京都大学 / 0048 / 新制・課程博士 / 博士(農学) / 甲第20417号 / 農博第2202号 / 新制||農||1047(附属図書館) / 学位論文||H29||N5038(農学部図書室) / 京都大学大学院農学研究科農学専攻 / (主査)教授 田尾 龍太郎, 教授 土井 元章, 教授 北島 宣 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Agricultural Science / Kyoto University / DFAM

Orientador: Marcelo Carnier Dornelas / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-17T13:26:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_RaphaelRiconde_M.pdf: 18901083 bytes, checksum: be7da78a89962bc71a77edca29ef7399 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A família dos genes MADS-box codifica fatores de transcrição que atuam como reguladores importantes em muitas etapas no desenvolvimento de diversos organismos. Em plantas, estes genes estão envolvidos na determinação da identidade dos meristemas reprodutivos e dos órgãos florais, bem como no controle de diversos processos durante o desenvolvimento. O presente trabalho teve como objetivo estudar o padrão de expressão dos prováveis ortólogos dos genes do modelo ABC (APETALA1, APETALA3, PISTILATA e AGAMOUS de Arabidopsis thaliana, e do gene TM6 de Solanum lycopersicum) em Coffea arabica L. Estes genes pertencem à família MADS-box e estão relacionados à determinação da identidade dos órgãos florais na planta-modelo A. thaliana. A partir do banco de dados de sequências expressas de cafeeiro (CAFEST), foram identificados 23 possíveis homólogos de genes MADS-box em cafeeiro. Perfis de expressão por RT-PCR indicaram que a maioria destes genes são expressos em flor e fruto. A análise dos dados gerados pelo uso de microscopia óptica e de varredura permitiu estabelecer uma sequência de desenvolvimento para estabelecimento dos órgãos florais em cafeeiro, facilitando a identificação dos locais de expressão dos ortólogos do modelo ABC pela técnica de hibridização in situ. Sendo C. arabica uma espécie relativamente recente e com características peculiares, foi proposto um mecanismo de atuação dos genes do modelo ABC. Dessa forma, os resultados obtidos contribuem para a compreensão do estabelecimento dos órgãos florais em C. arabica. Adicionalmente, pela caracterização de um número elevado de genes da família MADS, foram identificados outros genes potencialmente envolvidos em outros processos de desenvolvimento, que futuramente poderão ser utilizados para incremento da indústria cafeeira. / Abstract: The MADS-box gene family encodes transcription factors that act as key regulators in many steps in the development of various organisms. In plants, these genes are involved in determining the identity of reproductive meristems and floral organs as well as in controlling several processes during development. This work aimed to study the expression patterns of putative orthologs of the ABC model genes (APETALA1, APETALA3, AGAMOUS and PISTILATA from Arabidopsis thaliana, and TM6 from Solanum Lycopersicum) in Coffea arabica L. These genes belong to the MADS-box family and are related to the determination of floral organ identity in the model plant A. thaliana. From the CAFEST database of expressed sequence tags, 23 MADS-box gene sequences were identified in coffee. Expression profiles of these genes, determined by RT-PCR, indicated that most of these genes are expressed in flowers and fruits. The analysis of data from optical microscopy and scanning electron microscopy allowed the establishment of a developmental sequence for the establishment of floral organ, facilitating the characterization of the spatial expression patterns of orthologs of the ABC genes by in situ hybridization. A diversified role of conserved genes of the ABC model was proposed for the relatively recent and peculiar specie that is C. arabica. The obtained results aid the understanding of the establishment of floral organs in C. Arabica. Additionally, as many other coffee MADS-box genes were also characterized, other genes, potentially involved in other developmental processes that could be of interest to the industry in the future were also identified. / Mestrado / Biologia Vegetal / Mestre em Biologia Vegetal

Bromeliaceae é uma família importante entre as monocotiledôneas devido ao seu elevado número de espécies distribuídas no Neotrópico, e por uma riqueza de caracteres adaptativos a diferentes habitats. Flores de bromélias possuem uma grande variação morfológica, frequentemente negligenciada em estudos de morfoanatomia e de filogenia. Para uma melhor compreensão dos mecanismos de desenvolvimento que levam a essas variações, foram analisados aspectos moleculares e evolutivos do fator de transcrição MADS-box PISTILLATA (PI), a partir de sequências de transcritos isolados de inflorescências de bromélias nativas brasileiras. Sequências PI de Bromeliaceae foram comparadas com outras monocotiledôneas, com verificação de expressão em inflorescências de Tillandsia aeranthos (Loisel.) LB Sm. com o uso de hibridação in situ. Sequências de PI mostraram alta conservação, inclusive em um sítio de deleção encontrado para todos os membros analisados da família. Todos os membros da família se agruparam em um único clado em reconstruções filogenéticas. Entretanto, devido a características de taxas de mutações rápidas e divergência antiga do gene, não foi possível obter uma relação precisa entre diferentes famílias ou ordens. Todavia, PI mostrou ter potencial como ferramenta de análise filogenética para espécies proximamente relacionadas. Os transcritos de PI foram localizados principalmente em tecidos meristemáticos de regiões menos desenvolvidas de inflorescências de Tillandsia aeranthos. Flores mais desenvolvidas presentes nas inflorescências mostraram um padrão de acúmulo preferencial de transcritos PI em pétalas e sépalas, assim como esperado para flores com perianto diferenciado em sépalas e pétalas. De qualquer forma, Tillandsia aeranthos se mostrou eficiente para estudos morfoanatômicos com enfoque em desenvolvimento evolutivo. / Bromeliaceae is an important monocotyledon family due to its high number of species in the Neotropic, and a wealth of adaptive characters to different habitats. Bromeliad flowers have large morphological variations, often neglected in morpho-anatomy, floral development and phylogeny studies. For a better understanding of its floral developmental mechanisms that lead to morphological variations, molecular and evolutionary aspects of the transcription factor MADS-box PISTILLATA (PI) encoding gene isolated had been investigated in native bromeliad inflorescences. Bromeliaceae PI sequences were compared with other monocots, and the expression of these transcripts was detected in Tillandsia aeranthos (Loisel.) LB Sm. inflorescences using in situ hybridization. The PI sequences display high conservation, including a specific deletion site found in all family members. Likewise, all Bromeliaceae members grouped into a single clade in phylogeny reconstruction. However, due to rapid mutation rate and ancient divergence in PI, it was not possible to obtain a precise relationship between different monocot families and orders. Nevertheless, PI showed potential as a phylogenetic tool for analysis between closely related species. PI transcripts were located mainly in meristematic tissues from less developed regions of the inflorescences. More developed flowers showed a preferential PI transcripts accumulation in petals and stamens as expected for differentiated perianth, found in Bromeliaceae flowers. Anyway, Tillandsia aeranthos showed good potential skills for morpho-anatomy focused in evolutionary development.

Bromeliaceae é uma família importante entre as monocotiledôneas devido ao seu elevado número de espécies distribuídas no Neotrópico, e por uma riqueza de caracteres adaptativos a diferentes habitats. Flores de bromélias possuem uma grande variação morfológica, frequentemente negligenciada em estudos de morfoanatomia e de filogenia. Para uma melhor compreensão dos mecanismos de desenvolvimento que levam a essas variações, foram analisados aspectos moleculares e evolutivos do fator de transcrição MADS-box PISTILLATA (PI), a partir de sequências de transcritos isolados de inflorescências de bromélias nativas brasileiras. Sequências PI de Bromeliaceae foram comparadas com outras monocotiledôneas, com verificação de expressão em inflorescências de Tillandsia aeranthos (Loisel.) LB Sm. com o uso de hibridação in situ. Sequências de PI mostraram alta conservação, inclusive em um sítio de deleção encontrado para todos os membros analisados da família. Todos os membros da família se agruparam em um único clado em reconstruções filogenéticas. Entretanto, devido a características de taxas de mutações rápidas e divergência antiga do gene, não foi possível obter uma relação precisa entre diferentes famílias ou ordens. Todavia, PI mostrou ter potencial como ferramenta de análise filogenética para espécies proximamente relacionadas. Os transcritos de PI foram localizados principalmente em tecidos meristemáticos de regiões menos desenvolvidas de inflorescências de Tillandsia aeranthos. Flores mais desenvolvidas presentes nas inflorescências mostraram um padrão de acúmulo preferencial de transcritos PI em pétalas e sépalas, assim como esperado para flores com perianto diferenciado em sépalas e pétalas. De qualquer forma, Tillandsia aeranthos se mostrou eficiente para estudos morfoanatômicos com enfoque em desenvolvimento evolutivo. / Bromeliaceae is an important monocotyledon family due to its high number of species in the Neotropic, and a wealth of adaptive characters to different habitats. Bromeliad flowers have large morphological variations, often neglected in morpho-anatomy, floral development and phylogeny studies. For a better understanding of its floral developmental mechanisms that lead to morphological variations, molecular and evolutionary aspects of the transcription factor MADS-box PISTILLATA (PI) encoding gene isolated had been investigated in native bromeliad inflorescences. Bromeliaceae PI sequences were compared with other monocots, and the expression of these transcripts was detected in Tillandsia aeranthos (Loisel.) LB Sm. inflorescences using in situ hybridization. The PI sequences display high conservation, including a specific deletion site found in all family members. Likewise, all Bromeliaceae members grouped into a single clade in phylogeny reconstruction. However, due to rapid mutation rate and ancient divergence in PI, it was not possible to obtain a precise relationship between different monocot families and orders. Nevertheless, PI showed potential as a phylogenetic tool for analysis between closely related species. PI transcripts were located mainly in meristematic tissues from less developed regions of the inflorescences. More developed flowers showed a preferential PI transcripts accumulation in petals and stamens as expected for differentiated perianth, found in Bromeliaceae flowers. Anyway, Tillandsia aeranthos showed good potential skills for morpho-anatomy focused in evolutionary development.

Cette thèse concerne les propriétés physico-chimiques des " Boîtes MADS ", séquences de liaison de facteurs de transcription déterminantes pour la formation de complexes avec des segments de régulation de l'ADN comportant des séquences spécifiques nommées " Boîtes CArG ". Des études ont aussi été menées sur certains segments bien choisis des Boîtes MADS et quelques-uns de leurs analogues mutés. Un large choix d'approches spectroscopiques a été employé pour ces études : absorption électronique, dichroïsme circulaire, fluorescence et diffusion Raman. Des approches performantes d'analyse multivariée ont été utilisées pour le traitement des résultats expérimentaux. Les trois tyrosines de la Boîte MADS, situées dans des environnements de charge et d'hydrophobicité différents, ont été utilisées comme marqueurs spectroscopiques intrinsèques. Les principaux résultats de ce travail concernent les caractéristiques de structures, flexibilités et équilibres acido-basiques de la Boîte MADS et de ses différents segments. / The thesis deals with physico-chemical properties of the MADS box, binding domain of transcription factors, which are important for the formation of complexes with the DNA regulatory segment bearing the CArG box. The study was performed also on model oligopeptides, selected segments of the MADS box and their analogues with a point mutation. A wide range of spectroscopic techniques was employed, namely absorption, circular dichroism, fluorescence and Raman spectroscopies. Advanced approaches including multivariate methods were used for data processing. The three tyrosines of the MADS box located in amino-acid vicinities of different charge and hydrophobicity, were used as intrinsic spectroscopic probes. The obtained characteristics of the MADS box and its segments structural arrangement, flexibility and acid-base equilibria are the main results of the work.

Bromeliaceae é uma família importante entre as monocotiledôneas devido ao seu elevado número de espécies distribuídas no Neotrópico, e por uma riqueza de caracteres adaptativos a diferentes habitats. Flores de bromélias possuem uma grande variação morfológica, frequentemente negligenciada em estudos de morfoanatomia e de filogenia. Para uma melhor compreensão dos mecanismos de desenvolvimento que levam a essas variações, foram analisados aspectos moleculares e evolutivos do fator de transcrição MADS-box PISTILLATA (PI), a partir de sequências de transcritos isolados de inflorescências de bromélias nativas brasileiras. Sequências PI de Bromeliaceae foram comparadas com outras monocotiledôneas, com verificação de expressão em inflorescências de Tillandsia aeranthos (Loisel.) LB Sm. com o uso de hibridação in situ. Sequências de PI mostraram alta conservação, inclusive em um sítio de deleção encontrado para todos os membros analisados da família. Todos os membros da família se agruparam em um único clado em reconstruções filogenéticas. Entretanto, devido a características de taxas de mutações rápidas e divergência antiga do gene, não foi possível obter uma relação precisa entre diferentes famílias ou ordens. Todavia, PI mostrou ter potencial como ferramenta de análise filogenética para espécies proximamente relacionadas. Os transcritos de PI foram localizados principalmente em tecidos meristemáticos de regiões menos desenvolvidas de inflorescências de Tillandsia aeranthos. Flores mais desenvolvidas presentes nas inflorescências mostraram um padrão de acúmulo preferencial de transcritos PI em pétalas e sépalas, assim como esperado para flores com perianto diferenciado em sépalas e pétalas. De qualquer forma, Tillandsia aeranthos se mostrou eficiente para estudos morfoanatômicos com enfoque em desenvolvimento evolutivo. / Bromeliaceae is an important monocotyledon family due to its high number of species in the Neotropic, and a wealth of adaptive characters to different habitats. Bromeliad flowers have large morphological variations, often neglected in morpho-anatomy, floral development and phylogeny studies. For a better understanding of its floral developmental mechanisms that lead to morphological variations, molecular and evolutionary aspects of the transcription factor MADS-box PISTILLATA (PI) encoding gene isolated had been investigated in native bromeliad inflorescences. Bromeliaceae PI sequences were compared with other monocots, and the expression of these transcripts was detected in Tillandsia aeranthos (Loisel.) LB Sm. inflorescences using in situ hybridization. The PI sequences display high conservation, including a specific deletion site found in all family members. Likewise, all Bromeliaceae members grouped into a single clade in phylogeny reconstruction. However, due to rapid mutation rate and ancient divergence in PI, it was not possible to obtain a precise relationship between different monocot families and orders. Nevertheless, PI showed potential as a phylogenetic tool for analysis between closely related species. PI transcripts were located mainly in meristematic tissues from less developed regions of the inflorescences. More developed flowers showed a preferential PI transcripts accumulation in petals and stamens as expected for differentiated perianth, found in Bromeliaceae flowers. Anyway, Tillandsia aeranthos showed good potential skills for morpho-anatomy focused in evolutionary development.

The thesis deals with physico-chemical properties of the MADS box, binding domain of transcription factors, which are important for the formation of complexes with the DNA regulatory segment bearing the CArG box. The study was performed also on model oligopeptides, selected segments of the MADS box and their analogues with a point mutation. A wide range of spectroscopic techniques was employed, namely absorption, circular dichroism, fluorescence and Raman spectroscopies. Advanced approaches including multivariate methods were used for data processing. The three tyrosines of the MADS box located in amino-acid vicinities of different charge and hydrophobicity, were used as intrinsic spectroscopic probes. The obtained characteristics of the MADS box and its segments structural arrangement, flexibility and acid-base equilibria are the main results of the work.

Specification of floral organ identity in angiosperm flowers is accomplished by the coordinated activity of A-, B-, C-, and E-class MADS-box genes. In the eudicots, B-class genes specify petal and stamen identity. This eudicot B-class function depends on the simultaneous expression of genes from two paralogous B-class lineages (the DEFICIENS/APETALA3 lineage and the GLOBOSA/PISTILLATA lineage). Proteins produced by genes from these two lineages interact as obligate heterodimers and together regulate the transcription of various downstream targets. These obligate heterodimers also positively regulate the transcription of the B-class genes themselves, thereby mediating a unique B-class autoregulatory feedback loop. There is compelling evidence that B-class function at the phenotypic and molecular level is highly conserved among the eudicots. The degree to which B-class homeotic function, obligate heterodimerization, and autoregulation are conserved in non-eudicot, however, remains a topic of debate. Here we describe loss of function in Sterile tassel silky ear1 (Sts1) a maize ortholog of GLOBOSA/PISTILLATA formerly known as Zmm16. Mutation in Sts1 results in homeotic transformation of lodicules and stamens into bract-like organs in male inflorescences. Female inflorescences are affected in a similar manner. Stamens in these inflorescences are, however, transformed into carpels instead of into bract-like organs. This mutant phenotype suggests that Sts1 has a B-class homeotic function. Using qRT-PCR we also demonstrate that Sts1 participates in positive transcriptional regulation of all of the maize B-class genes. These findings suggest a high degree of B-class functional conservation between the monocots and the eudicots. Analysis of tasselseed1/sts1 and grassy tillers1/sts1 double mutants suggests that maize B-class genes also play a role in the sex determination process.

Muitas plantas apresentam crescimento indeterminado e são capazes de produzir novos órgãos e tecidos ao longo de todo seu ciclo de vida. Essa capacidade é devida parcialmente à expressão altamente regulada de genes específicos, tais como os genes SQUAMOSA Promoter-Binding Protein-Like (SPLs). SPLs codificam fatores de transcrição específicos de plantas que desempenham papéis importantes em diferentes aspectos do desenvolvimento, tais como mudança de fase juvenil-adulto, definição da arquitetura da planta e amadurecimento do fruto. A maioria dos genes SPLs são pós-transcricionalmente regulados pelo microRNA (miRNA) miR156. Apesar de alguns aspectos regulados pelas SPLs serem bem estudados, suas funções moleculares durante o desenvolvimento do fruto são pouco compreendidas. Neste trabalho, nós geramos 22 eventos transgênicos de Solanum lycopersicum cv. Micro-Tom (MT) superexpressando o precursor AtMIR156b. Plantas transgênicas exibiram morfologia foliar e floral anormal além de alteração na arquitetura vegetal. Interessantemente, a maioria dos eventos apresentou frutos de crescimento indeterminado, os quais não apresentam sementes sendo caracterizados pelo crescimento de frutos secundários além da presença de estruturas vegetativas e meristemas florais ectópicos. Fazendo uso da técnica de RT-qPCR, nós encontramos uma robusta correlação entre expressão do miR156 e o fenótipo dos frutos, sugerindo que esta rota regula o desenvolvimento e determinação do fruto de tomateiro. O mutante de tomateiro Mouse ears (Me) apresenta um fraco nível de indeterminação no fruto, sendo que os níveis do transcrito miR156 maduro são maiores no fruto mutante quando comparado aos controles MT, mas significativamente menores que nos frutos transgênicos. Oito SPLs de tomateiro foram silenciadas em diferentes níveis em frutos de diferentes eventos transgênicos e no mutante Me. O fator de transcrição do tipo MADS-box MACROCALYX (MC), o qual é ortólogo ao gene APETALA1 (AP1) de arabidopsis (alvo direto in vivo da proteína SPL3), afeta a determinação da inflorescência e o desenvolvimento das sépalas. A expressão de MC foi severamente reduzida nos frutos dos eventos transgênicos, mas não no mutante Me. Este dado sugere que a desregulação da expressão de MC deve ser responsável pelo forte fenótipo de indeterminação do fruto observados nos eventos transgênicos. Tomados em conjunto, nossos dados sugerem uma nova função para a via genética mir156/SPL na regulação do desenvolvimento e determinação de frutos carnosos, provavelmente através da regulação da expressão de MC. / Many plants have indeterminate growth and are capable of producing new organs and tissues throughout their life. This capability is partially due to the highly regulated expression of specific genes such as SQUAMOSA Promoter-Binding Protein-Like (SPL) genes. SPLs encode plant-specific transcription factors that play important roles in development, such as phase transition, plant architecture, and fruit ripening. Most SPL genes are post-transcriptionally regulated by the microRNA (miRNA) miR156. Although some developmental aspects regulated by SPLs have been well studied, their molecular roles during fruit development are poorly understood. In this work, we generated 22 transgenic events of Solanum lycopersicum cv. Micro-Tom (MT) overexpressing AtMIR156b precursor. Transgenic plants exhibit abnormal leaf and flower morphology and altered vegetative architecture. Interestingly, most events display navel-like fruits that are seedless and characterized by the growth of secondary fruits and present leaf-like structures as well as ectopic flowering meristems. By using RT-qPCR, we found a robust correlation between miR156/SPL expression and the fruit phenotype, suggesting that this pathway regulates tomato fruit development and determinacy. The tomato mutant Mouse ears (Me) displays a weak level of fruit indeterminacy. Levels of mature miR156 transcripts are higher in fruits from the mutant as comparing to MT fruits, but significantly lower than in transgenic fruits. Eight tomato SPLs were downregulated at variable levels in fruits from distinct transgenic events and Me plants. The MADS-type of transcription factor Macrocalyx (MC) gene is an orthologue of Arabidopsis AP1 (a direct in vivo target of SPL3) and affects tomato inflorescence determinacy and sepal development. MC was severely downregulated in fruits from transgenics but not in fruits from Me mutant. This data suggests that the MC misregulation may lead to the strong fruit indeterminacy phenotype observed in the transgenic events. Taken together, our data suggest a new function for miR156/SPL pathway in regulating fruit development and determinacy likely through the regulation of MC expression.

Muitas plantas apresentam crescimento indeterminado e são capazes de produzir novos órgãos e tecidos ao longo de todo seu ciclo de vida. Essa capacidade é devida parcialmente à expressão altamente regulada de genes específicos, tais como os genes SQUAMOSA Promoter-Binding Protein-Like (SPLs). SPLs codificam fatores de transcrição específicos de plantas que desempenham papéis importantes em diferentes aspectos do desenvolvimento, tais como mudança de fase juvenil-adulto, definição da arquitetura da planta e amadurecimento do fruto. A maioria dos genes SPLs são pós-transcricionalmente regulados pelo microRNA (miRNA) miR156. Apesar de alguns aspectos regulados pelas SPLs serem bem estudados, suas funções moleculares durante o desenvolvimento do fruto são pouco compreendidas. Neste trabalho, nós geramos 22 eventos transgênicos de Solanum lycopersicum cv. Micro-Tom (MT) superexpressando o precursor AtMIR156b. Plantas transgênicas exibiram morfologia foliar e floral anormal além de alteração na arquitetura vegetal. Interessantemente, a maioria dos eventos apresentou frutos de crescimento indeterminado, os quais não apresentam sementes sendo caracterizados pelo crescimento de frutos secundários além da presença de estruturas vegetativas e meristemas florais ectópicos. Fazendo uso da técnica de RT-qPCR, nós encontramos uma robusta correlação entre expressão do miR156 e o fenótipo dos frutos, sugerindo que esta rota regula o desenvolvimento e determinação do fruto de tomateiro. O mutante de tomateiro Mouse ears (Me) apresenta um fraco nível de indeterminação no fruto, sendo que os níveis do transcrito miR156 maduro são maiores no fruto mutante quando comparado aos controles MT, mas significativamente menores que nos frutos transgênicos. Oito SPLs de tomateiro foram silenciadas em diferentes níveis em frutos de diferentes eventos transgênicos e no mutante Me. O fator de transcrição do tipo MADS-box MACROCALYX (MC), o qual é ortólogo ao gene APETALA1 (AP1) de arabidopsis (alvo direto in vivo da proteína SPL3), afeta a determinação da inflorescência e o desenvolvimento das sépalas. A expressão de MC foi severamente reduzida nos frutos dos eventos transgênicos, mas não no mutante Me. Este dado sugere que a desregulação da expressão de MC deve ser responsável pelo forte fenótipo de indeterminação do fruto observados nos eventos transgênicos. Tomados em conjunto, nossos dados sugerem uma nova função para a via genética mir156/SPL na regulação do desenvolvimento e determinação de frutos carnosos, provavelmente através da regulação da expressão de MC. / Many plants have indeterminate growth and are capable of producing new organs and tissues throughout their life. This capability is partially due to the highly regulated expression of specific genes such as SQUAMOSA Promoter-Binding Protein-Like (SPL) genes. SPLs encode plant-specific transcription factors that play important roles in development, such as phase transition, plant architecture, and fruit ripening. Most SPL genes are post-transcriptionally regulated by the microRNA (miRNA) miR156. Although some developmental aspects regulated by SPLs have been well studied, their molecular roles during fruit development are poorly understood. In this work, we generated 22 transgenic events of Solanum lycopersicum cv. Micro-Tom (MT) overexpressing AtMIR156b precursor. Transgenic plants exhibit abnormal leaf and flower morphology and altered vegetative architecture. Interestingly, most events display navel-like fruits that are seedless and characterized by the growth of secondary fruits and present leaf-like structures as well as ectopic flowering meristems. By using RT-qPCR, we found a robust correlation between miR156/SPL expression and the fruit phenotype, suggesting that this pathway regulates tomato fruit development and determinacy. The tomato mutant Mouse ears (Me) displays a weak level of fruit indeterminacy. Levels of mature miR156 transcripts are higher in fruits from the mutant as comparing to MT fruits, but significantly lower than in transgenic fruits. Eight tomato SPLs were downregulated at variable levels in fruits from distinct transgenic events and Me plants. The MADS-type of transcription factor Macrocalyx (MC) gene is an orthologue of Arabidopsis AP1 (a direct in vivo target of SPL3) and affects tomato inflorescence determinacy and sepal development. MC was severely downregulated in fruits from transgenics but not in fruits from Me mutant. This data suggests that the MC misregulation may lead to the strong fruit indeterminacy phenotype observed in the transgenic events. Taken together, our data suggest a new function for miR156/SPL pathway in regulating fruit development and determinacy likely through the regulation of MC expression.