published_or_final_version / Medical Sciences / Master / Master of Medical Sciences

published_or_final_version / Anatomy / Doctoral / Doctor of Philosophy

published_or_final_version / abstract / Medicine / Doctoral / Doctor of Philosophy

This thesis addresses the genetic basis of a rare autosomal recessive primary immunodeficiency disorder with the characteristic additional feature of venoocclusive disease of the liver (VODI). The interest in this condition was stimulated both by the potential to identify the genetic basis of a rare immunodeficiency and the opportunity to gain an insight into the biological basis of hepatic veno-occlusive disease, a poorly understood condition that is encountered most frequently in Australia as a consequence of bone marrow transplantation. The gene responsible for VODI was identified by homozygosity mapping and DNA sequence analysis of positional candidates and was shown to be the PML Nuclear Body expressed protein Sp110. This is the first time a PML Nuclear Body protein has been shown to be involved in immunodeficiency disorder. Subsequent immunofluorescence studies of affected patient cell lines showed absence of Sp110 in patient B cells. The role of SP110 alleles in the susceptibility of bone marrow transplant patients to hepatic veno-occlusive disease was investigated using a cohort of patients from the Fred Hutchinson Cancer Center, Seattle. A SNP association study identified initial evidence for an association, but the study lacked sufficient power after correction for multiple testing. Contemporaneously, Dr Igor Kramnik published a report that the murine homologue of Sp110, Ifi75 (also termed Ipr1) was deleted in mice that were supersusceptible to infection with Mycobacterium tuberculosis. A further SNP association study was therefore performed utilising a NSW cohort of Mantouxpositive South East Asian migrants, which detected evidence that alleles of SP110 may be associated with progression of M. tuberculosis infection. Again, the limited size of this cohort precluded definitive findings.

La maladie alcoolique du foie (MAF) et l’hépatite C chronique (HCC) sont les causes les plus fréquentes de cirrhose, carcinome hépatocellulaire (CHC) et transplantation hépatique dans les pays industrialisés. La fibrose hépatique est le stigmate lésionnel de la progression de la maladie vers la cirrhose comme dans toutes les hépatopathies chroniques. Certains facteurs de risque cliniques environnementaux ont été identifiés. Toutefois, ils n’expliquent pas l’extrême variabilité individuelle de la progression de la fibrose. L’influence ethnique à développer une maladie plus sévère ainsi que les études de concordance des jumeaux mono- et di-zygotiques sur la prévalence de la cirrhose alcoolique ont suggéré l’existence de facteurs génétiques associés. Les nombreuses études de gènes candidats réalisées n’ont identifié que très peu de variants associés de manière reproductible. Pour l’HCC par exemple, le score de risque de cirrhose ou « CRS » a montré sa capacité à prédire une fibrose avancée dans diverses cohortes caucasiennes. Récemment, une étude d’association pangénomique (GWAS) dans la stéatohépatopathie non-alcoolique (NAFLD) a mis en évidence un singleton (single nucleotide polymorphism [SNP]) particulier (rs738409 C>G) dans le gène PNPLA3. Ce dernier s’est révélé être, dans diverses études, le SNP ayant l’impact le plus robuste et le plus reproductible dans cette maladie. Par ailleurs, ce même variant a également été significativement associé à la cirrhose alcoolique chez les hispaniques.<p><p>Les travaux réalisés dans le cadre de cette thèse ont permis de montrer que :<p><p>1) Le CRS avait la capacité de prédire la progression de la fibrose chez des patients caucasiens ayant une HCC dans 2 cohortes européennes indépendantes.<p><p>2) Par ailleurs, dans la MAF, nous avons répliqué chez des patients caucasiens l’association entre le SNP rs738409 dans le gène PNPLA3 et la cirrhose. Nous avons également montré pour la première fois, que l’expression de PNPLA3 était significativement diminuée chez les patients avec une fibrose plus avancée. De plus, nous avons observé dans 2 cohortes européennes que rs738409 était également associé à la prévalence du CHC.<p><p>3) Enfin, nous avons également mis en évidence l’impact de ce même SNP sur la stéatose hépatique et la fibrose dans l’HCC sans toutefois qu’il influence la réponse à la thérapie antivirale dans 3 cohortes caucasiennes indépendantes.<p><p>Ainsi de manière remarquable, un même SNP (rs738409) apparait associé à des lésions hépatiques sévères dans les trois pathologies hépatiques chroniques les plus fréquentes (la MAF, l’HCC et la NAFLD). Ceci suggère des voies pathogéniques communes de la fibrogénèse hépatique. Par ailleurs, ces travaux soulignent indirectement que les GWAS ont la capacité d’ouvrir de nouvelles voies physiopathologiques et d’identifier de nouveaux variants, gènes ou région génétiques capables de constituer de nouveaux biomarqueurs et cibles thérapeutiques dans l’HCC et la MAF. / Doctorat en Sciences médicales / info:eu-repo/semantics/nonPublished