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MOTA, Rosa Maria Salani. Respondent Driven Sampling (RDS) aplicado à população de homens que fazem sexo com homens no Brasil. 2012. 189 f. Tese (Doutorado em Saúde Pública) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2012. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2014-01-13T11:52:45Z No. of bitstreams: 1 2012_tese_rmsmota.pdf: 6131750 bytes, checksum: cb9fb63c55db61f8c6b8276aaa755008 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2014-01-13T11:53:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_tese_rmsmota.pdf: 6131750 bytes, checksum: cb9fb63c55db61f8c6b8276aaa755008 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-01-13T11:53:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_tese_rmsmota.pdf: 6131750 bytes, checksum: cb9fb63c55db61f8c6b8276aaa755008 (MD5) Previous issue date: 2012 / The estimators for population parameters in samples collected by sampling Respondent Driven Sampling (RDS) are sensitive to the presence of observations ignored and tends to underestimate the population parameters. The absence of a clearly defined sampling frame for the collection of samples from populations considered hidden and/or difficult access made the RDS became an important tool for biological and behavioral surveillance in these populations at higher risk for HIV, especially Brazil. Considered a method of sampling in the reference chain, RDS uses information about the connections of social networks for specific asymptotically unbiased estimators of population characteristics and accuracy of these estimators. Multicenter cross-sectional epidemiological and behavioral surveillance for MSM populations in 18 years or more was conducted in 10 cities (Manaus, Recife, Salvador, Campo Grande, Brasilia, Curitiba, Itajaí, Santos, Belo Horizonte and Rio de Janeiro) in 2009 and collected in each municipality, a sample through RDS. This study offered the rapid test for diagnosis of HIV infection to those who agreed to participate in a pre-counseling. All participants were asked about testing for HIV prior to the research and about which the diagnosis obtained. By simulating a dichotomous variable (eg, HIV serology positive or negative) without comment ignored in recruiting network in Rio de Janeiro and later recruited 18 deletions, that is, the unknown sample is evaluated from a number of observations significantly smaller than the original sample and the parameter in question (HIV prevalence) is underestimated. Still, with the allocation of single serology ignored in the descriptive context, it is observed in samples with attribution, biological markers indicating that more accurate values. Multicentre study for the group of participants who self-reported positive or negative serology for HIV rapid test and performed the research notes to self-reports, high correlation (0.88) and 100% sensitivity with gold standard rapid test for HIV diagnosis. Finally, estimating the prevalence of HIV in the samples observed by county and general, and the proposed allocation of the self-reported HIV positive and HIV serology subsequent assignment of + / - through three proposed charges: are all negative, proximity of the participants in the network recruitment and by logistic regression. It is found in samples collected from the estimated overall HIV prevalence was equal to 11.1%, by municipality, the lower prevalence in Santos (2.6%) and highest in Rio de Janeiro (17.6%).With the charges tend to increase the prevalence and the highest estimates are found with the imputation logistic regression in 7 of 9 municipalities assessed by this methodology. The estimated overall HIV logistic regression is 14.2% and, by municipality, the lower prevalence in Recife (5.2%) and highest in Brasilia (23.7%). The allocation of serology for HIV by the Logistic Regression occurs by municipality and by a model with a minimum accuracy of 70%. / Os estimadores para parâmetros populacionais em amostras coletadas pelo método de amostragem Respondent Driven Sampling (RDS) são sensíveis à presença de observações ignoradas e tendem a subestimar os parâmetros populacionais. A ausência de um quadro de amostragem bem definido para a coleta de amostras em populações consideradas escondidas e/ou de acesso difícil fez com que o RDS se tornasse uma importante ferramenta de vigilância comportamental e biológica nessas populações com maior risco para o HIV, em especial no Brasil. Considerado um método de amostragem em cadeia de referência, o RDS utiliza informações sobre as conexões das redes sociais para obter estimadores contingentes assintoticamente imparciais das características populacionais e a precisão desses estimadores. Estudo multicêntrico de corte transversal para vigilância epidemiológica e comportamental em populações de HSH com 18 anos ou mais foi realizado em dez cidades brasileiras (Manaus, Recife, Salvador, Campo Grande, Brasília, Curitiba, Itajaí, Santos, Belo Horizonte e Rio de Janeiro) no ano de 2009 e, coleta, em cada município, uma amostra pelo RDS. Neste estudo, foi oferecido o teste rápido para diagnóstico da infecção por HIV àqueles que aceitam participar de um pré-aconselhamento. Todos os participantes foram inquiridos sobre a realização de testes anti-HIV anteriores ao da pesquisa e sobre qual o diagnóstico obtido. Com a simulação de uma variável dicotômica (exemplo: sorologia para HIV positiva ou negativa) sem observações ignoradas na rede de recrutamento do Rio de Janeiro e posteriores exclusões de 18 recrutados, encontra-se que, a amostra com ignorados é avaliada com base em um número de observações significativamente menor que o da amostra original e o parâmetro em questão (prevalência do HIV) é subestimado. Ainda, com a imputação única das sorologias ignoradas, no contexto descritivo, observam-se, nas amostras com imputação, marcadores biológicos que indicam valores mais acurados. No estudo multicêntrico, para o grupo de participantes que autorrelatou sorologia positiva ou negativa para o HIV e realizou teste rápido na pesquisa, observa-se para os autorrelatos elevada concordância (0,88) e sensibilidade de 100% com o padrão-ouro teste rápido para diagnóstico do HIV. Finalmente, estimando a prevalência para o HIV nas amostras observadas por município e geral, e, com a proposta da imputação pelo autorrelato do HIV positivo e posterior atribuição de sorologia HIV +/- mediante três propostas de imputações: todos são negativos, proximidade dos participantes na rede de recrutamento e pela regressão logística. Encontra-se nas amostras coletadas a estimativa geral da prevalência do HIV igual a 11,1% sendo, por município, a menor prevalência em Santos (2,6%) e a maior no Rio de Janeiro (17,6%). Com as imputações as prevalências tendem a aumentar e as maiores estimativas são encontradas com a imputação por meio da regressão logística em sete de nove municípios avaliados por essa metodologia. A estimativa geral do HIV pela regressão logística é 14,2% sendo, por município, a menor prevalência no Recife (5,2%) e a maior em Brasília (23,7%). A imputação da sorologia de infecção por HIV pela regressão logística ocorre por município e por intermédio de um modelo com acurácia mínima igual a 70%.

Nous nous sommes intéressés dans cette étude à l'estimation de la loi de la durée de séjour en prenant en compte les individus sur lesquels l'évènement d'intérêt et la censure peuvent se produire dans un même intervalle et être observés. Pour cela, nous avons proposé deux approches d'estimation non paramétrique basées sur une approximation asymptotique quand la longueur de l'intervalle entre deux dates consécutives d'observation tend vers 0. La première est basée sur une relation intégrale et la deuxième est basée sur une restauration des durées de séjour. Nous nous sommes servis de ces approches pour monter un modèle de croissance des fruits du cacaoyer en fonction du climat. Nous avons également estimé la sensibilité (probabilité de pénétration et de réussite d'infection) des fruits en fonction de leur stade et le potentiel infectieux (nombre moyen de spores sur un fruit) par date. Ce potentiel infectieux nous permettrait de monter un modèle du potentiel infectieux en fonction des fruits attaqués. La connaissance du potentiel infectieux en fonction des fruits attaqués, de l'estimation de la sensibilité suivant les stades, de l'estimation du modèle de croissance permettra alors de monter un modèle dynamique du potentiel infectieux pour prédire le risque d'évolution de la pourriture brune des fruits du cacaoyer / We are interested in this study in estimating the lifetime distribution by taking into consideration individuals on which the interest event and the censorship can occur in the same intervaland both events were then observed. We proposed two nonparametric approaches based on an asymptotic approximation when the lengthbetween two consecutive observation days tends to 0. The first one was based on an integral relationship and the second one on a lifetime restoration. We used theses approaches to build a fruitgrowth model depending on climatic variables. We also estimated the susceptibility (success probability of attack by a spore on a fruit) of the fruit depending of its developmental stage and theinfectious potential of the disease over time.This infectious potential could help to build a model of infectious potential depending on infected fruits. The knowledge of the infectious potential depending on infected fruits, the estimation of the susceptibility of the fruit and the model of growth will allow to built a dynamic model of infectious potential to predict the evolution risk of disease progression

This thesis describes the survival analysis, exactly Kaplan-Meier estimate. A main part of the thesis deals with the problem of censored data, which is typical for survival analysis. The empirical part describes lenght of PhD studies at the Faculty of Informatics and Statistics and their "survival" in studies by Kaplan-Meier curves. First are analyzed uncensored data and then the whole data set (censored and uncensored data).

Background: Knowledge of the incidence of tuberculosis (TB) and hospitalization postpartum could reduce maternal morbidity and mortality. TB infections are prevalent in pregnant women living with Human immunodeficiency virus (HIV) compared to women not living with HIV in South Africa. Adherence to Antiretroviral Therapy (ART) is poor among pregnant and postpartum women living with HIV (WLHIV), thus making WLHIV at a higher risk of hospitalization postpartum, due to the increased risk of Cesarean delivery (CD) and obstetric conditions as a result of HIV. The prevalence of TB among pregnant and postpartum women is poorly defined including in high prevalence TB and HIV locations, indicating limited evidence. The aim is to explore the incidence of TB and hospitalization within four years postpartum among WLHIV, including associated risk factors. Methodology: The study population is from phase 2 of the Maternal and Child HealthAntiretroviral Therapy (MCH-ART) study. It is a single-arm observational cohort study of 628 WLHIV who attended antenatal care (ANC). Enrolment into phase 1 began in March 2013, the final deliveries from phase 2 were in December 2014, and the final follow-up visits were completed in 2016. MCH-ART is an ongoing study with global approval examining strategies for providing HIV care and treatment to HIV-infected women who initiate ART during pregnancy and their HIV-exposed infants. This study took place at the Midwife-Obstetric Unit (MOU) at Gugulethu Community Health Centre, Western Cape South Africa. It consists of three connected study designs and three phases through the antenatal and postnatal periods. Phase 1 is a cross-sectional study, phase 2 is a cohort study and phase 3 is a randomized trial. Kaplan-Meier survival analysis was used to assess the incidence of TB and hospitalization over time among ix WLHIV up to four years postpartum and Cox regression was used to measure the effect of risk factors on the incidence of TB and hospitalization. Results: Thirty-five (35) WLHIV developed TB postpartum at a total person-time of 2365.1 woman-years. The incidence rate (IR) of developing TB among WLHIV postpartum was 1.48 (95% CI=1.03-2.06) cases per 100 woman-years from 2013 to 2018. Twenty-three (23) WLHIV was hospitalized postpartum and a total person-time of 552.8 woman-years was spent. The IR of hospitalization among WLHIV postpartum was 4.16 (95% CI=2.64-6.24) cases per 100 womanyears from 2013 to 2018. The IR of TB and hospitalization among WLHIV postpartum is statistically significant. Adjusting, for other risk factors, the history of diabetes at ANC, the history of TB at ANC and CD4 count (200 - <500) cells/mm3 at ANC also significantly increases the incidence of TB postpartum, whereas, obstetric reasons is associated with the hospitalization of WLHIV.

Indiana University-Purdue University Indianapolis (IUPUI) / The crossing of Kaplan-Meier survival curves presents a challenge when conducting survival analysis studies, making it unclear whether any of the study groups involved present any significant difference in survival. An approach involving the determination of maximum vertical distance between the curves is considered here as a method to assess whether a survival advantage exists between different groups of patients. The method is illustrated on a dataset containing survival times of patients treated with two cancer treatment regimes, one involving treatment by chemotherapy alone, and the other by treatment with both chemotherapy and radiotherapy.

Introdução: As técnicas mais comumente empregadas em análise de sobrevida que utilizam dados censurados são o estimador produto limite de Kaplan-Meier (KM) e o modelo de riscos proporcionais de Cox. Estas técnicas têm como suposição que a causa da perda de seguimento seja independente do tempo de sobrevida. Objetivo: O presente estudo visa a analisar o efeito das perdas de seguimento nestas duas técnicas. Material e Métodos: O estudo foi realizado utilizando-se o banco de dados dos pacientes cadastrados no Registro Hospitalar do Hospital do Câncer de São Paulo em 1994. Foram elaborados 28 bancos de dados simulando perdas informativas e não informativas. A perda informativa foi simulada transformando os óbitos em vivos, na proporção de 5 a 50%. A perda não informativa foi simulada através do sorteio de 5 a 50% do total do banco. O estimador de Kaplan-Meier (KM) foi utilizado para estimar a sobrevida acumulada no primeiro, terceiro e quinto ano de seguimento, e o modelo de riscos proporcionais de Cox para estimar as hazard ratio (HR). Todas as estimativas obtidas no KM e as HR's foram comparadas com os resultados do banco de dados original. Resultados: Houve maior proporção de perda nos pacientes com maior escolaridade, admitidos por convênio e particular e os menos graves (estádio I ou II). Quanto maior a proporção de perda informativa, maior a diferença alcançada nas estimativas realizadas pelo KM, verificando-se que a perda de seguimento superior a 15% acarretou diferenças superiores a 20% nas estimativas da probabilidade de sobrevida. As HR's foram menos afetadas, e proporções superiores a 20% de perda de seguimento acarretaram variações de cerca de 10% nas estimativas. Quando as perdas foram não informativas não houve diferenças significativas nas estimativas pelo KM e nas HR's em relação ao banco original. Conclusões: É importante avaliar se as perdas ocorridas em estudos de coorte são informativas ou não, pois se forem podem acarretar distorções principalmente nas estimativas feitas pelo método de KM. / Introduction: The Kaplan Meier product limit estimator (KM) and the Cox proportional hazard (HR) model are the most used tools in survival analysis. These two methods have the key assumption that censoring must be independent from the survival time. Objective: To analyze the consequences of loss to follow up in these two methods. Methods: The study has utilized the data of the Cancer Registry of the patients of Hospital do Cancer in São Paulo of 1994. The informative censure was simulated transforming the death by 5 to 50% into alive. Besides 5 to 50% was spared at random simulating the non-informative censoring. The survival probability and was calculated to the first, third and fifth year of follow –up. All the estimated probabilities and HR’s were compared with the results of the original data. Results: Patients with greater scholars, lower stages and admitted by health plans or private had more losses to follow up. The maximum proportion of accepted loss to follow –up is 10% to 15% when using the KM estimator, and the HR are less affected by the loss to follow-up and one can afford having 20% of it. When the losses were non informative there were no differences between the original probabilities. Conclusions: The possibility of over or under estimated probability must be analyzed in the presence of the losses to follow- up when using the KM and HR in survival analyses.

Introdução: As técnicas mais comumente empregadas em análise de sobrevida que utilizam dados censurados são o estimador produto limite de Kaplan-Meier (KM) e o modelo de riscos proporcionais de Cox. Estas técnicas têm como suposição que a causa da perda de seguimento seja independente do tempo de sobrevida. Objetivo: O presente estudo visa a analisar o efeito das perdas de seguimento nestas duas técnicas. Material e Métodos: O estudo foi realizado utilizando-se o banco de dados dos pacientes cadastrados no Registro Hospitalar do Hospital do Câncer de São Paulo em 1994. Foram elaborados 28 bancos de dados simulando perdas informativas e não informativas. A perda informativa foi simulada transformando os óbitos em vivos, na proporção de 5 a 50%. A perda não informativa foi simulada através do sorteio de 5 a 50% do total do banco. O estimador de Kaplan-Meier (KM) foi utilizado para estimar a sobrevida acumulada no primeiro, terceiro e quinto ano de seguimento, e o modelo de riscos proporcionais de Cox para estimar as hazard ratio (HR). Todas as estimativas obtidas no KM e as HR's foram comparadas com os resultados do banco de dados original. Resultados: Houve maior proporção de perda nos pacientes com maior escolaridade, admitidos por convênio e particular e os menos graves (estádio I ou II). Quanto maior a proporção de perda informativa, maior a diferença alcançada nas estimativas realizadas pelo KM, verificando-se que a perda de seguimento superior a 15% acarretou diferenças superiores a 20% nas estimativas da probabilidade de sobrevida. As HR's foram menos afetadas, e proporções superiores a 20% de perda de seguimento acarretaram variações de cerca de 10% nas estimativas. Quando as perdas foram não informativas não houve diferenças significativas nas estimativas pelo KM e nas HR's em relação ao banco original. Conclusões: É importante avaliar se as perdas ocorridas em estudos de coorte são informativas ou não, pois se forem podem acarretar distorções principalmente nas estimativas feitas pelo método de KM. / Introduction: The Kaplan Meier product limit estimator (KM) and the Cox proportional hazard (HR) model are the most used tools in survival analysis. These two methods have the key assumption that censoring must be independent from the survival time. Objective: To analyze the consequences of loss to follow up in these two methods. Methods: The study has utilized the data of the Cancer Registry of the patients of Hospital do Cancer in São Paulo of 1994. The informative censure was simulated transforming the death by 5 to 50% into alive. Besides 5 to 50% was spared at random simulating the non-informative censoring. The survival probability and was calculated to the first, third and fifth year of follow –up. All the estimated probabilities and HR’s were compared with the results of the original data. Results: Patients with greater scholars, lower stages and admitted by health plans or private had more losses to follow up. The maximum proportion of accepted loss to follow –up is 10% to 15% when using the KM estimator, and the HR are less affected by the loss to follow-up and one can afford having 20% of it. When the losses were non informative there were no differences between the original probabilities. Conclusions: The possibility of over or under estimated probability must be analyzed in the presence of the losses to follow- up when using the KM and HR in survival analyses.

A regressão quantílica para dados censurados é uma extensão dos modelos de regressão quantílica que, por levar em consideração a informação das observações censuradas na modelagem, e por apresentar propriedades bastante satisfatórias, pode ser vista como uma abordagem complementar às metodologias tradicionais em Análise de Sobrevivência, com a vantagem de permitir que as conclusões inferenciais sejam tomadas facilmente em relação aos tempos de sobrevivência propriamente ditos, e não em relação à taxa de riscos ou a uma função desse tempo. Além disso, em alguns casos, pode ser vista também como metodologia alternativa aos modelos clássicos quando as suposições destes são violadas ou quando os dados são heterogêneos. Apresentam-se nesta dissertação três técnicas para modelagem com regressão quantílica para dados censurados, que se diferenciam em relação às suas suposições e forma de estimação dos parâmetros. Um estudo de simulação para comparação das três técnicas para dados com distribuição normal, Weibull e log-logística é apresentado, em que são avaliados viés, erro padrão e erro quadrático médio. São discutidas as vantagens e desvantagens de cada uma das técnicas e uma delas é aplicada a um conjunto de dados reais do Instituto do Coração do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. / Censored quantile regression is an extension of quantile regression, and because it incorporates information from censored data in the modelling, and presents quite satisfactory properties, this class of models can be seen as a complementary approach to the traditional methods in Survival Analysis, with the advantage of allowing inferential conclusions to be made easily in terms of survival times rather than in terms of risk rates or as functions of survival time. Moreover, in some cases, it can also be seen as an alternative methodology to the classical models when their assumptions are violated or when modelling heterogeneity of the data. This dissertation presents three techniques for modelling censored quantile regression, which differ by assumptions and parameter estimation method. A simulation study designed with normal, Weibull and loglogistic distribution is presented to evaluate bias, standard error and mean square error. The advantages and disadvantages of each of the three techniques are then discussed and one of them is applied to a real data set from the Heart Institute of Hospital das Clínicas, University of São Paulo.

A regressão quantílica para dados censurados é uma extensão dos modelos de regressão quantílica que, por levar em consideração a informação das observações censuradas na modelagem, e por apresentar propriedades bastante satisfatórias, pode ser vista como uma abordagem complementar às metodologias tradicionais em Análise de Sobrevivência, com a vantagem de permitir que as conclusões inferenciais sejam tomadas facilmente em relação aos tempos de sobrevivência propriamente ditos, e não em relação à taxa de riscos ou a uma função desse tempo. Além disso, em alguns casos, pode ser vista também como metodologia alternativa aos modelos clássicos quando as suposições destes são violadas ou quando os dados são heterogêneos. Apresentam-se nesta dissertação três técnicas para modelagem com regressão quantílica para dados censurados, que se diferenciam em relação às suas suposições e forma de estimação dos parâmetros. Um estudo de simulação para comparação das três técnicas para dados com distribuição normal, Weibull e log-logística é apresentado, em que são avaliados viés, erro padrão e erro quadrático médio. São discutidas as vantagens e desvantagens de cada uma das técnicas e uma delas é aplicada a um conjunto de dados reais do Instituto do Coração do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. / Censored quantile regression is an extension of quantile regression, and because it incorporates information from censored data in the modelling, and presents quite satisfactory properties, this class of models can be seen as a complementary approach to the traditional methods in Survival Analysis, with the advantage of allowing inferential conclusions to be made easily in terms of survival times rather than in terms of risk rates or as functions of survival time. Moreover, in some cases, it can also be seen as an alternative methodology to the classical models when their assumptions are violated or when modelling heterogeneity of the data. This dissertation presents three techniques for modelling censored quantile regression, which differ by assumptions and parameter estimation method. A simulation study designed with normal, Weibull and loglogistic distribution is presented to evaluate bias, standard error and mean square error. The advantages and disadvantages of each of the three techniques are then discussed and one of them is applied to a real data set from the Heart Institute of Hospital das Clínicas, University of São Paulo.