While bacterioplankton indisputably control vital biogeochemical paths in the cycling of carbon and nutrients in the world’s oceans, our knowledge about the functional and genetic diversity of bacterioplankton communities is negligible. In this thesis, molecular and more traditional microbiological methods were used to study the specific function of N2-fixation and in a general sense diversity of marine bacterioplankton species. Most oceans are nitrogen limited and, therefore, adaptive to bacterioplankton capable of N2-fixation. Recent studies have found nifH genes (coding for the nitrogenase enzyme) related to diverse heterotrophic bacteria in oceanic seawater samples indicating that, along with cyanobacteria, also heterotrophic bacteria benefit from N2-fixation. Here, molecular and cultivation methods were used to examine diazotrophic bacterioplankton in the Baltic Sea. We successfully isolated heterotrophic N2-fixing bacteria belonging to the γ-proteobacterial class by means of low-nitrogen plates and semi-solid diazotrophic medium tubes. The isolates required low-O2 conditions for N2-fixation. Using Real-time PCR it was found that heterotrophic bacterioplankton carrying the nifH gene was abundant (3 x 104 nifH gene copies L seawater-1) at locations in the Southwest Baltic proper. With the aim to identify the main N2-fixing organisms in Baltic Proper surface waters, a clone library of nifH gene transcripts (RNA) was generated. Clone inserts were exclusively related to Aphanizomenon sp. and Nodularia sp. Using quantitative real-time PCR it was found that the nifH gene expression from Nodularia sp. was highly variable between stations in the Baltic Proper but was 10-fold higher during mid summer relative to early summer and fall. A diel study showed a 4-fold increase in Nodularia transcript concentrations at early to mid day relative to rest of the day. Real-time PCR was found to be a powerful and highly sensitive method for measuring gene expression. Since nucleic acids are a prerequisite for molecular analyses of bacterioplankton dynamics a protocol to extract DNA from seawater samples was developed with the aim to maximize the yield of high-quality DNA. Each step in the protocol was important for the efficiency of extraction. The obtained extraction efficiencies were up to 92% for seawater samples and up to 96% for isolates. The protocol provides a guideline for DNA extraction from seawater samples for other studies. In a global sampling campaign (9 locations from polar, tropical and temperate regions) we sampled DNA from surface water and constructed 16S rRNA gene libraries to investigate diversity and biogeography of bacterioplankton. Approx. 80% of the sequences found were similar to sequences already deposited in GenBank, indicating that a large fraction of the marine bacterioplankton already has been sampled, which in turn suggests a limited global bacterioplankton diversity. This thesis have improved our knowledge about the composition and nifH gene expression of the diazotrophic bacterioplankton community in the Baltic Sea and contribute significantly to the discussion on global marine bacterioplankton diversity and biogeography. / Östersjön är ett av världens största brackvattensystem. Den ekologiska balansen i detta hav är hotad på grund av övergödning. Mycket arbete har därför fokuserats på att reducera utsläppen av näringsämnen, speciellt kväve. Dessa ansträngningar kan dock motverkas av bakterier som har förmåga att omvandla luftens kväve till metaboliskt användbart ammonium (kvävefixering). På sommaren är Östersjöns primärproduktion begränsad av kväve, med följden att det årligen uppstår massiva blomningar av kvävefixerande bakterier, framför allt cyanobakterier. Dessa är främst Aphanizomenon och Nodularia, men inte endast de fototrofa cyanobakterierna har förutsättningar att fixera N2. NifH gener (genen som kodar för nitrogenas) bärs också av heterotrofa bakterioplankton, vilket har visats i studier i främst Atlanten och Stilla havet. Med hjälp av två olika odlingsmetoder lyckades vi isolera heterotrofa kvävefixerande bakterier tillhörande klassen γ-proteobakteria från Östersjön. Svårigheten med att finna dessa bakterier ligger i att de kräver en miljö med mycket låg syrehalt för att kunna fixera kväve. Resultaten från denna studie ledde oss vidare till att undersöka vilka organismer som uttrycker nifH genen (och då troligen även fixerar kväve) i Östersjön. En av de bakterier som isolerats kunde påvisas med Realtids PCR i ett relativt stort antal (3 x 104 nifH genkopior per liter) vid en av de ursprungliga provtagningsstationerna. För att söka rätt på de olika organismtyper som uttrycker nifH skapades ett klonbibliotek baserat på mRNA extraherat från havsvatten. Det visade sig då att alla de närmare 100 kloner som sekvenserades tillhörde antingen Aphanizominon eller Nodularia. De heterotrofa bakteriernas nifH genuttryck var troligen i jämförelse med dessa cyanobakterier alltför lågt för att kunna detekteras. Realtids PCR mätningar av Nodularias nifH genuttryck visade på en stor variation mellan de olika provtagningsstationerna samt mellan de olika provtagningstillfällena. Vi fann dock en kraftig ökning under juli med en nedgång igen i augusti. En dygnscykelstudie visade att Nodularia nifH genuttrycket ökade under förmiddagen med en topp mitt på dagen för att sedan minska igen. Detta troligen med anledning av att den energikrävande kvävefixeringsprocessen sker under de ljusa timmarna då cellen får energi från fotosyntesen. I de molekylärbiologiska metoderna som används för att få information om identitet och aktivitet hos skilda organismer krävs att DNA och RNA kan extraheras från prover tagna i naturliga vattenmiljöer. Även om antalet bakterier tillsynes är högt, så är mängden DNA och RNA per liter havsvatten relativt låg, därför krävs ett väl fungerande protokoll för denna extraktion. I en inledande studie i denna avhandling optimerades en metod för att utvinna DNA. Ett antal sådana protokoll finns publicerade men dessa har ofta lågt utbyte. Det nya protokollet har hög effektivitet, vilket gör att små provvolymer kan användas (2 ml jämfört med tidigare flera liter) och därmed ökar hanterbarheten. Vi visar i denna studie att varje steg 7 i DNA-extraktionsprotokollet är viktigt för att ge en hög effektivitet. Detta protokoll kan med fördel användas som vägledning för många olika typer av studier. På grund av att många havsbakterier inte kan bilda kolonier och alltså inte växa på traditionella medier har det varit svårt att få en klar bild av artrikedomen. Molekylärbiologin har dock gjort det möjligt att identifiera bakterier med hjälp av 16S rRNA genen, en enorm mängd gensekvenser från världens alla hav har inkommit till den gemensamma databanken (GenBank). År 2002 gjordes en studie där man sammanställde informationen i denna databank, för att få en bild av artrikedomen i världshaven. Resultatet av denna studie var att det i världshaven fanns färre bakterietyper än vad många forskare har spekulerat i. I denna avhandlig har vi utfört en studie där vi gjorde en stor global provtagning för att se om denna undersökning överensstämde med den datainformativa. Provtagning från nio lokaliteter gjordes i de tempererade, tropiska och polarhaven. Ett genbibliotek från varje lokal gjordes och kloner sekvenserades. Resultatet visar i likhet med den datainformativa undersökningen på en begränsad artrikedom. 80% av gensekvenserna fanns redan i databanken, vilket tyder på att de flesta arter redan har blivit funna. Dessutom visade det sig att få av bakterierna återfanns på alla ställen och många återfanns endast på ett ställe. Utöver detta visade det sig att det fanns en ökad artrikedom ju närmare ekvatorn man kom, vilket tidigare har visats för större organismer. Studierna i denna avhandling har ökat förståelsen för hur sammansättningen av det kvävefixerande bakteriesamhället i Östersjön ser ut samt bidragit till diskussionen om den globala artrikedomen bland bakterioplakton och dess utbredning.

Mälaren är Sveriges tredje största sjö och även den dricksvattentäkt som försörjer flest människor i Sverige med vatten. Ett hot mot Mälarens vattenkvalité är algblomningar då vissa cyanobakterier producerar giftiga cyanotoxiner. Under 60-talet ledde övergödningen i Mälaren till kraftiga algblomningar och för att kunna råda bot på problemet infördes ett övervakningsprogram som nu har följt Mälarens utveckling i snart 60 år. I denna studie undersöktes med hjälp av detta övervakningsprogram vid vilka förhållanden cyanobakterier, framförallt de kvävefixerande Nostocales, frodas i Mälaren. Därefter önskades slutsatser kunna dras om vilka åtgärder som kan vara lämpliga för hålla nere populationen och därmed inte utgöra en risk för dricksvattenkvalitén.  Först genomfördes en långtidsstudie för att analysera vilka parametrar som historiskt har haft den tydligaste kopplingen till biovolymen växtplankton, cyanobakterier och Nostocales med hjälp av en multivariat regressionsmodell (PLS). Från detta framgick att de undersökta parametrarna kunde förklara 29 % av variationen i biovolymen för växtplankton, 41 % för cyanobakterier och 45 % för Nostocales. För växtplankton var pH och siktdjup de parametrar som kunde förklara störst del av variationen i biovolym och för cyanobakterier och Nostocales var istället vattentemperaturen, oorganiskt kväve/totalfosfor samt halten oorganiskt kväve de parametrar som hade tydligast koppling till biovolymen.  Därefter genomfördes en säsongsstudie för att kunna förklara nutida halter och säsongsvariationer för fem av Mälarens mätstationer (Ekoln, Galten, Granfjärden, Görväln och Södra Björkfjärden). Variationen av halten cyanobakterier kopplades närmast till temperaturen eftersom cyanobakterierna till stor del var begränsade till sommar och sensommar. Övriga växtplankton kunde däremot förekomma i höga halter även under våren. Att Ekoln hade betydligt högre halter oorganiskt kväve än Galten skulle kunna förklara skillnaden i andelen Nostocales mellan de två mätstationerna, där Galten hade en stor andel Nostocales och Ekoln en låg andel. Dock kunde kvävehalten inte förklara skillnader i fördelning mellan kvävefixerande och icke kvävefixerande cyanobakterier för de andra mätstationerna. Galtens stora tillrinning, grunda förhållanden och artrikedom skulle även kunna förklara bassängens höga halter av växtplankton under hela året.  Då temperaturen visat sig vara den parameter med tydligast koppling till cyanobakteriernas tillväxt är att begränsa den globala uppvärmningen den viktigaste åtgärden för att förhindra en ökad algblommning i framtiden. Kring resterande parametrar var slutsatser svåra att dra och i och med osäkerheten i frågan är en fortsatt noggrann miljöövervakning och handlingsplan när problemen väl uppstår av stor vikt. / Lake Mälaren is the third largest lake in Sweden and the source of drinking water for two million people. A threat to the water quality of Lake Mälaren is algal blooms since some cyanobacteria produce toxic cyanotoxins. In the 1960s, eutrophication in Lake Mälaren led to heavy algal blooms and in order to handle the problem, a monitoring program was introduced that has now followed Lake Mälaren's development for almost 60 years. In this study, the conditions under which cyanobacteria, especially the nitrogen-fixing Nostocales, thrive in Lake Mälaren was analysed using data from the monitoring program. Thereafter the goal was to draw conclusions regarding which measures may be needed to keep the population down so as not to pose a risk to drinking water quality. To begin with, a long-term study was conducted to analyse which parameters have historically had the clearest connection to the biovolume of phytoplankton, cyanobacteria and Nostocales using a multivariate regression model (PLS). This showed that the examined parameters could explain 29 % of the variation in phytoplankton biovolume, 41 % of the variation in the cyanobacteria biovolume and 45 % of the variation in Nostocales biovolume. For phytoplankton, pH and water transparency were the parameters that could explain most of the variation in biovolume, and for cyanobacteria and Nostocales, water temperature, the ratio between inorganic nitrogen and total phosphorus and the content of inorganic nitrogen were the parameters most clearly linked to the biovolume. Thereafter, a seasonal study was conducted to help explain current levels and seasonal variations for five of Lake Mälaren's measuring stations (Ekoln, Galten, Granfjärden, Görväln and Södra Björkfjärden). The variation of the cyanobacteria level was most closely linked to the temperature, as cyanobacteria was mostly limited to the summer. The ratio between inorganic nitrogen and total phosphorus and the content of inorganic nitrogen seemed to be an explanation for the difference between the high share of Nostocales in Galten where nitrogen was scarce, and the low proportions in Ekoln where nitrogen was abundant, but did not explain the distribution between nitrogen-fixing and non nitrogen-fixing cyanobacteria in the other basins. Galten's large inflow, shallow conditions and species richness could also explain the basin's high levels of phytoplankton throughout the year. With temperature as the parameter most clearly linked to the content of cyanobacteria, limiting global warming is the most important of measures to prevent increased algal blooms in the future. With regard to the remaining parameters, conclusions were difficult to draw and due to the uncertainty in the matter, continued close environmental monitoring and an action plan once the problems arise are of great importance.