O principal objetivo deste trabalho, foi avaliar a eficiêcia do rbcL na identificação das espécies arbóreas da Floresta Estacional Semidecidual do estado de São Paulo. Para isso, foi construído um banco de dados local de sequências derbcL de 149 espécies circunscritas em 64 famílias e realizado o teste de identificação. Os resultados de porcentagem de correta identificação variaram de 42,8 - 100% quando ordenados por score até 88 - 100% quando ordenados pela porcentagem de identidade, ficando evidente a importância na maneira de ordenar os resultados. Foi gerada também uma lista para as espécies arbóreas ocorrentes na Floresta Estacional Semidecidual no estado de São Paulo, que contou com 716 espécies incluídas em 80 famílias. / The main goal of this work was to evaluate the efficiency of the molecular marker rbcL in the identification of native tree species of Semideciduous Seasonal Forest, in São Paulo, Brazil. A local database of rbcL sequences from 149 species, comprising 64 families, was assembled to carry identification tests. Percentage of correct identification (PCI) ranged from 42.8 to 100% when the score criterion of identification was used and from 88 to 100% when the results were order by percentage of identity. This evidences the importance of the method for ordering results. A list of 716 tree species of Semideciduous Seasonal Forest in the São Paulo state, comprising 80 families, was also a product of this work.

O DNA repetitivo constitui uma fração considerável do genoma de muitos organismos eucarióticos. Composto tanto por sequências funcionais, como os genes ribossômicos, quanto não codificantes, como é o caso dos elementos transponíveis, mini/microssatélites e o DNA satélite, essa porção do genoma tem sido amplamente utilizada como objeto de estudo, uma vez que sequências repetitivas podem estar associadas, por exemplo, a processos de diferenciação sexual. Esses estudos têm auxiliado tanto na melhor compreensão da dinâmica dessas regiões cromossômicas, como salientado a importância, a conservação e a evolução da porção repetitiva no genoma. O gênero Eigenmannia (Gymnotiformes, Sternopygidae) compreende espécies crípticas do ponto de vista morfológico que exibem variação no número cromossômico e podem apresentar sistemas sexuais XY ou ZW nos quais os elementos do par sexual diferem pela presença de blocos heterocromáticos maiores do que os encontrados em cromossomos autossomos, ou sistemas múltiplos envolvendo translocação Y-autossomo. O presente trabalho tem por objetivos o estudo sobre do gene Citocromo Oxidase I (COI), de forma a verificar a capacidade discriminatória desse gene mitocondrial e sugerir possíveis espécies dos então cariomorfos do gênero Eigenmannia no estado de São Paulo, continuidade do estudo do DNA repetitivo no gênero Eigenmannia, tanto de regiões funcionais do genoma, no caso o gene ribossômico 5S, bem como de elementos transponíveis, permitindo assim uma melhor compreensão sobre a distribuição, conservação nos cariomorfos e verificar sua eventual participação no processo de diferenciação não só de cromossomos sexuais, mas também na evolução cariotípica do grupo. Os resultados obtidos com o gene COI, assim como aqueles obtidos pelo gene ribossômico 5S evidenciam distâncias genéticas consistentes com a hipótese de que os cinco cariomorfos possam ser considerados como espécies distintas. Além disso, a hibridação in situ do gene ribossômico 5S forneceu uma nova evidência para a fusão cromossômica que deu origem ao cromossomo sexual Y, já descrita na literatura, enquanto que a hibridação de sequências teloméricas não forneceu evidências de processos de fusão recentes envolvendo os cariomorfos. Com relação aos elementos transponíveis foi possível verificar padrões distintos nos elementos TC1 e Rex1 no que diz respeito às sequências, uma vez que o elemento TC1 delimitou dois grandes grupos o que pode indicar uma invasão simultânea nos grupos e no retrotransposon Rex1 a invasão tenha ocorrido em um ancestral comum a todos os cariomorfos / The repetitive DNA constitutes a considerable fraction of the genome of many eukaryotic organisms. Compound by both functional sequences, such as ribosomal genes, and non-coding, such as transposable elements, mini / microsatellite DNA and the satellite, this portion of the genome has been widely used as a study object, since the repetitive sequences may be associated with, for example, the processes of sexual differentiation. These studies helped to understand the dynamics of these chromosomal regions, pointing the importance, conservation and evolution of the repetitive portion of the genome. The genus Eigenmannia (Gymnotiformes, Sternopygidae) comprises a morphological cryptic species that exhibit variation in chromosome number and may have sexual XY or ZW systems in which the elements of sexual pair differ by the presence of heterochromatic blocks larger than those found in chromosomes autosomes, or systems involving multiple Y-autosome translocation. The present work aims to study the gene Cytochrome Oxidase I (COI) to verify the discriminatory capacity of this mitochondrial gene and suggest possible species of the so called karyomorphs of the genus Eigenmannia in the state of São Paulo. The study of repetitive DNA in Eigenmannia genus, includes 5S ribosomal gene and transposable elements, thus allowing a better understanding of the distribution, conservation in karyomorphs and verify their possible participation in the process of differentiation not only of sex chromosomes, karyotypic evolution but also in the group. The results obtained with the COI gene, as well as those obtained by the 5S ribosomal gene demonstrate genetic distances consistent with the hypothesis that the five karyomorphs can be regarded as separate species. In addition, in situ hybridization of ribosomal 5S gene provided new evidence for chromosomal fusion which led to the Y sex chromosome, as described in the literature, whereas hybridization of telomeric sequences did not provide evidence of recent fusion events involving the karyomorphs. Regarding transposable elements, it could be verified distinct sequence patterns between TC1 and Rex1 elements, since the TC1 element delimited two groups which may indicate a simultaneously invasion in those groups and retrotransposon Rex1 invasion has occurred in a common ancestor to all karyomorphs

O DNA repetitivo constitui uma fração considerável do genoma de muitos organismos eucarióticos. Composto tanto por sequências funcionais, como os genes ribossômicos, quanto não codificantes, como é o caso dos elementos transponíveis, mini/microssatélites e o DNA satélite, essa porção do genoma tem sido amplamente utilizada como objeto de estudo, uma vez que sequências repetitivas podem estar associadas, por exemplo, a processos de diferenciação sexual. Esses estudos têm auxiliado tanto na melhor compreensão da dinâmica dessas regiões cromossômicas, como salientado a importância, a conservação e a evolução da porção repetitiva no genoma. O gênero Eigenmannia (Gymnotiformes, Sternopygidae) compreende espécies crípticas do ponto de vista morfológico que exibem variação no número cromossômico e podem apresentar sistemas sexuais XY ou ZW nos quais os elementos do par sexual diferem pela presença de blocos heterocromáticos maiores do que os encontrados em cromossomos autossomos, ou sistemas múltiplos envolvendo translocação Y-autossomo. O presente trabalho tem por objetivos o estudo sobre do gene Citocromo Oxidase I (COI), de forma a verificar a capacidade discriminatória desse gene mitocondrial e sugerir possíveis espécies dos então cariomorfos do gênero Eigenmannia no estado de São Paulo, continuidade do estudo do DNA repetitivo no gênero Eigenmannia, tanto de regiões funcionais do genoma, no caso o gene ribossômico 5S, bem como de elementos transponíveis, permitindo assim uma melhor compreensão sobre a distribuição, conservação nos cariomorfos e verificar sua eventual participação no processo de diferenciação não só de cromossomos sexuais, mas também na evolução cariotípica do grupo. Os resultados obtidos com o gene COI, assim como aqueles obtidos pelo gene ribossômico 5S evidenciam distâncias genéticas consistentes com a hipótese de que os cinco cariomorfos possam ser considerados como espécies distintas. Além disso, a hibridação in situ do gene ribossômico 5S forneceu uma nova evidência para a fusão cromossômica que deu origem ao cromossomo sexual Y, já descrita na literatura, enquanto que a hibridação de sequências teloméricas não forneceu evidências de processos de fusão recentes envolvendo os cariomorfos. Com relação aos elementos transponíveis foi possível verificar padrões distintos nos elementos TC1 e Rex1 no que diz respeito às sequências, uma vez que o elemento TC1 delimitou dois grandes grupos o que pode indicar uma invasão simultânea nos grupos e no retrotransposon Rex1 a invasão tenha ocorrido em um ancestral comum a todos os cariomorfos / The repetitive DNA constitutes a considerable fraction of the genome of many eukaryotic organisms. Compound by both functional sequences, such as ribosomal genes, and non-coding, such as transposable elements, mini / microsatellite DNA and the satellite, this portion of the genome has been widely used as a study object, since the repetitive sequences may be associated with, for example, the processes of sexual differentiation. These studies helped to understand the dynamics of these chromosomal regions, pointing the importance, conservation and evolution of the repetitive portion of the genome. The genus Eigenmannia (Gymnotiformes, Sternopygidae) comprises a morphological cryptic species that exhibit variation in chromosome number and may have sexual XY or ZW systems in which the elements of sexual pair differ by the presence of heterochromatic blocks larger than those found in chromosomes autosomes, or systems involving multiple Y-autosome translocation. The present work aims to study the gene Cytochrome Oxidase I (COI) to verify the discriminatory capacity of this mitochondrial gene and suggest possible species of the so called karyomorphs of the genus Eigenmannia in the state of São Paulo. The study of repetitive DNA in Eigenmannia genus, includes 5S ribosomal gene and transposable elements, thus allowing a better understanding of the distribution, conservation in karyomorphs and verify their possible participation in the process of differentiation not only of sex chromosomes, karyotypic evolution but also in the group. The results obtained with the COI gene, as well as those obtained by the 5S ribosomal gene demonstrate genetic distances consistent with the hypothesis that the five karyomorphs can be regarded as separate species. In addition, in situ hybridization of ribosomal 5S gene provided new evidence for chromosomal fusion which led to the Y sex chromosome, as described in the literature, whereas hybridization of telomeric sequences did not provide evidence of recent fusion events involving the karyomorphs. Regarding transposable elements, it could be verified distinct sequence patterns between TC1 and Rex1 elements, since the TC1 element delimited two groups which may indicate a simultaneously invasion in those groups and retrotransposon Rex1 invasion has occurred in a common ancestor to all karyomorphs

O principal objetivo deste trabalho, foi avaliar a eficiêcia do rbcL na identificação das espécies arbóreas da Floresta Estacional Semidecidual do estado de São Paulo. Para isso, foi construído um banco de dados local de sequências derbcL de 149 espécies circunscritas em 64 famílias e realizado o teste de identificação. Os resultados de porcentagem de correta identificação variaram de 42,8 - 100% quando ordenados por score até 88 - 100% quando ordenados pela porcentagem de identidade, ficando evidente a importância na maneira de ordenar os resultados. Foi gerada também uma lista para as espécies arbóreas ocorrentes na Floresta Estacional Semidecidual no estado de São Paulo, que contou com 716 espécies incluídas em 80 famílias. / The main goal of this work was to evaluate the efficiency of the molecular marker rbcL in the identification of native tree species of Semideciduous Seasonal Forest, in São Paulo, Brazil. A local database of rbcL sequences from 149 species, comprising 64 families, was assembled to carry identification tests. Percentage of correct identification (PCI) ranged from 42.8 to 100% when the score criterion of identification was used and from 88 to 100% when the results were order by percentage of identity. This evidences the importance of the method for ordering results. A list of 716 tree species of Semideciduous Seasonal Forest in the São Paulo state, comprising 80 families, was also a product of this work.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2016-09-15T13:55:34Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Emanuell Ribeiro.pdf: 867180 bytes, checksum: 80e2808ea4dba856924c7c1f89d4c29b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-15T13:55:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Emanuell Ribeiro.pdf: 867180 bytes, checksum: 80e2808ea4dba856924c7c1f89d4c29b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2013-03-15 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / With more than 5,700 species described, Neotropical ichthyofauna is considered the most diverse vertebrate fauna of the world. Neotropical fishes represent 20% of all fish species in the world. Therefore any attempt to understand evolution of vertebrates must rely on the understanding of the diversification of fishes in the Amazon basin and adjacent regions. Among the drainages that comprise the Amazon basin, the Xingu and Tapajós are particularly notable for the large number of rapids and waterfalls, which occur in the transition area between the Brazilian Shield and the Amazonian plain. The environment of the rapids is characterized by a set of extreme environmental features, requiring morphophysiological and behavioral specializations of the associated ichthyofauna. With approximately 250 valid species, the tribe Ancistrini has strong association with rapidly moving waters, and are an important component of the rheophilic fish fauna of the Xingu- Tapajós aquatic ecoregion. The Xingu and Tapajós Rivers are considered historically under-sampled, and the high number of species that have been described in recent years is indicative of the need to expand the taxonomic studies in this ecoregion. The recent infrastructure investments by the federal government into the construction oof hydroelectric developments raises to the state of urgency the need to increase the number of studies aimed to describe and elucidate the processes that generated these communities. For these reasons, the present study aimed to characterize the molecular diversity and phylogenetic structure of ancistrine communities of the Xingu-Tapajós aquatic ecoregion with the goal of clarifying the historical and ecological processes responsible for the current pattern of species co-occurrence. Analyses of DNA barcodes revealed the existence of 46 species of Ancistrini in the ecoregion, that are distributed in 16 genera, one of them probably being a new genus. The high concordance between morphologically and molecularly identified species indicates the reliability of the methodology of DNA barcoding for the identification/delimitation of species, making it a useful tool for the necessary acceleration of the description of new species of Neotropical ichthyofauna. The importance of biotic interactions suggested by analysis of phylogenetic community structure meets the theories proposed for the formation of communities of fish in lotic environments. However some evidence suggests that this difference may be the result of bias related to the taxonomic and geographical scales of the current study. / Com mais de 5.700 espécies descritas a ictiofauna neotropical é considerada a mais diversa fauna de vertebrados. Os peixes neotropicais representam 20% de todas as espécies de peixes do mundo. Deste modo qualquer tentativa de se entender a completa evolução dos vertebrados deve incluir a diversificação dos peixes na bacia amazônica e regiões adjacentes. Dentre as drenagens que compõem a bacia amazônica, os rios Xingu e Tapajós se destacam pelo grande número de corredeiras e cachoeiras, que ocorrem na área de transição entre o escudo brasileiro e a planície amazônica. Os ambientes de corredeira apresentam um conjunto de características extremas à ictiofauna, requerendo dessa especializações morfofisiológicas e comportamentais. Com aproximadamente 250 espécies válidas, a tribo Ancistrini apresenta forte relação aos ambientes de águas correntosas e são um importante componente da ictiofauna reofílica da ecorregião aquática Xingu-Tapajós. O Xingu e Tapajós são considerados rios historicamente pouco amostrados, e o elevado número de espécies que vem sendo descritas nos últimos anos é um indicativo da necessidade de ampliação de estudos taxonômicos nessa ecorregião. Os recentes investimentos do governo federal na construção de empreendimentos hidroelétricos eleva a um estado de urgência a necessidade do aumento de estudos que visem descrever e elucidar os processos que geraram essas comunidades. Por esses motivos, o presente estudo teve como objetivo caracterizar a diversidade molecular e estrutura filogenética das comunidades de Ancistrini da ecorregião aquática Xingu- Tapajós a fim de esclarecer os processos ecológicos e históricos responsáveis pelo atual padrão de co-ocorrência de espécies. As análises de DNA barcodes revelaram a existência de 46 espécies de Ancistrini na ecorregião, essas estão distribuídas por 16 gêneros, sendo um deles um provável gênero novo. A elevada concordância do banco de dados molecular e as espécies morfologicamente identificadas, indica a confiabilidade da metodologia de DNA barcoding na identificação/delimitação de espécies, sendo assim uma ferramenta útil ao necessário aceleramento da descrição de novas espécies da ictiofauna neotropical. A importância das interações bióticas sugerida pelas análises de estruturação filogenética de comunidades vai de encontro às teorias propostas para formação de comunidades de peixes em ambientes lóticos. Entretanto algumas evidências apontam que essa diferença pode ser resultado de viés relacionados às escalas taxonômicas e geográficas utilizadas nesse estudo.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-06-21T19:24:42Z No. of bitstreams: 2 Dissertação versão final_Ana Paula Costa - 01-10-15.pdf: 2003966 bytes, checksum: 68aa721e528f0278eed6af11f939591d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-21T19:24:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação versão final_Ana Paula Costa - 01-10-15.pdf: 2003966 bytes, checksum: 68aa721e528f0278eed6af11f939591d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-06-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The Neotropical cichlids are a diverse group, which comprises about 60 genera and at least 1300 species are recognized. They are distributed in Central and South America, Texas, West Indies, Africa, Madagascar, Syria, Israel, Iran, Sri Lanka, southern coast of India. The diversity found in the Cichlid family covers the most different morphological and ecological aspects that facilitate the adaptation of this fish family. In addition, evidence based on molecular data showed that most of the diversification of the Neotropical fish fauna occurred recently. These features make it difficult to understand the taxonomy and identification of this fauna, becoming a major challenge for molecular tools. In this context, this study aimed to test the effectiveness of DNA barcode methodology (COI gene) to identify and delineate the diverse ictiofauna of freshwater cichlids in the Neotropics. For this purpose, 59 species of Amazon basin fish were analyzed, being sampled by up to five specimens, morphologically identified beforehand, and 147 DNA barcode sequences obtained. Morphological data were combined with the molecular where only nine species showed agreement in both methods of identification. Of the 45 species analyzed, 40 (88.8%) were correctly identified by the barcode sequencing. The main values of intraspecific and interspecific genetic divergence by K2P in molecular clusters were 0% and 55%. Seven cryptic species (15.5%) as well as seven complexes of species (15.5%) were verified and approximately five species (11.2%) showed absence of mutual monophyly. This study is the first to analyze a large number of freshwater fish species in South America, including a large number of closely related species. The results confirmed the effectiveness of barcode to signal cryptic species and species complexes, which have recently undergone a process of irradiation, in addition to discriminate most species analyzed. The results also revealed genetic differences suggesting reproductive isolation and cryptic speciation in seven species. Finally, the results will contribute significantly for the Life Barcode International Project, and for the FISH-BOL campaign providing sequences of barcodes on the identification of these species by specialists and non-specialists, as well as allowing them to be available for use in other applications. / Os ciclídeos neotropicais constituem um grupo variado, no qual compreendem cerca de 60 gêneros e pelo menos 1300 espécies são reconhecidas. São distribuídas na América Central e do Sul, Texas, Índias Ocidentais, África, Madagascar, Síria, Israel, Irã, Sri Lanka, litoral do sul da Índia. A diversidade encontrada na família Cichlidae abrange os mais diferentes aspectos morfológicos e ecológicos, que facilitam na adaptação dos peixes desta família. Além disso, evidências com base nos dados moleculares mostraram que a maior parte da diversificação da ictiofauna Neotropical ocorreu recentemente. Estas características tornam difícil a compreensão da taxonomia e identificação dessa fauna, tornando um grande desafio para as ferramentas moleculares. Neste contexto, o presente estudo teve como objetivo testar a eficácia da metodologia do código de barras de DNA (gene COI) para identificar e delimitar a ictiofauna diversificada de ciclídeos em água doce da região Neotropical. Para esta finalidade, foram analisadas 59 espécies de peixes na bacia Amazônica, sendo amostrado por até cinco espécimes, identificadas a priori morfologicamente, e obtidas 147 sequências de código de barras de DNA. Foram combinados os dados morfológicos com os moleculares, onde apenas nove espécies apresentaram concordância em ambos os métodos de identificação. Das 45 espécies analisadas, 40 (88,8%) foram corretamente identificadas pelas sequências de códigos de barras. Os principais valores de divergência genética intraespecífica e interespecífica pelo K2P nos agrupamentos moleculares foram 0% e 55%. E verificou-se sete espécies crípticas (15,5%), sete complexos de espécies (15,5%) e aproximadamente cinco espécies (1 1,2%) mostraram ausência de monofilia recíproca. Este estudo é o primeiro analisar um grande número de espécies de peixes de água doce da região Neotropical, incluindo um grande número de espécies estreitamente relacionadas. Os resultados confirmaram a eficácia do código de barras para sinalizar espécies crípticas e complexos de espécies, que passaram recentemente por um processo de irradiação, além de discriminar a maioria das espécies analisadas. Os resultados também revelaram divergências genéticas sugestivas de isolamento reprodutivo e especiação críptica em sete espécies. Enfim, os resultados obtidos contribuirão significamente para o projeto Internacional do Código de Barras da Vida, e para a campanha FISH-BOL fornecendo as sequências de código de barras para uso na identificação dessas espécies por especialistas e não-especialistas, e permitindo-lhes estar disponível para uso em outras aplicações.

Orientador: Claudio de Oliveira / Resumo: Atlantirivulus santensis é amplamente distribuída ao longo das drenagens costeiras de São Paulo, Brasil. Algumas evidências de variação morfológica dentro dessa espécie sugerem que possam existir espécies novas que ainda não tenham sido descritas. Nesse sentido, o objetivo do presente estudo é verificar se existem diferentes linhagens de A. santesis utilizando a ferramenta do DNA Barcoding, realizar a revisão taxonômica de A. santesis através de caracteres morfológicos e estabelecer os limites de distribuição desta espécie com o intuito de contribuir para futuros estudos de sistemática dos rivulídeos. Foram analisadas 68 sequências parciais da região Citocromo c Oxidase I do DNA mitocondrial (com aproximadamente 550 pares de bases) de espécimes de A. santensis (Ubatuba, Maresias, Bertioga, São Paulo, Santos, Mongaguá, Pedro de Toledo, Itanhaém e Peruíbe), além de Atlantirivulus simplicis encontrada no limite norte (Paraty-RJ) da distribuição de A. santensis e Atlantirivulus ribeirensis, limite sul, para fins comparativos, como grupos externos. Os dados obtidos foram analisados com os softwares Geneious v.4.8.5, BioEdit v5.0.9 e Mega 7.0. Os resultados foram graficamente representados em dendrogramas de Neighbour-Joining (NJ), Automatic Barcode Gap Definition (ABGD) e PTP. As análises geraram três clusters (mais os dois grupos externos) dentro de A. santensis. O primeiro grupo é composto por espécimes de Peruíbe, Pedro de Toledo e Itanhaém, o segundo por Santos, Mongaguá e São... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Atlantirivulus santensis is widely distributed along the coastal drains of São Paulo, Brazil. Some evidence of morphological variation within this species suggests that there may be new species that have not yet been described. In this sense, the objective of the present study is to verify if there are different strains of A. santesis using the tool of the DNA Barcoding, to carry out the taxonomic revision of A. santesis through morphological characters and to establish the distribution limits of this species with the intention to contribute for future studies of rivulide systematics. We analyzed 68 partial sequences of the cytochrome c Oxidase I region of the mitochondrial DNA (approximately 550 base pairs) of A. santensis specimens (Ubatuba, Maresias, Bertioga, São Paulo, Santos, Mongaguá, Pedro de Toledo, Itanhaém and Peruíbe), in addition to Atlantirivulus simplicis found in the northern boundary (Paraty-RJ) of the distribution of A. santensis and Atlantirivulus ribeirensis(Juquiá-SP), southern limit, for comparative purposes, as external groups. The data obtained were analyzed with the software Geneious v.4.8.5, BioEdit v5.0.9 and Mega 7.0. The results were graphically represented in NeighborJoining (NJ), Automatic Barcode Gap Definition (ABGD) and PTP dendrograms. The analyzes generated three clusters (plus the two external groups) within A. santensis. The first group consists of specimens from Peruíbe, Pedro de Toledo and Itanhaém, the second from Santos, Mongaguá and ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

The red algae (Rhodophyta) is a monophyletic phylum and is comprised of seven classes including the Florideophyceae. The class monophyletic Florideophyceae is postulated to have diverged from the class Bangiophyceae and contains over 32 orders including the freshwater Batrachospermales and Thoreales. Classifications within these orders as well as the class are based predominantly on female reproductive characters and vegetative morphology. The order Batrachospermales contains a number of families and genera with the genus Batrachospermum being the largest with eight recognized sections. The order Thoreales was once considered a genus within the order Batrachospermales but is currently recognized as an autonomous order. Due to the cryptic nature of the genera, particularly Batrachospermum, the Morphological Species Concept has proven to be limiting in the classification at the species level. This study examines the usefulness of the mitochondrial gene encoding cytochrome c oxidase subunit I (COI) in delimiting species within the orders Batrachospermales and Thoreales from several countries spanning three continents and comparing this data to a parallel analysis of the gene encoding the large subunit of the chloroplast enzyme Ribulose 1, 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (rbcL). Sequence data and phylogenetic analysis illustrates possible delineation among species using the COI marker. Distinct clades of sections Batrachospermum, Setacea, Virescentia, Turfosa, Contorta, Gonimopropagulum and Aristata were observed from various geographic locations; as well as clades of genus Sirodotia, Tuomeya Lemanea, Paralemanea and Thorea. The present study proposes the elevation of the current recognized infrageneric sections to the status of genus based on both COI and rbcL genes sequence data. In addition, very few clades appeared to reflect any biogeographic trends.

The red algae (Rhodophyta) is a monophyletic phylum and is comprised of seven classes including the Florideophyceae. The class monophyletic Florideophyceae is postulated to have diverged from the class Bangiophyceae and contains over 32 orders including the freshwater Batrachospermales and Thoreales. Classifications within these orders as well as the class are based predominantly on female reproductive characters and vegetative morphology. The order Batrachospermales contains a number of families and genera with the genus Batrachospermum being the largest with eight recognized sections. The order Thoreales was once considered a genus within the order Batrachospermales but is currently recognized as an autonomous order. Due to the cryptic nature of the genera, particularly Batrachospermum, the Morphological Species Concept has proven to be limiting in the classification at the species level. This study examines the usefulness of the mitochondrial gene encoding cytochrome c oxidase subunit I (COI) in delimiting species within the orders Batrachospermales and Thoreales from several countries spanning three continents and comparing this data to a parallel analysis of the gene encoding the large subunit of the chloroplast enzyme Ribulose 1, 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (rbcL). Sequence data and phylogenetic analysis illustrates possible delineation among species using the COI marker. Distinct clades of sections Batrachospermum, Setacea, Virescentia, Turfosa, Contorta, Gonimopropagulum and Aristata were observed from various geographic locations; as well as clades of genus Sirodotia, Tuomeya Lemanea, Paralemanea and Thorea. The present study proposes the elevation of the current recognized infrageneric sections to the status of genus based on both COI and rbcL genes sequence data. In addition, very few clades appeared to reflect any biogeographic trends.

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