Made available in DSpace on 2014-06-12T15:06:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4855_1.pdf: 2109961 bytes, checksum: 6f7d55746b9531a08f29315ee1221e26 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2007 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O gênero Callisia apresenta grande diversidade de número e morfologia cromossômicos entre e dentro de suas seções. Além disso, análises filogenéticas sugerem que o gênero não é monofilético e algumas de suas espécies estariam mais relacionadas a Tripogandra. Com o intuito de investigar a evolução cariotípica do gênero e entender as relações com Tripogandra, foram analisados a morfologia cromossômica, a estrutura do núcleo interfásico, o padrão de condensação profásica e a distribuição da heterocromatina em oito espécies de três seções do gênero Callisia e em três espécies de Tripogandra. A estrutura dos núcleos interfásicos e a condensação profásica foram analisadas em células coradas com Giemsa. A morfologia cromossômica foi definida a partir de metáfases coradas com DAPI, enquanto a heterocromatina foi revelada por bandeamento C e pela coloração com os fluorocromos CMA e DAPI. Os sítios de DNAr 5S e 45S foram localizados com a técnica de FISH. Os resultados confirmaram que as espécies de Callisia têm uma diversidade cariotípica excepcionalmente alta. Dentro da seção Callisia o número cromossômico, a estrutura do núcleo interfásico e o padrão de condensação profásica foram conservados, sugerindo que se trata de um agrupamento natural. Porém, nessa seção e na seção Leptocallisia, a morfologia cromossômica e a distribuição das bandas C e DAPI+ variaram extensamente. Apesar disso, a posição terminal dos sítios de DNAr 45S e intersticial dos sítios de DNAr 5S foi em geral conservada. No gênero Tripogandra também houve variação na distribuição da heterocromatina e na estrutura dos núcleos interfásicos. A presente análise citogenética, utilizando padrões de bandas heterocromáticas e hibridização in situ de sondas de DNAr, mostrou que as diferenças citológicas não se limitam à morfologia cromossômica, mas incluem mudanças na distribuição e composição da heterocromatina. Os cariótipos dos gêneros Callisia e Tripogandra são muito diferentes, impossibilitando estabelecer relações evolutivas. A explicação mais provável para a elevada diversificação cariotípica de Callisia é a ocorrência de múltiplos rearranjos e amplificação de seqüências repetitivas de DNA, acompanhados de eventos independentes de disploidia

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4726.pdf: 2657387 bytes, checksum: 8eed76974b8c641630d713f0348477c3 (MD5) Previous issue date: 2012-11-14 / Universidade Federal de Minas Gerais / Hypostomus is the widest genus of the armored catfishes in South America. This group presents a great diversity in color pattern and morphology, and shows not conservative chromosomal features. Different classes of repetitive DNAs have distinct evolutionary dynamics in the genome of eukaryotes. Therefore, analyses and distribution of these sequences in chromosomes may provide important data about karyotype evolution and diversification. Given the large chromosomal variability of species of the genus Hypostomus, coupled with the valuable role of repetitive DNAs to elucidate evolutionary questions, this study aimed at contributing to the knowledge of the karyotype evolution of the genus Hypostomus, trying to understand the role of repetitive DNAs in this scenario. Classical cytogenetic analyses of Hypostomus ancistroides, Hypostomus iheringii, Hypostomus nigromaculatus e Hypostomus tapijara show that the diploid number, karyotype formula, heterochromatic distribution and location of ribosomic DNAs are widely variable in this group. In H. iheringii, it was identified a hetechromatic polymorphism, which is possibly related to the process of heterochromatinization. The present chromosomic characterization of H. iheringii and H. tapijara comprise the first cytogenetic studies in these species, which indicates the existence of a great unexplored diversity in this genus. In Hypostomus, few data concerning the location and characterization of repetitive sequences are available. The fluorescence in situ hybridization with rDNAs 18S and 5S probes showed different results for the four species, occurring simple, multiple and syntenic markings. The sites of (TTAGGG)n were restricted to the terminal portion of the arms of all chromosomes in H. ancistroides, H. nigromaculatus and H. tapijara, which corroborates the evolution pattern based on centric fissions proposed to Hypostomus. However, in H. iheringii, it was evidenced ITS sites (Interstitial Telomeric Site) on a chromosome pair, suggesting the presence of other chromosomal rearrangements in the evolution of the group, in addition to centric fissions. The sequence (GATA)n, the largest component of the Bkm satellite DNA, and the retrotransposons Rex1, vi Rex3 and Rex6 showed a dispersed pattern in all species, indicating the possible relationship of these sequences with the great diversity of Hypostomus karyotype. / Hypostomus é o gênero de cascudos mais amplamente distribuído na América do Sul. Apresenta grande diversidade interespecífica quanto ao padrão de coloração e morfologia, e mostra-se não conservado do ponto de vista cromossômico. Diferentes classes de DNAs repetitivos apresentam dinâmicas evolutivas distintas no genoma dos eucariotos. Assim sendo, a análise e distribuição dessas sequências nos cromossomos podem fornecer dados resolutivos sobre a diversificação e evolução cariotípica. Considerando a grande variabilidade cromossômica encontrada em espécies do gênero Hypostomus, aliada ao papel dos DNAs repetitivos para a elucidação de questões de natureza evolutiva, este trabalho teve como objetivo contribuir para o conhecimento da evolução cariotípica do gênero Hypostomus, buscando compreender o papel dos DNAs repetitivos neste cenário. Com a análise citogenética clássica de Hypostomus ancistroides, Hypostomus iheringii, Hypostomus nigromaculatus e Hypostomus tapijara foi observado que o número diploide, fórmula cariotípica, distribuição heterocromática e localização dos DNAs ribossômicos são amplamente variáveis no grupo. Em H. iheringii, foi identificado um polimorfismo heterocromático populacional possivelmente relacionado ao processo de heterocromatinização. A presente descrição cromossômica de H. iheringii e H. tapijara compreendem os primeiros estudos citogenéticos nestas espécies, indicando a existência de uma grande diversidade neste gênero ainda inexplorada. Em Hypostomus, poucos dados encontram-se disponíveis quanto à localização e caracterização de sequências repetitivas. A hibridização in situ fluorescente com sondas de rDNA 18S e 5S evidenciaram resultados distintos para as quatro espécies, ocorrendo marcações simples, múltiplas e sintênicas. Os sítios (TTAGGG)n mostraram-se restritos à porção terminal de todos os cromossomos de H. nigromaculatus, H. ancistroides e H. tapijara, corroborando o padrão evolutivo baseado em fissões cêntricas proposto para Hypostomus. Contudo, em H. iheringii foi evidenciada a ocorrência de sítios ITS (Interstitial Telomeric Site) em um par cromossômico, sugerindo a ocorrência de outros rearranjos cromossômicos na evolução do grupo, além das fissões cêntricas. A sequência (GATA)n, iv maior componente do DNA satélite Bkm, e os retroelementos Rex1, Rex3 e Rex6 evidenciaram padrão de distribuição disperso nas quatro espécies, indicando a possível relação destas sequências com a grande diversidade cariotípica encontrada em Hypostomus.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-04-26Bitstream added on 2014-06-13T18:50:05Z : No. of bitstreams: 1 gazoni_t_me_rcla.pdf: 1473333 bytes, checksum: 32a409c305fa3a2b5e788c177a983ad4 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O gênero Leptodactylus é um dos mais diversificados em número de espécies e distribuição geográfica, sendo, particularmente, abundante em território brasileiro, onde novas espécies têm sido descritas nos últimos anos. Apesar de o gênero ser, desde longa data, objeto de estudos de taxonomia e sistemática, com base em múltiplos caracteres e, principalmente, naqueles com suporte no sequenciamento de DNA mitocondrial e nuclear e outros marcadores moleculares, persistem ainda muitos questionamentos. As informações citogenéticas obtidas no gênero são, relativamente, escassas e têm revelado que, de um modo geral, a maioria das espécies compartilha cariótipos similares, com 2n=22 e NF=44, mesmo em análises com técnicas de coloração diferencial, não se descartando, contudo, diferenças marcantes na constituição cariotípica de algumas espécies. Foram, então, cariotipados, com técnicas de citogenética clássica e molecular, 27 exemplares identificados como Leptodactylus labyrinthicus, L. rhodomystax, L. chaquensis, L. petersii, Leptodactylus cf. petersii, L. podicipinus, Leptodactylus aff. podicipinus e L. pentadactylus, com o intuito de buscar marcadores cromossômicos relevantes para o entendimento da evolução cromossômica, conhecimento da estrutura e organização molecular, bem como para a taxonomia e sistemática. Cariótipo modal com 2n=22 e NF=44 é compartilhado pela maioria das espécies, com diferenças pequenas no tamanho e morfologia de alguns cromossomos. Cariótipos discrepantes estão presentes em L. podicipinus, (2n=22, NF=36), Leptodactylus aff. podicipinus (2n=20, NF=40) e L. pentadactylus (2n=22, NF=44), na primeira pela presença de quatro pares de telocêntricos, na segunda pela redução do número diploide e na terceira, pela ocorrência de translocações sequenciais múltiplas, reconhecidas, também, na meiose pela formação de cadeias... / The genus Leptodactylus is one of the most diversified in species number and geographic distribution, being particularly abundant in Brazil, where new species have been described in recent years. The genus has been, since long time, object of studies on taxonomy and systematics based on multiple characters, and especially on those supported by the sequencing of mitochondrial and nuclear DNA and other molecular markers. Nevertheless, there are still many unsolved questions. The cytogenetic data obtained in the genus are relatively scarce and revealed that, in general, most species share similar karyotypes, with 2n = 22 and NF = 44, even in analysis carried out with differential staining techniques. However, conspicuous differences in karyotype constitution of some species can not be excluded. The karyotype of 27 specimens, identified as Leptodactylus labyrinthicus, L. rhodomystax, L. chaquensis, L. petersii, Leptodactylus cf. petersii, L. podicipinus, Leptodactylus aff. podicipinus, and L. pentadactylus, were analyzed, using techniques of classical and molecular cytogenetic. The aim of this study was searching for chromosomal markers relevant to understand chromosome evolution, knowledge of molecular structure and organization, as well as for taxonomy and systematics. Modal karyotype with 2n = 22 and FN = 44 is shared by most species, with small differences in size and morphology of some chromosomes. Discrepant karyotypes are present in L. podicipinus (2n = 22, NF = 36), Leptodactylus aff. podicipinus (2n = 20, NF = 40), and L. pentadactylus (2n = 22, NF = 44), the former by the presence of four pairs of telocentric chromosomes, the second by the reduced diploid number and the latter, by the occurrence of multiple sequential translocations, recognized also by a multivalent ring shaped chain in meiosis. The NOR pattern by silver nitrate impregnation and by FISH with rDNA probe ... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-26Bitstream added on 2014-06-13T20:10:17Z : No. of bitstreams: 1 catroli_gf_me_rcla.pdf: 1485218 bytes, checksum: 9a78fa3bdfa0dc448f03c9b7e0511773 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A família Hylidae passou nos últimos anos por extensas modificações na taxonomia e sistemática, realizadas com base principalmente em dados moleculares e com pouca ou nenhuma contribuição de informações citogenéticas. Como conseqüência, alguns novos gêneros de Hylidae foram criados, sendo esse o caso de Bokermannohyla, atualmente o terceiro mais abundante dentro de Cophomantini, uma das quatro tribos da subfamília Hylinae. Levando-se em conta que os dados citogenéticos no gênero são muito escassos, limitados a apenas três das 27 espécies, análises cariotípicas foram realizadas em B. circumdata, B. hylax e Bokermannohyla sp., do grupo de B. circumdata, e em B. alvarengai, B. ibitiguara e B. saxicola, do grupo de B. pseudopseudis. As seis espécies compartilham um cariótipo similar com 2n=24 e NF=48. Nas espécies do grupo de B. circumdata, as Ag-RON estão localizadas nos braços longos dos cromossomos do par 11, enquanto nas espécies do grupo de B. pseudopseudis, esse marcador citológico está nos braços curtos dos cromossomos do par 4 de B. alvarengai e nos braços longos dos cromossomos dos pares 1 e 11 de B. ibitiguara e B. saxicola, respectivamente. O padrão de bandamento C obtido em todas as espécies, com exceção de B. hylax, é predominantemente centromérico, mas algumas delas mostraram bandas pericentromérica, intersticial ou terminal, assim como banda C coincidente com o sítio da Ag-RON. Os cromossomos de Bokermannohyla sp., B. ibitiguara e B. saxicola não mostraram nenhuma região repetitiva rica em bases AT com a coloração pelo DAPI, mas a banda C telomérica dos cromossomos do par 10 de B. circumdata eram brilhantes. Com o fluorocromo GC-específico CMA3, a região centromérica dos cromossomos das quatro espécies aparece fluorescente, assim como os sítios da RON. Padrões de bandas de replicação foram obtidos em B. alvarengai e B. circumdata... / In the last years, the family Hylidae went through extensive taxonomic and systematic revisions, based mostly on molecular data with few or no contribution of cytogenetic information. As a result, some new hylid genera were erected, and this is the case of Bokermannohyla, now the third most speciose genus within Cophomantini, one of the four tribes of the subfamily Hylinae. Taking into account that cytogenetic data on the genus are very scanty, restricted to only three of its 27 species, karyotypic analyses were carried out in B. circumdata, B. hylax and Bokermannohyla sp., assigned to the B. circumdata group, and in B. alvarengai, B. ibitiguara and B. saxicola, assigned to the B. pseudopseudis group. The six species share a similar karyotype with 2n=24 and FN=48. In the species of the B. circumdata group, Ag-NOR are located in the long arms of the chromosome pair 11, whereas in species of the B. pseudopseudis group, this cytological marker is in the long arms of the chromosome pairs 1 and 11 of B. ibitiguara and B. saxicola, respectively, and in the short arms of the chromosome pair 4 of B. alvarengai. The C banding pattern obtained in all species, except for B. hylax, is mostly centromeric, but some of them showed pericentromeric, interstitial or terminal bands, as well as C band coincident to the Ag-NOR site. The chromosomes of Bokermannohyla sp., B. ibitiguara and B. saxicola showed no special AT-rich repetitive regions with DAPI staining, but the telomeric C band of the chromosome pair 10 of B. circumdata exhibited brilliant fluorescence. With the GC-specific CMA3 fluorochrome, the centromeric region of the chromosomes of the four species appeared brightly stained, as well as the NOR sites. Replication banding patterns were obtained in B. alvarengai and B. circumdata, but in the later species the chromosomes were poorly differentiated, probably due to incomplete BrdU incorporation... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-08-30T12:02:02Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_EvolucaoCromossomicaMapeamento.pdf: 2625467 bytes, checksum: f85c5768d02c1376257b4df8a411043a (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-08-30T13:18:01Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_EvolucaoCromossomicaMapeamento.pdf: 2625467 bytes, checksum: f85c5768d02c1376257b4df8a411043a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-30T13:18:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_EvolucaoCromossomicaMapeamento.pdf: 2625467 bytes, checksum: f85c5768d02c1376257b4df8a411043a (MD5) Previous issue date: 2016-07-11 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os morcegos representam um grupo amplamente distribuído e diversificado. A variedade de hábitos alimentares faz da ordem Chiroptera uma das mais bem-sucedidas entre os mamíferos. A família Phyllostomidae constitui a terceira maior família em número de espécies dentro da Ordem Chiroptera. Entre as representantes neotropicais é a mais numerosa, sendo encontrada em florestas tropicais da América do Sul, particularmente, concentrada na Amazônia que é a região com maior diversidade de morcegos do mundo. No presente trabalho foram analisados por citogenética clássica e molecular oito espécies representantes de seis gêneros da subfamília Phyllostominae: Phylloderma stenops (2n=32 NF=58), Lophostoma brasiliense (2n=30, NF=56), L. carrikeri (2n=26, NF=46), L. schulzi (2n=28, NF=36) (Tribo Phyllostomini), Trachops cirrhosus (2n=30 NF=56) e Macrophyllum macrophyllum (2n=34 NF=62) (tribo Macrophyllini) e Chrotopterus auritus (2n=28 NF=52) e Vampyrum spectrum (2n=30 NF=56) (tribo Vampyrini). Utilizando técnicas de bandeamentos cromossômicos e hibridização in situ fluorescente (FISH) com sondas de DNA ribossomal 18S e 45S, sequências teloméricas e sondas cromossomo totais. Descrevemos um novo citótipo para M.macrophylum (2n=34 NF=62) e L. schulzi (2n=26, NF=36). Phyllostominae, que constitui um clado diversificado, com relações filogenéticas não resolvidas. Utilizamos pintura cromossômica utilizando sondas cromossomo totais de Phyllostomus hastatus e Carollia brevicauda para investigar a evolução cariotípica intergenérica na subfamília e construir uma filogenia de caracteres cromossômicos. A análise comparativa entre elas sugere um extenso grau de diferenciação cromossômica, com poucos cromossomos compartilhados entre os seis gêneros. Nossos resultados de pintura cromossômica mostram grande reorganização cromossômica entre os gêneros, em particular para o gênero Lophostoma que é caracterizado por grande número de rearranjos difericiando o cariótipo das espéceis que o compõe, demostrando que rearranjos não-Robertsonianos foram responsáveis pela evolução cromossômica desses genomas quando comparados a condição ancestral.

Made available in DSpace on 2017-07-10T14:38:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bueno_Texto.pdf: 3065183 bytes, checksum: 4147005c285a3d2e9e61bbb9b0e03d77 (MD5) Previous issue date: 2012-02-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Resumo do Capítulo 1.: As relações filogenéticas e identificação de espécies do gênero Hypostomus ainda não são claras. Considerando isto, a citogenética tem-se mostrado uma ferramenta útil no entendimento da sistemática do gênero. Revisões em Hypostomus indicam que o número diplóide varia de 54 a 84 cromossomos e o aumento do número diplóide foi associado a porcentagens maiores de cromossomos subtelocêntricos e acrocêntricos. Embora exista um número grande de espécies no gênero, existem relativamente poucos artigos relacionados à citogenética de Hypostomus, e a maior parte dos dados é publicada em comunicações de simpósios. Com o objetivo de entender a evolução cromossômica do gênero (correlação entre número diplóide x tipos cromossômicos), H. ancistroides e H. topavae do rio Piquiri, bacia do Alto Paraná, foram citogeneticamente analisados, sendo observados os números diplóides de 68 e 80 cromossomos respectivamente. Dados adicionais sobre o número cromossômico e fórmula cariotípica foram compilados de 27 análises publicadas em artigos e 77 de resumos. Nossa análise não mostrou correlação entre números cromossômicos e porcentagens de cromossomos subtelocêntricos e acrocêntricos na maior parte das espécies, já que existe variação considerável entre estas porcentagens mesmo entre espécies com o mesmo número diplóide, indicando que a proporção entre tipos cromossômicos não está sempre associada ao número diplóide.

Submitted by ALLISON KLEITON DOS ANJOS null (allison__anjos@hotmail.com) on 2018-01-15T10:50:34Z No. of bitstreams: 1 TESE FINAL ALLISON.pdf: 3595248 bytes, checksum: 33a447746191e365878b383ffd929cc8 (MD5) / Rejected by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br), reason: Prezado Allison Kleiton dos Anjos, Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: - Resumo em língua estrangeira (inglês) - Faltou o Abstract no documento enviado. Este item é elemento obrigatório de acordo com as normas de trabalhos do seu Programa de Pós Graduação e deve vir logo após o Resumo em Português. Agradecemos a compreensão e aguardamos o envio do novo arquivo. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP on 2018-01-15T16:52:52Z (GMT) / Submitted by ALLISON KLEITON DOS ANJOS null (allison__anjos@hotmail.com) on 2018-01-15T18:30:08Z No. of bitstreams: 1 TESE_FINAL_ALLISON.pdf: 4473839 bytes, checksum: ec9f453166f94072eff2f68fc43791e7 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br) on 2018-01-15T18:37:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 anjos_ak_dr_rcla.pdf: 4115054 bytes, checksum: 5a5c208184ffdb419015062384640e33 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-15T18:37:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 anjos_ak_dr_rcla.pdf: 4115054 bytes, checksum: 5a5c208184ffdb419015062384640e33 (MD5) Previous issue date: 2017-12-15 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os hemipteros da infraordem Cicadomorpha são representados por aproximadamente 30.000 espécies de insetos sugadores distribuídos mundialmente. Apesar de se destacarem por causarem muitos prejuízos na agricultura e pecuária pouco se sabe sobre a variabilidade genética e cromossômica desses animais que apresentam cromossomos holocentricos. Os DNAs repetitivos são uma ferramenta útil em estudos de diversificação cariotípica, organização e evolução dos genomas. Deste modo, este trabalho teve como objetivo contribuir com o conhecimento sobre a dinâmica dos cariótipos de representantes de Cicadomorpha e a organização de DNAs repetitivos, especificamente: I. analisar o cariótipo de espécies pertencentes a quatro famílias de Cicadomorpha, bem como caracterizar a heterocromatina constitutiva quanto a riqueza de pares de base; II. inferir a respeito da dinâmica evolutiva de famílias gênicas por meio do mapeamento cromossômico; III. analisar a organização cromossômica e testar a conservação interespecífica da sequência telomérica TTAGGn do pool de DNAs repetitivos obtidos (fração C0t) de espécies do gênero Mahanarva e das sequências teloméricas; IV. Analisar o satelitoma de Mahanarva quadripunctata e comparar os diferentes DNAs satélites de seu genoma com o de outras espécies do gênero visando entender a organização e evolução dos satDNAs neste grupo. Os dados obtidos revelam ampla variabilidade cromossômica entre as distintas famílias, causada principalmente por fusões cromossômicas, entretanto dentro de uma mesma família os cariótipos tendem a apresentar menos variações ao nível macrocromossômico. Embora os Cicadomorpha apresentem variabilidade em números diplóides a organização dos DNAs repetitivos é bastante conservada, mesmo em famílias distantes filogeneticamente, sugerindo estabilidade. Alguns dados foram analisados baseados na filogenia da infraordem, sendo sugerido os possíveis padrões ancestrais. Além disso, as possíveis causas da variabilidade em relação aos padrões modais são sugeridos. Os dados apresentados são um avanço no conhecimento da organização de DNAs repetitivos em Cicadomorpha, sendo para algumas sequências a primeira vez que se realiza algum estudo. / The hemipterans of the Cicadomorpha infraorder are represented by approximately 30.000 species of sucking insects distributed worldwide. Although they stand out by cause many damages in agriculture and livestock, they are poorly studied regarding the genetic and chromosomal variability of these animals that present holocentric chromosomes. Repetitive DNAs are a useful tools in studies of karyotypic diversification, organization and evolution of genomes. The aim of this work was to contribute with knowledge about the dynamics of the karyotypes of Cicadomorpha and the organization of repetitive DNAs, specifically: I. Analyze the karyotype of species belonging to four families of Cicadomorpha, as well as to characterize the constitutive heterochromatin regarding base pairs richess; II. Infer about the evolutionary dynamics of multigene families through the chromosomal mapping; III. Analyze the chromosomal organization and test the interspecific conservation of the telemetric repeat TTAGGn from the pool of repetitive DNA fraction (C0t fraction) of Mahanarva species and telomeric sequences; IV. Analyze the satellitome of Mahanarva quadripunctata and compare the different satellite DNAs of its genome with that from other species of the genus in order to understand the organization and evolution of satDNAs in this group. The data obtained reveal a wide chromosomal variability among the different families, caused mainly by chromosomal fusions, however within a same family the karyotypes tend to present less variations at the macro-chromosomal level. Although Cicadomorpha exhibit variability in diploid numbers, the organization of repetitive DNAs is highly conserved, even in phylogenetically distant families, suggesting stability. Some data were analyzed based on the phylogeny of the infraorder, suggesting possible ancestral patterns. In addition, the possible causes of variability relative to modal patterns are suggested. The data presented is an advance in the knowledge of the organization of repetitive DNAs in Cicadomorpha, being for some sequences the first time that some study is done. / FAPESP: 2014/06226-3.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2120.pdf: 3248445 bytes, checksum: b0b86bd040503fa4b3db18bcf9089415 (MD5) Previous issue date: 2007-12-07 / Universidade Federal de Sao Carlos / Basic and molecular cytogenetic studies have been performed in 11 species of the subfamily Serrasalminae: Colossoma macropomum, Serrasalmus (S. altispinnis, S. elongatus, S. gouldingi, S. rhombeus, S. cf rhombeus, S. serrulatus and S. maculatus), Pygocentrus nattereri, Pristobrycon striolatus and Catoprion mento, collected along different sites in Central Amazon basin. The diploid number found was 2n=54 chromosomes in Colossoma macropomum, 2n=62 in C. mento and P. striolatus, 2n=60 for all species in the genus Serrasalmus and P. nattereri, except for S. cf. rhombeus, which presented 2n=58. Besides distinct diploid numbers, variable karyotypical formulae were also detected, even between species with the same chromosomal number, showing the occurrence of chromosomal rearrangements in the evolutionary process of this group, such as fusions and centric fisions and pericentric inversions. No sex chromosome heteromorphism was found in the analyzed species. The silver stained nucleolus organizer regions (Ag-NORs) were always telomeric and multiple, ranging from 4 to 12 marks according to each species. In most species, they were observed on short arms of subtelo-acrocentric chromosomes. However, in Colossoma macropomum the Ag-NORs were located at terminal position on long arms and, in Catoprion mento, they were present on short ams of submetacentric chromosomes and on long arms of subtelocentric and acrocentric chromosomes. The 18S rDNA sites were usually coincident with Ag-NORs, although they might occur in a higher number or in distinct chromosomes positions in relation to Ag-NORs. These discrepancies may be attributed to either methodological specificities or to difficulties in detecting some NOR sites, since they are commonly very small within Serrasalminae. The C-banded heterochromatin was observed at pericentromeric region of most chromosomes, being some regions more conspicuous than others, besides some telomeric bands in some chromosomal pairs. All Serrasalmus species presented a proximal heterochromatic block on the long arm of a medium-sized metacentric pair, which seems to be a marker for this genus regarding to its karyotype position (7th pair), once it may be present in other species, such as P. nattereri, but in a larger chromosome (3rd pair). The 5S rDNA sequences were always mapped in a single chromosomal pair. In Serrasalmus species, this pair corresponds to the metacentric pair 7 and in P. nattereri, P. striolatus and C. mento, it corresponds to the medium-sized metacentric pair 3. On its turn, the 5S rDNA sites in C. macropomum were located on short arms of a small metacentric, probably corresponding to the 12th pair. Considering the wide array of the present data, the species of the genera Serrasalmus, Pygocentrus, Pristobrycom and Catoprion, in spite of their specific differentiations, showed higher karyotypic similarity with the presence of metacentric, submetacentric, subtelocentric and acrocentric chromosomes, a preferential location of 18S rDNA sites at telomeric region on short arms of subteloacrocentric chromosomes, besides the number and location of 5S rDNA sites in karyotypes. On the other hand, C. macropomum shows quite divergent features, with 2n=54 meta-submetacentric chromosomes, with 18S rDNA sites at terminal region on long arms and interstitial 5S rDNA sites on short arms of chromosomes. Therefore, the location of C. macropomum far from the piranha clades, according to available phylogeny hypotheses for Serrasalminae, is corroborated by our cytogenetic data. Considering that C. macropomum would be a basal representative in the phylogeny of Serrasalminae, chromosomal rearrangements such as centric fissions, besides pericentric inversions, seem to play an important role in the karyotypic differentiation of this group, increasing the basal number of 2n=54 meta-submetacentric to 2n=58, 60 and 62, and giving rise to distinct chromosome forms in relation to those present in C. macropomum. Analogously, the NOR sites have also undergone numerical and positional changes in chromosomes along the karyotypical differentiation of Serrasalminae. As for the 5S rDNA sites, its location in a same position in morphologically similar chromosomes in all analyzed species of the genera Serrasalmus, Pygocentrus, Pristobrycom and Catoprion suggests that, once established this location from a distinctive ancestor condition, as that seen in C. macropomum, it has been remained conserved. / Foram realizados estudos de citogenética básica e molecular em 11 espécies de peixes da subfamília Serrasalminae - Colossoma macropomum, Serrasalmus altispinnis, S. elongatus, S. gouldingi, S. rhombeus, S. cf. rhombeus, S. serrulatus, S. maculatus, Pygocentrus nattereri, Pristobrycon striolatus e Catoprion mento, coletados em diferentes locais da Amazônia Central. O número diplóide encontrado foi 2n=54 cromossomos para Colossoma macropomum, 2n= 62 para C. mento e P. striolatus, 2n=60 para todas as espécies do gênero Serrasalmus e P. nattereri, exceto S. cf. rhombeus que apresentou 2n=58. Além de diferentes números diplóides, as fórmulas cariotípicas também se mostraram diversificadas, mesmo entre as espécies com o mesmo número de cromossomos, evidenciando alguns principais rearranjos cromossômicos presentes no processo evolutivo desse grupo como fusões/fissões e inversões pericêntricas. Heteromorfismo cromossômico sexual não foi encontrado em nenhuma das espécies analisadas. As regiões organizadoras de nucléolos, evidenciadas pelo Nitrato de Prata (Ag-RONs), foram sempre teloméricas e múltiplas, variando entre 4 a 12 conforme a espécie. Na maioria das espécies essas regiões foram visualizadas no braço curto de cromossomos subtelo-acrocêntricos. Entretanto, em Colossoma macropomum elas foram evidenciadas no braço longo de cromossomos metacêntricos e em Catoprion mento no braço curto de cromossomos submetacêntricos e no braço longo de cromossomos subtelocêntricos e acrocêntricos. Os sítios de DNAr 18S foram, na maioria dos casos, coincidentes com os sítios de Ag-RONs, embora tenham ocorrido em maior número ou mesmo em cromossomos/posições distintas daqueles detectados pela Prata. Tais discrepâncias podem ser atribuídas às especificidades de cada uma dessas metodologias empregadas, como também à dificuldade de detecção de alguns sítios de RONs, os quais são geralmente muito pequenos nos Serrasalminae. A heterocromatina banda-C positiva foi evidenciada na região pericentromérica da maioria dos cromossomos, sendo algumas regiões mais conspícuas do que outras além de algumas bandas teloméricas características em alguns pares de cromossomos. Todas as espécies de Serrasalmus apresentaram um bloco heterocromático proximal no braço longo de um par metacêntrico de tamanho médio, o qual parece ser um marcador desse gênero quanto à posição que ocupa no cariótipo (7o par), visto que em outras espécies onde ele ocorre, como em P. nattereri, esse par é de tamanho maior (3o par). As seqüências de DNAr 5S foram sempre mapeadas em um único par de cromossomos. Nas espécies de Serrasalmus esse par corresponde ao metacêntrico número 7 e em P. nattereri, P. striolatus e C. mento ao metacêntrico número 3. Por sua vez, em C. macropomum os sítios de DNAr 5S se localizaram no braço curto de um metacêntrico menor, provavelmente o de número 12 no cariótipo. Considerando a generalidade dos dados ora obtidos as espécies analisadas dos gêneros Serrasalmus, Pygocentrus, Pristobrycom e Catoprion, apesar das diferenciações específicas que apresentam, mostram maior proximidade entre si apresentando cromossomos metacêntricos, submetacêntricos, subtelocêntricos e acrocêntricos, localização preferencial dos sítios de DNAr 18S na região telomérica do braço curto dos cromossomos subteloacrocêntricos, além de número e localização similar dos sítios de DNAr 5S nos cariótipos. Por sua vez, C. macropomum mostra características bem divergentes, com 2n=54 cromossomos meta-submetacêntricos, com sítios de DNAr 18S localizados na região terminal do braço longo e sítios de DNAr 5S intersticiais no braço curto dos cromossomos. Assim sendo, a separação de C. macropomum do clado das piranhas, tanto na proposta filogenética de Ortí et al. (1996) ou de Machado-Allison (1983), é corroborada pelos nossos dados citogenéticos. Considerando uma posição mais basal para C. macropomum na filogenia dos Serrasalminae, rearranjos cromossômicos como fissões cêntricas, ao lado de inversões pericêntricas, parecem se destacar na diferenciação do cariótipo desse grupo, aumentando o número basal de 2n=54 metasubmetacêntricos para 2n=58, 60 e 62 e possibilitando o surgimento de cromossomos com formas distintas daqueles presentes em C. macropomum. Igualmente também os sítios de RONs passaram por modificações numéricas e de localização nos cromossomos ao longo da diferenciação cariotípica dos Serrasalminae. Quanto aos sítios de DNAr 5S, sua localização em posição e em cromossomos morfologicamente similares em todas as espécies analisadas de Serrasalmus, Pygocentrus, Pristobrycom e Catoprion sugere que, uma vez estabelecida esta localização a partir de uma condição ancestral distinta, como aquela presente em C. macropomum, ela se manteve conservada.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4676037 bytes, checksum: 95dde20b76c33bfd09f530eb8a65e6e5 (MD5) Previous issue date: 2010-07-19 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The tribe Attini consists of a monophyletic group that includes about 230 species in 14 genera. Different biological substrate are utilized by these ants for cultivation of the symbiotic fungus on which they feed and are necessarily dependent. This tribe includes the leaf-cutting ants (Atta Fabricius and Acromyrmex Mayr) that are known as important agricultural pests. The usage of cytogenetics in the family Formicidae has made significant contributions in the study of more than 750 ant species. Only 10% of Attini’s species have some sort of cytogenetic data available. This work aimed at cytogenetically studying six Acromyrmex species and seven species of the tribe Attini divided into four genera: Apterostigma Mayr, Mycocepurus Forel, Sericomyrmex Mayr and Trachymyrmex Forel. Some of the species were also submitted to banding techniques. The karyotypes observed were: Apterostigma madidiense Weber (n=23, 7m + 10sm + 5st + 1a), Apterostigma steigeri Santschi (2n=22, 20m + 2sm), Mycocepurus goeldii (2n=8, 4m + 4sm), Sericomyrmex sp. (2n=50, 44m + 6 sm; n=25, 22m + 3 sm), Trachymyrmex fuscus Emery (2n=18, 16m + 2sm; n=9, 8m + 1sm), Trachymyrmex relictus Borgmeier (2n=20m, n=10m) and Trachymyrmex sp. (2n=22, 18m + 4sm). A size polymorphism on a short arm of a submetacentric pair from Trachymyrmex fuscus was also pointed out. The possible causes of chromosomal segment duplication were discussed. All studied species of the genus Acromyrmex presented 2n=38. Each species showed a different karyotype in relation to morphology (A. balzani: 12m + 10sm + 14st + 2a; A. coronatus: 12m + 12sm + 12st + 2a; A. disciger: 10m + 12sm + 14st + 2a; A. niger: 12m + 18sm + 6st + 2a; A. rugosus: 16m + 12sm + 8st + 2a; A. echinatior: 8m + 6sm + 14st + 10a), in the distribution of heterocromatin (C banding) and GC rich regions (CMA3). For three species (A. coronatus, A. disciger, A. niger) the first subtelocentric pair was the bearer of ribosomal genes. Acromyrmex species presented stability in the number of chromosome with differences in the karyotype. The results suggest that many chromosomal rearrangements such as translocations, growth of heterochromatin and inversion may have occurred during their differentiation, contributing to the karyotype variability found. / A tribo Attini é um grupo monofilético que inclui mais de 230 espécies agrupadas em 14 gêneros. Nesta tribo estão incluídas as formigas cortadeiras (Atta e Acromyrmex), consideradas importantes pragas agrícolas. A utilização da citogenética na família Formicidae tem mostrado importante contribuição nas mais de 750 espécies de formigas estudadas. Os dados citogenéticos são reportados para 10% das espécies da tribo Attini. O presente trabalho teve como objetivo o estudo citogenético de seis espécies do gênero Acromyrmex e de sete espécies de Attini distribuídas em quatro gêneros: Apterostigma, Mycocepurus, Sericomyrmex e Trachymyrmex. Parte das espécies foi submetida a técnicas de bandamentos cromossômicos. Os cariótipos observados foram: Apterostigma madidiense Weber (n=23, 7m + 10sm + 5st + 1a), A. steigeri Santschi (2n=22, 20m + 2sm), Mycocepurus goeldii (Forel) (2n=8, 4m + 4sm), Sericomyrmex sp. (2n=50, 44m + 6sm; n=25, 22m + 3sm), Trachymyrmex fuscus Emery (2n=18, 16m + 2sm; n=9, 8m + 1sm), T. relictus Borgmeier (2n=20m, n=10m) e Trachymyrmex sp. (2n=22, 18m + 4sm). Trachymyrmex fuscus apresentou polimorfismo de tamanho no braço curto do par submetacêntrico. As possíveis causas da duplicação do segmento cromossômico são discutidas. As seis espécies do gênero Acromyrmex apresentaram 2n=38 cromossomos. Cada espécie mostrou um cariótipo diferente em relação à morfologia (A. balzani: 12m + 10sm + 14st + 2a; A. coronatus: 12m + 12sm + 12st + 2a; A. disciger: 10m + 12sm + 14st + 2a; A. niger: 12m + 18sm + 6st + 2a; A. rugosus: 16m + 12sm + 8st + 2a; A. echinatior: 8m + 6sm + 14st + 10a) e variações na distribuição de heterocromatina (banda C) e regiões ricas em GC (CMA3). Em três espécies (A. coronatus, A. disciger, A. niger) o par subtelocêntrico de maior tamanho foi o portador de genes ribossomais. As espécies do gênero Acromyrmex apresentaram estabilidade no número cromossômico com diferenças no cariótipo. Isto sugere que rearranjos do tipo translocações, crescimento de heterocromatina e inversão devem ter ocorrido durante a evolução das espécies deste gênero, levando a modificações nos cariótipos das diferentes espécies.

In this work, the integrative taxonomy approach was performed to understand species limits and patterns of diversification in two genera of orizomyine rodents (Cerradomys and Oligoryzomys). Therefore, molecular markers with distinct evolutionary rates were used with different approaches (phylogeny, coalescent-based species delimitation, DNA barcoding, phylogeography, molecular dating). Classic and molecular cytogenetic analyzes were performed, contributing to cytotaxonomy and revealing chromosomal evolution. This work is divided into four chapters, including a brief introduction (Chapter 1). In Chapter 2, the integrative taxonomy approach was used to study the genus Cerradomys, based on cytogenetic and molecular data. The results revealed that cytogenetics is important in the recognition of all described species (cytotaxonomy). Phylogenetic reconstruction showed that internal relationships are well supported, with the exception of C. subflavus and C. goytaca, which are not reciprocally monophyletic. Following the integrative taxonomy, in which species limits are based on the congruence of methods, this work recognizes and reiterates the eight Cerradomys species described so far. We suggest a taxonomic revision in C. langguthi and C. subflavus, since both may represent species-complex or in process of speciation. Times of divergence show that Cerradomys is a recent genus, with speciation events occurred mainly in the Pleistocene. In Chapter 3, classic and molecular cytogenetics (Fluorescence in situ hybridization - FISH with telomeric and Oligoryzomys moojeni probes) were used to study chromosomal evolution in Cerradomys, based on the molecular phylogeny obtained in Chapter 2. Chromosome painting revealed extensive chromosome reshuffling in Cerradomys. Species with the highest diploid numbers showed exclusively telomeric signals whereas interstitial telomeric signals (ITS) were observed in the species with the lowest diploid numbers. Comparisons of chromosome painting with molecular phylogeny data corroborate the hypothesis that ITS, in this case, are remnants of telomeres. Nevertheless, other chromosomal rearrangements were detected with absence of ITS, indicating that these sequences may have been lost in the process of chromosomal breakages, evidencing that there was both retention and loss of ITS along the karyotypic evolution of the genus. In addition, complex rearrangements were detected between the karyotypes of C. goytaca and C. subflavus, reiterating that these two species are distinct, since hybrids probably would not be viable due to meiotic problems. In Chapter 4, aiming to recover the evolutionary history and species limits of Oligoryzomys, molecular phylogeny studies were integrated into cytogenetic data. The genus was monophyletic, but the internal relations had low support. The compilation of phylogenetic, chromosomal data and geographic distribution (interdisciplinarity) was important to understand species boundaries. Four lineages could not be related to any name and may be new species (Oligoryzomys A-D). Oligoryzomys flavescens was recovered paraphyletic in respect to O. fornesi. Oligoryzomys stramineus, O. microtis and O. nigripes were recovered in two well-structured clades each. In the case of the last two species, the subclades are probably related to exclusive karyotypes. In O. microtis, one subclade is composed of samples from the western Amazon region and the other with samples distributed in southern Amazon region, transition with Cerrado (2n=64, FN=64). In O. nigripes, one of the clades is composed of specimens from northeastern Brazil (2n=62, FN=78) and the other from central-south-southeast Brazil, Argentina, Paraguay and Uruguay (2n=62, FN=80-82). Phylogeographic results corroborate phylogenetic and cytogenetic data, revealing two distinctive phylogroups, consistent with incipient species. Chromosome data corroborate previous work and could be associated to the following names: O. mattogrossae, O. moojeni, O. chacoensis, O. stramineus, O. nigripes and O. flavescens, although the last two species should be reassessed. In addition, an undescribed karyotype is being reported for Oligoryzomys aff. utiaritensis (2n=70, FN=72), as well as new records in Brazil for four species. We suggest a taxonomic revision in O. microtis, O. flavescens and O. nigripes, as these species probably represent incipient or species-complex. In addition, samples related to Oligoryzomys aff. delicatus, Oligoryzomys aff. chacoensis, Oligoryzomys aff. rupestris and Oligoryzomys aff. Utiaritensis should be evaluated morphologically to confirm their identities. The results of this work corroborate the importance of interdisciplinary studies, since the rates of evolution differ according to each character / Neste trabalho, utilizou-se a abordagem de taxonomia integrativa para compreender os limites das espécies e padrão de diversificação em dois gêneros de roedores orizominos (Cerradomys e Oligoryzomys). Para tanto, marcadores moleculares com taxas evolutivas distintas foram utilizados em diferentes abordagens (filogenia, delimitação de espécies baseada em coalescência, DNA barcoding, filogeografia, datação). Análises de citogenética clássica e molecular foram realizadas, contribuindo como um marcador citotaxonômico e revelando padrões de evolução cromossômica. Os dados moleculares e citogenéticos, combinados à dados de distribuição geográfica, tornaram esse trabalho interdisciplinar. Esta tese está dividida em quatro capítulos, incluindo uma breve introdução (Capítulo 1). No capítulo 2, a abordagem de taxonomia integrativa foi utilizada para estudar o gênero Cerradomys, a partir dos dados citogenéticos e moleculares. Os resultados revelaram que a citogenética é importante no reconhecimento de todas as espécies descritas (citotaxonomia). A reconstrução filogenética mostrou que as relações internas são bem suportadas, com exceção de C. subflavus e C. goytaca, que não são reciprocamente monofiléticos. De acordo com a taxonomia integrativa, em que a delimitação de espécies é baseada na congruência entre a maioria dos dados, esse trabalho reconhece e reitera as oito espécies de Cerradomys descritas até o momento. Sugerimos uma revisão taxonômica em C. langguthi e C. subflavus, uma vez que ambas podem representar complexos de espécies ou casos de especiação em curso. Os tempos de divergência mostram que Cerradomys é um gênero recente, cujos eventos de especiação ocorreram preponderantemente no Pleistoceno. No capítulo 3, estudos de citogenética clássica e molecular (hibridação in situ fluorescente - FISH com sondas teloméricas e cromossomo-específicas de Oligoryzomys moojeni) foram realizados para compreender a evolução cromossômica de Cerradomys, com base na filogenia obtida no capítulo anterior. A pintura cromossômica mostrou que um grande número de rearranjos ocorreu ao longo da evolução cariotípica de Cerradomys. As espécies com os maiores números diplóides mostraram sinais exclusivamente teloméricos enquanto que sinais teloméricos intersticiais (ITS) foram observados nas espécies com menores números diplóides. Comparações dos dados de pintura cromossômica com os dados de filogenia molecular corroboram a hipótese de que as ITS, neste caso, são remanescentes de telômeros. No entanto, outros rearranjos cromossômicos foram detectados com ausência de ITS, de modo que essas sequências podem ter sido perdidas no processo das quebras cromossômicas, evidenciando que houve tanto retenção quanto perda das ITS ao longo da evolução cariotípica do gênero. Além disso, rearranjos complexos foram detectados entre os cariótipos de C. goytaca e C. subflavus, reiterando que essas duas espécies são distintas, uma vez que provavelmente os híbridos não seriam viáveis devido a problemas meióticos. No capítulo 4, com o objetivo de recuperar a história evolutiva e os limites das espécies de Oligoryzomys, estudos de filogenia molecular foram integrados a dados citogenéticos. O gênero mostrou-se monofilético, mas as relações internas tiveram baixo suporte. A compilação dos dados filogenéticos, cromossômicos e de distribuição geográfica (interdisciplinaridade) foram importantes para compreender os limites das espécies. Quatro linhagens não puderam ser relacionadas a nenhum nome, sendo prováveis espécies novas (Oligoryzomys A-D). Oligoryzomys flavescens foi recuperado parafilético em relação à O. fornesi. Oligoryzomys stramineus, O. microtis e O. nigripes foram recuperados em dois clados bem estruturados cada. No caso das duas últimas espécies, os subclados provavelmente estão relacionados à cariótipos exclusivos. Em O. microtis, um dos clados é composto por exemplares do oeste da região amazônica e o outro, por exemplares distribuído ao sul da região amazônica, transição com Cerrado (2n=64, NF=64). Em O. nigripes, um dos clados é composto por exemplares do nordeste do Brasil (2n=62, NF=78) e o outro por exemplares da região centro-sul-sudeste do Brasil, Argentina, Paraguai e Uruguai (2n=62, NF=80-82). Os dados filogeográficos suportam os dados filogenéticos e cromossômicos, revelando dois filogrupos em O. nigripes, sugerindo que essas populações estejam em processo de especiação. Os dados cromossômicos corroboram as informações da literatura e puderam ser associados aos seguintes nomes: O. mattogrossae, O. moojeni, O. chacoensis, O. stramineus, O. flavescens e O. nigripes, embora as duas últimas devam ser reavaliadas. Adicionalmente, um novo cariótipo está sendo reportado para Oligoryzomys aff. utiaritensis (2n=70, NF=72), assim como novos dados de distribuição no Brasil para quatro espécies. Sugerimos uma revisão taxonômica em O. microtis, O. flavescens e O. nigripes, pois estas espécies provavelmente representam complexos de espécies ou estão em processo de especiação. Além disso, os exemplares relacionados à Oligoryzomys aff. delicatus, Oligoryzomys aff. chacoensis, Oligoryzomys aff. rupestris e Oligoryzomys aff. utiaritensis devem ser avaliados morfologicamente para confirmar suas identidades. Os resultados desse trabalho corroboram a importância dos estudos interdisciplinares, uma vez que as taxas de evolução para cada caráter são heterogêneas