La Tunisie est un pays endémique pour la leishmaniose. En 1980, Rioux, Pratlong et Lanotte décrivent en Tunisie une espèce de leishmanie jugée nouvelle et qu'ils nomment alors Leishmania (L.) killicki sur la base d'une trentaine de souches présentant toutes un même nouveau profil isoenzymatique, le zymodème MON-8. Ces souches avaient été isolées à la suite d'une épidémie de leishmaniose cutanée apparue dans les environs de Tataouine. Cependant, le vecteur et le réservoir impliqués dans le cycle de ce parasite demeuraient inconnus.Plus récemment, fin 2010, nous avons pu identifier plusieurs cas de leishmaniose cutanée à L. killicki en dehors du foyer historique de Tataouine, chez des patients originaires de la délégation de Metlaoui, pourtant connue jusqu'alors uniquement comme foyer historique et endémique de leishmaniose cutanée à L. major. Ceci nous encouragea à approfondir nos prospections concernant ce nouveau foyer émergent à L. killicki .C'est dans ce contexte que l'objectif principal de notre thèse fut d'identifier les vecteurs et les réservoirs potentiels de la leishmaniose cutanée à L. killicki et de caractériser le cycle de transmission dans ces foyers par des études parasitologiques, moléculaires et isoenzymatiques.Nos travaux de thèse se sont articulés autour de trois principaux axes de recherche :1) Nous avons mené une étude élargie permettant une caractérisation moléculaire des souches de leishmanies isolées à partir de prélèvements cutanés de patients originaires non seulement de Metlaoui mais également des autres délégations composant le gouvernorat de Gafsa. Dans un premier temps, l'analyse des données nous a ainsi permis d'actualiser la répartition géographique de la leishmaniose cutanée à L. killicki en Tunisie.2) Des études entomologiques recherchant les vecteurs de la leishmaniose cutanée à L killicki nous ont permis :-de réaliser un inventaire faunistique des phlébotomes présents dans les deux foyers principaux, le foyer historique de Tataouine et le foyer émergent de Metlaoui ;-de mettre en évidence le rôle probable de vecteur des phlébotomes de l'espèce Phlebotomus sergenti pour L. killicki ;-d'étudier la variabilité intraspécifique chez les espèces Phlebotomus sergenti et Sergentomyia. minuta en comparant nos spécimens de Tunisie à ceux de nombreux autres pays ;-d'étudier les préférences trophiques des femelles de phlébotomes mettant en évidence leur large spectre d'hôtes lors de la prise de repas sanguin et le caractère non exclusivement herpétophile de Sergentomyia minuta, contrairement à ce qui est souvent rapporté.3) Enfin, nous avons étudié les réservoirs potentiels de la leishmaniose cutanée dans ces foyers en capturant les espèces de rongeurs principalement présentes en milieux urbain et selvatique (Metlaoui et alentours). Une caractérisation moléculaire et isoenzymatique des leishmanies isolées a été réalisée et nous faisons ici état, pour la première fois, de l'identification de L. killicki chez Ctenodactylus gondii et de son rôle probable dans le cycle de transmission de la leishmaniose cutanée à L. killicki en Tunisie. / Tunisia is an endemic country for leishmaniasis. In 1980, Rioux, Pratlong & Lanotte described from Tunisia a new species they called Leishmania (L.) killicki based on the typing of 30 strains isolated from an outbreak of cutaneous leishmaniasis occuring in the Tataouine area and exhibiting a zymodeme: MON-8. The vector and the reservoir if exixting were still uncknown. Human cases have been mentioned out of this area. Gafsa is a province were cutaneous leishmanaisis due to L. major is endemic.The recent identification of L. killicki as the causative agent of a cutaneous leishmaniasis occuring patients from Metlaoui incitated us to explore this focus. This is the aim of our Ph. D. thesis: identification of the Phlebotomine sand flies vector(s) and possible role of reservoirs using both parasitological, isoenzymatical and molecular approaches.Three main topics have been developed during this work:i) To characterize the Leishmania strains from cutaneous lesions obtained from patients from Gafsa area using molecular tools. We updated epidemiological, spatial and clinical data related to L. killicki leishmaniasis in Tunisia.ii) To carry out entomological studies:-to do sand flies inventories in two distinct areas,-to study the molecular intraspecific variablility in Phlebotomus sergenti and Sergentomyia. minuta by comparison of Tunisian specimens with other ones coming from several countries,-to show the probable role of P. sergenti in the transmission of L. killicki,-to study blood meal origin of engorged females: many Phlebotomus are opportunistic species and Sergentomyia minuta is not exclusively herpetophilic.iii) Lastly, we carried out a study on the Leishmania infection on wild and urban rodents in Metlaoui and around this city. The isoenzymatic and molecular typing show the role of Ctenodactylus gondii in the cycle of L. killicki in Tunisia.

De découverte relativement récente en 1986, Leishmania killicki est un parasite exclusivement décrit au Maghreb. La Tunisie est le premier pays où ce parasite a été identifié, suivi de la Lybie et de l'Algérie. Peu de travaux ont été réalisés sur ce parasite. En conséquence, de nombreux éléments concernant son épidémiologie, sa transmission, sa structure et sa dynamique des populations sont encore méconnus. L'objectif de ce travail est d'étudier la position taxonomique, l'histoire évolutive et la structure des populations de L. killicki pour comprendre son épidémiologie, sa dynamique de transmission et sa distribution restreinte alors que d'autres taxons sont largement dispersés dans le monde. Notre étude a été menée sur le plus important nombre d'isolats de L. killicki étudié jusqu'à présent. Pour atteindre l'objectif de cette thèse, nous avons intégré un échantillon de L. tropica (espèce génétiquement la plus proche de L. killicki) comme élément de comparaison. 198 isolats des deux taxa L. killicki (85) et L. tropica (113) ont été étudiés. Ces échantillons sont constitués de 168 souches isolées de lésions cutanées humaines (Maroc 113; Tunisie 47; Algérie 7; Libye 1), de 27 prélèvements cutanés humains (Tunisie), de deux prélèvements de moelle osseuse de deux Ctenodactylus gundi (Tunisie) et un échantillon d'une femelle de Phlebotomus sergenti (Tunisie). L'étude a été réalisée par la technique isoenzymatique (MLEE), le MLST (MultiLocus Sequence Typing) et le MLMT (MultiLocus Microsatellite Typing). L'étude du statut taxonomique de L. killicki confirme sa position dans le complexe L. tropica. Les analyses génétiques suggèrent qu'un effet fondateur à partir d'une sous population de L. tropica serait à l'origine de L. killicki. Suite à ces résultats, nous proposons de nommer ce taxon L. killicki (syn. L. tropica). Les données montrent clairement que L. killicki (syn. L. tropica) évoluerait maintenant de manière indépendante tout en accumulant des divergences, probablement dues aux barrières écologiques. La comparaison de la structure des populations de L. killicki (syn. L. tropica) et L. tropica au Maghreb révèle une organisation et des dynamiques de populations différentes. L. killicki (syn. L. tropica) apparait peu polymorphe et très structuré dans l'espace et dans le temps, alors que L. tropica est génétiquement hétérogène, peu structuré temporellement et géographiquement. Ces résultats suggèrent une évolution et des cycles épidémiologiques distincts. Différents paramètres peuvent expliquer ces patterns épidémiologiques et génétiques opposés tels que l'écosystème, les vecteurs, les réservoirs ou encore les hôtes. L'ensemble de ces données suggère que la sous population de L. tropica qui a émergé en Tunisie a dû s'adapter à un nouvel écosystème générant des patterns épidémiologiques et évolutifs spécifiques. Dans ce contexte, même si nous proposons aujourd'hui que L. killicki est synonyme de L. tropica, il est possible que dans l'avenir, nous observions des divergences phylogénétiques et épidémiologiques qui justifieraient de reconsidérer sa position taxonomique. / Recently discovered in 1986, Leishmania killicki occurs exclusively in Maghreb. Tunisia is the first country where this parasite was identified, followed by Libya and Algeria. Few studies have been conducted on this parasite. Consequently, many elements on its epidemiology, transmission, population structure and dynamics remain unknown. The objective is to study the taxonomic position, the evolutionary history and the population structure of L. killicki to understand its epidemiology, transmission dynamics and restricted distribution while other taxa are widely dispersed throughout the world. It is worth noting that our study was conducted on the largest number of studied isolates of L. killicki up to now. In order to reach the objective, a sample of L. tropica (species genetically close to L. killicki) was included as a baseline. 198 samples of the two taxa L. killicki (85) and L. tropica (113) were studied. The sample is composed of 168 strains isolated from human skin lesions (Morocco 113, Tunisia 47, Algeria 7, Libya 1), 27 human skin lesions samples (Tunisia), two bone marrow samples of Ctenodactylus gundi (Tunisia) and a sample of a Phlebotomus sergenti female (Tunisia). The study was carried out by the three techniques Multilocus Enzyme Electrophoresis (MLEE), MLST (MultiLocus Sequence Typing) and MLMT MultiLocus Microsatellite Typing.The study of the taxonomic status of L. killicki confirms its position in the L. tropica complex. The genetic analyzes suggest that a founder effect from a subpopulation of L. tropica could be the source of L. killicki. Based on these results, we propose to call this taxon L. killicki (syn. L. tropica). The data show clearly that L. killicki (syn. L. tropica) would now evolve independently accumulating differences, probably due to ecological barriers. The comparison of the population structure of L. killicki (syn. L. tropica) and L. tropica in Maghreb reveals different structure and population dynamics. L. killicki (syn. L. tropica) appears slightly polymorphic and highly structured in space and time, while L. tropica is genetically heterogeneous, little structured geographically and temporally. These results suggest distinct evolution and epidemiological cycles. Different parameters could explain these opposite epidemiological and genetic patterns as ecosystem, vectors, reservoirs or hosts. All these data suggest that the subpopulation of L. tropica that emerged in Tunisia had to adapt to a new ecosystem generating specific epidemiological and evolutionary patterns. In this context, although today we propose that L. killicki is considered as a synonym of L. tropica, it is possible that in the future, we will observe phylogenetic and epidemiological differences that would justify reconsidering its taxonomic position.