Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2016-09-15T14:08:49Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Fabricio_Bertuol.pdf: 2982251 bytes, checksum: a07f1ef53e83567ca29b99ae7529d004 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-15T14:08:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Fabricio_Bertuol.pdf: 2982251 bytes, checksum: a07f1ef53e83567ca29b99ae7529d004 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-05-29 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The black Uakari currently have three valid species: Cacajao. melanocephalus, C. hosomi and C. ayresi; proposed after a group taxonomic revision, however there is no consensus on this classification due to disagreements over the validity of C. ayresi proposed as new species for the group. The disagreement exist due to the low phylogenetic resolution found between C. ayresi and its sister species, C. hosomi. In this regard, the specific limits of black uakaris were tested to validate or not C. ayresi, using the phylogeny of Cytochrome b and next generation sequencing to delimit evolutionary lineages and biological groups. It was used ten new samples of black uakaris to building a phylogenetic reconstruction of Cytochrome b and twenty-one samples for next-generation sequencing. All samples used in the phylogenetic reconstruction of Cytochrome b were grouped with their respective described species, indicating a monophyletism for this marker. The results from the NGS indicate that C. hosomi and C. ayresi form a single evolutionary lineage while C. melanocephalus form another branch. Two biological groups were found, one composed by C. melanocephalusand other composed by C. ayresi and C. hosomi. The results indicate that C. ayresi and C. hosomi are distinct species by phylogenetic Cytochrome b, following the phylogenetic species concept, while the results from the NGS indicate that C. ayresi and C. hosomi form a single evolutionary lineage presenting polyphyly and is not classified as distinct species by phylogenetic species concept. The species C. ayresi and C. hosomi are also grouped in the same biological group, sharing mating system and thus classified as belonging to the same species by the biological species concept, therefore C. hosomi and C. ayresi can not be classified as separate species. / Os uakaris pretos atualmente possuem três espécies válidas: Cacajao. melanocephalus, C. hosomi e C. ayresi; que foram propostas após revisão taxonômica do grupo porém, não existe consenso sobre esta classificação devido a discordâncias sobre a validade de C. ayresi proposta como sendo espécie nova para o grupo. A discordância existe devido à baixa resolução filogenética encontrada em relação a sua espécie irmã, C. hosomi. Neste sentido, foram testados os limites específicos dos uakaris pretos para validar ou não C. ayresi, com a utilização de filogenia de Citocromo b e sequenciamento de nova geração para delimitar linhagens evolutivas e grupos biológicos. Foram utilizadas dez amostras inéditas de uakaris pretos para uma nova reconstrução filogenética do Citocromo b e vinte e uma amostras para o sequenciamento de nova geração. Todas as amostras utilizadas na reconstrução filogenética do Citocromo b se agruparam com suas respectivas espécies descritas, indicando uma monofilia para este marcador. Os resultados provenientes do NGS indicam que C. hosomi e C. ayresi formam uma única linhagem evolutiva enquanto que C. melanocephalus forma outra linhagem. Foram encontrados dois grupos biológicos, um composto por C. melanocephalus e outro composto C. ayresi e C. hosomi. Os resultados indicam que C. ayresi e C. hosomi são espécies distintas pela filogenia do Citocromo b, seguindo o conceito filogenético de espécies enquanto que os resultados provenientes do NGS indicam que C. ayresi e C. hosomi formam uma única linhagem evolutiva por apresentarem polifilia, não sendo classificadas como espécies distintas pelo conceito filogenético de espécies. As espécies C. ayresi e C. hosomi também se agrupam em um mesmo grupo biológico, indicando compartilhamento do sistema de acasalamento e por isso classificadas como pertencentes a mesma espécie pelo conceito biológico de espécies portanto, C. hosomi e C. ayresi não podem ser classificadas como espécies distintas.

Esta tese é estruturada em dois capítulos. O primeiro capítulo explora os retrotransposons com LTR (LTR-RT) em cana-de-açúcar e grande parte de seus resultados foram publicados no artigo \'\'Analysis of plant LTR-retrotransposons at the fine-scale family level reveals individual molecular patterns\'\'. Nossos resultados mostraram que as diferentes famílias de LTR-RT em cana-de-açúcar possuem estruturas e regulação distintas. O segundo capítulo desta tese visa responder a perguntas que surgiram durante a primeira metade deste trabalho, mas ao invés de focar no genoma de uma planta optamos por trabalhar com linhagem Del de LTR-RT em dez genomas de angiospermas sequenciados. Os resultados desta parte do trabalho foram submetidos para publicação no artigo intitulado \'\'Virus-like attachment sites and plastic CpG islands: landmarks of diversity in plant Del retrotransposons\'\'. Os resultados mostraram que a LTR é uma região dinâmica e importante para a evolução dos LTR-RTs. Nós especulamos que mudanças nas LTR atuem como gatilhos para a diversificação dos LTR-RTs. / This doctoral thesis is structured in two chapters. In the first chapter we explore the LTRretrotransposons (LTR-RT) in sugarcane, these results were published in an article entitled \'\'Analysis of plant LTR-etrotransposons at the fine-scale family level reveals individual molecular patterns\'\'. In this paper we show that different sugarcane LTR-RT families have distinct structure and are differentially regulated. In the second chapter we try to find answers to questions that came up in the first half of this work, but instead of focusing in one plant genome we chose to work with the Del lineage of LTR-RT in tem angiosperm sequenced genomes. These results are submitted to publication as an article entitled \'\'Virus-like attachment sites and plastic CpG islands: landmarks of diversity in plant Del retrotransposons\'\'. Our results indicate that the LTR region is dynamic and important in the evolution of LTR-retrotransposons, we speculate that it is a trigger for retrotransposon diversification.

Esta tese é estruturada em dois capítulos. O primeiro capítulo explora os retrotransposons com LTR (LTR-RT) em cana-de-açúcar e grande parte de seus resultados foram publicados no artigo \'\'Analysis of plant LTR-retrotransposons at the fine-scale family level reveals individual molecular patterns\'\'. Nossos resultados mostraram que as diferentes famílias de LTR-RT em cana-de-açúcar possuem estruturas e regulação distintas. O segundo capítulo desta tese visa responder a perguntas que surgiram durante a primeira metade deste trabalho, mas ao invés de focar no genoma de uma planta optamos por trabalhar com linhagem Del de LTR-RT em dez genomas de angiospermas sequenciados. Os resultados desta parte do trabalho foram submetidos para publicação no artigo intitulado \'\'Virus-like attachment sites and plastic CpG islands: landmarks of diversity in plant Del retrotransposons\'\'. Os resultados mostraram que a LTR é uma região dinâmica e importante para a evolução dos LTR-RTs. Nós especulamos que mudanças nas LTR atuem como gatilhos para a diversificação dos LTR-RTs. / This doctoral thesis is structured in two chapters. In the first chapter we explore the LTRretrotransposons (LTR-RT) in sugarcane, these results were published in an article entitled \'\'Analysis of plant LTR-etrotransposons at the fine-scale family level reveals individual molecular patterns\'\'. In this paper we show that different sugarcane LTR-RT families have distinct structure and are differentially regulated. In the second chapter we try to find answers to questions that came up in the first half of this work, but instead of focusing in one plant genome we chose to work with the Del lineage of LTR-RT in tem angiosperm sequenced genomes. These results are submitted to publication as an article entitled \'\'Virus-like attachment sites and plastic CpG islands: landmarks of diversity in plant Del retrotransposons\'\'. Our results indicate that the LTR region is dynamic and important in the evolution of LTR-retrotransposons, we speculate that it is a trigger for retrotransposon diversification.