Orientador: Adriano Mondini / Resumo: Arbovírus é o acrônimo de vírus transmitidos por artrópodes hematófagos. Estes podem causar surtos importantes envolvendo animais e humanos. Arbovírus como Dengue (DENV), Zika (ZIKV), Febre Amarela (YFV) e Chikungunya (CHIKV) causaram epidemias importantes no Brasil nas últimas décadas. Febre, artralgia, mialgia, dor retroorbital, cefaleia e exantema são sintomas iniciais comuns de infecções causadas por arbovírus. Devido à similaridade dos sintomas iniciais e do diagnóstico baseado em aspectos clínicos, arbovírus de circulação menos comum normalmente acabam não sendo detectados. A detecção da circulação de um arbovírus é importante para responder questões epidemiológicas, como sua origem e como ocorreu sua dispersão. Desta forma, este trabalho teve como objetivo realizar reconstrução filogenética do Flavivirus Encefalite de Saint Louis (SLEV), detectado em Araraquara (SP) e Sinop (MT), como também do Orthobunyavirus Oropouche (OROV) e de seus recombinates (OROV-like viruses), detectados no município de Ji-Paraná (RO). As amostras provenientes dos três municípios foram previamente testadas para a presença de Flavivirus, Alphavirus e Orthobunyavirus. O RNA viral foi obtido por dois métodos de extração e amplificado por PCR para posterior sequenciamento dos amplicons gerados. Em seguida, foi feita análise filogenética de sequências parciais dos genes que codificam a proteína NS5 de SLEV e o segmento S de OROV/OROV-like. A reconstrução filogenética sugere que o genótipo V de SLE... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Arbovirus is an acronym of arthropod-borne viruses. They can cause important outbreaks involving animals and humans. Arboviruses like Dengue (DENV), Zika (ZIKV), Yellow Fever (YFV), and Chikungunya (CHIKV) have been responsible for important epidemics in Brazil over the last decades. Fever, arthralgia, myalgia, retro-orbital pain, headache and rash are common initial symptoms found in infections by arboviruses. Due to the similar initial symptoms and diagnosis based on clinical aspects, several less frequent viruses are usually not even detected. The detection of a circulating arbovirus is important to tackle epidemiological questions, such as its origin and how it has spread. Therefore, the aim of this study was to perform the phylogenetic reconstruction of the Flavivirus Saint Louis Encephalitis (SLEV) that was detected in Araraquara (SP) and Sinop (MT), as well the Orthobunyavirus Oropouche (OROV) and its recombinants (OROV-like viruses) from Ji-Paraná (RO). Samples from the three cities were tested previously for the presence of Flavivirus, Alphavirus and Orthobunyavirus. Viral RNA was extracted with two methods and amplified by PCR for sequencing the generated amplicons. Thereafter, phylogenetic analysis were performed using partial sequences of the genes that encoding the NS5 protein of the SLEV and the S segment of the OROV/OROV-like. The phylogenetic reconstruction suggests that the genotype V of SLEV was circulating in Araraquara (SP) and Sinop (MT). Since only the S... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

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O objetivo deste estudo foi investigar a circulação de orthobunyavírus em Mato Grosso (MT). 529 amostras de soro obtidas entre outubro de 2011 e julho de 2012 de pacientes com doença febril aguda suspeita de dengue com até cinco dias do início dos sintomas em MT e 387 pools de mosquitos Cx quinquefasciatus capturados entre janeiro e abril de 2013 foram submetidos à nested RT-PCR para o segmento S de orthobunyavírus pertencentes ao sorogrupo Simbu. Amostras positivas foram testadas em pelo menos duas reações independentes e submetidas a sequenciamento nucleotídico para análise filogenética. Inoculou-se as amostras positivas em células vero. Dentre os 529 pacientes, 5 (0,94%) foram positivos para orthobunyavirus do sorogrupo Simbu por nested RT-PCR e isolamento viral. O vírus foi isolado de 3/8 pools. O segmento S do OROV foi identificado em cinco pacientes, quatro do sexo feminino, com 14-62 anos. Dois pacientes encontravam-se co-infectados com DENV-4. Estes pacientes são oriundos das cidades de Cuiabá (n=3), Várzea Grande (n=1) e Nova Mutum (n=1), todos residentes em área urbana, que apresentavam febre, cefaleia, dor retroorbital, mialgia, artralgia, prostação e náuseas. 8/387 pools de Cx. quinquefasciatus foram positivos para o segmento S do OROV por nested-RT-PCR, com taxa mínima de infecção (MIR) de 2,3 por 1000 mosquitos. As sequências obtidas do segmento S apresentaram 98% a 100% de homologia com o mesmo segmento das cepas do OROV verificadas no GenBank. A análise filogenética indica que as amostras de humanos e mosquitos pertencem ao subgenótipo Ia, similares a cepas do Pará obtidas de humanos, preguiças, Aedes (Ochlerotatus) serratus e Cx. quinquefasciatus. O genótipo I é o mais conservado e frequente no Brasil dentre os genótipos do OROV. Cx. quinquefasciatus, culicídeo de maior abundância em Cuiabá, é considerado vetor secundário do OROV em área urbana. Culicoides paraensis, principal vetor do OROV em áreas urbanas na região amazônica, não foi capturado neste estudo. Sorologia para o OROV foi identificada em residentes de cidades do Pará afetadas pela rodovia Cuiabá-Santarém e em primatas do Pantanal Sul-matogrossense, corroborando com a identificação do OROV em cidades do MT geograficamente interligadas por esta mesma rodovia. Infecções esporádicas por um orthobunyavirus do sorogrupo Simbu, possivelmente o OROV, foram identificadas em pacientes de MT, além de oito pools de Cx. quinquefasciatus em Cuiabá, indicando que este mosquito possui capacidade vetorial e pode estar envolvido no ciclo urbano de transmissão do vírus no estado. / The genus Orthobunyavirus, family Bunyaviridae, contains medically importante arboviruses. These are involved in epidemics of febrile illness in tropical areas. In Brasil, Oropouche virus (OROV) is considered the most frequent arbovirus after dengue virus (DENV). The aim of this study was to investigate the circulation of orthobunyaviruses in Mato Grosso (MT). 529 serum samples collected between October, 2011 and July, 2012 of patients with acute febrile illness suspected of dengue for up to five days of symptom onset from MT and 387 pools of Cx. quinquefasciatus mosquitoes captured between January and April, 2013, were subjected to nested RT-PCR for the segment S of orthobunyaviruses belonging to Simbu serogroup. Positive samples were tested in at least two independent reactions and subjected to nucleotide sequencing for phylogenetic analysis. Positive samples were inoculated in vero cells. Among the 529 patients, five (0.94%) were positive for serogroup Simbu by nested RT-PCR and viral isolation. The virus was isolated from 3/8 pools. The OROV segment S was identified in five patients, four females, with 14-62 years-old. Two patients were co-infected with DENV-4. These patients are from Cuiabá (n=3), Várzea Grande (n=1) and Nova Mutum (n=1), all residents in urban areas, presenting fever, headache, retroorbital pain, myalgia, arthralgia, prostration and nausea. 8/387 pools of Cx. quinquefasciatus were positive for OROV segment S by nested-RT-PCR with a minimum infection rate (MIR) of 2.3 per 1,000 mosquitoes. The segment S nucleotide sequences presented 98% to 100% of homology with the same segment of OROV strains available in GenBank. Phylogenetic analysis indicate the human and mosquito samples belong to genotype Ia, similar to strains obtained in Pará from humans, sloths, Aedes (Ochlerotatus) serratus and Cx. quinquefasciatus. The genotype I is the most conserved among OROV genotypes. Cx. quinquefasciatus, the most abundant culicidae in Cuiabá, is considered a secondary vector for OROV in urban areas. Culicoides paraensis, the main vector for OROV in urban areas in the Amazon region, was not captured in the study. Serology for OROV was identified in humans in cities of Pará affected by the Cuiabá-Santarém highway and in primates in South Pantanal, corroborating for the findings in cities of MT geographically linked by the same highway. Sporadic infections by an orthobunyavirus from Simbu serogroup, possibly OROV, were identified in patients from MT, also eight Cx. quinquefasciatus pools from Cuiabá, indicating that has vectorial capacity and may be involved in the urban cycle of virus transmission in the state.

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