La construction des réseaux moléculaires à partir de résultats expérimentaux, ainsi que leur analyse en vue d'en exhiber des propriétés émergentes, sont deux tâches fondamentales de la biologie des systèmes. Avec l'augmentation du nombre de données expérimentales, elles ne peuvent plus être réalisées manuellement. Partant de ce constat, un certain nombre de méthodes bioinformatiques visant à les automatiser ont été développées.En parallèle du développement des méthodes, un certain nombre de standards ont vu le jour. Parmi ceux-ci, la Standard Biology Graphical Notation (SBGN) se compose de trois langages permettant la représentation des réseaux moléculaires.Les deux langages SBGN les plus couramment utilisés sont SBGN-PD pour la représentation des réseaux de réactions, et SBGN-AF pour celle des graphes d'influences. La notation SBGN, en plus de standardiser la représentation des réseaux, donne l'ensemble des concepts de la biologie des systèmes qui sont le plus souvent utilisés pour exprimer les connaissances du domaine.C'est dans ce cadre général que se placent l'ensemble de nos travaux. Nous avons développé un ensemble de méthodes pour la construction des réseaux moléculaires et l'analyse de leur dynamique. L'ensemble des méthodes que nous proposons reposent sur des formalismes qualitatifs, tels que la logique ou les réseaux d'automates. Ces formalismes on non seulement des bases théoriques solides, mais peuvent aussi être utilisés par de nombreux logiciels.L'ensemble de nos méthodes reposent également sur les concepts biologiques fournis par le standard SBGN, et peuvent ainsi être intégrées dans un même cadre théorique.Nous introduisons d'abord deux ensembles de prédicats qui permettent de traduire n'importe quel réseau SBGN-PD ou SBGN-AF sous la forme d'atomes instanciés. Nous montrons ensuite comment ces deux ensembles peuvent être utilisés pour raisonner automatiquement sur des réseaux moléculaires, en proposant une méthode de transformation automatique des réseaux de signalisation SBGN-PD en graphes d'influences SBGN-AF.Nous présentons ensuite une méthode de construction des réseaux de signalisation à partir de résultats expérimentaux, basée sur la logique du premier ordre. Cette méthode formalise et automatise le raisonnement réalisé par les biologistes à l'aide de règles de raisonnement explicites. Contrairement aux méthodes développées jusqu'à maintenant, celle que nous présentons prend en compte un grand nombre de types d'expériences, tout en permettant la reconstruction de mécanismes moléculaires précis.Puis nous montrons une nouvelle méthode pour le calcul des traces finies et des points attracteurs de réseaux Booléens modélisant des réseaux SBGN-AF et paramétrés à l'aide de principes généraux. Notre méthode repose sur l'utilisation de programmes logiques normaux du premier ordre, qui formalisent ces principes généraux.Enfin, nous proposons deux nouvelles sémantiques qualitatives pour le calcul de la dynamique des réseaux de réactions SBGN-PD, exprimées à l'aide de réseaux d'automates. La première de ces sémantiques étend la sémantique Booléenne des réseaux de réactions en prenant en compte les inhibitions. Quant à la deuxième, elle introduit le concept d'histoire (story) qui offre un nouveau point de vue sur les réseaux de réactions, en permettant de modéliser différents états physiques d'une même entité moléculaire par une seule variable.L'ensemble des méthodes que nous avons développées montrent comment les formalismes qualitatifs, et en particulier la logique, peuvent être utilisés pour raisonner à partir des relations représentées par les réseaux moléculaires, afin de découvrir de nouvelles connaissances en biologie des systèmes. / Two fundamental tasks of Systems Biology are the construction of molecular networks from experimental data, and their analysis with a view to discovering their emergent properties. With the increase of available experimental data, these two tasks can no longer be realized by hand. Based on this observation, numerous bioinformatics methods aiming at the automation of these two task have been developped.In parallel, standards aiming at defining and organizing terms of systems biology, or representing networks and mathematical models, have been developped. Among these standards, the Standard Biology Graphical Notation is composed of three languages that allow the representation of molecular networks. The two main SBGN languages are SBGN-PD for the representation of reaction networks, and SBGN-AF for the representation of influence graphs. The SBGN notation not only standardizes the representation of networks, but also gives the concepts of systems biology that are most often used to express knowledge of the field.Our work takes its root in this general background. We have developped a number of methods to construct molecular networks and analyze their dynamics. All the methods that we propose are based on qualitative formalisms, such as logics or automata networks. These formalisms have solid theoretical bases and can be used by numerous pieces of software. All our methods also rely on the biological concepts given by the SBGN standard, and can therefore be blended in the same theoretical framework.First, we introduce two sets of predicates that allow to translate any SBGN-PD or SBGN-AF network into a set of ground atoms. Then, we show how these sets of predicates can be used to reason on networks, by proposing a transformation method of SBGN-PD signaling networks into SBGN-AF influence graphs.Second, we present a first-order logic based method to construct signaling networks from experimental results. This method formalizes and automatizes biologists' reasoning using explicit reasoning rules.On the contrary to existing methods, it allows to take into account numerous types of experimental results while reconstructing precise molecular mecanisms.Third, we show a new method to compute the finite traces and attractor points of Boolean networks that model SBGN-AF networks and that are parameterized using general principles.Finally, we introduce two new qualitative semantics for the computation of the dynamics of SBGN-PD reaction networks. These semantics are expressed using automata networks. The first semantics extends the classical Boolean semantics by taking into account inhibitions. As to the second one, it relies on the concept of story which introduces a new point of view on reaction networks. Indeed, it allows to model different physical states of the same molecular entity using a unique variable.All the methods that we have developped show how qualitative formalisms can be used to reason on the relations represented by molecular networks in order to discorver new knowledge in systems biology.

Le fond diffus infrarouge est la contribution de toutes les galaxies infrarouges intégrée sur toute l’histoire de l’Univers. Il émet entre 8 et 1000 µm et à un pic vers 200 µm. On résout une large fraction de ce fond dans l’infrarouge proche mais seule une petite fraction l’est dans l’infrarouge moyen et lointain à cause de la confusion. Les sources les plus faibles sont perdues dans le bruit de confusion. Cela forme des fluctuations de brillance, les anisotropies du fond diffus infrarouge. L’étude de ces fluctuations permet l’étude des galaxies sous le seuil de détection, donc des galaxies les plus faibles. Grâce au spectre de puissance on peut mesurer la puissance conte- nue dans ces fluctuations en fonction de l’échelle spatiale. Cette mesure contient, entre autre, le regroupement des galaxies infrarouges. Dans un premier temps, j’ai isolé du spectre de puissance d’une carte infrarouge, le spectre de puissance dû uniquement aux galaxies infrarouges. En effet, aux grandes échelles spatiales, il est contaminé par l’émission des cirrus Galactiques. Ces cirrus sont des nuages d’hydrogène neutre, tracés par la raie à 21 cm. J’ai donc utilisé des données à 21 cm pour estimer l’émission infrarouge de ces cirrus pour ensuite la soustraire aux cartes infrarouge à 100 et 160 µm. Cela m’a aussi permis de faire une mesure précise du niveau absolu du fond diffus infrarouge à ces longueurs d’onde. Afin d’analyser ces spectres de puissances, j’ai mis en place un modèle de regroupement des galaxies infrarouges reliant un modèle d’évolution des galaxies infrarouge reproduisant les données existantes dont celles d’Herschel et un modèle de halo. C’est un modèle complétement paramétré ce qui permet l’étude des dégénérescences de ces paramètres. J’en ai aussi tiré des mesures physiques et leur évolution avec la longueur d’onde. De plus, j’ai ajusté les données existantes de 100 à 1380 µm. Grâce au modèle on peut déterminer les contributions en redshift à chaque longueur d’onde. Les courtes longueurs d’onde tracent les bas redshifts alors que les grandes longueurs d’onde tracent les hauts redshifts. Cependant la contribution des bas redshifts est loin d’être négligeable à ces longueurs d’onde. Afin de déterminer l’évolution du regroupement avec le redshift des cartes des anisotropies du fond diffus infrarouge sont nécessaires. Je vais expliciter une méthode de séparation de composantes dédiée à cela. / The Cosmic Infrared Background is the contribution of all infrared galaxies integrated on the history of the Universe. It emits between 8 and 1000 um with a peak around 200 um. A large fraction of this background is resolved into sources in the near infrared but only a tiny fraction is in the mid and far infrared because of confusion. The least luminous sources are lost in the confusion noise which forms brightness fluctuations, the anisotropies of the cosmic infrared background. The study of these fluctuations enables the study of the galaxies below the detection threshold, thus the less luminous galaxies. Thanks to the power spectrum we can measure the power contained in these fluctuations as a function of the scale. This measure contains, among others, the clustering of the infrared galaxies. First, I have isolated from the power spectrum of an infrared map, the power spectrum only due to infrared galaxies. Indeed, at large spatial scales, it is contaminated by the emission of Galactic cirrus. These cirrus are clouds of neutral hydrogen traced by the 21 cm line. Therefore, I made use of data at 21 cm to estimate the infrared emission of these cirrus that I have then subtracted from infrared maps at 100 and 160 um.This has also enabled me to compute the absolute level of the cosmic infrared background at these wavelengths. In order to analyse these power spectra, I developped a model of clustering of infrared galaxies. To do so I linked a model of evolution of galaxies that reproduces very well existing data including those of Herschel and a halo model. This is a fully parametric model that enables the study of the degeneracies of these parameters. I was also able to study the evolution with the wavelength of several physical measures. Furthermore, I fitted data from 100 um to 1380 um. Thanks to that model, I can determine the redshift distribution at each wavelength. Short wavelength probe small redshifts whereas long wavelength probe high redshifts. However the contribution of small redshift is far from being negligeable at long wavelength. As a long term purpose of determining the evolution of the clustering if the infrared galaxies, maps of the anisotropies of the cosmic infrared background are needed. I will then detail a component separation method dedicated to this problem.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

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La quantité croissante de données traitées par les logiciels rend légitime le besoin de garanties de confidentialité. La propriété de non-interférence assure qu'un programme ne fuite pas de données privées vers une sortie publique. Nous proposons une méthode pour construire, une multisémantique annotée capable de capturer la propriété de non-interférence pour aider à prouver formellement des analyseurs. Nous fournissons un théorème prouvé indiquant que les annotations capturent correctement la non-interférence. Le théorème de correction permet de prouver un analyseur sans s'appuyer sur la définition de non-interférence mais sur les annotations. / Because of the increasing quantity of data processed by software, the need for privacy guarantees is legitimate. The property of non-interference ensures that a program does not leak private data to a public output. We propose a framework to build an annotated multisemantics able to capture the non-interference property to help formally prove analysers. The framework comes with a proved theorem stating that the annotations correctly capture non-interference. The correctness theorem allows to prove an analyser without relying on the definition of non-interference but on the annotations.

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Le sujet de la thèse s’inscrit dans le cadre du développement de modèles pour la simulation du contrôle non-destructif (CND) par ultrasons. L'objectif à long terme est la mise au point, par une méthode de rayons, d’un outil complet de simulation des échos issus de la géométrie (surfaces d’entrée, de fond…) ou des structures internes des pièces inspectées. La thèse vise plus précisément à intégrer le phénomène de diffraction par les dièdres à un modèle existant dérivant de l’acoustique géométrique et qui prend uniquement en compte les réflexions sur les faces.Pour cela, la méthode dite des fonctions spectrales, développée initialement pour le cas d'un dièdre immergé, est développée et validée dans un premier temps dans le cas des ondes acoustiques pour des conditions aux limites de type Dirichlet ou Neumann. La méthode est ensuite étendue à la diffraction des ondes élastiques par des dièdres infinis à faces libres et d'angles quelconques, pour une incidence 2D puis pour une incidence 3D. Cette méthode est semi-analytique puisque les solutions recherchées s'écrivent sous la forme d'une somme d'une fonction singulière, qui est déterminée analytiquement à l'aide d'un algorithme récursif, et d'une fonction régulière, qui est approchée numériquement.Les codes correspondants sont validés par comparaison à une solution exacte dans le cas acoustique et par comparaison à d'autres codes (semi-analytiques et numériques) dans le cas élastique. Des validations expérimentales du modèle élastodynamique sont également proposées. / This thesis falls into the framework of model development for simulation of ultrasonic non-destructive testing (NDT). The long-term goal is to develop, using ray methods, a complete simulation tool of specimen echoes (input, back-wall surfaces...) or echoes of inner structures of inspected parts. The thesis aims more specifically to integrate the phenomenon of diffraction by wedges to an existing model derived from geometrical acoustics, which only accounts for reflections on the wedge faces.To this end, a method called the spectral functions method, which was initially developed for immersed wedges, is developed and validated as a first step in the case of acoustic waves with Dirichlet or Neumann boundary conditions. The method is then extended to elastic wave diffraction by infinite stress-free wedges of arbitrary angles, for 2D and 3D incidences. This method is semi-analytic since the unknown solutions are expressed as the sum of a singular function, determined analytically using a recursive algorithm, and a regular function which is approached numerically.The corresponding codes are validated by comparison to an exact solution in the acoustic case and by comparison to other codes (semi-analytic and numerical) in the elastic case. Experimental validations of the elastodynamic model are also proposed.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

La dysplasie acétabulaire est une pathologie causant de l'instabilité articulaire et une réduction de la superficie de chargement au niveau de la hanche. Celle-ci augmente le risque de développement précoce d'ostéoarthrose, causant de la douleur et menant à la perte de la fonction articulaire. La dysplasie est conventionnellement traitée par ostéotomie péri-acétabulaire, mais les effets précis de cette correction sur la biomécanique intra-articulaire restent à être élucidées. À l'aide de la méthode de simulation par éléments discrets, la distribution de pression articulaire a été évaluée de manière pré et post opératoire chez 9 patients dysplasiques. Différentes mesures orthopédiques évaluant le degré de correction acétabulaire ont été acquises et plusieurs scores numériques évaluant la surcharge articulaire ont été calculés. Des corrélations entre ces mesures et ces scores ont ensuite été effectués. Il a été noté que les mesures d'angle centre-externe latéral, d'index acétabulaire et d'index d'extrusion de la tête fémorale sont corrélés avec l'augmentation de l'aire de contact moyen durant la marche (p < 0.05, R² de 0.22 à 0.50). L'influence significative de la méthode de reconstruction cartilagineuse (distributions d'épaisseurs moyennes saine vs. dysplasique) et du profil de marche utilisé (phase d'appui moyen sain vs. dysplasique) a été remarqué auprès de la majorité des métriques évaluées. Ces résultats, ainsi que les facteurs qui les influencent, peuvent servir à assister la planification chirurgicale, effectuer des validations in-vitro d'optimisation d'ostéotomie péri-acétabulaire et, par la suite, guider la conception de nouveaux traitements. / Acetabular dysplasia causes articular instability and the reduction of the loading area in the hip. This causes the early onset of osteoarthritis which leads to pain and the eventual loss of articular function. Acetabular dysplasia is commonly treated by periacetabular osteotomy, but the precise effects of this correction on intra-articular biomechanics is not yet well known. Using discrete element analysis, pressure distribution has been calculated in the dysplastic hips of 9 patients before and after periacetabular osteotomy. A variety of radiographic measurements and numerical metrics have been evaluated in order to quantify the degree of acetabular correction and excessive loading. Correlations between these measures and metrics have been established in order to reveal any causal effects. In particular, the corrections of the lateral center-edge angle, acetabular index and femoral head extrusion index are correlated to the rise of average contact area during gait (p-value < 0.05, R² = 0.22 to 0.50). Additionally, the influence of cartilage layer reconstruction method (population-based healthy vs. dysplastic thicknesses) and loading parameters (healthy vs. dysplastic gait profiles) was significant for a majority of evaluated metrics. These results and influencing factors can help to assist with surgical planning, provide a basis for in-vitro validation of surgical optimization and act as a standard for designing new orthopedic treatments for acetabular dysplasia.

This mémoire investigates how teachers use games as a pedagogical tool in teaching French as a foreign language (FLE). Games can be linked to the Swedish National Agency for Education's goals for language teaching and form a basis for teachers to reach out to students. The study is rooted in a qualitative research method and consists of four interviews with teachers of French. The results show how the use of games can help improve language learning and engage students in the classroom. / Ce mémoire examine comment les enseignants utilisent les jeux comme outil pédagogique dans l'enseignement du français langue étrangère (FLE). Les jeux peuvent être liés aux objectifs de l'Agence nationale suédoise pour l'éducation en matière d'enseignement des langues et constituent une base permettant aux enseignants d'atteindre les étudiants. L'étude s'appuie sur une méthode de recherche qualitative et consiste en quatre entretiens avec des professeurs de français. Les résultats montrent comment l'utilisation de jeux peut contribuer à améliorer l'apprentissage des langues et à impliquer les élèves dans la classe.