Submitted diploma thesis deals with laboratory diagnostics of filamentous micromycetes (moulds) genus Fusarium in the laboratories of medical mycology. In the first part of the diploma thesis is dedicated space for general familiarization with filamentous microscopic fungi. Next separate chapter describes the genus Fusarium, especially in relation to human medicine. The final part of the diploma thesis summarizes current possibilities of laboratory diagnostics of filamentous micromycetes, focusing on the genus Fusarium. Invasive infections caused by filamentous fungi are increasingly common complication, especially in immunocompromised patients. In most cases they affect the patients with hematologic malignity and patients after hematopoietic stem cell transplantation or solid organ transplantation. The most common etiological agent of such infections is unambiguously the Aspergillus genus. However, in recent years, increasingly cases of infections due to less common filamentous fungi, including Fusarium spp. are described. Invasion fungal infections are associated with very high mortality. The basic requirement thus becomes the speed and accuracy of diagnosis. The most important methods for the laboratory diagnostics of invasive infections caused by filamentous fungi are conventional methods -...

Trata-se de um estudo observacional, descritivo e retrospectivo de 154 pacientes com diagnÃstico clÃnico e sorolÃgico de dengue internados em um hospital pÃblico terciÃrio, de referÃncia em doenÃas infecto-contagiosas, em Fortaleza-Ce, no perÃodo de janeiro a maio de 2008. O objetivo foi correlacionar exames laboratoriais, sintomas e sinais de alerta dentro da evoluÃÃo cronolÃgica da dengue, observando suas freqÃÃncias nas formas mais graves para que se possa ajudar nas tomadas de conduta terapÃuticas mais eficazes. A idade dos pacientes variou de 2 a 85 anos. A amostragem foi dividida em dois grupos: pacientes < 15 anos (n=66) e &#8805;15 anos (n=88). Na classificaÃÃo clÃnica, por se tratar de pacientes de um hospital terciÃrio, predominou a FHD (58,4%) seguido de DG (28,6%) e de DC (13%). Nos pacientes com DC foi observado alteraÃÃes laboratoriais importantes como plaquetopenia e elevaÃÃo nas transaminases, que motivaram suas internaÃÃes. As principais alteraÃÃes laboratoriais encontradas na FHD foram: plaquetopenia, hemoconcentraÃÃo, elevaÃÃo de transaminases. Resultados semelhantes foram observados no DG, no entanto hemoconcentraÃÃo nÃo foi detectada. Os sinais de alarme foram verificados com maior freqÃÃncia nas duas formas graves da dengue. Na DG, nos grupos <15 anos e &#8805;15 anos foram observados respectivamente manifestaÃÃes hemorrÃgicas: 55,55%, 69,23%; dor abdominal intensa e contÃnua: 72,22%, 65,38%; tontura postural: 11,11%, 23,08%; vÃmitos: 61,10%, 38,40%. Na FHD nas faixas etÃrias <15 anos e &#8805;15 anos apresentaram respectivamente manifestaÃÃes hemorrÃgicas: 52,27%, 65,22%; dor abdominal intensa e contÃnua: 97,73%, 71,74%; tontura postural: 9,09; 43,48; vÃmitos: 81,80%; 58,70%. Estes resultados dentro da evoluÃÃo cronolÃgica da doenÃa foram importantes, independente da forma clÃnica da dengue e da faixa etÃria. As alteraÃÃes laboratoriais foram na sua maioria a partir do 3 dia sendo mais evidentes no 5 dia e com restabelecimento dos valores atà o 11 dia. A detecÃÃo dos sinais de alerta em dengue dentro desta cronologia foi importante para a caracterizaÃÃo clÃnica de pacientes com FHD e DG. Portanto, esses resultados sÃo relevantes na avaliaÃÃo da doenÃa, pois estas alteraÃÃes e a detecÃÃo dos sinais de alerta dentro da evoluÃÃo cronolÃgica da doenÃa podem ser utilizados como sinalizadores para as formas mais graves e ajudar precocemente na tomada de conduta terapÃutica eficaz para o paciente. / This is an observational, descriptive and retrospective study of 154 patients who have been diagnosed clinically and serologically for dengue fever, interned in a tertiary public hospital in the city of Fortaleza of Cearà State, during the period of January â May, 2008, for the purpose of correlating the laboratory examinations, symptoms and alarming signs with the chronological evolution of the disease and to observe the frequencies of the more severe clinical forms of disease, so as to help adopt therapeutic conducts that are more effective. The patientsâ ages varied from two to 85 years. The study sample was divided in to two groups: patients < 15 years (n=66) and those &#8805;15 years (n=88). As the patients were all from a tertiary public hospital, the clinical classification of cases showed that hemorrhagic dengue fever (HDF) was predominant (58.4%), followed by severe dengue (SD â 28.6%) and classic dengue (CD - 13%). The CD patients showed alterations in the laboratory findings such as thrombocitopenia and rise of transaminases, which motivated their hospitalization. The principal laboratory alterations found in HDF patients were: thrombocytopenia, hemoconcentration and rise of transaminases. Similar alternations were found in SD patients, but hemoconcentration was not detected in them. The alarming signs were observed more frequently in the two severe forms of dengue. In the <15-years and &#8805;15-year groups, the respective clinical pictures were: hemorrhagic manifestations â 55, 55% and 69,23%; acute and continuous abdominal pain â 72,22% and 65,38%; and postural dizziness â 11,11% and 23,08%; vomiting â 61,10% and 38,40%. In the HDF patients, in the <15-years and &#8805;15-year subgroups, the respective hemorrhagic manifestations were: 52,27% and 65,22%; acute and continuous abdominal pain â 97,73% and 71,74%; and postural dizziness â 9,09% and 43,48%; vomiting â81,80% and 58,70%. Within the chronologic evolution of the disease, these results were important and were independent of the clinical form of the disease and the age group of the patients. In the majority of cases, the laboratory alterations were observed from the 3rd day onwards, being more evident on the 5th day and stabilizing to normal values by the 11th day. Within this chronology, the detection of alarming signs was important for the clinical characterization of HDF and SD cases in patients. These results appear to be relevant for the evaluation of the clinical disease, as the detection of the alarming signs within the chronologic evolution may be utilized as warning signals for the more severe forms of the disease, and hence could help in the early adoption of more efficient therapeutic strategies for the patients.

Staphylococcus coagulase-negativo (SCN) estão frequentemente envolvidos em infecções nosocomiais associadas com o uso de cateteres e outros procedimentos médicos invasivos. A habilidade de aderir às superfícies abióticas e de produzir biofilme tem sido reconhecida entre os principais fatores de virulência dos SCN, especialmente de S. epidermidis, a principal espécie responsável por infecções relacionadas à assistência a saúde - IRASs. Dentre as demais espécies de SCN capazes de produzir biofilme, S. haemolyticus tem sido relacionado com quadros de infecções em recém-nascidos (RNs). O presente estudo teve como objetivo principal investigar aspectos microbiológicos e epidemiológicos dos processos infecciosos invasivos relacionados com SCN em neonatos internados em unidade de terapia intensiva neonatal (UTIN) de um hospital universitário do município do Rio de Janeiro (2008-2010). A técnica de PCR multiplex-mPCR foi empregada na determinação das espécies de 40 amostras de SCN isoladas de hemoculturas de RNs fazendo uso de cateteres intravenosos e submetidos à terapia antimicrobiana empírica com vancomicina e/ou gentamicina. A fenotipagem foi realizada por três métodos distintos: Simplificado em microplaca, Vitek 2 e API-Staph. Os perfis de resistência aos antimicrobianos foram verificados através do teste de disco-difusão, determinação de CIM (Oxacilina) e presença do gene mecA. A capacidade de produção de biofilme foi investigada pelos testes do Ágar Vermelho do Congo e ensaios de aderência em superfícies abióticas (poliestireno e vidro) além da PCR para os genes icaAB, atlE e aap. O perfil genômico dos micro-organismos foi determinado pela técnica de PFGE. Os resultados demonstraram o isolamento de S. haemolyticus (77%), S. epidermidis (15%), S. captis (5%) e S. warneri (3%). A análise comparativa dos resultados obtidos pelo m-PCR com métodos fenotípicos demonstrou uma concordância de 97,5% com o esquema simplificado e de ~40% Vitek 2 e o API Staph. A maioria (82,5%) das amostras apresentou perfis variados de multiresistência aos 16 antimicrobianos testados e resistência a oxacilina, apesar de 25% destas não apresentarem o gene mecA. Apesar da maioria das amostras de SCN ter apresentado capacidade de produzir slime e/ou biofilme não foi observada total correlação com a presença dos genes mecA, icaAB, aap, atlE, enfatizando a natureza multifatorial da produção de biofilme de SCN. Diferente do observado para as demais espécies, algumas amostras de S. haemolyticus foram incapazes de aderir ao vidro e ao poliestireno e/ou apresentaram os genes aap (38,7%), atlE (42%) além de icaAB (71%). Na UTIN foi detectada a presença de seis diferentes tipos clonais da espécie prevalente, indicando a disseminação de S. haemolyticusnesta unidade hospitalar e a endemicidade em nossa comunidade. / Coagulase-negative staphylococci (CNS) are often involved in nosocomial infections associated with catheters and other invasive medical procedures. The ability to adhere to abiotic surfaces and produce biofilms has been recognized among the major virulence factors of the SCN, especially Staphylococcus epidermidis, the main species responsible for infections related to health care - IRASs.Among the other species capable of producing biofilm, Staphylococcus haemolyticus has been associated with cases of infections in neonates.Here in, we investigated the microbiological and epidemiological aspects of invasive infections related to CNS in the neonatal intensive care unit (NICU) of a university hospital located at Rio de Janeiro metropolitan area (2008-2010).PCR multiplex-mPCR was used in the determination of the species of 40 CNS strains isolated from blood cultures of neonates making use of intravenous catheters and subjected to empirical antimicrobial therapy with vancomycin and / or gentamicin.Phenotyping was performed by three different methods: Simplified scheme in microplates, Vitek 2 and API-Staph. Antimicrobial resistance profiles were verified by the disk diffusion test, oxacillin MIC determinationand PCR for mecA gene. Evaluation of biofilm production was performed by PCR for genes icaAB, atlE and aap and the tests on Congo Red Agar plates and abiotic surfaces (polystyrene and glass).Clonality was determined by PFGE technique. Data revealed the isolation of S. haemolyticus (77%), S. epidermidis (15%), S. captis (5%) and S. warneri (3%).The comparative analysis of the results obtained by mPCR and phenotypic methods showed 97.5% concordance with the simplified scheme and ~40% with the Vitek 2 and API Staph systems. Different multidrug resistance profiles to 16 antimicrobials, including resistance to oxacillin was observed for 82.5% of the CNS isolates, although the mecA gene was not detected in 25% of these strains.Although most of the CNS isolates showed the ability to produce slime and/or biofilm, a complete correlation with the presence of mecA, icaAB, aap, atlE genes was not observed, emphasizing the multifactorial nature of biofilm production of SCN.Different from other CNS species, some strains of S. haemolyticus were unable to adhere to glass and polystyrene surfaces and/or to exhibit aap (38.7%), atlE (42%), icaAB (71%) genes. PFGE analysis revealed the presence of six different clonal types of the prevalent species, indicating the dissemination in this hospital and endemicity in our community of S. haemolyticus.

Staphylococcus coagulase-negativo (SCN) estão frequentemente envolvidos em infecções nosocomiais associadas com o uso de cateteres e outros procedimentos médicos invasivos. A habilidade de aderir às superfícies abióticas e de produzir biofilme tem sido reconhecida entre os principais fatores de virulência dos SCN, especialmente de S. epidermidis, a principal espécie responsável por infecções relacionadas à assistência a saúde - IRASs. Dentre as demais espécies de SCN capazes de produzir biofilme, S. haemolyticus tem sido relacionado com quadros de infecções em recém-nascidos (RNs). O presente estudo teve como objetivo principal investigar aspectos microbiológicos e epidemiológicos dos processos infecciosos invasivos relacionados com SCN em neonatos internados em unidade de terapia intensiva neonatal (UTIN) de um hospital universitário do município do Rio de Janeiro (2008-2010). A técnica de PCR multiplex-mPCR foi empregada na determinação das espécies de 40 amostras de SCN isoladas de hemoculturas de RNs fazendo uso de cateteres intravenosos e submetidos à terapia antimicrobiana empírica com vancomicina e/ou gentamicina. A fenotipagem foi realizada por três métodos distintos: Simplificado em microplaca, Vitek 2 e API-Staph. Os perfis de resistência aos antimicrobianos foram verificados através do teste de disco-difusão, determinação de CIM (Oxacilina) e presença do gene mecA. A capacidade de produção de biofilme foi investigada pelos testes do Ágar Vermelho do Congo e ensaios de aderência em superfícies abióticas (poliestireno e vidro) além da PCR para os genes icaAB, atlE e aap. O perfil genômico dos micro-organismos foi determinado pela técnica de PFGE. Os resultados demonstraram o isolamento de S. haemolyticus (77%), S. epidermidis (15%), S. captis (5%) e S. warneri (3%). A análise comparativa dos resultados obtidos pelo m-PCR com métodos fenotípicos demonstrou uma concordância de 97,5% com o esquema simplificado e de ~40% Vitek 2 e o API Staph. A maioria (82,5%) das amostras apresentou perfis variados de multiresistência aos 16 antimicrobianos testados e resistência a oxacilina, apesar de 25% destas não apresentarem o gene mecA. Apesar da maioria das amostras de SCN ter apresentado capacidade de produzir slime e/ou biofilme não foi observada total correlação com a presença dos genes mecA, icaAB, aap, atlE, enfatizando a natureza multifatorial da produção de biofilme de SCN. Diferente do observado para as demais espécies, algumas amostras de S. haemolyticus foram incapazes de aderir ao vidro e ao poliestireno e/ou apresentaram os genes aap (38,7%), atlE (42%) além de icaAB (71%). Na UTIN foi detectada a presença de seis diferentes tipos clonais da espécie prevalente, indicando a disseminação de S. haemolyticusnesta unidade hospitalar e a endemicidade em nossa comunidade. / Coagulase-negative staphylococci (CNS) are often involved in nosocomial infections associated with catheters and other invasive medical procedures. The ability to adhere to abiotic surfaces and produce biofilms has been recognized among the major virulence factors of the SCN, especially Staphylococcus epidermidis, the main species responsible for infections related to health care - IRASs.Among the other species capable of producing biofilm, Staphylococcus haemolyticus has been associated with cases of infections in neonates.Here in, we investigated the microbiological and epidemiological aspects of invasive infections related to CNS in the neonatal intensive care unit (NICU) of a university hospital located at Rio de Janeiro metropolitan area (2008-2010).PCR multiplex-mPCR was used in the determination of the species of 40 CNS strains isolated from blood cultures of neonates making use of intravenous catheters and subjected to empirical antimicrobial therapy with vancomycin and / or gentamicin.Phenotyping was performed by three different methods: Simplified scheme in microplates, Vitek 2 and API-Staph. Antimicrobial resistance profiles were verified by the disk diffusion test, oxacillin MIC determinationand PCR for mecA gene. Evaluation of biofilm production was performed by PCR for genes icaAB, atlE and aap and the tests on Congo Red Agar plates and abiotic surfaces (polystyrene and glass).Clonality was determined by PFGE technique. Data revealed the isolation of S. haemolyticus (77%), S. epidermidis (15%), S. captis (5%) and S. warneri (3%).The comparative analysis of the results obtained by mPCR and phenotypic methods showed 97.5% concordance with the simplified scheme and ~40% with the Vitek 2 and API Staph systems. Different multidrug resistance profiles to 16 antimicrobials, including resistance to oxacillin was observed for 82.5% of the CNS isolates, although the mecA gene was not detected in 25% of these strains.Although most of the CNS isolates showed the ability to produce slime and/or biofilm, a complete correlation with the presence of mecA, icaAB, aap, atlE genes was not observed, emphasizing the multifactorial nature of biofilm production of SCN.Different from other CNS species, some strains of S. haemolyticus were unable to adhere to glass and polystyrene surfaces and/or to exhibit aap (38.7%), atlE (42%), icaAB (71%) genes. PFGE analysis revealed the presence of six different clonal types of the prevalent species, indicating the dissemination in this hospital and endemicity in our community of S. haemolyticus.