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Le nématode doré, Globodera rostochiensis, est un nématode phytoparasite qui peut infecter des plantes agricoles telles la pomme de terre, la tomate et l’aubergine. En raison des pertes de rendement considérables associées à cet organisme, il est justifiable de quarantaine dans plusieurs pays, dont le Canada. Les kystes du nématode doré protègent les œufs qu’ils contiennent, leur permettant de survivre (en état de dormance) jusqu’à 20 ans dans le sol. L’éclosion des œufs n’aura lieu qu’en présence d’exsudats racinaires d’une plante hôte compatible à proximité. Malheureusement, très peu de connaissances sont disponibles sur les mécanismes moléculaires liés à cette étape-clé du cycle vital du nématode doré. Dans cet ouvrage, nous avons utilisé la technique RNA-seq pour séquencer tous les ARNm d’un échantillon de kystes du nématode doré afin d’assembler un transcriptome de novo (sans référence) et d’identifier des gènes jouant un rôle dans les mécanismes de survie et d’éclosion. Cette méthode nous a permis de constater que les processus d’éclosion et de parasitisme sont étroitement reliés. Plusieurs effecteurs impliqués dans le mouvement vers la plante hôte et la pénétration de la racine sont induits dès que le kyste est hydraté (avant même le déclenchement de l’éclosion). Avec l’aide du génome de référence du nématode doré, nous avons pu constater que la majorité des transcrits du transcriptome ne provenaient pas du nématode doré. En effet, les kystes échantillonnés au champ peuvent contenir des contaminants (bactéries, champignons, etc.) sur leur paroi et même à l’intérieur du kyste. Ces contaminants seront donc séquencés et assemblés avec le transcriptome de novo. Ces transcrits augmentent la taille du transcriptome et induisent des erreurs lors des analyses post-assemblages. Les méthodes de décontamination actuelles utilisent des alignements sur des bases de données d’organismes connus pour identifier ces séquences provenant de contaminants. Ces méthodes sont efficaces lorsque le ou les contaminants sont connus (possède un génome de référence) comme la contamination humaine. Par contre, lorsque le ou les contaminants sont inconnus, ces méthodes deviennent insuffisantes pour produire un transcriptome décontaminé de qualité. Nous avons donc conçu une méthode qui utilise un algorithme de regroupement hiérarchique des séquences. Cette méthode produit, de façon récursive, des sous-groupes de séquences homogènes en fonction des patrons fréquents présents dans les séquences. Une fois les groupes créés, ils sont étiquetés comme contaminants ou non en fonction des résultats d’alignements du sous-groupe. Les séquences ambiguës ayant aucun ou plusieurs alignements différents sont donc facilement classées en fonction de l’étiquette de leur groupe. Notre méthode a été efficace pour décontaminer le transcriptome du nématode doré ainsi que d’autres cas de contamination. Cette méthode fonctionne pour décontaminer un transcriptome, mais nous avons aussi démontré qu’elle a le potentiel de décontaminer de courtes séquences brutes. Décontaminer directement les séquences brutes serait la méthode de décontamination optimale, car elle minimiserait les erreurs d’assemblage.

Tissue-resident stem cells are present in many adult organs, where they are important for organ homeostasis and repair in response to injury. However, the signals that activate these cells and the mechanisms governing how these cells self-renew or differentiate are highly context dependent and incompletely understood, particularly in non-hematopoietic tissues. In the skin, melanocyte stem cells (McSCs) are responsible for replenishing mature pigmented melanocytes. In mammals, these cells reside in the hair follicle bulge and bulb niches where they are activated during homeostatic hair follicle turnover and following melanocyte destruction, as occurs in vitiligo and other skin hypopigmentation disorders. Recently, we identified adult McSCs in the zebrafish. To elucidate mechanisms governing McSC self-renewal and differentiation fates we analyzed individual transcriptomes from thousands of melanocyte lineage cells during the regeneration process. We identified transcriptional signatures for McSCs, deciphered transcriptional changes and intermediate cell states during regeneration, and analyzed cell-cell signaling changes to discover mechanisms governing melanocyte regeneration. We identified KIT signaling via the RAS/MAPK pathway as a regulator of McSC direct differentiation. Analysis of the scRNAseq dataset also revealed a population of mitfa/aox5 co-expressing cells that divides following melanocyte destruction, likely corresponding to cells that undergo self-renewal. Our findings show how different subpopulations of mitfa-positive cells underlie regeneration and differentiation of at least one subpopulation requires reactivation of developmental KIT signaling to properly reconstitute the melanocyte stripe.

Cette Thèse de sciences de gestion, se propose d’élucider les difficultés que rencontrent les acteurs du système bancaire comorien et apporter des solutions afin de lui garantir sa solidité, stabilité et enfin sa pérennité. Elle est divisée en deux parties. La première porte plus particulièrement sur le cadre national et internationale du système bancaire comorien. La deuxième met en évidence les banques comoriennes confrontées à la transparence financière et aux exigences de supervision prudentielle. Le premier titre de la première partie, tâche à mettre en lumière l’organisation actuelle du système bancaire comorien inspiré du modèle français (chapitre 1) et l’apport du développement récent de la finance islamique (chapitre 2) afin de combler le retard de la banque conventionnelle. La réorganisation de la Banque Centrale des Comores et la mise en place de la banque islamique locale, peuvent contribuer au changement radical du système bancaire comorien. Le deuxième titre, permet au régulateur et prêteur en dernier ressort (Banque Centrale des Comores) de prendre le modèle des normes prudentielles internationales proposées par le Comité de Bâle (Bâle II et III), pour réguler le système bancaire comorien afin de lui garantir sa solidité, stabilité et enfin sa pérennité (chapitre 1). A travers ces recommandations du comité de Bâle, nous avons apporté des solutions en élaborant la Matrice Msahazi Credit Scoring Corporation, destinée aux analyses des données des banques comoriennes contre un risque endogène (Chapitre2). Nous avons aussi élaboré d’autres matrices que les banques comoriennes se serviront pour la notation interne, des risques de contreparties (entreprises et particuliers) afin de lutter contre le risque exogène. La deuxième partie de cette Thèse suggère deux autres solutions : la première est l’exigence de transparence financière des banques comoriennes (Pilier 3 : Bâle2 et 3) afin de lutter contre les malversations financières orchestrées par certains agents (titre I). Le premier chapitre introduit l’objectif de la communication financière de manière générale et la manière dont le comité de Bâle (Bâle 2 et 3) recommande les banques de communiquer leurs informations financières (méthodes d’évaluations des risques et fonds propres). Le deuxième chapitre propose aux banques comoriennes et aux autorités de contrôles, les techniques de notation financière pratiquées au niveau internationale pour distinguer le niveau de solvabilité de la contrepartie. La deuxième solution, nous avons donné à la Banque Centrale des Comores, des techniques pour renforcer la supervision prudentielle (Pilier 2, Bâle 2 et 3), (titre II). Le premier chapitre exige d’une part la direction et le conseil d’administration de la banque de définir les techniques de contrôles, d’indentifications, d’évaluations, gestions des risques et les objectifs de fonds propre à atteindre. D’autre part, l’autorité de contrôle (Banque centrale des Comores) doit passer au crible tous ces outils de contrôle. Au deuxième et dernier chapitre de la recherche, nous avons proposé à la Banque Centrale des Comores des nouvelles méthodes de supervision prudentielle afin de garantir la solidité, stabilité et pérennité du système bancaire. Nous avons l’espoir que l’ensemble de ces suggestions contribueront à préserver la solidité, stabilité et pérennité du système bancaire comorien afin de financer le développement de l’économie comorienne et sortir le pays de la pauvreté. / This thesis on busness management, aims to elucidate the difficulties faced by the stakeholders of the Comorian banking system and to provide solutions to ensure its soundness, stability and sustainability. The thesis is divided into two parts. The first focuses specifically on the national and international context of the Comorian banking system. The second, highlights how the Comorian banks should adapt to the financial transparency and prudential supervision requirements. The first title of the first part, tries toshed light on the current organization of the Comorian banking system based on the French model (Chapter 1) and the contribution of the recent development of Islamic finance (Chapter 2) to close the gap in conventional banking. The reorganization of the Central Bank of the Comoros and the establishment of the local Islamic bank can contribute to a radical change in the Comorian banking system. The second title allows the regulator and lender of last resort (Central Bank of the Comoros ) to take the model of international prudential standards proposed by the Basel Committee (Basel II and III) to regulate the Comorian banking system in order to guarantee its soundness, stability and finally sustainability (Chapter 1). Through these recommendations of the Basel committee, we have provided solutions by developing Msahazi Credit Scoring Matrix Corporation, intended to analyse data of Comorian banks against endogenous risk (Chapter 2). We have also developed matrices other than Comorian banks used for internal rating of the counterparty risk (companies and individuals) to fight against exogenous risk. The second part of this thesis suggests two alternatives: the first is the requirement of financial transparency for Comorian banks (Pillar 3: Basel Conventions 2 and 3) in order to fight against embezzlement orchestrated by certain agents (Title I). The first chapter introduces the objective of financial reporting in general, and how the Basel Committee (Basel 2 and 3) asks banks to disclose their financial information (methods of risk assessments and equity). The second chapter provides credit rating techniques practiced at international level to the Comorian banks and supervisory authorities in order to distinguish the level of creditworthiness of companies and clients concerned. The second alternative we have given to the Central Bank of the Comoros is the techniques for strengthening prudential supervision (Pillar 2, Basel 2 and 3), (Title II) . The first chapter requires both the management and the bank's board of directors to define control techniques, identifications, assessments, risk managements and core capital goals. On the other hand, the supervisory authority (Comoros Central Bank) has to go through all these control tools. In the second and final chapter of the research, we propose to the Central Bank of the Comoros new prudential supervision methods to ensure the soundness, stability and sustainability of the banking system. We hope that all of these suggestions will help to preserve the soundness, stability and durability of the Comorian banking system in order to finance the development of the Comorian economy and lift the country out of poverty.