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Informationen des Universitätsrechenzentrums:Jahresrückblick 2003 Aktuelle HBFG-Projekte Sicheres Programmieren mit PHP Passwort vergessen - was nun? VPN-Dienst des URZ Spam-Schutz 'Textanalyse' erweitert

The constant monitoring of a computer is one of the essentials to be up-to-date about its state. This may seem trivial if one is sitting right in front of it but when monitoring a computer from a certain distance it is not as simple anymore. It gets even more difficult if a large number of computers need to be monitored. Because the process of monitoring always causes some load on the network and the monitored computer itself, it is important to keep these influences as low as possible. Especially for a high-performance cluster that was built from a lot of computers, it is necessary that the monitoring approach works as efficiently as possible and does not influence the actual operations of the supercomputer. Thus, the main goals of this work were, first of all, analyses to ensure the scalability of the monitoring solution for a large computer cluster as well as to prove the functionality of it in practise. To achieve this, a classification of monitoring activities in terms of the overall operation of a large computer system was accomplished first. Thereafter, methods and solutions were presented which are suitable for a general scenario to execute the process of monitoring as efficient and scalable as possible. During the course of this work, conclusions from the operation of an existing cluster for the operation of a new, more powerful system were drawn to ensure its functionality as good as possible. Consequently, a selection of applications from an existing pool of solutions was made to find one that is most suitable for the monitoring of the new cluster. The selection took place considering the special situation of the system like the usage of InfiniBand as the network interconnect. Further on, an additional software was developed which can read and process the different status information of the InfiniBand ports, unaffected by the vendor of the hardware. This functionality, which so far had not been available in free monitoring applications, was exemplarily realised for the chosen monitoring software. Finally, the influence of monitoring activities on the actual tasks of the cluster was of interest. To examine the influence on the CPU and the network, the self-developed plugin as well as a selection of typical monitoring values were used exemplarily. It could be proven that no impact on the productive application for typical monitoring intervals can be expected and only for atypically short intervals a minor influence could be determined. / Die ständige Überwachung eines Computers gehört zu den essentiellen Dingen, die zu tun sind um immer auf dem Laufenden zu sein, wie der aktuelle Zustand des Rechners ist. Dies ist trivial, wenn man direkt davor sitzt, aber wenn man einen Computer aus der Ferne beobachten soll ist dies schon nicht mehr so einfach möglich. Schwieriger wird es dann, wenn es eine große Anzahl an Rechnern zu überwachen gilt. Da der Vorgang der Überwachung auch immer etwas Netzwerklast und Last auf dem zu überwachenden Rechner selber verursacht, ist es wichtig diese Einflüsse so gering wie möglich zu halten. Gerade dann, wenn man viele Computer zu einem leistungsfähigen Cluster zusammen geschalten hat ist es notwendig, dass diese Überwachungslösung möglichst effizient funktioniert und die eigentliche Arbeit des Supercomputers nicht stört. Die Hauptziele dieser Arbeit sind deshalb Analysen zur Sicherstellung der Skalierbarkeit der Überwachungslösung für einen großen Computer Cluster, sowie der praktische Nachweis der Funktionalität dieser. Dazu wurde zuerst eine Einordnung des Monitorings in den Gesamtbetrieb eines großen Computersystems vorgenommen. Danach wurden Methoden und Lösungen aufgezeigt, welche in einem allgemeinen Szenario geeignet sind, um den ganzheitlichen Vorgang der Überwachung möglichst effizient und skalierbar durchzuführen. Im weiteren Verlauf wurde darauf eingegangen welche Lehren aus dem Betrieb eines vorhandenen Clusters für den Betrieb eines neuen, leistungsfähigeren Systems gezogen werden können um dessen Funktion möglichst gut gewährleisten zu können. Darauf aufbauend wurde eine Auswahl getroffen, welche Anwendung aus einer Menge existierende Lösungen heraus, zur Überwachung des neuen Clusters besonders geeignet ist. Dies fand unter Berücksichtigung der spezielle Situation, zum Beispiel der Verwendung von InfiniBand als Verbindungsnetzwerk, statt. Im Zuge dessen wurde eine zusätzliche Software entwickelt, welche die verschiedensten Statusinformationen der InfiniBand Anschlüsse auslesen und verarbeiten kann, unabhängig vom Hersteller der Hardware. Diese Funktionalität, welche im Bereich der freien Überwachungsanwendungen bisher ansonsten noch nicht verfügbar war, wurde beispielhaft für die gewählte Monitoring Software umgesetzt. Letztlich war der Einfluss der Überwachungsaktivitäten auf die eigentlichen Anwendungen des Clusters von Interesse. Dazu wurden exemplarisch das selbst entwickelte Plugin sowie eine Auswahl an typischen Überwachungswerten benutzt, um den Einfluss auf die CPU und das Netzwerk zu untersuchen. Dabei wurde gezeigt, dass für typische Überwachungsintervalle keine Einschränkungen der eigentlichen Anwendung zu erwarten sind und dass überhaupt nur für untypisch kurze Intervalle ein geringer Einfluss festzustellen war.

zweimal im Jahr erscheinende Zeitschrift über aktuelle Themen der TU Chemnitz, ergänzt von Sonderheft(en)

zweimal im Jahr erscheinende Zeitschrift über aktuelle Themen der TU Chemnitz, ergänzt von Sonderheft(en) neue Archivierung, da verbesserte Bildqualität

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Die vorliegende Arbeit beschäftigt sich mit der Untersuchung und Beschreibung der Eigenschaften der synthetischen Dekapeptide Cetrorelix und Ozarelix durch analytische Methoden und computergestützte Modellierung. Diese Moleküle sind hydrophobe, aggregierende Antagonisten des Gonadotropin-Releasing-Hormons (GnRH). Zusätzlich wurden amyloidbildende Peptidstrukturen als Modelle für die Assoziationsprozesse in hydrophoben Peptiden untersucht und visualisiert. Die intrinsische Fluoreszenz der GnRH-Antagonisten und zusätzlich der Peptide Teverelix und D-Phe6-GnRH sowie von verkürzten Fragmenten des Cetrorelix wurde untersucht. Ein Strukturmodell für die Beschreibung der Aggregation der Dekapeptide wurde erarbeitet. Der Aufbau eines Rechenclusters durch das Einbinden der Computer am Lehrstuhl in ein Linux-System zur Verteilung von Rechenprozessen über das Netzwerk ermöglichte die Bereitstellung der notwendigen Leistung zur Realisierung der Berechnungen. Es wurden Werkzeuge zur Modellierung der solvatisierten Aggregate von Peptiden ohne eindeutige Vorzugsstruktur programmiert und in ein Docking-System für beliebige Moleküle eingebunden. Verwendet wurde das Kraftfeld MMFF94 mit einer Erweiterung durch ein Verfahren zur dynamischen Berechnung von Partialladungen in Molekülstrukturen. Solvatisierte Aggregate der Dekapeptide und von bekannten amyloidbildenden Strukturen wurden modelliert (Docking). Berechnet wurden als aggregierend beschriebene Sequenzen und entsprechende Vergleichsstrukturen des Calcitonins, des Insel-Amyloid-Polypeptides, des beta2-Mikroglobulins, des Amyloid-beta-Proteins, des Lactoferrins und weitere Modellpeptide. Die wesentlichen Wechselwirkungen während der Aggregation konnten schließlich anhand von Dynamik-Simulationen der faltblattartigen Dimere des Cetrorelix und Ozarelix beschrieben werden. So wurden die Prozesse der hydrophoben Assoziation und Stabilisierung durch Wasserstoffbrücken von Peptiden veranschaulicht und auf molekularer Ebene erfolgreich analysiert. Die Visualisierung der erhaltenen Modellierungsergebnisse erfolgt durch die Darstellung der Strukturen und Dynamik-Simulationen als interaktive 3D-Modelle in einem für diese Arbeit aufgebauten Internetauftritt. / This work discusses the analysis of the aggregation properties of the gonadotropin releasing hormone antagonists Cetrorelix, Teverelix, Ozarelix and of small amyloid forming model peptides by analytical fluorescence spectroscopy and molecular modelling. A high performance linux compute cluster was developed for calculation of molecular structures. Solvated aggregate clusters of peptides without defined secondary structure were modelled by molecular mechanics methods (forcefield mmff94) in combination with an advanced charge equilibration and docking technique. Molecular dynamics of solvated peptide dimers were implemented and the role of hydrophic association and hydrogen bond formation in hydrophobic peptide aggregates was explained. Finally, an aggregation model for the directed association of hydrophobic peptides is presented. The modelling results, 3d structures and dynamic simulations are visualized in an interactive web material.