A sobre-exploração humana tem causado uma degradação generalizada e perturbação dos ecossistemas de água doce, os mais ameaçados do mundo. A bacia hidrográfica do Rio dos Sinos, no estado do Rio Grande do Sul, é considerada umas mais poluídas do Brasil. Seus cursos d’água estão sob diferentes graus de influência antrópica, bem como seus organismos dependentes. A lontra Neotropical é um mustelídeo semiaquático ameaçado por toda a sua área de distribuição continental onde há conhecimento. Embora a lontra seja um importante organismo para avaliar a qualidade ambiental por apresentar alguma tolerância a ambientes antropizados, pouco se sabe sobre seu status de conservação. Sua biologia, ecologia, comportamento e aspectos populacionais ainda são pouco conhecidos. Considerando isso, uma síntese de aspectos ecológicos e biológicos de Lontra longicaudis foi realizada através de extensa revisão bibliográfica. Além disso, avaliada a influência da qualidade da água em regiões com diferentes níveis de influência antrópica, bem como a estrutura da vegetação nas margens de rios, a sazonalidade e a velocidade da correnteza nos rios sobre a ocorrência de L. longicaudis. O componente experimental deste projeto foi realizado com base em amostragens mensais de material biológico não invasivo em 16 diferentes regiões da bacia do Rio dos Sinos no Rio Grande do Sul, ao longo de 2015. Ademais, foram realizadas entrevistas com moradores como método complementar para confirmar a presença da espécie. Nove novas áreas de registro de L. longicaudis foram confirmadas para o estado. A ocorrência de lontra foi modelada através de modelos lineares generalizados. Áreas com água de melhor qualidade (classes 2 e 3) apresentaram significativamente mais registros que áreas com água de qualidade inferior (classe 4). Adicionalmente, quer a correnteza, quer a época do ano também se mostraram relevantes para explicar os padrões de ocorrência da espécie. Em conclusão, a lontra Neotropical, assim como outros mamíferos semi-aquáticos poderão ser utilizados como bioindicadores de qualidade ambiental, especialmente em ambientes antropizados. No futuro, outras variáveis tais como a fisionomia e estágio de sucessão ecológica da vegetação das margens deverão ser considerados para explicar os padrões de ocorrência de lontra, no sentido de contribuir, de forma mais suportada, para a definição de medidas para a sua conservação. / Human overexploitation has caused the generalized degradation and disturbance of freshwater ecosystems, the most threatened in the world. The Sinos river basin in Rio Grande do Sul state is considered one of the most polluted in Brazil. Watercourses in this basin are under different degrees of anthropogenic influence, as well as all the organisms that depend on that water. The Neotropical otter is a semiaquatic mustelid threatened across its entire distribution area. While the otter is an important organism to evaluate environmental quality due to its intermediate tolerance to modified environments, little is known about its conservation status. Neotropical otter biology, ecology, behaviour and population aspects are still scarcely known. With this is mind, a synthesis of the ecological and biological aspects of Lontra longicaudis was done by means of literature revision. The effect of water quality in regions with distinct levels of anthropogenic influence, as well as vegetation structure, seasonality and flow velocity on otter occurrence was evaluated. The experimental component of this project was made based on monthly samplings of non-invasive biological material in 16 different regions of the Sinos river basin in Rio Grande do Sul in 2015. Moreover, interviews with local residents were made as a complementary method to confirm the species presence. Nine new areas of occurrence were detected in the state. Otter occurrence was modelled through generalized linear models. Areas with water of better quality (classes 2 and 3) presented significantly higher records than areas with water of lower quality (class 4). Additionally, both flow and season were also relevant in explaining the patterns of occurrence of the species. In conclusion, the Neotropical otter, as well as other semiaquatic mammals may be used as bioindicators of environmental quality, especially in human-altered environments. In the future, other parameters such as the physiognomy and the stage of ecological succession of the vegetation should be taken into consideration to explain patterns of otter occurrence, as a means to contribute, in a more sustained way, to the definition of conservation measures for the species.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2018-01-24T12:36:44Z No. of bitstreams: 1 PatriciaFariasRosasRibeiro_TESE.pdf: 9127577 bytes, checksum: ebccece603f8d1019e434f9d5925d634 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2018-01-29T11:49:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PatriciaFariasRosasRibeiro_TESE.pdf: 9127577 bytes, checksum: ebccece603f8d1019e434f9d5925d634 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-29T11:49:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PatriciaFariasRosasRibeiro_TESE.pdf: 9127577 bytes, checksum: ebccece603f8d1019e434f9d5925d634 (MD5) Previous issue date: 2017-08-31 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / A distribui??o geogr?fica de uma esp?cie ? uma informa??o b?sica essencial para planejamentos de conserva??o. Esta informa??o, no entanto, muitas vezes ? tendenciosa para algumas regi?es ou grupos taxon?micos, de acordo com as facilidades de acesso e caracter?sticas da hist?ria natural. A lontra neotropical [Lontra longicaudis (Olfers,1818)] ? uma esp?cie pouco estudada devido ao seu comportamento discreto e a consequente baixa detectabilidade na natureza. Essa situa??o ? agravada na regi?o Nordeste do Brasil, que por muito tempo foi considerada como uma lacuna nos seus mapas de distribui??o, sendo atualmente apontada como uma regi?o priorit?ria para estudos com a esp?cie. Este projeto teve o objetivo de entender como a L. longicaudis est? distribu?da no Nordeste brasileiro e os fatores estruturantes da sua distribui??o, uso do habitat e diversidade gen?tica. Este foi o primeiro estudo com enfoque para a esp?cie na regi?o, realizado atrav?s de uma amostragem padronizada em 17 bacias hidrogr?ficas do Nordeste brasileiro ao Norte do Rio S?o Francisco, entre os estados de Alagoas e Piau?. Cada bacia hidrogr?fica foi amostrada em tr?s trechos (alto, m?dio e baixo curso), sendo em cada trecho percorridos aproximadamente 5km, repetidos ao longo de 4 dias, em busca de ind?cios de presen?a da esp?cie. Isto resultou em 726 km, percorridos em 45 trechos de rio amostrados. No primeiro cap?tulo discutimos a ocorr?ncia da L. longicaudis na Caatinga, bioma semi?rido onde existia apenas um registro de ocorr?ncia da esp?cie relatado na literatura, e que por isso n?o tem sido considerado como parte da sua distribui??o em planejamentos e estrat?gias de conserva??o. S?o apresentados registros hist?ricos e atuais in?ditos de ocorr?ncia da L. longicaudis na Caatinga, discutidos os fatores que podem estar influenciando sua ocorr?ncia na regi?o, e ? proposta a atualiza??o do mapa de distribui??o da esp?cie, com base na confirma??o de uma real lacuna na sua distribui??o atual. No segundo cap?tulo n?s analisamos os fatores ambientais, clim?ticos e antr?picos que influenciam no padr?o de ocupa??o, detec??o e uso do habitat da L. longicaudis nas bacias hidrogr?ficas do Nordeste Brasileiro. A probabilidade de detec??o da L. longicaudis na regi?o foi alta e negativamente influenciada pela ordem do rio, vari?vel relacionada ? localiza??o do trecho de rio na rede de drenagem. A sazonalidade da precipita??o foi o principal fator determinante da ocupa??o da esp?cie na regi?o, que se apresenta concentrada na subregi?o das bacias que drenam para o leste, onde a sazonalidade da precipita??o ? menor. Esta vari?vel clim?tica tamb?m foi importante para a ocorr?ncia e uso do habitat pela esp?cie, mais intenso nas ?reas com menor sazonalidade, relacionadas ? Floresta Atl?ntica. A Floresta Atl?ntica nordestina ? a por??o menos conservada deste bioma. Nesta regi?o as lontras utilizaram mais os rios com menor ?rea de capta??o de ?gua a montante, que correspondem a tribut?rios menores, que podem oferecer melhores condi??es ambientais que os rios principais, funcionando como um ref?gio para a esp?cie. Mesmo utilizando ref?gios, o uso do habitat foi negativamente correlacionado com a porcentagem de remanescentes naturais, uma consequ?ncia indireta do estado de degrada??o das ?reas mais utilizadas pela esp?cie, o que coloca a L. longicaudis em um estado de alerta na regi?o. Para entender como est? estruturada a popula??o de lontras do Nordeste brasileiro e fornecer subs?dios para a sua persist?ncia a longo prazo, no terceiro cap?tulo n?s analisamos a diversidade gen?tica e fluxo g?nico da esp?cie na regi?o, atrav?s de DNA mitocondrial e da an?lise de cinco cen?rios alternativos de dispers?o. Para isto foram analisadas 36 amostras n?o invasivas (fezes frescas, muco e tecido), provenientes de oito bacias hidrogr?ficas. Destas amostras, 17 amplificaram os tr?s segmentos analisados e foram consideradas indiv?duos distintos pela localiza??o amostral e composi??o gen?tica. Estes indiv?duos s?o representativos de 7 hapl?tipos, dos quais 4 foram identificados pela primeira vez neste estudo. A esp?cie apresentou alta diversidade haplot?pica, mas baixa variabilidade nucleot?dica na regi?o. A maior diferencia??o gen?tica foi observada em duas amostras do Piau?, acima da ?rea de Caatinga onde a aus?ncia da esp?cie foi confirmada neste estudo, corroborando a exist?ncia de uma barreira clim?tica por onde o fluxo g?nico pode estar interrompido h? mais tempo. A popula??o de lontra do Nordeste apresentou diferen?a gen?tica significativa em rela??o aos grupos geogr?ficos da Amaz?nia e do Leste da Am?rica do Sul, o que indica menor fluxo g?nico entre essas regi?es. O cen?rio que atribuiu um custo elevado para a dispers?o por terra foi o que apresentou rela??o mais forte com a diverg?ncia gen?tica observada entre as amostras da regi?o nordeste, indicando que a esp?cie ? capaz de se dispersar por terra, mas em situa??es extremas. J? a diverg?ncia gen?tica entre as bacias costeiras apresentou rela??o mais forte com as dist?ncias geogr?ficas (euclidiana e trecho de bacias), o que pode ser resultado de uma regi?o mais homog?nea, sujeita a alagamentos, onde a paisagem imp?e menos resist?ncia ? dispers?o por animais semiaqu?ticos. An?lises do caminho de menor custo indicam o Rio S?o Francisco como uma importante rota de dispers?o, conectando as bacias costeiras do Nordeste com as bacias localizadas ao Norte da Caatinga, o que ressalta a import?ncia da sua preserva??o para a manuten??o da diversidade gen?tica na regi?o. As tr?s quest?es abordadas neste estudo preenchem uma importante lacuna de conhecimento sobre a lontra neotropical no Nordeste do Brasil, uma das regi?es mais secas da sua ?rea de distribui??o, atendendo a a??es priorit?rias do plano nacional de a??es para a conserva??o da esp?cie. / The geographic distribution of a species is an essential information for conservation planning. This information, however, is often biased towards some regions or taxonomic groups, according to accessibility of sampling sites and natural history of the species studied. The neotropical otter [Lontra longicaudis (Olfers, 1818)] is a little studied species because of its elusive behaviour, which results in low detectability in natural environments. This situation is worse in Northeastern Brazil, which for a long time appeared as a gap in L. longicaudis distribution maps, and is currently appointed as a priority region for studies with the species. This project aimed to understand how L. longicaudis is distributed in Northeastern Brazil and the structuring factors of its distribution, habitat use and genetic diversity. This was the first dedicated otter survey in the region, conducted systematically during field campaigns to 17 river basins of Northeastern Brazil, in the area North of S?o Francisco River, between the states of Alagoas and Piau?. Each river basin was sampled at three stretches (lower, middle and upper courses), over approximately 5 km, repeatedly for four days each, looking for evidences of the species presence. The overall sample effort was 726 km in 45 sampled river stretches. In the first chapter we discuss L. longicaudis occurrence in Caatinga, a semi-arid biome where a single record of the species occurrence was reported in the literature, and which has not been considered as part of its distribution in conservation planning and strategies. We report historical and current new occurrence records of L. longicaudis in Caatinga, discuss factors that may be influencing its occurrence in the region, and propose updating the species distribution map, based on the confirmation of a real gap in its current distribution. In the second chapter we analyze environmental, climatic and anthropic factors influencing otter occupancy, detection and habitat use on river basins of Northeastern Brazil. Detection probability of otters' signs was high and negatively influenced by river order, a variable related to the location of the river stretch in the drainage network. Precipitation seasonality was the main determinant of L. longicaudis occupancy in the region, which is concentrated in the subregion of river basins draining to the East, with lower precipitation seasonality. This climatic variable was also important to explain occurrence and habitat use of the species, which was more intense in areas of lower seasonality, corresponding to the Atlantic forest. Northeastern Atlantic Forest is the least conserved portion of this biome. In this region, otters used more rivers with lower water catchment area upstream, which corresponds to smaller tributaries, providers of better environmental conditions to serve as refuge for the species than main rivers. Even using these refuges, the intensity of habitat use was negatively correlated with the percentage of natural remnants, an indirect consequence of the degradation status of the most frequently used areas by the species, placing L. longicaudis at risk in the region. In order to understand how the Northeastern Brazil otter population is structured and to provide subsidies to its long-term persistence, in the third chapter we analyze the species genetic diversity and gene flow through mitochondrial DNA and analyzing five alternative dispersal scenarios. A total of 36 noninvasive samples (fresh faeces, mucus and tissue), from eight river basins, were analyzed. Within these samples, 17 amplified the three mitochondrial DNA segments analyzed, and were considered distinct individuals according to the sampling locality and the genetic composition. These individuals are representatives of seven haplotypes, from which four were identified for the first time in this study. Estimates of genetic variability indicate high haplotype diversity and low nucleotide variability. The greatest genetic differentiation among samples were observed in two samples from Piau?, north from the Caatinga area were the species absence was confirmed in this study, confirming the climatic barrier through which gene flow might have been interrupted for a long time. The Northeastern otter population showed a significant genetic difference compared to Amazonia and East of South America groups. The "higher land dispersal cost" scenario was the most correlated with the observed genetic differentiation among sampled individuals, indicating that the species is able to disperse by land, but only in extreme situations. Genetic divergence between coastal river basins showed a strong relationship with geographical distances (Euclidian and watershed distances), which may be the result of a more homogeneous region, subject to flooding, where landscape imposes lower resistance to dispersal by semi-aquatic animals. The least cost path analyzes indicate the S?o Francisco River as an important dispersal route connecting coastal river basins of Northeastern Brazil with basins located North from the Caatinga, which highlights the importance of S?o Francisco river basin conservation for the maintenance of the genetic diversity in this region. The three objectives of this study fill an important knowledge gap on Neotropical otter in Northeastern Brazil, one of the driest regions of its distribution, attending to priority actions of the national action plan for the species conservation.

A sobre-exploração humana tem causado uma degradação generalizada e perturbação dos ecossistemas de água doce, os mais ameaçados do mundo. A bacia hidrográfica do Rio dos Sinos, no estado do Rio Grande do Sul, é considerada umas mais poluídas do Brasil. Seus cursos d’água estão sob diferentes graus de influência antrópica, bem como seus organismos dependentes. A lontra Neotropical é um mustelídeo semiaquático ameaçado por toda a sua área de distribuição continental onde há conhecimento. Embora a lontra seja um importante organismo para avaliar a qualidade ambiental por apresentar alguma tolerância a ambientes antropizados, pouco se sabe sobre seu status de conservação. Sua biologia, ecologia, comportamento e aspectos populacionais ainda são pouco conhecidos. Considerando isso, uma síntese de aspectos ecológicos e biológicos de Lontra longicaudis foi realizada através de extensa revisão bibliográfica. Além disso, avaliada a influência da qualidade da água em regiões com diferentes níveis de influência antrópica, bem como a estrutura da vegetação nas margens de rios, a sazonalidade e a velocidade da correnteza nos rios sobre a ocorrência de L. longicaudis. O componente experimental deste projeto foi realizado com base em amostragens mensais de material biológico não invasivo em 16 diferentes regiões da bacia do Rio dos Sinos no Rio Grande do Sul, ao longo de 2015. Ademais, foram realizadas entrevistas com moradores como método complementar para confirmar a presença da espécie. Nove novas áreas de registro de L. longicaudis foram confirmadas para o estado. A ocorrência de lontra foi modelada através de modelos lineares generalizados. Áreas com água de melhor qualidade (classes 2 e 3) apresentaram significativamente mais registros que áreas com água de qualidade inferior (classe 4). Adicionalmente, quer a correnteza, quer a época do ano também se mostraram relevantes para explicar os padrões de ocorrência da espécie. Em conclusão, a lontra Neotropical, assim como outros mamíferos semi-aquáticos poderão ser utilizados como bioindicadores de qualidade ambiental, especialmente em ambientes antropizados. No futuro, outras variáveis tais como a fisionomia e estágio de sucessão ecológica da vegetação das margens deverão ser considerados para explicar os padrões de ocorrência de lontra, no sentido de contribuir, de forma mais suportada, para a definição de medidas para a sua conservação. / Human overexploitation has caused the generalized degradation and disturbance of freshwater ecosystems, the most threatened in the world. The Sinos river basin in Rio Grande do Sul state is considered one of the most polluted in Brazil. Watercourses in this basin are under different degrees of anthropogenic influence, as well as all the organisms that depend on that water. The Neotropical otter is a semiaquatic mustelid threatened across its entire distribution area. While the otter is an important organism to evaluate environmental quality due to its intermediate tolerance to modified environments, little is known about its conservation status. Neotropical otter biology, ecology, behaviour and population aspects are still scarcely known. With this is mind, a synthesis of the ecological and biological aspects of Lontra longicaudis was done by means of literature revision. The effect of water quality in regions with distinct levels of anthropogenic influence, as well as vegetation structure, seasonality and flow velocity on otter occurrence was evaluated. The experimental component of this project was made based on monthly samplings of non-invasive biological material in 16 different regions of the Sinos river basin in Rio Grande do Sul in 2015. Moreover, interviews with local residents were made as a complementary method to confirm the species presence. Nine new areas of occurrence were detected in the state. Otter occurrence was modelled through generalized linear models. Areas with water of better quality (classes 2 and 3) presented significantly higher records than areas with water of lower quality (class 4). Additionally, both flow and season were also relevant in explaining the patterns of occurrence of the species. In conclusion, the Neotropical otter, as well as other semiaquatic mammals may be used as bioindicators of environmental quality, especially in human-altered environments. In the future, other parameters such as the physiognomy and the stage of ecological succession of the vegetation should be taken into consideration to explain patterns of otter occurrence, as a means to contribute, in a more sustained way, to the definition of conservation measures for the species.

Dans cette étude paléontologique, plusieurs méthodes ont été mises au point pour tester les hypothèses sur l’utilité des mustélidés en tant que signal paléoécologique, paléoenvironnemental et chronologique pour les sites préhistoriques du Paléolithique. Les genres Gulo, Martes, Mustela et Meles du Pléistocène et de l’Holocène de la moitié Sud de la France sont étudiés sous l’angle de l’anatomie comparée, de la biométrie et de la morphométrie géométrique sur un matériel très varié : crânien, dentaire et post-crânien. Les mustélidés proviennent de nombreux sites différents par leur âge, climat et altitude : Saint- Vallier, la Caune de l’Arago, Orgnac 3, le Lazaret, le Portel-Ouest, La Fage, La Marche, Siréjol, Villereversure, La Tanne du Beau Prince, la grotte des frères Traversat, Tuchan et Ambrussum. Cette approche systémique a permis de découvrir de nouveaux outils de sexage des mustélidés, sur les I3 notamment. L’indice de constriction orbitaire que nous avons établi livre une diagnose sexuelle très claire sur les blaireaux. La pente de la droite de régression des P4 et des Canines supérieures chez Mustela montre une distinction entre M. martes et M. foina. Nous confirmons la grande variabilité morphologique de ces petits Carnivores, qui reflète les environnements dans lesquels ils vivent ou ont vécu et qui est plus importante que la distinction spécifique chez Martes martes et Martes foina. De même, nous proposons Melesmeles atavus comme sous-espèce chronologique du Pléistocène moyen et présent à la Caune de l’Arago.De plus, les M. thorali, M. palerminea, M. praenivalis présentent plutôt des mandibules robustes et des dents graciles par rapport à leurs homologues actuels. / In this paleontological study, several methods have been developed to test hypotheses about the utility of mustelids as a paleoecological, palaeoenvironmental and chronological signal for prehistoric Paleolithic sites. The genera Gulo, Martes, Mustela and Meles of the Pleistocene and the Holocene of the half of the South of France are studied from the angle of comparative anatomy, biometry and geometrical morphometry on a very varied material: cranial, dental and postcranial. Mustelids come from various sites differed by age, climate and altitude: Saint-Vallier, Caune de l'Arago, Orgnac 3, Lazaret, Portel-Ouest, La Fage, La Marche, Siréjol, Villereversure, the Tanne du Beau Prince, Frères Traversat’s cave, Tuchan and Ambrussum. This systemic approach made it possible to discover new tools for sexing mustelids, particularly on I3. The post-orbital constriction index that we have established provides a very clear sexual diagnosis of badgers. The slope of the regression line of P4 and upper Canines of Mustela shows a distinction between M. martes and M. foina. We confirm the great morphological variability of these small carnivores, that reflects the environments in which they live or have lived and which is more important than the specific distinction in Martes martes and Martes foina. Similarly, we propose Meles meles atavus as a chronological subspecies of the Middle Pleistocene and present at the Caune de l'Arago. In addition, M. thorali, M. palerminea, M. praenivalis have strong mandibles and slender teeth compared to their current counterparts.

Els treballs realitzats en aquesta tesi tenen com objectius l'aplicació de la sistemàtica molecular i la filogeografia per resoldre relacions filogenètiques, clarificar la taxonomia i descriure la història de les poblacions de les espècies incloses dins de dos grups de mamífers d'elevat interés conservacionista: els mustélids (família Mustelidae) i els macacs (génere Macaca).L'ús de diferents marcadors genétics mitocondrials (el gen citocrom b i la regió control) i un de nuclear (les seqüencies flanquejants d'una regió repetitiva) ha permés reconstruir les relacions filogenètiques entre 33 espècies de mustelids; delimitar quatre grups filogeogràfics en el teixò euroasiàtic (Meles meles); detectar la venta de productes derivats d'aquesta espècie en països on està protegida; i estudiar el procès d'especiació del macac japonès (Macaca fuscata). A partir dels resultats obtinguts també s'han proposat canvis en la taxonomia d'aquests grups. Al final de la tesi es fan reflexions sobre el paper que desenvolupen els marcadors moleculars en la sistemàtica, sobre com classificar aquelles espècies que no ha finalitzat els seus processos d'especiació i sobre les aplicacions de la sistemàtica, la biologia evolutiva i la genètica en la conservació de la biodiversitat. / The objectives of this thesis were the application of molecular systematics and phylogeography to resolve phylogeny, to clarify taxonomy and to study the population history of species included within two groups of mammals of high conservation interest: the mustelids (Family Mustelidae) and the macaques (Genus Macaca).Using different mitochondrial (cytochrome b gene and control region) and nuclear (flanking sequences of a repetitive region) markers, we have been able to reconstruct the phylogeny of 33 mustelid species; to delimit four phylogeographic groups in the Eurasian badger (Meles meles); to detect the trade of Eurasian badger products in countries where this species is protected; and to study the speciation process of the Japanese macaque (Macaca fuscata). According to our results we have also proposed taxonomic changes in these groups.At the end of the thesis, there are also some reflections about the role of genetic markers in systematics; about how to classify the species that have not finished their speciation process; and about the application of systematics, evolutionary biology and genetics in conservation biology.