Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-05-17T13:48:31Z No. of bitstreams: 1 luciomoreiracamposlima.pdf: 5522684 bytes, checksum: e616be5eb2a37187aa4afef3c218cc35 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-06-28T14:19:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 luciomoreiracamposlima.pdf: 5522684 bytes, checksum: e616be5eb2a37187aa4afef3c218cc35 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-28T14:19:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 luciomoreiracamposlima.pdf: 5522684 bytes, checksum: e616be5eb2a37187aa4afef3c218cc35 (MD5) Previous issue date: 2014-02-27 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O cágado-pescoço-de-cobra, Hydromedusa maximiliani, é uma espécie endêmica da Mata Atlântica e ameaçada de extinção na categoria Vulnerável pela IUCN, cujas populações estão associadas principalmente com riachos de interior de mata, mas a distribuição geográfica relacionada com esses ambientes hidrologicamente dinâmicos ainda é pouco entendida. Modelagem de Distribuição de Espécies tem sido uma ferramenta amplamente usada nos últimos anos. O algoritmo da Máxima Entropia, Maxent, permite prever a distribuição geográfica potencial de espécies a partir de dados de presença. Este estudo teve por objetivos construir modelos ecológicos para prever a distribuição potencial de H. maximiliani que poderão fornecer subsídios para elaboração de novas estratégias de conservação e, dessa forma contribuir com o avanço no conhecimento sobre o padrão de sua distribuição em regiões com domínio da Mata Atlântica. Os Dados de ocorrência foram obtidos, entre setembro de 2012 e setembro de 2013, através de visitas às coleções zoológicas, levantamentos bibliográficos e coleta de coordenadas geográficas no campo. Para a construção do modelo foi usado o algoritmo Maxent, auxiliado pelo ArcGis versão 10 e pelo modelo digital de elevação do “Shuttle Radar Topographic Mission”. As variáveis ambientais foram obtidas pelo Worldclim version 1.1 Global Cimate Surface 10. O modelo foi avalizado pelo valor de AUC (Area Under the ROC Curve) e pelo teste estatístico Jackknife. Foram compilados 42 pontos para a distribuição da H. maximiliani. A distribuição potencial se estendeu desde o sul da Bahia até o estado de São Paulo. O modelo gerado mostrou uma alta capacidade preditiva, com valor AUC superior a 0,97, e apresentou uma transferabilidade satisfatória (i.e. capacidade para prever distribuições em regiões não amostradas). O alto valor AUC evidencia um bom modelo de distribuição geográfica potencial de espécies. No entanto, em modelos de larga escala, esse valor pode-se apresentar proporcional ao tamanho da escala, o que levaria a uma interpretação equivocada do modelo. Contudo, as áreas previstas para a distribuição da H. maximiliani no presente estudo mostraram-se realistas e condizentes com a distribuição real da espécie. / The Maximilian’s snake-necked-turtle, Hydromedusa maximiliani, is specie endemic to the Atlantic Forest and endangered in category Vulnerable by IUCN, whose populations are mainly associated with streams inside the forest, but the geographical distribution related to these environments hydrologically dynamic is poorly understood. Species Distribution Modeling has been a tool widely used in recent years. The Maximum Entropy algorithm, Maxent predicts the potential geographic distribution of species from presence data. This study aimed to build ecological models to predict the potential distribution of H. maximiliani that may provide support for development of new strategies for the conservation and thus contribute to the advancement in knowledge about the pattern of their distribution in regions with the Atlantic Forest domain. The occurrence data were obtained between September 2012 and September 2013, through visits to the zoological collections, bibliographic and collection of geographic coordinates in the field. To construct the model we used the Maxent algorithm, aided by ArcGIS version 10 and the digital elevation model of the "Shuttle Radar Topographic Mission". The environmental variables were obtained by Worldclim version 1.1 Cimate Global Surface 10. The model was endorsed by the AUC (Area Under the ROC Curve) and the statistical test Jackknife. 42 points were compiled for the distribution of H. maximiliani. The potential distribution extended from southern Bahia to São Paulo. The generated model showed high predictive ability, with higher AUC value to 0.97, and showed a satisfactory transferability (i.e. ability to predict distributions in regions not sampled ). The high AUC value shows a good distribution model geographic potential of species. However, in models of large scale, this value can be presented proportional to the size of the scale, which would lead to a misinterpretation of the model. However, the areas provided for the distribution of H. maximiliani in this study are realistic and consistent with the distribution realityof the species.

O Reconhecimento de Entidades Mencionadas (REM) é uma subtarefa da extração de informações e tem como objetivo localizar e classificar elementos do texto em categorias pré-definidas tais como nome de pessoas, organizações, lugares, datas e outras classes de interesse. Esse conhecimento obtido possibilita a execução de outras tarefas mais avançadas. O REM pode ser considerado um dos primeiros passos para a análise semântica de textos, além de ser uma subtarefa crucial para sistemas de gerenciamento de documentos, mineração de textos, extração da informação, entre outros. Neste trabalho, estudamos alguns métodos de Aprendizado de Máquina aplicados na tarefa de REM que estão relacionados ao atual estado da arte, dentre eles, dois métodos aplicados na tarefa de REM para a língua portuguesa. Apresentamos três diferentes formas de avaliação destes tipos de sistemas presentes na literatura da área. Além disso, desenvolvemos um sistema de REM para língua portuguesa utilizando Aprendizado de Máquina, mais especificamente, o arcabouço de máxima entropia. Os resultados obtidos com o nosso sistema alcançaram resultados equiparáveis aos melhores sistemas de REM para a língua portuguesa desenvolvidos utilizando outras abordagens de aprendizado de máquina. / Named Entity Recognition (NER), a task related to information extraction, aims to classify textual elements according to predefined categories such as names, places, dates etc. This enables the execution of more advanced tasks. NER is a first step towards semantic textual analysis and is also a crucial task for systems of information extraction and other types of systems. In this thesis, I analyze some Machine Learning methods applied to NER tasks, including two methods applied to Portuguese language. I present three ways of evaluating these types of systems found in the literature. I also develop an NER system for the Portuguese language utilizing Machine Learning that entails working with a maximum entropy framework. The results are comparable to the best NER systems for the Portuguese language developed with other Machine Learning alternatives.

B. diazoefficiens CPAC 7 e B. japonicum CPAC 15 são estirpes brasileiras de Bradyrhizobium que apresentam grande relevância para o cultivo da soja, pois são capazes de fornecer nitrogênio para a produção desta leguminosa através do processo de fixação biológica de nitrogênio (FBN), uma técnica sustentável e de baixo custo. Por esse motivo, tais bactérias são de grande interesse, e seu estudo contribui na compreensão do processo complexo e orquestrado por um conjunto de genes específicos que culmina no estabelecimento da simbiose. A estirpe CPAC 7 possui maior eficiência em fixar N2 , e a CPAC 15 destaca-se pela sua competitividade. Recentemente, o genoma de cada uma foi sequenciado na tentativa de conhecer seu conteúdo gênico e identificar os fatores genéticos responsáveis pelas diferenças no desempenho simbiótico. Apesar de ter sido encontrado alguns rearranjos, os genoma mostraram-se sintênicos na sua maioria. Entretanto, o fato de haver muitas transposases ao redor dos genes, principalmente na ilha simbiótica, e devido a presença de muitos genes hipotéticos, representando uma limitação no conhecimento, nos motivou a realizar o presente estudo, onde exploramos estes dois genomas. Portanto, os objetivos deste estudo foram de definir a população de elementos de transposição (TEs) que compõe estes genomas, avaliar se os elementos completos podem estar impactando os genes de alguma forma; explorar as proteínas hipotéticas, tentando identificar novas funções que possam estar associadas com a interação soja-Bradyrhizobium e apontá-las para estudos experimentais futuros; e ainda explorar os genes exclusivos das regiões atípicas dos genomas, sendo que para isso, nós também desenvolvemos uma nova metodologia, baseada na máxima entropia (ME), que pode ser utilizada em novos estudos genômicos a partir da simples sequência nucleotídica. Todas as análises deste estudo foram realizadas in silico. Estudando os TEs, identificamos 33 novas sequências de inserção, sendo que algumas destacaram-se por terem potencial impacto nos genes associados com a simbiose destas bactérias, como nopAN, nopAG, rhcU, modC e hypB. Explorar as proteínas hipotéticas nos permitiu reduzir a porcentagem de hipotéticas dos genomas. Adicionamos novas informações à 1.204 proteínas, das quais muitas apresentaram similaridade com proteínas comprovadamente associadas com a interação planta-bactéria, em condições de simbiose e/ou patogenicidade, como proteínas envolvidas na motilidade e adesão celular, fatores de virulência, proteínas secretoras e efetoras, entre outras. Além disso, a metodologia ME, desenvolvida neste estudo com o intuito de direcionar análises genômicas para regiões atípicas, quando comparada com outras ferramentas existentes, mostrou-se superior em termos de eficiência e tempo de execução computacional. Nas regiões genômicas apontadas pela ME nos dois genomas de interesse, identificamos 269 genes exclusivos de CPAC 7 e 368 de CPAC 15, sendo que destacamos aqueles com potencial relação com as diferenças simbióticas das estirpes, como o gene fixW, noeE, rtxA e nex18. Assim, os resultados obtidos neste trabalho vêm expandir nosso conhecimento sobre os genomas destas estirpes. Destacando ainda, importantes diferenças que podem estar associadas com a habilidade simbiótica de cada bactéria. / B. diazoefficiens CPAC 7 and B. japonicum CPAC 15 are Brazilian Bradyrhizobium strains of great importance for soybean cultivation, since when in a symbiotic state they provide nitrogen for the crop through the biological nitrogen fixation process (BNF), a sustainable technique and low cost. For this reason, such bacteria represent great interest and have been widely studied, once the symbiotic establishment is a complex process and orchestrated by a specific set of genes. The CPAC 7 strain has a higher efficiency to fix N2 , while CPAC 15 stands out for its competitiveness. Recently, their genomes were sequenced in an attempt to gain knowledge about their gene content and to identify the genetic factors responsible for differences in their symbiotic performance. Despite having identified some rearrangements, the majority of genomes showed syntenic. However, the fact that there are many transposases around the genes, especially in symbiotic island, and due to the presence of many hypothetical genes, representing a limitation on knowledge, motivated us to conduct this study, which explored these two important genomes. Therefore, the objectives of this study were to define the population of transposable elements (TEs) present in these genomes and to verify whether such TEs could be impacting the genes somehow; to study the hypothetical proteins, trying to identify new features that may be associated with the soybean-Bradyrhizobium interaction and point them for future experimental studies; and to explore the exclusive genes from atypical regions of both genomes, and for that, we have also developed a new methodology, based on maximum entropy (ME), which can be used in new genomic studies. All analyzes in this study were performed in silico. Studying the TEs, we identified 33 new insertion sequences, and some stood out for having potential impact on genes associated with the symbiosis of these bacteria, such as nopAN, nopAG, rhcU, modC and hypB. As a consequence of improving the annotation of hypothetical proteins we were able to reduce the hypothetical percentage. Among these, we add new information to 1,204 proteins, many of which had similarity to proteins with involvement in the plant-bacteria interaction, in symbiosis and/or pathogenicity conditions, such as proteins involved in cell motility and adhesion, virulence factors, secretion proteins, effectors, among others. Moreover, the ME methodology developed in this study to direct genomic analysis to atypical regions, compared with other existing tools, it was superior in efficiency and execution time. In the genomic regions identified by the ME in both Bradyrhizobium genomes, we identified 269 exclusive genes of CPAC 7 and 368 of CPAC 15, we highlighted those with potential involvement with symbiotic differences of strains, as fixW, noeE, rtxA and nex18. Thus, the results obtained in this study come to expand our knowledge about the genomes of these important bacteria. Finally, differences were identified as potential targets to be associated with the symbiotic ability of each strain to be futher studied.

Submitted by Roberta Lorenzon (roberta.lorenzon@fgv.br) on 2011-05-23T12:40:03Z No. of bitstreams: 1 63080100001.pdf: 1298963 bytes, checksum: 2aa3f5c6602ec74daf85a303ab1d1fc8 (MD5) / Approved for entry into archive by Suzinei Teles Garcia Garcia(suzinei.garcia@fgv.br) on 2011-05-23T12:50:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 63080100001.pdf: 1298963 bytes, checksum: 2aa3f5c6602ec74daf85a303ab1d1fc8 (MD5) / Approved for entry into archive by Suzinei Teles Garcia Garcia(suzinei.garcia@fgv.br) on 2011-05-23T12:51:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 63080100001.pdf: 1298963 bytes, checksum: 2aa3f5c6602ec74daf85a303ab1d1fc8 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-05-23T12:54:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 63080100001.pdf: 1298963 bytes, checksum: 2aa3f5c6602ec74daf85a303ab1d1fc8 (MD5) Previous issue date: 2010-06-30 / O tamanho ótimo de uma empresa exerce papel importante na determinação da estrutura de mercado, nas decisões de planejamento de empresas, e em políticas de regulação e antitruste. Assim, um dos principais objetivos deste trabalho foi estimar o tamanho ótimo (ou EME) das empresas para 106 setores da indústria manufatureira brasileira, num contexto de informação limitada. Outro objetivo foi analisar a mudança do tamanho ótimo das empresas devido ao processo de abertura comercial brasileiro. Para isso foram empregados dois procedimentos em sequência: Máxima Entropia (GOLAN, JUDGE & PERLOFF, 1996) e Survivor Technique (STIGLER, 1958). Primeiramente aplicamos a Máxima Entropia, para estimar as distribuições de market shares em cada setor utilizando somente medidas de concentração. Os dados se referem aos anos de 1978, 1995 e 1997. O próximo procedimento consistiu na aplicação da survivor technique a estas distribuições para encontrarmos o tamanho ótimo da empresa nos períodos pré e pós abertura comercial. Os resultados indicam que o processo de abertura comercial contribuiu para uma elevação do tamanho ótimo das empresas em mais de 60% dos setores. Este aumento ocorreu principalmente em setores capital intensivo e que apresentavam elevadas taxas de participação de empresas estrangeiras. Esses resultados corroboram os argumentos da literatura de organização industrial e comércio internacional que afirmam que o elevado protecionismo estimulou a proliferação de empresas pequenas e ineficientes que operam com escalas reduzidas e pouco competitivas. / The optimal firm size plays an important role in determining market structure, planning business decisions, and for antitrust and regulation. Thus, one goal of this study was to estimate the optimal firm size (or EME) for 106 sectors of Brazilian manufacturing industry in a context of limited information. Another goal was to analyze the change of the optimal firm size due to trade liberalization in Brazil. For this purpose two procedures were used in sequence: Maximum Entropy (GOLAN, JUDGE & PERLOFF, 1996) and Survivor Technique (STIGLER, 1958). First we applied the Maximum Entropy to estimate the distribution of market shares in each sector using only measures of concentration. Data refer to the years 1978, 1995 and 1997. The next procedure was the application of the survivor technique to these distributions to find the optimal firm size during the periods before and after trade liberalization. The results indicate that the trade liberalization process has contributed to an increase in the optimal firm size in over 60% of the sectors. This increase occurred mainly in capital intensive sectors that had high foreign firms’ ownership rates. These results support the arguments of industrial organization and international trade literature which claim that the high protectionism stimulated the proliferation of small and inefficient firms producing on small and not competitive scales.

Submitted by Marta Toyoda (1144061@mackenzie.br) on 2018-02-16T23:06:29Z No. of bitstreams: 2 Roberto Vitoriano Perianhes.pdf: 5483045 bytes, checksum: 54cb8ad49fe9a8dd9da3aaabb8076b2f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Paola Damato (repositorio@mackenzie.br) on 2018-03-08T11:19:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Roberto Vitoriano Perianhes.pdf: 5483045 bytes, checksum: 54cb8ad49fe9a8dd9da3aaabb8076b2f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-08T11:19:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Roberto Vitoriano Perianhes.pdf: 5483045 bytes, checksum: 54cb8ad49fe9a8dd9da3aaabb8076b2f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-08-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The images obtained by interferometers such as VLBA (Very Long Baseline Array) and VLBI (Very Long Baseline Interferometry), remain the direct evidence of relativistic jets and outbursts associated with supermassive black holes in active galactic nuclei (AGN). The study of these images are critical tools to the use of information from these observations, since they are one of the main ingredients for synthesis codes7 of extragalactic objects. In this thesis is used both synthetic and observed images. The VLBA images show 2-dimensional observations generated from complex 3-dimensional astrophysical processes. In this sense, one of the main difficulties of the models is the definition of parameters of functions and equations to reproduce macroscopic and dynamic physical formation events of these objects, so that images could be study reliably and on a large scale. One of the goals of this thesis is to elaborate a generic8 form of observations, assuming that the formation of these objects had origin directly by similar astrophysical processes, given the information of certain parameters of the formation events. The definition of parameters that reproduce the observations are key to the generalization formation of sources and extragalactic jets. Most observation articles have focus on few or even unique objects. The purpose of this project is to implement an innovative method, more robust and efficient, for modeling and rendering projects of various objects, such as the MOJAVE Project, which monitors several quasars simultaneously offering a diverse library for creating models (Quasars9 and Blazars10: OVV11 and BL Lacertae12). In this thesis was implemented a dynamic way to study these objects. Presents in this thesis the adaptation of the Cross-Entropy algorithm for the calibration of the parameters of astrophysical events that summarize the actual events of the VLBA observations. The development of the code of the adaptation structure includes the possibility of extension to any image, assuming that these images are dispose in intensities (Jy/beam) distributed in Right Ascension (AR) and Declination (DEC) maps. The code is validating by searching for self-convergence to synthetic models with the same structure, i.e, realistics simulations of components ejection, in milliarcsecond, similar to the observations of the MOJAVE project in 15.3 GHz. With the use of the parameters major semi-axis, angle of position, eccentricity and intensity applied individually to each observed component, it was possible to calculate the structure of the sources, the velocities of the jets, as well as the conversion in flux density to obtain light curves. Through the light curve, the brightness temperature, the Doppler factor, the Lorentz factor and the observation angle of the extragalactic objects can be estimated with precision. The objects OJ 287, 4C +15.05, 3C 279 and 4C +29.45 are studied in this thesis due the fact that they have different and complex morphologies for a more complete study. / As imagens obtidas por interferômetros, tais como VLBA (Very Long Baseline Array) e VLBI (Very Long Baseline Interferometry), são evidências diretas de jatos relativísticos associados a buracos negros supermassivos em núcleos ativos de galáxias (AGN). O estudo dessas imagens é fundamental para o aproveitamento das informações dessas observações, já que é um dos principais ingredientes para os códigos de síntese1 de objetos extragalácticos. Utiliza-se nesta tese, tanto imagens sintéticas quanto observadas. As imagens de VLBA mostram observações em 2 dimensões de processos astrofísicos complexos ocorrendo em 3 dimensões. Nesse sentido, uma das principais dificuldades dos modelos é a definição dos parâmetros das funções e equações que reproduzam de forma macroscópica e dinâmica os eventos físicos de formação desses objetos, para que as imagens sejam estudadas de forma confiável e em grande escala. Um dos objetivos desta tese é elaborar uma forma genérica2 de observações, supondo que a formação desses objetos é originada por processos astrofísicos similares, com a informação de determinados parâmetros da formação dos eventos. A definição de parâmetros que reproduzam as observações são elementos chave para a generalização da formação de componentes em jatos extragalácticos. Grande parte dos artigos de observação são voltados para poucos ou únicos objetos. Foi realizada nesta tese a implementação um método inovador, robusto e eficiente para a modelagem e reprodução de vários objetos, como por exemplo nas fontes do Projeto MOJAVE, que monitora diversos quasares simultaneamente, oferecendo uma biblioteca diversificada para a criação de modelos (Quasares3 e Blazares4: OVV5 e BL Lacertae6). Com essas fontes implementou-se uma forma dinâmica para o estudo desses objetos. Apresenta-se, nesta tese, a adaptação do algoritmo de Cross-Entropy para a calibração dos parâmetros dos eventos astrofísicos que sintetizem os eventos reais das observações em VLBA. O desenvolvimento da estrutura de adaptação do código incluiu a possibilidade de extensão para qualquer imagem, supondo que as mesmas estão dispostas em intensidades (Jy/beam) distribuídas em mapas de Ascensão Reta (AR) e Declinação (DEC). A validação do código foi feita buscando a auto convergência para modelos sintéticos com as mesmas estruturas, ou seja, de simulações realísticas de ejeção de componentes, em milissegundos de arco, similares às observações do projeto MOJAVE, em 15,3 GHz. Com a utilização dos parâmetros semieixo maior, ângulo de posição, excentricidade e intensidade aplicados individualmente a cada componente observada, é possível calcular a estrutura das fontes, as velocidades dos jatos, bem como a conversão em densidade de fluxo para obtenção de curvas de luz. Através da curva de luz estimou-se com precisão a temperatura de brilhância, o fator Doppler, o fator de Lorentz e o ângulo de observação dos objetos extragalácticos. Os objetos OJ 287, 4C +15.05, 3C 279 e 4C +29.45 são estudados nesta tese pois têm morfologias diferentes e complexas para um estudo mais completo.