Diss. (sammanfattning) Stockholm : Stockholms universitet, 2009. / Härtill 5 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Stockholms universitet, 2005. / Härtill 4 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Univ., 2003. / Härtill 6 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Univ., 2007. / Härtill 5 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Stockholms universitet, 2009. / Härtill 4 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Univ., 2006. / Härtill 3 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Univ., 2001. / Härtill 7 uppsatser.

While bacterioplankton indisputably control vital biogeochemical paths in the cycling of carbon and nutrients in the world’s oceans, our knowledge about the functional and genetic diversity of bacterioplankton communities is negligible. In this thesis, molecular and more traditional microbiological methods were used to study the specific function of N2-fixation and in a general sense diversity of marine bacterioplankton species. Most oceans are nitrogen limited and, therefore, adaptive to bacterioplankton capable of N2-fixation. Recent studies have found nifH genes (coding for the nitrogenase enzyme) related to diverse heterotrophic bacteria in oceanic seawater samples indicating that, along with cyanobacteria, also heterotrophic bacteria benefit from N2-fixation. Here, molecular and cultivation methods were used to examine diazotrophic bacterioplankton in the Baltic Sea. We successfully isolated heterotrophic N2-fixing bacteria belonging to the γ-proteobacterial class by means of low-nitrogen plates and semi-solid diazotrophic medium tubes. The isolates required low-O2 conditions for N2-fixation. Using Real-time PCR it was found that heterotrophic bacterioplankton carrying the nifH gene was abundant (3 x 104 nifH gene copies L seawater-1) at locations in the Southwest Baltic proper. With the aim to identify the main N2-fixing organisms in Baltic Proper surface waters, a clone library of nifH gene transcripts (RNA) was generated. Clone inserts were exclusively related to Aphanizomenon sp. and Nodularia sp. Using quantitative real-time PCR it was found that the nifH gene expression from Nodularia sp. was highly variable between stations in the Baltic Proper but was 10-fold higher during mid summer relative to early summer and fall. A diel study showed a 4-fold increase in Nodularia transcript concentrations at early to mid day relative to rest of the day. Real-time PCR was found to be a powerful and highly sensitive method for measuring gene expression. Since nucleic acids are a prerequisite for molecular analyses of bacterioplankton dynamics a protocol to extract DNA from seawater samples was developed with the aim to maximize the yield of high-quality DNA. Each step in the protocol was important for the efficiency of extraction. The obtained extraction efficiencies were up to 92% for seawater samples and up to 96% for isolates. The protocol provides a guideline for DNA extraction from seawater samples for other studies. In a global sampling campaign (9 locations from polar, tropical and temperate regions) we sampled DNA from surface water and constructed 16S rRNA gene libraries to investigate diversity and biogeography of bacterioplankton. Approx. 80% of the sequences found were similar to sequences already deposited in GenBank, indicating that a large fraction of the marine bacterioplankton already has been sampled, which in turn suggests a limited global bacterioplankton diversity. This thesis have improved our knowledge about the composition and nifH gene expression of the diazotrophic bacterioplankton community in the Baltic Sea and contribute significantly to the discussion on global marine bacterioplankton diversity and biogeography. / Östersjön är ett av världens största brackvattensystem. Den ekologiska balansen i detta hav är hotad på grund av övergödning. Mycket arbete har därför fokuserats på att reducera utsläppen av näringsämnen, speciellt kväve. Dessa ansträngningar kan dock motverkas av bakterier som har förmåga att omvandla luftens kväve till metaboliskt användbart ammonium (kvävefixering). På sommaren är Östersjöns primärproduktion begränsad av kväve, med följden att det årligen uppstår massiva blomningar av kvävefixerande bakterier, framför allt cyanobakterier. Dessa är främst Aphanizomenon och Nodularia, men inte endast de fototrofa cyanobakterierna har förutsättningar att fixera N2. NifH gener (genen som kodar för nitrogenas) bärs också av heterotrofa bakterioplankton, vilket har visats i studier i främst Atlanten och Stilla havet. Med hjälp av två olika odlingsmetoder lyckades vi isolera heterotrofa kvävefixerande bakterier tillhörande klassen γ-proteobakteria från Östersjön. Svårigheten med att finna dessa bakterier ligger i att de kräver en miljö med mycket låg syrehalt för att kunna fixera kväve. Resultaten från denna studie ledde oss vidare till att undersöka vilka organismer som uttrycker nifH genen (och då troligen även fixerar kväve) i Östersjön. En av de bakterier som isolerats kunde påvisas med Realtids PCR i ett relativt stort antal (3 x 104 nifH genkopior per liter) vid en av de ursprungliga provtagningsstationerna. För att söka rätt på de olika organismtyper som uttrycker nifH skapades ett klonbibliotek baserat på mRNA extraherat från havsvatten. Det visade sig då att alla de närmare 100 kloner som sekvenserades tillhörde antingen Aphanizominon eller Nodularia. De heterotrofa bakteriernas nifH genuttryck var troligen i jämförelse med dessa cyanobakterier alltför lågt för att kunna detekteras. Realtids PCR mätningar av Nodularias nifH genuttryck visade på en stor variation mellan de olika provtagningsstationerna samt mellan de olika provtagningstillfällena. Vi fann dock en kraftig ökning under juli med en nedgång igen i augusti. En dygnscykelstudie visade att Nodularia nifH genuttrycket ökade under förmiddagen med en topp mitt på dagen för att sedan minska igen. Detta troligen med anledning av att den energikrävande kvävefixeringsprocessen sker under de ljusa timmarna då cellen får energi från fotosyntesen. I de molekylärbiologiska metoderna som används för att få information om identitet och aktivitet hos skilda organismer krävs att DNA och RNA kan extraheras från prover tagna i naturliga vattenmiljöer. Även om antalet bakterier tillsynes är högt, så är mängden DNA och RNA per liter havsvatten relativt låg, därför krävs ett väl fungerande protokoll för denna extraktion. I en inledande studie i denna avhandling optimerades en metod för att utvinna DNA. Ett antal sådana protokoll finns publicerade men dessa har ofta lågt utbyte. Det nya protokollet har hög effektivitet, vilket gör att små provvolymer kan användas (2 ml jämfört med tidigare flera liter) och därmed ökar hanterbarheten. Vi visar i denna studie att varje steg 7 i DNA-extraktionsprotokollet är viktigt för att ge en hög effektivitet. Detta protokoll kan med fördel användas som vägledning för många olika typer av studier. På grund av att många havsbakterier inte kan bilda kolonier och alltså inte växa på traditionella medier har det varit svårt att få en klar bild av artrikedomen. Molekylärbiologin har dock gjort det möjligt att identifiera bakterier med hjälp av 16S rRNA genen, en enorm mängd gensekvenser från världens alla hav har inkommit till den gemensamma databanken (GenBank). År 2002 gjordes en studie där man sammanställde informationen i denna databank, för att få en bild av artrikedomen i världshaven. Resultatet av denna studie var att det i världshaven fanns färre bakterietyper än vad många forskare har spekulerat i. I denna avhandlig har vi utfört en studie där vi gjorde en stor global provtagning för att se om denna undersökning överensstämde med den datainformativa. Provtagning från nio lokaliteter gjordes i de tempererade, tropiska och polarhaven. Ett genbibliotek från varje lokal gjordes och kloner sekvenserades. Resultatet visar i likhet med den datainformativa undersökningen på en begränsad artrikedom. 80% av gensekvenserna fanns redan i databanken, vilket tyder på att de flesta arter redan har blivit funna. Dessutom visade det sig att få av bakterierna återfanns på alla ställen och många återfanns endast på ett ställe. Utöver detta visade det sig att det fanns en ökad artrikedom ju närmare ekvatorn man kom, vilket tidigare har visats för större organismer. Studierna i denna avhandling har ökat förståelsen för hur sammansättningen av det kvävefixerande bakteriesamhället i Östersjön ser ut samt bidragit till diskussionen om den globala artrikedomen bland bakterioplakton och dess utbredning.

Algal blooms can pose a serious threat to humans and animals in lakes used for drinking water and recreation in the bloom contains toxin producing cyanobacteria. Early warning of impending algal blooms requires systems with high temporal resolution. Cyanoalert from Brookman Geomatics is such a system that uses remote sensing satellites from the Eu Copernicus program to supervise amongst others chlorophyll in water systems.Measurements of chlorophyll are studied in this project to identify water quality parameters and conditions affecting the reliability. Biweekly sampling is conducted during the spring of 2021 obtaining chlorophyll data from profile measurements using water sampling a calibrated multiparameter probe. Water samples are then used as accurate reference for satellite measurement comparison.The water samples showed low levels of chlorophyll, turbidity, and pH in the beginning of the sampling in March. During the sampling period the levels rose until reaching a maximum during algae bloom in the end of May. The bloom was preceded by rising water temperatures and the formation of a thermocline and rising pH levels that could be used as suitable indicators for imminent bloom formation.Obtained data and governing effects were analyzed by multivariate regression (PLSR). VIP-plots showing that turbidity had the largest influence on the projected chlorophyll and thereby the measured chlorophyll levels. Also, Secci depth was identified as having strong influence. This indicates that high turbidity is a factor causing accuracy of chlorophyll measurements to deteriorate.A proposed warning system for algal blooms should use remote sensing satellites for detecting chlorophyll and turbidity combined with in situ sensors for the surveillance of water temperature, phycocyanin and pH.

Algal blooms are a common phenomenon in lakes and seas in and around Sweden and poses a problem when found in a drinking water source. Some cyanobacteria can produce toxins which can be with a health problem. To get a safe drinking water it is necessary to be able to remove the toxins from the incoming water. This report has gathered information on cyanobacteria, cyanotoxins and conditions in the water source. Further investigation in two water sources, Bondsjön and Långsjön in Härnösand, have been made as well as a literature review regarding water treatment methods that are effective against cyanotoxins. The results from the lake investigation showed that there was almost no cyanobacteria present in the water in August 2018. Temperature- and water transparency analysis showed that the position of the intake of water to the water treatment plant is placed at a depth that may favour growth of cyanobacteria. A relocation of the intake would probably get a better quality of water regarding risk of cyanobacteria content in to the water treatment plant. The water treatment methods that would be recommended to remove cyanotoxins from the incoming water is pulverised activated carbon (PAC), granular activated carbon (GAC) and membrane filters in the form of nanofilters (NF). PAC is recommended for sporadic use, only when there is cyanotoxins in the water which will require a high control of the incoming water. GAC is recommended as a constant removal technique which will not require the extra control of the incoming water, however it is more sensitive for a high concentration of DOC in the water. NF is also recommended as a constant removal technique and which cross-flow technique is implemented to avoid accumulation of material on the filter surface.