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Sistemática de Aspidosperma Mart. & Zucc. (Apocynaceae) com ênfase na seção típica

Castello, Ana Carolina Devides. January 2018 (has links)
Orientador: Ingrid Koch / Resumo: Apocynaceae Juss. tem distribuição cosmopolita, está entre as maiores famílias de Angiospermas, e inclui atualmente as subfamílias Periplocoideae, Secamonoideae e Asclepiadoideae e os grados rauvolfioide e apocynoide. O grado rauvolfioide é composto por 79 gêneros distribuídos em 11 tribos, das quais apenas Alyxieae, Tabernaemontaneae, Willughbeieae e Vinceae possuem estudos filogenéticos. Aspidospermeae é grupo irmão das demais tribos de rauvolfioide e inclui seis gêneros, sendo Aspidosperma Mart. & Zucc. o mais diverso. Aspidosperma é composto atualmente por 51 espécies, divididas em dois subgêneros e nove seções, das quais a seção Aspidosperma é a que possui o maior número de espécies. Apesar de o gênero ter sido tratado em diversos estudos, a delimitação de suas espécies ainda não é totalmente resolvida, pois há grupos taxonomicamente complexos com sobreposição de características morfológicas entre suas espécies e sinonimizações não efetivamente publicadas, além de nomes publicados após a última revisão que não foram avaliados quanto ao posicionamento nas seções. Neste estudo as circunscrições das espécies de Aspidosperma foram avaliadas para elucidar parte dos problemas taxonômicos e nomenclaturais do gênero. Além disso, foram utilizados caracteres morfológicos, moleculares e ecológicos, em abordagem integrativa, para propor uma circunscrição bem suportada das espécies que compõem a seção típica. No capítulo 1, tratei de três complexos de espécies (grupo macrocarpon, par... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Apocynaceae Juss. presents a cosmopolitan distribution, is among the largest families of Angiosperms, and currently includes the subfamilies Periplocoideae, Secamonoideae and Asclepiadoideae and the rauvolfiod and apocynoid grades. The rauvolfioid grade comprises 79 genera distributed in 11 tribes, of which only Alyxieae, Tabernaemontaneae, Willughbeieae and Vinceae have phylogenetic studies. Aspidospermeae is the sister group of the other rauvolfioid tribes and includes six genera, of which Aspidosperma Mart. & Zucc. is the most diverse. Aspidosperma is currently composed of 51 species, divided into two subgenera and nine sections, of which the typical section Aspidosperma possesses the largest number of species. Although the genus has been treated in several studies, the delimitation of its species has not yet been fully resolved, because there are still taxonomically complex groups, with overlapping of morphological characteristics, synonymizations that have not been effectively published, besides names published after the last revision that were not evaluated about the position in the sections. In this study the circumscriptions of the Aspidosperma species were evaluated to elucidate some of the taxonomic and nomenclatureal problems existing in the genus. In addition, morphological, molecular and ecological characters were used in an integrative approach to propose a well-supported circumscription of the species included in the typical section. In Chapter 1, I assessed th... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Testando limites específicos dos Uakaris pretos sensu Hershkovitz (1987) (Pitheciidae: primates)

Bertuol, Fabrício 29 May 2015 (has links)
Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2016-09-15T14:08:49Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Fabricio_Bertuol.pdf: 2982251 bytes, checksum: a07f1ef53e83567ca29b99ae7529d004 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-15T14:08:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Fabricio_Bertuol.pdf: 2982251 bytes, checksum: a07f1ef53e83567ca29b99ae7529d004 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-05-29 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The black Uakari currently have three valid species: Cacajao. melanocephalus, C. hosomi and C. ayresi; proposed after a group taxonomic revision, however there is no consensus on this classification due to disagreements over the validity of C. ayresi proposed as new species for the group. The disagreement exist due to the low phylogenetic resolution found between C. ayresi and its sister species, C. hosomi. In this regard, the specific limits of black uakaris were tested to validate or not C. ayresi, using the phylogeny of Cytochrome b and next generation sequencing to delimit evolutionary lineages and biological groups. It was used ten new samples of black uakaris to building a phylogenetic reconstruction of Cytochrome b and twenty-one samples for next-generation sequencing. All samples used in the phylogenetic reconstruction of Cytochrome b were grouped with their respective described species, indicating a monophyletism for this marker. The results from the NGS indicate that C. hosomi and C. ayresi form a single evolutionary lineage while C. melanocephalus form another branch. Two biological groups were found, one composed by C. melanocephalusand other composed by C. ayresi and C. hosomi. The results indicate that C. ayresi and C. hosomi are distinct species by phylogenetic Cytochrome b, following the phylogenetic species concept, while the results from the NGS indicate that C. ayresi and C. hosomi form a single evolutionary lineage presenting polyphyly and is not classified as distinct species by phylogenetic species concept. The species C. ayresi and C. hosomi are also grouped in the same biological group, sharing mating system and thus classified as belonging to the same species by the biological species concept, therefore C. hosomi and C. ayresi can not be classified as separate species. / Os uakaris pretos atualmente possuem três espécies válidas: Cacajao. melanocephalus, C. hosomi e C. ayresi; que foram propostas após revisão taxonômica do grupo porém, não existe consenso sobre esta classificação devido a discordâncias sobre a validade de C. ayresi proposta como sendo espécie nova para o grupo. A discordância existe devido à baixa resolução filogenética encontrada em relação a sua espécie irmã, C. hosomi. Neste sentido, foram testados os limites específicos dos uakaris pretos para validar ou não C. ayresi, com a utilização de filogenia de Citocromo b e sequenciamento de nova geração para delimitar linhagens evolutivas e grupos biológicos. Foram utilizadas dez amostras inéditas de uakaris pretos para uma nova reconstrução filogenética do Citocromo b e vinte e uma amostras para o sequenciamento de nova geração. Todas as amostras utilizadas na reconstrução filogenética do Citocromo b se agruparam com suas respectivas espécies descritas, indicando uma monofilia para este marcador. Os resultados provenientes do NGS indicam que C. hosomi e C. ayresi formam uma única linhagem evolutiva enquanto que C. melanocephalus forma outra linhagem. Foram encontrados dois grupos biológicos, um composto por C. melanocephalus e outro composto C. ayresi e C. hosomi. Os resultados indicam que C. ayresi e C. hosomi são espécies distintas pela filogenia do Citocromo b, seguindo o conceito filogenético de espécies enquanto que os resultados provenientes do NGS indicam que C. ayresi e C. hosomi formam uma única linhagem evolutiva por apresentarem polifilia, não sendo classificadas como espécies distintas pelo conceito filogenético de espécies. As espécies C. ayresi e C. hosomi também se agrupam em um mesmo grupo biológico, indicando compartilhamento do sistema de acasalamento e por isso classificadas como pertencentes a mesma espécie pelo conceito biológico de espécies portanto, C. hosomi e C. ayresi não podem ser classificadas como espécies distintas.
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Allobates tinae: uma espécie, ou um complexo de espécies semelhantes

Silva, Douglas Lacerda da, (92) 992339706 26 September 2018 (has links)
Submitted by Douglas Silva (douglaslacerda1992@gmail.com) on 2018-11-06T15:44:11Z No. of bitstreams: 3 DISSERTAÇÃO_Versão_Final_2018_DOUGLAS _LACERDA.pdf: 3480099 bytes, checksum: 2a587c6aeaf35e91ebde7e80d5b0e623 (MD5) Carta_Encaminhamento_Autodepósito.pdf: 74603 bytes, checksum: c67bfaec3359c3a309ebef049fb39e80 (MD5) Ata de defesa de dissertação_Douglas Lacerda.pdf: 364655 bytes, checksum: 7685cef32081758b8806d59a5cc435d6 (MD5) / Approved for entry into archive by PPGZOOL Zoologia (ppgzoo.ufam@gmail.com) on 2018-11-06T16:10:20Z (GMT) No. of bitstreams: 3 DISSERTAÇÃO_Versão_Final_2018_DOUGLAS _LACERDA.pdf: 3480099 bytes, checksum: 2a587c6aeaf35e91ebde7e80d5b0e623 (MD5) Carta_Encaminhamento_Autodepósito.pdf: 74603 bytes, checksum: c67bfaec3359c3a309ebef049fb39e80 (MD5) Ata de defesa de dissertação_Douglas Lacerda.pdf: 364655 bytes, checksum: 7685cef32081758b8806d59a5cc435d6 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-11-06T17:53:56Z (GMT) No. of bitstreams: 3 DISSERTAÇÃO_Versão_Final_2018_DOUGLAS _LACERDA.pdf: 3480099 bytes, checksum: 2a587c6aeaf35e91ebde7e80d5b0e623 (MD5) Carta_Encaminhamento_Autodepósito.pdf: 74603 bytes, checksum: c67bfaec3359c3a309ebef049fb39e80 (MD5) Ata de defesa de dissertação_Douglas Lacerda.pdf: 364655 bytes, checksum: 7685cef32081758b8806d59a5cc435d6 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-06T17:53:56Z (GMT). No. of bitstreams: 3 DISSERTAÇÃO_Versão_Final_2018_DOUGLAS _LACERDA.pdf: 3480099 bytes, checksum: 2a587c6aeaf35e91ebde7e80d5b0e623 (MD5) Carta_Encaminhamento_Autodepósito.pdf: 74603 bytes, checksum: c67bfaec3359c3a309ebef049fb39e80 (MD5) Ata de defesa de dissertação_Douglas Lacerda.pdf: 364655 bytes, checksum: 7685cef32081758b8806d59a5cc435d6 (MD5) Previous issue date: 2018-09-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Allobates tinae is not a widely distributed species as previously suggested but a complex of cryptic species. In this study, we describe a new species of the Allobates tinae complex that inhabits the lowland dense rainforest of the northern Purus-Madeira Interfluve. We suggest that the distribution of A. tinae is restricted to the southern Purus-Madeira Interfluve and the species inhabits lowland open rainforest. The new species described herein can be easily distinguished by the following combination of morphological characters: small body size; absence of dark blotches or hourglass pattern on dorsum; throat, chest and belly yellow in males and females; when present, melanophores are scarce and founf only on the mandible; Finger III (Finger IV following Grant et al. 2017) uniform in width along phalanges; distal phalange of Finger III larger in males adult than in females; proximal phalange of Finger III larger than medial and distal phalanges in females; forearm shorter than arm. Tadpoles with emarginated buccal apparatus; three or four triangular papillae on corner of the anterior labium; one row of 12 or 14 short, triangular papillae on posterior labium; similar-sized papillae on posteromedial and posterolateral region of posterior labium. Advertisement call characterized by short trills composed by 5 ± 1 (3–7) notes that last 0.041 s ± 0.004 (0.029–0.054 s). Average silent interval between notes was 0.15 s ± 0.03 (0.10–0.23 s), being shorter between the first pair of notes [0.12 s ± 0.01 (0.10–0.15 s)] than between the last pair [0.19 s ± 0.02 (016–0.23 s)]. Peak frequency was 5635 Hz ± 209 (5168–6008 Hz); lower frequency was 5387 Hz ± 204 (4849–5817 Hz); upper frequency was 5829 Hz ± 191 (5374–6206 Hz). The new species described in this study is the 20th species of Allobates from the Brazilian Amazonia. Phylogenetic results indicate that there are two candidate species awaiting formal description in the Allobates tinae species complex. / Allobates tinae não é uma espécie de ampla distribuição como sugerido previamente, mas sim um complexo de espécies semelhantes. Aqui descrevemos uma das quatro espécies do complexo Allobates tinae que ocorre na porção norte do interflúvio Purus-Madeira na floresta ombrófila densa. Sugerimos que Allobate tinae é uma espécie restrita a porção sul do interflúvio e que habita floresta ombrófila aberta. A nova espécie de Alloabtes descrita nesse estudo pode ser diferenciada facilmente pela combinação dos seguintes caracteres morfológicos: tamanho pequeno, dorso sem manchas ou desenhos de ampulheta; ventre, saco vocal e tórax amarelo em machos e fêmeas com escassos melanóforos, quando presentes concentrados na região da mandíbula; dedo III (IV segundo Grant et al. 2017) dos machos de largura uniforme ao longo de todas as falanges; falange distal dos machos mais larga que das fêmeas; dedo III das fêmeas de largura irregular; falange basal mais larga que as falanges medial e distal; antebraço mais curto que o braço. Girinos possuem disco oral emarginado; lábio anterior com 3 ou 4 papilas triangulares e curtas, presente nas margens laterais do lábio; lábio posterior inteiramente cercado por uma fileira de 12 ou 14 papilas triangulares, com tamanho semelhante na margem póstero-lateral e póstero-medial. Cantos de anúncio são compostos por 5 ± 1 (3–7) notas com duração média de 0.041 s ± 0.004 (0.029–0.054 s), intervalo silencioso entre notas é de 0.15 s ± 0.03 (0.10–0.23 s), sendo mais curto entre as duas primeiras notas [ 0.12 s ± 0.01 (0.10–0.15 s)] do que entre as duas últimas notas [0.19 s ± 0.02 (016–0.23 s)], com frequência de pico 5635 Hz ± 209 (5168–6008 Hz), a frequência baixa 5387 Hz ± 204 (4849–5817 Hz) e a frequência alta é de 5829 Hz ± 191 (5374–6206 Hz). A espécie descrita nesse estudo é a 20ª espécie do gênero descrita para a Amazônia brasileira. Resultados filogenéticos sugerem a existência de outras duas espécies candidatas no complexo A. tinae aguardando descrição formal. / O sistema está prático e fácil, sendo pertinente da forma com a qual está disponível. / O presente trabalho, evidência a grande importância de estudos envolvendo complexos crípticos de espécies e a grande substimativa da fauna de anuros nas terras baixas da Amazônia.
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Filogenia e delimitação de espécies no complexo Boa constrictor (Serpentes, Boidae) utilizando marcadores moleculares / Phylogeny and species delimitation in the Boa constrictor complex (Serpentes, Boidae) using molecular markers

Lima, Lorena Corina Bezerra de 06 March 2017 (has links)
As serpentes que compõem o complexo Boa constrictor apresentam ampla distribuição por toda região Neotropical. A variação morfológica ligada à coloração e às localidades de origem fizeram com que, historicamente, fossem reconhecidas várias subespécies, embora sem consenso na literatura. Estudos prévios desenvolvidos com marcadores moleculares abordando aspectos filogenéticos e filogeográficos indicaram a existência de diversidade críptica em Boa. A fim de investigar as relações filogenéticas (empregando Máxima Parcimônia, Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana), análises de tempo de divergência e delimitação de espécies (utilizando os métodos Poisson Tree Processes, PTP, e Generalized Mixed Yule Coalescent, GMYC), foram utilizadas sequências dos genes Cytb, ND4 e NTF3, e do íntron de ODC de 217 exemplares, com representantes de 10 subespécies. Os resultados filogenéticos recuperaram Boa como um gênero monofilético e apontaram nove linhagens. Somente as subespécies B. c. occidentalis, B. c. orophias e B. c. nebulosa foram recuperadas como monofiléticas. As análises de delimitação de espécies não recuperam o monofiletismo de Boa, sendo que em PTP foram recuperadas um mínimo de 15 (para o Sul) e máximo de 75 espécies putativas (EPs) e em GMYC foram recuperadas quatro EPs. A estimativa dos tempos de divergência revelou que essas linhagens passaram por um processo de diversificação no Plioceno e Pleistoceno. Esses resultados somados aos dados da literatura permitiram hipotetizar a existência de ao menos cinco linhagens distintas em Boa: B. constrictor (sensu stricto), B. occidentalis, B. imperator, B. orophias e B. nebulosa, cuja diversificação está ligada aos eventos climáticos ocorridos Quaternário e Neógeno eventos geológicos derivados do soerguimento dos Andes / Snakes of the complex Boa constrictor are widely distributed in the Neotropical region. Historically, based on morphological variation and locality of origin, several subspecies have been recognized, although there are controversies concerning the number of subspecies. Previous phylogenetic and phylogeographic studies using molecular markers suggested cryptic diversity in Boa. Sequences of Cytb, ND4, NTF3 and ODC of 217 samples, including ten subspecies were used in order to investigate phylogenetic relationships. In this sense, it was used Maximum Parsimony, Maximum Likelihood and Bayesian Inference. Additionally, molecular dating and species delimitation analyses (Poisson Tree Processes, PTP, and Generalized Mixed Yule Coalescent, GMYC) were performed. Phylogenetic studies recovered Boa as monophyletic and nine lineages. Also, B. c. occidentalis, B. c. orophias, and B. c. nebulosi were the only subspecies recovered as monophyletic. Species delimitation analyses did not show Boa as monophyletic: PTP recovered from 15 for the South to 75 putative species considering the whole distribution; GMYC recovered four putative species. Divergence time estimation revealed that lineages have diversified during Pliocene and Pleistocene. These results allowed us to hypothesize at least five distinct lineages: B. constrictor (sensu stricto), B. occidentalis, B. imperator, B. orophias and B. nebulosi, whose diversification is related to climatic events of Quaternary and geological events like uplift of Andes during Neogene
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Integrative taxonomy of the genus Proechimys (Rodentia: Echimyidae) from Western Amazon / Taxonomia Integrativa do gênero Proechimys (Rodentia: Echimyidae) da Amazônia Ocidental

Dalapicolla, Jeronymo 06 September 2019 (has links)
Proechimys is a genus of the family Echimyidae with wide distribution in the Neotropical region. Although it is abundant and widely distributed, this genus is little studied and has its taxonomy and systematics little solved. This lack of knowledge impairs studies in other areas, especially in ecology, since the species are externally similar, becoming the identification in the field and museums more difficult. There are few published studies with morphological and genetic variation, and on systematics of the genus Proechimys. The aim of this Thesis was to propose a phylogeny based on genomic data and to delimit the species of the genus, also using other dataset such as the morphometric, to better understand the diversification and evolution of Proechimys, especially in the Western Amazon. During the Ph.D. project, I identified in morphotypes and geo- referenced the localities of 3,104 Proechimys specimens in 18 museums and collections in Brazil, the USA and England, and evaluated the morphological variation from 22 quantitative characters in 1,503 specimens, and 58 qualitative characters of skull and skin in 315 specimens. In this thesis I will present the morphometric results of 479 adult specimens. The remaining morphometric and morphological data are still being studied for future publications. In addition, I sequenced part of the genome of 278 specimens using the ddRAD-seq technique to evaluate the genetic variation. Chapter 1 is a general introduction in which I presented the taxonomic history of the genus, the current knowledge on the evolutionary history of Proechimys, and remarks on the landscape evolution in Western Amazon. In addition, I discussed on species concepts and Integrative Taxonomy, themes that were addressed in this thesis. In Chapter 2, I proposed a genomic phylogeny based on genomic data, identified the clades and tested whether they could be considered different species based on the multispecies coalescent model for genetic data and Brownian motion for morphometric data. The phylogenetic relationships recovered among Proechimys individuals indicated five main clades within the genus, with statistical support for the recognition of at least 28 lineages at the species level. Proechimys was not recovered as monophyletic, and 12 of the 28 lineages did not correspond to currently valid species; some of them may be new taxa, while others may be revalidations of taxa currently included in the synonymy of valid species. In Chapter 3, I estimated divergence times between the clades and tested Bayesian models of geographic range evolution to indicate ancestral areas for the clades. With these results I created a biogeographic hypothesis for the evolution of Proechimys. The genus origin was estimated in the Miocene and in the Western Amazon. I was able to associate the biogeographic history to the landscape evolution of the Amazon. Diversification within the five main clades occurred in the Pliocene and Pleistocene. In Chapter 4, I evaluated the phylogeographic pattern of three sympatric species of Proechimys from the Western Amazon: : Proechimys brevicauda, Proechimys simonsi and Proechimys steerei. The aim was to test whether these species sharing the same geographic space would also share the same patterns of genetic structure or whether there would be segregation at the microhabitat level that would lead to different phylogeographic patterns. For this I calculated the overlap and similarity among their environmental and morphological hypervolumes, and tested the importance of barriers, the geographic and environmental distance between populations in each species to explain the genetic structure. Each species showed little overlap of the morphological hypervolume, and great overlap in the environmental one. In addition, they presented different genetic structure patterns, showing that even though they are congeners species and occur in sympatry, they may respond differently to landscape evolution, and to environmental changes. In Chapter 5, I present a synthesis of the main conclusions and future perceptives about the study of genus and the implications of my 15 results for the conservation and studies on diversity patterns in the Amazon region. Thus, this Thesis increased the knowledge on factors that lead to the genetic structure of mammalian species in the Amazon, as well as on the evolutionary history of the genus Proechimys and its genetic, morphological and species diversity. These results may support future studies in ecology, conservation biology and also fauna surveys in the Neotropical region. / Proechimys é um gênero da família Echimyidae com ampla distribuição na região Neotropical. Embora seja abundante e amplamente distribuído, este gênero é pouco estudado e tem sua taxonomia e sistemática pouco resolvida. Essa falta de conhecimento dificulta estudos em outras áreas, especialmente em ecologia, uma vez que as espécies são externamente semelhantes, tornando complexa a identificação de indivíduos no campo e nos museus. Existem poucos estudos publicados com variação morfológica e genética, e também sobre a sistemática de Proechimys. O objetivo desta tese foi propor uma filogenia baseada em dados genômicos e delimitar as espécies do gênero, utilizando também outros bancos de dados como o morfométrico, para entender melhor a diversificação e evolução de Proechimys, especialmente na Amazônia Ocidental. Durante o projeto de doutorado, eu identifiquei em morfotipos e fiz o georreferenciamento das localidades de 3.104 espécimes de Proechimys em 18 museus e coleções do Brasil, Estados Unidos da América e Inglaterra, e avaliei a variação morfológica de 22 caracteres quantitativos em 1.503 espécimes, e 58 caracteres qualitativos de crânio e pele em 315 espécimes. Nesta tese eu vou apresentar os resultados oriundos de uma parte dos dados morfométricos, de 479 espécimes adultos. Os demais dados morfométricos e morfológicos ainda estão sendo trabalhados para futuras publicações. Além disso, sequenciei parte do genoma de 278 espécimes usando a técnica ddRAD-seq para avaliar a variação genética. O Capítulo 1 diz respeito a uma introdução geral na qual eu apresentei a história taxonômica do gênero, o conhecimento atual sobre a história evolutiva de Proechimys e fiz um breve comentário sobre a evolução da paisagem da Amazônia Ocidental. Além disso, eu discuti sobre alguns conceitos de espécies e sobre a Taxonomia Integrativa, temas que foram abordados nessa tese. No Capítulo 2, propus uma filogenia para o gênero baseada em dados genômicos, identifiquei os clados e testei se eles poderiam ser considerados espécies diferentes com base no modelo coalescente multiespecífico para dados genéticos e no movimento Browniano para dados morfométricos. As relações filogenéticas recuperadas entre os indivíduos de Proechimys recuperaram cinco grandes clados dentro do gênero, com suporte estatístico para o reconhecimento a nível de espécie de pelo menos 28 linhagens. Proechimys não foi recuperado como monofilético e 12 das 28 linhagens não corresponderam a espécies válidas atualmente; algumas delas podem ser novos táxons, enquanto outras podem ser revalidações de táxons atualmente incluídas na sinonímia de espécies válidas. No Capítulo 3, eu datei os tempos de divergência entre os clados e testei modelos bayesianos de evolução da distribuição geográfica para estimar as áreas ancestrais dos clados. Com esses resultados, eu criei uma hipótese biogeográfica para a evolução do gênero. A origem do gênero foi estimada para o Mioceno, na Amazônia Ocidental e foi possível associar a história evolutiva do gênero com mudanças na paisagem da Amazônia. A diversificação dentro dos 5 principais clados do gênero ocorreu no Plioceno e no Pleistoceno. No Capítulo 4, eu avaliei o padrão filogeográfico de três espécies simpátricas de Proechimys da Amazônia Ocidental: Proechimys brevicauda, Proechimys simonsi e Proechimys steerei. O objetivo foi testar se essas espécies que compartilham o mesmo espaço geográfico, compartilhariam também os mesmos padrões de estruturação genética, ou se haveria uma segregação ao nível de micro-habitat que levaria a diferentes padrões filogeográficos. Para isso eu calculei a sobreposição dos hipervolumes ambiental e morfológicos e testei a importância de barreiras, da distância geográfica e ambiental entre as populações de cada espécie para explicar a estruturação genética. Cada uma das três espécies simpátricas mostrou pouca sobreposição do hipervolume morfológico, e grande sobreposição no ambiental. Cada espécie teve um padrão de estruturação genética diferente, mostrando que mesmo ocorrendo em simpatria e sendo espécies congêneras, elas respondem de 13 formas diferentes à evolução da paisagem e às mudanças ambientais. No Capítulo 5, eu apresento uma síntese com as principais implicações dessa tese para diferentes áreas relacionadas à Ecologia Aplicada e as perceptivas futuras sobre o estudo do gênero. Dessa forma, esta tese ampliou o conhecimento sobre os fatores que levam à estruturação genética de espécies de mamíferos da Amazônia, bem como sobre a história evolutiva do gênero Proechimys e de sua diversidade genética, morfológica e de espe?ies. Estes resultados podem auxiliar trabalhos em ecologia, biologia da conservação e também nos levantamentos de fauna em grande parte da região Neotropical.
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Delimitando espécies = contribuição de marcadores morfológicos e moleculares para a compreensão do gênero Hermeuptychia Forster (Nymphalidae: Satyrinae: Euptychiina) / Delimiting species : morphological and molecular markers contribution for the understanding of the genus Hermeuptychia Forster (Nymphalidae: Satyrinae: Euptychiina)

Seraphim, Noemy, 1986- 19 August 2018 (has links)
Orientadores: Karina Lucas da Silva Brandão, André Victor Lucci Freitas / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-19T17:32:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Seraphim_Noemy_M.pdf: 28481674 bytes, checksum: 287c682142f5d5cd09f6635fbb8a291f (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: O gênero Hermeuptychia Forster (Nymphalidae, Satyrinae, Euptychiina) está amplamente distribuído no continente Americano, desde a Argentina até o sul dos Estados Unidos. O gênero foi anteriormente considerado um complexo de espécies, e atualmente são reconhecidas oito espécies . Todas as espécies possuem um padrão alar muito parecido, o que compromete a identificação taxonômica correta. Em adição, a posição filogenética do gênero dentro da subtribo Euptychiina permanece incerta. Para o presente estudo foram obtidos espécimens de 45 localidades de cinco países, com maior ênfase em uma amostragem no Brasil. Três marcadores moleculares, dois do DNA mitocondrial (cox1 5' e nad6) e um do DNA nuclear (RpS5) foram utilizados para gerar hipóteses filogenéticas (Máxima Parcimônia e Inferência Bayesiana), para delimitar espécies, e para gerar estimativas de tempo de divergência e distribuição ancestral. Adicionalmente, o desempenho da região anterior da cox1 como 'barcode - código de barras' para delimitar as espécies de Hermeuptychia foi testado. Além disso, análise morfológica da genitália masculina foi empregada para a delimitação e identificação de espécies. Os indivíduos amostrados agruparam-se em dez clados nas análises moleculares, correspondendo a sete espécies reconhecidas mais H. gisella, que havia sido anteriormente sinonimizada com H. cucullina. A análise morfológica dos indivíduos possibilitou o estabelecimento de caracteres diagnósticos para todas as espécies de Hermeuptychia - incluindo H. cucullina, que não está presente nas análises moleculares - e concordou com os agrupamentos obtidos através das análises moleculares. As relações filogenéticas entre as espécies de Hermeuptychia permanecem incertas, possivelmente devido a um padrão de evolução rápida, descrito anteriormente para outros Satyrini. Entretanto, dois grupos de espécies-irmãs podem ser identificados, H. pimpla + H. harmonia, e H. gisella + H. fallax, ambos sustentados por ocorrência simpátrica. Em adição, H. gisella e H. fallax parecem apresentar um isolamento reprodutivo incompleto, com formação de híbridos. Algumas espécies de Hermeuptychia estão distribuídas amplamente, como H. atalanta, H. hermes e H. gisella, sendo que H. atalanta é a espécie mais comum encontrada no Brasil. H. fallax é uma espécie restrita a Mata Atlântica; H. pimpla e H. harmonia são espécies restritas à região andina, encontradas em altitudes moderadas; H. maimoune pode ser encontrada na região andina e no sul da Amazônia brasileira, correspondendo a duas espécies crípticas; H. cucullina foi encontrada no centro-oeste brasileiro e na região andina, e é a espécie mais rara de Hermeuptychia; e H. sosybius pode ser encontrada do sul dos Estados Unidos até a região norte da Colômbia. O gênero diversificou-se de seu grupo-irmão a cerca de 8,2 milhões de anos (mya), a diversificação das espécies ocorreu entre 3,5 e 1,4 mya, e a distribuição ancestral estimada é a cordilheira dos Andes. Apenas com a região 'barcode' e análise de distância usando Neighbor-Joining, foi possível separar as espécies de Hermeuptychia com uma taxa de 2% de erro. O limite entre as distâncias intra e interespecíficas estimado fica em torno de 2% de divergência genética / Abstract: The Hermeuptychia genus Forster (Nymphalidae: Satyrinae: Euptychiina) is widely distributed in the American continent, from Argentina to South United States. Previously considered a species complex, the genus presents eight valid species taxa at the moment. Wing pattern is very similar in all Hermeuptychia species resulting in difficult and prone to error taxonomic identification. Additionally its position within the subtribe Euptichiina remains uncertain. Samples from 45 locations in five countries, with major emphasis in Brazilian territory sampling, were obtained for the present study. Three molecular markers, two from mitochondrial DNA (cox1 5' and nad6) and one from nuclear DNA (RpS5), were used to generate phylogenetic hypothesis (Maximum Parsimony and Bayesian Inference), to delimit species, and to estimate divergence time and ancestral distributions. The 'barcode' region performance (cox1 5') was tested for Hermeuptychia species. Male genitalia morphology was also used to identify and delimitate species. Sampled individuals are grouped in ten molecular clusters, corresponding to seven valid species and H. gisella, previously synonymized to H. cucullina. Morphological analysis of individuals revealed morphological diagnose traits to identify all Hermeuptychia species, including H. cucullina, which is not present in the molecular analysis, and was congruent with molecular analysis. Phylogenetic relationships among Hermeuptychia species remain unresolved due to a possible rapid evolutionary pattern common to Satyrini. However, two pairs of sister species could be identified: H. pimpla + H. harmonia and H. gisella + H. fallax, both sympatric. Additionally, H. gisella + H. fallax present incomplete reproductive isolation, with hybrids. Some Hermeuptychia are widely distributed as H. atalanta, H. hermes, and H. gisella, and H. atalanta is the most common species found in Brazil. H. fallax is restricted to Atlantic Forest; H. pimpla and H. harmonia are restricted to Andes region, at moderately high altitudes; H. maimoune is found in the Andine and in the Amazonian regions, corresponding to two cryptic species; H. cucullina is the rarest Hermeuptychia and was found in Central Brazil and in Andes; and H. sosybius is the only Hermeuptychia found in North America, been present from South United States to north Colombia. The genus diverged from its sister group around 8.2 my, species diversification occurred between 3.5 and 1.4 my and the ancestral estimate distribution is Andine region. Only the 'barcode' region was able to identify each Hermeuptychia species, with an 2% error rate and the molecular threshold for intra and interspecific distance was around 2% of genetic divergence / Mestrado / Ecologia / Mestre em Ecologia
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Investigação de limites específicos em Corbula (Corbulidae: Bivalvia) do Sudeste e Sul do Brasil, com base em marcadores moleculares / Species boundaries in Corbula (Corbulidae: Bivalvia) from South-Southeastern Brazil based on molecular markers

Quast, Mônica Paiva, 1977- 30 May 2003 (has links)
Orientador: Antonia Cecilia Zacagnini Amaral / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-22T01:09:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Quast_MonicaPaiva_D.pdf: 2160555 bytes, checksum: a8f9e004b6d58d12222f57e63c865d89 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Espécies são unidades fundamentais da biologia e sua identificação é essencial para a pesquisa nos mais diversos campos. Esta tarefa, no entanto, é dificultada por limites interespecíficos naturalmente mal definidos, especialmente em ambientes marinhos, onde complexos de espécies crípticas são comuns. Assim, a delimitação de espécies tem recebido grande atenção nos últimos anos e técnicas moleculares têm se mostrado de grande importância para a questão. Corbula (Bivalvia: Corbulidae) é um gênero frequente e ecologicamente importante em comunidades bentônicas marinhas de sublitoral. A taxonomia do grupo é bastante confusa, em parte devido à plasticidade fenotípica das conchas que dificulta o estabelecimento de limites morfológicos entre as espécies. O presente estudo teve como objetivo estudar, com base em sequências de dois marcadores moleculares (COI e 16S), os limites entre seis espécies de Corbula morfologicamente identificadas da costa sudeste e sul do Brasil, de forma a testar a delimitação morfológica. Como se trata de espécies predominantemente de sublitoral, o material analisado encontrava-se preservado em álcool, havendo sido fixado em formol. Dessa forma, fez-se necessário o desenvolvimento de protocolos específicos de extração e amplificação. Uma combinação de extração orgânica com adsorção em sílica mostrou-se o melhor método de extração de DNA total. Para as reações de amplificação, a utilização de nested PCR produziu resultados superiores à PCR direta. As análises de delimitação utilizaram quatro métodos diferentes, dois baseados em árvores (GMYC e Brownie) e dois não (regra das 4x e ABGD). Os resultados divergiram entre métodos e marcadores, mas a combinação das diferentes linhas de evidência permitiu corroborar a delimitação morfológica de três espécies (Corbula caribaea, Corbula tryoni e Corbula lyoni). Os indivíduos identificados como Corbula patagonica dividiram-se em duas espécies distintas. O único indivíduo de Corbula aequivalvis foi considerado distinto das outras espécies e um indivíduo atribuído a Corbula sp1 não pôde ser distinguido de C. caribaea / Abstract: Species are fundamental unities in many biological studies and, being so, their identification is essential for researches in many different fields. This task, however, is complicated by badly defined interspecies boundaries, especially in the sea, where cryptic species are quite common. Species delimitation has been receiving much attention, and molecular techniques have been proved of great value to the matter. Corbula (Bivalvia, Corbulidae) is frequent and ecologically important genus in benthic marine communities. Nevertheless, its taxonomy is confusing, in part due to a plastic shell, which makes it difficult to establish species boundaries. This study aimed to analyze the COI and 16S sequences of six morphologically identified Corbula species occurring off the South-Southeastern Brazilian coast. Being a mainly sublittoral genus, most of the analyzed material had been previously sampled, fixed in formalin and preserved in alcohol. Hence, initially specific protocols for DNA extraction and PCR were developed. Better results were obtained with an extraction protocol combining organic extraction and silica adsorption. The nested PCR yielded more product than the direct PCR. Delimitation analyses were conducted with four different methods: two tree based (GMYC and Brownie) and two non-tree based (4x rule and ABGD). Different methods and markers produced different delimitations, but the combined evidence supports the morphological delimitation of three species: Corbula caribaea, Corbula tryoni and Corbula lyoni. Individuals assigned to Corbula patagonica were separated into two molecular species. Only one individual of Corbula aequivalvis was analyzed and it was distinguished from other species. One individual assigned to Corbula sp1 could not be distinguish from C. caribaea / Doutorado / Ecologia / Doutora em Ecologia
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Diversification and species limits in two genera of the tribe Oryzomyini (Rodentia: Cricetidae: Sigmodontinae) revealed by combined molecular and cytogenetic approaches / Diversificação e caracterização de espécies em dois gêneros da tribo Oryzomyini (Rodentia: Cricetidae: Sigmodontinae) reveladas por abordagens moleculares e citogenéticas

Di-Nizo, Camilla Bruno 13 March 2018 (has links)
In this work, the integrative taxonomy approach was performed to understand species limits and patterns of diversification in two genera of orizomyine rodents (Cerradomys and Oligoryzomys). Therefore, molecular markers with distinct evolutionary rates were used with different approaches (phylogeny, coalescent-based species delimitation, DNA barcoding, phylogeography, molecular dating). Classic and molecular cytogenetic analyzes were performed, contributing to cytotaxonomy and revealing chromosomal evolution. This work is divided into four chapters, including a brief introduction (Chapter 1). In Chapter 2, the integrative taxonomy approach was used to study the genus Cerradomys, based on cytogenetic and molecular data. The results revealed that cytogenetics is important in the recognition of all described species (cytotaxonomy). Phylogenetic reconstruction showed that internal relationships are well supported, with the exception of C. subflavus and C. goytaca, which are not reciprocally monophyletic. Following the integrative taxonomy, in which species limits are based on the congruence of methods, this work recognizes and reiterates the eight Cerradomys species described so far. We suggest a taxonomic revision in C. langguthi and C. subflavus, since both may represent species-complex or in process of speciation. Times of divergence show that Cerradomys is a recent genus, with speciation events occurred mainly in the Pleistocene. In Chapter 3, classic and molecular cytogenetics (Fluorescence in situ hybridization - FISH with telomeric and Oligoryzomys moojeni probes) were used to study chromosomal evolution in Cerradomys, based on the molecular phylogeny obtained in Chapter 2. Chromosome painting revealed extensive chromosome reshuffling in Cerradomys. Species with the highest diploid numbers showed exclusively telomeric signals whereas interstitial telomeric signals (ITS) were observed in the species with the lowest diploid numbers. Comparisons of chromosome painting with molecular phylogeny data corroborate the hypothesis that ITS, in this case, are remnants of telomeres. Nevertheless, other chromosomal rearrangements were detected with absence of ITS, indicating that these sequences may have been lost in the process of chromosomal breakages, evidencing that there was both retention and loss of ITS along the karyotypic evolution of the genus. In addition, complex rearrangements were detected between the karyotypes of C. goytaca and C. subflavus, reiterating that these two species are distinct, since hybrids probably would not be viable due to meiotic problems. In Chapter 4, aiming to recover the evolutionary history and species limits of Oligoryzomys, molecular phylogeny studies were integrated into cytogenetic data. The genus was monophyletic, but the internal relations had low support. The compilation of phylogenetic, chromosomal data and geographic distribution (interdisciplinarity) was important to understand species boundaries. Four lineages could not be related to any name and may be new species (Oligoryzomys A-D). Oligoryzomys flavescens was recovered paraphyletic in respect to O. fornesi. Oligoryzomys stramineus, O. microtis and O. nigripes were recovered in two well-structured clades each. In the case of the last two species, the subclades are probably related to exclusive karyotypes. In O. microtis, one subclade is composed of samples from the western Amazon region and the other with samples distributed in southern Amazon region, transition with Cerrado (2n=64, FN=64). In O. nigripes, one of the clades is composed of specimens from northeastern Brazil (2n=62, FN=78) and the other from central-south-southeast Brazil, Argentina, Paraguay and Uruguay (2n=62, FN=80-82). Phylogeographic results corroborate phylogenetic and cytogenetic data, revealing two distinctive phylogroups, consistent with incipient species. Chromosome data corroborate previous work and could be associated to the following names: O. mattogrossae, O. moojeni, O. chacoensis, O. stramineus, O. nigripes and O. flavescens, although the last two species should be reassessed. In addition, an undescribed karyotype is being reported for Oligoryzomys aff. utiaritensis (2n=70, FN=72), as well as new records in Brazil for four species. We suggest a taxonomic revision in O. microtis, O. flavescens and O. nigripes, as these species probably represent incipient or species-complex. In addition, samples related to Oligoryzomys aff. delicatus, Oligoryzomys aff. chacoensis, Oligoryzomys aff. rupestris and Oligoryzomys aff. Utiaritensis should be evaluated morphologically to confirm their identities. The results of this work corroborate the importance of interdisciplinary studies, since the rates of evolution differ according to each character / Neste trabalho, utilizou-se a abordagem de taxonomia integrativa para compreender os limites das espécies e padrão de diversificação em dois gêneros de roedores orizominos (Cerradomys e Oligoryzomys). Para tanto, marcadores moleculares com taxas evolutivas distintas foram utilizados em diferentes abordagens (filogenia, delimitação de espécies baseada em coalescência, DNA barcoding, filogeografia, datação). Análises de citogenética clássica e molecular foram realizadas, contribuindo como um marcador citotaxonômico e revelando padrões de evolução cromossômica. Os dados moleculares e citogenéticos, combinados à dados de distribuição geográfica, tornaram esse trabalho interdisciplinar. Esta tese está dividida em quatro capítulos, incluindo uma breve introdução (Capítulo 1). No capítulo 2, a abordagem de taxonomia integrativa foi utilizada para estudar o gênero Cerradomys, a partir dos dados citogenéticos e moleculares. Os resultados revelaram que a citogenética é importante no reconhecimento de todas as espécies descritas (citotaxonomia). A reconstrução filogenética mostrou que as relações internas são bem suportadas, com exceção de C. subflavus e C. goytaca, que não são reciprocamente monofiléticos. De acordo com a taxonomia integrativa, em que a delimitação de espécies é baseada na congruência entre a maioria dos dados, esse trabalho reconhece e reitera as oito espécies de Cerradomys descritas até o momento. Sugerimos uma revisão taxonômica em C. langguthi e C. subflavus, uma vez que ambas podem representar complexos de espécies ou casos de especiação em curso. Os tempos de divergência mostram que Cerradomys é um gênero recente, cujos eventos de especiação ocorreram preponderantemente no Pleistoceno. No capítulo 3, estudos de citogenética clássica e molecular (hibridação in situ fluorescente - FISH com sondas teloméricas e cromossomo-específicas de Oligoryzomys moojeni) foram realizados para compreender a evolução cromossômica de Cerradomys, com base na filogenia obtida no capítulo anterior. A pintura cromossômica mostrou que um grande número de rearranjos ocorreu ao longo da evolução cariotípica de Cerradomys. As espécies com os maiores números diplóides mostraram sinais exclusivamente teloméricos enquanto que sinais teloméricos intersticiais (ITS) foram observados nas espécies com menores números diplóides. Comparações dos dados de pintura cromossômica com os dados de filogenia molecular corroboram a hipótese de que as ITS, neste caso, são remanescentes de telômeros. No entanto, outros rearranjos cromossômicos foram detectados com ausência de ITS, de modo que essas sequências podem ter sido perdidas no processo das quebras cromossômicas, evidenciando que houve tanto retenção quanto perda das ITS ao longo da evolução cariotípica do gênero. Além disso, rearranjos complexos foram detectados entre os cariótipos de C. goytaca e C. subflavus, reiterando que essas duas espécies são distintas, uma vez que provavelmente os híbridos não seriam viáveis devido a problemas meióticos. No capítulo 4, com o objetivo de recuperar a história evolutiva e os limites das espécies de Oligoryzomys, estudos de filogenia molecular foram integrados a dados citogenéticos. O gênero mostrou-se monofilético, mas as relações internas tiveram baixo suporte. A compilação dos dados filogenéticos, cromossômicos e de distribuição geográfica (interdisciplinaridade) foram importantes para compreender os limites das espécies. Quatro linhagens não puderam ser relacionadas a nenhum nome, sendo prováveis espécies novas (Oligoryzomys A-D). Oligoryzomys flavescens foi recuperado parafilético em relação à O. fornesi. Oligoryzomys stramineus, O. microtis e O. nigripes foram recuperados em dois clados bem estruturados cada. No caso das duas últimas espécies, os subclados provavelmente estão relacionados à cariótipos exclusivos. Em O. microtis, um dos clados é composto por exemplares do oeste da região amazônica e o outro, por exemplares distribuído ao sul da região amazônica, transição com Cerrado (2n=64, NF=64). Em O. nigripes, um dos clados é composto por exemplares do nordeste do Brasil (2n=62, NF=78) e o outro por exemplares da região centro-sul-sudeste do Brasil, Argentina, Paraguai e Uruguai (2n=62, NF=80-82). Os dados filogeográficos suportam os dados filogenéticos e cromossômicos, revelando dois filogrupos em O. nigripes, sugerindo que essas populações estejam em processo de especiação. Os dados cromossômicos corroboram as informações da literatura e puderam ser associados aos seguintes nomes: O. mattogrossae, O. moojeni, O. chacoensis, O. stramineus, O. flavescens e O. nigripes, embora as duas últimas devam ser reavaliadas. Adicionalmente, um novo cariótipo está sendo reportado para Oligoryzomys aff. utiaritensis (2n=70, NF=72), assim como novos dados de distribuição no Brasil para quatro espécies. Sugerimos uma revisão taxonômica em O. microtis, O. flavescens e O. nigripes, pois estas espécies provavelmente representam complexos de espécies ou estão em processo de especiação. Além disso, os exemplares relacionados à Oligoryzomys aff. delicatus, Oligoryzomys aff. chacoensis, Oligoryzomys aff. rupestris e Oligoryzomys aff. utiaritensis devem ser avaliados morfologicamente para confirmar suas identidades. Os resultados desse trabalho corroboram a importância dos estudos interdisciplinares, uma vez que as taxas de evolução para cada caráter são heterogêneas
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Filogeografia de Cattleya loddigesii Lindl. e Cattleya harrisoniana (ex Lindl.) Bateman (Orchidaceae) / Phylogeography of the Cattleya loddigesii Lindl. and Cattleya harrisoniana (ex Lindl.) Bateman

Tomé, Thaís Melega 13 September 2016 (has links)
O Brasil abrange grande diversidade de espécies da família Orchidaceae, onde o gênero Cattleya se destaca devido a reconhecida importância horticultural e espécies altamente relacionadas de difícil delimitação taxonômica. Anteriormente, Cattleya loddigesii e C. harrisoniana foram reconhecidas como espécies distintas devido à descontinuidade morfológica, fenológica e distribuição geográfica. Entretanto, esses critérios não são suficientes para determinar com clareza a delimitação dessas espécies, uma vez que existem populações com características morfológicas e fenológicas intermediárias consideradas introgredidas. Com o intuito de esclarecer o relacionamento entre C. loddigesii e C. harrisoniana, a relação das populações introgredidas, a estruturação das populações, bem como padrões filogeográficos envolvidos, análises filogeográficas baseadas em sequencias de DNA de cloroplasto (cpDNA) e DNA nuclear ribossomal (ITS) foram utilizadas. No total, foram amostrados 130 indivíduos das duas espécies distribuídos em 17 populações. Os resultados obtidos suportam a distinção entre as plantas, onde a árvore de estimativa de tempo de divergência para ITS separou mais evidentemente em clados distintos as duas espécies, corroborando a alta estruturação encontrada pela AMOVA (ΦCT = 0,597), distribuição haplotípica e análises bayesianas. Apesar disso, os resultados para cpDNA não evidenciaram claramente essa distinção. Os resultados obtidos pelo software Migrate também suportam a distinção das espécies e, ainda, sugerem que as populações introgredidas são mais relacionadas com C. loddigesii. Ademais, os dados sugerem que a estruturação populacional encontrada segue o modelo de isolamento por distância, assim como sugeriram as análises de clados aninhados - NCPA e bayesiana. Ademais, os resultados de estruturação para ambas as regiões, e as possíveis incongruências entre os resultados de cpDNA e ITS estão indicando que existe maior número de indivíduos híbridos e introgressão, necessitando de novos estudos para corroborar essas evidências. Uma das possíveis razões pelo amplo compartilhamento de haplótipos, principalmente para cpDNA, pode ter sido devido à conectividade mantida através das populações introgredidas. Além disso, a reprodução alogâmica, a dispersão por abelhas e a dispersão de sementes pelo vento a longas distâncias podem também ter contribuído para a conexão entre elas. Os resultados da reconstrução filogeográfica, bem como o número de migrantes sugerem que as populações se dispersaram em direção ao Norte-Sul em períodos glaciais do Pleistoceno. Além disso, a alta diversidade e a diferenciação das populações do extremo Sul de SP indicam indícios de uma possível zona de refúgio neste local. / Brazil covers a wide range of species of the orchid family, where the Cattleya genus stands out due to a recognized horticultural importance and highly related species difficult taxonomic delimitation. Previously, Cattleya loddigesii and C. harrisoniana were recognized as distinct species due to morphological, phenological and geographical distribution discontinuity. However, these criteria are not sufficient to determine clearly the identification of these species, as there are populations with intermediate morphological and phenological characteristics considered introgressed. In order to clarify the relationship between C. loddigesii and C. harrisoniana, the ratio of introgressed populations, the population structure and the phylogeographic patterns involved, phylogeographic analyses based on chloroplast DNA sequences (cpDNA) and ribosomal nuclear DNA (ITS), were used. Overall, we sampled 130 individuals of the two species distributed into 17 populations. Results support the distinction between plants, where the tree of divergence time estimate for ITS separated the two species more clearly into distinct clades, corroborating the high structure found by AMOVA (ΦCT = 0.597), haplotype distribution and Bayesian analyses. Nevertheless, the results for cpDNA did not demonstrated that distinction clearly. The results obtained by the Migrate software also support the species distinction and suggest that the introgressed populations are more closely related to C. loddigesii. Furthermore, the data suggest that the population structure found follows the isolation by distance model, as also suggested in the nested clades - NCPA and Bayesian analyses. Furthermore, the population structure results for both regions, plus possible inconsistencies between the cpDNA and ITS results, may indicate that there is a greater number of hybrid individuals and introgression, requiring new studies to corroborate this evidence. One of the possible reasons for the broad sharing of haplotypes, especially for cpDNA, may have been due to connectivity maintained through introgressed populations. Furthermore, the allogamous reproduction, the dispersal by bees and dispersal of seeds by wind over long distances may also have contributed to the connection between them. The results of phylogeographic reconstruction, as well as the number of migrants suggest that the population is dispersed towards North-South in glacial periods of the Pleistocene. In addition, the high diversity and differentiation of populations of the Southern tip of SP indicate evidence of a possible refuge zone at this area.
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Diversity of the genus Trichomycterus Valenciennes, 1832 (Siluriformes, Trichomycteridae) in the Rio Doce basin: a systematic study integrating phenotypes, DNA and classical taxonomy / Diversidade do gênero Trichomycterus Valenciennes, 1832 (Siluriformes, Trichomycteridae) na bacia do Rio Doce: um estudo sistemático integrando fenótipos, DNA e taxonomia clássica.

Reis, Vínicius José Carvalho 21 September 2018 (has links)
The diversity of the genus Trichomycterus Valenciennes 1832 in the Rio Doce basin is investigated using conventional and modern morphology and DNA analyses. The work is presented in two Chapters. Chapter One, entitled Diversity of the genus Trichomycterus Valenciennes, 1832 (Siluriforms, Trichomycteridae) in the Rio Doce basin: a systematic study integrating phenotypes, DNA and classical taxonomy integratively analyzes specimens of the genus from the entire Rio Doce drainage and adjacent basins, both from available world-wide collections and from active sampling efforts. A combination of phenotypic and DNA (COI barcoding analysis) provides evidence for the existence of 14 species in the basin, 10 of which are new: T. alternatus Eigenmann, 1917; T. argos Lezama et al., 2012; T. astromycterus sp. nov.; T. barrocus sp. nov.; T. brucutu sp. nov.; T. brunoi Barbosa & Costa, 2010; T. immaculatus (Eigenmann & Eigenmann, 1889)] T. illuvies sp. nov.; T. melanopygius sp. nov.; T. ipatinguensis sp. nov.; T. pussilipygius sp. nov.; T. sordislutum sp. nov.; T. vinnulus sp. nov; and T. tantalus sp. nov. . In addition, a lectotype is designated for T. immaculatus and the species is considered as a senior synonym of Trichomycterus pradensis Sarmento-Soares et al., 2005. Although remarkable, such increase in species number of Trichomycterus in a single drainage matches similar recent increments in some other Southeastern Brazilian basins, such as the Paraíba do Sul and Iguaçu. The kind of differentiation among species herein recognized varies, with some of them being well-differentiated in morphology but not in barcoding data, and others showing the opposite phenomenon. The geographical distribution of each of the 14 species is plotted in the Rio Doce basin. The wide geographical distribution of some species (T. alternatus and T. immaculatus) is explained against data from geomorphological processes and comparative information on their biology. Chapter two, The type specimens of Trichomycterus alternatus (Eigenmann, 1917) and T. zonatus (Eigenmann, 1918), with elements for future revisionary work (Teleostei, Siluriformes, Trichomycteridae) focuses on the complex taxonomy, nomenclature and type material status of T. alternatus and T. zonatus. The type series of the two species are analyzed in detail, both in morphology and locality data. Osteological information was obtained with conventional and a new technique of radiographic stereo-triplets. Our new data elucidates their species distinctiveness, diagnostic characteristics, type localities and show that T. zonatus does not occur in the Rio Doce basin. / A diversidade do gênero Trichomycterus Valenciennes 1832 na bacia do Rio Doce é investigada utilizando métodos convencionais e modernos em análises morfológicas e moleculares. Os resultados desta dissertação são apresentados em dois capítulos. Capítulo um, intitulado Diversity of the genus Trichomycterus Valenciennes, 1832 (Siluriforms, Trichomycteridae) in the Rio Doce basin: a systematic study integrating phenotypes, DNA and classical taxonomy examinou espécimes pertencentes a este gênero encontrados no Rio Doce e em bacias adjacentes disponíveis em coleções nacionais e internacionais e coletados durante esta dissertação. O conjunto de dados obtidos através de análises morfológicas e moleculares (COI, DNA barcoding) revelou a existência de 14 espécies na bacia do Rio Doce, das quais 10 novas: T. alternatus Eigenmann, 1917; T. argos Lezama et al., 2012; T. astromycterus sp. nov.; T. barrocus sp. nov.; T. brucutu sp. nov.; T. brunoi Barbosa & Costa, 2010; T. immaculatus (Eigenmann & Eigenmann, 1889)] T. illuvies sp. nov.; T. melanopygius sp. nov.; T. ipatinguensis sp. nov.; T. pussilipygius sp. nov.; T. sordislutum sp. nov.; T. vinnulus sp. nov; and T. tantalus sp. nov. Além disso, é designado um lectótipo para T. immaculatus, espécie aqui proposta como sinônimo sênior de Trichomycterus pradensis Sarmento-Soares et al., 2005. O acentuado incremento em número de espécies de Trichomycterus para uma única bacia segue um padrão de crescimento em biodiversidade conhecida do gênero para outras drenagens do sudeste brasileiro a exemplo do rio Paraíba do Sul e Iguaçu. Os tipos de diferenciação detectada entre as espécies aqui tratadas variam, com algumas bem corroboradas morfologicamente, porém muito similares ou indiferenciáveis em análise de DNA barcoding, e outras apresentando o fenômeno oposto. As distribuições geográficas de cada uma das 14 espécies são mapeadas com base em todo o material examinado. A ampla distribuição geográfica de algumas espécies (T. alternatus and T. immaculatus) é explicada através de processos geomorfológicos e informações comparativas sobre suas biologias. O capítulo dois, The type specimens of Trichomycterus alternatus (Eigenmann, 1917) and T. zonatus (Eigenmann, 1918), with elements for future revisionary work (Teleostei, Siluriformes, Trichomycteridae) se concentra em esclarecer a complexa taxonomia, nomenclatura e o status do material tipo de T. alternatus e T. zonatus. As séries tipos das duas espécies foram minuciosamente analisadas tanto para morfologia como para suas respectivas localidades de proveniência. Informações osteológicas foram obtidas através de técnicas de radiografia convencionais e uma nova metodologia chamada stereo triplets. Os dados obtidos corroboram as respectivas espécies como distintas, e permitem uma avaliação precisa de seus respectivos caracteres diagnósticos e localidades tipo. Também se chegou à conclusão que T. zonatus não ocorre na bacia do Rio Doce.

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