Orientador: Guilherme Targino Valente / Resumo: A levedura Saccharomyces cerevisiae é o microrganismo mais utilizado para a produção de etanol devido a sua alta capacidade fermentativa e resistência aos estresses oriundos desse processo. Entretanto, a própria concentração de etanol é um dos fatores mais limitantes no processo de produção desse combustível. Os aspectos da genômica funcional relacionada à tolerância ao etanol são ainda pouco esclarecidos, e nem mesmo se sabe se os lncRNAs tem papel nesse processo. Poucos lncRNAs foram identificados em S. cerevisiae, e nem mesmo se conhece as redes lncRNAs-proteínas nessa espécie e nem se podem codificar micropeptídeos. Nesse contexto, este trabalho visa identificar lncRNAs em linhagens de S. cerevisiae com diferentes níveis de tolerância ao etanol. Para isso, foi realizado a montagem dos lncRNAs, predição de ligações lncRNA-proteínas, buscas de micropepetídeos, análises de conservação genômica, estrutural e funcional dos lncRNAs, avaliação da influência do lncRNAs em regular as expressões de seus vizinhos e comparação dos resultados entre linhagens mais e menos tolerantes ao etanol. As análises de enriquecimento ontológico apontam para uma relação próxima entre os lncRNAs e a tolerância ao etanol e uma conservação funcional, embora os dados não reportem nenhuma conservação nem genômica nem estrutural. Além disso, variados tipos de prováveis regulações foram sugeridas, sendo a regulação em trans majoritariamente inversa entre os lncRNAs e seus genes-alvo, diferentemente da ma... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The yeast Saccharomyces cerevisiae is the most used microorganism for ethanol production due to its high fermentative capacity and resistance to different stressors along this process. However, the ethanol concentration is one of the most limiting factors of fuel production. The functional genomics aspects related to the ethanol tolerance are still unclear, and it is not clear if the lncRNAs really have a role in this process. Few lncRNAs were identified in S. cerevisiae, lncRNA-protein networks of this species are still unknown and also if they can code micropeptides. In this context, this thesis aims to identify lncRNAs and evaluate their roles in S. cerevisiae ethanol tolerance. Then, it was performed the assembling of lncRNAs, predictions of lncRNA-protein interactions, searches for potential micropeptides coding-lncRNAs, analysis of genomic, structural and functional conservation of lncRNAs, evaluation of the lncRNAs influence in regulating the expressions of their neighbors, and comparison between strains that are more and less tolerant to the ethanol. Moreover, many putative regulatory pathways were here suggested, being that most trans regulations act on an inversely manner between the expression of the lncRNAs and their target-genes, unlike observed in most of cis regulations. The current literature confirms the lncRNAs functional conservation here observed, and the role of these non-coding molecules as regulators. Finally, here we suggest that lncRNAs are acting to ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

O método de elementos analíticos tem se mostrado uma alternativa conveniente para a construção de modelos regionais de escoamento subterrâneo. O método utiliza soluções elementares analíticas e, portanto, não necessitam de contornos artificiais. Entretanto, a caracterização de fronteiras externas de aqüíferos considerados longos (aqüíferos longos) acarreta dúvidas quanto à presença do efeito de borda na simulação. Assim, neste trabalho, o método de elementos analíticos é estendido para a modelagem de escoamentos em aqüíferos longos eliminando-se a possibilidade da presença de efeitos de borda. O domínio desses aqüíferos é mapeado em um semi-plano utilizando-se a transformação de Schwarz-Christoffel. Dessa forma, elementos de regime estacionário são mapeados juntamente com o domínio para o semi-plano e, portanto, sua formulação é modificada. Os contornos do semi-plano, por sua vez, são representados pelo método de imagens. Elementos de escoamento transiente são abordados utilizando-se a formulação de Zaadnoordijk. São realizadas correções algébricas e computacionais na formulação desses elementos. No entanto, o mapeamento de domínio não é extensivo aos elementos transientes. Sua aplicação em aqüíferos longos é feita de maneira aproximada utilizando-se apenas o método de imagens diretamente sobre o aqüífero. Em seguida, a extensão proposta para o método de elementos analíticos é analisada em um problema hipotético. Finalmente, é feita uma modelagem para a avaliação de impactos ambientais devidos a um sistema de captação de água localizado em uma porção do aqüífero Barreiras no Estado do Rio Grande do Norte sobre a Lagoa do Bonfim. O modelo é calibrado em regime permanente fornecendo uma estimativa de recarga de 24 mm/mês e, então, estima os impactos permanentes do sistema sobre a Lagoa do Bonfim, onde é feita a captação. O impacto do bombeamento reduz aproximadamente 5,36 m do nível de água natural da lagoa. Um cenário de seca é, também, simulado em regime transiente. A partir dos resultados obtidos avalia-se que dois meses de ausência de recarga direta aumentam aproximadamente 0,5 m a redução do nível de água da Lagoa do Bonfim / The analytic element method has shown itself an elegant alternative to regional groundwater flow modeling. The method applies elementary analytic solutions and, therefore, artificial boundaries are not a necessity. However, frontiers of such considered elonged aquifers carries out some questions about edging effects in the model results. In this work, the analytic element method is extended to elonged aquifer flow completely eliminating any edging effect. To do this, such aquifers are mapped into a semi-plan by means of the Schwarz-Christoffel transform. Next, steady flow elements are mapped accordingly to the domain transformation and consequently its formulas are modified suitably. Then, method of image gives boundary conditions in semi-plan. Transient flow elements due to Zaadnoordijk are considered. Mistakes in algebraic and computational aspects were corrected. Nevertheless, domain mappings are not performed to transient elements. Appliance of such elements to elonged aquifers is performed in an approximated manner with the method of image just upon the aquifer. After that, a hypothetic example is performed in order to analyze the new elements, given successful results. Then, a case study is developed in order to assess the impact due to a water supply system in the Barreiras aquifer, Rio Grande do Norte State, on Bonfim Lake. The model is calibrated, obtaining the recharge rate parameter equal to 24 mm/month, and then is used to evaluate water level depletion in Bonfim Lake. Water level changing in Bonfim Lake is given by the steady state flow 5.36 m down. Finally, a transient flow model is built in order to obtain water level changes due to recharge absence. According to results, recharge absence during two month long enlarges 0.5 m, approximately, water depletion in Bonfim Lake

As fraturas dos ossos longos são geralmente provocadas por esforços dinâmicos de impacto (choque). O esclarecimento do comportamento de ossos submetidos a testes controlados de impacto pode representar um aprofundamento no conhecimento geral sobre as questões que envolvem a ocorrência das fraturas. Os testes de impacto são, de modo geral, realizados por meio de uma máquina especificamente desenvolvida, provida de um martelo pendular que incide sobre corpos de prova do material testado. Porém, as máquinas de impacto disponíveis no mercado são projetadas para ensaiar materiais com dimensões definidas de acordo com a norma relativa ao tipo de material, que não são adaptadas para materiais biológicos. Os materiais biológicos são em geral anisotrópicos, o que impede a confecção de corpos de prova com formas e dimensões rigorosamente padronizadas, como acontece com os materiais não biológicos. Desta forma, uma máquina de ensaio de impacto para materiais biológicos deve ser, necessariamente, especificamente desenvolvida para essa finalidade, com a principal característica de que os apoios dos corpos de prova possam ser mudados de forma e posição conforme as necessidades de cada material em teste. Foi o objetivo deste trabalho, projetar, construir e testar, comparativamente a outra máquina comercialmente disponível, uma máquina de ensaio de impacto especificamente destinada a materiais biológicos, com possibilidade de variação dos vãos entre os apoios dos corpos de prova, o que flexibiliza o ensaio de acordo com as características de cada material. / Fractures of long bones are generally caused by dynamic impact loads (shock). Studying clearing the behaviour of bones submitted to controlled impact tests may contribute to deepen the general knowledge on the phenomena involving the event of fractures. The impact tests are usually carried out with a specially designed machine, provided with a pendulum hammer which strikes on specimens of the tested material. However, the commercially available impact testing machines are designed for isotropic materials, of definite shape and dimensions according to standards specific for each material, which are not adapted for biologic materials. The biologic materials are in general anisotropic by nature, what prevents the construction of test pieces with rigorously standardised shape and dimensions, as it happens with non-biological materials. Therefore, especially designed impact testing machine should be developed for this purpose. lts a main characteristic would be that the test pieces supports can be changed and moved, to adapt to their shapes and dimensions. The design, development and test of as impact testing machine specifically designed for bone, comparing it to another conmercially available machine, was the aim of this work machine developed enables the variation of the distance between the test piece supports, which allows to carry out tests according to the physical characteristics of any test piece.

O omento maior tem sido utilizado com grande eficácia na medicina e em cirurgias torácicas, urogenitais, neurológicas, vasculares e respiratórias por sua natureza única, versátil e suas propriedades de imunidade, drenagem, adesão, vascularização e hemostasia bem conhecidas. Tem sido aplicado em humanos, como uma importante fonte de vascularização para áreas distantes, como flap pediculado ou livre, dentre elas, tórax, cabeça, pescoço e porções proximais de extremidades. As pesquisas com flap pediculado de omento maior, na cirurgia veterinária como indutor angiogênico e imunogênico são poucas, entretanto, suas propriedades de adesão e drenagem são conhecidas e utilizadas em procedimentos cirúrgicos com excelentes resultados. O objetivo desta pesquisa foi criar retalho pediculado de omento maior, mensurando o comprimento durante as etapas de criação e avaliando a possibilidade de alcance para ossos longos (fêmur, tíbia, úmero e rádio e ulna) através de túnel subcutâneo. Foram utilizados 30 cadáveres de cães frescos com 10 a 30 quilos de massa corpórea, sem discriminação de idade, sexo ou raça. Os resultados foram satisfatórios e 100% dos animais alcançaram a metáfise distal dos ossos avaliados. A média de comprimento do omento em camada dupla, dos 30 animais avaliados foi de 30,87 cm, da camada simples de 54,37 cm e do flap em L 92,7 cm. Com a extensão máxima do omento foi possível alcançar as metáfises distais de todos os ossos propostos (fêmur, tíbia/fíbula, úmero e rádio/ulna), com comprimento médio excedente de 29,87 cm para fêmur, 20,73 cm para tíbia/fíbula, 25,13 cm para úmero e 16,27 cm para rádio/ulna As variáveis peso flap em L avaliadas estatisticamente apresentaram correlação positiva moderada nos grupos apresentados. Concluiu-se que em cães é possível levar o flap pediculado de omento maior através de túnel subcutâneo para metáfise distal de ossos longos sem tensão e que quanto maior o peso do animal, maior o comprimento do flap em L dos animais avaliados em cada grupo. / The greater omentum has been successfully used in human medicine in different surgical approaches such as thoracic, urogenital, neurological, vascular, and respiratory. The high usefulness of omentum is due to its singular nature and versatility, as well as its known different properties such as immunologic, drainage, adhesion, angiogenic and haemostatic. It has been used in human medicine such as a pediculated or free flap as an important vascular inductor for different areas. Among the sites that it has been used to increase blood flow by its angiogenic properties, little the thorax, head and neck, and proximal and distal extremities may be sited. Research on immunogenic and angiogenics inductor properties of the flap in Veterinary Medicine have been made, however, its adhesive and draining properties are well known and have been used with excellent results in surgery. An experimental study to obtain a pediculated flap of greater omentum and conduct it as far as possible through a subcutaneous tunnel in order to reach long bones (femur, tibia, umero, radius and ulna). Was designed during the experiment, the obtained different flaps were measured and the possibility of reaching proximal to distal long bone sites was checked. For the experiment 30 fresh body (10 to 30 kg of corporal weight) from dead dogs without predilection to age, or sex were used. Animals of all breeds were included except condrosdistrophics breeds. In addition, dogs with signs of abdominal surgery, abdominal adherences, or other anatomic dysfunctions of the greater omentum were excluded from the experiment. The results were satisfactor and in 100% of the cases the flap reached the distal half of the evaluated bones. The averages of the different flap lengths were: 30.87 cm when double layer was used; 54.37 cm in simple layer; and 92.7 cm when the flap was made in an L shape. With the largest extension of the omentum, it was possible to reach the distal metaphises of all studied bones (femur, tibia/fibula, humerus, and radius/ulna). The exceeding length average was 29.87 cm for the femur, 20.73 cm for the tibia/fibula, 25.13 cm for the humerus, and 16.27 cm for the radius/ulna. The variation body-weight-flap variety statistically evaluated showed moderate positive correlation on the presented groups. In conclusion, the omentum pediclulated flap may be passed through the subcutaneous tunnel until the distal metaphisis of the long bones of dogs without tension. Animals with carger bodyl weight have the largest length of the L- shaped flap.

O tema central deste trabalho é o estudo de problemas sobre caminhos mais longos em grafos, de pontos de vista tanto estrutural como algorítmico. A primeira parte tem como foco o estudo de problemas motivados pela seguinte questão levantada por T. Gallai em 1966: é verdade que em todo grafo conexo existe um vértice comum a todos os seus caminhos mais longos? Hoje, já se conhecem diversos grafos conexos cuja intersecção de todos os seus caminhos mais longos é vazia. Entretanto, existem classes de grafos para as quais a resposta à pergunta de Gallai é afirmativa. Nessa linha, apresentamos alguns resultados da literatura e duas novas classes que obtivemos: os grafos exoplanares e as 2-árvores. Motivado por esse problema, nos anos 80, T. Zamfirescu formulou a seguinte pergunta que permanece em aberto: é verdade que em todo grafo conexo existe um vértice comum a quaisquer três de seus caminhos mais longos? Apresentamos, além de alguns resultados conhecidos, uma prova de que a resposta é afirmativa para grafos em que todo bloco não trivial é hamiltoniano. Notamos que esse último resultado e o acima mencionado para grafos exoplanares generalizam um teorema de M. Axenovich (2009) que afirma que quaisquer três caminhos mais longos em um grafo exoplanar têm um vértice em comum. Finalmente, mencionamos alguns outros resultados da literatura relacionados com o tema. Na segunda parte, investigamos o problema de encontrar um caminho mais longo em um grafo. Este problema é NP-difícil para grafos arbitrários. Isto motiva investigações em duas linhas a respeito da busca de tais caminhos. Pode-se procurar classes especiais de grafos para as quais existem algoritmos polinomiais, ou pode-se abrir mão da busca de um caminho mais longo, e projetar um algoritmo eficiente que encontra um caminho cujo comprimento esteja próximo do comprimento de um mais longo. Nesse trabalho estudamos ambas as abordagens e apresentamos alguns resultados da literatura. / The central theme of this thesis is the study of problems related to longest paths in graphs, both from a structural and an algorithmic point of view. The first part focuses on the study of problems motivated by the following question raised by T. Gallai in 1966: is it true that every connected graph has a vertex common to all its longest paths? Today, many connected graphs in which all longest paths have empty intersection are known. However, there are classes of graphs for which Gallais question has a positive answer. In this direction, we present some results from the literature, as well as two new classes we obtained: outerplanar graphs and 2-trees. Motivated by this problem, T. Zamfirescu, in the 80s, proposed the following question which remains open: is it true that every connected graph has a vertex common to any three of its longest paths? We present, in addition to some known results, a proof that the answer to this question is positive for graphs in which all non-trivial blocks are Hamiltonian. We note that this result and the one mentioned above for outerplanar graphs generalize a theorem of M. Axenovich (2009) that states that any three longest paths in an outerplanar graph have a common vertex. Finally, we mention some other related results from the literature. In the second part, we investigate the problem of finding a longest path in a graph. This problem is NP-hard for arbitrary graphs. This motivates investigations in two directions with respect to the search for such paths. We can look for special classes of graphs for which the problem is polynomially solvable, or we can relinquish the search for a longest path and design an efficient algorithm that finds a path whose length is close to that of a longest path. In this thesis we study both approaches and present some results from the literature.

O omento maior tem sido utilizado com grande eficácia na medicina e em cirurgias torácicas, urogenitais, neurológicas, vasculares e respiratórias por sua natureza única, versátil e suas propriedades de imunidade, drenagem, adesão, vascularização e hemostasia bem conhecidas. Tem sido aplicado em humanos, como uma importante fonte de vascularização para áreas distantes, como flap pediculado ou livre, dentre elas, tórax, cabeça, pescoço e porções proximais de extremidades. As pesquisas com flap pediculado de omento maior, na cirurgia veterinária como indutor angiogênico e imunogênico são poucas, entretanto, suas propriedades de adesão e drenagem são conhecidas e utilizadas em procedimentos cirúrgicos com excelentes resultados. O objetivo desta pesquisa foi criar retalho pediculado de omento maior, mensurando o comprimento durante as etapas de criação e avaliando a possibilidade de alcance para ossos longos (fêmur, tíbia, úmero e rádio e ulna) através de túnel subcutâneo. Foram utilizados 30 cadáveres de cães frescos com 10 a 30 quilos de massa corpórea, sem discriminação de idade, sexo ou raça. Os resultados foram satisfatórios e 100% dos animais alcançaram a metáfise distal dos ossos avaliados. A média de comprimento do omento em camada dupla, dos 30 animais avaliados foi de 30,87 cm, da camada simples de 54,37 cm e do flap em L 92,7 cm. Com a extensão máxima do omento foi possível alcançar as metáfises distais de todos os ossos propostos (fêmur, tíbia/fíbula, úmero e rádio/ulna), com comprimento médio excedente de 29,87 cm para fêmur, 20,73 cm para tíbia/fíbula, 25,13 cm para úmero e 16,27 cm para rádio/ulna As variáveis peso flap em L avaliadas estatisticamente apresentaram correlação positiva moderada nos grupos apresentados. Concluiu-se que em cães é possível levar o flap pediculado de omento maior através de túnel subcutâneo para metáfise distal de ossos longos sem tensão e que quanto maior o peso do animal, maior o comprimento do flap em L dos animais avaliados em cada grupo. / The greater omentum has been successfully used in human medicine in different surgical approaches such as thoracic, urogenital, neurological, vascular, and respiratory. The high usefulness of omentum is due to its singular nature and versatility, as well as its known different properties such as immunologic, drainage, adhesion, angiogenic and haemostatic. It has been used in human medicine such as a pediculated or free flap as an important vascular inductor for different areas. Among the sites that it has been used to increase blood flow by its angiogenic properties, little the thorax, head and neck, and proximal and distal extremities may be sited. Research on immunogenic and angiogenics inductor properties of the flap in Veterinary Medicine have been made, however, its adhesive and draining properties are well known and have been used with excellent results in surgery. An experimental study to obtain a pediculated flap of greater omentum and conduct it as far as possible through a subcutaneous tunnel in order to reach long bones (femur, tibia, umero, radius and ulna). Was designed during the experiment, the obtained different flaps were measured and the possibility of reaching proximal to distal long bone sites was checked. For the experiment 30 fresh body (10 to 30 kg of corporal weight) from dead dogs without predilection to age, or sex were used. Animals of all breeds were included except condrosdistrophics breeds. In addition, dogs with signs of abdominal surgery, abdominal adherences, or other anatomic dysfunctions of the greater omentum were excluded from the experiment. The results were satisfactor and in 100% of the cases the flap reached the distal half of the evaluated bones. The averages of the different flap lengths were: 30.87 cm when double layer was used; 54.37 cm in simple layer; and 92.7 cm when the flap was made in an L shape. With the largest extension of the omentum, it was possible to reach the distal metaphises of all studied bones (femur, tibia/fibula, humerus, and radius/ulna). The exceeding length average was 29.87 cm for the femur, 20.73 cm for the tibia/fibula, 25.13 cm for the humerus, and 16.27 cm for the radius/ulna. The variation body-weight-flap variety statistically evaluated showed moderate positive correlation on the presented groups. In conclusion, the omentum pediclulated flap may be passed through the subcutaneous tunnel until the distal metaphisis of the long bones of dogs without tension. Animals with carger bodyl weight have the largest length of the L- shaped flap.

O tema central deste trabalho é o estudo de problemas sobre caminhos mais longos em grafos, de pontos de vista tanto estrutural como algorítmico. A primeira parte tem como foco o estudo de problemas motivados pela seguinte questão levantada por T. Gallai em 1966: é verdade que em todo grafo conexo existe um vértice comum a todos os seus caminhos mais longos? Hoje, já se conhecem diversos grafos conexos cuja intersecção de todos os seus caminhos mais longos é vazia. Entretanto, existem classes de grafos para as quais a resposta à pergunta de Gallai é afirmativa. Nessa linha, apresentamos alguns resultados da literatura e duas novas classes que obtivemos: os grafos exoplanares e as 2-árvores. Motivado por esse problema, nos anos 80, T. Zamfirescu formulou a seguinte pergunta que permanece em aberto: é verdade que em todo grafo conexo existe um vértice comum a quaisquer três de seus caminhos mais longos? Apresentamos, além de alguns resultados conhecidos, uma prova de que a resposta é afirmativa para grafos em que todo bloco não trivial é hamiltoniano. Notamos que esse último resultado e o acima mencionado para grafos exoplanares generalizam um teorema de M. Axenovich (2009) que afirma que quaisquer três caminhos mais longos em um grafo exoplanar têm um vértice em comum. Finalmente, mencionamos alguns outros resultados da literatura relacionados com o tema. Na segunda parte, investigamos o problema de encontrar um caminho mais longo em um grafo. Este problema é NP-difícil para grafos arbitrários. Isto motiva investigações em duas linhas a respeito da busca de tais caminhos. Pode-se procurar classes especiais de grafos para as quais existem algoritmos polinomiais, ou pode-se abrir mão da busca de um caminho mais longo, e projetar um algoritmo eficiente que encontra um caminho cujo comprimento esteja próximo do comprimento de um mais longo. Nesse trabalho estudamos ambas as abordagens e apresentamos alguns resultados da literatura. / The central theme of this thesis is the study of problems related to longest paths in graphs, both from a structural and an algorithmic point of view. The first part focuses on the study of problems motivated by the following question raised by T. Gallai in 1966: is it true that every connected graph has a vertex common to all its longest paths? Today, many connected graphs in which all longest paths have empty intersection are known. However, there are classes of graphs for which Gallais question has a positive answer. In this direction, we present some results from the literature, as well as two new classes we obtained: outerplanar graphs and 2-trees. Motivated by this problem, T. Zamfirescu, in the 80s, proposed the following question which remains open: is it true that every connected graph has a vertex common to any three of its longest paths? We present, in addition to some known results, a proof that the answer to this question is positive for graphs in which all non-trivial blocks are Hamiltonian. We note that this result and the one mentioned above for outerplanar graphs generalize a theorem of M. Axenovich (2009) that states that any three longest paths in an outerplanar graph have a common vertex. Finally, we mention some other related results from the literature. In the second part, we investigate the problem of finding a longest path in a graph. This problem is NP-hard for arbitrary graphs. This motivates investigations in two directions with respect to the search for such paths. We can look for special classes of graphs for which the problem is polynomially solvable, or we can relinquish the search for a longest path and design an efficient algorithm that finds a path whose length is close to that of a longest path. In this thesis we study both approaches and present some results from the literature.

Apresenta um modelo completo em sistemas multicorpos de uma combinação veicular formada por um cavalo mecânico e um semi-reboque para um estudo de dirigibilidade. O modelo multicorpos foi desenvolvido no MSC.Adams/Car e inclui a suspensão primária, sistema de direção, trem de força, modelo de pneu e um quadro flexível para o cavalo mecânico, e a suspensão primária, modelo de pneu e quadro rígido para o semi-reboque. A resposta dinâmica lateral de uma composição veicular depende das características combinadas de estabilidade direcional, dirigibilidade e interação pneu/pavimento da unidade motora e da unidade rebocada. Os parâmetros mais importantes em relação à dinâmica lateral dos veículos longos combinados são: a velocidade longitudinal, o concerning stiffness dos pneus da combinação veicular, as elasticidades dos sistemas de suspensão e esterçamento do cavalo mecânico, a localização, distribuição do carregamento e momento de inércia em guinada da unidade movida e transferência lateral de carga do veículo como um todo. O modelo foi validado no âmbito dos modos de vibração. As análises de dirigibilidade foram realizadas mediante execução de manobras de mudança simples de pista e de esterçamento com entrada rampa, no MSC.Adams/Car, para calcular métricas comumente utilizadas para avaliação da dinâmica lateral de veículos longos combinados como aceleração lateral, velocidade de guinada, offtracking dinâmico e o gradiente de esterçamento. Análises dos resultados mostraram a influência no tempo de resposta, em regime transitório, do cavalo quando atrelado ao semi-reboque e um comportamento sub-esterçante nas velocidades longitudinais simuladas. A combinação veicular utilizada para este estudo apresenta um comportamento direcional estável. / This work presents a complete multibody model of a heavy articulated vehicle with a tractor and a semitrailer for handling study purposes. The model had been developed on MSC.Adams/Car and includes primary suspension system, steering system, powertrain, tire model and a flexible frame for tractor, suspension system, tire model and a rigid frame for semitrailer. The lateral dynamics response of a heavy articulated vehicle depends on tractor/semitrailer combined characteristics of the directional stability, the manouverability and the tire/road interaction. The most important parameters concerning of the lateral dynamics of heavy articulated vehicles are: longitudinal velocity, combined tire cornering stiffness of vehicular composition, suspensions systems compliance and steering system compliance of tractor, location, load distribution and yaw moment of towing unit and vehicle overall lateral load transfer. The model was validated about modal shapes and frequencies vibrations. Handling analyses had performed with single lane change and ramp steer maneuvers simulation on MSC.Adams/Car to calculate common measures for heavy articulated vehicles lateral dynamics evaluation as lateral acceleration, yaw velocity, dynamic offtracking and understeer gradient. The results analyses showed that the towing unit influences on response of the tractor and an understeer behavior of all vehicular composition over longitudinal velocity range simulated. The heavy articulated vehicle used on this study shows a stable directional behavior.

A dengue é uma infecção viral sistêmica que pode se manifestar clinicamente de diversas formas, desde febres leves a hemorragia e síndrome do choque, condições potencialmente fatais. Diversos estudos já foram publicados investigando as mudanças globais de expressão que ocorrem durante a evolução da doença nesses diferentes quadros clínicos. Porém, nenhum desses estudos analisou o papel dos RNAs não codificadores longos (lncRNAs) na progressão da doença. Neste projeto, foi realizada uma metanálise dos dados de expressão provenientes desses estudos de dengue focando na expressão de lncRNAs e seus possíveis mecanismos de regulação gênica. Foram identificados dezenas de lncRNAs cuja expressão aumenta ou diminui em pacientes infectados com dengue comparado com pessoas saudáveis. Através de análise de \"guilty-by-association\", procurou-se identificar genes codificadores de proteína possivelmente regulados por esses lncRNAs ou genes que os regulem. Nossos resultados fornecem evidência de novos mecanismos de regulação entre lncRNAs e mRNAs. / Dengue fever is a systemic viral infection that can manifest clinically in a variety of ways, from mild fever to potentially fatal conditions such as hemorrhage and shock syndrome. Several studies have already been published investigating the global changes in expression that occur during the evolution of the disease in these different clinical settings. However, none of these studies analyzed the role of long non-coding RNAs (lncRNAs) in disease progression. In this project, we performed a meta-analysis of transcriptome data obtained from these dengue studies and focused on the expression of lncRNAs and their possible mechanisms of gene regulation. Dozens of lncRNAs have been identified whose expression increases or decreases in patients infected with dengue compared to healthy individuals. Through guilty-by-association analysis, we identified several lncRNAs that possibly regulate protein coding genes. Our results provide evidence of novel regulatory mechanisms between lncRNAs and mRNAs.

Estudos recentes têm revelado que a maior parte dos transcritos gerados em células humanas é composta por RNAs não-codificadores de proteínas (ncRNAs). Uma parte desses ncRNAs compreende a classe de RNAs curtos, que possuem menos que 200 nucleotídeos. Os micro-RNAs (miRNAs) fazem parte dessa classe e têm sido alvo de grande interesse, pois são preditos como possíveis reguladores de mais de 60% dos RNAs mensageiros (mRNAs) humanos. Outra classe dos ncRNAs é composta por ncRNAs longos (lncRNAs, com mais de 200 nucleotídeos), que são transcritos a partir de regiões intergênicas e intrônicas do genoma humano e possuem várias funções, muitas delas relacionadas ao controle da expressão de mRNAs. Recentemente, os lncRNAs têm sido caracterizados quanto à sua estrutura e função. No entanto, muito pouco se sabe sobre os mecanismos pelos quais os lncRNAs são regulados. Este trabalho teve como objetivo avaliar se lncRNAs são regulados por miRNAs em células humanas. Para tanto, identificamos lncRNAs ligados ao complexo de silenciamento induzido por RNA (RISC) em células da linhagem HeLa, utilizando um método aqui desenvolvido de geração de bibliotecas de cDNA direcionadas para sequenciamento em larga escala na plataforma 454/Roche. Em paralelo, sequenciamos os miRNAs ligados ao RISC nestas mesmas células. Os resultados obtidos mostram que centenas de lncRNAs de diversas classes se ligam ao RISC em células HeLa, juntamente com milhares de mRNAs e várias centenas de miRNAs. Entre os miRNAs, encontramos 37 que são preditos como alvejando os lncRNAs detectados. Estes miRNAs constituem possíveis reguladores dos lncRNAs e, portanto, nosso trabalho estabelece um mapa experimental de interações diretas entre lncRNAs e miRNAs. Dentre os lncRNAs identificados ligados ao RISC neste trabalho, destaca-se o TUG1, lincRNA sabidamente envolvido na regulação de genes relacionados à apoptose e ao ciclo celular. Mostramos por ensaio de super-expressão de miRNAs e qPCR que TUG1 é regulado pelo miRNA-148b, um dos miRNAs por nós detectados que possui um sítio alvo altamente conservado em mamíferos localizado na extremidade 3\' de TUG1. Em conjunto, este trabalho contribui para o entendimento da regulação dos níveis de expressão de lncRNAs em células humanas e abre perspectivas para a modulação de miRNAs como estratégia de regulação dos níveis e das funções de lncRNAs. / Recent studies have revealed that the largest fraction of the transcripts generated in human cells is composed of non-protein coding RNAs (ncRNAs). A portion of these RNAs encompasses the class of short RNAs, which are less than 200 nucleotides in length. Micro-RNAs (miRNAs) are part of this class and are of great interest, as they are predicted to target over 60% of the human messenger RNAs (mRNAs). Another class of ncRNAs is composed of long ncRNAs (lncRNAs, longer than 200 nucleotides), which are transcribed from intergenic and intronic regions of the human genome and have several functions, many of them related to the control of the mRNA expression. Recently, the structure and function of lncRNAs have been characterized. However, little is known about the mechanisms involved in lncRNA regulation. This work aimed to evaluate whether lncRNAs are regulated by miRNAs in human cells. For this purpose, we identified lncRNAs bound to the RNA-induced silencing complex (RISC) in HeLa cells using a method developed here for the generation of strand-specific cDNA libraries for large scale RNA-sequencing in the 454/Roche plataform. In parallel, we sequenced the miRNAs bound to RISC in these cells. Our results show that hundreds of lncRNAs from diverse classes are bound to RISC in HeLa cells, along with thousands of mRNAs and several hundred miRNAs. Among the miRNAs we identified 37 that are predicted to target the detected lncRNAs. These miRNAs are possible regulators of the lncRNAs, and therefore our work establishes an experimental map of direct interactions between lncRNAs and miRNAs. The lncRNA TUG1, a lincRNA involved in the regulation of genes related to apoptosis and cell cycle, was identified among the lncRNAs bound to RISC. We showed by miRNA over-expression and qPCR that TUG-1 is regulated by the miRNA-148b, which is one of the miRNAs detected in our sequencings and has a binding site highly conserved in mammals located at the TUG1 3` end. Taken together, our results contribute to the understanding of the regulation of the lncRNA expression levels in human cells and open perspectives for the modulation of miRNAs as a strategy to regulate the levels and functions of lncRNAs.