Ce travail est consacré à l'étude chimique des peptaïbols sécrétés par des souches de Trichoderma endémiques des zones conchylicoles de Loire-Atlantique. La stratégie adoptée a permis de réaliser :<br /> Un échantillonnage, à partir de la mycothèque du SMAB (Substances Marines à Activité Biologique), de souches de Trichoderma productrices de peptaïbols dans l'estuaire de la Loire. Neuf souches représentatives ont été sélectionnées. En fonction de leurs contenus en peptaïbols, elles ont été réparties en 4 ensembles, puis une « souche représentative » de chaque ensemble a été choisie pour la suite du travail.<br /> Une optimisation des protocoles nécessaires à la production in vitro des peptaïbols. La mise au point d'un mode de fermentation sur milieu gélosé a permis d'augmenter le rendement de cette biosynthèse.<br /> Une optimisation des conditions de purification des peptaïbols. Des protocoles simplifiés de pré-purification, de purification par chromatographie en phase liquide (CLHP) ont permis la préparation d'échantillons analysable par spectrométrie de masse.<br /> Une identification structurale des peptaïbols produits, grâce au séquençage par spectrométrie de masse, l'ionisation étant réalisée par électronébulisation ou electrospay (ESI) et l'analyseur étant constitué par une trappe d'ions permettant une analyse SMn. Cette analyse a pu être conduite sur des mélanges de peptaïbols de structure très proche (phénomène de microhétérogénéité). Une analyse par chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse (GC-MS-EI) a permis de préciser la nature des acides aminés (AA) de même masse (Valine ou Isovaline ; Leucine ou Isoleucine).<br /><br />Pour les quatre souches de Trichoderma étudiées, 30 peptaïbols ont été mis en évidence dont 24 sont de nouvelles molécules. Ils appartiennent à 5 familles de peptaïbols déjà décrites : les trichokonines, les trichosporines, les hypomurocines, les trichorovines et les suzukacillines. Vingt et un sont à longue séquence (18 à 20 AA) dont 16 sont nouveaux. Neuf sont à courte séquence (11 AA) dont 8 présentent des structures assez originales pour nous permettre de proposer une nouvelle famille, celle des trichobrachines.

Cette thèse étudie les propriétés calculatoires des présentations d'opérades, ou systèmes de réécriture de diagrammes de Penrose, et leurs liens avec divers types de systèmes de réécriture classiques. Grâce à des nouveaux critères pour la terminaison et la confluence, on démontre la conjecture sur la convergence de la présentation L(Z2) des Z/2Z-espaces vectoriels, une théorie équationnelle commutative. On montre que les présentations d'opérades sont des généralisations des systèmes de réécriture de mots et des réseaux de Petri et qu'elles fournissent un calcul de gestion explicite des ressources pour les systèmes de réécriture de termes linéaires à gauche. Enfin, on étudie les obstructions à ce même résultat concernant le lambda-calcul. Des annexes présentent les liens entre les opérades et d'autres structures de l'algèbre universelle, ainsi qu'un calcul de substitutions explicites.

La reconnaissance automatique de la parole suscite actuellement un grand intérêt. En particulier, la détection de mots clés qui constitue une branche importante de l'interaction homme-machine vu le besoin de communiquer avec nos machines d'une façon naturelle et directe en utilisant la parole spontanée. Cette technique consiste à détecter dans une phrase prononcée, les mots clés caractérisant l'application et de rejeter les mots hors-vocabulaire ainsi que les hésitations, les faux départs etc.<br />Le travail que nous présentons dans ce manuscrit s'inscrit dans le cadre de la détection de mots clés dans un flux de parole. Tout d'abord, nous proposons de nouveaux modèles ``poubelles'' fondés sur la modélisation des mots hors-vocabulaire. Puis nous introduisons la reconnaissance à base de boucle de phonèmes, dans laquelle nous appliquons différentes fonctions de récompense favorisant la reconnaissance des mots clés.<br />Ensuite nous proposons l'utilisation des mesures de confiance afin de pouvoir prendre la décision de rejeter ou d'accepter un mot clé hypothèse. Les différentes mesures de confiance proposées sont basées sur la probabilité d'observation acoustique locale. En premier lieu, nous utilisons les moyennes arithmétique, géométrique et harmonique comme mesures de confiance pour chaque mot clé. En second lieu, nous proposons de calculer la mesure de confiance en se basant sur la méthode à base de boucle de phonèmes. <br />Enfin nous présentons le problème de détection comme un problème de classification où chaque mot clé peut appartenir à deux classes différentes, à savoir ``correct'' et ``incorrect''. Cette classification est réalisée en utilisant des Support Vector Machines (SVM) qui constituent une nouvelle technique d'apprentissage statistique. Chaque mot clé reconnu est représenté par un vecteur caractéristique qui constitue l'entrée du classifieur SVM. Pour déterminer ce vecteur, nous utilisons la probabilité d'observation acoustique locale et nous introduisons ensuite la durée de chaque état. Afin d'améliorer les performances, nous proposons des approches hybrides combinant les modèles poubelles avec mesure de confiance et mesure de confiance avec SVM.<br />Pour tester les performances de l'ensemble de ces modèles nous utilisons la base de données française SPEECHDAT. L'évaluation de tous les résultats a été réalisée en se basant sur les courbes ROC et les courbes rappel/précision. Les meilleurs résultats ont été obtenus par les méthodes basées sur l'utilisation des SVM. Les méthodes hybrides nous ont permis aussi de réaliser de bonnes performances.

Le développement croissant des données numériques et l'explosion des accès multimédia à l'information, sont confrontés au manque d'outils automatiques efficaces. Dans ce cadre, plusieurs approches relatives à l'indexation et la structuration de la bande sonore de documents audiovisuels sont proposées. Leurs buts sont de détecter les composantes primaires telles que la parole, la musique et les sons clés (jingles, sons caractéristiques, mots clés...). Pour la classification parole/musique, trois paramètres inhabituels sont extraits : la modulation de l'entropie, la durée des segments (issue d'une segmentation automatique) et le nombre de ces segments par seconde. Les informations issues de ces trois paramètres sont ensuite fusionnées avec celle issue de la modulation de l'énergie à quatre hertz. Des expériences sur un corpus radiophonique montrent la robustesse de ces paramètres : notre système possède un taux de classification correcte supérieur à 90%. Le système est ensuite comparé, puis fusionné à un système classique basé sur des Modèles de Mélanges de lois Gaussiennes (MMG) et une analyse cepstrale. Un autre partitionnement consiste à détecter des sons clés. La sélection de candidats potentiels est effectuée en comparant la « signature » de chacun des jingles au flux de données. Ce système est simple par sa mise en œuvre mais rapide et très efficace : sur un corpus audiovisuel d'une dizaine d'heures (environ 200 jingles) aucune fausse alarme n'est présente. Il y a seulement deux omissions dans des conditions extrêmes. Les sons caractéristiques (applaudissements et rires) sont modélisés à l'aide de MMG dans le domaine spectral. Un corpus télévisuel permet de valider cette première étude par des résultats encourageants. La détection de mots clés est effectuée de manière classique : il ne s'agit pas ici d'améliorer les systèmes existants mais de se placer toujours dans un besoin de structuration. Ainsi, ces mots clés renseignent sur le type des émissions (journal, météo, documentaire...). Grâce à l'extraction de ces composantes primaires, les émissions audiovisuelles peuvent être annotées de manière automatique. Au travers de deux études, une réflexion est conduite quant à l'utilisation de ces composantes afin de trouver une structure temporelle aux documents. La première étude permet une détection d'un motif récurrent dans une collection d'émissions, dites de plateau, alors que la seconde réalise la structuration en thèmes d'un journal télévisé. Quelques pistes de réflexions sur l'apport de l'analyse vidéo sont développées et les besoins futurs sont explorés.

L'exploitation des documents multimédias pose des problèmes de représentation des informations textuelles et visuelles contenues dans ces documents. Notre but est de proposer un modèle permettant de représenter chacune de ces informations et de les combiner en vue de deux tâches : la catégorisation et la recherche d'information. Ce modèle représente les documents sous forme de sacs de mots nécessitant la création de vocabulaires spécifiques. Le vocabulaire textuel, généralement de très grande taille, est constitué des mots apparaissant dans les documents. Le vocabulaire visuel est quant à lui construit en extrayant des caractéristiques de bas niveau des images. Nous étudions les différentes étapes de sa création et la pondération tfidf des mots visuels dans les images, inspirée des approches classiquement utilisées pour les mots textuels. Dans le contexte de la catégorisation de documents textuels, nous introduisons un critère qui sélectionne les mots les plus discriminants pour les catégories afin de réduire la taille du vocabulaire sans dégrader les résultats du classement. Nous présentons aussi dans le cadre multilabel, une méthode permettant de sélectionner les différentes catégories à associer à un document. En recherche d'information, nous proposons une approche analytique par apprentissage pour combiner linéairement les résultats issus des informations textuelles et visuelles, permettant d'améliorer significativement la recherche. Notre modèle est validé pour ces différentes tâches en participant à des compétitions internationales telles que XML Mining et ImageCLEF et sur des collections de taille conséquente

La reconnaissance de la couverture des sols à partir de classifications automatiques est l'une des recherches méthodologiques importantes en télédétection. Par ailleurs, l'obtention de résultats fidèles aux attentes des utilisateurs nécessite d'aborder la classification d'un point de vue sémantique. Cette thèse s'inscrit dans ce contexte, et vise l'élaboration de méthodes automatiques capables d'apprendre des classes sémantiques définies par des experts de la production des cartes d'occupation du sol, et d'annoter automatiquement de nouvelles images à l'aide de cette classification. A partir des cartes issues de la classification CORINE Land Cover, et des images satellitaires multispectrales ayant contribué à la constitution de ces cartes, nous montrons tout d'abord que si les approches classiques de la littérature basées sur le pixel ou la région sont suffisantes pour identifier les classes homogènes d'occupation du sol telles que les champs, elles peinent cependant à retrouver les classes de haut-niveau sémantique, dites de mélange, parce qu'étant composées de différents types de couverture des terres. Pour détecter de telles classes complexes, nous représentons les images sous une forme particulière basée sur les régions ou objets. Cette représentation de l'image, dite en mots visuels, permet d'exploiter des outils de l'analyse de textes qui ont montré leur efficacité dans le domaine de la fouille de données textuelles et en classification d'images multimédia. A l'aide d'approches supervisées et non supervisées, nous exploitons d'une part, la notion de compositionnalité sémantique, en mettant en évidence l'importance des relations spatiales entre les mots visuels dans la détermination des classes de haut-niveau sémantique. D'autre part, nous proposons une méthode d'annotation utilisant un modèle d'analyse statistique de textes : l'Allocation Dirichlet Latente. Nous nous basons sur ce modèle de mélange, qui requiert une représentation de l'image dite en sacs-de-mots visuels, pour modéliser judicieusement les classes riches en sémantique. Les évaluations des approches proposées et des études comparatives menées avec les modèles gaussiens et dérivés, ainsi qu'avec le classificateur SVM, sont illustrées sur des images SPOT et QuickBird entre autres.

Avec l'augmentation exponentielle de nombre d'images disponibles sur Internet, le besoin en outils efficaces d'indexation et de recherche d'images est devenu important. Dans cette thèse, nous nous baserons sur le contenu visuel des images comme source principale d'informations pour leur représentation. Basés sur l'approche des sacs de mots visuels, nous proposons une représentation visuelle avancée. Chaque image est modélisée par un mélange de catégories visuelles sémantiques, reliées à des catégories de haut niveau. Dans un premier temps, nous améliorons l'approche des sacs de mots visuels en caractérisant la constitution spatio-colorimétrique d'une image par le biais d'un mélange de n Gaussiennes dans l'espace de caractéristiques. Cela permet de proposer un nouveau descripteur de contour qui joue un rôle complémentaire avec le descripteur SURF. Cette proposition nous permet de résoudre le problème lié à la perte d'informations spatiales des sacs de mots visuels, et d'incorporer différentes informations relatives au contenu de l'image. Dans un deuxième temps, nous introduisons un nouveau modèle probabiliste basé sur les catégories : le modèle MSSA Multilayer Semantic Significance Analysis ou Analyse multi-niveaux de la pertinence sémantique dans le but d'étudier la sémantique des mots visuels construits. Ce modèle permet de construire des mots visuels sémantiquement cohérents (SSVW - Semantically Significant Visual Word). Ensuite, nous renforçons la capacité de catégorisation des SSVW en construisant des phrases visuelles sémantiquement cohérentes (SSVP - \textit{Semantically Significant Visual Phrase}), à partir des SSVW qui apparaissent fréquemment. Nous améliorons également l'invariance intra-classes des SSVW et des SSVP en les indexant en fonction de leur répartition, ce qui nous amène à générer une représentation d'un glossaire visuel invariant et sémantiquement cohérent (SSIVG - Semantically Significant Invariant Visual Glossary). Enfin, nous proposons un nouveau schéma de pondération spatiale ainsi qu'un classifieur multi-classes basé sur un vote. Nos résultats expérimentaux extensifs démontrent que la représentation visuelle proposée permet d'atteindre de meilleures performances comparativement aux représentations traditionnelles utilisées dans le domaine de la recherche, la classification et de la reconnaissance d'objets.

Avec l'augmentation exponentielle de nombre d'images disponibles sur Internet, le besoin en outils efficaces d'indexation et de recherche d'images est devenu important. Dans cette thèse, nous nous baserons sur le contenu visuel des images comme source principale d'informations pour leur représentation. Basés sur l'approche des sacs de mots visuels, nous proposons une représentation visuelle avancée. Chaque image est modélisée par un mélange de catégories visuelles sémantiques, reliées à des catégories de haut niveau. Dans un premier temps, nous améliorons l'approche des sacs de mots visuels en caractérisant la constitution spatio-colorimétrique d'une image par le biais d'un mélange de n Gaussiennes dans l'espace de caractéristiques. Cela permet de proposer un nouveau descripteur de contour qui joue un rôle complémentaire avec le descripteur SURF. Cette proposition nous permet de résoudre le problème lié à la perte d'informations spatiales des sacs de mots visuels, et d'incorporer différentes informations relatives au contenu de l'image. Dans un deuxième temps, nous introduisons un nouveau modèle probabiliste basé sur les catégories : le modèle MSSA Multilayer Semantic Significance Analysis ou Analyse multi-niveaux de la pertinence sémantique dans le but d'étudier la sémantique des mots visuels construits. Ce modèle permet de construire des mots visuels sémantiquement cohérents (SSVW - Semantically Significant Visual Word). Ensuite, nous renforçons la capacité de catégorisation des SSVW en construisant des phrases visuelles sémantiquement cohérentes (SSVP - \textit{Semantically Significant Visual Phrase}), à partir des SSVW qui apparaissent fréquemment. Nous améliorons également l'invariance intra-classes des SSVW et des SSVP en les indexant en fonction de leur répartition, ce qui nous amène à générer une représentation d'un glossaire visuel invariant et sémantiquement cohérent (SSIVG - Semantically Significant Invariant Visual Glossary). Enfin, nous proposons un nouveau schéma de pondération spatiale ainsi qu'un classifieur multi-classes basé sur un vote. Nos résultats expérimentaux extensifs démontrent que la représentation visuelle proposée permet d'atteindre de meilleures performances comparativement aux représentations traditionnelles utilisées dans le domaine de la recherche, la classification et de la reconnaissance d'objets.

L'Endomicrocopie Confocale par Minisondes (ECM) permet l'observation dynamique des tissus au niveau cellulaire, in vivo et in situ, pendant une endoscopie. Grâce à ce nouveau système d'imagerie, les médecins endoscopistes ont la possibilité de réaliser des "biopsies optiques" non invasives. Les biopsies traditionnelles impliquent le diagnostic ex vivo d'images histologiques par des médecins pathologistes. Le diagnostic in vivo d'images ECM est donc un véritable challenge pour les endoscopistes, qui ont en général seulement un peu d'expertise en anatomopathologie. Les images ECM sont néanmoins de nouvelles images, qui ressemblent visuellement aux images histologiques. Cette thèse a pour but principal d'assister les endoscopistes dans l'interprétation in vivo des séquences d'images ECM. Lors de l'établissement d'un diagnostic, les médecins s'appuient sur un raisonnement par cas. Afin de mimer ce processus, nous explorons les méthodes de Reconnaissance d'Images par le Contenu (CBIR) pour l'aide au diagnostique. Notre premier objectif est le développement d'un système capable d'extraire de manière automatique un certain nombre de vidéos ECM qui sont visuellement similaires à la vidéo requête, mais qui ont en plus été annotées avec des métadonnées comme par exemple un diagnostic textuel. Un tel système de reconnaissance devrait aider les endoscopistes à prendre une décision éclairée, et par là-même, à établir un diagnostic ECM plus précis. Pour atteindre notre but, nous étudions la méthode des Sacs de Mots Visuels, utilisée en vision par ordinateur. L'analyse des propriétés des données ECM nous conduit à ajuster la méthode standard. Nous mettons en œuvre la reconnaissance de vidéos ECM complètes, et pas seulement d'images ECM isolées, en représentant les vidéos par des ensembles de mosaïques. Afin d'évaluer les méthodes proposées dans cette thèse, deux bases de données ECM ont été construites, l'une sur les polypes du colon, et l'autre sur l'œsophage de Barrett. En raison de l'absence initiale d'une vérité terrain sur le CBIR appliquée à l'ECM, nous avons d'abord réalisé des évaluations indirectes des méthodes de reconnaissance, au moyen d'une classification par plus proches voisins. La génération d'une vérité terrain éparse, contenant les similarités perçues entre des vidéos par des experts en ECM, nous a ensuite permis d'évaluer directement les méthodes de reconnaissance, en mesurant la corrélation entre la distance induite par la reconnaissance et la similarité perçue. Les deux évaluations, indirecte et directe, démontrent que, sur les deux bases de données ECM, notre méthode de reconnaissance surpasse plusieurs méthodes de l'état de l'art en CBIR. En termes de classification binaire, notre méthode de reconnaissance est comparable au diagnostic établi offline par des endoscopistes experts sur la base des Polypes du Colon. Parce que diagnostiquer des données ECM est une pratique de tous les jours, notre objectif n'est pas seulement d'apporter un support pour un diagnostique ponctuel, mais aussi d'accompagner les endoscopistes sans leurs progrès. A partir des résultats de la reconnaissance, nous estimons la difficulté d'interprétation des vidéos ECM. Nous montrons l'existence d'une corrélation entre la difficulté estimée et la difficulté de diagnostic éprouvée par plusieurs endoscopistes. Cet estimateur pourrait ainsi être utilisé dans un simulateur d'entraînement, avec différents niveaux de difficulté, qui devrait aider les endoscopistes à réduire leur courbe d'apprentissage. La distance standard basée sur les mots visuels donne des résultats adéquats pour la reconnaissance de données ECM. Cependant, peu de connaissance clinique est intégrée dans cette distance. En incorporant l'information a priori sur les similarités perçues par les experts en ECM, nous pouvons apprendre une distance de similarité qui s'avère être plus juste que la distance standard. Dans le but d'apprendre la sémantique des données ECM, nous tirons également profit de plusieurs concepts sémantiques utilisés par les endoscopistes pour décrire les vidéos ECM. Des signatures sémantiques basées mots visuels sont alors construites, capables d'extraire, à partir de caractéristiques visuelles de bas niveau, des connaissances cliniques de haut niveau qui sont exprimées dans le propre langage de l'endoscopiste.

Cette thèse s'intéresse à la composition des recettes fiscales dans les pays en développement et étudie ses déterminants et ses conséquences. La première partie analyse les facteurs d'économie politique qui influent sur la composition des recettes fiscales, en considérant l'impact de la multiplication des élections et de la démocratisation, tandis que la deuxième partie examine les conséquences des choix de composition des recettes fiscales en termes de stabilisation des recettes fiscales et de bien-être social. Plusieurs résultats émergent. Les élections ont une influence significative sur la composition des recettes fiscales puisque les recettes issues des taxes indirectes connaissent une baisse juste avant les élections (Chapitre 1). Ces manipulations visant à favoriser les réélections apparaissent plus modérées dans les pays où la démocratie est établie de plus longue date. De plus, le Chapitre 2 a établit que l'existence d'un régime politique plus démocratique, avec des contraintes sur l'exécutif fortes, permet d'accroître les recettes de fiscalité intérieure qui sont nécessaires pour pallier la baisse des recettes tarifaires. La seconde partie de la thèse révèle des résultats intéressants sur les effets de la composition des recettes fiscales sur la stabilisation des recettes fiscales et sur ses conséquences sociales. Le Chapitre 3 a souligné l'importance de la lutte contre l'instabilité des recettes fiscales dans la mesure où elle induit de l'instabilité des dépenses publiques ce qui affaiblit le niveau de l'investissement public. La contribution plus accrue des taxes sur la consommation aux recettes fiscales a été identifiée comme stabilisant les recettes fiscales. En outre, le chapitre 4 a démontré que la taxe sur la valeur ajoutée permet de réduire significativement l'instabilité des recettes fiscales dans les pays en développement l'ayant adoptée. L'incidence sociale des taxes sur la consommation a été comparée à celle des tarifs douaniers dans le Chapitre 5 et il apparaît que les tarifs douaniers sont plus régressifs que les taxes sur la consommation au Burkina Faso.