoprotein E as a target of reaction and propose their use in routine diagnosis.
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Investigação do Metapneumovírus em população pediátrica atendia em um hospital da rede pública de Goiânia - Goiás / Metapneumovirus Investigation in pediatric population attended at a public hospital in Goiânia - Goiás

Sousa, João Paulo Gomes de 13 November 2017 (has links)
Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-12-08T12:17:08Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - João Paulo Gomes de Sousa - 2017.pdf: 1886122 bytes, checksum: 3663c656c9cf7fc3f9f9b7cecfcfc03d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-12-08T12:17:43Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - João Paulo Gomes de Sousa - 2017.pdf: 1886122 bytes, checksum: 3663c656c9cf7fc3f9f9b7cecfcfc03d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-08T12:17:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - João Paulo Gomes de Sousa - 2017.pdf: 1886122 bytes, checksum: 3663c656c9cf7fc3f9f9b7cecfcfc03d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-11-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The human metapneumovirus, first discovered and described in 2001, has been related to infections in the upper and lower respiratory tract, in all age groups, with severe cases frequently associated with children under five years old, elderlies and immune-compromised people. The present study aims to investigate the occurrence of hMPV in the pediatric population attended in the pediatry referral hospital, in the city of Goiânia - Goiás, evaluating symptomatic and asymptomatic patients. During the period of may/2014 and may/2015 251 nasal swab samples were collected from kids with age up to six years old, with respiratory infection symptoms or asymptomatic. The viral RNA was extracted using the QIAamp cador pathogen mini kit, and the extraction products were submitted to the reverse transcription reaction. The cDNA was submited a nested-PCR using specific primers to the amplification of a conserved region corresponded to the M gene. It was observed a global positivity index for the hMPV of 14.7% (37/251). In the group of children with respiratory infection, the positivity index was 16.6%, however, a significant index was also observed among asymptomatic children (12.3%). Analysis regarding the sample collection period did not show a statistically significant difference, reinforcing literature data that describe the circulation of this pathogen all year long. In Brazil there are few studies regarding the epidemiology of hMPV infections, being this the first report of hMPV occurrence in midwest, contributing to a better understanding of the role played by hMPV in the context of respiratory tract infections. / O Metapneumovírus Humano (hMPV), descoberto e descrito em 2001, vem sendo relacionado a infecções no trato respiratório superior e inferior, em todas as faixas etárias, com quadros graves mais frequentemente associados a crianças menores que cinco anos, idosos e imunocomprometidos. O presente estudo teve como objetivo investigar a ocorrência do hMPV em população pediátrica atendida em hospital de referência pediátrica do município de Goiânia-Goiás, avaliando pacientes sintomáticos e assintomáticos. Para isso, durante o período de maio/2014 a maio/2015 foram coletadas 251 amostras de swab nasal de crianças com idade inferior a seis anos de idade, apresentando quadro de infecção respiratória ou assintomáticas para a mesma. O RNA viral foi extraído utilizando o Kit QIAamp® cador® Pathogen Mini Kit e os produtos de extração foram submetidos à reação de transcrição reversa. A partir do DNA complementar obtido foi realizada uma nested-PCR utilizando iniciadores específicos para amplificação de uma região conservada correspondente ao gene M. Do total de amostras investigadas, foi observado um índice global de positividade para o hMPV de 14,7% (37/251). No grupo de crianças com quadro de infecção respiratória o índice de positividade foi de 16,6%, entretanto índice significativo também foi observado entre crianças assintomáticas (12,3%). Análise em relação ao período de coleta não demonstrou diferença estatisticamente significativa, reforçando dados da literatura que descrevem a circulação deste agente durante todo o ano. No Brasil, existem poucos estudos a respeito da epidemiologia das infecções por hMPV, sendo este o primeiro relato de ocorrência do hMPV na região centro-oeste, contribuindo para uma melhor compreensão do papel deste agente no contexto das infecções do trato respiratório.
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Detecção molecular e sorológica da infecção por Mycobacterium Leprae em casos e comunicantes de hanseníase e escolares de Oriximiná (PA)

FERREIRA, Denis Vieira Gomes 23 May 2011 (has links)
Submitted by Hellen Luz (hellencrisluz@gmail.com) on 2017-09-19T18:54:24Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_DeteccaoMolecularSorologica.pdf: 4742508 bytes, checksum: 1cdbdb5a669815e2144bba87d046d89c (MD5) / Rejected by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br), reason: Aguardar as orientações on 2017-10-10T16:49:49Z (GMT) / Submitted by Hellen Luz (hellencrisluz@gmail.com) on 2017-10-17T17:56:49Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_DeteccaoMolecularSorologica.pdf: 4742508 bytes, checksum: 1cdbdb5a669815e2144bba87d046d89c (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-11-23T15:46:22Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_DeteccaoMolecularSorologica.pdf: 4742508 bytes, checksum: 1cdbdb5a669815e2144bba87d046d89c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-23T15:46:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_DeteccaoMolecularSorologica.pdf: 4742508 bytes, checksum: 1cdbdb5a669815e2144bba87d046d89c (MD5) Previous issue date: 2011-05-23 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / A hanseníase é uma doença infecciosa crônica, que acomete primariamente pele e nervos periféricos, e suas principais manifestações clínicas são lesões com alterações de pigmentação e sensibilidade. Seu agente etiológico é o Mycobacterium leprae, um bacilo intracelular obrigatório, álcool ácido resistente em forma de bastão reto ou ligeiramente curvo. A transmissão ocorre através das vias aéreas superiores, e o padrão imunológico do hospedeiro varia desde uma elevada resposta imune mediada por células, conhecida como resposta do tipo Th1, a uma alta susceptibilidade a infecção com elevada resposta imune humoral, resposta do tipo Th2. Este estudo teve como objetivo, examinar clinicamente e correlacionar informações sócioepidemiológicas com os níveis de anticorpos IgM anti-PGL-1 no plasma, e a detecção por biologia molecular do M. leprae em swab nasal de casos e comunicantes de hanseníase notificados entre 2004 e 2008, além de escolares da rede pública de ensino do município de Oriximiná-Pará. Os resultados demonstram que: 1) os pacientes de hanseníase possuem condições precárias de habitação e alimentação, com quase 50% de privação alimentar; 2) aproximadamente 45% da população clinicamente saudável apresenta IgM anti-PGL-1 positivo, independente da idade, período de convivência com casos-índices ou presença ou ausência da cicatriz de BCG e; 3) o DNA do M. leprae é encontrado em 15 a 30% de comunicantes e casos, e em apenas 1,6% dos estudantes, não apresentando correlação com ELISA IgM anti-PGL- 1, com a forma clínica da doença ou com o tempo de evolução da hanseníase em indivíduos tratados com PQT nos 5 anos antes da coleta dos dados. Desta forma, a positividade do ELISA IgM anti-PGL-1 parece indicar a magnitude da exposição de uma população ao M. leprae, podendo contribuir para estudos epidemiológicos e na definição de grupos populacionais prioritários para a realização de busca ativa de casos de hanseníase em uma determinada comunidade. / Leprosy is a chronic infectious disease that primarily affects skin and peripheral nerves and its clinical signs are lesions with abnormal pigmentation and sensitivity. Its etiologic agent is Mycobacterium leprae, an obligate intracellular bacillus, acid fast rod-shaped straight or slightly curved. The transmission occurs through the upper airway, and the default host immune ranges from a high cell-mediated immune response, known as Th1 response, a high susceptibility to infection with high humoral immune response, Th2 response. This study aimed to examine clinical and socio-epidemiological information to correlate with levels of IgM anti-PGL-1 in plasma, and molecular detection of M. leprae in nasal swabs from cases and contacts of leprosy between 2004 and 2008, and schoolchildren from public schools in the city of Oriximiná Para. The results show that: 1) leprosy patients have poor housing and food, with almost 50% of food deprivation, 2) approximately 45% of clinically healthy presents IgM anti-PGL-1 positive, regardless of age, period of living with index cases or the presence or absence of a BCG scar and 3) the DNA of M. leprae is found in 15- 30% of cases and contacts, and only 1.6% of students did not show correlation with ELISA IgM anti-PGL-1, with the clinical form of the disease or the duration of the leprosy patients treated with MDT in the 5 years before data collection. Thus, the positivity of ELISA IgM anti-PGL-1 seems to indicate the magnitude of the exposure of a population to M. leprae, which may contribute to epidemiological studies and the definition of priority population groups to conduct active case finding of leprosy in a given community.
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Detecção de Papilomavírus Humano (HPV) em Adultos Jovens com idades entre 18 a 25 anos do Município de Leopoldo de Bulhões-GO

Roncato, Gerusa Cristhiny da Paixão 14 April 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2016-08-10T10:38:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 GERUSA CRISTHINY DA PAIXAO RONCATO.pdf: 1739734 bytes, checksum: e31f127c33ebfe10748de3fa7c77d454 (MD5) Previous issue date: 2011-04-14 / Genital infection by human papillomavirus (HPV) is considered the sexually transmitted disease most prevalent among the population. The man has represented an important role as virus reservoir and transmitter. Most HPV-infected men are asymptomatic. The HPV infection prevalence in young males is poorly understood and few studies are available. This study aim was to evaluate the HPV prevalence in a group of young adults, ages 18 and 25, male, living in the City of Leopoldo de Bulhões-GO. For viral genome detection, was used the polymerase chain reaction (PCR) technique with primers PGMY09/11 Line Blot. Descriptive statistics and their frequencies was performed for the variables related to socio-demographic and behavioral features in the group of asymptomatic men for HPV infection. To investigate the possible associations between related factors and the infection, univariate analysis was performed by chi-square test with Yates correction. The study involved a population of 57 asymptomatic men aged between 18 and 25 years old living in the city of Leopoldo de Bulhões-GO, selected at the Jose Francisco Vargas Health Center. Among the study group behavioral characteristics, 43.9% of subjects were single and 56.1% were married. The individual s age who initiated sexual activity was approximately 15 years old. All subjects were informed about the study and signed a free and clear consent form. The HPV infection prevalence in the study group was 31.6%. HPV infection was significantly associated with marital status and partner s number, in other words, infection was more prevalent among unmarried individuals (56%) who did not have a steady partner (57.1%). As for condom use and early sexual activity, HPV infection was not significantly associated. Our results demonstrate that a man behavioral factor represents a significant risk for HPV infection association / A infecção genital pelo papilomavírus humano (HPV) é considerada a doença sexualmente transmissível de maior prevalência na população mundial. O homem tem apresentado um importante papel como reservatório e o transmissor desse vírus. A maioria dos homens infectados pelo HPV são assintomáticos. A prevalência da infecção pelo HPV em jovens do sexo masculino é pouco conhecida e apenas alguns estudos encontram-se disponíveis. O objetivo deste trabalho foi avaliar a prevalência do HPV em um grupo de adultos jovens, com idades entre 18 e 25 anos, do sexo masculino, residentes no Município de Leopoldo de Bulhões-GO. Para a detecção do genoma viral utilizou a reação em cadeia da polimerase (PCR), utilizando a técnica com primers PGMY09/11. A estatística descritiva com suas respectivas freqüências foi realizada para as variáveis relativas às características sócio-demográficas, comportamentais no grupo de homens assintomáticos para infecção pelo HPV. Para investigar as possíveis associações entre os fatores relacionados e a infecção realizou-se análise univariada, pelo teste do qui-quadrado com correção de Yates, selecionados no Centro de Saúde José Franscisco Vargas. Dentre as características comportamentais do grupo estudado 43,9% dos indivíduos eram solteiros e 56,1% eram casados. A idade de início da atividade sexual foi de aproximadamente 15 anos. Todos os indivíduos foram informados sobre o estudo e assinaram o termo de consentimento livre e esclarecido. A prevalência da infecção pelo HPV no grupo estudado foi de 31,6%. A infecção pelo HPV esteve significativamente associada ao estado civil e ao número de parceiras, ou seja, a infecção foi mais prevalente nos indivíduos solteiros (56%) e que não apresentaram parceira fixa (57,1%). Quanto ao uso do preservativo e o início da atividade sexual a infecção pelo HPV não esteve significativamente associada. Nossos resultados demonstraram que fatores comportamentais do homem representam uma associação com risco significativo para a infecção pelo HPV
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Isolamento em ovos embrionados e cultura celular do vírus da Laringotraqueíte Infecciosa e a padronização de um PCR em Tempo Real para a detecção do gene ICP4 deste vírus / Isolation in embryonated eggs and cell culture of infectious laryngotracheitis virus and standardization of Real Time PCR to detect ICP4 gene of this virus

Parra, Silvana Hipatia Santander 09 December 2016 (has links)
A Laringotraqueíte Infecciosa (LTI) é uma doença respiratória altamente contagiosa, que acomete principalmente galinhas, é causada por um Gallid herpesvirus tipo 1. As aves infectam-se através do trato respiratório e por via ocular, sendo as aves com infecção clínica as principais transmissoras do vírus. Outras fontes de transmissão são as aves com infecções latentes, materiais de cama e fômites contaminados. Os sinais clínicos geralmente aparecem entre 6 a 12 dias da exposição natural e em infecções experimentais entre 4 a 7 dias pós infecção (p.i). Na forma subclínica pode-se observar uma leve traqueíte mucoide, sinusite, conjuntivite, com morbidade variável e baixa mortalidade. Na forma severa, as aves apresentam depressão, dispneia, espirros, corrimento nasal, conjuntivite, expectoração de secreção sanguinolenta. A taxa de morbidade é alta, comprometendo 100% do lote e a mortalidade pode ocorrer em até 70% do plantel, embora taxas de 10 a 20% sejam as mais frequentes. O agente causador desta doença pode ser propagado na membrana corio-alantóide (MCA) de embriões de frango em desenvolvimento e replicado em células de rim de frangos adultos, como também, em uma variedade de células epiteliais de embrião como do rim, do fígado e do pulmão. Existem vários procedimentos para o diagnóstico da LTI como: a observação de sinais clínicos, a observação de lesões macroscópicas e lesões histopatológicas e o uso de técnicas moleculares como: RFLP, PCR e PCR em tempo real. Como a PCR em tempo real apresenta uma maior sensibilidade quando comparada com outros métodos de diagnóstico, permite quantificar o número de cópias amplificadas do genoma viral, assim como, a diferenciação da doença na fase aguda ou crônica, reduzindo o número de possíveis falsos positivos, esta foi usada para a detecção deste vírus. O objetivo deste trabalho foi isolar o VLTI em ovos embrionados, descrever as lesões macroscópicas causadas pelo vírus, detectar o vírus pela reação de PCR em tempo real, usando como alvo da reação o gene ICP4, padronizar uma reação de PCR em Tempo Real usando a glicoproteína E como alvo da reação e propor o seu uso no diagnóstico de rotina. / The Infectious Laryngotracheitis (ILT) is a highly contagious respiratory disease that affects mainly chickens; caused by a Gallid herpesvirus type 1. Infect birds, by the respiratory tract and by the ocular route, the birds with clinical infection the main transmission of the virus. Other transmission sources are birds with latent infections, bedding materials and contaminated fomites. Clinical signs generally appear between 6 to 12 days exposure of the natural and in experimental infections between 4 and 7 days post infection (p.i). In subclinical form can observe a slight mucoid tracheitis, sinusitis, conjunctivitis, variable morbidity and low mortality. In the severe form, the birds present depression, dyspnea, sneezing, nasal discharge, conjunctivitis, expectoration of bloody discharge. The morbidity rate is high, impairing the lot 100% and mortality may occur in up to 70% of the flock, although 10 to 20% rates are the most frequent. The causative agent of this disease can be propagated in chorioallantoic membrane (CAM) of chicken embryos develop and replicated in adult chicken kidney cells as well as in a variety of epithelial-cell embryo as kidney, liver and lung. There are several procedures for the diagnosis of LTI as observation of clinical signs, observation of gross lesions and histopathological lesions, and the use of molecular techniques as RFLP, PCR and real time PCR. As the real-time PCR has greater sensitivity compared to other diagnostic methods to quantify the number of amplified copies of the viral genome, as well as the differentiation of the disease in the acute or chronic phase, reducing the number of potential false positives, this was used for detection of virus. The objective of this study was to isolate the VLTI in embryonated eggs, describe macroscopic lesions caused by the virus, detect the virus by PCR reaction in real time, using as a target of reaction the ICP4 gene, standardize a PCR reaction in real time using the glycoprotein E as a target of reaction and propose their use in routine diagnosis.
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Detecção de Circovírus e análise filogenética de AGV2 em frangos de corte / Circovirus detection and AGV2 phylogenetic analysis in broiler chicken

Yamakawa, Flavia Harumi Scheffer 14 August 2015 (has links)
Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA15MA178.pdf: 1072214 bytes, checksum: 2feb2bb4cea985aa369f44b04592defd (MD5) Previous issue date: 2015-08-14 / Chicken anemia virus (CAV) is an important virus that belongs to Circoviridae family, Gyrovirus genre, known to lead to significant losses in poultry, the viruses can cause immunosuppression and disease especially in young birds. CAV was the only virus of this family known to infect chickens by 2011, after the discovery of a new virus, the Avian Gyrovirus type 2 (AGV2). According to the literature, AGV2 is closely related to CAV, as well as being widely distributed in chickens in Brazil and other countries, but its pathogenic potential is unknown and studies on molecular epidemiology are still scarce. The present study aimed to detect CAV (Nested-PCR), and AGV2 (PCR) on DNA extracted from samples of thymus tissue of broiler chickens housed on two states of southern Brazil. In addition, perform phylogenetic analysis of AGV2 positive samples. Results showed that of 180 birds tested, 105 (58.33%) were positive for CAV and 39 (21.67%) positive for AGV2. On the positive material for AGV2 were selected eleven amplicons for sequencing and phylogenetic analysis, where it became clear that there were no differences among the samples. The sequences obtained were compared with samples from other countries, many of these detected in humans (HGyV). It was not possible in the present work, observe correlation between geographical distribution and genetic variability among most samples AGV2 now studied / O vírus da anemia das galinhas (CAV) é um importante vírus pertencente a família Circoviridae, gênero Girovirus, conhecido por levar a perdas significativas na avicultura, este vírus pode causar imunossupressão e doença principalmente em aves jovens. O CAV era o único vírus desta família conhecido por infectar galinhas até 2011, após a descoberta de um novo vírus, o Girovírus Aviário tipo 2 (AGV2). Segundo consta na literatura, o AGV2 está estreitamente relacionado ao CAV, além de estar amplamente distribuído em frangos no Brasil e em outros países, mas seu potencial patogênico ainda é desconhecido e trabalhos sobre sua epidemiologia molecular ainda são bastante escassos. Assim, o presente trabalho teve por objetivo realizar a detecção de CAV (Nested-PCR), e AGV2 (PCR) em amostras de DNA extraídas de tecido do timo, de aves alojadas em plantéis de frango de corte de dois estados da região Sul do Brasil. Além disso, realizar a análise filogenética de amostras positivas para AGV2. Os resultados apontaram que das 180 aves testadas 105 (58,33%)foram positivas para CAV e 39 (21,67%) positivas para AGV2. Do material positivo para AGV2 foram selecionados onze amplicons para sequenciamento e análise filogenética, onde foi possível evidenciar que não houve diferenças entre o material analisado. As sequências obtidas foram comparadas com amostras provenientes de outros países, muitas destas detectadas em humanos (HGyV), não tendo sido possível, no presente trabalho, observar correlação entre distribuição geográfica e variabilidade genética entre a maioria das amostras de AGV2 ora estudadas

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