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Systematic analysis of protein complexes involved in the human RNA polymerase II machinery

Al-Khoury, Racha 02 1900 (has links)
La transcription, la maturation d’ARN, et le remodelage de la chromatine sont tous des processus centraux dans l'interprétation de l'information contenue dans l’ADN. Bien que beaucoup de complexes de protéines formant la machinerie cellulaire de transcription aient été étudiés, plusieurs restent encore à identifier et caractériser. En utilisant une approche protéomique, notre laboratoire a purifié plusieurs composantes de la machinerie de transcription de l’ARNPII humaine par double chromatographie d’affinité "TAP". Cette procédure permet l'isolement de complexes protéiques comme ils existent vraisemblablement in vivo dans les cellules mammifères, et l'identification de partenaires d'interactions par spectrométrie de masse. Les interactions protéiques qui sont validées bioinformatiquement, sont choisies et utilisées pour cartographier un réseau connectant plusieurs composantes de la machinerie transcriptionnelle. En appliquant cette procédure, notre laboratoire a identifié, pour la première fois, un groupe de protéines, qui interagit physiquement et fonctionnellement avec l’ARNPII humaine. Les propriétés de ces protéines suggèrent un rôle dans l'assemblage de complexes à plusieurs sous-unités, comme les protéines d'échafaudage et chaperonnes. L'objectif de mon projet était de continuer la caractérisation du réseau de complexes protéiques impliquant les facteurs de transcription. Huit nouveaux partenaires de l’ARNPII (PIH1D1, GPN3, WDR92, PFDN2, KIAA0406, PDRG1, CCT4 et CCT5) ont été purifiés par la méthode TAP, et la spectrométrie de masse a permis d’identifier de nouvelles interactions. Au cours des années, l’analyse par notre laboratoire des mécanismes de la transcription a contribué à apporter de nouvelles connaissances et à mieux comprendre son fonctionnement. Cette connaissance est essentielle au développement de médicaments qui cibleront les mécanismes de la transcription. / Genomes encode most of the functions necessary for cell growth and differentiation. Gene transcription, RNA processing, and chromatin remodeling are central processes in the interpretation of the information contained in genomic DNA. Although many protein complexes forming the cellular machinery that interprets mammalian genomes have been studied, a number of additional complexes remain to be identified and characterized. Using proteomic approaches, Dr. Benoit Coulombe’s laboratory purified many components of the RNAPII transcription machinery using tandem affinity purification (TAP), a procedure that allows the isolation of protein complexes as they likely exist in live mammalian cells, and the identification of interaction partners using mass spectrometry. High confidence interactions were selected computationally and used to draw the map of a network connecting many components of the mRNA transcriptional machinery. By applying this procedure, our lab has identified, for the first time, a group of proteins, that interacts both physically and functionally with human RNAPII, and whose properties suggest a role in the assembly of multi-subunit complexes, acting as RNAPII-specific scaffolding proteins and chaperones. The aim of my project was to continue the characterization of the network of protein complexes involving transcription factors, and thus, further pursuing our survey of protein complexes in whole cell extracts. Eight novel RNAPII interaction partners (PIH1D1, GPN3, WDR92, PFDN2, KIAA0406, PDRG1, CCT4 and CCT5) were purified using the tandem affinity purification (TAP) method, and their interaction partners were identified by mass spectrometry. Over the years, our lab’s analysis of transcriptional regulation and mechanisms has contributed novel and important knowledge that provided better understanding of mRNA synthesis. This knowledge is paramount to the development of therapeutics that will target transcriptional mechanisms.
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Faiseurs de féeries : mise en scène, machinerie et pratiques cinématographiques émergentes au tournant du XXe siècle

Tralongo, Stéphane 11 1900 (has links)
Réalisé en cotutelle avec l’Université Lumière Lyon 2 / Cette thèse se donne comme objectif de renouveler la conception historique qu’on s’est généralement faite jusqu’à présent des rapports que le monde des arts de la scène a établis avec les pratiques cinématographiques émergentes au tournant du xxe siècle, en remettant profondément en question les idées de primitivité des films, de crédulité des spectateurs et de pré-cinématographicité des formes. Notre recherche vise en particulier à replacer les féeries cinématographiques de Georges Méliès dans le cadre institutionnel du théâtre parisien de cette époque, de façon à montrer que leur histoire s’inscrit plus largement dans celle des techniques, des savoir-faire et des métiers du spectacle de scène tel qu’on le conçoit alors au Châtelet, à la Gaîté ou aux Folies-Bergère. Nous développons pour ce faire une approche historiographique qui ne part plus du principe qu’il s’agit d’étudier les relations entre deux arts concurrents – ce que laissaient entendre les travaux qui mettaient d’emblée « théâtre » et « cinématographe » sur le même plan –, mais qui propose de considérer les relations en question d’abord et avant tout comme celles qui s’engagent entre une institution culturelle ancienne et une toute nouvelle technologie. Nous cherchons ainsi à montrer que le cinématographe vient s’ajouter à la longue série culturelle des attractions lumineuses qui apparaissent avec l’avènement de l’éclairage électrique. Dans la première partie (« Le spectacle de l’électricité »), nous nous intéressons aux pratiques d’éclairage et aux habitudes de vision qui ont permis aux spectateurs de féeries de comprendre et d’apprécier le spectacle cinématographique. Dans la deuxième partie (« L’illusion de la technique »), nous examinons comment différentes formes d’intégration et d’hybridation des techniques dans les féeries vont faciliter l’appropriation précoce du cinématographe par les gens de théâtre. Dans la troisième partie (« L’art du cinématographe »), nous montrons que l’esthétique des tout premiers films a été façonnée par des règles de création et des critères d’appréciation qui relevaient de l’institution théâtrale et qui, de ce fait, pouvaient déjà donner une certaine valeur artistique à ces films. L’enjeu principal de la présente recherche est donc d’offrir une vision plus juste et plus nuancée de ce qu’a été le spectacle de scène dans son rapport aux technologies et, en particulier, à cette nouvelle machine qu’est le cinématographe. / The goal of this dissertation is to renew our historical view of the exchanges occurring between theatre and early film practices at the turn of the twentieth century, by questioning the ideas of primitive cinema, credulous audiences and precinematic forms. Our research aims to put more specifically Georges Méliès’ féeries back into the institutional framework of the parisian theatre, in order to show how these films are part of the history of techniques which were used at the Châtelet, the Gaîté and the Folies-Bergère. Previous studies have generally postulated that theatre and cinema were, from the very beginning, two rival art forms. However, our historiographical approach differs from this assumption, seeing the relationship instead as that between an old cultural institution and a brand new technology. We think our understanding of early cinema could be improved if we acknowledge that the kinematographic technology belonged to the broad cultural series of luminous attractions appearing with the emergence of electric lighting. In the first part (« The spectacle of electricity »), we study lighting practices and habits of vision that helped féeries’ spectators to understand and enjoy early cinema. In the second part (« The illusion of technique »), we investigate how the integration and hybridization of technologies in féeries led theatre workmen to use the kinematograph on stage. In the third part (« The art of kinematography »), we prove that early cinema aesthetics has been shaped by rules of creation and assessment criteria belonging to the institution of theatre, such that films could already be seen by spectators and critics as artistic forms. The main challenge of this research is to offer a more accurate vision of the history of theatre in its relation to technologies and, in particular, to this new machine that was, at the time, the kinematograph.
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Caractérisation du rôle de la frataxine dans la machinerie de biosynthèse des clusters FeS et développement d'un logiciel de prédiction des protéines FeS / Characterization of frataxin function during the iron-sulfur clusters biosynthesis and development of a software for the in silico prediction of Fer-Sulfur Cluster proteins

Colin, Florent 09 December 2013 (has links)
L’Ataxie de Friedreich est une maladie génétique récessive neurodégénérative. Elle est due à un déficit dans l’expression d’une protéine mitochondriale, la frataxine. Cette protéine est impliquée dans l’assemblage des protéines fer-soufre (FeS). Le premier axe de ma thèse a consisté à mieux caractériser le rôle de la frataxine au sein du complexe précoce de biosynthèse des clusters FeS (NFS1/ISD11/ISCU). Mes résultats m’ont permis de mettre en évidence l’importance de la frataxine dans le contrôle de l’entrée du fer au sein du complexe de biosynthèse, sur l’activité enzymatique de NFS1 et sur le transfert des clusters FeS vers les apo-protéines. Le second axe a été le développement du programme de bioinformatique (PredISC) nous permettant des candidats de protéines FeS. Ce programme a permis de générer une liste de candidat qui pourra être compilée sous la forme d’une base de données. Par la suite, des approches transversales y seront associées à afin d’affiner les listes de candidats. / Friedreich Ataxia (FA) is the most prevalent form of autosomal recessive ataxia in the Caucasian population. Frataxin is implicated in the biosynthesis of iron-sulfur (FeS). The first axis of my work was to better characterize the function of Frataxin in the “early” complex of FeS clusters biosynthesis (NFS1/ISD11/ISCU). I was able to show the crucial involvement of Frataxin in the control of iron entry in this complex, on the enzymatic activity of NFS1 and on the transfert of FeS cluster to apo-proteins. Thesecond axis was the development of a bio-informatic software (PredISC) that is able to predict potential iron-sulfur containing proteins. The software allows us to generate a list of candidates that will be compiled in a database. In the future transversal approaches have to be associated in order to reduced the number of candidates, and increase their interest.
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Systematic analysis of protein complexes involved in the human RNA polymerase II machinery

Al-Khoury, Racha 02 1900 (has links)
La transcription, la maturation d’ARN, et le remodelage de la chromatine sont tous des processus centraux dans l'interprétation de l'information contenue dans l’ADN. Bien que beaucoup de complexes de protéines formant la machinerie cellulaire de transcription aient été étudiés, plusieurs restent encore à identifier et caractériser. En utilisant une approche protéomique, notre laboratoire a purifié plusieurs composantes de la machinerie de transcription de l’ARNPII humaine par double chromatographie d’affinité "TAP". Cette procédure permet l'isolement de complexes protéiques comme ils existent vraisemblablement in vivo dans les cellules mammifères, et l'identification de partenaires d'interactions par spectrométrie de masse. Les interactions protéiques qui sont validées bioinformatiquement, sont choisies et utilisées pour cartographier un réseau connectant plusieurs composantes de la machinerie transcriptionnelle. En appliquant cette procédure, notre laboratoire a identifié, pour la première fois, un groupe de protéines, qui interagit physiquement et fonctionnellement avec l’ARNPII humaine. Les propriétés de ces protéines suggèrent un rôle dans l'assemblage de complexes à plusieurs sous-unités, comme les protéines d'échafaudage et chaperonnes. L'objectif de mon projet était de continuer la caractérisation du réseau de complexes protéiques impliquant les facteurs de transcription. Huit nouveaux partenaires de l’ARNPII (PIH1D1, GPN3, WDR92, PFDN2, KIAA0406, PDRG1, CCT4 et CCT5) ont été purifiés par la méthode TAP, et la spectrométrie de masse a permis d’identifier de nouvelles interactions. Au cours des années, l’analyse par notre laboratoire des mécanismes de la transcription a contribué à apporter de nouvelles connaissances et à mieux comprendre son fonctionnement. Cette connaissance est essentielle au développement de médicaments qui cibleront les mécanismes de la transcription. / Genomes encode most of the functions necessary for cell growth and differentiation. Gene transcription, RNA processing, and chromatin remodeling are central processes in the interpretation of the information contained in genomic DNA. Although many protein complexes forming the cellular machinery that interprets mammalian genomes have been studied, a number of additional complexes remain to be identified and characterized. Using proteomic approaches, Dr. Benoit Coulombe’s laboratory purified many components of the RNAPII transcription machinery using tandem affinity purification (TAP), a procedure that allows the isolation of protein complexes as they likely exist in live mammalian cells, and the identification of interaction partners using mass spectrometry. High confidence interactions were selected computationally and used to draw the map of a network connecting many components of the mRNA transcriptional machinery. By applying this procedure, our lab has identified, for the first time, a group of proteins, that interacts both physically and functionally with human RNAPII, and whose properties suggest a role in the assembly of multi-subunit complexes, acting as RNAPII-specific scaffolding proteins and chaperones. The aim of my project was to continue the characterization of the network of protein complexes involving transcription factors, and thus, further pursuing our survey of protein complexes in whole cell extracts. Eight novel RNAPII interaction partners (PIH1D1, GPN3, WDR92, PFDN2, KIAA0406, PDRG1, CCT4 and CCT5) were purified using the tandem affinity purification (TAP) method, and their interaction partners were identified by mass spectrometry. Over the years, our lab’s analysis of transcriptional regulation and mechanisms has contributed novel and important knowledge that provided better understanding of mRNA synthesis. This knowledge is paramount to the development of therapeutics that will target transcriptional mechanisms.
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Faiseurs de féeries : mise en scène, machinerie et pratiques cinématographiques émergentes au tournant du XXe siècle

Tralongo, Stéphane 11 1900 (has links)
Cette thèse se donne comme objectif de renouveler la conception historique qu’on s’est généralement faite jusqu’à présent des rapports que le monde des arts de la scène a établis avec les pratiques cinématographiques émergentes au tournant du xxe siècle, en remettant profondément en question les idées de primitivité des films, de crédulité des spectateurs et de pré-cinématographicité des formes. Notre recherche vise en particulier à replacer les féeries cinématographiques de Georges Méliès dans le cadre institutionnel du théâtre parisien de cette époque, de façon à montrer que leur histoire s’inscrit plus largement dans celle des techniques, des savoir-faire et des métiers du spectacle de scène tel qu’on le conçoit alors au Châtelet, à la Gaîté ou aux Folies-Bergère. Nous développons pour ce faire une approche historiographique qui ne part plus du principe qu’il s’agit d’étudier les relations entre deux arts concurrents – ce que laissaient entendre les travaux qui mettaient d’emblée « théâtre » et « cinématographe » sur le même plan –, mais qui propose de considérer les relations en question d’abord et avant tout comme celles qui s’engagent entre une institution culturelle ancienne et une toute nouvelle technologie. Nous cherchons ainsi à montrer que le cinématographe vient s’ajouter à la longue série culturelle des attractions lumineuses qui apparaissent avec l’avènement de l’éclairage électrique. Dans la première partie (« Le spectacle de l’électricité »), nous nous intéressons aux pratiques d’éclairage et aux habitudes de vision qui ont permis aux spectateurs de féeries de comprendre et d’apprécier le spectacle cinématographique. Dans la deuxième partie (« L’illusion de la technique »), nous examinons comment différentes formes d’intégration et d’hybridation des techniques dans les féeries vont faciliter l’appropriation précoce du cinématographe par les gens de théâtre. Dans la troisième partie (« L’art du cinématographe »), nous montrons que l’esthétique des tout premiers films a été façonnée par des règles de création et des critères d’appréciation qui relevaient de l’institution théâtrale et qui, de ce fait, pouvaient déjà donner une certaine valeur artistique à ces films. L’enjeu principal de la présente recherche est donc d’offrir une vision plus juste et plus nuancée de ce qu’a été le spectacle de scène dans son rapport aux technologies et, en particulier, à cette nouvelle machine qu’est le cinématographe. / The goal of this dissertation is to renew our historical view of the exchanges occurring between theatre and early film practices at the turn of the twentieth century, by questioning the ideas of primitive cinema, credulous audiences and precinematic forms. Our research aims to put more specifically Georges Méliès’ féeries back into the institutional framework of the parisian theatre, in order to show how these films are part of the history of techniques which were used at the Châtelet, the Gaîté and the Folies-Bergère. Previous studies have generally postulated that theatre and cinema were, from the very beginning, two rival art forms. However, our historiographical approach differs from this assumption, seeing the relationship instead as that between an old cultural institution and a brand new technology. We think our understanding of early cinema could be improved if we acknowledge that the kinematographic technology belonged to the broad cultural series of luminous attractions appearing with the emergence of electric lighting. In the first part (« The spectacle of electricity »), we study lighting practices and habits of vision that helped féeries’ spectators to understand and enjoy early cinema. In the second part (« The illusion of technique »), we investigate how the integration and hybridization of technologies in féeries led theatre workmen to use the kinematograph on stage. In the third part (« The art of kinematography »), we prove that early cinema aesthetics has been shaped by rules of creation and assessment criteria belonging to the institution of theatre, such that films could already be seen by spectators and critics as artistic forms. The main challenge of this research is to offer a more accurate vision of the history of theatre in its relation to technologies and, in particular, to this new machine that was, at the time, the kinematograph. / Réalisé en cotutelle avec l’Université Lumière Lyon 2

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